View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10179_low_16 (Length: 433)

Name: NF10179_low_16
Description: NF10179
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10179_low_16
NF10179_low_16
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (16-421)||(41286949-41287349)
chr5 (16-413)||(41316790-41317183)
chr5 (16-421)||(41328823-41329224)
chr5 (16-421)||(41332756-41333157)
chr5 (60-413)||(41366943-41367292)
chr5 (27-421)||(41324846-41325236)
chr5 (16-413)||(41337571-41337964)
chr5 (16-407)||(31177653-31178040)
chr5 (16-421)||(41310983-41311388)
chr5 (16-406)||(31187716-31188102)
chr5 (48-272)||(41305243-41305463)
chr5 (16-413)||(31225669-31226062)
chr5 (306-416)||(41432002-41432112)
chr5 (361-417)||(14235906-14235962)
chr5 (16-116)||(41369921-41370021)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-421)||(17248533-17248934)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 41287349 - 41286949
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287349 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctgggcacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 41287250  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41287249 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatat----cttggatctcttccaattgcccaagcattgacaagaaccct 41287154  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287153 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 41287054  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41287053 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacactcttcttacctcagcttgtgctt-ttccatca 41286955  T
Q  416 cctttg 421  Q
    ||||||    
T  41286954 cctttg 41286949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 16 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 41317183 - 41316790
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| |||||||| ||||| | | | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  41317183 caagaggcagctcaacattgggcaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatc 41317084  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     ||||||||||||||||| ||| |||||||||||  ||||||    
T  41317083 aattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac----cttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaaccct 41316988  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     |||||||| || || ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  ||||||||   | |||||| |||||||| ||||||||||    
T  41316987 tgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttg 41316888  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccat 413  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  41316887 atgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccacatatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccat 41316790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 41329224 - 41328823
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| | || | ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  41329224 caagaggcagctcaacattgggtatggcaaatgaaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatc 41329125  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     |||| |||||||||||| ||| ||||||| || |  |||||    
T  41329124 aattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac----cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattaccct 41329029  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||    
T  41329028 tgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttg 41328929  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatca 415  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||| |    
T  41328928 atgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacatactcctttttatcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccatta 41328829  T
Q  416 cctttg 421  Q
    ||||||    
T  41328828 cctttg 41328823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 16 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 41333157 - 41332756
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||| | | || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||    
T  41333157 caagaggtagctcaatgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaattc 41333058  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     |||| |||||||||||| ||| ||||||| || |  |||||    
T  41333057 aattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac----cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattaccct 41332962  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | | ||||| ||||||| ||||||||||    
T  41332961 tgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaattaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttg 41332862  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatca 415  Q
    |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||   |||||||||||||  |    
T  41332861 acgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttccaata 41332762  T
Q  416 cctttg 421  Q
    ||||||    
T  41332761 cctttg 41332756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 60 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 41367292 - 41366943
Alignment:
Q  60 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagctt 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||| ||| ||||| || || ||| |||  || |    
T  41367292 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctctcaggcttaaaactcttggcat 41367193  T
Q  160 cgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttca 259  Q
    | ||||||||     || |||||||||||||| ||| ||||||| ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||     
T  41367192 caacccaatac----ctcggatctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcg 41367097  T
Q  260 tactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaac 359  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  41367096 tactttctcttggaatcaataatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatt 41366997  T
Q  360 cacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccat 413  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  41366996 cacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccat 41366943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 27 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 41325236 - 41324846
Alignment:
Q  27 tcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactat 126  Q
    ||||||||||||| | | || ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41325236 tcaacgttgggtaaggcaaatgcaattccgggacacatccttcttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactat 41325137  T
Q  127 taacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccg 226  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||||||     ||||||||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || |    
T  41325136 taacaaacctctcaggtttaaaactttcagcatcaacccaatac----cttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctg 41325041  T
Q  227 ggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagactt 326  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  ||||| ||||  |  ||||| | |||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  41325040 ggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaagtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattt 41324941  T
Q  327 caagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 421  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41324940 taagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacaaaccccttcctatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttg 41324846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 41337964 - 41337571
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| |||||||| ||||| | | | || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||    
T  41337964 caagaggcagctcaacattgggcaaggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtattaattcaaagtctgtgcctttgaaatc 41337865  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||  |    ||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||    
T  41337864 aattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatactt----tggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaaccct 41337769  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||  |||  ||   ||||||||||||||| |||||| |||| || |||||| | ||| | ||||||||||    
T  41337768 tgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttg 41337669  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccat 413  Q
    || ||| |||| |||||| |||| || ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41337668 atgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctacatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccat 41337571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 407
Target Start/End: Original strand, 31177653 - 31178040
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| || |||| ||| || ||||||||    
T  31177653 caagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatc 31177752  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||  | ||    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| ||    
T  31177753 aattgtgctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttc----atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactct 31177848  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| | ||||||||||    
T  31177849 tgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaatcaacaaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttg 31177948  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttc 407  Q
    || | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31177949 attatagactttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgcttc 31178040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 41311388 - 41310983
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||| | | || ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  41311388 caagaggtagctcaatgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtccgtgcctttgaattc 41311289  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||||     ||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||  || ||    
T  41311288 aattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaatctctcagcttcaacccaatac----cttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactct 41311193  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     |||||    ||||| ||||  | |||||||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||    
T  41311192 tgtcttaattgggatctcatgcctattaatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttg 41311093  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccac----atacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttcc 411  Q
    || ||| |||| |||||||||||  ||||||||||  ||||| ||||    |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  41311092 atgacaaactttaagtatatcaacaggtgcaactccatctcatccacatatatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttcc 41310993  T
Q  412 atcacctttg 421  Q
    || |||||||    
T  41310992 attacctttg 41310983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 406
Target Start/End: Original strand, 31187716 - 31188102
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || | |||||| ||||||||    
T  31187716 caagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatc 31187815  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||  | ||    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| ||    
T  31187816 aattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttc----atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactct 31187911  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| || | || |||||| | ||||| ||||||| ||    
T  31187912 tgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctg 31188011  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgctt 406  Q
    || | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31188012 attatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctt 31188102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 48 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 41305463 - 41305243
Alignment:
Q  48 gcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttga 147  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |    
T  41305463 gcaatgcccggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcgggtttaa 41305364  T
Q  148 aattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaattt 247  Q
    || |||||||||| |||||    |||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||  |||| ||||    
T  41305363 aactctcagcttcaaccca----atactttggatctcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgattt 41305268  T
Q  248 ggcatggcttcatactttctcttgg 272  Q
    ||||   || | |||||||||||||    
T  41305267 ggcaactctccctactttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 31226062 - 31225669
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || | |||||| ||||||||    
T  31226062 caagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatc 31225963  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||  | ||    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| ||    
T  31225962 aattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttc----atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactct 31225867  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| |||  ||  ||||| || |||| ||||||| |     
T  31225866 tgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctcta 31225767  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccat 413  Q
    || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||  |||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  31225766 attatagactttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcgacatgtccctttttatcaaacatgtttcttacttcagcttgtgcttcctccat 31225669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 306 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41432002
Alignment:
Q  306 tgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgct 405  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  406 tcttccatcac 416  Q
    |||||||||||    
T  41432012 tcttccatcac 41432002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 361 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235906
Alignment:
Q  361 acatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacc 417  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacc 14235906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 41370021 - 41369921
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| | ||||||||| |||| ||| ||   ||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| | || ||||||||    
T  41370021 caagaggcaactcaacgttaggtaagccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcatcaaatggtatgtattcaaagtctatacctttgaaatc 41369922  T
Q  116 a 116  Q
    |    
T  41369921 a 41369921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 421
Target Start/End: Original strand, 17248533 - 17248934
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| ||||||||    
T  17248533 caagaggcaactcaatgttgggtatgccaaatgcaatgcccggacaaatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgcctttgaaatc 17248632  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||| ||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||     ||| ||||||||||||||||| || |||| |||  ||||||    
T  17248633 aattgggctattaaaaaacctttcaggtttgaaactctcagcttcaacccaatac----ctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaaccct 17248728  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     ||||| || || |||||||| || || ||| | |||   | | |||||| ||| |||||||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||||||||    
T  17248729 tgtcttagctggaatatcatacccgttgattcgacatttttccctactttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttg 17248828  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacacttttcttacctcagcttgtgcttcttccatca 415  Q
    || ||||| || |||||||| ||||| | |||||| || ||| | |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17248829 atgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatca 17248928  T
Q  416 cctttg 421  Q
    ||||||    
T  17248929 cctttg 17248934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University