View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10179_low_42 (Length: 322)

Name: NF10179_low_42
Description: NF10179
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10179_low_42
NF10179_low_42
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (100-245)||(13182168-13182313)
chr1 (17-225)||(40050754-40050962)
chr1 (1-98)||(13181505-13181602)
chr1 (17-225)||(35637071-35637279)
chr1 (135-225)||(7127880-7127970)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (17-288)||(29848019-29848290)
chr5 (20-209)||(8708615-8708804)
chr5 (26-225)||(33091506-33091703)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (17-225)||(41267424-41267632)
chr3 (17-225)||(48305122-48305330)
chr3 (20-235)||(27234267-27234480)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-225)||(14462633-14462841)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (20-235)||(4169650-4169858)
chr7 (165-288)||(36358710-36358834)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 100 - 245
Target Start/End: Original strand, 13182168 - 13182313
Alignment:
Q  100 taagtctcttatgaatgattttggtagtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaat 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||| ||||||| |||||||    
T  13182168 taagtctcttatgaatgaatttggtagtgtgtcggttaactatgtttctagaaatttaaatgagcttgctcataagcttgttggctatgctacgcaaaat 13182267  T
Q  200 ggttgtaattcatggaatggatatgccttccctactactgtatcca 245  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13182268 ggttgtaattcctggaatggatatgccttccctactactgtatcca 13182313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Original strand, 40050754 - 40050962
Alignment:
Q  17 atccaatccgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgactgtaagtctcttatgaatg 116  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||||   || ||||||   ||||||||||    
T  40050754 atccaatctgatgctcttgctgttgttgagtgttttagagggtcaaattcacttgcttgtattgctttgataattctagattgtaaggtacttatgaatg 40050853  T
Q  117 attttggtagtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaattcatggaa 216  Q
    | ||   |||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||   |||| ||||| || ||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  40050854 aattcaatagtgtgtctattaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggctatgctatgcaagttggttgtaagtcatggaa 40050953  T
Q  217 tggatatgc 225  Q
    |||||||||    
T  40050954 tggatatgc 40050962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Original strand, 13181505 - 13181602
Alignment:
Q  1 tcttcatgaatttagaatccaatccgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgact 98  Q
    ||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||    
T  13181505 tcttcttgattttagaatccaatttgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtattgatttgataattgctgact 13181602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 35637279 - 35637071
Alignment:
Q  17 atccaatccgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgactgtaagtctcttatgaatg 116  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||||   || ||||||   ||||||||||    
T  35637279 atccaatctgatgctcttgctgttgttgagtgttttagagggtcaaattcacttgcttgtattgctttgataattctagattgtaaggtacttatgaatg 35637180  T
Q  117 attttggtagtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaattcatggaa 216  Q
    | ||   |||| ||||| |||| |||||||||||| || ||||||   |||| ||||| || ||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  35637179 aattcaatagtatgtctattaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggctatgctatgcaagttggttgtaagtcatggaa 35637080  T
Q  217 tggatatgc 225  Q
    || ||||||    
T  35637079 tgaatatgc 35637071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 135 - 225
Target Start/End: Original strand, 7127880 - 7127970
Alignment:
Q  135 ttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaattcatggaatggatatgc 225  Q
    |||| |||||||||||| || ||||||   |||| ||||| || ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  7127880 ttaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggatatgctatgcaagttggttgtaagtcatggaatgaatatgc 7127970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 288
Target Start/End: Original strand, 29848019 - 29848290
Alignment:
Q  17 atccaatccgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgactgtaagtctcttatgaatg 116  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||| |  |||||||||   || |||||| | |||||| |||    
T  29848019 atccaatctgatgcacttgctgttgttgagtgttttagagggtcaaattcacatgcttgtattgctttgataattctagattgtaaggcacttatggatg 29848118  T
Q  117 attttggtagtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaattcatggaa 216  Q
    | |||   ||||||||  ||   ||| |||||||| |||||||||   |||| ||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||    
T  29848119 aatttaacagtgtgtccattgtttatatttctagagatttaaatgctttagcacataggcttgttggctatgctatgcaatatggttgtaagtcctggaa 29848218  T
Q  217 tggatatgccttccctactactgtatccaacactgattgtatctcttcttttatctaatgaagatgtttgaa 288  Q
    |||||||||||| |||  ||||| | | |  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29848219 tggatatgcctttcctgttactgcaactagtactgattgtaactcttctattatctaatgaagatgtttgaa 29848290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 8708804 - 8708615
Alignment:
Q  20 caatccgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgactgtaagtctcttatgaatgatt 119  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||| || || ||||||||| |||| || |||||| |   ||| |||||| | |||| | | ||||    
T  8708804 caatctgatgctcttgttgttgttgagtgttttagaggttctaactctcttgctagtattgatttgatagtctttgattgtaaggcccttacggaagatt 8708705  T
Q  120 ttggtagtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaatt 209  Q
    || ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||| |||||  |||||||||||  |||||| ||||    
T  8708704 ttagtagtgtatctgttaactatgtttgtagaaacttaaatgttctagctcatagacttgttggccatgctatgcaagctggttgcaatt 8708615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 26 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 33091703 - 33091506
Alignment:
Q  26 gatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgactgtaagtctcttatgaatgattttggta 125  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||| ||   || ||||||   ||||||||||| |||  ||    
T  33091703 gatgctcttgctgttgttgagtgttgtagagggtcaaattcacttgcttgtattgctttgatatttctagattgtaaggtacttatgaatgaatttaata 33091604  T
Q  126 gtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaattcatggaatggatatgc 225  Q
    ||||||| |||||   |||||||||| |||||||||   ||||  ||||  | ||||| |||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||    
T  33091603 gtgtgtcagttaa--ttgtttctagagatttaaatggattagcatataggtttgttggctatgttatgcaagttggttgtaagtcatggaatggatatgc 33091506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 41267632 - 41267424
Alignment:
Q  17 atccaatccgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgactgtaagtctcttatgaatg 116  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||||   || ||||||   ||||||||||    
T  41267632 atccaatctgatgctcttgctgttgttgagtgttttagagggtcaaattcacttgcttgtattgctttgataattctagattgtaaggtacttatgaatg 41267533  T
Q  117 attttggtagtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaattcatggaa 216  Q
    | ||   |||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||   |||| ||||| || ||||| ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  41267532 aattcaatagtgtgtctattaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggctatactatgcaagttggttgtaagtcatggaa 41267433  T
Q  217 tggatatgc 225  Q
    |||||||||    
T  41267432 tggatatgc 41267424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 48305330 - 48305122
Alignment:
Q  17 atccaatccgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgactgtaagtctcttatgaatg 116  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||  |||||||  ||||||||||| |  |||||||||   || ||||||   ||||||||||    
T  48305330 atccaatctgatgctcttgctgttgttgagtgttgtagagcgtcaaatttacttgcttgtattgctttgataattctagattgtaaggtacttatgaatg 48305231  T
Q  117 attttggtagtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaattcatggaa 216  Q
    | ||   |||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||   |||| ||||| || ||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  48305230 aattcaatagtgtgtctattaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggctatgctatgcaagttggttgtaagtcatggaa 48305131  T
Q  217 tggatatgc 225  Q
    |||||||||    
T  48305130 tggatatgc 48305122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 235
Target Start/End: Original strand, 27234267 - 27234480
Alignment:
Q  20 caatccgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgactgtaagtctcttatgaatgatt 119  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||  | ||||| ||||||||| |||| || || ||| |    || |||||| | |||||| | ||||    
T  27234267 caatctgatgctcttgctgttgttgagtgttttag--gttcaaactctcttgctagtattgatttaatagtcttagattgtaaggcccttatggaagatt 27234364  T
Q  120 ttggtagtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaattcatggaatgg 219  Q
    || |||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||||  |||||||||||||| |||||  |||||||||||  | |||| ||||| |||   ||    
T  27234365 ttagtagcgtgtctgttaactacgtttgtagaaacttaaatgttctagctcatagacttgttggccatgctatgcaagctagttgcaattcctgggtagg 27234464  T
Q  220 atatgccttccctact 235  Q
    ||||||||| ||||||    
T  27234465 atatgcctttcctact 27234480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 14462841 - 14462633
Alignment:
Q  17 atccaatccgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgactgtaagtctcttatgaatg 116  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||| |  |||||||||   || ||||||   ||||||||||    
T  14462841 atccaatctgatgctcttgctgttgttgagtgttttagagggtcaaattcacttgcttatattgctttgataattctagattgtaaggtacttatgaatg 14462742  T
Q  117 attttggtagtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaattcatggaa 216  Q
    | ||   |||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||   |||| ||||| || ||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  14462741 aattcaatagtgtgtctattaattatgtttctagagatctaaatgcattagcacataggcttgttggctatgctatgcaagttggttgtaagtcatggaa 14462642  T
Q  217 tggatatgc 225  Q
    |||||||||    
T  14462641 tggatatgc 14462633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 20 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4169858 - 4169650
Alignment:
Q  20 caatccgatgctcttgctgtagttgagtgctttagaggctcaaattctcttgcttgtatagacttgataattggtgactgtaagtctcttatgaatgatt 119  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||| || || ||||||||| |||| || |||||| |    || |||||| | |||||||| ||||    
T  4169858 caatctgatgctcttgctgttgttaagtgttttagaggttctaactctcttgctagtattgatttgatagtcttagattgtaaggcccttatgaaagatt 4169759  T
Q  120 ttggtagtgtgtctgttaactatgtttctagaaatttaaatgagctagctcatagactagttggatatgctatgcaaaatggttgtaattcatggaatgg 219  Q
    || |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||       |||||||||||| |||||  |||||||||||  |||||| ||||| |||   ||    
T  4169758 ttagtagtgtgtctgctaactatgtttgtagaaacttaa-------agctcatagacttgttggccatgctatgcaagctggttgcaattcctgggtagg 4169666  T
Q  220 atatgccttccctact 235  Q
    ||||||||| ||||||    
T  4169665 atatgcctttcctact 4169650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 165 - 288
Target Start/End: Original strand, 36358710 - 36358834
Alignment:
Q  165 tagctcatagactagttggatatgctatgcaaa-atggttgtaattcatggaatggatatgccttccctactactgtatccaacactgattgtatctctt 263  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||  || |  | | |  | |||||||| |||||    
T  36358710 tagcacataggcttgttggctatgctatgcaaatatggttgtaagtcttggaatggatatgcctttcctgttagtacaactagtattgattgtaactctt 36358809  T
Q  264 cttttatctaatgaagatgtttgaa 288  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  36358810 ctattatctaatgaagatgtttgaa 36358834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University