View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10199_low_23 (Length: 219)

Name: NF10199_low_23
Description: NF10199
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10199_low_23
NF10199_low_23
[»] scaffold1058 (1 HSPs)
scaffold1058 (18-204)||(1318-1503)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (18-204)||(25137488-25137674)
chr2 (26-204)||(23013575-23013753)
chr2 (53-209)||(24173843-24174001)
chr2 (18-204)||(18992686-18992869)
chr2 (40-204)||(22289896-22290060)
chr2 (35-204)||(27619241-27619410)
chr2 (35-204)||(113182-113351)
chr2 (35-204)||(22049042-22049211)
chr2 (35-204)||(24799711-24799880)
chr2 (35-204)||(27623268-27623437)
chr2 (18-197)||(25353651-25353830)
chr2 (18-197)||(25359929-25360108)
chr2 (18-204)||(23249459-23249645)
chr2 (35-204)||(16771322-16771491)
chr2 (18-197)||(15467-15646)
chr2 (24-203)||(24369697-24369876)
chr2 (18-58)||(24176078-24176118)
chr2 (24-203)||(29953222-29953401)
[»] scaffold0117 (1 HSPs)
scaffold0117 (35-204)||(44368-44537)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (18-200)||(21383931-21384113)
chr5 (18-204)||(22321831-22322017)
chr5 (35-204)||(30767502-30767671)
chr5 (18-204)||(25120570-25120756)
chr5 (18-204)||(25179661-25179847)
chr5 (35-204)||(20442575-20442744)
chr5 (18-204)||(21274981-21275167)
chr5 (18-204)||(21276528-21276714)
chr5 (35-204)||(20617836-20618005)
chr5 (35-204)||(24967572-24967741)
chr5 (18-197)||(18069070-18069249)
chr5 (18-197)||(20599696-20599875)
chr5 (18-197)||(20605993-20606172)
chr5 (18-197)||(20612312-20612491)
chr5 (18-197)||(21284095-21284274)
chr5 (22-197)||(24216621-24216796)
chr5 (18-197)||(20794601-20794780)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (18-204)||(14069932-14070118)
chr3 (40-204)||(13201054-13201218)
chr3 (35-204)||(13510735-13510904)
chr3 (35-204)||(15640749-15640918)
chr3 (35-204)||(12191200-12191369)
chr3 (35-204)||(13191767-13191936)
chr3 (35-204)||(15633285-15633454)
chr3 (35-204)||(14455379-14455546)
chr3 (35-193)||(10142733-10142891)
chr3 (35-204)||(12197844-12198013)
chr3 (35-184)||(13140571-13140720)
chr3 (35-204)||(11878715-11878884)
chr3 (35-204)||(10164553-10164722)
chr3 (18-197)||(10606392-10606571)
chr3 (18-197)||(22168169-22168348)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (26-204)||(2652548-2652726)
chr6 (30-204)||(22597489-22597663)
chr6 (36-204)||(25776502-25776670)
chr6 (18-209)||(23522144-23522335)
chr6 (35-204)||(19562134-19562304)
chr6 (35-197)||(23613176-23613338)
chr6 (18-204)||(11206817-11207003)
chr6 (73-204)||(11215678-11215809)
chr6 (35-204)||(24859617-24859786)
chr6 (35-204)||(8728372-8728541)
chr6 (35-204)||(20165873-20166042)
chr6 (18-204)||(18007505-18007691)
chr6 (35-204)||(22771510-22771679)
chr6 (18-197)||(25950943-25951122)
chr6 (22-204)||(23345463-23345645)
chr6 (18-197)||(18846150-18846329)
chr6 (35-98)||(20020614-20020677)
chr6 (24-61)||(12658792-12658829)
chr6 (133-197)||(18975040-18975104)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (47-204)||(22286692-22286849)
chr8 (18-204)||(22827570-22827756)
chr8 (18-204)||(18400948-18401134)
chr8 (35-204)||(22037891-22038060)
chr8 (35-204)||(21823048-21823217)
chr8 (18-204)||(25468959-25469145)
chr8 (35-204)||(21951743-21951912)
chr8 (35-204)||(22094916-22095085)
chr8 (51-204)||(22359097-22359250)
chr8 (35-204)||(8310143-8310312)
chr8 (35-204)||(8327223-8327392)
chr8 (18-197)||(19291721-19291900)
chr8 (109-188)||(22724442-22724521)
chr8 (18-56)||(21234493-21234531)
chr8 (18-59)||(23219020-23219061)
[»] scaffold0042 (1 HSPs)
scaffold0042 (18-204)||(54950-55136)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (37-204)||(12737332-12737499)
chr7 (35-204)||(16527682-16527851)
chr7 (35-204)||(11966458-11966628)
chr7 (35-204)||(16469880-16470049)
chr7 (46-204)||(13653690-13653845)
chr7 (35-204)||(13373148-13373317)
chr7 (43-204)||(18275707-18275868)
chr7 (18-196)||(543340-543518)
chr7 (35-204)||(18597695-18597864)
chr7 (18-197)||(16329088-16329267)
chr7 (35-204)||(13669511-13669680)
chr7 (137-204)||(16765393-16765460)
chr7 (18-197)||(23511872-23512051)
chr7 (87-204)||(12387665-12387781)
chr7 (18-171)||(13632304-13632457)
chr7 (18-171)||(13738984-13739137)
chr7 (18-197)||(14228157-14228336)
chr7 (18-197)||(14547259-14547438)
chr7 (18-59)||(8785661-8785702)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (18-204)||(8951808-8951994)
chr1 (49-204)||(8647397-8647552)
chr1 (35-204)||(22467357-22467526)
chr1 (35-204)||(20233194-20233363)
chr1 (35-204)||(52952183-52952352)
chr1 (35-204)||(21803075-21803244)
chr1 (138-204)||(19786532-19786598)
chr1 (35-204)||(22843397-22843566)
chr1 (26-100)||(19786597-19786671)
chr1 (24-69)||(16399395-16399440)
chr1 (35-203)||(27043608-27043776)
[»] scaffold0634 (1 HSPs)
scaffold0634 (18-204)||(1019-1205)
[»] scaffold0031 (1 HSPs)
scaffold0031 (26-204)||(25506-25684)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (35-204)||(187889-188058)
[»] scaffold0213 (1 HSPs)
scaffold0213 (18-204)||(23243-23429)
[»] scaffold0075 (1 HSPs)
scaffold0075 (18-204)||(45481-45667)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (18-204)||(5900-6086)
chr4 (35-204)||(15264465-15264634)
chr4 (35-204)||(15250007-15250176)
chr4 (35-204)||(22106635-22106805)
chr4 (35-204)||(1517-1686)
chr4 (21-204)||(11920688-11920871)
chr4 (127-204)||(15303758-15303835)
chr4 (35-92)||(15303702-15303759)
chr4 (155-204)||(15857903-15857952)
chr4 (35-147)||(45242278-45242390)
[»] scaffold0750 (1 HSPs)
scaffold0750 (35-204)||(1923-2091)
[»] scaffold0346 (2 HSPs)
scaffold0346 (40-204)||(701-865)
scaffold0346 (35-138)||(18070-18173)
[»] scaffold1092 (1 HSPs)
scaffold1092 (18-144)||(1-126)
[»] scaffold0396 (1 HSPs)
scaffold0396 (18-204)||(5752-5938)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (35-204)||(116627-116796)
[»] scaffold0759 (1 HSPs)
scaffold0759 (40-204)||(606-770)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (35-204)||(26175-26344)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (35-204)||(367736-367905)
[»] scaffold1589 (1 HSPs)
scaffold1589 (18-201)||(948-1131)
[»] scaffold0164 (1 HSPs)
scaffold0164 (35-204)||(35148-35317)
[»] scaffold0326 (1 HSPs)
scaffold0326 (73-204)||(17034-17165)
[»] scaffold0112 (1 HSPs)
scaffold0112 (35-204)||(6973-7142)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (18-204)||(523766-523952)
[»] scaffold0556 (1 HSPs)
scaffold0556 (35-140)||(74-179)
[»] scaffold0175 (1 HSPs)
scaffold0175 (18-187)||(10846-11015)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (18-197)||(53961-54140)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (18-197)||(119551-119730)
[»] scaffold0506 (1 HSPs)
scaffold0506 (165-204)||(6452-6491)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (24-203)||(169837-170016)
[»] scaffold0146 (1 HSPs)
scaffold0146 (132-197)||(38637-38702)


Alignment Details
Target: scaffold1058 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold1058
Description:

Target: scaffold1058; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 1503 - 1318
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  1503 catcactacttctttaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacgaagtctctaactatgatcatcttgctgctaaggttgatgcactaacccaaaa-ttt 1405  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1404 gaaaaactaaatgttagtgttgtcacacctactcctgcatcccctccttgtgaaatttatggtatatttggtcatattggtgttgat 1318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 25137674 - 25137488
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    ||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25137674 catcactgcctctacaccctctaagaaagaggcaggtatgtatgaagtctctgactatgatcaccttgctggtaaggttgatgcactaacccaaaaattt 25137575  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25137574 gaaaaactaaatgttagtgctatcacacctactcctgcatctcctccttgtgacatttgtggtatatttggtcatattggtgttgat 25137488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 26 - 204
Target Start/End: Original strand, 23013575 - 23013753
Alignment:
Q  26 cttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaact 125  Q
    ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23013575 cttctacaccctctagaaaagagtcaggtatgtacgaagtctctgactatgatcaccttgctgctaaggtggatgcactaacccaaaaatttgaaaaact 23013674  T
Q  126 aaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23013675 taatgttagtgctgtcacacctactcctatatctcctccttgtgaaatctgtagtatatttggtcatattggtgttgat 23013753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 53 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 24174001 - 24173843
Alignment:
Q  53 gtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgc--actaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctact 150  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24174001 gtatgtacgaagtctctaactatgatcatcttgctgctaaggttgatgcgcactaacccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctact 24173902  T
Q  151 catgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgatgtcca 209  Q
    | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24173901 cttgcatctcttccttgtgaaatttgtggtatatttggtcatattggtgttgatttcca 24173843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 18992869 - 18992686
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    
T  18992869 catcactacttctacaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacgaagtctttgattatgatcaccttgctgctaaggtggatgcactaaaccgaaaattt 18992770  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| || |||||| ||||||| | |||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18992769 gaaaaacttaatgttaatgttgtcacccctactcctacat---ctccttgtgaaatttgtggtatatttggtcatattggtgttgat 18992686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 204
Target Start/End: Original strand, 22289896 - 22290060
Alignment:
Q  40 aaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctg 139  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||  ||||||||||| ||  | ||||||| |||||    
T  22289896 aaaaaggaggcaggtatgtacgaagtctctaactatgatcacctagctgctaaggttgatgctttaactcaaaaatttgataagtttaatgttaatgctg 22289995  T
Q  140 tcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    || ||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22289996 tcgcaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtataattggtcatattggtgttgat 22290060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 27619241 - 27619410
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  27619241 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 27619340  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  27619341 tgctgtcgcaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatataggtgttgat 27619410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 113182 - 113351
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  113182 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 113281  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||  |||| | |||||||||||| | ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  113282 tgctgtcacaccttcttctgcaccccctccttgtgaagtctgtggtatatccggtcatataggtgttgat 113351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 22049211 - 22049042
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  22049211 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 22049112  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  22049111 tgctgtcccaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtataactggtcatataggtgttgat 22049042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24799880 - 24799711
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  24799880 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 24799781  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  24799780 tgctgtcccaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtataactggtcatataggtgttgat 24799711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 27623268 - 27623437
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  27623268 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 27623367  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  27623368 tgctgtcccaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtataactggtcatataggtgttgat 27623437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 25353651 - 25353830
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  ||||||  |||||||||    
T  25353651 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactaacacaaaaattt 25353750  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  25353751 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 25353830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 25359929 - 25360108
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  ||||||  |||||||||    
T  25359929 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactaacacaaaaattt 25360028  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  25360029 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 25360108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 23249645 - 23249459
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | | |||| |  |||||| || |||| ||||||||||||||| |  |||||||||    
T  23249645 catcattgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtatgaaatttctacccttgatcatctagctgttaaggttgatgcactcacacaaaaattt 23249546  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    || ||| | |||  ||||||| |||||||| ||| ||  || |||||||||||| | || ||| |||||   |||||||| ||||||    
T  23249545 gacaaaatgaatactagtgctatcacacctgctcttgtttcacctccttgtgaagtttggggtgtatttttccatattggcgttgat 23249459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 16771322 - 16771491
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||| | | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  16771322 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctatgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 16771421  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| |  |||| | | |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  16771422 tgctgcccaaccttcccctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 16771491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 15646 - 15467
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  ||||||||| |||  ||||||  |||||||||    
T  15646 catcactgcttcttcaccctctaaaaaggaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggctgacacactaacacaaaaattt 15547  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  15546 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 15467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 24 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 24369876 - 24369697
Alignment:
Q  24 tgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaa 123  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||  |  |||| | ||  || ||||| | || ||||||  || ||||||||| |||    
T  24369876 tgctccttcatcctctgaaaaagaggcaagtatgtacgaagtctctccccttgattatctatcttctaagctggacgcactatccccaaaatttgacaaa 24369777  T
Q  124 ctaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttga 203  Q
     | ||| |||||| |||||||||| ||| ||  || |||||||||||| | | ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  24369776 atgaatattagtgttgtcacacctgctcctgtttcacctccttgtgaagtctatggtatatttgatcatattggcgttga 24369697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 24176118 - 24176078
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgt 58  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24176118 catcacagcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgt 24176078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 24 - 203
Target Start/End: Original strand, 29953222 - 29953401
Alignment:
Q  24 tgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaa 123  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||||||||||| | ||| |||  |  ||||||  |   |||||| || ||||||||  | ||||||||||| |||    
T  29953222 tgctccttcacccactaaaaaagaggcaggtatgtatgaagtttcttcccttgatcatttgaatgctaatgtggatgcactttttcaaaaatttgacaaa 29953321  T
Q  124 ctaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttga 203  Q
     ||| ||| |||| |||||||||| |||   | || || ||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  29953322 ttaagtgtaagtgttgtcacacctgctcccacttcaccaccttgtgaagtttgtggaatatttggtcatactggcgttga 29953401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0117 (Bit Score: 134; Significance: 6e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0117
Description:

Target: scaffold0117; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 44537 - 44368
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44537 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgaagtctctaactatgatcaacttgctgctaaggttgatgcactaacccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 44438  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  44437 tgctgtcacacctactcctacatctcctccctgtgaaatctgtggtatatttagtcatattggtgctgat 44368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 200
Target Start/End: Original strand, 21383931 - 21384113
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  21383931 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagagggaggtatgtacgaagtctctaaccatgatcatcttgctgctaaagttgatgcactaacccaaaaattt 21384030  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  21384031 gaaaaactaaatgttagtgctgtcactcctactcctgcatatcctccttgtgaaatttgtggtaattttggtcatattggtgt 21384113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 22322017 - 22321831
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| |||||  || |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||  |||  |||||||||    
T  22322017 catcaccgcttccacaccctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctctgattatgatcaccttgcttctaaggttgatgccttaactcaaaaattt 22321918  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22321917 gaaaaacttaatgttaatgctgtcacaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatatcggtgttgat 22321831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 30767671 - 30767502
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  30767671 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 30767572  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  30767571 tgctgtcacaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 30767502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 25120756 - 25120570
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||  |||   ||||||||    
T  25120756 catcaccgcctctacaccctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctccgattatgatcacctcgctgctaaggttgatgccttaactgaaaaattt 25120657  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| ||  ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25120656 gaaaaacttaatgttaatgtagtcacaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 25120570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 25179847 - 25179661
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||  |||   ||||||||    
T  25179847 catcaccgcctctacaccctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctccgattatgatcacctcgctgctaaggttgatgccttaactgaaaaattt 25179748  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| ||  ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25179747 gaaaaacttaatgttaatgtagtcacaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 25179661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 20442744 - 20442575
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||| |||||||     
T  20442744 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattgacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 20442645  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    || |||||||||| ||  | |||| | |||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  20442644 tgttgtcacaccttcttctacatcccttccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 20442575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 21275167 - 21274981
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||  |||  |||||||||    
T  21275167 catcaccgcctctacaccctccaaaaaggaggcaggtatttacgaggtctctaattgtgaccaccttactgctaaggttgatgccttaactcaaaaattt 21275068  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| || ||||| |||| ||  | ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  21275067 gaaaaacttaatgttaatgttgtcataccttctactacatctcctccttgtgaaatttgtggtgtttttggtcatataggtgttgat 21274981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 21276714 - 21276528
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||| ||||| ||||||| ||||| ||  |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||  |||  |||||||||    
T  21276714 catcaccgcctctacaccctccaaaaaggaggcagatatgttcgaggtctctgattatgatcaccttgctgctaagtttgatgccttaactcaaaaattt 21276615  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
     ||||||| ||||||| || ||||| |||| ||  | ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  21276614 aaaaaacttaatgttaatgttgtcataccttctactacatctcctccttgtgaaatttgtggtgtttttggtcatataggtgttgat 21276528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 20617836 - 20618005
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  20617836 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 20617935  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| |  |||| | | |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  20617936 tgctgcccaaccttcccctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 20618005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24967741 - 24967572
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  24967741 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 24967642  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| |  |||| | | |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  24967641 tgctgcccaaccttcccctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 24967572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 18069070 - 18069249
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  ||||||  |||||||||    
T  18069070 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactaacacaaaaattt 18069169  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  18069170 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 18069249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 20599875 - 20599696
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  ||||||  |||||||||    
T  20599875 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactaacacaaaaattt 20599776  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  20599775 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 20599696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 20606172 - 20605993
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  ||||||  |||||||||    
T  20606172 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactaacacaaaaattt 20606073  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  20606072 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 20605993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 20612491 - 20612312
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  ||||||  |||||||||    
T  20612491 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactaacacaaaaattt 20612392  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  20612391 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 20612312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 21284274 - 21284095
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  |||| |  |||||||||    
T  21284274 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactgacacaaaaattt 21284175  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  21284174 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 21284095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 22 - 197
Target Start/End: Original strand, 24216621 - 24216796
Alignment:
Q  22 actgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaa 121  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | | ||   |  |||||| ||  || |||||||||| |||||||  ||||||||||| |    
T  24216621 actgcttcttcaccctctaaaaaagagccaggtatgtacgaaatttcctcccttgatcatctaactactaaggttgacgcactaacacaaaaatttgata 24216720  T
Q  122 aactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
     | | |||  |||||||||||||||| | | || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  24216721 caatgaatactagtgctgtcacacctgcccctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 24216796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 20794780 - 20794601
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  |||| |  |||||||||    
T  20794780 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaagtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactgacacaaaaattt 20794681  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | |  ||  ||||| |||||||||| | | || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  20794680 gatacaatgcatactagtgttgtcacacctgcccctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 20794601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 14070118 - 14069932
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||    
T  14070118 catcaccgcttctacaccctctaaaaaagaggaaggtatgtacgaagtctctgactatgatcaccttgctgctaaggttgacgcattaacccaaagattt 14070019  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14070018 gaaaaacttaatgttagtgctgtcacacctactcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 14069932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 13201218 - 13201054
Alignment:
Q  40 aaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctg 139  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  13201218 aaaaaggaggcaggtatgtacgaattctccgattatgatcacctcgctgctaaggttgatgccttaactcaaaaatttgaaaaacttaatgttaatgctg 13201119  T
Q  140 tcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| | | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13201118 tcacaccttcacctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 13201054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 13510904 - 13510735
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  13510904 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 13510805  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||| |||||||| ||  |||| | |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  13510804 tgctatcacaccttcttctgcaccccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatataggtgttgat 13510735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 15640749 - 15640918
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  15640749 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 15640848  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  15640849 tgctgtcccaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtataactggtcatataggtgttgat 15640918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 12191369 - 12191200
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  12191369 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 12191270  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| | ||||| ||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  12191269 tgctgccccaccttctcctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatactggtgttgat 12191200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 13191936 - 13191767
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  13191936 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 13191837  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  13191836 tgctgtcccaccttctcctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 13191767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 15633454 - 15633285
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | ||||||| | ||| | |||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||  |||||||||| |||||||     
T  15633454 cctctaagaaagaggcaggtatatatgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggatgaggcattaacccaaaagattgaaaaacttaatgttaa 15633355  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||| |||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  15633354 tgctgttacaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatataggtgttgat 15633285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 14455546 - 14455379
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  |||  |  |||||| ||||||| |||||||     
T  14455546 cctccaaaaaggaggcagatatgtacgaggtctctgattatgatcaccttgctgctaaggttgatgccttaa--ctcaaattttaaaaacttaatgttaa 14455449  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
     ||||||| |||| ||  | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  14455448 agctgtcataccttctactacatctcctccttgtgaaatttgtggtgtatttggtcatataggtgttgat 14455379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 35 - 193
Target Start/End: Original strand, 10142733 - 10142891
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  10142733 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 10142832  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcata 193  Q
    ||||| | ||||| ||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||    
T  10142833 tgctgccccacctcctcctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcata 10142891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 12198013 - 12197844
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  12198013 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 12197914  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| | ||| | ||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  12197913 tgctgccccacattctcctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 12197844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 13140720 - 13140571
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||||| |||||||     
T  13140720 cctctaagaaagaggcaggtatatatgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaagattgaaaaacttaatgttaa 13140621  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatat 184  Q
    || ||| |||||| |   |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  13140620 tgatgttacaccttcctctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtatat 13140571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 11878884 - 11878715
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  11878884 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 11878785  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| |  |||| | | |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  11878784 tgctgcccaaccttcccctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 11878715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 10164722 - 10164553
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||| ||||| ||| |||  |||||| | |||||||| |||||||     
T  10164722 cctctaagaaagaggcagatatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaagttgaggcattaacacaaaaaatagaaaaacttaatgttaa 10164623  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    | ||| | ||||| ||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  10164622 tactgcctcaccttctcctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 10164553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 10606571 - 10606392
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  ||||||  |||||||||    
T  10606571 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactaacacaaaaattt 10606472  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || | | |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  10606471 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtagcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 10606392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 22168348 - 22168169
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  |||| |   ||||||||    
T  22168348 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggtaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactgacaaaaaaattt 22168249  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  22168248 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 22168169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 26 - 204
Target Start/End: Original strand, 2652548 - 2652726
Alignment:
Q  26 cttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaact 125  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2652548 cttctacaccctctaaaaaagaggcaggtatgtatgaagtctctgattatgatcaccttgctactaaggtggatgcactaacccaaaaatttgaaaaact 2652647  T
Q  126 aaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
     |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2652648 taatgttagtgttgtcacacctactcctacatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 2652726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 30 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 22597663 - 22597489
Alignment:
Q  30 ttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaat 129  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  22597663 ttcaccctctaaaaaagaggcagatatgtacgaagtctctaactatgatcatcttgctgctaaggttgctgcactaacttaaaaatttgaaaaactaaat 22597564  T
Q  130 gttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22597563 gttagtgttgtcacacctactcctgcatcttctccttgtgaaatttgtggtatatttggtcatattggtgttgat 22597489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 36 - 204
Target Start/End: Original strand, 25776502 - 25776670
Alignment:
Q  36 ctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagt 135  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||| | ||| ||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  25776502 ctcttaaaaagaggcaggtatgtacgaagtctctgcctatgatcaccattctgctaaggttgatgtattaacccaaagatttaaaaaacttaatgttagt 25776601  T
Q  136 gctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  25776602 gctgtcacacctactcctacatctcctccttgtgaaatttgtggtatatttggttatattgatgttgat 25776670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 23522335 - 23522144
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||| |||||||||||||||||   ||| | |||||| |||    
T  23522335 catcactgcttcttcaccttcttaaaaagaggcaggtatgtacgaagtctctacccttgatcatcttgctgctaaggttgacttactcacccaaaagttt 23522236  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgatgtcca 209  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  23522235 gaaaaaatgaatgttagttctgtcacacctactcctgtatctcctccttgtgaaatttgtggtgtgtttggccatattggtgttgatttcca 23522144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 19562304 - 19562134
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaa-tttgaaaaactaaatgtta 133  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||| | |||||||    
T  19562304 cctctaaaaaagagccagttatgtacgaagtctctgattatgatcaccttgctgctaaggtggatgcactaaccaaaaaaatttgaaaaatttaatgtta 19562205  T
Q  134 gtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||  ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19562204 gtgtagtcacacctactcctacatctcctcattgtgaaatctgtggtatattcggtcatattggtgttgat 19562134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 35 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 23613338 - 23613176
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||  |||||| | || |||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||     
T  23613338 cctctaaaaaggaggcaggtatttacgaggtctctgattaagatcaccttgctgctaaggtcgatgcattaactcaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 23613239  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    |||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23613238 tgctatcacaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattgg 23613176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Original strand, 11206817 - 11207003
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||| | ||||||||||||| ||||||||| | |||| |||  |||||||||    
T  11206817 catcaccgcctctacaccctccaaaaaggaggcaggtatttacgaggtctctgattatgatcaccttgttgctaaggtcgttgcattaactcaaaaattt 11206916  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  11206917 gaaaaactcaatgttaatgctgtcacaccttctccgacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatatggtcatactggtgttgat 11207003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 73 - 204
Target Start/End: Original strand, 11215678 - 11215809
Alignment:
Q  73 tatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaa 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||    
T  11215678 tatgatcaccttgctgctaaggtcgatgcattaactcaaaaatttgaaaaactcaatgttaatgctgtcacaccttctccgacatctcctccttgtgaaa 11215777  T
Q  173 tatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    | |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  11215778 tctgtggtatatatggtcatactggtgttgat 11215809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24859786 - 24859617
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  24859786 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 24859687  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  24859686 tgctgtcccaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtataactggtcatataggtgttgat 24859617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 8728541 - 8728372
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||| |||||||| |||||||     
T  8728541 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcgttaacccaaaaattcgaaaaacttaatgttaa 8728442  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||  ||  | |||| ||||  | |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  8728441 tgctgtcacaccatcttctacatcccctcggtttgaaatatgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 8728372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 20165873 - 20166042
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  20165873 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 20165972  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| | ||||| ||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  20165973 tgctgccccaccttctcctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 20166042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Original strand, 18007505 - 18007691
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||| ||||| ||||||||||| ||||   ||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||  |||  |||||||||    
T  18007505 catcaccgcctctacaccctccaaaaaggaggcaggtatttacgagatctctgattatgatcaccttgctgctaattttgatgccttaactcaaaaattt 18007604  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
     ||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||  | |||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  18007605 aaaaaacttaatcttaatgctgtcacaccttctactacatcccctccttgtgaaatctgtggtgtttttggtcatataggtgttgat 18007691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 22771679 - 22771510
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  22771679 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 22771580  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| | ||||| |||  ||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  22771579 tgctgcctcaccttctcccgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 22771510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 25950943 - 25951122
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| | | | |||  |  |||| | || |||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  25950943 catcactgcttcttcaccctctaaaaaaggggcaggtatgtatgaaatttcttcccttgattatctagctgctaaggttgacgcactaacacaaaaattt 25951042  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || ||| | |||  ||||| |||||||||| | | || ||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  25951043 gataaaatgaatactagtgatgtcacacctgcccctgtatcacctccttgtgaaatttgtggtgtatttggccatattgg 25951122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 23345645 - 23345463
Alignment:
Q  22 actgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaa 121  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||  |  |||||| || | |||||||||||| ||||| |  |  |||||||| |    
T  23345645 actgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacgaaatttcttcccttgatcatctagatgctaaggttgacgcactcacacttaaatttgaca 23345546  T
Q  122 aactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    || | ||||||||||||||||||||| ||| ||  || |||||||||||| | |||||| |||||| ||||| ||| ||||||    
T  23345545 aaatgaatgttagtgctgtcacacctgctcctgtctcacctccttgtgaagtctgtggtgtatttgctcatactggcgttgat 23345463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 18846150 - 18846329
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | | ||   |  |||||| ||  ||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  18846150 catcaatgcttcttcaccctctaaaaaagaggcagatatgtacgaaatttccttccttgatcatctaactgctaaggttgacgcactaacacaaaaattt 18846249  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  |||||||||||||||| | | || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  18846250 gatacaatgaatactagtgctgtcacacctgcccctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 18846329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 20020677 - 20020614
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttga 98  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||    
T  20020677 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttga 20020614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 12658829 - 12658792
Alignment:
Q  24 tgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacg 61  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12658829 tgctccttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacg 12658792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 197
Target Start/End: Original strand, 18975040 - 18975104
Alignment:
Q  133 agtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    ||||||||||||||| ||| ||  || || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  18975040 agtgctgtcacacctgctcctgtttcaccaccatgtgaaatctgtggtatatttggccatattgg 18975104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 122; Significance: 9e-63; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 47 - 204
Target Start/End: Original strand, 22286692 - 22286849
Alignment:
Q  47 aggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtcacacc 146  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  22286692 aggcaggtatgtacgaagtctctgactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaacccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctatcgcacc 22286791  T
Q  147 tactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22286792 tactcctgcatctcctctttgtgaaatctgtggtatatttgggcatattggtgttgat 22286849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Original strand, 22827570 - 22827756
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  22827570 catcaccgcttctacaccctctaaaaaagaggcagatatgtacgaagtctctgactatgatcaccttgctactaaggttgatgcattaacccaaagattt 22827669  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  22827670 tcaaaacttaatgttagtgctgtcacacctactcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatgttagtgttgat 22827756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Original strand, 18400948 - 18401134
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| |||||| || |||| ||||| |||| |||||| |||| ||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||    
T  18400948 catcaccgcttctacaccctccaaaaaggaggtaggtatatacgaagtctctgattacgatcaccttgctgctaaagttgatgctttaacccaaaaattt 18401047  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| |||| ||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18401048 gaaaaacttaatgttaatgctgtcataccttctcctacatctcctccttgcgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 18401134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 22038060 - 22037891
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  22038060 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 22037961  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  22037960 tgctgtcacaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 22037891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 21823048 - 21823217
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  21823048 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataatcaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 21823147  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  21823148 tgctgtcacaacttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 21823217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Original strand, 25468959 - 25469145
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||||||||| |||| ||||||||| |  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||    
T  25468959 catcaccgcctctacaccctctaaaaaggaggaaggtatgtatgaggtctctgattatgatcaccttgctgctaaggttgatgccttaactcaaaaattt 25469058  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| || ||||| |||| ||  | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  25469059 gaaaaacttaatgttaatgttgtcataccttctactacatctcctccttgtgaaatttgtggtgtatttggtcatataggtgttgat 25469145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 21951743 - 21951912
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  21951743 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 21951842  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    || |||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  21951843 tgttgtcgcaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 21951912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 22094916 - 22095085
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||  ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| || ||||     
T  22094916 cctctaagaaagaggcaggtatatacaaagtctctgaatataatcaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaacgttaa 22095015  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    || |||||||||| ||  |||||| |||||||||||| | ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  22095016 tgttgtcacaccttcttctgcatcccctccttgtgaagtctgtggtatatccggtcatataggtgttgat 22095085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 51 - 204
Target Start/End: Original strand, 22359097 - 22359250
Alignment:
Q  51 aggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctact 150  Q
    |||||||||||  |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||    
T  22359097 aggtatgtacgaggtctctgattacgatcaccttgctgctaaggttgatgccttaactcaaaaatttgaaaaactcaatgttaatgctgtcacaccttct 22359196  T
Q  151 catgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
      | ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  22359197 actacatctcctccttgtgaaatctgtggtgtttttggtcatataggtgttgat 22359250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 8310143 - 8310312
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  8310143 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 8310242  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| ||||| ||  |||||| | |||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  8310243 tgctgtcccaccttcttctgcatcccgtccttgtgaaatctgtggtataactggtcatataggtgttgat 8310312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 8327392 - 8327223
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  8327392 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 8327293  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| | ||||| ||| |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  8327292 tgctgccccaccttctcctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 8327223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 19291900 - 19291721
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  ||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  19291900 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacgcactaacacaaaaattt 19291801  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  |||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  19291800 gatacaatgaatactagtgctgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 19291721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 109 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 22724521 - 22724442
Alignment:
Q  109 caaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttgg 188  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||  || || || |||||| ||||||||||||||||    
T  22724521 caaaaatttgataaaataagtgtaagtgttgtcacacctactcttgtgtcaccaccatgtgaagtatgtggtatatttgg 22724442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 56
Target Start/End: Original strand, 21234493 - 21234531
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtat 56  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  21234493 catcactgcttcttcaccatctaaaaaagaggcaggtat 21234531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 23219061 - 23219020
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgta 59  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23219061 catcactacctcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgta 23219020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0042 (Bit Score: 115; Significance: 1e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0042
Description:

Target: scaffold0042; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 55136 - 54950
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  55136 catcaccgcctctacaccctctagaaaagaggcaggtatgtacgaggtctcttattatgatcaccttgctgctaaggtcgatgcactaacccaaaaattt 55037  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55036 gaaaaacataatgttagtgctgtcacacctactcctacatctcctccttgtaaaatttgtggtatatttggtcatataggtgttgat 54950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 112; Significance: 9e-57; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 37 - 204
Target Start/End: Original strand, 12737332 - 12737499
Alignment:
Q  37 tctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtg 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  12737332 tctaaaaaagaggcaggtatgtacgaagtctctgattatgatcacattgctgctaaggtggatgcactaaccgaaaaatttgaaaaacataatgttagtg 12737431  T
Q  137 ctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12737432 ctgtctcacctactcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatatttgtgttgat 12737499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 16527682 - 16527851
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||| |||||||     
T  16527682 cctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctccaattatgatcacctcgctgctaaggttgatgccttaactcaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 16527781  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||||||||  || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16527782 tgctgtcacaccttttcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 16527851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 11966628 - 11966458
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaa-ctaaatgtta 133  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||  |||  ||||||||||||||| || |||||||    
T  11966628 cctctaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctctaattatgatcaccttgttgccaaggttgatgccttaactcaaaaatttgaaaaaacttaatgtta 11966529  T
Q  134 gtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
     || |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11966528 atgatgtcacaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 11966458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 16470049 - 16469880
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  16470049 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaagcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 16469950  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  16469949 tgctgtcacaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatatgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 16469880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 46 - 204
Target Start/End: Original strand, 13653690 - 13653845
Alignment:
Q  46 gaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtcacac 145  Q
    ||||||||||| ||||  |||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  13653690 gaggcaggtatttacgaggtctttgattatgatcaccttgctgctaaggtcgatgcattaactcaaaaatttgaaaaactcaatgttaatgctgtcacac 13653789  T
Q  146 ctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    || ||| | |||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13653790 cttctcctacat---ctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 13653845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 13373317 - 13373148
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||   ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||| |||||||     
T  13373317 cctccaaaaaggaggcaggtatttacgagatctctgattatgaccaccttgctgctaaggttgatgccttaactcaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 13373218  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    || |||||||||| ||  | ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||    
T  13373217 tgttgtcacaccttctactacatctcctccttgtgaaatctatggtatttttggtcatataggtgttgat 13373148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 43 - 204
Target Start/End: Original strand, 18275707 - 18275868
Alignment:
Q  43 aaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtca 142  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||  ||||||     
T  18275707 aaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaaattgaaaaacttaatgttaaagctgtcc 18275806  T
Q  143 cacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| ||  |||||| |||||||||||| | |||||||||   |||||||| |||||||||    
T  18275807 caccttcttctgcatcccctccttgtgaagtttgtggtataaccggtcatataggtgttgat 18275868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 543518 - 543340
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  ||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  543518 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacgcactaagacaaaaattt 543419  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattg 196  Q
    || | | | |||  |||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||    
T  543418 gatacaatgaatactagtgctgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattg 543340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 18597864 - 18597695
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  18597864 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 18597765  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| | ||||| ||| |||||| ||| | |||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  18597764 tgctgccccaccttctcctgcatcccctacatgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 18597695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 16329267 - 16329088
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  ||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  16329267 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacgcactaacacaaaaattt 16329168  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  16329167 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 16329088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 13669511 - 13669680
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  13669511 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 13669610  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| |  |||| | | |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  13669611 tgctgcccaaccttcccctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 13669680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 137 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 16765460 - 16765393
Alignment:
Q  137 ctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16765460 ctgtcacaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 16765393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 23511872 - 23512051
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  ||||||  |||||||||    
T  23511872 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactaacacaaaaattt 23511971  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  23511972 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 23512051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 87 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 12387781 - 12387665
Alignment:
Q  87 tgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatattt 186  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| |||| |||||| | |||    
T  12387781 tgctaaggttgatgccttaactcaaaaatttaaaaaacttaatgttaatgctgtcacaccttctactgcatctccttcttgt-aaatttgtggtgttttt 12387683  T
Q  187 ggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| |||||||||    
T  12387682 ggtcatataggtgttgat 12387665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 171
Target Start/End: Original strand, 13632304 - 13632457
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | | |||  |  |||||| || |||||||||||||| |||||||   ||||||||    
T  13632304 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtatgaaatttcttcccttgatcatctagctgctaaggttgacgcactaacataaaaattt 13632403  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaa 171  Q
    || ||| | |||  ||||| |||||||||| | | || ||| ||||||||||||    
T  13632404 gataaaatgaatactagtgttgtcacacctgcacctgtatcacctccttgtgaa 13632457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 171
Target Start/End: Original strand, 13738984 - 13739137
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | | |||  |  |||||| || |||||||||||||| |||||||   ||||||||    
T  13738984 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtatgaaatttcttcccttgatcatctagctgctaaggttgacgcactaacataaaaattt 13739083  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaa 171  Q
    || ||| | |||  ||||| |||||||||| | | || ||| ||||||||||||    
T  13739084 gataaaatgaatactagtgttgtcacacctgcccctgtatcacctccttgtgaa 13739137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 14228336 - 14228157
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||  | | ||   |  |||||| ||  ||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  14228336 catcactgcttcttcgccctctaaaaaggaggcaagtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacgcactaagacaaaaattt 14228237  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  |||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  14228236 gatacaatgaatactagtgctgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 14228157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 14547259 - 14547438
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  |||| |  |||||||||    
T  14547259 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactgacacaaaaattt 14547358  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  14547359 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 14547438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 8785702 - 8785661
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgta 59  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8785702 catcattgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgta 8785661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 111; Significance: 3e-56; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 8951994 - 8951808
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  8951994 catcaccgcctctacaccctctaaaaaggaggcaggtatgtacgaagtctctgactatgaccaccttgctgccaaggttgatgcattaacccaaaaattt 8951895  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  8951894 gaaaaacttaatgttagtgttgtcacacctactcctacatttcctccttgtgaaatttgtggtatatttggttatataggtgttgat 8951808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 49 - 204
Target Start/End: Original strand, 8647397 - 8647552
Alignment:
Q  49 gcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtcacaccta 148  Q
    ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  8647397 gcaggtatgtacgaagtctctgattatgatcaccttgctgctaaggtggatgcactcacccaaaaatttaaaaaatttaatgttagtgctgtcacaccta 8647496  T
Q  149 ctcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8647497 ctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattagtgttgat 8647552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 22467526 - 22467357
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||| ||| |||     
T  22467526 cctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctctgattatgatcaccttgctgctaaggttgatgccttaactcaaaaatttgaaaaacttaattttaa 22467427  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||| ||||||||| |||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22467426 tgcagtcacaccttctcccacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 22467357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 20233194 - 20233363
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  20233194 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 20233293  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||  | |||||| |||||||||    
T  20233294 tgctgtcacacctccttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtatatccgatcatatcggtgttgat 20233363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 52952352 - 52952183
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||||  |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||| |||||||     
T  52952352 cctccaaaaaggaggtaggtatgtacgaggtctctgattatgatcaccttactgctaaggttgatgccttaactcaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 52952253  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52952252 tgctgtcacaccttctcctacatctcctccaagtgaaatctatggtatatttggtcatattggtgttgat 52952183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 21803244 - 21803075
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||| ||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  21803244 cctctaagaaagaggtaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 21803145  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  21803144 tgctgtcccaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtataactggtcatataggtgttgat 21803075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 138 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 19786598 - 19786532
Alignment:
Q  138 tgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19786598 tgtcacacctactcccgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 19786532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 22843397 - 22843566
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  22843397 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 22843496  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| |  |||| | | |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  22843497 tgctgcccaaccttcccctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 22843566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 19786671 - 19786597
Alignment:
Q  26 cttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatg 100  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19786671 cttctacaccctctaaaaaagaggcagctatgtacgaagtctctgactatgataaccttgcttctaaggttgatg 19786597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 16399440 - 16399395
Alignment:
Q  24 tgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctct 69  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  16399440 tgctccttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtatgaagtctct 16399395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 203
Target Start/End: Original strand, 27043608 - 27043776
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |  ||| ||||||  |||||| ||  |||||||||| ||  ||||  | ||||||||||| ||| ||| ||| ||    
T  27043608 cctctaaaaaagaggcaagtatgtgccaagtttctaaccttgatcatctatctgctaaggtggacacacttcttcaaaaatttgataaattaactgtaag 27043707  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttga 203  Q
    ||  ||||||||| ||| ||  || || ||||||||| | ||||| ||| |||  |||| |||||||||    
T  27043708 tgtcgtcacacctgctcttgtttcaccaccttgtgaattttgtggaatacttgaccatactggtgttga 27043776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0634 (Bit Score: 107; Significance: 8e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0634
Description:

Target: scaffold0634; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 1205 - 1019
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    ||||||||| ||| || |||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||    
T  1205 catcactgcctctacaccctccaaaaaggaggcaggtatttacgaggtctctgattatgatcaccttgctgctaaggtcgatgcattaactcaaaaattt 1106  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1105 gaaaaactcaatgttaatgctgtcacaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 1019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0031 (Bit Score: 107; Significance: 8e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0031
Description:

Target: scaffold0031; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 26 - 204
Target Start/End: Original strand, 25506 - 25684
Alignment:
Q  26 cttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaact 125  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||  || | |||| | ||||||||||||||||    
T  25506 cttctacaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacgaagtctcttattttgatcaccttgctgctaaggtgaatacgctaaccgaaaaatttgaaaaact 25605  T
Q  126 aaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
     |||||| ||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25606 taatgttggtgctattacacctactcttacatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 25684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 102; Significance: 8e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 187889 - 188058
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||  |||||||| |||||||| |||||||     
T  187889 cctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctctgactatgatcacctcgctgctaaggttgatgccttaactcaaaaattagaaaaacttaatgttaa 187988  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  187989 tgctgtcacaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 188058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0213 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0213
Description:

Target: scaffold0213; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Original strand, 23243 - 23429
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||    
T  23243 catcactgcttcttcacccttcaaaaaagaggcaggtatgtacgaagtctctacccttgatcatcttgctgctaaggttgacgcactcacccaaaagttt 23342  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||| |||| || |||  ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  23343 gaaaaaatgaatgttaatgctgtcacaccaactcttgtatcatctccttgtgaaatttgtggtgtatttggacatattggtgttgat 23429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 45667 - 45481
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||    
T  45667 catcaccgcctctacaccctccaaaaaggaggcaggtatttacgaggtctctgattatgatcaccttgctgctaaggtcgatgcattaactcaaaaattt 45568  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45567 gaaaaactcaatgttaatgctgtcacaccttctcctacttctcctccttgtgaaatctgtggtatatttgatcatattggtgttgat 45481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 6086 - 5900
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||    
T  6086 catcaccgcctctacaccctccaaaaaggaggcaggtatttacgaggtctctgattatgatcaccttgctgctaaggtcgatgcattaactcaaaaattt 5987  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5986 gaaaaactcaatgttaatgctgtcacaccttctcctacttctcctccttgtgaaatctgtggtatatttgatcatattggtgttgat 5900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 15264634 - 15264465
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  15264634 cctctaaaaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataatcaccttgctgctaagattgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 15264535  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||  |||| | |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  15264534 tgctgtcacaccttcttctgcaccccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 15264465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 15250007 - 15250176
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||| |||||||  ||| ||||||| |  || |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  15250007 cctctaagaaagagacaggtatacacgaagtctctgaagataatcaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 15250106  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||  | |||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  15250107 tgctgtcacaccttcttctacatcccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 15250176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 22106635 - 22106805
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatc-caaaaatttgaaaaactaaatgtta 133  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||   |||||| |||||||||| |||||||    
T  22106635 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacaacaaaaaattgaaaaacttaatgtta 22106734  T
Q  134 gtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
     ||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  22106735 atgctgtcccaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtataactggtcatataggtgttgat 22106805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 1686 - 1517
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  1686 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 1587  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||| |  |||| | | |||||| ||| |||||||| | |||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  1586 tgctgcccaaccttcccctgcatcccctacttgtgaagtctgtggtataactggtcatacaggtgttgat 1517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 21 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 11920871 - 11920688
Alignment:
Q  21 cactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaa 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | | | |||  |  |||||| || |||||||||||||| ||||| |  | |||||||||     
T  11920871 cactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatctatgaaatttctttccttgatcatctagctgctaaggttgacgcacttacactaaaatttgac 11920772  T
Q  121 aaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||| | ||||||| || |||||| |||  || || ||| |||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  11920771 aaaatgaatgttactgttgtcactcctgttcctgtatcacctcattgtgaaatttgtggtgtatttggccatattggtgttgat 11920688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 204
Target Start/End: Original strand, 15303758 - 15303835
Alignment:
Q  127 aatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| || |||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  15303758 aatgttaatgttgtcacaccttcttctgcatcccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 15303835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 92
Target Start/End: Original strand, 15303702 - 15303759
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaa 92  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  15303702 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctaaatataaccaccttgctgctaa 15303759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 155 - 204
Target Start/End: Original strand, 15857903 - 15857952
Alignment:
Q  155 catctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||| |||||||||    
T  15857903 catctcctccttgtgaaatttgtggtgtttctggtcatataggtgttgat 15857952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 45242390 - 45242278
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |  |||||| ||  |||||||||| ||  ||||  | ||||||||||| ||| ||| ||| ||    
T  45242390 cctctaaaaaagaggcaggtatgtaccaagtttctacccttgatcatctatctgctaaggtcgacacacttcttcaaaaatttgataaattaagtgtaag 45242291  T
Q  135 tgctgtcacacct 147  Q
    ||  |||||||||    
T  45242290 tgtcgtcacacct 45242278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0750 (Bit Score: 94; Significance: 5e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0750
Description:

Target: scaffold0750; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 1923 - 2091
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||     
T  1923 cctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctctgt-tatgatcaccttgctgctaaggttgatgccttaactcaaaaatttgaaaaactaaatgttaa 2021  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    | ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2022 tactgtcacaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcattttggtgttgat 2091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0346 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0346
Description:

Target: scaffold0346; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 865 - 701
Alignment:
Q  40 aaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctg 139  Q
    ||||| |||||||||||||| |  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  | |  ||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  865 aaaaaggaggcaggtatgtatgaggtctctgattatgatcaccttgctgctaaggttgatgccttgactcaaaaatttgaaaaacttaatgttaatgctg 766  T
Q  140 tcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  765 tcacaccttctcctacatatcctccttgtgaaatttgtggtatatttggtcatattggtgttgat 701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0346; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 18173 - 18070
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||     
T  18173 cctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctccaactatgatcaccttgctgccaaggttgatgcattaactcaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 18074  T
Q  135 tgct 138  Q
    ||||    
T  18073 tgct 18070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1092 (Bit Score: 91; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold1092
Description:

Target: scaffold1092; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 126 - 1
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  126 catcactacttctttaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacgaagtctctaactatgatcatcttgctgctaaggttgatgcactaa-cccaaaattt 28  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcaca 144  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||    
T  27 gaaaaactaaatgttagtgttgtcaca 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0396 (Bit Score: 87; Significance: 7e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0396
Description:

Target: scaffold0396; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Original strand, 5752 - 5938
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| || ||| || |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||  |||  |||||||||    
T  5752 catcaccgcctctacaccctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctccgattatgatcacctcgctgctaaggttgatgccataactcaaaaattt 5851  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| || || |  |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5852 gaaaaacttaaagtaaaagctgtcacaccttctcctacatctcctccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 5938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 116627 - 116796
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||  |||  ||||||||||||||||| |||||||     
T  116627 cctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctctgattatgatcaccttgcttctaaggttgatgccttaactcaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 116726  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||  | |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  116727 tgctgtcacaccttctactacatctcatccttgtgaaatctgtggtatttttggtcatataggtgttgat 116796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0759 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0759
Description:

Target: scaffold0759; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 40 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 770 - 606
Alignment:
Q  40 aaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctg 139  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  770 aaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctccgattatgatcacctcgctgctaaggttgatgccttaactaaaaaatttgaaaaacttaatgttaatgttg 671  T
Q  140 tcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    |||||||| ||  | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  670 tcacaccttctgctacatctcttccttgtgaaatctgtggtatatttggtcatattggtgttgat 606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 26175 - 26344
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||| |||||||     
T  26175 cctctaagaaagaggcaggcatatacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattgacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 26274  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||  | |||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  26275 tgctgtcacaccttcttctacatcccctccttgtgaaatctgtggtatatccggtcatatcggtgttgat 26344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 367905 - 367736
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||  |||   |||||||| ||||||| |||||||     
T  367905 cctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctctgattttgatcaccttgctgctaaggttgatgccttaactaaaaaatttaaaaaactcaatgttaa 367806  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||    
T  367805 tgctgtcacaccttctactacatctcctccttgtgaaatctgtggtatttttggtcaaataggtgttgat 367736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1589 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold1589
Description:

Target: scaffold1589; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 1131 - 948
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||| |||||| || |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||  |||  |||||||||    
T  1131 catcaccgcttctacaccctccaaaaaggaggcaggtatgtacgaggtctctgattatgatcaccttgctcctaaggttgatgccttaactcaaaaattt 1032  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgtt 201  Q
    |||||||| ||| ||| | ||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||    
T  1031 gaaaaacttaattttaatactgtcacaccttctactacatctccttcttgtgaaatttgtggtgtttttggtcatataggtgtt 948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0164 (Bit Score: 74; Significance: 4e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0164
Description:

Target: scaffold0164; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 35148 - 35317
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  35148 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgaatatcaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacccaaaaatttgaaaaacttaatgttaa 35247  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    || |||| ||||| ||  |||||| |||||||||||| | |||||||||   |||||||| |||||||||    
T  35248 tgttgtcccaccttcttctgcatcccctccttgtgaagtctgtggtataaccggtcatataggtgttgat 35317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0326 (Bit Score: 72; Significance: 6e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0326
Description:

Target: scaffold0326; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 73 - 204
Target Start/End: Original strand, 17034 - 17165
Alignment:
Q  73 tatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaa 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||    
T  17034 tatgatcaccttgctgctaaggttgatgccttaactcaaaaatttgaaaaacttaatgttaatgctgtcacaccttctactacatctccttcttgtgaaa 17133  T
Q  173 tatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    | |||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  17134 tttgtggtgtttttggtcatataggtgttgat 17165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0112 (Bit Score: 66; Significance: 2e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0112
Description:

Target: scaffold0112; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 204
Target Start/End: Original strand, 6973 - 7142
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||| |||||||     
T  6973 cctctaagaaagaggcaggtatacacgaagtctctgaatataaccaccttgctgctaaggttgaggcattaacacaaaaaattgaaaaacttaatgttaa 7072  T
Q  135 tgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||| | |||||||||   |||||||| |||||||||    
T  7073 tgctgtcccaccttcttctgcatcccctccttgtgaagtctgtggtataaccggtcatataggtgttgat 7142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Original strand, 523766 - 523952
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |  | |||| ||||||||||| |||||  |||| |  |||||||||    
T  523766 catcactgcttcttcaccctctaacaaagaggcaggtatgtacgaattctctacccttaatcatcttgctgctaaagttgacacactcacacaaaaattt 523865  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    || ||| | |||||||| ||||||||   | | | || ||| |||||||||||||| |||||| | || || |||||||||||||||    
T  523866 gataaaatgaatgttagcgctgtcactattgcccctgtatcacctccttgtgaaatttgtggtgttttcggccatattggtgttgat 523952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0556 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0556
Description:

Target: scaffold0556; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 140
Target Start/End: Original strand, 74 - 179
Alignment:
Q  35 cctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaactaaatgttag 134  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||||||||| |||||||     
T  74 cctctaagaaagaggcaggtatatacgaagtctctgattataaccaccttgctgctaaggttgaagcattaacataaaaatttgaaaaacttaatgttaa 173  T
Q  135 tgctgt 140  Q
    ||||||    
T  174 tgctgt 179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0175 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0175
Description:

Target: scaffold0175; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 11015 - 10846
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | | |||  |  |||||| ||  ||||||||||||| ||||| |  |||||||||    
T  11015 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtatgaaatttcttcccttgatcatctaactgctaaggttgacgcactcacacaaaaattt 10916  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttg 187  Q
    || ||| | |||  |||||||||||||||| | | || ||| ||||||| |||| | |||||| ||||||    
T  10915 gataaaatgaatactagtgctgtcacacctgcccctgtatcacctccttatgaagtttgtggtgtatttg 10846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 54140 - 53961
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  ||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  54140 catcactacttcttcaccctctaaaaaagaagcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacgcactaacacaaaaattt 54041  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  54040 gatacaatgaatactagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 53961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 119551 - 119730
Alignment:
Q  18 catcactgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaattt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | | ||   |  |||||| ||  |||||||||||||  ||||||  |||||||||    
T  119551 catcactgcttcttcaccctctaaaaaagaggcaggtatgtacaaaatttcctcccttgatcatctaactgctaaggttgacacactaacacaaaaattt 119650  T
Q  118 gaaaaactaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    || | | | |||  ||||| |||||||| | ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  119651 gatacaatgaatactagtgttgtcacacttgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 119730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0506 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0506
Description:

Target: scaffold0506; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 165 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 6491 - 6452
Alignment:
Q  165 ttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6491 ttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttgat 6452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 24 - 203
Target Start/End: Original strand, 169837 - 170016
Alignment:
Q  24 tgcttcttcaacctctaaaaaagaggcaggtatgtacgtagtctctaactatgatcaccttgctgctaaggttgatgcactaatccaaaaatttgaaaaa 123  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |  |||||| || ||||||||||| || || ||   |||||||||||| |||    
T  169837 tgctccttcaccctctaaaaaagaggtaggtatgtacgaagtctctccccttgatcatctagctgctaaggtggacgcgctctcccaaaaatttgataaa 169936  T
Q  124 ctaaatgttagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattggtgttga 203  Q
       | | |||||| |||| ||||| ||| ||  || |||||||||||| |  ||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  169937 aggagtattagtgttgtctcacctgctcctgtttcacctccttgtgaagtcagtggtatatttggccatactggcgttga 170016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0146
Description:

Target: scaffold0146; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 132 - 197
Target Start/End: Original strand, 38637 - 38702
Alignment:
Q  132 tagtgctgtcacacctactcatgcatctcctccttgtgaaatatgtggtatatttggtcatattgg 197  Q
    ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  38637 tagtgttgtcacacctgctcctgtatcacctccttgtgaagtttgtggtgtatttggccatattgg 38702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University