View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10196_high_12 (Length: 266)

Name: NF10196_high_12
Description: NF10196
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10196_high_12
NF10196_high_12
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (19-255)||(3300487-3300723)
chr1 (19-255)||(43044753-43044989)
chr1 (19-255)||(43067002-43067238)
chr1 (19-255)||(43083597-43083833)
chr1 (19-250)||(43076857-43077080)
chr1 (19-235)||(45983987-45984203)
chr1 (19-253)||(38138151-38138385)
chr1 (19-237)||(50912150-50912368)
chr1 (19-243)||(7891243-7891467)
chr1 (20-243)||(40034985-40035208)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-247)||(4231226-4231454)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (19-237)||(4619460-4619678)
chr8 (19-243)||(1846254-1846478)
chr8 (20-202)||(4787702-4787884)
chr8 (20-202)||(4297288-4297470)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-237)||(16348918-16349136)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (19-243)||(34690611-34690835)
chr2 (19-243)||(34713023-34713247)
chr2 (21-241)||(16231954-16232174)
chr2 (19-92)||(33860757-33860830)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (26-255)||(7520020-7520249)
chr6 (50-255)||(7529581-7529786)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-107)||(39242561-39242650)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 3300723 - 3300487
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300723 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 3300624  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300623 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 3300524  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactggactgacaactga 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300523 tggttgtcacttttgcccctactggactgacaactga 3300487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 43044989 - 43044753
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  43044989 gggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttgaccaaatcaatgagcctaagaggccttca 43044890  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43044889 gacaagcccctccgactaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 43044790  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactggactgacaactga 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43044789 tggttgtcacttttgcccctactggactgacaactga 43044753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 43067002 - 43067238
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43067002 gggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttca 43067101  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43067102 gacaagcccctccgactaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 43067201  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactggactgacaactga 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43067202 tggttgtcacttttgcccctactggactgacaactga 43067238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 43083833 - 43083597
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43083833 gggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcacttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttca 43083734  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43083733 gacaagcccctccgactaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 43083634  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactggactgacaactga 255  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43083633 tggttatcacttttgcccctactggactgacaactga 43083597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 250
Target Start/End: Original strand, 43076857 - 43077080
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43076857 gggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttaactggtacaagggtccaacccttcttggggcccttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttca 43076956  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    ||||||| |||||| ||||         ||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||  ||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  43076957 gacaagcacctccgactac--------aatgtctacaagtttagaggaattggaactgtacctgtggcacgtgttgagactggtgtcttgaaacctggaa 43077048  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactggactgaca 250  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  43077049 tggtggtgacttttgcccctactggactgaca 43077080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 235
Target Start/End: Original strand, 45983987 - 45984203
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45983987 gggagataacttgattgagcgctctactaatcttgattggtacaagggtccaacccttcttgaagctattgaccaaatcaacgagcctatgaggccatca 45984086  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    |||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||  | | || |||||||    
T  45984087 gacaagcctctcagaataccacttcaggatgtctacaagattggaggaatcggaactgtgcctgtgggacgtgttgagactggttccttgaaccctggaa 45984186  T
Q  219 tggttgtcacttttgcc 235  Q
    ||||  | |||||||||    
T  45984187 tggtgctgacttttgcc 45984203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 253
Target Start/End: Original strand, 38138151 - 38138385
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |    
T  38138151 gggagataacatcattgaacgctctactaaccttgactggtataagggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcaaggagcctaagaggctatta 38138250  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    |||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||  |||||| | ||||| ||||    
T  38138251 gacaagcctctccgattaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggacgggttgagagcggtgtcttgaaaccaggaa 38138350  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactggactgacaact 253  Q
    |||  || ||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  38138351 tggcggtgacttttgccccaactgggctgaaaact 38138385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 50912368 - 50912150
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| || ||||||    
T  50912368 gggagataacatcattgagcgctctactaaccttgactggtacaaaggtcccacccttattgaagctcttgatcaaatcaaggagcctaatagaccatca 50912269  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
     ||| ||| |||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||| ||| | ||||| |||||| | |||| |||||    
T  50912268 cacatgcctctccgattaccacttcaggttgtctacaagattggagaaattggaattgtacctgtgggacgtattgagaccggtgtcttgaaacgtggaa 50912169  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccc 237  Q
    |||| || |||||||||||    
T  50912168 tggtggtgacttttgcccc 50912150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 243
Target Start/End: Original strand, 7891243 - 7891467
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||||| || ||||||||| | || ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||    ||||||||||  |  |    
T  7891243 gggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgattggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaattcagaaggcctaagaggttaata 7891342  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
      || ||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || || ||| ||||| || | ||||||||||    
T  7891343 ttcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaa 7891442  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactgg 243  Q
    ||||  | ||||||||||| |||||    
T  7891443 tggtgctgacttttgccccaactgg 7891467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 20 - 243
Target Start/End: Original strand, 40034985 - 40035208
Alignment:
Q  20 ggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcag 119  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| ||| | ||||||||||| |  || |||||||||||||    
T  40034985 ggagaaaacatcattgagcgctctactaaccttgattggtacaaaggtcccaccctttttgaagctatcgaccaaatcaaagtaccgaagaggccatcag 40035084  T
Q  120 acaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaat 219  Q
    | ||||| |||||  ||||  | |||  ||| |||| |||||||||||||||    |||||||| || |||||   |||||||||| | ||||| |||||    
T  40035085 ataagcctctccgattaccaatccagtctgtttacatgattggaggaattggagtcgtgcctgttggtcgtgttatgactggtgtcttgaaaccaggaat 40035184  T
Q  220 ggttgtcacttttgcccctactgg 243  Q
    || ||| ||||||||||| |||||    
T  40035185 ggctgtgacttttgccccaactgg 40035208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4231454 - 4231226
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  4231454 gggagataacatgattgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtccaacacttcttgaggctcttgatcaaatcaatgagcctaagaggccatca 4231355  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||  ||| ||||||||||    
T  4231354 gacaagcccctccgactacctcttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgttcctgtgggacgtgttgagactggtaccatgaaacctggaa 4231255  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactggactg 247  Q
    |||| || |||||||| || |||||||||    
T  4231254 tggtggtgacttttgctccaactggactg 4231226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 7e-61; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4619678 - 4619460
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4619678 gggagataacttgattgagcgttcttctaatcttgactggtacgagggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcaacgagcctaataggccatca 4619579  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
     ||||||| |||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| |||||| | ||||||||||    
T  4619578 aacaagcctctccgattaccacttcgggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggatgtgttgagaccggtgtcttgaaacctggaa 4619479  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccc 237  Q
    || | || |||||||||||    
T  4619478 tgatggtgacttttgcccc 4619460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 1846478 - 1846254
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||||| || |||| |||| | || ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||||||  |  |    
T  1846478 gggagataacatcattgagcactcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaata 1846379  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
      || ||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || || ||| ||||| || | ||||||||||    
T  1846378 ttcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaa 1846279  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactgg 243  Q
    ||||  | ||||||||||| |||||    
T  1846278 tggtgctgacttttgccccaactgg 1846254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 20 - 202
Target Start/End: Original strand, 4787702 - 4787884
Alignment:
Q  20 ggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcag 119  Q
    ||||||||| |||| || ||||| || ||| |||||||||| | |||||| ||||||||||| ||| |||||  ||| || ||||||||||||||||||     
T  4787702 ggagataacttgattgaccgctccactaattttgactggtaaatgggtccgacccttcttgaagctattgacagaatgaaagagcctaagaggccatcaa 4787801  T
Q  120 acaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggt 202  Q
    |   ||| ||||| |||||  ||  |||| ||||||||||||||||||| ||   |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  4787802 atttgcctctccgactaccaattatggatttctacaagattggaggaatcggagttgtgtctgtgggacgtgtcgagactggt 4787884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 4297470 - 4297288
Alignment:
Q  20 ggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcag 119  Q
    ||||||||| |||| || ||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||  ||| || | ||||  ||||||||||     
T  4297470 ggagataacttgattgaccgctccactaattttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagctattgacataatgaaagggcctgcgaggccatcaa 4297371  T
Q  120 acaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggt 202  Q
    |    || ||||| ||| |  |||||||| |||| || |||||||||||  |   |||||||||||| |||||||||||||||    
T  4297370 attttcctctccgactatcaattcaggatttctagaatattggaggaatcagagatgtgcctgtgggccgtgtcgagactggt 4297288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16349136 - 16348918
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||| || | |||| ||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  16349136 gggagataacttggttgagccctctacaaaacttgatgggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgaccgaatcaacgagcctaagaggctatca 16349037  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    |||||||| |||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  || || |||  ||  |||||  |||||||||| | ||||||||||    
T  16349036 gacaagcctctccgattaccacttcagggtgtctacaagattggaggaattggagctttggctgcaggatgtgtcaggactggtgtcttgaaacctggaa 16348937  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccc 237  Q
    |||| || |||||| ||||    
T  16348936 tggtggtgactttttcccc 16348918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 34690835 - 34690611
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  34690835 gggagataacatcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatcgacgagcctaagaggccttca 34690736  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    | ||||||  |  | ||||| |||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | ||||||||||    
T  34690735 ggcaagcctttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtgtgttgaaacctggaa 34690636  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactgg 243  Q
    ||||  | ||||||||||| |||||    
T  34690635 tggtgctgacttttgccccaactgg 34690611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 34713247 - 34713023
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatca 118  Q
    |||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  34713247 gggagataacatcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatcgacgagcctaagaggccttca 34713148  T
Q  119 gacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaa 218  Q
    | ||||||  |  | ||||| |||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | ||||||||||    
T  34713147 ggcaagcctttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtgtgttgaaacctggaa 34713048  T
Q  219 tggttgtcacttttgcccctactgg 243  Q
    ||||  | ||||||||||| |||||    
T  34713047 tggtgctgacttttgccccaactgg 34713023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 21 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 16232174 - 16231954
Alignment:
Q  21 gagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcaga 120  Q
    ||||||||||  | ||||||||||| || |||||||||||  | || ||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||   ||     
T  16232174 gagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttgttgaagctattgaccaaatcagcgagcctaagaggcccgaagg 16232075  T
Q  121 caagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatg 220  Q
    |||||| || || || || |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||  |||| || ||||||    
T  16232074 caagcctctgcgacttccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggtattaaagcccggaatg 16231975  T
Q  221 gttgtcacttttgcccctact 241  Q
    ||  | |||||||||||||||    
T  16231974 gtactgacttttgcccctact 16231954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 33860830 - 33860757
Alignment:
Q  19 gggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgacc 92  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  33860830 gggagataacttgattgagcgctctactaatcttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgacc 33860757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 26 - 255
Target Start/End: Original strand, 7520020 - 7520249
Alignment:
Q  26 aacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagc 125  Q
    |||||||| ||| | ||||| || ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  |||||||||    
T  7520020 aacatgattgagaggtctaccaaccttgactggtacaagggaccaactctccttgaggctcttgaccagatcaacgagcccaagagacccacagacaagc 7520119  T
Q  126 ccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgt 225  Q
    ||||| | || ||  | || ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||| |  | || || || ||||||||    
T  7520120 ccctcaggcttccattgcaagatgtttacaagattggtggtattggaactgtgccagttggacgtgttgagaccggtattgtgaagcccggtatggttgt 7520219  T
Q  226 cacttttgcccctactggactgacaactga 255  Q
     |||||||  || |||||  ||||||||||    
T  7520220 gacttttggacccactggtttgacaactga 7520249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 50 - 255
Target Start/End: Original strand, 7529581 - 7529786
Alignment:
Q  50 cttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatg 149  Q
    ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||| | || ||  | || ||||    
T  7529581 cttgactggtacaagggaccaactctccttgaggctcttgaccagatcaacgagcccaagagacccacagacaagcccctcaggcttccattgcaagatg 7529680  T
Q  150 tctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgac 249  Q
    | ||||||||||| || ||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||| |  | || || || |||||||| |||||||  || ||||| || ||    
T  7529681 tttacaagattggtggtattggaactgtgccagtcggacgtgttgagaccggtattgtgaagcccggtatggttgtgacttttggacccactggtctaac 7529780  T
Q  250 aactga 255  Q
    ||||||    
T  7529781 aactga 7529786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 107
Target Start/End: Original strand, 39242561 - 39242650
Alignment:
Q  20 ggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttga--ggctcttgaccaaatcaacgagccta 107  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||||||   |||||||||| | ||||||||||||    
T  39242561 ggagataacttgattgagcgctctactaatattgactggtacaacagtcccacccttcttgaagcgctcttgaccgattcaacgagccta 39242650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University