View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10197_low_21 (Length: 336)

Name: NF10197_low_21
Description: NF10197
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10197_low_21
NF10197_low_21
[»] chr5 (24 HSPs)
chr5 (88-325)||(43384945-43385187)
chr5 (137-327)||(30695291-30695478)
chr5 (125-325)||(32485944-32486143)
chr5 (125-325)||(19502307-19502507)
chr5 (170-325)||(12018731-12018888)
chr5 (170-325)||(12023289-12023446)
chr5 (125-325)||(26336764-26336964)
chr5 (170-326)||(7103943-7104101)
chr5 (170-325)||(7099374-7099531)
chr5 (170-325)||(16794108-16794265)
chr5 (170-325)||(16798669-16798826)
chr5 (125-326)||(36632313-36632500)
chr5 (88-276)||(20830251-20830437)
chr5 (234-325)||(37682036-37682127)
chr5 (181-326)||(40371750-40371893)
chr5 (234-325)||(37658732-37658823)
chr5 (125-325)||(40367570-40367757)
chr5 (170-327)||(10274544-10274698)
chr5 (221-325)||(10277204-10277306)
chr5 (9-62)||(43385213-43385266)
chr5 (201-276)||(20808675-20808749)
chr5 (167-203)||(5733078-5733114)
chr5 (170-203)||(37658845-37658878)
chr5 (170-203)||(37682149-37682182)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (128-327)||(22901152-22901351)
chr7 (127-328)||(47419539-47419738)
chr7 (137-325)||(27761397-27761582)
chr7 (170-325)||(7940083-7940240)
chr7 (170-325)||(7944636-7944793)
chr7 (137-325)||(27756846-27757031)
chr7 (125-325)||(35705634-35705833)
chr7 (125-327)||(7466482-7466671)
chr7 (125-256)||(733625-733756)
chr7 (173-253)||(13828109-13828189)
chr7 (221-295)||(37355589-37355663)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (128-325)||(31670090-31670286)
chr4 (125-325)||(10317022-10317220)
chr4 (126-325)||(8892580-8892778)
chr4 (137-325)||(53722007-53722192)
chr4 (170-325)||(3770842-3770999)
chr4 (125-325)||(27186142-27186344)
chr4 (170-325)||(44147023-44147180)
chr4 (170-325)||(44151558-44151715)
chr4 (123-325)||(50627899-50628087)
chr4 (125-318)||(43683633-43683813)
chr4 (125-227)||(35842843-35842945)
chr4 (170-326)||(41884924-41885076)
chr4 (170-325)||(31359151-31359303)
chr4 (170-325)||(49274517-49274668)
chr4 (170-290)||(53785880-53785999)
chr4 (228-325)||(31354678-31354772)
chr4 (221-261)||(45976223-45976263)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (137-325)||(8315475-8315661)
chr6 (137-327)||(17096246-17096433)
chr6 (125-325)||(17895682-17895881)
chr6 (137-326)||(8320014-8320200)
chr6 (137-325)||(27552082-27552267)
chr6 (150-325)||(14531771-14531945)
chr6 (125-325)||(17886807-17887000)
chr6 (149-325)||(17779914-17780089)
chr6 (137-325)||(27574710-27574884)
chr6 (217-262)||(17163689-17163734)
chr6 (170-283)||(6440865-6440976)
chr6 (220-262)||(17159659-17159701)
chr6 (221-258)||(7888213-7888250)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (125-326)||(42234653-42234852)
chr8 (128-325)||(28644562-28644757)
chr8 (125-325)||(33071918-33072116)
chr8 (170-325)||(197684-197841)
chr8 (170-325)||(202202-202359)
chr8 (170-325)||(312521-312678)
chr8 (170-325)||(317039-317196)
chr8 (137-326)||(30410301-30410487)
chr8 (170-326)||(43812044-43812200)
chr8 (170-325)||(43807485-43807640)
chr8 (137-260)||(30405792-30405914)
chr8 (128-327)||(38757001-38757186)
chr8 (217-325)||(41949802-41949908)
chr8 (227-326)||(41945338-41945434)
chr8 (149-296)||(27435173-27435314)
chr8 (285-325)||(30405921-30405960)
chr8 (167-203)||(1286739-1286775)
chr8 (167-203)||(1291445-1291481)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (137-325)||(21847109-21847296)
chr3 (137-325)||(21850199-21850386)
chr3 (125-325)||(9697586-9697786)
chr3 (123-325)||(43547723-43547925)
chr3 (99-326)||(11004337-11004561)
chr3 (170-325)||(54171924-54172081)
chr3 (126-326)||(9105274-9105472)
chr3 (170-325)||(54167344-54167501)
chr3 (170-325)||(39399127-39399279)
chr3 (122-247)||(43554645-43554770)
chr3 (173-264)||(755889-755981)
chr3 (246-325)||(43554292-43554371)
chr3 (170-278)||(38175790-38175896)
chr3 (221-253)||(755824-755856)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (128-325)||(12999426-12999622)
chr2 (170-325)||(36670503-36670660)
chr2 (170-325)||(36675051-36675208)
chr2 (137-325)||(8055392-8055577)
chr2 (149-325)||(8050839-8051013)
chr2 (137-326)||(6463410-6463584)
chr2 (163-327)||(13270982-13271133)
chr2 (170-325)||(35950443-35950595)
chr2 (170-326)||(41093823-41093976)
chr2 (170-258)||(34590280-34590366)
chr2 (217-262)||(29768002-29768047)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (125-325)||(43591780-43591978)
chr1 (128-326)||(16588440-16588636)
chr1 (137-325)||(39793831-39794016)
chr1 (128-325)||(26311522-26311705)
chr1 (128-325)||(26316013-26316196)
chr1 (170-325)||(10504436-10504588)
chr1 (167-203)||(41879941-41879977)
chr1 (170-203)||(17459045-17459078)
chr1 (167-203)||(36164377-36164413)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (170-325)||(2980-3137)
scaffold0440 (170-325)||(7506-7662)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (170-325)||(44865-45022)
scaffold0044 (170-325)||(49445-49602)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (214-323)||(60194-60302)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 170; Significance: 3e-91; HSPs: 24)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 88 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 43385187 - 43384945
Alignment:
Q  88 tgatagaattgaaaatgaaagttgttattggatgatgatgaaaatatacaaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagc 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  43385187 tgatagaattgaaaatgaaagttgttattggatgatgatggaaatattcaaggaggtagctttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaac 43385088  T
Q  188 aatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa-caaacttgtgattaaccactgattgcga 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||  ||    
T  43385087 aatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaagcaaa--tgtgattaaccactaattatga 43384990  T
Q  287 ttatcacta----aaactaaacttgaatt--aaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||    ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  43384989 ttatcactaaactaaactaaacttgaattaaaaaacaaactaaca 43384945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 137 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 30695478 - 30695291
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  30695478 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatactaacctctaacaaacttgtaa 30695380  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695379 caaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 30695291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Original strand, 32485944 - 32486143
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  32485944 atgaaaatatataaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaaggaggttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctct 32486042  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32486043 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 32486141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 19502507 - 19502307
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||| ||||| |||    
T  19502507 atgaaaatatataaaggaggtagctt-atatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttattttctaacctct 19502409  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga-ttaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaacta 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19502408 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgatttaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaacta 19502310  T
Q  323 aca 325  Q
    |||    
T  19502309 aca 19502307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 12018888 - 12018731
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018888 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12018789  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018788 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 12018731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 12023446 - 12023289
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12023347  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023346 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 12023289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Original strand, 26336764 - 26336964
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  26336764 atgaaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctct 26336862  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26336863 aacaaacatgtaacaaacatcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcaccgattgtgattatcactaaaattaaacttgaattaaaacaaactaa 26336962  T
Q  324 ca 325  Q
    ||    
T  26336963 ca 26336964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 170 - 326
Target Start/End: Original strand, 7103943 - 7104101
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7103943 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7104042  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104043 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 7104101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 7099374 - 7099531
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099374 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7099473  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099474 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7099531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 16794265 - 16794108
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794265 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16794166  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794165 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16794108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 16798826 - 16798669
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798826 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16798727  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798726 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16798669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 125 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 36632500 - 36632313
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  36632500 atgaaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctct 36632402  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    |||||||||||||||            ||||||||||||  ||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36632401 aacaaacttgtaaca------------aactaaaacaaa-gtgtgattattcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaa 36632316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 88 - 276
Target Start/End: Original strand, 20830251 - 20830437
Alignment:
Q  88 tgatagaattgaaaa-tgaaagttgttattggatgatgatgaaaatatacaaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaag 186  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||  ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  20830251 tgatagaattgaaaagtgagaattgttattg-atactgatgaaaatatataagtaggtagctt-atatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaag 20830348  T
Q  187 caatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaacca 276  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||    
T  20830349 caatgtaacaaacacttgatcttatttgctaatctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactgaaactaa-atgtgattaacca 20830437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 234 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 37682127 - 37682036
Alignment:
Q  234 taacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37682127 taacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 37682036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 181 - 326
Target Start/End: Original strand, 40371750 - 40371893
Alignment:
Q  181 cacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactga 280  Q
    ||||| |||||||| |||| |||||| |||| | ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||    
T  40371750 cacaaacaatgtaataaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaatctctga 40371848  T
Q  281 ttgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40371849 ttgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 40371893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 234 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 37658823 - 37658732
Alignment:
Q  234 taacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37658823 taacaaacttcataacaagctaaaacaaacttgtgattaaccactgattatgattatgactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 37658732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Original strand, 40367570 - 40367757
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagtt-gcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttc 222  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||| | ||    
T  40367570 atgaaaatgtacaaaggaggtagctt-atatacaatatctaaccaagtttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactagcctc 40367668  T
Q  223 taacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaacta 322  Q
    |||||||||||            |||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40367669 taacaaacttg------------taacaaactaaaacaaa-atgtgattaatctctgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaacta 40367754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 170 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 10274698 - 10274544
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 269  Q
    ||||||||||| |||||| |  |||||||||||| |  ||||  |||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||||    
T  10274698 gttgcttgaagtacaagctaaataacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gtga 10274601  T
Q  270 ttaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 327  Q
    ||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10274600 ttaaccattaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 10274544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 221 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 10277306 - 10277204
Alignment:
Q  221 tctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaac 320  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10277306 tctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaac 10277209  T
Q  321 taaca 325  Q
    |||||    
T  10277208 taaca 10277204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 43385266 - 43385213
Alignment:
Q  9 agcagcagagaatggaagcatttggtttcttagggttttgtagtttagtgattt 62  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43385266 agcaacagagaatggaagcatttggtttcttagggttttgtagttttgtgattt 43385213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 276
Target Start/End: Original strand, 20808675 - 20808749
Alignment:
Q  201 ctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaacca 276  Q
    |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||    
T  20808675 ctagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaa-atgtgattaacca 20808749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 5733114 - 5733078
Alignment:
Q  167 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacccta 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5733114 taagttgcttgaagcacaagcaaagtaacaaacccta 5733078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 37658878 - 37658845
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacccta 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37658878 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactcta 37658845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 37682182 - 37682149
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacccta 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37682182 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactcta 37682149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 128 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 22901351 - 22901152
Alignment:
Q  128 aaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaac 226  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||    
T  22901351 aaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaac 22901253  T
Q  227 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22901252 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaactttaattaaaacaaactaacaa 22901153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 127 - 328
Target Start/End: Original strand, 47419539 - 47419738
Alignment:
Q  127 gaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaa 225  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||    
T  47419539 gaaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaaacacaaacaatgtaacaaactctagatattatctgctaacctctaa 47419637  T
Q  226 caaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  47419638 gaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaaataata 47419735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 137 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 27761582 - 27761397
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | | ||| ||||||||||||||||    
T  27761582 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttgtaa 27761484  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761483 caaacttcataacaaactaaaacaga-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27761397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 7940083 - 7940240
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940083 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7940182  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940183 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7940240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 7944636 - 7944793
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944636 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7944735  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944736 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7944793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 137 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 27757031 - 27756846
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | | ||| ||||||||||||||||    
T  27757031 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttgtaa 27756933  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756932 caaacttcataacaaactaaaacaga-atgcgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27756846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 35705833 - 35705634
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaagga--ggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttc 222  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||    
T  35705833 atgaaaatatacaaagaaaggtagctt-atatacaatgtctagctg-gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctc 35705736  T
Q  223 taacaaacttgtaacaaacttcat-aacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaact 321  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35705735 taacaaacttgtaacaaactccataaacaaactaaaacaaa-atgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaact 35705638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 125 - 327
Target Start/End: Original strand, 7466482 - 7466671
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  7466482 atgaaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctct 7466580  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    ||||||||||            |||||||||||||||||  ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7466581 aacaaacttg------------taacaaactaaaacaaa-atgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 7466667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 125 - 256
Target Start/End: Original strand, 733625 - 733756
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  733625 atgaaagtatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctct 733723  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaa 256  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  733724 aacaaaattgtaacaaatttcataacaaactaa 733756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 253
Target Start/End: Original strand, 13828109 - 13828189
Alignment:
Q  173 gcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaac 253  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| | ||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13828109 gcttgaagcacaagcaatgtaacagaccctaactattattagatacactctaacaaacttgtaacaaacttcagaacaaac 13828189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 221 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 37355663 - 37355589
Alignment:
Q  221 tctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcacta 295  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| |||   | |||||||||||| | || |||||||||||    
T  37355663 tctaagaaacttgtaacaactttcataacaaactaaagcaataatatgattaaccactaagtgtgattatcacta 37355589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 128 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 31670286 - 31670090
Alignment:
Q  128 aaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaac 226  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||    
T  31670286 aaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaagcagaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaac 31670188  T
Q  227 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31670187 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaac-tgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 31670090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Original strand, 10317022 - 10317220
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  10317022 atgaaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctct 10317120  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317121 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactacaacaaa-gtgtgattaatcactgattgtgattataact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaa 10317218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 126 - 325
Target Start/End: Original strand, 8892580 - 8892778
Alignment:
Q  126 tgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttcta 224  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||  ||||    
T  8892580 tgaaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcgatgtaacaaactctatatcttatttgctaatctcta 8892678  T
Q  225 acaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaac 324  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892679 acaaatttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaac 8892777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 137 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 53722192 - 53722007
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  53722192 aaggaggtagctt-atatacaatatatagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctagcctctaacaaacttgtaa 53722094  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53722093 caaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 53722007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 3770999 - 3770842
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3770900  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770899 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 3770842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 27186344 - 27186142
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  27186344 atgaaaatatacaaaggaggcagctt-atatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatttgctaacctct 27186246  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataac-aaactaaaaca-aacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaact 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||  ||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27186245 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaaactaaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaact 27186146  T
Q  322 aaca 325  Q
    ||||    
T  27186145 aaca 27186142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 44147180 - 44147023
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147180 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44147081  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147080 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 44147023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 44151715 - 44151558
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44151616  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151615 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 44151558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 123 - 325
Target Start/End: Original strand, 50627899 - 50628087
Alignment:
Q  123 tgatgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaactt 221  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |    
T  50627899 tgatgaaaatatataaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacct 50627997  T
Q  222 ctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaact 321  Q
    ||||||||||||||||||||    ||| |||  ||||       |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  50627998 ctaacaaacttgtaacaaac----taaaaaa--aaaa-------gtgattaatcactgattgtgatta-cactaaaactaatcttgaattaaaacaaact 50628083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 125 - 318
Target Start/End: Original strand, 43683633 - 43683813
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||     
T  43683633 atgaaaatatacaaaggatgtagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttatttgctaacctc- 43683730  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaa 318  Q
              |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43683731 ----------taacaaacttcataacaaactaaaacaaa-gtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaa-taaacttgaattaaaacaa 43683813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 125 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 35842945 - 35842843
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  35842945 atgaaaatatacaaaggaggtag-tttatatacaatgtctaactaagttgcttgaagcacaagcattgtaacaaactctagatcttatttgctaacctct 35842847  T
Q  224 aaca 227  Q
    ||||    
T  35842846 aaca 35842843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 170 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 41885076 - 41884924
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 269  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| || ||||  |||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||||    
T  41885076 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaat-gtga 41884980  T
Q  270 ttaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  41884979 ttaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaaccaacaa 41884924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 31359303 - 31359151
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 269  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |  ||||  |||||  |||||| ||||||||||||| |||||| |||||| || | || | ||||    
T  31359303 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcatagcaaactgaatctaaat-gtga 31359206  T
Q  270 ttaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31359205 ttaaccactaattgtgattatcattaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 31359151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 49274517 - 49274668
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 269  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |  ||||  |||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||||    
T  49274517 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaat-gtga 49274613  T
Q  270 ttaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||| |||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49274614 ttaaccactaattatgatcatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 49274668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 170 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 53785999 - 53785880
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaca-aacttgtg 268  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||  ||||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||  |  ||||    
T  53785999 gttgcttgaagcacaagctatgtaacaaacccta-actatataagctagtttctaacaaacttgtaacaaa-ttcttaacaaacaaaaacactaaatgtg 53785902  T
Q  269 attaaccactgattgcgattat 290  Q
    |||||||||||| || ||||||    
T  53785901 attaaccactgagtgtgattat 53785880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 31354772 - 31354678
Alignment:
Q  228 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || | || | ||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  31354772 aacttgtaacaaaattcataacaa-ctgaatctaaat-gtgattaaccactaattgtaattatcactaaa-ctaaacttaaattaaaacaaactaaca 31354678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 221 - 261
Target Start/End: Original strand, 45976223 - 45976263
Alignment:
Q  221 tctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaa 261  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45976223 tctaaaaaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaa 45976263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 141; Significance: 7e-74; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 137 - 325
Target Start/End: Original strand, 8315475 - 8315661
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  8315475 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8315573  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315574 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8315661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 137 - 327
Target Start/End: Original strand, 17096246 - 17096433
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  17096246 aaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactatagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaa 17096344  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17096345 caaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 17096433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Original strand, 17895682 - 17895881
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| |||    
T  17895682 atgaaaaaatacaaaggaggtagctt-atatacaatgcctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaattctagatcttatttgctaacctct 17895780  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17895781 aacaaacttgtaacaaacttcagaacaaactaaaataaa-atgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 17895879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 137 - 326
Target Start/End: Original strand, 8320014 - 8320200
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  8320014 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8320112  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320113 caaacttcataacaaactaaaacata-ttgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 8320200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 137 - 325
Target Start/End: Original strand, 27552082 - 27552267
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| | |||||||| |||||    
T  27552082 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacgtttaacaaacctgtaa 27552180  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27552181 caaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27552267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 150 - 325
Target Start/End: Original strand, 14531771 - 14531945
Alignment:
Q  150 tatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataac 249  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14531771 tatatacaatgtctagctaagttgcttcaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacctgtaacaaacttcataac 14531870  T
Q  250 aaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
     ||||||||||||  ||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14531871 gaactaaaacaaa-atgtgattaatcattgattgtgattataactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 14531945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Original strand, 17886807 - 17887000
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  17886807 atgaaaaaatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagctgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctct 17886905  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    |||||||||       |||| ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17886906 aacaaactt------tactttataacaaactaaaacaaa-atgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 17886998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 149 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 17780089 - 17779914
Alignment:
Q  149 ttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataa 248  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||| | ||| | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  17780089 ttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaaatcttatctactagcctctaacaaacttttaacaaacttcataa 17779990  T
Q  249 caaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17779989 caaactaaaacaaa-atgtgattaatctctgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattcaaaacaaactaaca 17779914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 137 - 325
Target Start/End: Original strand, 27574710 - 27574884
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||| ||||||||||||        
T  27574710 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactttagatcttatctgctaacctctaacaaactt---- 27574804  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
           ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27574805 -------cataacaaactaaaacaaaat-gtgattaaccactgattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 27574884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 17163734 - 17163689
Alignment:
Q  217 aacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa 262  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17163734 aacttctaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaa 17163689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 170 - 283
Target Start/End: Original strand, 6440865 - 6440976
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 269  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |  ||||  |||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | ||  |||||    
T  6440865 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaa-atgtga 6440962  T
Q  270 ttaaccactgattg 283  Q
    ||||||||| ||||    
T  6440963 ttaaccactaattg 6440976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 220 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 17159701 - 17159659
Alignment:
Q  220 ttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa 262  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  17159701 ttctaaccaacttgtaacaaacgtcaaaacaaactaaaacaaa 17159659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 221 - 258
Target Start/End: Original strand, 7888213 - 7888250
Alignment:
Q  221 tctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa 258  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7888213 tctaacaaagttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaa 7888250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 125 - 326
Target Start/End: Original strand, 42234653 - 42234852
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaagga-ggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  42234653 atgaaaatatacaaagaaggtag-tttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctct 42234751  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234752 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-gtgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaa 42234849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 128 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 28644757 - 28644562
Alignment:
Q  128 aaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaac 226  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||    
T  28644757 aaaatatacaaaggaggtagctt-atatacactgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaac 28644659  T
Q  227 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644658 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 28644562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 33072116 - 33071918
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||     
T  33072116 atgaaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctcc 33072018  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33072017 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaagaaa-gtgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaa 33071920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 197684 - 197841
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197684 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 197783  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197784 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 197841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 202202 - 202359
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202202 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 202301  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202302 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 202359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 312521 - 312678
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312521 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 312620  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312621 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 312678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 317039 - 317196
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317039 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 317138  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317139 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 317196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 137 - 326
Target Start/End: Original strand, 30410301 - 30410487
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  30410301 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaaatctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 30410399  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30410400 caaacttcataacaaattaaaacaga-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 30410487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 170 - 326
Target Start/End: Original strand, 43812044 - 43812200
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  43812044 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaga-atgt 43812142  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43812143 gattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaagctaacaa 43812200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 43807485 - 43807640
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  43807485 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaga-atgt 43807583  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43807584 gattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43807640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 137 - 260
Target Start/End: Original strand, 30405792 - 30405914
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  30405792 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaattctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 30405890  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaaca 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  30405891 caaacttcataacaaactaaaaca 30405914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 128 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 38757186 - 38757001
Alignment:
Q  128 aaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaac 226  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||    
T  38757186 aaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatatctggctaggttgcttgaatcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaac 38757088  T
Q  227 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    ||||||||||||            |||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757087 aaacttgtaaca------------aactaaaacaga-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 38757002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 217 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 41949908 - 41949802
Alignment:
Q  217 aacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaac 316  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||     
T  41949908 aacttgtaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaga-gtgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaagcttgaattaaaag 41949811  T
Q  317 aaactaaca 325  Q
    |||||||||    
T  41949810 aaactaaca 41949802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 227 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 41945434 - 41945338
Alignment:
Q  227 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| | |||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41945434 aaacttgtaaccaacttg-taacaaactaaaacaaagt-gtgattaatcattgattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacaa 41945338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 296
Target Start/End: Original strand, 27435173 - 27435314
Alignment:
Q  149 ttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaa-acttcata 247  Q
    ||||||||||| | ||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||| ||||||       |||||||||||||| |  |||||    
T  27435173 ttatatacaatatctacttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaacccta-actctatgtgctaat------caaacttgtaacaataactcata 27435265  T
Q  248 acaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaa 296  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  27435266 acaaactaaaacaataatgtgattaaccactaagtgagattatcactaa 27435314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 325
Target Start/End: Original strand, 30405921 - 30405960
Alignment:
Q  285 gattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30405921 gattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 30405960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 167 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 1286775 - 1286739
Alignment:
Q  167 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacccta 203  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  1286775 taagttgcttgaagtacaagcaaagtaacaaacccta 1286739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 167 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 1291481 - 1291445
Alignment:
Q  167 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacccta 203  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  1291481 taagttgcttgaagcacaagcagagtaacaaacccta 1291445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 137 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 21847296 - 21847109
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  21847296 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaa 21847198  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21847197 caaacttcataacaaactaaaacaaac-tgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaaca 21847109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 137 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 21850386 - 21850199
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  21850386 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaa 21850288  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21850287 caaacttcataacaaactaaaacaaac-tgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaaca 21850199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 9697786 - 9697586
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||    
T  9697786 atgaaaatatacaaaggaggcagctt-atatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatttgctaacctct 9697688  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9697687 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 9697588  T
Q  324 ca 325  Q
    ||    
T  9697587 ca 9697586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 123 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 43547925 - 43547723
Alignment:
Q  123 tgatgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaactt 221  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| |    
T  43547925 tgatgaaaatatacaaaggagatagctt-atatacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacct 43547827  T
Q  222 ctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaact 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  43547826 ctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaagct 43547727  T
Q  322 aaca 325  Q
    ||||    
T  43547726 aaca 43547723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 99 - 326
Target Start/End: Original strand, 11004337 - 11004561
Alignment:
Q  99 aaaatgaaagttgttattggatgatgatgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaa 197  Q
    ||||||||| ||||||||| ||  | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  11004337 aaaatgaaaattgttattg-atacttatgaaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaggttgcttgaagcacaaacaatgtaacaa 11004434  T
Q  198 accctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaa 297  Q
    || |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||  ||||||||| |||||||||| ||    
T  11004435 actctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgtgattattcactgattgtgattatcact-aa 11004532  T
Q  298 actaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11004533 actaaacttgaattaaaacaaactaacaa 11004561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 54171924 - 54172081
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54171924 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54172023  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54172024 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 54172081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 126 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 9105472 - 9105274
Alignment:
Q  126 tgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttcta 224  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||    
T  9105472 tgaaaatatacaaaggaggtagctc-atatacaatgtctagttaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctcta 9105374  T
Q  225 acaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaac 324  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9105373 acaaacttgtaacatacttcataacaaactaaagcaaa-atgtgattaatcattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaac 9105276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 54167344 - 54167501
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagatt--ttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||      ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167344 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacacccttatttggtaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54167443  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167444 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 54167501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 39399127 - 39399279
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 269  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |  ||||  |||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||||    
T  39399127 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gtga 39399224  T
Q  270 ttaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39399225 ttaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 39399279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 122 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 43554770 - 43554645
Alignment:
Q  122 atgatgaaaatatacaag-gaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaact 220  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||  ||||||||||| |  |||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||     
T  43554770 atgataaaaatatacaaaagaggtagctc-atatacaatgtcttactaagttgcttgaaacagaagcaatgtaataaactctagatcttatttgttaacc 43554672  T
Q  221 tctaacaaacttgtaacaaacttcata 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  43554671 tctaacaaacttgtaacaaacttcata 43554645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 173 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 755981 - 755889
Alignment:
Q  173 gcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctaga-ttttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaact 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| | ||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  755981 gcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctaaccttttattagttacactctaacaaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaact 755889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 246 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 43554371 - 43554292
Alignment:
Q  246 taacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||  ||  ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43554371 taacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 43554292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 278
Target Start/End: Original strand, 38175790 - 38175896
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 269  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| || ||||  |||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||  |||||    
T  38175790 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaaactaa-atgtga 38175887  T
Q  270 ttaaccact 278  Q
    |||||||||    
T  38175888 ttaaccact 38175896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 221 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 755856 - 755824
Alignment:
Q  221 tctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaac 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  755856 tctaacaaacttgtaacaaacttcaaaacaaac 755824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 131; Significance: 6e-68; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 128 - 325
Target Start/End: Original strand, 12999426 - 12999622
Alignment:
Q  128 aaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaac 226  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||    
T  12999426 aaaatatacaaaggagatagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagtaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaac 12999524  T
Q  227 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12999525 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaaccactgattgttattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 12999622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 36670660 - 36670503
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670660 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36670561  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670560 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36670503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 36675208 - 36675051
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675208 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36675109  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675108 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36675051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 137 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 8055577 - 8055392
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||||| ||    
T  8055577 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgcaa 8055479  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055478 caaacttcataacaaactaaaataga-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8055392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 149 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 8051013 - 8050839
Alignment:
Q  149 ttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataa 248  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8051013 ttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataa 8050914  T
Q  249 caaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||| | |  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8050913 caaactaaaataga-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8050839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 137 - 326
Target Start/End: Original strand, 6463410 - 6463584
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||| | ||||| |||||||||||||       
T  6463410 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaaataatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg--- 6463505  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
             |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6463506 ---------taacaaactaaaacaaa-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaagacaaactaacaa 6463584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 163 - 327
Target Start/End: Original strand, 13270982 - 13271133
Alignment:
Q  163 tagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa 262  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||||| |||||| ||||| ||||||||||||            |||||||||||||| |||    
T  13270982 tagctaagttgcttgaagcaaaaacaatgtaacaaactttagatcttatttactaacctctaacaaactt------------ataacaaactaaaataaa 13271069  T
Q  263 cttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 327  Q
     | || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271070 gt-gtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 13271133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 35950443 - 35950595
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 269  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |  |||   |||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||||    
T  35950443 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttacgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaacctaaat-gtga 35950540  T
Q  270 ttaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35950541 ttaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 35950595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 41093976 - 41093823
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 269  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |  ||||  |||||  |||||| || |||||||||| ||||||||||||| || | || |  |||    
T  41093976 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaatttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaata-tga 41093879  T
Q  270 ttaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  41093878 ttaatcactaattgtgattatcactaaa-ctaaatttgaattaaaacaaaccaacaa 41093823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 34590366 - 34590280
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa 258  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||||||| | | ||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34590366 gttgcttaaagcacaagctatataacaaacccta-actctatatgctaatctctaacaaacttgtaacaaa-ttcataacaaactaaaa 34590280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 217 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 29768047 - 29768002
Alignment:
Q  217 aacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa 262  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  29768047 aacttataaccaacttgtaacaaactttaaaacaaactaaaacaaa 29768002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 126; Significance: 6e-65; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 125 - 325
Target Start/End: Original strand, 43591780 - 43591978
Alignment:
Q  125 atgaaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttct 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  43591780 atgaaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagccaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagattttatttgctaacctct 43591878  T
Q  224 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 323  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||  || |||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43591879 aacaatattgtaacaaacttcataacaaactaaaataaa-gtgcgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaa 43591976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 128 - 326
Target Start/End: Original strand, 16588440 - 16588636
Alignment:
Q  128 aaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaac 226  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||| ||||||    
T  16588440 aaaatatacaaaggaggtagctt-atatacaatgtctagctaagttgcttaaaacacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatgataacctctaac 16588538  T
Q  227 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588539 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtgattaaccacttattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 16588636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 137 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 39794016 - 39793831
Alignment:
Q  137 aaggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 236  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  39794016 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 39793918  T
Q  237 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39793917 caaacttcataacaaactaaaacaga-atgagattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 39793831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 128 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 26311705 - 26311522
Alignment:
Q  128 aaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaac 226  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||    
T  26311705 aaaatatacaaaggaagtagctt-atatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaac 26311607  T
Q  227 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||            |||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311606 aaacttgtaaca------------aactaaaacaga-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 26311522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 128 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 26316196 - 26316013
Alignment:
Q  128 aaaatatacaa-ggaggtagctttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaac 226  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||    
T  26316196 aaaatatacaaaggaagtagctt-atatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaac 26316098  T
Q  227 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    ||||||||||||            |||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26316097 aaacttgtaaca------------aactaaaacaga-atgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 26316013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 10504588 - 10504436
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtga 269  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| |  ||||  |||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | || | ||||    
T  10504588 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaat-gtga 10504491  T
Q  270 ttaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10504490 ttaatcactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 10504436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 41879977 - 41879941
Alignment:
Q  167 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacccta 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41879977 taagttgcttgaagcacaagcaaagtaacaaacccta 41879941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 203
Target Start/End: Original strand, 17459045 - 17459078
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacccta 203  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17459045 gttgcttgaagcacaagctatgtaacaaacccta 17459078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 167 - 203
Target Start/End: Original strand, 36164377 - 36164413
Alignment:
Q  167 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacccta 203  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  36164377 taagttgcttaaagcacaagcaaagtaacaaacccta 36164413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 3137 - 2980
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3137 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3038  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3037 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 2980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 7662 - 7506
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7662 gttgcttgaaacacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-ttgt 7564  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7563 gattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 44865 - 45022
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44865 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44964  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44965 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 45022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 170 - 325
Target Start/End: Original strand, 49445 - 49602
Alignment:
Q  170 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctag--attttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49445 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 49544  T
Q  268 gattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 325  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49545 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 49602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 214 - 323
Target Start/End: Original strand, 60194 - 60302
Alignment:
Q  214 gctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgcgattatcactaaaactaaacttgaattaa 313  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||   |  ||||||||| |||| |||| ||||||  |  ||| | ||||||||||||    
T  60194 gctaatttctaacaaactggtaacaaaatttataacaaactaaaaattaaatgtgattaatcactaattgtgattatatcacaaagt-aacttgaattaa 60292  T
Q  314 aacaaactaa 323  Q
    ||||||||||    
T  60293 aacaaactaa 60302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University