View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10179_low_60 (Length: 285)

Name: NF10179_low_60
Description: NF10179
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10179_low_60
NF10179_low_60
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (10-233)||(49981-50204)
[»] chr3 (29 HSPs)
chr3 (69-260)||(10363944-10364135)
chr3 (75-285)||(9838599-9838809)
chr3 (75-285)||(9849477-9849687)
chr3 (32-284)||(11768926-11769181)
chr3 (16-260)||(10088466-10088713)
chr3 (16-260)||(10195349-10195596)
chr3 (10-263)||(10375988-10376244)
chr3 (16-284)||(10434166-10434437)
chr3 (16-284)||(10580277-10580548)
chr3 (184-284)||(10126775-10126875)
chr3 (184-284)||(10184089-10184189)
chr3 (184-284)||(10663373-10663473)
chr3 (184-279)||(10260545-10260640)
chr3 (74-263)||(10889043-10889232)
chr3 (184-284)||(10031850-10031950)
chr3 (42-263)||(11131169-11131393)
chr3 (69-263)||(11160160-11160354)
chr3 (74-263)||(8861023-8861212)
chr3 (16-263)||(10076942-10077195)
chr3 (74-263)||(11148997-11149186)
chr3 (42-241)||(13332606-13332808)
chr3 (42-233)||(13160682-13160876)
chr3 (169-239)||(10500385-10500455)
chr3 (42-241)||(13170733-13170935)
chr3 (170-239)||(10527168-10527237)
chr3 (42-241)||(13289367-13289569)
chr3 (69-241)||(13343821-13343993)
chr3 (177-239)||(11782173-11782235)
chr3 (177-239)||(10517301-10517363)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-284)||(26906573-26906844)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (42-227)||(44957888-44958076)
chr8 (169-227)||(11484846-11484904)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (42-241)||(146104-146306)
scaffold0002 (42-241)||(136053-136255)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (53-263)||(31679876-31680089)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (169-233)||(17853120-17853184)


Alignment Details
Target: scaffold0083 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 10 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 50204 - 49981
Alignment:
Q  10 gcaaaggctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttctttccatctccttttaaaaactatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaa 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50204 gcaaaagctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttcttttcatcttcttttaaaaactatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaa 50105  T
Q  110 gcctgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatc 209  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50104 gcctgcaactttttgaaaaaagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatc 50005  T
Q  210 tgtcatggtgggtaggaaggatga 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  50004 tgtcatggtgggtaggaaggatga 49981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 29)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 69 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 10364135 - 10363944
Alignment:
Q  69 ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagg 168  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10364135 ctatagagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaacattttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagg 10364036  T
Q  169 gtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgct 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10364035 gtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgct 10363944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 75 - 285
Target Start/End: Original strand, 9838599 - 9838809
Alignment:
Q  75 agagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttca 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | |||  |||||||||||| ||||||||||||||||  | || |||||     
T  9838599 agagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttct 9838698  T
Q  175 cgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagaca 274  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9838699 cgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagaca 9838798  T
Q  275 caacccataac 285  Q
    |||||||||||    
T  9838799 caacccataac 9838809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 75 - 285
Target Start/End: Original strand, 9849477 - 9849687
Alignment:
Q  75 agagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttca 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | |||  |||||||||||| ||||||||||||||||  | || |||||     
T  9849477 agagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttct 9849576  T
Q  175 cgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagaca 274  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9849577 cgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagaca 9849676  T
Q  275 caacccataac 285  Q
    |||||||||||    
T  9849677 caacccataac 9849687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 32 - 284
Target Start/End: Original strand, 11768926 - 11769181
Alignment:
Q  32 atcaggtgatgaacttctttccatctccttttaaaaac---tatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaa 128  Q
    ||||||||  ||||||  || |||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  11768926 atcaggtgtggaacttactttcatccccttttaaaaacatctatggagagatcaattcccatatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgcaca 11769025  T
Q  129 gagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaag 228  Q
     |  ||||||||| |  ||||||||||||||||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11769026 aaataaagatatattaggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatagtgggtaggaag 11769125  T
Q  229 gatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataa 284  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  11769126 aatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagagacacaatccataa 11769181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 16 - 260
Target Start/End: Original strand, 10088466 - 10088713
Alignment:
Q  16 gctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttctttccatctccttttaaaaact---atggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcc 112  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||   |  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||     
T  10088466 gctcaaaacaaaagttatcaggtgatgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacagagagatcaattctcaaatgaagatcatgtgtgaaagct 10088565  T
Q  113 tgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgt 212  Q
    ||||| | |||| | |||  |||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10088566 tgcaattgtttgcacagaataaagatatacttggtctgcaaactaaaatcgcaagggtttcacatagaactccttcaagttcggtggtaaatgaatctgt 10088665  T
Q  213 catggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgct 260  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10088666 catggtgggtaggaaggatgataaagagacaataatgaacatgttgct 10088713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 16 - 260
Target Start/End: Original strand, 10195349 - 10195596
Alignment:
Q  16 gctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttctttccatctccttttaaaaact---atggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcc 112  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||   |  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||     
T  10195349 gctcaaaacaaaagttatcaggtgatgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacagagagatcaattctcaaatgaagatcatgtgtgaaagct 10195448  T
Q  113 tgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgt 212  Q
    ||||| | |||| | |||  |||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10195449 tgcaattgtttgcacagaataaagatatacttggtctgcaaactaaaaacgcaagggtttcacatagaactccttcaagttcagtggtaaatgaatctgt 10195548  T
Q  213 catggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgct 260  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10195549 catggtgggtagaaaggatgataaagagacaataatgaacatgttgct 10195596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 10 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 10376244 - 10375988
Alignment:
Q  10 gcaaaggctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttctttccatctccttttaaaaact---atggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtg 106  Q
    ||||| ||||||| ||||| | |||||||| |||||||| || | ||||||||||| | ||   |  ||||||||||||| || |||||| |||||||||    
T  10376244 gcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgtg 10376145  T
Q  107 aaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatga 206  Q
    | ||||||||| | |||| | ||   |||||||||||| || |||||||||||||    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10376144 atagcctgcaattctttgcacagtataaagatatacttggtctgcaaactaaaagtggtagagtttctcgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatga 10376045  T
Q  207 atctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatc 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  10376044 atctgtcatggtgggtaggaaggatgataaagacactataatgaacatgttgctatc 10375988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10434437 - 10434166
Alignment:
Q  16 gctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttctttccatctccttttaaaaa---ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcc 112  Q
    ||||||| ||||| | |||||||| |||||||| || ||||||||||||| |    |||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||     
T  10434437 gctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcatctccttttaatagtttctacagagagatcaattctcaaatgaagatcatgtgtgaaagct 10434338  T
Q  113 tgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgt 212  Q
    |||||||||||| | |||  |||||||||||| || ||||||| |||||    || ||||| | |||||  ||||||||||| ||||| ||||||||| |    
T  10434337 tgcaactttttgcacagaataaagatatacttggtctgcaaaccaaaagtgggagagtttctcatagaaatccttcaagttctgtggtcaatgaatcttt 10434238  T
Q  213 catggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataa 284  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||    
T  10434237 catggttggaaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagaaacacaactcataa 10434166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 284
Target Start/End: Original strand, 10580277 - 10580548
Alignment:
Q  16 gctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttctttccatctccttttaaaa---actatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcc 112  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||  ||||||| || | ||||||||||| |    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10580277 gctcaaaacaaaactaatcaggtgtggaacttcctttcttctccttttaatagcttctatagagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaaacc 10580376  T
Q  113 tgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgt 212  Q
    ||||| | |||| |||    |||||| | ||| ||||||||||||| ||  | || ||||| | | |||| ||||||||||| ||| | || ||||||||    
T  10580377 tgcaattgtttgcaaatcataaagatgtccttggtttgcaaactaagagtgctagagtttctcatggaactccttcaagttctgtgtttaacgaatctgt 10580476  T
Q  213 catggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||    
T  10580477 catggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagaaacacaatccataa 10580548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 184 - 284
Target Start/End: Original strand, 10126775 - 10126875
Alignment:
Q  184 ccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccata 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  10126775 ccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcagagagacacatcccata 10126874  T
Q  284 a 284  Q
    |    
T  10126875 a 10126875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 184 - 284
Target Start/End: Original strand, 10184089 - 10184189
Alignment:
Q  184 ccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccata 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  10184089 ccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctgtcacagagagacacaacccata 10184188  T
Q  284 a 284  Q
    |    
T  10184189 a 10184189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 184 - 284
Target Start/End: Original strand, 10663373 - 10663473
Alignment:
Q  184 ccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccata 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  10663373 ccttcaagttcagtggtaaatgaatctctcatggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagagacacaacccata 10663472  T
Q  284 a 284  Q
    |    
T  10663473 a 10663473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 184 - 279
Target Start/End: Original strand, 10260545 - 10260640
Alignment:
Q  184 ccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacc 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  10260545 ccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagagaaacaacc 10260640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 74 - 263
Target Start/End: Original strand, 10889043 - 10889232
Alignment:
Q  74 gagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttc 173  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||| | |    |||||||| ||| |||||||||||||||     |  |||||    
T  10889043 gagagatcaattcccaaatgaagatcatgtgtaatagcttgcaactttttgcacaacataaagatatccttggtttgcaaactaaaattggtaaagtttc 10889142  T
Q  174 acgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatc 263  Q
     |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10889143 tcgtagaaccccttcaagttcagtagttaatgaatctgtcatggttggtagaaatgatgataaagagacaataatgaacatgttgctatc 10889232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 184 - 284
Target Start/End: Original strand, 10031850 - 10031950
Alignment:
Q  184 ccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccata 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || ||||||    
T  10031850 ccttcaagttcagtggtaaatgaatctctcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagagacgcatcccata 10031949  T
Q  284 a 284  Q
    |    
T  10031950 a 10031950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 11131393 - 11131169
Alignment:
Q  42 gaacttctttccatctccttttaaaaac---tatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagat 138  Q
    ||||||| || | |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| | ||||||| |||||| | | |  ||||||    
T  11131393 gaacttcctttcttctccttttaaaaacatctatggagagatcaattcccaaattaagaccatgtgtgacaacctgcaaatttttgcacaaaacaaagat 11131294  T
Q  139 atacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaag 238  Q
    || ||| |||| |||||||||||  | ||  |||  | |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  11131293 atccttggtttacaaactaaaagtgctagaattttccatagaacaccttctagttctgtggttaatgaatcattcatggttggtagaaaggatgacaaag 11131194  T
Q  239 agacaataatgaacatgttgctatc 263  Q
    ||||||||| |||||||||||||||    
T  11131193 agacaataacgaacatgttgctatc 11131169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 69 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 11160354 - 11160160
Alignment:
Q  69 ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagg 168  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| | | |    |||||||| ||| ||||||||| |||||     |      
T  11160354 ctatagagagatcaattcccaaatgaagatcatgtgtgatagcttgcaacttttcgcacaacataaagatatccttggtttgcaaagtaaaattggtaaa 11160255  T
Q  169 gtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatc 263  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11160254 gtttctcgtagaaccccttcaagttcagtagttaatgcatctgtcatggttggtagaaatgatgataaagagacaataatgaacatgttgctatc 11160160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 74 - 263
Target Start/End: Original strand, 8861023 - 8861212
Alignment:
Q  74 gagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttc 173  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| | | |    |||||||| ||| |||||||||||||||     |  |||||    
T  8861023 gagagatcaattcccaaatgaagatcatgtgtgatagcttgcaaattttcgcacaacataaagatatccttggtttgcaaactaaaattggtaaagtttc 8861122  T
Q  174 acgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatc 263  Q
     |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8861123 tcgtagaaccccttcaagttcagtagttaatgaatctgtcatggttggtagaaatgatgataaagagacagtaatgaacatgttgctatc 8861212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Original strand, 10076942 - 10077195
Alignment:
Q  16 gctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttctttccatctccttttaaaaact---atggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcc 112  Q
    ||||||| ||||| | |||||||| |||||||| || ||||||||||||| | ||   |   |||||||||||| || | ||||||||||||||||||      
T  10076942 gctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacaaagagatcaattctcaaacgaagatcatgtgtgaaaggt 10077041  T
Q  113 tgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggt---ttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatc 209  Q
    ||||| | |||| | |||  |||||| ||||| || ||||||||||||   | || ||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10077042 tgcaattgtttgcacagaataaagatgtacttggtctgcaaactaaaattgctagagtaatttctcgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatc 10077141  T
Q  210 tgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatc 263  Q
    ||  ||||| |||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10077142 tgagatggttggtatggagcgtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatc 10077195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 74 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 11149186 - 11148997
Alignment:
Q  74 gagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttc 173  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||| |||||| | | |  |||||||| ||| ||||||||||||||||  | ||  |||     
T  11149186 gagagatcaattcccaaatgaagaccatgtgtgacaacctgcaaatttttgcacaaaacaaagatatccttggtttgcaaactaaaagtgctagaatttt 11149087  T
Q  174 acgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatc 263  Q
     | |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  11149086 ccatagaacaccttctagttctgtggttaatgaatcattcatggttggtagaaaggatgacaaagagataataacgaacatgttgctatc 11148997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 42 - 241
Target Start/End: Original strand, 13332606 - 13332808
Alignment:
Q  42 gaacttctttccatctccttttaaaaa---ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaa-aagagaaaaga 137  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||   |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||| | || ||| | ||    
T  13332606 gaacctcttttcgtctccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcaactttttgcacaacagaga-ga 13332704  T
Q  138 tatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaa 237  Q
    ||| ||| | |||||||||   ||| | || ||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  13332705 tattcttggcttgcaaactgtgagcgcgagagtttctcttagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaa 13332804  T
Q  238 gaga 241  Q
    ||||    
T  13332805 gaga 13332808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 233
Target Start/End: Original strand, 13160682 - 13160876
Alignment:
Q  42 gaacttctttccatctccttttaaaaa---ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagat 138  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||| | |   || ||||    
T  13160682 gaacctcttttcatctccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcaactttttgcacaacaaagagat 13160781  T
Q  139 atacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatga 233  Q
    || ||| | |||||||||   ||| | || ||||| |  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  13160782 atccttggcttgcaaactgtgagcgcgagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatga 13160876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 169 - 239
Target Start/End: Original strand, 10500385 - 10500455
Alignment:
Q  169 gtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaaga 239  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  10500385 gtttctcgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaatgatgataaaga 10500455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 241
Target Start/End: Original strand, 13170733 - 13170935
Alignment:
Q  42 gaacttctttccatctccttttaaaaa---ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttg-aaaagagaaaaga 137  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||| | || || | |||    
T  13170733 gaacctcttttcatgtccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcaactttttgcacaacag-agaga 13170831  T
Q  138 tatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaa 237  Q
    ||| ||| | |||||||||   |||   || ||||| |  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||    
T  13170832 tatccttggcttgcaaactgtgagcgggagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggaaggaaggatgataaa 13170931  T
Q  238 gaga 241  Q
    ||||    
T  13170932 gaga 13170935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 170 - 239
Target Start/End: Original strand, 10527168 - 10527237
Alignment:
Q  170 tttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaaga 239  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  10527168 tttctcgtagaaccccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcattgtgggtaggaatgatgataaaga 10527237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 42 - 241
Target Start/End: Original strand, 13289367 - 13289569
Alignment:
Q  42 gaacttctttccatctccttttaaaaa---ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaa-aagagaaaaga 137  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||    |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||| ||||| ||||||| | || ||| | ||    
T  13289367 gaacctcttttcatctccttttaaaactctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcagctttttgcacaacagaga-ga 13289465  T
Q  138 tatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaa 237  Q
    ||| ||| | |||||||||   ||    || ||||| | |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  13289466 tatccttggcttgcaaactgtgagagggagagtttctcttagaacgccttcaagttcaatggtaaataaatctgttatggttggtaggaaggatgataaa 13289565  T
Q  238 gaga 241  Q
    ||||    
T  13289566 gaga 13289569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 69 - 241
Target Start/End: Original strand, 13343821 - 13343993
Alignment:
Q  69 ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaa-aagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaag 167  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||| |||||  |||||| | || ||| | ||||| ||| | |||||||||   |||   ||    
T  13343821 ctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcagatttttgcacaacagaga-gatatccttggcttgcaaactgtgagcgggag 13343919  T
Q  168 ggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagaga 241  Q
     ||||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  13343920 agtttctctaagaacaccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagaga 13343993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 177 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 11782235 - 11782173
Alignment:
Q  177 tagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaaga 239  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||| ||||| |||||    
T  11782235 tagaaccccttcaagttcagtgctaaatcaatctgacgtggtgggtaggaatgatgataaaga 11782173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 177 - 239
Target Start/End: Original strand, 10517301 - 10517363
Alignment:
Q  177 tagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaaga 239  Q
    |||||| | ||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||    
T  10517301 tagaaccctttcaagttcggtgctaaatgaatctgacgtggtgggtaggaatgatgataaaga 10517363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 284
Target Start/End: Original strand, 26906573 - 26906844
Alignment:
Q  16 gctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttctttccatctccttttaaaaact---atggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcc 112  Q
    ||||||| ||||| | |||||||| |||||||| || ||||||||||||| | ||   |  ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  26906573 gctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacagagagatcaattctcaaatgaagataatgtgtgaaagcc 26906672  T
Q  113 tgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgt 212  Q
    ||||| | |||| | |    |||||||| ||| ||||||||||||||||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26906673 tgcaattgtttgcacaacataaagatatccttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgt 26906772  T
Q  213 catggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataa 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||    
T  26906773 catggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaatatgttgctatcagagagagacacaacccataa 26906844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 42 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 44958076 - 44957888
Alignment:
Q  42 gaacttctttccatctccttttaaaaact---atggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagat 138  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||   |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||||||||| | ||   ||||||    
T  44958076 gaacttcctttcatctccttttaaaaacttctatggagagatcaattctcaaatgaagattatgtgtgaatccctgcaactttttgcacagcataaagat 44957977  T
Q  139 atacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaa 227  Q
    ||| || ||||| ||||||||||  | || ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||| |||||    
T  44957976 ataattggtttggaaactaaaagtgctagagtttctcatagaacaccttcaagttcaggggttaatgaatctattatggtgggcaggaa 44957888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 169 - 227
Target Start/End: Original strand, 11484846 - 11484904
Alignment:
Q  169 gtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaa 227  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  11484846 gtttctcgtagaacaccatcaagttcagtggtgaatgaatctgttatggtgggaaggaa 11484904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 42 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 146306 - 146104
Alignment:
Q  42 gaacttctttccatctccttttaaaaa---ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaa-aagagaaaaga 137  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||| | || ||| | ||    
T  146306 gaacctcttttcatctccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcaactttttgcacaacagaga-ga 146208  T
Q  138 tatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaa 237  Q
    ||| ||| | |||||||||   |||   || ||||| |  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  146207 tatccttggcttgcaaactgtgagcgggagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaa 146108  T
Q  238 gaga 241  Q
    ||||    
T  146107 gaga 146104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 136255 - 136053
Alignment:
Q  42 gaacttctttccatctccttttaaaaa---ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaa-aagagaaaaga 137  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||| | || ||| | ||    
T  136255 gaacctcttttcatgtccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcaactttttgcacaacagaga-ga 136157  T
Q  138 tatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaa 237  Q
    ||| ||| | |||||||||   |||   || ||||| |  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||    
T  136156 tatccttggcttgcaaactgtgagcgggagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggaaggaaggatgataaa 136057  T
Q  238 gaga 241  Q
    ||||    
T  136056 gaga 136053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 53 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 31680089 - 31679876
Alignment:
Q  53 catctccttttaaaaact---atggagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaagagaaaagatatacttcgttt 149  Q
    ||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| |||||||  |||  |||||| || |||||||||| | |   ||||||||| ||| | ||    
T  31680089 catctccttttcaaaacttgtatggagagatcaattcccaaatgaagagtatgattgaaaggctccaactttttgcacaacaaaaagatatccttgggtt 31679990  T
Q  150 gcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatg 249  Q
    |||||||  |||    |||||||  | ||||||||||||||||||| | ||| || ||||| ||||||| |||||||||  ||| ||||||| | |||      
T  31679989 gcaaactgtaagtggtagggtttttcttagaacaccttcaagttcactagtagatcaatctttcatggttggtaggaagagtgataaagagaaactaact 31679890  T
Q  250 aacatgttgctatc 263  Q
    || |||||||||||    
T  31679889 aatatgttgctatc 31679876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 169 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 17853184 - 17853120
Alignment:
Q  169 gtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatga 233  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  17853184 gtttctcgtagaaccccttcaagttccgtggtaaatgaatctgtcatggtaggaaggaatgatga 17853120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University