View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10188_high_1 (Length: 664)

Name: NF10188_high_1
Description: NF10188
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10188_high_1
NF10188_high_1
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (224-649)||(34241115-34241538)
chr5 (248-649)||(34233342-34233743)
chr5 (249-626)||(42122614-42122998)
chr5 (269-649)||(42116871-42117273)
chr5 (291-649)||(42128052-42128415)
chr5 (15-179)||(34241583-34241747)
chr5 (308-637)||(41618219-41618549)
chr5 (286-637)||(41572580-41572929)
chr5 (249-551)||(41714170-41714465)
chr5 (591-649)||(41714107-41714165)
chr5 (129-179)||(34234338-34234388)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (249-649)||(11994950-11995353)
chr2 (284-649)||(12247609-12247980)
chr2 (397-511)||(32682381-32682495)
chr2 (427-649)||(9423283-9423506)
chr2 (281-343)||(32682495-32682557)
chr2 (535-570)||(32682349-32682384)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (272-626)||(11117294-11117661)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (384-649)||(8522379-8522644)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (354-649)||(25523583-25523881)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (272-309)||(30021068-30021105)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 224 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 34241538 - 34241115
Alignment:
Q  224 ctagatcaaataagaatgagtcgatagattgtcacactcacatcaaaacttattttaaacagaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccaga 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241538 ctagatcaaataagaatgagtcgatagattgtcaaactcacatcaaaacttattttaaacaga--gtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccaga 34241441  T
Q  324 ataataaaactatgacatttgcaccatcttattcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccacca 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241440 ataataaaactatgacatttgcaccatctgattcatggttggaccattgtttctcctcacttatgttctcctattcactcttctcttaggatgaccacca 34241341  T
Q  424 aatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtt 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241340 aatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaaggcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtt 34241241  T
Q  524 tccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataa 623  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241240 tccatccaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataa 34241141  T
Q  624 ccccaagttccctttataagaatcat 649  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  34241140 ccccaagttccctttataagaatcat 34241115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 248 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 34233743 - 34233342
Alignment:
Q  248 tagattgtcacactcacatcaaaacttattttaaacagaaagtaaaaactaacacaca--atagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgc 345  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233743 tagattgttacactcacaccaaaacttattttaaacaga--gtaaaaactaacacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgc 34233646  T
Q  346 accatcttattcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctag 445  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233645 accatctgattcatggttggaccattgtttctcctcacttatgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctag 34233546  T
Q  446 gctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctc 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34233545 gctttccaattaaaaacatataatatccaaggcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatccaaagccaaatttctc 34233446  T
Q  546 ttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaa 645  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233445 ttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaa 34233346  T
Q  646 tcat 649  Q
    ||||    
T  34233345 tcat 34233342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 249 - 626
Target Start/End: Original strand, 42122614 - 42122998
Alignment:
Q  249 agattgtcacactcaca-tcaaaacttattttaaacagaaagtaaaaa-ctaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgca 346  Q
    ||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||| |||| | || |||||||||||||||||||||    
T  42122614 agattgtcacactcaaaatcaaga-ttattttaaacagaaagtaaaaaaccaacacacaacagataaagtaactacaacaataaaactatgacatttgca 42122712  T
Q  347 ccatcttattc------atggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaacca 440  Q
    |||||| ||||      ||||||| |||||     ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |||    
T  42122713 ccatctgattctgattcatggttgaaccatgtgccctcctcactcttgttctccttgtcactcttctcttaggcggaccaccaaatatcatgacaagcca 42122812  T
Q  441 tctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaat 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | ||||    
T  42122813 tctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcatattccaatcacaaatccacatccatatccaatcgccactggtttccatccaaatctaaat 42122912  T
Q  541 ttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccc 626  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42122913 ttctcttcactccaagagttcttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttttttgacaagggtaatccacataaccc 42122998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 269 - 649
Target Start/End: Original strand, 42116871 - 42117273
Alignment:
Q  269 aaacttattttaaacagaaagtaaaaa-ctaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcaccatcttattc---------- 357  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||              
T  42116871 aaacttattttaagaagaaagtaaaaaactaacacacaatagagaaaataacaacaacaataaaactatgacatttgcaccatctgattctgattctgat 42116970  T
Q  358 --------atggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctt 449  Q
            ||||||| ||||| ||| || |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42116971 tctgattcatggttgtaccatggttccttctcattcttgttcttcttttcactcttctcttaggctgaccaccaaatatcatcacaatccatctaggctt 42117070  T
Q  450 tccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttca 549  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  42117071 tccaattaaaaacataaaatatccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactgctttccatccaaatccaaatttctcttca 42117170  T
Q  550 ctccaaaa---gttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaat 646  Q
    || |||||   |||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||    
T  42117171 ctgcaaaagctgttgttggctgaaattggagaatgatgttcaggtccacaaatctttgacaacggaaatccacataaacccaagtttcctttgtaggaat 42117270  T
Q  647 cat 649  Q
    |||    
T  42117271 cat 42117273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 291 - 649
Target Start/End: Original strand, 42128052 - 42128415
Alignment:
Q  291 aaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcaccatcttattc------atggttggaccattgtttctcctcact 384  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||||||| |||||     |||||||||    
T  42128052 aaaaactaatacacaatagagaaaataactagaacaataaaactatgacatttgcaccatctgattctgattcatggttgaaccatgtgccctcctcact 42128151  T
Q  385 cttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattc 484  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42128152 cttgttctccttgtcactcttctcttaggctgaccaccaaatatcataacaagccatctagacttttcaattaaaaacatataatatccaatgcctattc 42128251  T
Q  485 caaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctga-aggtggagaatgtt 583  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| |  | |  ||  |||  ||    
T  42128252 caatcacaaatccacatccatatccaatcgccactggtttccatccaaatctaaatttctcttcactccaagagttgttgtcaaagaattgtggaa--tt 42128349  T
Q  584 gttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcat 649  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  42128350 gttcaggtccacaattctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcat 42128415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 34241747 - 34241583
Alignment:
Q  15 gatgaagtataataacacagaatcaaaaactctaactccattttcatcctgggaaatccaaaacatgaatgaaatgctcatgctgctgcctgctagtgtt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241747 gatgaagtataataacacagaatcaaaaactctaactccattttcatcctggaaaatccaaaacatgaatgaaatgctcatgctgctgcctgctagtgtt 34241648  T
Q  115 ggactttctgggcatttcagtttgtgtacttgtaaaactcaattttgtactgattaaattagatg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241647 ggactttctgggcatttcagtttgtgtacttgtaaaactcaattttgtactgattaaattagatg 34241583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 9e-75
Query Start/End: Original strand, 308 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 41618549 - 41618219
Alignment:
Q  308 agagaaaataaccagaataataaaa-ctatgacatttgcaccatcttattcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttc 406  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||| ||||| |||| |||||||||||  ||||   |||||||||||||||| |||||  ||||||||     
T  41618549 agagaaaataatcagaacaataaaaactatcacatctgcactatctaattcatggttgagccatgagttctcctcactcttgtgctccttgtcactcttt 41618450  T
Q  407 tcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccata 506  Q
     |||||| ||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||  || | ||||||||||||    
T  41618449 gcttaggttgacctccaaccatcatcacaagccatctaggctttccaattaacaacacaaaacatccaaggcctattccaataaccattccacatccata 41618350  T
Q  507 accaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgac 606  Q
     ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || | | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  41618349 tccaatagccactggtttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgttcaggttcacatttctttgac 41618250  T
Q  607 aagggtaatccacataaccccaagttccctt 637  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  41618249 aagggaaatccgcataatcccaagtttcctt 41618219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 286 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 41572929 - 41572580
Alignment:
Q  286 aaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcaccatcttattcatggttggaccattgtttctcctcactc 385  Q
    |||| ||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||  ||||   ||||||||||||    
T  41572929 aaaggaaaaactaacacagaa--gagaaaataatcagaacaataaaactatcacatctgcaccatctaattcatggttgagccatgaattctcctcactc 41572832  T
Q  386 ttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattcc 485  Q
    || | |||||  | ||||||  |||||| ||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||  |||| |||| | || |||||| |||||||||    
T  41572831 ttatcctccttgtaactctttgcttaggttgacctccaaccatcatcacaagccatctaggctttccggttaacaacacaaaacatccaaggcctattcc 41572732  T
Q  486 aaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgttgt 585  Q
    ||  || | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || | | ||||||||||||    
T  41572731 aataaccattccacatccatatccaatagccactggtttccatccaaatccaaatttctcttcactccaaaggttgttgggtggaagcggagaatgttgt 41572632  T
Q  586 tccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctt 637  Q
    || ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  41572631 tcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttcctt 41572580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 249 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 41714465 - 41714170
Alignment:
Q  249 agattgtcacactcacatcaaaacttattttaaacagaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcacc 348  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |    |||||||| |   ||||| ||| || || |||  |||||||| ||||||||||||    
T  41714465 agattgtcacactcacatcaaa-cttattttaaacacaagg----aactaacaaag--tagaggaaaaaatcacaattctaaaactacgacatttgcacc 41714373  T
Q  349 atcttattcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggct 448  Q
    ||   ||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||   ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  41714372 attcgattcatggttgaaccattggtcctcctcattcttgttctccctgtcactattctcttaggctgaccaccaaatatcatgacaagccatctaggct 41714273  T
Q  449 ttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttc 548  Q
    |||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |    
T  41714272 ttccgatcaaaaacatgtaatacccaatgcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactgctttccatccaaatccaaatttctctgc 41714173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 591 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 41714165 - 41714107
Alignment:
Q  591 tccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcat 649  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  41714165 tccacaattcttggacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcat 41714107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 129 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 34234388 - 34234338
Alignment:
Q  129 tttcagtttgtgtacttgtaaaactcaattttgtactgattaaattagatg 179  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  34234388 tttctgtttgtgtacttgcaaaactcaattttgtactaataagattagatg 34234338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 249 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 11995353 - 11994950
Alignment:
Q  249 agattgtcacactcacatcaaaacttattttaaacagaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaat----aataaaactatgacatttg 344  Q
    ||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||||| |||| ||||||||    
T  11995353 agattatcacactcagatcaaa-cttatttaaaatacaaggtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccacaaacaacaataagactaagacatttg 11995255  T
Q  345 caccatcttattcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatcta 444  Q
         ||| ||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11995254 at---tctgattcatggttgcaccatggttcctactcactcttgttctccttttcactcttcttttaggctgaccaccaaatatcatcacaagccatcta 11995158  T
Q  445 ggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttct 544  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  11995157 ggctttccaattaaaaacatacaatatccgaggcctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccactggtttccatccaaatccaaatttct 11995058  T
Q  545 cttcactccaaaa---gttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttata 641  Q
    |||||||| ||||   |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||  |||    
T  11995057 cttcactcgaaaagctgttgttgggtgaaggtggagaacgttgttcaggtccgcacttctttgacaagggaaattcacataactccaagtttcctacata 11994958  T
Q  642 agaatcat 649  Q
     |||||||    
T  11994957 tgaatcat 11994950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 284 - 649
Target Start/End: Original strand, 12247609 - 12247980
Alignment:
Q  284 agaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcaccat------cttattcatggttggaccattgtttct 377  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |   ||| ||||||  ||||||      || ||||||||||| ||||| ||| ||    
T  12247609 agaaggtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccacaacaaga---ctacgacattgccaccatttgattctgattcatggttgcaccatggttcct 12247705  T
Q  378 cctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatg 477  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |    
T  12247706 actcactcttgttctccttttcactcttcttttaggctgaccaccaaatatcatcacaagccatctaggctttccaattaaaaacatacaatatccgagg 12247805  T
Q  478 cctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggc---tgaaggtg 574  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| | || ||||||||| |||||     |||||||     
T  12247806 cctattccaatcacaaatccacatccatatccaattgccaccggtttccatccaaatccaaatttcgcgtcgctccaaaagctgttgttaagtgaaggtt 12247905  T
Q  575 gagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcat 649  Q
    |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||  ||| |||||||    
T  12247906 gagaatattgttcaggtccacacttctttgacaagggaaatccacataactccaagtttcctacatatgaatcat 12247980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 397 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 32682495 - 32682381
Alignment:
Q  397 ttcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatc 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32682495 ttcactcttctcttaggatgaccaccaattatcatcacaagccatctaggctttccaattaaaaacataaagtatccaatgcctattccaatcacaaatc 32682396  T
Q  497 cacatccataaccaa 511  Q
    |||||||||| ||||    
T  32682395 cacatccatatccaa 32682381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 427 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 9423506 - 9423283
Alignment:
Q  427 atcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttcc 526  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||| || |||||| |||| |||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  9423506 atcatcacaggccatctaggctttccaattaacagcatacaacatccaaggccttttccaagcaccattccacatccatatccaattgccactgatttcc 9423407  T
Q  527 atctaaagccaaatttctcttcactccaa---aagttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataa 623  Q
    ||| ||| ||||||||||||||| | |||   || ||||||| ||||| || ||||| | |||  |||||||||||| || ||||||| ||||  |||||    
T  9423406 atccaaatccaaatttctcttcattgcaatataatttgttgggtgaagttgtagaatttcgtttaggtccacatttcatttacaagggaaatc--cataa 9423309  T
Q  624 ccccaagttccctttataagaatcat 649  Q
    |||| |||| |||| |||| ||||||    
T  9423308 cccccagtttccttcataaaaatcat 9423283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 281 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 32682557 - 32682495
Alignment:
Q  281 aacagaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacattt 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  32682557 aacagaaagtaaaaactaacacacaatagagaaaataagcacaacaataagactatgacattt 32682495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 535 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 32682384 - 32682349
Alignment:
Q  535 ccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaa 570  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32682384 ccaaatttctcttcactccgaaagttgttggctgaa 32682349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 272 - 626
Target Start/End: Original strand, 11117294 - 11117661
Alignment:
Q  272 cttattttaaacagaaagtaaaaa-ctaacacacaatagagaaaataaccagaataataaaactatgacatttgcaccatcttattc------atggttg 364  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||  |||||| |||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||| |||    
T  11117294 cttattttaaacagaaagtaaaaaaccaacacccaacggagaaagtaactacgacaataaaactatgacatttgcaccatctgattctgattcatgtttg 11117393  T
Q  365 gaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacat 464  Q
     |||||     ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11117394 aaccatgtgcgctcctcactcttgttctccttgtcactcttctcttaggctgaccaccaaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacat 11117493  T
Q  465 ataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactcc------aaaag 558  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||      || ||    
T  11117494 ataatatccaatgcttattccaatcacaaatccacatgcatatccaattgccactgctttccatccaaatccaaatttctcttcattccaagaggaagag 11117593  T
Q  559 ttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccc 626  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11117594 ttgttggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccc 11117661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 170; Significance: 7e-91; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 384 - 649
Target Start/End: Original strand, 8522379 - 8522644
Alignment:
Q  384 tcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctatt 483  Q
    |||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522379 tcttgtccttcttttcactctcctcttaggctgaccaccaaatatcatgacaagccatctaggctttccaattaaaaacatataatatccaatgcctatt 8522478  T
Q  484 ccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactccaaaagttgttggctgaaggtggagaatgtt 583  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8522479 ccaatcacaaatccacatccgtatccaattgccactggtttccatccaaattcaaacttctcttcactgcaaaagttgttggctgaaggtgcagaatgtt 8522578  T
Q  584 gttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcat 649  Q
    |||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||    
T  8522579 gttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataaatccaagtttccttcataagaatcat 8522644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 153; Significance: 9e-81; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 354 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 25523881 - 25523583
Alignment:
Q  354 attcatggttggaccattgtttctcctcactcttgttctcctattcactcttctcttaggatgaccaccaaatatcatcacaaaccatctaggctttcca 453  Q
    |||||||| || |||||  || ||||||| |||||| ||  | |||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25523881 attcatggctgtaccatgattcctcctcattcttgtcctttttttcacctttctcttaggctgaccgccaaatatcatcacaagccatctaggctttcca 25523782  T
Q  454 attaaaaacatataatatccaatgcctattccaaacacaaatccacatccataaccaattgccactggtttccatctaaagccaaatttctcttcactcc 553  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  25523781 actaaaaacatacaatatccaatgcctattccaatcagaaatccacatccatatccaattaccaccggtatccatccaaatccaaatttctcttcactcc 25523682  T
Q  554 aaaag---ttgttggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcat 649  Q
    |||||   ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  25523681 aaaagtttttgttgggtgaaggtggagaatgttgttcaagtccacatctctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcat 25523583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 272 - 309
Target Start/End: Original strand, 30021068 - 30021105
Alignment:
Q  272 cttattttaaacagaaagtaaaaactaacacacaatag 309  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  30021068 cttattttaaatagaaggtaaaaactaacacacaatag 30021105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University