View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10178_low_1 (Length: 537)

Name: NF10178_low_1
Description: NF10178
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10178_low_1
NF10178_low_1
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (1-519)||(9114085-9114603)
chr1 (6-319)||(9175821-9176134)
chr1 (6-320)||(9157864-9158178)
chr1 (7-315)||(9163980-9164288)
chr1 (6-320)||(9220314-9220628)
chr1 (6-320)||(9202850-9203164)
chr1 (449-516)||(9220745-9220812)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 9114603 - 9114085
Alignment:
Q  1 gtgtgaggaaatttgtccaaatgagaaacagaaaaattataagctccatttttaataacaaaagaatagctacatctcaaagattcattggatttagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  9114603 gtgtgaggaaatttgtccaaatgagaaacagaaaaattataagctccatttttaacaacaaaagaatatctacatctcaaagattcattggaattaaaaa 9114504  T
Q  101 aaccaaaagcttttatacttatattcctcatcttaggtggaatatcaacttcacaaaaaccaataccagaacatcttccattttcaattctctttcgatt 200  Q
    || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9114503 aagcaaaagcttctatagttatattcctcatcttaggtggaatatcaacttcacaacaaccaataccagaacatgttccattttcaattctctttcgatt 9114404  T
Q  201 attgttgcatattgttatgcaactggtggaatatgtttccttgtcgtaaatgctgctgagaataccgtaactatcacaaccaactgttaagaacttgttt 300  Q
    |  ||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9114403 accgttacatattgttaagcaaccgatggaatatgtttccttgtcgtaaatgctgttgagaataccgtaactatcacaaccaactgttaagaacttgttt 9114304  T
Q  301 tctttgcgtgatatgctgaacgtgccggcagtgtctaaacttggcagataactggaaatattttctttgttagtacaataacttgagacataatttaaca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9114303 tctttgcgtgatatgctgaacgtgccggcagtgtctaaacttggcagataactggaaatattttctttgttagtacaataacttgagacataatttaaca 9114204  T
Q  401 cttctagttgaccttggaggaaatttatgttggtaactggtacgccgtcccaaaataagtttgtgttgtttttacatatgagttcaaaattggactctag 500  Q
    |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  9114203 cacttagttgaccttggaggaaatttatgttggtaactggtacgccgtcccaaaataagtttctgttgttttcacatatgagttcaaatttggactctag 9114104  T
Q  501 gtaacagcgaccttgagtt 519  Q
    |||||||||||||||||||    
T  9114103 gtaacagcgaccttgagtt 9114085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 6 - 319
Target Start/End: Original strand, 9175821 - 9176134
Alignment:
Q  6 aggaaatttgtccaaatgagaaacagaaaaattataagctccatttttaataacaaaagaatagctacatctcaaagattcattggatttagaaaaacca 105  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| ||  | |    | ||  |    
T  9175821 aggaaaattgtccaaatcagaaacagtgaaattataaaatccatttttaacaacaaacgaattgctacatcccaaagattcgtttaaatcgagataatta 9175920  T
Q  106 aaagcttttatacttatattcctcatcttaggtggaatatcaacttcacaaaaaccaataccagaacatcttccattttcaattctctttcgattattgt 205  Q
     |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||||| ||  ||    
T  9175921 gaagcttgtatagttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaaccaatacccgaacatgctccgttttcaattctgtttcgagtaccgt 9176020  T
Q  206 tgcatattgttatgcaactggtggaatatgtttccttgtcgtaaatgctgctgagaataccgtaactatcacaaccaactgttaagaacttgttttcttt 305  Q
    |||||||||||| ||| | |||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||  ||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  9176021 tgcatattgttaagcagccggtgtaatatctttctttgtcgtaaatgcttctgagaacaccgagactgttacaaccaactgttaagaacttattttctct 9176120  T
Q  306 gcgtgatatgctga 319  Q
    | ||||||||||||    
T  9176121 gggtgatatgctga 9176134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 320
Target Start/End: Original strand, 9157864 - 9158178
Alignment:
Q  6 aggaaatttgtccaaatgagaaacagaaaaattataagctccatttttaataacaaaagaatagctacatctcaaagattcattggatttagaaaaacca 105  Q
    |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||   |||| ||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| ||  |||| |||| |||| ||    
T  9157864 aggaaaattatccaaatgagaaatagaaaaattataaaacccatctttaacaacaaatgaataactacaccccaaagaatccgtggaattaggaaaatca 9157963  T
Q  106 aaagcttttatacttatattcctcatcttaggtggaatatcaacttcacaaaaaccaataccagaacatcttccattttcaattctctttcgattattgt 205  Q
     |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||| ||||| ||||| |||||||||   |    
T  9157964 gaagcttctatacttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaaccaatacccgaacatgttccgttttctattctgtttcgattaccat 9158063  T
Q  206 tgcatattgttatgcaactggtggaatatgtttccttgtcgtaaatgctgctgagaataccgtaactatcacaaccaactgttaagaacttgttttcttt 305  Q
    | ||| |||| | ||||| ||| ||||||||||| |||| ||| |  ||| |||||  ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||  ||    
T  9158064 tacatcttgtcaggcaaccggttgaatatgtttctttgttgtatacactgttgagataaccgtaactgtcacaaccaaccgttacgaacttgtttttctt 9158163  T
Q  306 gcgtgatatgctgaa 320  Q
    || ||||||| ||||    
T  9158164 gcttgatatggtgaa 9158178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 7 - 315
Target Start/End: Original strand, 9163980 - 9164288
Alignment:
Q  7 ggaaatttgtccaaatgagaaacagaaaaattataagctccatttttaataacaaaagaatagctacatctcaaagattcattggatttagaaaaaccaa 106  Q
    |||||| | |||||||||  |||||  |||||||||  ||||| ||||| |||||| ||||| ||||| |  ||||| ||  |||| |||| |||| |||    
T  9163980 ggaaatatatccaaatgatcaacagtgaaattataaaatccatctttaacaacaaatgaataactacaccctaaagaatccgtggaattaggaaaatcaa 9164079  T
Q  107 aagcttttatacttatattcctcatcttaggtggaatatcaacttcacaaaaaccaataccagaacatcttccattttcaattctctttcgattattgtt 206  Q
    |||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||  |||||||||  |||    
T  9164080 aagcttgtacacttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaaccaatacccgaacatgttccattttcgattcgatttcgattaccgtt 9164179  T
Q  207 gcatattgttatgcaactggtggaatatgtttccttgtcgtaaatgctgctgagaataccgtaactatcacaaccaactgttaagaacttgttttctttg 306  Q
     ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||| |  | |||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||     
T  9164180 acatcttgttaagcaaccggttgaatatgtttcttgattgtaaatgctgttgagataaccataactatcacaaccaacagttacaaacttgttttccttt 9164279  T
Q  307 cgtgatatg 315  Q
    | |||||||    
T  9164280 cttgatatg 9164288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 6 - 320
Target Start/End: Original strand, 9220314 - 9220628
Alignment:
Q  6 aggaaatttgtccaaatgagaaacagaaaaattataagctccatttttaataacaaaagaatagctacatctcaaagattcattggatttagaaaaacca 105  Q
    |||||| || |||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| ||  |||| |||| |||| ||    
T  9220314 aggaaaattatccaaatgagaaacagtaaaattataggatccatctttaacaacaaatgaataactacaccccaaagaatccgtggaattaggaaaatca 9220413  T
Q  106 aaagcttttatacttatattcctcatcttaggtggaatatcaacttcacaaaaaccaataccagaacatcttccattttcaattctctttcgattattgt 205  Q
     || ||| || |||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||   || ||||||   |    
T  9220414 gaaacttgtacacttatattcctcatcatatgtggaatatcaacttgacaacaaccaatacccgaacatgttccgttttcaatttgattccgattaccat 9220513  T
Q  206 tgcatattgttatgcaactggtggaatatgtttccttgtcgtaaatgctgctgagaataccgtaactatcacaaccaactgttaagaacttgttttcttt 305  Q
      ||| |||||| ||||| ||| ||||||||||| | || |||||| ||| |||||  ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||  |    
T  9220514 aacatcttgttaagcaaccggttgaatatgtttcttcgttgtaaatactgttgagataaccgtaactgtcacaaccaaccgttatgaacttgttttcagt 9220613  T
Q  306 gcgtgatatgctgaa 320  Q
    || |||||| |||||    
T  9220614 gcttgatatcctgaa 9220628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 320
Target Start/End: Original strand, 9202850 - 9203164
Alignment:
Q  6 aggaaatttgtccaaatgagaaacagaaaaattataagctccatttttaataacaaaagaatagctacatctcaaagattcattggatttagaaaaacca 105  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| ||  | |    | ||  |    
T  9202850 aggaaaattgtccaaatcagaaacagagaaattataaaatccatttttaacaacaaacgaattgctacatcccaaagattcgtttaaatcgagataatta 9202949  T
Q  106 aaagcttttatacttatattcctcatcttaggtggaatatcaacttcacaaaaaccaataccagaacatcttccattttcaattctctttcgattattgt 205  Q
     ||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||  ||| ||||| ||||| |||||| ||  ||    
T  9202950 gaagattgtatagttatattcctcatcataggtggaatatcaacttgacaacaaccaatacccgaacatgctccgttttcgattctgtttcgagtaccgt 9203049  T
Q  206 tgcatattgttatgcaactggtggaatatgtttccttgtcgtaaatgctgctgagaataccgtaactatcacaaccaactgttaagaacttgttttcttt 305  Q
     ||||||||||| ||||| |||| || ||||||| || |||||| |||| ||||||| ||||  ||| | ||||||||||||||| ||||| |||||| |    
T  9203050 cgcatattgttaagcaaccggtgtaaaatgtttctttctcgtaagtgcttctgagaaaaccgatactgttacaaccaactgttaaaaacttattttctct 9203149  T
Q  306 gcgtgatatgctgaa 320  Q
    |  ||||| ||||||    
T  9203150 ggttgataagctgaa 9203164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 449 - 516
Target Start/End: Original strand, 9220745 - 9220812
Alignment:
Q  449 cccaaaataagtttgtgttgtttttacatatgagttcaaaattggactctaggtaacagcgaccttga 516  Q
    |||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||    
T  9220745 cccaaagtaattttgtgtcattttcacatatgagttcaaatttgtgctctaggtaacagggaccttga 9220812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University