View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1018_high_2 (Length: 705)

Name: NF1018_high_2
Description: NF1018
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1018_high_2
NF1018_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-685)||(1507821-1508505)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (6-588)||(3013493-3014081)
chr8 (6-575)||(2945355-2945930)
chr8 (1-585)||(2928704-2929294)
chr8 (9-520)||(37794138-37794658)
chr8 (9-583)||(2919204-2919792)
chr8 (403-462)||(2941821-2941880)
chr8 (125-183)||(40110264-40110322)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-573)||(4917172-4917747)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-575)||(28023096-28023671)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 685
Target Start/End: Original strand, 1507821 - 1508505
Alignment:
Q  1 ctgaaatttacagaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcactatgcaaagaagaatcatccttagtgaatgatggtgttaaactgaagcatgtcga 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1507821 ctgaaatttaccgaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcattatgcaaagaagaatcatccttggtgaatgatggcgttaaactgaagcatgtcga 1507920  T
Q  101 tccaaacaatattttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgttctaaccttaaaatggaaccaagtaagagacatgaagct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1507921 tccaaacaatattttcaacttaaaggggttggctaagcttattcttggttttcttgcatgttctaaccttaaaatggaaccaagtaagagacatgaagct 1508020  T
Q  201 gttcaaactcttctcaacttaagcttccatgagacaatggaaccaatcaatgtaagctatagtctgccactatcatccggagacatcattacaaagaaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1508021 gttcaaactcttctcaacttaagcttccatgagacaatggaaccaatcaatgtaagctatagtctgccactatcatccggagacatcattacaaagaaag 1508120  T
Q  301 caaacaaaagggtgcgttgggaaagtcaaagttccaagtttatcatccagaagatggatggtgaggattcattgaaatatgttacaaatttctctgaagc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1508121 caaacaaaagggtgcgttgggaaagtcaaagttccaagtttatcatccagaagatggatggtgaggattcattgaaatatgttacaaatttctctgaagc 1508220  T
Q  401 aatatctgagggtgttttgcatgaaaatcatgatcatgttcctgcactatctgaactaatcacattagggttttttctgaaattcaagaatgaagaaatt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1508221 aatatctgagggtgttttgcatgaaaatcatgatcatgttcctgcactatctaaactaatcacattagggttttttctgaaattcaagaatgaagaaatt 1508320  T
Q  501 gattttcttatggaatccaagtatctagagatcgaccctgaggatgagaagttcctcaattctgccttcccttctaactaagtcttatattgcaactgct 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1508321 gattttcttatggaatccaagtatctggagatcgaccctgaggatgagaagttcctcagttctgccttcccttctaactaagtcttatattgcaactgct 1508420  T
Q  601 tgtgttttctgaatgtttgtttttgagtttacttgtttatgtaattttgaagttgttctctcaatggatggatatgtgatgatgt 685  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1508421 tgtgttttctgaatgtttgtttttgagtttacttgtttatgtaattttgaagttgttctctcaatggatggatatgtgatgatgt 1508505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 588
Target Start/End: Original strand, 3013493 - 3014081
Alignment:
Q  6 atttacagaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcactatgcaaagaagaatcatccttagtgaatgatggtgttaaactgaagcatgtcgatccaa 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||    
T  3013493 atttacagaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcactatgcaaagaagaatcgtccttggtgaatgatggtggtaaactgaagtatgttgatccaa 3013592  T
Q  106 acaatattttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgttctaaccttaaaatggaaccaagtaagagacatgaagctgttca 205  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  | |||||| |||||||||||    
T  3013593 ataatattttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgttctagcctgaaaatggaaccaaaaaggagacaagaagctgttca 3013692  T
Q  206 aactcttctcaacttaagcttccatgagacaatggaaccaatcaatgtaagctatagtctgccactatcatccggagacatcattacaaagaaagcaaac 305  Q
    || |||| ||||||| || |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| |  || ||||||| || ||||||||||| |||||| |||||    
T  3013693 aagtcttatcaacttgagtttccatgagacaacagagccaatcaatgtaagctatagtttatcattatcatcaggggacatcattaccaagaaatcaaac 3013792  T
Q  306 aaaagggtgcgttgggaaagtcaaagttccaagtttatcatccagaagatggatgg------tgaggattcattgaaatatgttacaaatttctctgaag 399  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||      ||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  3013793 aaaagggtacgttgggaaagtcaaagttgcaagtttatcatccagaagatggatggagttcttggtgattcattgaagtatgctacaaatttctctgaag 3013892  T
Q  400 caatatctgagggtgttttgcatgaaaatcatgatcatgttcctgcactatctgaactaatcacattagggttttttctgaaattcaagaatgaagaaat 499  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||| || ||||||||||  | |||||||||||||| || ||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  3013893 caatatccgagggtattttgcgtgagaatcatgatgatattcctgcactggccgaactaatcacattgggttttgtgatgaaattcaagaatgaagaaat 3013992  T
Q  500 tgattttcttatggaatccaagtatctagagatcgaccctgaggatgagaagttcctcaattctgccttcccttctaactaagtcttat 588  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||  |||| |||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  3013993 tgattttctaatggaatccaagaatcttcagattgaccttgaggatgaggagtttctcagttctgccttcccttttgactaactcttat 3014081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 6 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 2945930 - 2945355
Alignment:
Q  6 atttacagaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcactatgcaaagaagaatcatccttagtgaatgatggtgttaaactgaagcatgtcgatccaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  2945930 atttacagaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcactttgcaaagaagaatcatcctcggtgaatgatggtggtaaactgaagcatgttgatccaa 2945831  T
Q  106 acaatattttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgttctaaccttaaaatggaaccaagtaagagacatgaagctgttca 205  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  2945830 ataatattttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgtcctaacctgaaaatgaaaccaaaaaagagacatgaagctgttca 2945731  T
Q  206 aactcttctcaacttaagcttccatgagacaatggaaccaatcaatgtaagctatagtctgccactatcatccggagacatcattacaaagaaagcaaac 305  Q
    || |||| ||||||  || |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |  || ||||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  2945730 aagtcttgtcaactcgagtttccatgagacaacagaaccgatcaatgtaagctatagtttatcattatcatcgggggaaatcattacaaagaaagcaaac 2945631  T
Q  306 aaaagggtgcgttgggaaagtcaaagttccaagtttatcatccagaagatggatg--gt----gaggattcattgaaatatgttacaaatttctctgaag 399  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| || |  ||    |  ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  2945630 aaaagggtacgttgggaaagtcaaagctgtaagtttatcatccagaagattgaggaagttcccggtgattctttgaattatgctacaaatttctctgaag 2945531  T
Q  400 caatatctgagggtgttttgcatgaaaatcatgatcatgttcctgcactatctgaactaatcacattagggttttttctgaaattcaagaatgaagaaat 499  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| || | | |  ||||||||||||||||||||||    
T  2945530 caatatccgagggtattttgcctgagaatcatgattatgttcctgcactggctgaactaatcacattgggttatgtgatgaaattcaagaatgaagaaat 2945431  T
Q  500 tgattttcttatggaatccaagtatctagagatcgaccctgaggatgagaagttcctcaattctgccttcccttct 575  Q
    ||||||||| |||||||| ||| || |  |||| || | ||  |||||| ||||||||| |||||  |||||||||    
T  2945430 tgattttctcatggaatcgaagaatttgcagattgaacatgcagatgaggagttcctcagttctgtgttcccttct 2945355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 2929294 - 2928704
Alignment:
Q  1 ctgaaatttacagaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcactatgcaaagaagaatcatccttagtgaatgatggtgttaaactgaagcatgtcga 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||  ||| |||||||||  |||| ||    
T  2929294 ctgacatttacagaaaaattggtgttagaaatatctctgaatcactgtgcaaagaagaatcagcctccgtgaatgacagtgataaactgaactatgttga 2929195  T
Q  101 tccaaacaatattttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgttctaaccttaaaatggaaccaagtaagagacatgaagct 200  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||  |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  2929194 tccaaataacattttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcttgtgctttcccgaaaatggaaccaaagaagagacatgaagct 2929095  T
Q  201 gttcaaactcttctcaacttaagcttccatgagacaatggaaccaatcaatgtaagctatagtctgccactatcatccggagacatcattacaaagaaag 300  Q
    ||||||| |||| ||||||  || |||||||||||||  || || |||||||||||||||||| || || | ||||| || || ||||||||||||||||    
T  2929094 gttcaaagtcttatcaactcgagtttccatgagacaacagagccgatcaatgtaagctatagtttgtcattgtcatcaggggaaatcattacaaagaaag 2928995  T
Q  301 caaacaaaagggtgcgttgggaaagtcaaagttccaagtttatcatccagaagatgga------tggtgaggattcattgaaatatgttacaaatttctc 394  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||      |  ||  ||| |||||| || || ||||| ||||||    
T  2928994 caaacaaaagggtacgttgggaaagtcaaagctgcaagtttatcatccagaagatggaggaagttcctggtgatgcattgagatgtgctacaagtttctc 2928895  T
Q  395 tgaagcaatatctgagggtgttttgcatgaaaatcatgatcatgttcctgcactatctgaactaatcacattagggttttttctgaaattcaagaatgaa 494  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  2928894 tgaagcaatatccgagggtattttgcgtgagaatcatgatcatgttgctgcactctcggaactaatcacactaggctttgttctgaaatttaagaatgaa 2928795  T
Q  495 gaaattgattttcttatggaatccaagtatctagagatcgaccctgaggatgagaagttcctcaattctgccttcccttctaactaagtct 585  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  2928794 gaaattgattttctaatggaatccaagaatcttcagattgaccttgaggatgaggagttcctcagttctgccttcccttttgactaagtct 2928704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 37794658 - 37794138
Alignment:
Q  9 tacagaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcactatgcaaagaagaatcatccttagtgaatgatggtgttaaactgaagcatgtcgatccaaaca 108  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||| || ||  ||| || ||||  ||      
T  37794658 tacagaaaaatcggtgctcgaaatatatctgaatcactatgcaaagaagaatcttccttgctgaacgatggtgttgaaatggtgcaagttgatcataatg 37794559  T
Q  109 atatt---ttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgttctaaccttaaaatggaaccaagtaagagacatgaagctgttca 205  Q
     ||||   ||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||   ||||| ||||||||||||||    
T  37794558 gtattcttttcaacttaaaaggtttgattaagctcattcttggtttccttgcttgttctagcctgaagatggaaccagacaagaggcatgaagctgttca 37794459  T
Q  206 aactcttctcaacttaagcttccatgagacaatggaaccaatcaatgtaagctatagtctgccactatcatccggagacatcattacaaagaaagcaaac 305  Q
    |  |||||||||| | || |||| |||||||| ||  ||  |||  |||||||||| |||  |||| ||||| || |||||||||||||||||||   ||    
T  37794458 aggtcttctcaacctgagtttccttgagacaaaggtcccggtcacggtaagctataatctatcactgtcatcaggggacatcattacaaagaaagatgac 37794359  T
Q  306 aaaagggtgcgttgggaaagtcaaagttccaagtttatcatccagaagatggatg------gtgaggattcattgaaatatgttacaaatttctctgaag 399  Q
    |||| ||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||      | |   || || |||||||||  ||| |||||||||||     
T  37794358 aaaatggtacgctgggaaaggcaaagttccaagtttttcatccagaagttggatgagcctcggggaaatgcactgaaatatgcgacatatttctctgaaa 37794259  T
Q  400 caatatctgagggtgttttgcatgaaaatcatgatcatgttcctgcactatctgaactaatcacattagggttttttctgaaattcaagaatgaagaaat 499  Q
    ||||||| || |||||||||  ||| |||||||||  ||||||||| ||||||||| | |||||||| || ||| | |||||||||||||||||||| ||    
T  37794258 caatatcagaaggtgttttgtctgagaatcatgattttgttcctgccctatctgaattgatcacattgggttttgtgctgaaattcaagaatgaagatat 37794159  T
Q  500 tgattttcttatggaatccaa 520  Q
    ||| ||||| |||||||||||    
T  37794158 tgaatttctgatggaatccaa 37794138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 9 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 2919792 - 2919204
Alignment:
Q  9 tacagaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcactatgcaaagaagaatcatccttagtgaatgatggtgttaaa-----ctgaagcatgtcgatcc 103  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||| ||     | |  ||| || ||||     
T  2919792 tacagaaacattggtgctcgaaatatctctgaatcgctgtgcaaaaaagtatcatctttagttaatgatggtgttgaaagggtccggtgcaagttgatca 2919693  T
Q  104 aaacaatattttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgttctaaccttaaaatggaaccaagtaagagacatgaagctgtt 203  Q
     || |  |||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||| ||||| ||||| |  || ||||||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  2919692 taatagaattttcaacttaaaaggtttggttaagctcgttcttggtttccttgcttgttcaagactgaaaatggaaccagataagaggcatgaagctgtt 2919593  T
Q  204 caaactcttctcaacttaagc---ttccatgagacaatggaaccaatcaatgtaagctatagtctgccactatcatccggagacatcattacaaagaaag 300  Q
    |||  |||| | ||| | | |   |||| ||||||| |||  ||  |||  ||||| |||||| || | || ||||| || |||||||||||||||||||    
T  2919592 caaggtcttattaacctgatcaccttccttgagacagtggtgccggtcacggtaagttatagtttgtcgctgtcatcaggggacatcattacaaagaaag 2919493  T
Q  301 caaacaaaagggtgcgttgggaaagtcaaagttccaagtttatcatccagaagatggatgg-----tgaggatt-cattgaaatatgttacaaatttctc 394  Q
     | |||||| ||| || |||||||   ||||||| |||||  |||||||||||||||||       || | | | || |||||||||  ||| |||||||    
T  2919492 aagacaaaatggtacgctgggaaaagaaaagttctaagttcttcatccagaagatggataagcctatgggtaatgcactgaaatatgccacatatttctc 2919393  T
Q  395 tgaagcaatatctgagggtgttttgcatgaaaatcatgatcatgttcctgcactatctgaactaatcacattagggttttttctgaaattcaagaatgaa 494  Q
    |||||||||||| || |||||||||  ||| |||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| || ||| | ||||||||||||||||||    
T  2919392 tgaagcaatatcagaaggtgttttgtgtgagaatcatgatcttgttcctgctctctctgaactgatcacattgggttttatgctgaaattcaagaatgaa 2919293  T
Q  495 gaaattgattttcttatggaatccaagtatctagagatcgaccctgaggatgagaagttcctcaattctgccttcccttctaactaagt 583  Q
    || ||||| ||||| ||||| |||||| || || ||||   |  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  2919292 gatattgaatttctcatggagtccaagaatttacagattttctttgaggatgagaagttcctcagttcttccttcccttctgactaagt 2919204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 403 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 2941880 - 2941821
Alignment:
Q  403 tatctgagggtgttttgcatgaaaatcatgatcatgttcctgcactatctgaactaatca 462  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||    
T  2941880 tatctgagggtgttttgcgtgagaatcatgatcatgttcctgcactcactgaactgatca 2941821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 125 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 40110322 - 40110264
Alignment:
Q  125 ggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgttctaaccttaaaatggaaccaa 183  Q
    ||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  40110322 ggggttggttaaattaattctttgttttcttgcatgttgtaaccttataatgaaaccaa 40110264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 573
Target Start/End: Original strand, 4917172 - 4917747
Alignment:
Q  1 ctgaaatttacagaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcactatgcaaagaagaatcatccttagtgaatgatggtgttaaactgaagcatgtcga 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||| | ||||||||  | ||||||   ||||||| ||| |||| ||    
T  4917172 ctgatatttacagaaaaattggtgctagaaatatctcctagttactatgcaaagaagcaacatccttacagcatgatg---ttaaactaaagaatgttga 4917268  T
Q  101 tccaaacaatattttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgttctaaccttaaaatggaaccaagtaagagacatgaagct 200  Q
     || || || |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  4917269 ccctaataacattttcaacttacaggggttagctaagcttattcttggttttcttgcatgttctagccttgaaatggaaccaaaaaagagacatgaagct 4917368  T
Q  201 gttcaaactcttctcaacttaagcttccatgagacaatggaaccaatcaatgtaagctatagtctgccactatcatccggagacatcattacaaagaaag 300  Q
    ||||||| | ||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |  || ||||||| ||  | |||||||| |||||||    
T  4917369 gttcaaaattttctcaacttaagttttcatgagacaaaggagccaatcaatgtaagctatagtttatcattatcatcagggaaaatcattaccaagaaag 4917468  T
Q  301 caaacaaaagggtgcgttgggaaagtcaaagttccaagtttatcatccagaagatggatgg------tgaggattcattgaaatatgttacaaatttctc 394  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||      ||| ||   ||||||||||| |||| |||| ||    
T  4917469 ccaacaaaagggtgcgttgggagagtcaaagctgcaagtttataatccaaaagatggatggagctcctgatgaaatattgaaatatgctacatatttttc 4917568  T
Q  395 tgaagcaatatctgagggtgttttgcatgaaaatcatgatcatgttcctgcactatctgaactaatcacattagggttttttctgaaattcaagaatgaa 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||   || || ||||||||||| |||||||||    
T  4917569 tgaagcaatatctgagggtgttttgcgtgagaatcacgatcatgttcctgcactcactgatctaatcacaacgggtttctttctgaaatttaagaatgaa 4917668  T
Q  495 gaaattgattttcttatggaatccaagtatctagagatcgaccctgaggatgagaagttcctcaattctgccttccctt 573  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||| || | ||| |||||| |||| |||| |||||| |||||||    
T  4917669 gaaattgattttctaatggaatccaagaatctgcagattgagcatgaagatgaggagtttctcagttctgctttccctt 4917747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 28023671 - 28023096
Alignment:
Q  9 tacagaaaaattggtgctagaaatatctctgaatcactatgcaaagaagaatcatccttagtgaatgatggtgttaaactgaagcatgtcgatccaaaca 108  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||| || ||  ||| || ||||  |||     
T  28023671 tacagaaaaatcggtgctcgaaatatatctgaatcactatgcaaagaagaatcttccttgcggaatgatggtgttgaaatggtgcaagttgatcataacg 28023572  T
Q  109 atatt---ttcaacttaaaggggttggttaagcttattcttggttttcttgcatgttctaaccttaaaatggaaccaagtaagagacatgaagctgttca 205  Q
    |||||   ||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||   ||||| ||||||||||||||    
T  28023571 atattcttttcaacttaaaaggtttgattaagctcattcttggtttccttgcttgttctagcctgaagatggaaccagacaagaggcatgaagctgttca 28023472  T
Q  206 aactcttctcaacttaagcttccatgagacaatggaaccaatcaatgtaagctatagtctgccactatcatccggagacatcattacaaagaaagcaaac 305  Q
    |  |||||||||| | ||||||| |||| ||| ||  ||  |||  || |||||||||||   ||| ||||| || |||||| ||||||||||||   ||    
T  28023471 aggtcttctcaacatgagcttccttgaggcaaaggtcccggtcacggttagctatagtctattactgtcatcaggggacatcgttacaaagaaagatgac 28023372  T
Q  306 aaaagggtgcgttgggaaagtcaaagttccaagtttatcatccagaagatggatg---gtgag---gattcattgaaatatgttacaaatttctctgaag 399  Q
    |||| ||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    | ||    || || |||||||||  ||| || ||||||||     
T  28023371 aaaatggttcgctgggaaaggcaaagttccaagtttttcatccagaagttggatgagcctcagagaaatgcactgaaatatgccacatatgtctctgaaa 28023272  T
Q  400 caatatctgagggtgttttgcatgaaaatcatgatcatgttcctgcactatctgaactaatcacattagggttttttctgaaattcaagaatgaagaaat 499  Q
    ||||||| || |||||||||  ||| ||||| |||  ||||||||| || |||||| | |||||||| || ||| | |||||||||||||||||||| ||    
T  28023271 caatatcagaaggtgttttgtctgagaatcacgattttgttcctgccctctctgaattgatcacattgggttttgtgctgaaattcaagaatgaagatat 28023172  T
Q  500 tgattttcttatggaatccaagtatctagagatcgaccctgaggatgagaagttcctcaattctgccttcccttct 575  Q
    ||| || || |||||||||||  |  || ||||   |  ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  28023171 tgaattcctgatggaatccaacaacttacagattttctgtgaggatgagaagctcctcagttctgcattcccttct 28023096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University