View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10195_high_3 (Length: 409)

Name: NF10195_high_3
Description: NF10195
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10195_high_3
NF10195_high_3
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-398)||(31790694-31791085)
chr8 (54-398)||(31786275-31786619)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 31791085 - 31790694
Alignment:
Q  7 tggttaagaggtggacaataacaccctatatattagaaaagttcatgttttgatggaaatgtcatgaaattgaatgatgaaggatctttatctgttggga 106  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31791085 tggttaagaggtggtcaataacaccctatatattagaaaagttcatgttttgatggaaatatcatgaaattgaatgatgaaggatctttatctattggga 31790986  T
Q  107 gcaagaaggattggaatattcagtttatcaccaataggatgtgtgccactgcaaagaaccataaaaggaggcctatcaggggaatgtgtagagattttaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31790985 gcaagaaggattggaatattcagtttatcaccaataggatgtgtgccactgcaaagaaccataaaaggaggcctatcaagggaatgtgtagagattttaa 31790886  T
Q  207 atgagggagcattgatctataacgccaagctttccacttcaattttagatttagcaagaaaacttccagattcaaggcttgtctaccttgaaaactttag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31790885 atgagggagcattgatctataacgccaagctttccacttcaattttagatttagcaagaaaacttccagattcaaggcttgtctaccttgagaactttag 31790786  T
Q  307 tcaattgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatctcaagttcatactctttaggttctctcaccacagctaaatttcat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31790785 tcaattgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatctcaagttcatactctttaggttctctcaccacagctaaatttcat 31790694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 54 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 31786619 - 31786275
Alignment:
Q  54 ttttgatggaaatgtcatgaaattgaatgatgaaggatctttatctgttgggagcaagaaggattggaatattcagtttatcaccaataggatgtgtgcc 153  Q
    |||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31786619 ttttgatggaaatgtcatgaaacttcacgatgaaggatctttatctattgggagcaagaagaattggaatattcagtttatcaccagtaggatgtgtgcc 31786520  T
Q  154 actgcaaagaaccataaaaggaggcctatcaggggaatgtgtagagattttaaatgagggagcattgatctataacgccaagctttccacttcaatttta 253  Q
    | | ||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| ||| ||    
T  31786519 attccaaagaactgtaaaaggaggcctattaagggaatgtgtagagattgtaaatgagggagcattgatctttaactccaagctttcctcttccattata 31786420  T
Q  254 gatttagcaagaaaacttccagattcaaggcttgtctaccttgaaaactttagtcaattgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatc 353  Q
    ||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31786419 gatctagcaaaaaaacatccagattccaggcttgtctaccttgagaactttagtcaactgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatc 31786320  T
Q  354 tcaagttcatactctttaggttctctcaccacagctaaatttcat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31786319 tcaagttcatactctttaggttctctcaccacagataaatttcat 31786275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University