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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF10189_low_7 (Length: 391)
Name: NF10189_low_7
Description: NF10189
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10189_low_7 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 17 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 45288680 - 45288310
Alignment:
| Q |
17 |
gtacctattatttaggataatttctcaatctacacaaaaacacaggagggttaccaaaaccgtacttctctacttatttcaa-ttatttaaacaacaact |
115 |
Q |
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| T |
45288680 |
gtacctattatttaggataatttctcaatctacccaaaaacacaggagggttaccaaaaccgtacttctctacttatttcaaattatttaaacaacaaat |
45288581 |
T |
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| Q |
116 |
actataacaaggtgcacccaataacaatatgttattcactgnnnnnnnnn--------acataacacattgatgatagttaagttttttcctgtaacatt |
207 |
Q |
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| T |
45288580 |
actataacaaggtgcacccaataacaatatgttattcactgtttttttttttttttttacataacaccttgatgatagttaagttttttcctgtaacatt |
45288481 |
T |
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| Q |
208 |
gctttactcataatcaagtgccgaggttaaagaaaaagctgatatgagtctctcatggatgctaaattaccatttttatgtttactcatttgtttgatgt |
307 |
Q |
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| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
45288480 |
gttttactcataatcaagtgccgaggttaaagaaaaaggtgatatgagtctctcatggatgctaaattaccatttttatgtttactcatttgtttgatgt |
45288381 |
T |
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| Q |
308 |
ttataattgaaattggattttacaaatgttttattcaccttttattacagataatttactttgttgtgttc |
378 |
Q |
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| T |
45288380 |
ttataattgaaattggattttacaaatgttttattcaccttttattacagataatttactttgttgtgttc |
45288310 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 66 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 6915260 - 6915169
Alignment:
| Q |
66 |
gttaccaaaaccgtacttctc-tacttatttcaattatttaaacaacaactactataacaaggtgcacccaataacaatatgttattcactg |
156 |
Q |
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| T |
6915260 |
gttaccaaaaccgtagttctagtacttatttcaattatttaaacaacaaataatataacaaggtgcaccctataacaatatgttatttactg |
6915169 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 17 - 370
Target Start/End: Original strand, 31608107 - 31608469
Alignment:
| Q |
17 |
gtacctattatttaggataatttctcaatctacacaaaaacacaggagggttaccaaaaccgtacttctctacttatttcaa-ttatttaaacaacaact |
115 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |
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| T |
31608107 |
gtacctattatttaggataatttctcaatctacccaaaaacacaggagggttaccaaaaccgtacttctctacttatttcaaattatttaaacaacaaat |
31608206 |
T |
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| Q |
116 |
actataacaaggtgcacccaataacaatatgttattcactgnnnnnnnnn--------acataacacattgatgatagttaagttttttcctgtaacatt |
207 |
Q |
| |
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| T |
31608207 |
actataacaaggtgcacccaataacaatatgttattcactttttttttttttttttttacataacaccttgatgatagttaagttttttcctgtaacatt |
31608306 |
T |
|
| Q |
208 |
gctttactcataatcaagtgccgaggttaaagaaaaagctgatatgagtctctcatggatgctaaattaccatttttatgtttactcatttgtttgatgt |
307 |
Q |
| |
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| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
31608307 |
gttttactcataatcaagtgccgaggttaaagaaaaaggtgatatgagtctctcatggatgctaaattaccatttttatgtttactcatttgtttgatgt |
31608406 |
T |
|
| Q |
308 |
ttataattgaaattggattttacaaatgttttattcaccttttattacagataatttactttg |
370 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |
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|
| T |
31608407 |
ttataattgaaattggattttacaaatgttttattcaacttttattatagataattaactttg |
31608469 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 143; Significance: 5e-75; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 12630869 - 12630688
Alignment:
| Q |
17 |
gtacctattatttaggataatttctcaatctacacaaaaacacaggagggttaccaaaaccgtacttctctacttatttcaattatttaaacaacaacta |
116 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
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|
| T |
12630869 |
gtacctattatttaggataatttctcaatctacccaaaaacacaggacggttaccaaaaccgtacttctctacttatttcaattatttaaacaacaaata |
12630770 |
T |
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| Q |
117 |
ctataacaaggtgcacccaataacaatatgttattcactgnnnnnnnnnacataacacattgatgatagttaagttttttcc |
198 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
12630769 |
ctataacaaggtgcacccaataacaatatgttattcactgtttttttttacataacacattgatgatagttaagttttttcc |
12630688 |
T |
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