View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10179_low_20 (Length: 419)

Name: NF10179_low_20
Description: NF10179
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10179_low_20
NF10179_low_20
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-409)||(24216625-24217033)
chr4 (124-402)||(16841878-16842162)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (13-398)||(37391855-37392240)
chr5 (130-412)||(37824759-37825047)
chr5 (17-412)||(37533964-37534362)
chr5 (128-412)||(37436571-37436861)
chr5 (130-412)||(37697651-37697939)
chr5 (127-412)||(37399817-37400108)
chr5 (127-412)||(37712488-37712779)
chr5 (13-412)||(37640736-37641138)
chr5 (13-412)||(37595188-37595590)
chr5 (127-412)||(37703532-37703823)
chr5 (20-401)||(37429616-37430010)
chr5 (23-402)||(37381239-37381621)
chr5 (26-305)||(37412221-37412503)
chr5 (13-79)||(37697987-37698053)
chr5 (13-79)||(37712818-37712884)
chr5 (13-77)||(37825091-37825155)
chr5 (24-79)||(37399732-37399787)
chr5 (352-404)||(37412512-37412564)
chr5 (12-80)||(37436894-37436962)
chr5 (25-79)||(37703862-37703916)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (127-412)||(14553902-14554193)
chr3 (13-79)||(14554226-14554292)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 409
Target Start/End: Original strand, 24216625 - 24217033
Alignment:
Q  1 aatttatcaagctgttaccttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatcttaatagttattactggccggtgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24216625 aatttatcaagctgttaccttactggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatcttaaaagttattactggccggtgg 24216724  T
Q  101 aacaaaaactcaaactcaatatcttcacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  24216725 aacaaaaactcaaactcaatatcttcacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacatatcttcaat 24216824  T
Q  201 cagagagagctctttgctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24216825 cagagagagctctttgctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtgacatcctctct 24216924  T
Q  301 ttaccaaatcttcaaaaactagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24216925 ttaccaaatcttcaaaaactagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaatttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctct 24217024  T
Q  401 ctttctctg 409  Q
    |||||||||    
T  24217025 ctttctctg 24217033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 124 - 402
Target Start/End: Original strand, 16841878 - 16842162
Alignment:
Q  124 ttcacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctttg------c 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||      |    
T  16841878 ttcacttggaagaaactcattcataatgctactaaattaagggatctttatctaaatggagtgaacatgtcttcaattggagagagctctttgtcaatgc 16841977  T
Q  218 taaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttaccaaatcttcaaaa 317  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||| |||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||  ||||||||||||     
T  16841978 taaacaatttgtcatcctctttggtttctcttcatctagcaaacactggtttgcaaggaaatttgttaagtgacatactctctttgtcaaatcttcaaag 16842077  T
Q  318 actagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctct 402  Q
    |||||||||||||   |||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  16842078 actagatttgtcacataatcaagaccttagtggtcaacttccaaaatccaactggagcactcctctaaggtacttgtacctctct 16842162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 153; Significance: 6e-81; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Original strand, 37391855 - 37392240
Alignment:
Q  13 tgttaccttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatcttaatagttattactggccggtggaacaaaaactca 112  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||  |   ||||| |||   |||||||| ||||||    
T  37391855 tgttacctcagtggtaatattccctccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagca---attaccggcacttggaacaacaactca 37391951  T
Q  113 aactcaatatcttcacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctc 212  Q
    ||||  |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||  ||| ||| || |||||||||||    
T  37391952 aacttgatacattgacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagagtggatatgtattccattagagagagctc 37392051  T
Q  213 tttg------ctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttacca 306  Q
    ||||      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |   | ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||     
T  37392052 tttgtctatgctaaagaatgtgtcatcctctttggtttctcttaggctaggagaaattgggttgcaaggaaatttgtcaagtgccatcctctctttacct 37392151  T
Q  307 aatcttcaaaaactagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacct 398  Q
    |||||||||| |||||||||||||   ||| | || ||| | |||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37392152 aatcttcaaagactagatttgtca---aataatgaacttagcggtaaacttccaaaatcaaactggagcactcctctaaggtacttggacct 37392240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 130 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37825047 - 37824759
Alignment:
Q  130 tggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctttg------ctaaaga 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||      |||||||    
T  37825047 tggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggatcttcatcttaatggagtgaacatgtcttcaatcggagagagctcattgtcaatgctaaaga 37824948  T
Q  224 atttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttaccaaatcttcaaaaactaga 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| | | ||    
T  37824947 atttgtcatcctctttggtttctcttagtctacgaaacactgtgttgcaaggaaatatatcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaagattgga 37824848  T
Q  324 tttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctctttctctgctt 412  Q
    ||||||||  |||||  ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37824847 tttgtcatttaatcataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttggacctctcttcctctgctt 37824759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37534362 - 37533964
Alignment:
Q  17 accttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatcttaatagttattactggccggtggaacaaaaactcaaact 116  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||  |||||   |||| | |  |||     | | |||||    
T  37534362 acctcagtggtaatattccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagtta---ctggtccgcagaagtgggattgaaact 37534266  T
Q  117 caatatcttcacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctttg 216  Q
    ||||   ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||   ||| || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  37534265 caattcgttcatttggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggaactttatttggataatgtgaacatgtcttccatcagagagagctctttg 37534166  T
Q  217 ------ctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttaccaaatc 310  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  37534165 tcaatgctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctatcagaaactgagttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatc 37534066  T
Q  311 ttcaaaaactagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctctttctctgc 410  Q
    |||||| | | ||||||||||| ||| |  ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37534065 ttcaaagattggatttgtcatctaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttggtcctctctttctctgc 37533966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 128 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37436861 - 37436571
Alignment:
Q  128 catggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctttgc------taaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||  ||||||||||||||       |||     
T  37436861 catggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatctgaatggagtgaaaatgtcttcaattggagagagctctttgtcgttgttaac 37436762  T
Q  222 gaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttaccaaatcttcaaaaacta 321  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |     
T  37436761 gaatttgtcatcttctttggtttctcttagtctagcatccactcagttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaagattg 37436662  T
Q  322 gatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctctttctctgctt 412  Q
    ||||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||| |||||||    
T  37436661 gatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttgaacctccgtttatctgctt 37436571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 130 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37697939 - 37697651
Alignment:
Q  130 tggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctttg------ctaaaga 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||      |||||||    
T  37697939 tggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggatcttcatcttaatggagtgaacatgtcttcaatcggagagagctcattgtcaatgctaaaga 37697840  T
Q  224 atttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttaccaaatcttcaaaaactaga 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| | | ||    
T  37697839 atttgtcatcctctttggtttctcttagtctacgaaacactgtgttgcaaggaaatatatcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaagattgga 37697740  T
Q  324 tttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctctttctctgctt 412  Q
    ||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  37697739 tttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttagacctctcttacactgctt 37697651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 127 - 412
Target Start/End: Original strand, 37399817 - 37400108
Alignment:
Q  127 acatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctttg------ctaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||   ||| || |||||||  |||||||||||||||||      ||||    
T  37399817 acatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatattgtgaacatgtcttccctcagagagagctctttgtcaatgctaa 37399916  T
Q  221 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttaccaaatcttcaaaaact 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |    
T  37399917 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctatcagaaactgagttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaagatt 37400016  T
Q  321 agatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctctttctctgctt 412  Q
     ||||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  37400017 ggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttggtcctctcttcctctgctt 37400108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 127 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37712779 - 37712488
Alignment:
Q  127 acatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctttg------ctaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||   ||| || ||||||| ||||||||||||||||||      ||||    
T  37712779 acatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggaactttatttggataatgtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaa 37712680  T
Q  221 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttaccaaatcttcaaaaact 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |    
T  37712679 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctacgagacactgtgttgcaaggaaatatatcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaagatt 37712580  T
Q  321 agatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctctttctctgctt 412  Q
     ||||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  37712579 ggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttggtcctctcttcctctgctt 37712488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37641138 - 37640736
Alignment:
Q  13 tgttaccttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatcttaatagttattactggccggtggaacaaaaactca 112  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||  |||||   |||| | |   ||     | | |    
T  37641138 tgttacctcaatggtaatattccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagtta---ctggtccgaacaagtgggattga 37641042  T
Q  113 aactcaatatcttcacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctc 212  Q
    ||||||||   ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | |||||  ||||||| || |  ||||||||    
T  37641041 aactcaattcattcatttggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagtgtggatatgtcttccattacggagagctc 37640942  T
Q  213 tttg------ctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttacca 306  Q
    ||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |   ||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  37640941 tttgtcaatgctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctacgaaaaactgagttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacct 37640842  T
Q  307 aatcttcaaaaactagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctctttct 406  Q
    |||||||||| | | ||||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||| |    
T  37640841 aatcttcaaagattggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttgaacctccgtttat 37640742  T
Q  407 ctgctt 412  Q
    ||||||    
T  37640741 ctgctt 37640736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37595590 - 37595188
Alignment:
Q  13 tgttaccttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatcttaatagttattactggccggtggaacaaaaactca 112  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||  |||||   |||| | |  |||     | | |    
T  37595590 tgttacctcagtggtaatattccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagtta---ctggtccgaagaagtgggattga 37595494  T
Q  113 aactcaatatcttcacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctc 212  Q
    |||||||    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | |||||  ||||||| || |  ||||||||    
T  37595493 aactcaagtcattcatttggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagtgtggatatgtcttccattacggagagctc 37595394  T
Q  213 tttg------ctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttacca 306  Q
    ||||      ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||  |  |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  37595393 tttgtccatgctaaagaatttttcatcctctttggtttctcttcttctacgaaacactgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacct 37595294  T
Q  307 aatcttcaaaaactagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctctttct 406  Q
    |||||||||| | | ||||||||||  ||| |  ||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||  ||| |    
T  37595293 aatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaacttgagcactcctctaaggtacttgaacctccgtttat 37595194  T
Q  407 ctgctt 412  Q
    ||||||    
T  37595193 ctgctt 37595188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 127 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37703823 - 37703532
Alignment:
Q  127 acatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctttg------ctaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | |||||  ||||||| || |  |||||||| |||      ||||    
T  37703823 acatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagcttcatttgaatagtgtggatatgtcttccattacggagagctcattgtcaatgctaa 37703724  T
Q  221 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttaccaaatcttcaaaaact 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |    
T  37703723 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctatcagaaactgagttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatcttcaaagatt 37703624  T
Q  321 agatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctctttctctgctt 412  Q
     ||||||||||  ||| |  ||||| ||||| |||||||||  |||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  37703623 ggatttgtcattcaattataaccttagtggtcaacttccaaaatccaactggagctctcctctaagatacttgaacctctcttcctctgctt 37703532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 37430010 - 37429616
Alignment:
Q  20 ttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatcttaatagttat---tactggccggtggaacaaaaactcaaact 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||    ||||||| |||||| ||||    
T  37430010 ttagtggtaatatttcctccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagttatagttactggaacatggaacagaaactcgaact 37429911  T
Q  117 caatatcttcacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctttg 216  Q
       |    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||   |||||  | |||| |||||||||||| ||||||    
T  37429910 tggtccactcacatggaagaaactcattcttaatgctactaatttaagggagcttcatttgaatactgtggatatatctttaatcagagagagatctttg 37429811  T
Q  217 ------ctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaag----taacatcctctctttacca 306  Q
          |||| |||||| || |||||||||||  |||||  |||| ||  |||||| ||||||| |||| |  ||||    | |||||||||||||||||    
T  37429810 tcgctgctaaggaatttatcgtcctctttggtcgctcttgatctatcaatcactggcttgcaagaaaattttccaagctagtgacatcctctctttacca 37429711  T
Q  307 aatcttcaaaaactagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctc 401  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |  ||| | |||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37429710 aatcttcaagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctc 37429616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 23 - 402
Target Start/End: Original strand, 37381239 - 37381621
Alignment:
Q  23 gtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatcttaatagttattac---tggccggtggaacaaaaactcaaactcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |  ||||||||    ||||   ||| |       | ||||||||    
T  37381239 gtggtaatattccctccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatctcagcagttattatgattggcatatgggat------tgaaactcaa 37381332  T
Q  120 tatcttcacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctcttt---- 215  Q
    |   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |   | | ||| || |||| || || |||| |||||||||        
T  37381333 tccattgacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttctttaggttgtgtgaacatgtcctctattagagcgagctctttatct 37381432  T
Q  216 --gctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttaccaaatcttc 313  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |    
T  37381433 atgctaaagaatttgtcatcctctttggtttctcttggtctaggagaaactgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatcctctctttacctaatctcc 37381532  T
Q  314 aaaaactagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctct 402  Q
    ||| ||||||||| ||||| ||| || | ||  |  || ||||||| |  |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  37381533 aaacactagatttatcatctaataaatatctgagcagtcaacttccgaaatccaactggagcactcctttgaggtacttggacctctct 37381621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 26 - 305
Target Start/End: Original strand, 37412221 - 37412503
Alignment:
Q  26 gtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatcttaatagttattactggccggtggaacaaaaactcaaactcaatatctt 125  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||  ||| |   |||     |||| ||||||||||||||  ||  |||    
T  37412221 gtaatattccttccacaatctctcacttgtcaaaattagtatcacttgatcttagcagtaa---ctgatacatggatcaaaaactcaaacttgatccctt 37412317  T
Q  126 cacatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctt------tgcta 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| | |||||| | || ||  ||||||| ||||||||||  ||||      |||||    
T  37412318 cacatggaaggaactcattcataatgttacaaatttaagcgagcttcatctgaatagtgttgatatgtcttccatcagagagaattctttgtcgctgcta 37412417  T
Q  220 aagaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttacc 305  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    |||| | |||||||||||| |  ||||| |||| | |||||||||    
T  37412418 aagaatttgtcatcctctctggtctctcttagtctagggaacactagtttgcaaggaaatttagcaagtgacattccctctttacc 37412503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 37698053 - 37697987
Alignment:
Q  13 tgttaccttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatctta 79  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  37698053 tgttacctcaatggtaatattccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatctta 37697987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 37712884 - 37712818
Alignment:
Q  13 tgttaccttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatctta 79  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  37712884 tgttacctcaatggtaatattccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatctta 37712818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 37825155 - 37825091
Alignment:
Q  13 tgttaccttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatct 77  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  37825155 tgttacctcaatggtaatattccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatct 37825091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 79
Target Start/End: Original strand, 37399732 - 37399787
Alignment:
Q  24 tggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatctta 79  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  37399732 tggtaatattccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatctta 37399787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 352 - 404
Target Start/End: Original strand, 37412512 - 37412564
Alignment:
Q  352 aaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctcttt 404  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  37412512 aaacttccaatgttcaactggagcactcctctaaggtacttggatctctcttt 37412564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 37436962 - 37436894
Alignment:
Q  12 ctgttaccttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatcttaa 80  Q
    |||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||    
T  37436962 ctgtgacctcagtggtaatattccttccaaaatctctcatttgtcaaaattagtatcccttgatcttaa 37436894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 37703916 - 37703862
Alignment:
Q  25 ggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatctta 79  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || | |||||||||||||    
T  37703916 ggtaatactccctccacaatctctcatttgtcaaaattaatatcacttgatctta 37703862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 127 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 14554193 - 14553902
Alignment:
Q  127 acatggaagaaactcattcataatgctactaatttaagggagctttacctgaatggagtggacctgtcttcaatcagagagagctctttg------ctaa 220  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||      ||||    
T  14554193 acatggaataaactcattcataatgctactaatttaagggatctttatctgaatggagtgaacatgtcttccatcagagagagctctttgtcaatgctaa 14554094  T
Q  221 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcatccactggattgcaaggaaatatgtcaagtaacatcctctctttaccaaatcttcaaaaact 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  14554093 agaatttgtcatcctctttggtttctcttagtctagcaaacaccgggttgcaaggaaatttgtcaagtgacatactctctttgccaaatcttcaaaaact 14553994  T
Q  321 agatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaacttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttggacctctctttctctgctt 412  Q
    |||||||  |   ||| | |  ||| ||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||  || ||||||||    
T  14553993 agatttggtaggtaatgatggtcttagtggtcaacttccaaaatccaactggagtactcctctaaggtacttgtacctccattactctgctt 14553902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 13 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 14554292 - 14554226
Alignment:
Q  13 tgttaccttagtggtaatattccctccacaatctctcagttgtcaaaactagtgtcacttgatctta 79  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  14554292 tgttaccttagtggtaatattccttccacaatctctcatttgtcaaaattagtatcacttgatctta 14554226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University