View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10190_low_6 (Length: 422)

Name: NF10190_low_6
Description: NF10190
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10190_low_6
NF10190_low_6
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-422)||(36152102-36152505)
chr2 (67-422)||(36157076-36157430)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 422
Target Start/End: Original strand, 36152102 - 36152505
Alignment:
Q  17 acaatatactaaagttcaacccaacacattgttccaaagcatgattcttattattcaaccgatggaaaattcaacagcacagataaactctagtttgaag 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36152102 acaatatactaaagttcaaaccaacacattgttccaaagcatgattcttattattcaaccgatggaaaattcaacagcacagataaactctagtttgaag 36152201  T
Q  117 agttcgatctctcaagtctgataatccttctttccatctgcaaattgatcaaagtaatcaaacatattaatatatcatacatgctttggaaactcaagaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  36152202 agttcgatctctcaagtctgataatccttcgttccatctgcaaattgatcaaagtaatcaaacatattaatatatcata--tgctttggaaactcaagaa 36152299  T
Q  217 ttgtttccccttcatgcagttagtatctaagttgcattttaaagagctaaaagagttcatgcagttatgccctatcatggacatgttgttgtcgcttatt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  36152300 ttgtttccccttcatgcagttagtatctaagatgcattttaaagagctaaaagagttcatgcagctatgccctatcatggacatgtcgttgtcgcttatg 36152399  T
Q  317 cgagagggagaaaaatgcaacatacctgaacaaaggcctccaactttctcttggtatcggcaaactcatgttttacccagagcaatgttcgagaaagcct 416  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36152400 tgagagggagaaaaatgtaacatacctgaacaaaggcctccaactttctcttggtattggcaaactcatgttttacccagagcaatgttcgagaaagcct 36152499  T
Q  417 gagcag 422  Q
    ||||||    
T  36152500 gagcag 36152505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 67 - 422
Target Start/End: Original strand, 36157076 - 36157430
Alignment:
Q  67 ttattcaaccgatggaaaattcaacagcacagataaactctagtttgaagagttcgatctctcaagtctgataatccttctttccatctgcaaattgatc 166  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| |||| || || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  36157076 ttatccaactgatggaaaattcaaca-cacaaatgaattctagtctgaagagtttgatctctcaagtctgataatcctccgctccatctgcaaattgatc 36157174  T
Q  167 aaagtaatcaaacatattaatatatcatacatgctttggaaactcaagaattgtttccccttcatgcagttagtatctaagttgcattttaaagagctaa 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36157175 aaagtaatcaaacatattaatatatcatacatgctttggaaactcaagaattgtttccttttcatgcagttagtatctaagatgcattttaaagagctaa 36157274  T
Q  267 aagagttcatgcagttatgccctatcatggacatgttgttgtcgcttattcgagagggagaaaaatgcaacatacctgaacaaaggcctccaactttctc 366  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||  || ||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36157275 aagagttcatgcagctacgccctatcatggacatgtcattatcgcttatgttagagggagaaaaatgtaacatacctgaacaaaggtctccaactttctc 36157374  T
Q  367 ttggtatcggcaaactcatgttttacccagagcaatgttcgagaaagcctgagcag 422  Q
    ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  36157375 ttggtagtagcaaactgatgttttacccagagcaatgttagatcaagcctgagcag 36157430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University