View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10191_low_29 (Length: 240)

Name: NF10191_low_29
Description: NF10191
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10191_low_29
NF10191_low_29
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (18-240)||(22839476-22839698)
chr7 (18-240)||(22830455-22830677)
chr7 (21-240)||(22888722-22888941)
chr7 (18-240)||(22875352-22875574)
chr7 (30-240)||(22804760-22804970)
chr7 (18-240)||(22814451-22814673)
chr7 (30-240)||(22825682-22825892)
chr7 (17-237)||(22880019-22880239)
chr7 (31-240)||(22893377-22893586)
chr7 (18-240)||(22857862-22858084)
chr7 (30-240)||(22809044-22809254)
chr7 (40-214)||(22885053-22885226)
chr7 (30-240)||(22897693-22897906)
chr7 (132-229)||(22913103-22913200)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-240)||(21151068-21151290)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22839698 - 22839476
Alignment:
Q  18 cctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatg 117  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  22839698 cctttgatattgctaagtttggtattcatcataactttaggggttatgtattatatcaaattgaagaagtttgttgaggttcttgaagattgggaacatg 22839599  T
Q  118 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtcta 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22839598 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacgaagggtttcagggaaaaggggctactgggagttggtggatttggtagagtcta 22839499  T
Q  218 caaaggtgtgataccaagttcca 240  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  22839498 caaaggtgtgataccaagttcca 22839476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22830677 - 22830455
Alignment:
Q  18 cctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatg 117  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  22830677 cctttgatattgctaagtttggtattcatcataactttaggggttatgtattatatcaaattgaagaagtttgatgaggttcttgaagattgggaacatg 22830578  T
Q  118 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtcta 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22830577 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacgaagggtttcagggaaaaggggatactgggagttggtggatttggtaaagtcta 22830478  T
Q  218 caaaggtgtgataccaagttcca 240  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  22830477 caaaggtgtgataccaagttcca 22830455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22888941 - 22888722
Alignment:
Q  21 ttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaat 120  Q
    ||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  22888941 ttgattttcctaagtttggtattcatgataactttaggggttatgtattatgtcaaattgaagaagtttgatgaggttcttgaagattgggaacatgaat 22888842  T
Q  121 atggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtctacaa 220  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22888841 atggcccacgtagatttaagttcaaagatctatactcagccacaaagggtttcagggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtctacaa 22888742  T
Q  221 aggtgtgataccaagttcca 240  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  22888741 aggtgtgatacaaagttcca 22888722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22875574 - 22875352
Alignment:
Q  18 cctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatg 117  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||| |||||| ||||  |||| |||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||     
T  22875574 cctttgattttgctaagtttggtattcatgataactatagggattatgtattatgtcaaattgaagaagtttgatgaggttcttgaagattgggaacatc 22875475  T
Q  118 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtcta 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22875474 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactcagccacaaagggtttcagggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtcta 22875375  T
Q  218 caaaggtgtgataccaagttcca 240  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  22875374 caaaggtgtgatacaaagttcca 22875352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22804970 - 22804760
Alignment:
Q  30 ctaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatggcccac 129  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22804970 ctaagtttggtattcatgataactttaggggttatttattatatcaaacggaagaagttttctgagattcttgaagattgggaacaagaatatggcccac 22804871  T
Q  130 atagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22804870 atagatttaagttcaaagatctatactttgccacaaagggtttcagggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtatacaaaggtgtgat 22804771  T
Q  230 accaagttcca 240  Q
     ||||||||||    
T  22804770 gccaagttcca 22804760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22814673 - 22814451
Alignment:
Q  18 cctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatg 117  Q
    |||||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  22814673 cctttgattttgctaagtttgctattcatgataactttaggggttatatattatatcaaacggaagatgtttgctgagattcttgaagattgggaacatg 22814574  T
Q  118 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtcta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22814573 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactttgccacaaaggggttcagggaaaaagggctactgggagttggtggatttggtagagtcta 22814474  T
Q  218 caaaggtgtgataccaagttcca 240  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  22814473 caaaggtgtgataccgagttcca 22814451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22825892 - 22825682
Alignment:
Q  30 ctaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatggcccac 129  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22825892 ctaagtttggtattcatgatatctttaggggttatgtattatatcaaattgaagaagtttgatgaggttcttgaagattgggaacatgaatatggcccac 22825793  T
Q  130 atagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22825792 atagatttaagttcaaagatctatactttgctacaaagggtttcagggaaaacgagctactgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtcat 22825693  T
Q  230 accaagttcca 240  Q
    |||||||||||    
T  22825692 accaagttcca 22825682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 17 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 22880239 - 22880019
Alignment:
Q  17 acctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacat 116  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||    
T  22880239 acctttgattttgctaagtttggtattcatgataactttaggggttatgtattatctcaaattgaagaagtttgatgaagttcttgaagattggaaacat 22880140  T
Q  117 gaatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtct 216  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  22880139 gaatatggcccacgtagatttaaattcaaagatctatactcagccacaaaaggtttcagggaaaaggggctcctgggagttggtggatttggtagagtct 22880040  T
Q  217 acaaaggtgtgataccaagtt 237  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  22880039 acaaaggtgtgataccaagtt 22880019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 31 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22893586 - 22893377
Alignment:
Q  31 taagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatggcccaca 130  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22893586 taagtttgatattcatgataactttaggggttatgtattatatcagacggaagaagtttgctgagattcttgaagattgggaacaagaatatggcccaca 22893487  T
Q  131 tagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgata 230  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22893486 tagatttaagttcaaagatttgtactttgccacaaagggtttcagggaaaaggggctactgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgtta 22893387  T
Q  231 ccaagttcca 240  Q
    ||||||||||    
T  22893386 ccaagttcca 22893377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22858084 - 22857862
Alignment:
Q  18 cctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatg 117  Q
    |||||||| || |||||| || ||||||| ||| ||||| |  |||| ||| ||||| ||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  22858084 cctttgattttcctaagtttgctattcataatagctttaaggattatgtatcatatcgaacagaagaagtttgctaaggttcttgaagattgggaacatg 22857985  T
Q  118 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtcta 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22857984 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatatatactttgccacaaagggtttcatggtaaaggggctgttgggagttggtggatttggtagagtcta 22857885  T
Q  218 caaaggtgtgataccaagttcca 240  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  22857884 caaaggtgtgataccaaattcca 22857862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 30 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22809254 - 22809044
Alignment:
Q  30 ctaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatggcccac 129  Q
    |||||| || ||||||| ||||| |||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  22809254 ctaagtttgttattcatgataaccttagggattatgtattatatcaaatggaagaagtttgctgagattcttgaagattgggaacaggaatatggtccac 22809155  T
Q  130 atagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||  ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22809154 atagatttaagttcaaagatctatattttgctacaaaaggtttcggggaaaagggtctactaggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgat 22809055  T
Q  230 accaagttcca 240  Q
    || ||||||||    
T  22809054 acaaagttcca 22809044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 40 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 22885226 - 22885053
Alignment:
Q  40 tattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatggcccacatagatttaa 139  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22885226 tattcatgataactttagg-gttatatattatatcaaacggaagatgtttgctgagattcttgaagattgggaacatgaatatggccctcatagatttaa 22885128  T
Q  140 gttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagt 214  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22885127 gttcaaagatctatactttgctacaaagggtttcatggaaaaggggctattggaagttggtggatttggtagagt 22885053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 30 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 22897906 - 22897693
Alignment:
Q  30 ctaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattg---aagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatggcc 126  Q
    |||||| |||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||  |   ||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  22897906 ctaagtttggttttcatgataaccttaggggttatttattatatcaaaaggagaaagaagtttgctgagttgcttgaagattgggagcatgaatatggcc 22897807  T
Q  127 cacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgt 226  Q
    | ||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897806 ctcataggtttaagttcaaagatttgtactttgccacaaagggtttcaaggaaaagggtctattaggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgt 22897707  T
Q  227 gataccaagttcca 240  Q
    ||| ||| ||||||    
T  22897706 gatgccaggttcca 22897693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 132 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 22913200 - 22913103
Alignment:
Q  132 agatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgat 229  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913200 agattcaagtacaaagatttatactttgcaacaaagggtttcaaggagaaggagctattaggaacaggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgat 22913103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 21151068 - 21151290
Alignment:
Q  18 cctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatg 117  Q
    |||||||| || || ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||    
T  21151068 cctttgattttgcttagtttggtattcatgataactttaggggttatgtattatatcaaacggaagaagttttctgagattcttgaagattgggaacatg 21151167  T
Q  118 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagagtcta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21151168 aatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatattttgctacaaaaggtttcggggaaaagggtctactgggagttggtggatttggtagagtcta 21151267  T
Q  218 caaaggtgtgataccaagttcca 240  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  21151268 caaaggtgtgataccgagttcca 21151290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University