View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10199_low_1 (Length: 611)

Name: NF10199_low_1
Description: NF10199
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10199_low_1
NF10199_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (88-601)||(1983719-1984235)
chr1 (88-601)||(1976353-1976869)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (88-601)||(27161586-27162108)
chr2 (109-480)||(22910500-22910880)
chr2 (387-597)||(23720136-23720352)
chr2 (539-597)||(22910449-22910507)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (88-601)||(20956080-20956602)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (95-601)||(3629-4144)
scaffold0313 (95-601)||(17786-18301)
[»] scaffold0764 (1 HSPs)
scaffold0764 (95-601)||(2468-2986)
[»] scaffold1531 (1 HSPs)
scaffold1531 (88-385)||(1387-1685)
[»] scaffold0059 (2 HSPs)
scaffold0059 (166-319)||(42511-42664)
scaffold0059 (459-516)||(42347-42404)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 88 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 1984235 - 1983719
Alignment:
Q  88 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactg---ctgctgaagtacagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 184  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1984235 ttgctgcaatttctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatactgctgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 1984136  T
Q  185 tactgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 284  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1984135 taatgaagttgaagaaaatactgagccaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 1984036  T
Q  285 gaaatccttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatactcaagggtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatatgg 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1984035 gaaatccttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaagagtttgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatatgg 1983936  T
Q  385 aagatccaagcacagatttgcatgtctaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcc 484  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1983935 aagatcctagcacagatttgcatgtgtaccaagatgcacaacctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcc 1983836  T
Q  485 tgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcagga 584  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1983835 tgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcagga 1983736  T
Q  585 tcacttccctctgatga 601  Q
    |||||||||||||||||    
T  1983735 tcacttccctctgatga 1983719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 88 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 1976869 - 1976353
Alignment:
Q  88 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctgctg---aagtacagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 184  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976869 ttgctgcaatttctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctgctgctgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 1976770  T
Q  185 tactgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 284  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976769 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgttgtggtataaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 1976670  T
Q  285 gaaatccttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatactcaagggtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatatgg 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1976669 gaaatccttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaagagtttgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatatgg 1976570  T
Q  385 aagatccaagcacagatttgcatgtctaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcc 484  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1976569 aagatcctagcacagatttgcatgtgtaccaagatgcacaacctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcc 1976470  T
Q  485 tgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcagga 584  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976469 tgcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcagga 1976370  T
Q  585 tcacttccctctgatga 601  Q
    |||||||||||||||||    
T  1976369 tcacttccctctgatga 1976353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 88 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 27162108 - 27161586
Alignment:
Q  88 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctgctg---aagtacagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27162108 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctgctgctgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 27162009  T
Q  185 tactgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 284  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27162008 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggct 27161909  T
Q  285 gaaatccttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatactcaagggtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatatgg 384  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  27161908 gaaattcttgtctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtgg 27161809  T
Q  385 aagatccaagcacagatttgcatgtctaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaaga 478  Q
    ||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27161808 aagatccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaaga 27161709  T
Q  479 aattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagca 578  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161708 aaatcctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagca 27161609  T
Q  579 tcaggatcacttccctctgatga 601  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  27161608 tcaggatcacttccctctgatga 27161586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 109 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 22910880 - 22910500
Alignment:
Q  109 aacttcagaatgttgactcaact---gctgctgaagtacagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttactgaagttgaagaaaatac 205  Q
    |||||||||| ||||||||||||   ||||||| ||| |||||||||  |    | ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  22910880 aacttcagaaagttgactcaactagtgctgctgcagttcagaatgttactgtctcacctgctgaacaacttcagaaagttgatgaagttgaagaaaatgc 22910781  T
Q  206 tgagcaaactgctcaagaagt-tgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaatccttgtctctcaaag 304  Q
    |||| || | ||  ||||| | || | ||| ||  | | |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  22910780 tgagaaagcagca-aagaaatatgttgatgctgctgaagaaggatctcaggaagatgatcaagacatgcatgatgttgctgaaattcttgtctctcaaag 22910682  T
Q  305 aatgagtgagggacacgatgaaatggatactcaagggtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatatggaagatccaagcacagatttg 404  Q
     |||||||||||||| |||||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| || |||||    
T  22910681 gatgagtgagggacatgatgaaatggattctcaagaaattgagcaagctgaaaaccaaactggctttgatctaaatgtggaggatccaagctcatatttg 22910582  T
Q  405 catgtctaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagt------gcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaa 480  Q
     |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||      | |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22910581 aatgtgtaccaagatgcacaacctgaaaacaatgaggaagtgtttcaggaagctcattaaatgattcaggaacttcaagaaa 22910500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 387 - 597
Target Start/End: Original strand, 23720136 - 23720352
Alignment:
Q  387 gatccaagcacagatttgcatgtctaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaa 480  Q
    ||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  23720136 gatccaagctcagatttaaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggatgtgcttcaggaagatcgtgaaatgattcagaaacttcaagaaa 23720235  T
Q  481 ttcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatc 580  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||    
T  23720236 atcctgcaatcatagttcataatgctcagaaaaatgcaactgctgaacctagcttgcctcaggagaatgaaatgtcagttgaccccattcctcaagcatc 23720335  T
Q  581 aggatcacttccctctg 597  Q
    |||||| || |||||||    
T  23720336 aggatctctgccctctg 23720352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 539 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 22910507 - 22910449
Alignment:
Q  539 tcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctg 597  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  22910507 tcaagaaaatgaaatgtcagttgaccccattcctcaagcatcaggatctctgccctctg 22910449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 88 - 601
Target Start/End: Original strand, 20956080 - 20956602
Alignment:
Q  88 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctgctg---aagtacagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956080 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgttgctgttgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 20956179  T
Q  185 tactgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 284  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20956180 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggct 20956279  T
Q  285 gaaatccttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatactcaagggtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatatgg 384  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||    
T  20956280 gaaattcttgtctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggccttgatctaaatgtgg 20956379  T
Q  385 aagatccaagcacagatttgcatgtctaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaaga 478  Q
    ||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20956380 aagatccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaaga 20956479  T
Q  479 aattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagca 578  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956480 aaatcctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagca 20956579  T
Q  579 tcaggatcacttccctctgatga 601  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  20956580 tcaggatcacttccctctgatga 20956602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 95 - 601
Target Start/End: Original strand, 3629 - 4144
Alignment:
Q  95 aatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctg---ctgaagtacagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttactgaa 191  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||   |||| || ||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  3629 aatctctgaaaaggaccttcagaaagttgactcaactggtgttgctgatgttcagaatgttgatgttccacctgctgaccaacttcagaaagttaatgaa 3728  T
Q  192 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaatcc 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  3729 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattc 3828  T
Q  292 ttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatactcaagggtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatatggaagatcc 391  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3829 ttgtctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatgtggaagatcc 3928  T
Q  392 aagcacagatttgcatgtctaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcct 485  Q
    |||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3929 aagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcct 4028  T
Q  486 gcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggat 585  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4029 gcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcaggat 4128  T
Q  586 cacttccctctgatga 601  Q
    ||||||||||||||||    
T  4129 cacttccctctgatga 4144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 95 - 601
Target Start/End: Original strand, 17786 - 18301
Alignment:
Q  95 aatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctg---ctgaagtacagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttactgaa 191  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||   |||| || ||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  17786 aatctctgaaaaggaccttcagaaagttgactcaactggtgttgctgatgttcagaatgttgatgttccacctgctgaccaacttcagaaagttaatgaa 17885  T
Q  192 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaatcc 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  17886 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattc 17985  T
Q  292 ttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatactcaagggtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatatggaagatcc 391  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17986 ttgtctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatgtggaagatcc 18085  T
Q  392 aagcacagatttgcatgtctaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcct 485  Q
    |||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18086 aagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcct 18185  T
Q  486 gcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggat 585  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18186 gcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcaggat 18285  T
Q  586 cacttccctctgatga 601  Q
    ||||||||||||||||    
T  18286 cacttccctctgatga 18301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0764 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0764
Description:

Target: scaffold0764; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 95 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 2986 - 2468
Alignment:
Q  95 aatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctg---ctgaagtacagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttactgaa 191  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||   |||| || ||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  2986 aatctctgaaaaggaccttcagaaagttgactcaactggtgttgctgatgttcagaatgttgatgttccacctgctgaccaacttcagaaagttaatgaa 2887  T
Q  192 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaatcc 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  2886 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattc 2787  T
Q  292 ttgtctctc-aaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatactcaagggtttgagcaagctgaaaa--tcaaactggctttaatctaaatatggaaga 388  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2786 ttgtctctcaaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaaatacaaactggctttaatctaaatgtggaaga 2687  T
Q  389 tccaagcacagatttgcatgtctaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaatt 482  Q
    ||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  2686 tccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaat 2587  T
Q  483 cctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcag 582  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2586 cctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcag 2487  T
Q  583 gatcacttccctctgatga 601  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2486 gatcacttccctctgatga 2468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1531 (Bit Score: 108; Significance: 6e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold1531
Description:

Target: scaffold1531; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 88 - 385
Target Start/End: Original strand, 1387 - 1685
Alignment:
Q  88 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaact---gctgctgaagtacagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 184  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||   |||||||| |  ||||| |||| |  | | ||| || ||||||||||||||||    
T  1387 ttgcttcaatttctgaagtggaactttagaaagttgactcaactagtgctgctgatgatcagaacgttgttgtttcacctgctaaacaacttcagaaagt 1486  T
Q  185 tactgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 284  Q
    |  ||||||||||| ||||| |||| ||||  |||||||||||  | ||   || | | ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  1487 tgatgaagttgaaggaaataatgagaaaacaactcaagaagttattgata--gttgaagaagcatctcaggaaaatgaccaagacatgcatgatgtggct 1584  T
Q  285 gaaatccttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatactcaagggtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatatgg 384  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||    
T  1585 gaaatccttgtctctcaaaggatgagtgagggacatgatgaaatggattctcaagaaattgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatgtgg 1684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 166 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 42664 - 42511
Alignment:
Q  166 ctgaacaacttcagaaagttactgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatca 265  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| | |||  | |||| | ||| ||| | ||| | ||||||| || |||||||    
T  42664 ctgaacaacttcagaaagttgttgaagttgaagaaaatactgagaaaacagttcagaacgttgttgatgttgttgaaaaggaatctcagaaagatgatca 42565  T
Q  266 agacatgcaggatgtggctgaaatccttgtctctcaaagaatgagtgagggaca 319  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||| |||||    
T  42564 ggacatgcatgatgtggctgaaatcctggtttcttaaataatgagtgaaggaca 42511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 459 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 42404 - 42347
Alignment:
Q  459 atgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatg 516  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42404 atgattcaggatattcaagaaaatcctgaaatcatagttcagaatgttcaaacaaatg 42347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University