View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10199_low_7 (Length: 380)

Name: NF10199_low_7
Description: NF10199
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10199_low_7
NF10199_low_7
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (1-370)||(24854244-24854613)
chr5 (9-309)||(6431026-6431323)
chr5 (9-241)||(5342537-5342769)
chr5 (9-307)||(41614752-41615050)
chr5 (189-370)||(1709617-1709799)
chr5 (17-307)||(27949948-27950236)
chr5 (9-180)||(31470690-31470861)
chr5 (236-360)||(5337057-5337179)
chr5 (11-160)||(8241592-8241741)
chr5 (11-89)||(10133540-10133618)
chr5 (11-89)||(28443698-28443776)
chr5 (72-165)||(27496575-27496668)
chr5 (25-160)||(22416201-22416336)
chr5 (275-370)||(31470560-31470655)
chr5 (199-247)||(28335971-28336019)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (15-370)||(41792594-41792947)
chr7 (1-370)||(110125-110494)
chr7 (1-370)||(15030932-15031301)
chr7 (1-370)||(29330605-29330973)
chr7 (1-370)||(38000062-38000430)
chr7 (1-366)||(35583394-35583759)
chr7 (44-370)||(7253600-7253924)
chr7 (1-257)||(33851503-33851758)
chr7 (188-370)||(26793414-26793597)
chr7 (230-370)||(38256083-38256223)
chr7 (230-370)||(38263658-38263798)
chr7 (9-55)||(43747858-43747904)
chr7 (333-369)||(45491085-45491121)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-370)||(13721933-13722302)
chr4 (1-370)||(40691306-40691676)
chr4 (1-370)||(55610021-55610382)
chr4 (1-370)||(45657848-45658217)
chr4 (1-372)||(38989028-38989398)
chr4 (1-370)||(52917828-52918187)
chr4 (13-217)||(40760876-40761079)
chr4 (189-368)||(53270884-53271062)
chr4 (271-370)||(40760776-40760875)
chr4 (268-370)||(4352682-4352784)
chr4 (9-87)||(11649127-11649205)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (1-370)||(44206038-44206407)
chr3 (1-370)||(49325644-49326012)
chr3 (1-366)||(3939781-3940145)
chr3 (1-366)||(47373101-47373465)
chr3 (9-370)||(8484755-8485115)
chr3 (1-370)||(41972958-41973326)
chr3 (1-370)||(21448988-21449358)
chr3 (9-370)||(21978216-21978578)
chr3 (9-370)||(22000647-22001009)
chr3 (189-370)||(16478666-16478847)
chr3 (131-368)||(48064910-48065147)
chr3 (100-370)||(22162830-22163101)
chr3 (43-370)||(18877496-18877824)
chr3 (1-137)||(48063655-48063791)
chr3 (9-343)||(9331969-9332288)
chr3 (23-160)||(25213231-25213369)
chr3 (333-370)||(30389912-30389949)
chr3 (23-153)||(51327445-51327574)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (1-370)||(10311024-10311394)
chr1 (1-370)||(4852796-4853164)
chr1 (1-370)||(5748182-5748551)
chr1 (1-370)||(18277952-18278322)
chr1 (9-370)||(10221573-10221932)
chr1 (1-367)||(39599647-39600013)
chr1 (1-370)||(7198363-7198731)
chr1 (9-370)||(17384230-17384592)
chr1 (9-343)||(50890452-50890784)
chr1 (190-370)||(7562938-7563118)
chr1 (270-370)||(12524050-12524150)
chr1 (10-257)||(30516780-30517026)
chr1 (279-370)||(29946643-29946734)
chr1 (9-120)||(7563139-7563250)
chr1 (11-68)||(15499960-15500017)
chr1 (333-370)||(14271323-14271360)
chr1 (16-160)||(48181098-48181242)
chr1 (29-59)||(11355597-11355627)
chr1 (11-89)||(15248457-15248535)
chr1 (11-68)||(11237453-11237510)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (4-370)||(5462711-5463076)
chr2 (3-370)||(15111678-15112044)
chr2 (10-367)||(34949940-34950296)
chr2 (10-370)||(18964774-18965132)
chr2 (139-367)||(5936160-5936388)
chr2 (29-146)||(5936891-5937008)
chr2 (271-356)||(41962562-41962647)
chr2 (195-370)||(16414549-16414724)
chr2 (24-160)||(25630523-25630659)
chr2 (195-343)||(31717104-31717252)
chr2 (34-165)||(37126475-37126605)
chr2 (23-89)||(2734623-2734689)
chr2 (23-160)||(33946279-33946415)
chr2 (11-58)||(42014750-42014797)
chr2 (312-370)||(16252092-16252150)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-370)||(24832181-24832549)
chr8 (1-136)||(10296-10431)
chr8 (287-370)||(42190904-42190987)
chr8 (9-87)||(41836116-41836194)
chr8 (11-160)||(12191384-12191532)
chr8 (11-160)||(12435812-12435960)
chr8 (11-89)||(16796063-16796141)
chr8 (22-58)||(14194172-14194208)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-370)||(29436350-29436720)
chr6 (1-370)||(13038347-13038715)
chr6 (1-180)||(34950311-34950490)
chr6 (270-370)||(34950524-34950624)
chr6 (265-370)||(18584253-18584358)
chr6 (29-180)||(12303873-12304023)
chr6 (31-89)||(20386691-20386749)
chr6 (31-160)||(33554079-33554207)
chr6 (23-160)||(17521170-17521306)
[»] scaffold0168 (1 HSPs)
scaffold0168 (1-370)||(16929-17288)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (265-370)||(250764-250869)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 24854613 - 24854244
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  24854613 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcc 24854514  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||    
T  24854513 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 24854415  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24854414 ttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 24854315  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24854314 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 24854244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 9 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 6431323 - 6431026
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  6431323 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcctaaataga 6431224  T
Q  109 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||||| ||||    
T  6431223 tggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcagatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtttaattgt 6431125  T
Q  209 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 308  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||       |||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  6431124 aatgaaaacagggacccctatttattgaggtatgtgggcgttatggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtggg--acacaaaaaaatccaatgctgaat 6431027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 9 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 5342769 - 5342537
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 108  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  5342769 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacagttgatttgatccagttcatccttcaacccggagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacaga 5342670  T
Q  109 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||       | |||||||||||||| ||||    
T  5342669 gggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgtttttttcttctgatgtagtttaattgt 5342570  T
Q  209 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtat 241  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5342569 aatgaaaacagggacccctatttatagaggtat 5342537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 9 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 41615050 - 41614752
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 108  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||   |||| ||||||| |    
T  41615050 gaccaccctccttgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcatcccggagagggtgacatcgttgtgaatcctaaacaga 41614951  T
Q  109 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||| ||||          ||| ||||||||| ||||    
T  41614950 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtattcggatcaaggccagggaattccatgattttttttcctggtgtagtttaattgt 41614851  T
Q  209 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaa 307  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||| | |||||||||        ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  41614850 aatgaaaacagggatccctttttatagaggtatctggccgttgtggaccataaaaactgtcggtgaaatgtgggtcacacaaaagaatccaatactgaa 41614752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 189 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 1709799 - 1709617
Alignment:
Q  189 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggacaca 287  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| || |||||||||        |||| ||||||||||||||||||    
T  1709799 gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacaaagacccctatttatagagatatgtgagcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca 1709700  T
Q  288 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1709699 caaaagaatcaaatgctgaataaattcagattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 1709617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 307
Target Start/End: Original strand, 27949948 - 27950236
Alignment:
Q  17 tcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtgg 116  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||    
T  27949948 tcctcgtgtctctgtagttgagttgacggttgatttgatccagctgatccttcagcacggaaagggtgacatcgttgcgaatcctaaacagatggggtgg 27950047  T
Q  117 tgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaa 216  Q
    | ||||  ||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||  || ||||| ||||         |||| ||||||||||||||||||||||    
T  27950048 ttttccctcgttgtagtagattgtcgctagtttcgtgttcggatcaaagttagagaattccatgatttttt--tctggtgtagtttacttgtaatgaaaa 27950145  T
Q  217 catggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||       |||| |||||| |||||  ||||||||||||||  ||||||||    
T  27950146 catggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtagaccacataaattgtcggtgcattgtggatcacacaaaagaatcttatgctgaa 27950236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 31470861 - 31470690
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 108  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||      
T  31470861 gaccaccctcctcgtgtctttgcggttgagttgacggttgatttgatccacatcatccttcagctcggagagggtgacatcgttgcgaatcctaaacagt 31470762  T
Q  109 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatg 180  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  31470761 tggggtggtgttccaccgttgtagaagactgccgatagcttggggttcagatcaaagccagtgaattccatg 31470690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 236 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 5337179 - 5337057
Alignment:
Q  236 aggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaa 335  Q
    |||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5337179 aggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca--aaagaatccaatgatgaataaatccggattctaaaatccgaaccaa 5337082  T
Q  336 ccctcaccatactcaaagtctcaag 360  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  5337081 ccctcaccatactcaaagtcccaag 5337057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 11 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 8241741 - 8241592
Alignment:
Q  11 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc-gtctcgaattctaaacatat 109  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| | || | ||||||||||||| || | |||| |||||||| |    
T  8241741 ccaccatcctcgtgtctctgtgattgagttgacggttgatttgatccagatgatccttcaacctgtagagggtgacatcagtgt-gaatcctaaacatgt 8241643  T
Q  110 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 160  Q
    |||||||| || | | ||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||    
T  8241642 ggggtggtttttccctgttgtagtaaaatgcagctaacttggtgttcggat 8241592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 10133618 - 10133540
Alignment:
Q  11 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 89  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | || ||||| |||||||||    
T  10133618 ccaccctccgcgtgtctttgtggttgagttggcggttgatttgatccagctgatccttcaacctggagatggtgacatc 10133540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 11 - 89
Target Start/End: Original strand, 28443698 - 28443776
Alignment:
Q  11 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 89  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| | ||| |||| |||||||||    
T  28443698 ccaccctccgcgtgtctctgtggttgagttggtggttgatttgatccagctgatccttcaacccagagaaggtgacatc 28443776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 165
Target Start/End: Original strand, 27496575 - 27496668
Alignment:
Q  72 cccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaag 165  Q
    |||| ||||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||| | || |||||||| || ||||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  27496575 cccgaagagggtgacatcattgtgaattctgaacatatggggtggtttccccccgttgtaataaattgcagctagcttggcgttcggatcaaag 27496668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 22416336 - 22416201
Alignment:
Q  25 tctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccac 124  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||| |||| | |||| |||| ||||||||   | ||||  | |||| |||  ||||| |||| |    
T  22416336 tctttgtggttgaattgatggttgatttgatctagttcacccttcaacccgaagagcgtgacatcagtttgaatcatgaacagatgaagtggttttcccc 22416237  T
Q  125 cgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 160  Q
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  22416236 tattgtagtaaattgcagctagcttggtgttcggat 22416201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 275 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 31470655 - 31470560
Alignment:
Q  275 aatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||  | ||  |||||  ||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||  |||| ||||||||    
T  31470655 aatgtgggacatgcaaaagaatccaattgttaagcaatccaaattttaaaatctgaaccaaccatcaccatacacaaagtccaaagtatccctttg 31470560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 199 - 247
Target Start/End: Original strand, 28335971 - 28336019
Alignment:
Q  199 gtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggc 247  Q
    ||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28335971 gtttactggttatgaaaacagggacacctatttatagaggtatctgggc 28336019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 15 - 370
Target Start/End: Original strand, 41792594 - 41792947
Alignment:
Q  15 cctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggt 114  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41792594 cctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatctagctcatccttcagcccgaagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacatatggggt 41792693  T
Q  115 ggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaa 214  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  41792694 ggtgttccatcgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggatcaaagc-agggaatttcatgttttttt-gtctgatgtagtttacttgtaatgaa 41792791  T
Q  215 aacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatcc 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41792792 aacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccacaaaaattattggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatct 41792891  T
Q  315 ggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41792892 ggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccctttg 41792947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 110125 - 110494
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  110125 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcc 110224  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||         ||||||| ||||    
T  110225 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtaatagaccgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccattttttttttgtctgatctagt 110324  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  110325 ttacttataatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 110424  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  110425 tgctgaataaatccagattctaaaatccgaaccaaccctctccatactcaaagtcccaagtttccctttg 110494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 15031301 - 15030932
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| |    
T  15031301 tcaactctgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacagttgatttgattcagctcatccttcatctcggagagggtgacatcgtctcgaatcc 15031202  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||    
T  15031201 taaacagatgggttggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcagatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 15031103  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15031102 ttacttgtaatgaaaatagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 15031003  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15031002 atgctgaataaatccgaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 15030932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 29330973 - 29330605
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  29330973 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtgattgagttgatggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtggcatcgtctcgaatcc 29330874  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||        ||||||||||||    
T  29330873 taaacagatggggtggtgttccaccgctgtagtagactgctgctagcttggtgttcggatcaaagctagagaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 29330775  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29330774 ttaattgtaatgaaaacaggaacccctatttatagaggtatgtgagcgttgtggaccacaaaaattgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcaaa 29330675  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29330674 tgctgaataaatccagattctaaaatccgaacgaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccctttg 29330605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 38000062 - 38000430
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    |||||||  |||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38000062 tcaactccaaccaccctgctcgtgtctttgtgttcgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcc 38000161  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||         ||||||||||||    
T  38000162 taaacaaatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcagatcaaagccagggaattccat-atttttttgtctgatgtagt 38000260  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | || ||||||       |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38000261 ttactagtaatgaaaacaggtacccctatttatagaggtatgtggacgttatggaccacaaaaattgccggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 38000360  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  38000361 tgctgaataaatccagattctaaaatccaaaccaaccctcaccacactcaaagtcccaagtttccctttg 38000430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 35583759 - 35583394
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |    
T  35583759 tcaactccgaccaccctcctcttgtctttgtggttgagttgacagttgatttgatccaactcatccttcagtccggagagggtgacatcgtctcgaatcc 35583660  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||        ||||||||||||    
T  35583659 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagctagggaattccatgttttttttgtctgatgtagt 35583560  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    ||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||       |||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  35583559 ttaattataatgaaatcagggacccctatttatagaggtatgtgggtgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatatgggacacaaaaaaaaatccaa 35583460  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccc 366  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35583459 tgctgaataaattcttattctaaaatcctaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccc 35583394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 44 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 7253924 - 7253600
Alignment:
Q  44 ggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgc 143  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7253924 ggttaatttgatccaactcatccttcagcccgaagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgc 7253825  T
Q  144 tagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgt 243  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||          |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7253824 tagcttggtgttcgaatcaaagccagggaattcca--gtatttttgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgt 7253727  T
Q  244 gggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 343  Q
    |||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7253726 gggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcaaatgctgattaaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 7253627  T
Q  344 atactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  7253626 atactcaaagtcccaagtttccctttg 7253600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 33851503 - 33851758
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  33851503 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcc 33851602  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||| | ||| ||||        ||||||||||||    
T  33851603 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttaggatcaaggccagggtattccatgttttttt-gtctgatgtagt 33851701  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc 257  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  33851702 ttaattgtaatgaaaacaaggacccctatttatagaggtatgtgggtgttgtggacc 33851758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 188 - 370
Target Start/End: Original strand, 26793414 - 26793597
Alignment:
Q  188 cgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggacac 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||    
T  26793414 cgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacaaggacccctatttatagaggtgtgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacac 26793513  T
Q  287 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26793514 acaaaagaatccaatgctaaataaatctggattctaaaatccgaaccaaccctcacgatactcaaagtctcaagtttccctttg 26793597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 230 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 38256223 - 38256083
Alignment:
Q  230 ttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccg 329  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38256223 ttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacgcacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccg 38256124  T
Q  330 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  38256123 aaccaaccctcaccatactcaaagtttcaattttccctttg 38256083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 230 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 38263798 - 38263658
Alignment:
Q  230 ttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccg 329  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38263798 ttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacgcacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccg 38263699  T
Q  330 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  38263698 aaccaaccctcaccatactcaaagtttcaattttccctttg 38263658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 43747904 - 43747858
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgat 55  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43747904 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgat 43747858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 333 - 369
Target Start/End: Original strand, 45491085 - 45491121
Alignment:
Q  333 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcccttt 369  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45491085 caaccctcaccatactcaaattctcaagtttcccttt 45491121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 13721933 - 13722302
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  13721933 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagcttatccttcagctcggagagggtgacatcatctcgaatcc 13722032  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||        ||||||||||||    
T  13722033 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgctgctagtttggtgttcggatcaaagtcagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 13722131  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13722132 ttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 13722231  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13722232 atgctgaataaatctggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 13722302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 40691676 - 40691306
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  40691676 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgattcagctcatccttcagcttggagagggtgacatcgtctcgaatcc 40691577  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||        ||||||||||||    
T  40691576 taaacagatggggtgatgttacaccgttgtagtagattgtcgctagcttggtgttcggatcaaagccaaggaattccatgttttttttgtctgatgtagt 40691477  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40691476 ttacttgtaatgaaaacagagacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacaaaaaagaatcca 40691377  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40691376 atgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacaatactcaaagtctcaagtttccctttg 40691306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 55610382 - 55610021
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  55610382 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttga-------tttgattcagctcatcctttaacccggagagggtgacatcgtctcgaatcc 55610290  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||        ||||||||||||    
T  55610289 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagacagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 55610191  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55610190 ttaattgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 55610091  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55610090 tgttgaataaagtcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 55610021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 45658217 - 45657848
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  45658217 tcaactccgaccaccctctatgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagccaggagagggtgacatcgtctcgaatcc 45658118  T
Q  101 taaacatat-ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtag 199  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        |||||||||||    
T  45658117 taaacagatgggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtag 45658019  T
Q  200 tttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||| |       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45658018 tttacttgtaatgaacacagggaccactatttatagaggtatctgggtgttgtggatcacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 45657919  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45657918 atgctgaataaatccggattctaaaattcgaaccaatcctcaccatacacaaagtctcaagtttccctttg 45657848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 38989398 - 38989028
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   ||| |    
T  38989398 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggttacatcgtcgttaatcc 38989299  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    || | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||    
T  38989298 tagatagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 38989200  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||    
T  38989199 ttacttgcaatgaaaatagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgaaatgtgggacacacaaatgaatcgaa 38989100  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgct 372  Q
    |||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38989099 tgctgaataagtccaaattttaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtttcaagtttccctttgct 38989028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 52918187 - 52917828
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  52918187 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcctctcgaatcc 52918088  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||    
T  52918087 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgtcgctatcttggtgttcgaatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 52917989  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||         |||||||||       |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52917988 ttacttgtaatgaaaacaaggacccc-atttatagaggt--------gttgtggaccacaaaagttgtcggtgcaatgtaggacacacaaaagaatccaa 52917898  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  52917897 tgctgaataaattcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatgctcaaagtcctaagtttccctttg 52917828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 40761079 - 40760876
Alignment:
Q  13 accctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggg 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  40761079 accctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccaaatcatccttcagcccggagagggtgacattgtctcgaatcctaaacagatggg 40760980  T
Q  113 gtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||||||||||||||    
T  40760979 gtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttgtttt-gtctgatgtagtttacttgtaatg 40760881  T
Q  213 aaaac 217  Q
    |||||    
T  40760880 aaaac 40760876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 189 - 368
Target Start/End: Original strand, 53270884 - 53271062
Alignment:
Q  189 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacac 288  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||       |||| || ||||||||||||||||    
T  53270884 gtctggtgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagagttatctggtcattgtggaccacaaaaattgtcgg-gcaatgtgggacacac 53270982  T
Q  289 aaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctt 368  Q
    |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  53270983 aaaagaatccaatgttgaataattctggattttaaaatccgaaccaaccctcatcatacacaaagtcccaagtttccctt 53271062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 271 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 40760875 - 40760776
Alignment:
Q  271 gtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  40760875 gtgcaatgtggaacacacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatctgaaccaaccttcaccatactcaaattcccaagattccctttg 40760776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 268 - 370
Target Start/End: Original strand, 4352682 - 4352784
Alignment:
Q  268 ttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 367  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| || |||| ||| |||||||    
T  4352682 ttggtgcaatgtgggacatataaaagaatccaatgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccaacaccgtacacacagtcccaattttccct 4352781  T
Q  368 ttg 370  Q
    |||    
T  4352782 ttg 4352784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 9 - 87
Target Start/End: Original strand, 11649127 - 11649205
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgaca 87  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  11649127 gaccaccctcctcatgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctcatccttcagcccgaagagggtgaca 11649205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 44206407 - 44206038
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  44206407 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggtttagttgattgttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcc 44206308  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||    
T  44206307 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttctgatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 44206209  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44206208 ttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 44206109  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44206108 atgctgaataaatccgaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 44206038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 49326012 - 49325644
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| |    
T  49326012 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttaagctcggagagggtgacatcgtcttgaatcc 49325913  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |        ||||||||||||    
T  49325912 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtatactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaatttcacgctttttt-gtctgatgtagt 49325814  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||        |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  49325813 ttacttgtaatgaaaacaaggaccccaatttatagaggtatgtgggcgttgtagaccacaaaaaattgtcggtgc-atgtgggacacacaaaataatcca 49325715  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49325714 atgttgaataaatacggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 49325644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 3940145 - 3939781
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| |    
T  3940145 tcaactctgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgtgttgacggttgatttgatccagctcatccttcagtccggagagggtgatatcgtctcgaatcc 3940046  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        |||||||||| |    
T  3940045 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctaacttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtaat 3939947  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||       || | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3939946 ttaattgtaatgaaaacagggacccatatttatagagatatgtgggcgttgtggaccacaaaaattatcggtgcaatgtgagacacacaaaagaatccaa 3939847  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccc 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3939846 tgctgaataaatccggattctaaaatccaaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccc 3939781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 47373465 - 47373101
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47373465 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcaacccggagagggtgacatcgtctcgaatcc 47373366  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||  |||        ||||||||||||    
T  47373365 taaacagat-gggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcagatcaaagacagggaattctatgttttttt-gtctgatgtagt 47373268  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatgga-cccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||       || |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47373267 ttaattgtaatgaaaacagggaccccctatttatagaggtatgtgggcattgtggaccacaaaaattatcagtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 47373168  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccc 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47373167 atgctgaataaatccggattctaaaatccaaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccc 47373101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 9 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 8485115 - 8484755
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 108  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||| |    
T  8485115 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgacttgatccagctcatccttcagcctagagagggtaacatcgtctcgaatcctaaacaga 8485016  T
Q  109 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 208  Q
    | || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||        ||||||||||||||||||||    
T  8485015 ttggttg-tgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccaggggattccatgtgttttaggtctgatgtagtttacttgt 8484917  T
Q  209 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 308  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8484916 aatgaaaacagggacccctatttatagaggtatatgggcgttgtggaccataaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 8484817  T
Q  309 aaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  8484816 aaatccggattctaaaatccaaacaaaccctcaccatactcaaagtcctaagtttccctttg 8484755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 41973326 - 41972958
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||      
T  41973326 tcaactccaaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcaacccggagagggcgacatcgtctcgaatct 41973227  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||    
T  41973226 taaacagatgagatggtgttccaccgttgtagtagactgcagttagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 41973128  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41973127 ttaattgtaatgaaaacagggacccttatttatagaggtatgtgggcgatgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagattccaa 41973028  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  41973027 tgctgaataaatctggattctaaactccgaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccatttg 41972958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 21449358 - 21448988
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |    
T  21449358 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgtcggttgatttgatccatctcatccttcagctcagagagggtgacatcgtctcgaatcc 21449259  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||| | ||        ||||||||||||    
T  21449258 taaacagatggggtggtg-tccaccgttgtagtagactgccgctaacttggtgttcagatcaaagccagggaattccttgttttttt-gtctgatgtagt 21449161  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttat--agaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatc 297  Q
    || ||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21449160 ttgcttgtaatgaaaatagggacccctatttatagagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatc 21449061  T
Q  298 caatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21449060 caatgctgaataaatctggattcttaaatccgaaccaaccttcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 21448988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 9 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 21978578 - 21978216
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcga-attctaaacat 107  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  | | ||||||||||     
T  21978578 gaccaccctcctcgtgtctctgcggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagtcgggagagggtgacatcgttgcaatattctaaacag 21978479  T
Q  108 atggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaag-ccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttactt 206  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| | ||||         |||| |||| |||||||    
T  21978478 atagggtggtgttccaccgttgtagaagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaaatccatgatttttt-ttctggtgtactttactt 21978380  T
Q  207 gtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctga 306  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||  ||||| ||||||| |||||| |    
T  21978379 gtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtggaccacaaaaattgtgggtgcaatgtgggctacacagaagaatctaatgctaa 21978280  T
Q  307 ataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  21978279 agcaatccaaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttccttttg 21978216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 9 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 22001009 - 22000647
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcga-attctaaacat 107  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  | | ||||||||||     
T  22001009 gaccaccctcctcgtgtctctgcggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagtcgggagagggtgacatcgttgcaatattctaaacag 22000910  T
Q  108 atggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaag-ccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttactt 206  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| | ||||         |||| |||| |||||||    
T  22000909 atagggtggtgttccaccgttgtagaagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaaatccatgatttttt-ttctggtgtactttactt 22000811  T
Q  207 gtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctga 306  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||  ||||| ||||||| |||||| |    
T  22000810 gtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtggaccacaaaaattgtgggtgcaatgtgggctacacagaagaatctaatgctaa 22000711  T
Q  307 ataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  22000710 agcaatccaaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttccttttg 22000647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 189 - 370
Target Start/End: Original strand, 16478666 - 16478847
Alignment:
Q  189 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacac 288  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||    
T  16478666 gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacac 16478765  T
Q  289 aaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16478766 aaaagaatccaatgttgaataaagtcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 16478847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 131 - 368
Target Start/End: Original strand, 48064910 - 48065147
Alignment:
Q  131 agtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatt 230  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||        |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  48064910 agtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagctagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggccccctatt 48065008  T
Q  231 tatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccg 329  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  48065009 tatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgagacacacaaaagaatccaatgctgaataaatctggattctaaaatcca 48065108  T
Q  330 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctt 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48065109 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctt 48065147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 100 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 22163101 - 22162830
Alignment:
Q  100 ctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagcc-agtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgta 198  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| | ||||         |||  ||||    
T  22163101 ctaaacagatggggtggtgttccaccattgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaaatccatgatttttttttctcgtgta 22163002  T
Q  199 gtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcc 298  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  22163001 ctttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtggaccacaaaaattgtgggtgcaatgtgggccacacagaagaatcc 22162902  T
Q  299 aatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  22162901 aatgctgaagcaatccagattctaaaatctgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttccttttg 22162830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 43 - 370
Target Start/End: Original strand, 18877496 - 18877824
Alignment:
Q  43 cggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccg 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||  | ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  18877496 cggttgatttgatccagctcatcctttagccgggagaggatgatatcgttgcaaatcctaaacagatggggtgatgttccaccgttgtagtagactgccg 18877595  T
Q  143 ctagcttggtgttcggattaaag-ccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtat 241  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| |||||  |||         |||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||    
T  18877596 ctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaattcgatgatttttttttctagtgtactttacttgtaatgaaaatagggacccctatttatagaggcat 18877695  T
Q  242 gtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctca 341  Q
     ||||| ||||||| |       |||| ||||||||||||| ||  || |||||||||||| ||||   || | |||||||||||||||| |||||||||    
T  18877696 ttgggcgttgtggagcacaaaaattgtcggtgcaatgtgggccatccagaagaatccaatgttgaagccattcagattctaaaatccgaaacaaccctca 18877795  T
Q  342 ccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
     ||||| ||||| | ||||||||| ||||    
T  18877796 tcatacacaaagacccaagtttccttttg 18877824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Original strand, 48063655 - 48063791
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  48063655 tcaactccgatcaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcc 48063754  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagat 137  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48063755 taaacagatgggatggtgttccaccgttgtagtagat 48063791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 343
Target Start/End: Original strand, 9331969 - 9332288
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 108  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |    
T  9331969 gaccaccctcctcgtgtctctgtagttgagttgacggttgatttgatccagctggtccttcagcccggagagggtgacatcgttgcgaatcctaaacaaa 9332068  T
Q  109 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 208  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||| ||| ||||               |||| ||||||||||||||    
T  9332069 tggggtggttctccaccgttgtagtagacttccgctagcttggtgttcgaatcaaagtcagggaat---------------tctggtgtagtttacttgt 9332153  T
Q  209 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 308  Q
    |||||||| | ||| ||||||||| |||  ||| || || || ||||||       |||| |||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||     
T  9332154 aatgaaaatagggatccctatttacagatttatctgcgcgttatggaccacataaattgtcggtgcattgtgaatcacacaaaagaatccaatgctgaaa 9332253  T
Q  309 aaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 343  Q
       |||||||| || |||  |||||||||||||||    
T  9332254 ctttccggattatagaatatgaaccaaccctcacc 9332288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 25213369 - 25213231
Alignment:
Q  23 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 122  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||||||  |||| | |||| ||||||||||||||||||||    ||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  25213369 tgtctatgtggttgagttggtggttgatttgatttagctgacccttcagcccggagagggtgacatccgtgcgaatcctgaacatatggggtggtttccc 25213270  T
Q  123 ac-cgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 160  Q
     | ||||| | || | ||| |||||||||||||||||||    
T  25213269 ccacgttgaattaaactgcagctagcttggtgttcggat 25213231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 333 - 370
Target Start/End: Original strand, 30389912 - 30389949
Alignment:
Q  333 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30389912 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccatttg 30389949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 51327574 - 51327445
Alignment:
Q  23 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 122  Q
    ||||| ||| ||||||||   |||||||||||| ||||| |  ||| | |||||||||||||||||| |  | ||| || |||||||||| |||| ||||    
T  51327574 tgtctctgtagttgagtttgaggttgatttgattcagctgactcttcaacccggagagggtgacatcattgcaaatcctgaacatatgggatggttttcc 51327475  T
Q  123 accgttgtagtagattgccgctagcttggtg 153  Q
     ||||||||||| |  || ||||||||||||    
T  51327474 -ccgttgtagtaaaccgcagctagcttggtg 51327445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 10311394 - 10311024
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  10311394 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcatctcgaatcc 10311295  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||        |||| || ||||    
T  10311294 taaacagatggggtggtgttccacagttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagctagggaattccatgttttttttgtctaatatagt 10311195  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10311194 ttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaataca 10311095  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10311094 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 10311024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 4852796 - 4853164
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  4852796 tcaactctaaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcc 4852895  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||        ||||||||||||    
T  4852896 taaacagatggggtggtgttccaccgttctagtagactgccgctagcttggtgttcgggtcaaagccagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 4852994  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  4852995 ttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagagatatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgtgacacacaaaagaattcaa 4853094  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4853095 tgctgaataaatccggattctgaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccctttg 4853164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 5748551 - 5748182
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||| |    
T  5748551 tcaactctaaccaccctcctcgtgtctttgtggttgaattgacggttgatttgatccagctcctccttcagctcgaagagggtgacatcgtctcgaatcc 5748452  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||  |||| ||||       | |||||||||||    
T  5748451 taaacagatgcggtggtgttccaccgttgtagtagactgccactagcttggtgttcggatcaaagtcaggtaattccatgtttttttc-tctgatgtagt 5748353  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5748352 ttacttgtaatgaaaatagggacccctatttatagaggtatgtgggcattgtggaccacaaaaaattgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 5748253  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5748252 atgctgaataaatccggattctaaaattcgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 5748182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 18277952 - 18278322
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| | | ||||||||||||||| ||||||||| |    
T  18277952 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatcaaaataatccttcaacacggagagggtgacatagtctcgaatcc 18278051  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||         ||||||||||||    
T  18278052 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctatcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatttttttttggtctgatgtagt 18278151  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18278152 ttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggatacacaaaagaatcca 18278251  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18278252 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagttttcctttg 18278322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 9 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 10221932 - 10221573
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  10221932 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacaga 10221833  T
Q  109 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 208  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||        ||||||||||||||| ||||    
T  10221832 tggggtggtgttccacaattgtaatagacagccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaatttcatgttttttt-gtctgatgtagtttaattgt 10221734  T
Q  209 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 308  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||       |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  10221733 aatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtgaaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca-aaaagaatcaaatactgaat 10221635  T
Q  309 aaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10221634 aaattcggattctaaaattcgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 10221573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Original strand, 39599647 - 39600013
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  39599647 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacattgtctcaaatcc 39599746  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||| ||||| ||||        ||  ||||||||    
T  39599747 taaacaaacggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcatatcaaagccagggaattccatgttttttt-gttcgatgtagt 39599845  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39599846 ttacttgtaatgaaaacagtgacccatatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 39599945  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  39599946 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagttccaagtttccct 39600013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 7198731 - 7198363
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||| |    
T  7198731 tcaactctgaccaccctcctcgtgtctttgtagttgagttgacggttgatttgatccctctcgtccttcagctcggagatggtgacatcgtctccaatcc 7198632  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||       |||||||||||||    
T  7198631 taaacagatggggtagtgttccaccgttgtagtatactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccag-gaattccatg-ttttttcgtctgatgtagt 7198534  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 299  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||        || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7198533 ttacttgtaatgaaaacagggacccctaattatagaggtatgtaggcgttgttgaccacaaaaaattatcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcca 7198434  T
Q  300 atgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7198433 atgctgaataaattcggattctaaaatccgaaccaacactcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 7198363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 9 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 17384592 - 17384230
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 108  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||  | ||| ||||||| |    
T  17384592 gaccaccctcctcgtgtctctgtggttgatttgacgattgatttgatccagctcacccttcagccctgagagggtgacatcgttgcaaatcctaaacaga 17384493  T
Q  109 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgt-ctgatgtagtttacttg 207  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||         | ||| | || ||||| ||    
T  17384492 tggggtggtgtttcaccgttgtagtagactcccactagcttggtgttcgggtcaaagccagggaattccatgatttttttttcctggtataatttacgtg 17384393  T
Q  208 taatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaa 307  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||| |       |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  17384392 taatgaaaacaaggacccctatttatagaggtatgtgggtgttatggatcataaaaattgtcggtggaatgtgggacacataaaagaatccaatgttgaa 17384293  T
Q  308 taaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||    
T  17384292 gcaatccagattctaaaatccgaaccaaccctcaccatacacaaagttcaaagtttccctttg 17384230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 343
Target Start/End: Original strand, 50890452 - 50890784
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 108  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  50890452 gaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagatcatccttcagcccagtgagggtgacatcgttgcgaatcctaaacata 50890551  T
Q  109 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 208  Q
    ||||||||| |||| || || ||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||         |||| ||||||||||||||    
T  50890552 tggggtggttttcccccattttagtatactgctgctagcttggtgttcggatcaaagtcagggaattccatgatttttt--tctggtgtagtttacttgt 50890649  T
Q  209 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaat 308  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||        ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||     
T  50890650 aatgaaaacagtgacccctatttatagagttatttgggcgttgtggaccacttaaactgtcggtgcaatgtggatcacacaaaagaatccaatgttgaag 50890749  T
Q  309 aaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 343  Q
       | |||| | || ||||||||||||||||||||    
T  50890750 gtgttcggaatatacaatccgaaccaaccctcacc 50890784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 190 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 7563118 - 7562938
Alignment:
Q  190 tctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacaca 289  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||        |||| ||||||||||||| ||||||    
T  7563118 tctggtgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatctgggcgttgtggactgctaaaattgtcggtgcaatgtgggccacaca 7563019  T
Q  290 aaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  7563018 aaagaattcaatgttgaagcaatccggattctaaaatccgaaccaacactcaccatacacaaagtcttaagtttccctttg 7562938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 270 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 12524150 - 12524050
Alignment:
Q  270 ggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcccttt 369  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12524150 ggtgcaatgtgggaaacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcccttt 12524051  T
Q  370 g 370  Q
    |    
T  12524050 g 12524050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 30517026 - 30516780
Alignment:
Q  10 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatat 109  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||||||| ||    
T  30517026 accaccctcctcgtgtctctgtggttgagttggcagttgatttgatccagctgatcctttagcctggagagggtgacatcgttgtgaatcctaaacagat 30516927  T
Q  110 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgta 209  Q
    ||||| || | || ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||         ||   ||||||||||||||     
T  30516926 ggggttgtttccccccagtgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgatttttt-ttcaagtgtagtttacttgtg 30516828  T
Q  210 atgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc 257  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  30516827 attaaaacagggacccctatttatagagttatttgggcgttgtggacc 30516780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 279 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 29946734 - 29946643
Alignment:
Q  279 tgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946734 tgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattataaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 29946643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 9 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 7563250 - 7563139
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 108  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||| ||||||| |    
T  7563250 gaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgttgtgaatcctaaacaga 7563151  T
Q  109 tggggtggtgtt 120  Q
    ||||||| ||||    
T  7563150 tggggtgatgtt 7563139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 68
Target Start/End: Original strand, 15499960 - 15500017
Alignment:
Q  11 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctt 68  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15499960 ccaccctcctagtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatgcagctaatcctt 15500017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 333 - 370
Target Start/End: Original strand, 14271323 - 14271360
Alignment:
Q  333 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14271323 caactctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 14271360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 48181242 - 48181098
Alignment:
Q  16 ctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtg 115  Q
    ||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||| | ||  |||||  |||||||    | |||  | |||| ||||||||    
T  48181242 ctccttatgtcttcgttgttgagttgacggtagatttgatccaactgatccttcaacctagagagcatgacatcagtgcaaatcttgaacaaatggggtg 48181143  T
Q  116 gtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 160  Q
    || || | ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||    
T  48181142 gtttttccccgttgtagtaaattgcagctggcttggtgtttggat 48181098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 59
Target Start/End: Original strand, 11355597 - 11355627
Alignment:
Q  29 tgtggttgagttgacggttgatttgatccag 59  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11355597 tgtggttgagttgacggttgatttgatccag 11355627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 89
Target Start/End: Original strand, 15248457 - 15248535
Alignment:
Q  11 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 89  Q
    ||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||| | ||||||||  ||||||||    
T  15248457 ccaccctccttgtatctctgtggttgaattgacggttgatttgatctagctaattcttcaacccggagaaagtgacatc 15248535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 68
Target Start/End: Original strand, 11237453 - 11237510
Alignment:
Q  11 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctt 68  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| || ||||||    
T  11237453 ccaccctccttgtgtctttgtggttgagtcgacaattgatttgatccaactgatcctt 11237510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 4 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 5463076 - 5462711
Alignment:
Q  4 actcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaa 103  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  5463076 actccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttaattcgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctagaatcctaa 5462977  T
Q  104 acatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagttta 203  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||  ||||| ||||        |||||||||||||||    
T  5462976 acagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagtttggtgtttggatcaaagccaaggaattccatgttttttt-gtctgatgtagttta 5462878  T
Q  204 cttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgc 303  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5462877 cttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgc 5462778  T
Q  304 tgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5462777 tgattaaatccggattctaaaatctgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 5462711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 3 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 15112044 - 15111678
Alignment:
Q  3 aactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattcta 102  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15112044 aactctgaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatctaactcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatccta 15111945  T
Q  103 aacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagttt 202  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||        |||| |||||||||    
T  15111944 aacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactaccgctagcttggtgttcggatcaaagcctgggaattccatgatttttt-gtctaatgtagttt 15111846  T
Q  203 acttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatg 302  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15111845 acttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatctgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggatacacaaaagaatccaatg 15111746  T
Q  303 ctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  15111745 ctgaataaatccgaattctaaaatctgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttccctttg 15111678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 10 - 367
Target Start/End: Original strand, 34949940 - 34950296
Alignment:
Q  10 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatat 109  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||  | ||| ||||||| ||    
T  34949940 accaccctactcgtgtctatgtggttgagttgacgattgatttgatccagctcatccttcagcccggagaaggtgagatcgttgcaaatcctaaacagat 34950039  T
Q  110 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgta 209  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||         |||| ||||||||||||| |    
T  34950040 ggggtgatgttccaccgttgtagtagactgtcgctagcttggtgttcggatcaaagccatagaattccatgttttttttttctggtgtagtttacttg-a 34950138  T
Q  210 atgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaata 309  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  34950139 atgaaaacagggaccccgatttatagacgtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaagc 34950238  T
Q  310 aatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 367  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||    
T  34950239 aatctggattctaaaatccgaaccaaccctcacgatacacaaagtcccaagtttccct 34950296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 370
Target Start/End: Original strand, 18964774 - 18965132
Alignment:
Q  10 accaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatat 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||    
T  18964774 accaccctcctcctgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccaactcatccttcatcccggagagggtgacatcgtcgcaaatcctaaacagat 18964873  T
Q  110 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgta 209  Q
     ||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||         | || ||||| |||||||||    
T  18964874 tgggtggttttcccccgttgtagtagactgcagctatcttggtgttcggatcaaagtcagggaattccatgattttta-ttatggtgtag-ttacttgta 18964971  T
Q  210 atgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaata 309  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||        |||  ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||      
T  18964972 atgaaaacagggatccctatttatagagttatctgggcgttgtggaccacataaactgtcagtgcaatgtgggcaacacaaaagaacccaatgctgaagc 18965071  T
Q  310 aatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
      ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||| ||||||    
T  18965072 tttccagattataaaatccgaaccaaccctcaccctacaaaaagtgtcaagttttcctttg 18965132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 139 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 5936388 - 5936160
Alignment:
Q  139 gccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagagg 238  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||         |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5936388 gccgctagcttggtgtttggatcaaagccaatgaattccatgatttttttttctggtgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagagg 5936289  T
Q  239 tatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccc 338  Q
    ||| ||||| || ||||||       |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5936288 tatatgggcgttatggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtaggacacacaaaagaatccaatgctaaagcaatccggattctaaaatccgaaccaaccc 5936189  T
Q  339 tcaccatactcaaagtctcaagtttccct 367  Q
    |||| |||| |||||||  ||||||||||    
T  5936188 tcacaatacacaaagtccgaagtttccct 5936160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 29 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 5937008 - 5936891
Alignment:
Q  29 tgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgtt 128  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5937008 tgtggttgagttgacgattgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgttgtgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgtt 5936909  T
Q  129 gtagtagattgccgctag 146  Q
    |||||||| | |||||||    
T  5936908 gtagtagactaccgctag 5936891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 271 - 356
Target Start/End: Original strand, 41962562 - 41962647
Alignment:
Q  271 gtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtct 356  Q
    |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41962562 gtgcaatgtggtccatacaaaagaatccaatgctgaataaatccagattctaaaatccgaaccaactttcaccatactcaaagtct 41962647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 195 - 370
Target Start/End: Original strand, 16414549 - 16414724
Alignment:
Q  195 tgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaaga 294  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||  |||||||||||||| ||| | ||| |||||||||       |||| ||||||||||||  |||||| ||||    
T  16414549 tgtagtttacttgaaatgaaaatagggctccctatttatagagttatctaggcgttgtggaccacataaattgtcggtgcaatgtggatcacacataaga 16414648  T
Q  295 atccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    ||| |||| ||||    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||| ||||||    
T  16414649 atctaatgttgaagctttccgtattataaaatccgaaccaaccctcaccctacaaaaagtcccaagttttcctttg 16414724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 25630659 - 25630523
Alignment:
Q  24 gtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcca 123  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| | || |||||||||||||||  | ||||| ||| ||| |||||||| | ||||     
T  25630659 gtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagccgacccttcaacctggagagggtgacatcagcgcgaatcctagacaaatggggtgatattcct 25630560  T
Q  124 ccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 160  Q
    || |||||| | | ||| |||||||||||||||||||    
T  25630559 ccattgtagcaaactgcagctagcttggtgttcggat 25630523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 195 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 31717252 - 31717104
Alignment:
Q  195 tgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaaga 294  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| ||| | |||||||||        ||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  31717252 tgtagtttacttgtaatgaaaatagggatccctatttatagagttatatggacgttgtggaccacataaactgtcggtgcaatgtggatcacacaaaaga 31717153  T
Q  295 atccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 343  Q
    |||||||| ||||    || ||| | || ||||||||||||||||||||    
T  31717152 atccaatgatgaagctttctggaatatacaatccgaaccaaccctcacc 31717104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 34 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 37126605 - 37126475
Alignment:
Q  34 ttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagt 133  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | || | |||| | ||||||||||||||||||    ||||| || |||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  37126605 ttgagttgacgattgatttgatctatctgacccttcaacccggagagggtgacatcagtacgaatcctgaacagatggggtggttttcc-ccgttgtagt 37126507  T
Q  134 agattgccgctagcttggtgttcggattaaag 165  Q
    | ||| | || |||||||||||||||| ||||    
T  37126506 aaatttcagcaagcttggtgttcggatcaaag 37126475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Original strand, 2734623 - 2734689
Alignment:
Q  23 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 89  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||||    
T  2734623 tgtctctgtagttgagttgacggttgatttgatccagctgacccttcaacctggagagggtgacatc 2734689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 160
Target Start/End: Original strand, 33946279 - 33946415
Alignment:
Q  23 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 122  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||| |  | |||||||||||||||    | ||| || ||||||||||||||| | ||    
T  33946279 tgtctttgtagttgaattggcggttgatttgatccagctgacccttcaatctggagagggtgacatcaatgccaatcctgaacatatggggtggt-tccc 33946377  T
Q  123 accgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 160  Q
     | |||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  33946378 cctgttgcagtaaattgcagctagcttgatgttcggat 33946415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 11 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 42014797 - 42014750
Alignment:
Q  11 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatcca 58  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42014797 ccaccctccttgtgtctctgtgggtgagttgacggttgatttgatcca 42014750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 312 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 16252150 - 16252092
Alignment:
Q  312 tccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||| ||||||    
T  16252150 tccgtattataaaatccgaaccaaccctcaccctacaaaaagtctcatgttttcctttg 16252092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 24832181 - 24832549
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  24832181 tcaactccgaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacattgtctcgaatcc 24832280  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | || |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||||        |||| |||||||    
T  24832281 taaacagatggggtgctgttccactgttgtagtagactacctctagcttggtgtttagatcaaagccagggaattccatgttgtttt-gtctaatgtagt 24832379  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24832380 ttaattgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaggaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 24832479  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  24832480 tgctgaataaatccagattgtaaaatccgaacaaaccctcaccatactcaaagtcccaagtctccctttg 24832549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 10431 - 10296
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  10431 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgatggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcc 10332  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtaga 136  Q
     ||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10331 aaaatagatggggtggtgttccaccgttgtagtaga 10296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 287 - 370
Target Start/End: Original strand, 42190904 - 42190987
Alignment:
Q  287 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  42190904 acaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccgaaccaaccatcaccatacacaaagtcccaagtttccctttg 42190987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 9 - 87
Target Start/End: Original strand, 41836116 - 41836194
Alignment:
Q  9 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgaca 87  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  41836116 gaccaccctcctcatgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctcatccttcagcccgaagagggtgaca 41836194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 11 - 160
Target Start/End: Original strand, 12191384 - 12191532
Alignment:
Q  11 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatg 110  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||    ||||| || ||||||||    
T  12191384 ccaccctccttgtgtctttgtggttgaattgacggttgatttgatccagctgatcatttaacccggagaaggtgacatcagtgcgaatcctgaacatatg 12191483  T
Q  111 gggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 160  Q
      ||||| |||| |  |||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  12191484 aagtggttttcc-ctattgtagtaaactgcagctagcttggtgttcggat 12191532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 11 - 160
Target Start/End: Original strand, 12435812 - 12435960
Alignment:
Q  11 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatg 110  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||    ||||| || ||||||||    
T  12435812 ccaccctccttgtgtctttgtggttgaattgacggttgatttgatccagctgatcatttaacccggagaaggtgacatcagtgcgaatcctgaacatatg 12435911  T
Q  111 gggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 160  Q
      ||||| |||| |  |||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  12435912 aagtggttttcc-ctattgtagtaaactgcagctagcttggtgttcggat 12435960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 11 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 16796141 - 16796063
Alignment:
Q  11 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 89  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||    
T  16796141 ccaccctcctcatgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctaatccttcaactcggagagggtgacatc 16796063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 58
Target Start/End: Original strand, 14194172 - 14194208
Alignment:
Q  22 atgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatcca 58  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14194172 atgtctatgtggttgagttggcggttgatttgatcca 14194208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 29436350 - 29436720
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  29436350 tcaactccgaccaccctcctcgtgtgtttgtggttgagttgacggttgctttgatccaactcatccttcagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcc 29436449  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagcca-gtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtag 199  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||| |||           |||||||||    
T  29436450 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgtttggatcaaagccaggggaattccat-attttttttcctgatgtag 29436548  T
Q  200 tttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcc 298  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29436549 tttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcc 29436648  T
Q  299 aatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29436649 aatgttgaataaattcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 29436720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 13038347 - 13038715
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13038347 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgaattgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcc 13038446  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| |  ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||| ||||         ||| |||||||    
T  13038447 taaacagacagggtgatgttccaccgttgtagtatactgccgctagcttggtgttcggatcaaagtcggggaattccatgtcttttt-atctaatgtagt 13038545  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||       |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  13038546 ttaattgtaatgaaaacaaggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgttgaccacataaattgtcggtgcaatgtgggaaacacaaaagaatgcaa 13038645  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13038646 tgctgaataaatccagattctaaaatccgatccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccctttg 13038715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 180
Target Start/End: Original strand, 34950311 - 34950490
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  34950311 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcatttagctcggagagggtgacatcgtctcgaatcc 34950410  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatg 180  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  34950411 taaatagatggggtggtgttccaccgttgtagtagacttccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatg 34950490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 270 - 370
Target Start/End: Original strand, 34950524 - 34950624
Alignment:
Q  270 ggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcccttt 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34950524 ggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagttttccttt 34950623  T
Q  370 g 370  Q
    |    
T  34950624 g 34950624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 265 - 370
Target Start/End: Original strand, 18584253 - 18584358
Alignment:
Q  265 ttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttc 364  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  18584253 ttgtcggtgcaatgtgggagacacaaaagaatccaatgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccatcaccatactcaaagtcccaagtttc 18584352  T
Q  365 cctttg 370  Q
    ||||||    
T  18584353 cctttg 18584358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 12304023 - 12303873
Alignment:
Q  29 tgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgtt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||  ||||| ||||||| |||||||||| |||| | |||    
T  12304023 tgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagccc-gagaaagtgacgtcgttgcgaatcctaaacagatggggtggttttcccctgtt 12303925  T
Q  129 gtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatg 180  Q
     | ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  12303924 attgtagactgccgctagattggtgtttggatcaaagccagggaatttcatg 12303873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 31 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 20386749 - 20386691
Alignment:
Q  31 tggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 89  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||||||||    
T  20386749 tggttgagttgacggttgatttgatctagctgatccttcaacccggagagcgtgacatc 20386691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 33554207 - 33554079
Alignment:
Q  31 tggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc-gtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttg 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||||| || |||||||| || | ||||  |||||| ||| || ||| |||| |||| |    
T  33554207 tggttgagttgacggttgatttgattcaactgttcctttaacccggatagtgtgacatcagtgt-gaatcttaaacaaatgaggaggt-ttcccccgtgg 33554110  T
Q  130 tagtagattgccgctagcttggtgttcggat 160  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  33554109 tagtaaattgcaactagcttggtgttcggat 33554079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 160
Target Start/End: Original strand, 17521170 - 17521306
Alignment:
Q  23 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 122  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||||  || ||||||| | |||||| |  ||| |||||||||||    | ||| || |||| |||||||||| ||||    
T  17521170 tgtctttgtagttgagttggcgattgacatgttccagctgaccctttaacttggatagggtgacatcaatgcaaatcctgaacagatggggtggt-ttcc 17521268  T
Q  123 accgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 160  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  17521269 cccgttgtagtaaattgcagctagcttggtgtttggat 17521306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 16929 - 17288
Alignment:
Q  1 tcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16929 tcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgaaggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaatcc 17028  T
Q  101 taaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||   |||| ||||        ||||||||||||    
T  17029 taaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccaagaaattccatgttttttt-gtctgatgtagt 17127  T
Q  201 ttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         | ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17128 ttacttgtaatgaaaacatcgacccctatttatagagg---------catgtggaccacaaaaattgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaa 17218  T
Q  301 tgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 370  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  17219 tgttgaatgaatccggattctaaaatccgaaccaaccatcaccatacacaaagtcccaagtttccctttg 17288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 265 - 370
Target Start/End: Original strand, 250764 - 250869
Alignment:
Q  265 ttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttc 364  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||  ||||||||    
T  250764 ttgtcggtgtaatgtgggccacacaaaagaatccaatcctgaagttttccggattataaaatccgaaccaaccctcaccctacagaaagtgccaagtttc 250863  T
Q  365 cctttg 370  Q
    ||||||    
T  250864 cctttg 250869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University