View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10201A_low_264 (Length: 230)

Name: NF10201A_low_264
Description: NF10201A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10201A_low_264
NF10201A_low_264
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-212)||(5847787-5847998)
chr3 (1-224)||(5853094-5853317)
chr3 (6-224)||(5801395-5801613)
chr3 (4-224)||(5491155-5491375)
chr3 (1-224)||(5485734-5485957)
chr3 (8-212)||(20344592-20344796)
chr3 (7-224)||(5503950-5504167)
chr3 (4-224)||(5526793-5527013)
chr3 (20-214)||(5827068-5827262)
chr3 (52-221)||(5455972-5456141)
chr3 (73-221)||(5447410-5447558)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 168; Significance: 3e-90; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 5847787 - 5847998
Alignment:
Q  1 aacacttttactactattgctccaaatcagtttatgcaattcggtgatacacttgtttctggagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggag 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5847787 aacacttttactactattgccccaaatcagtttatgcaattcggtgatacacttgtttctggaactggaaggtttgaagcaggatttttctactttggag 5847886  T
Q  101 attcacagcgccaatactttggcatatggtacaagaacattttaccaagggctattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcaacagc 200  Q
    || |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5847887 atccacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcaccaaggactattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacgtaactcaacagc 5847986  T
Q  201 aatgctgaaact 212  Q
    ||||||||||||    
T  5847987 aatgctgaaact 5847998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 5853094 - 5853317
Alignment:
Q  1 aacacttttactactattgctccaaatcagtttatgcaattcggtgatacacttgtttctggagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  5853094 aacacttttactactattgctccaaatcagtttatgcaattcggtgatactcttgtttctgcagctgagaggtatgaagcaggatttttcaactttggcg 5853193  T
Q  101 attcacagcgccaatactttggcatatggtacaagaacattttaccaagggctattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcaacagc 200  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  5853194 attcacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaatatatcaccaagcactattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacaaaactcaactgc 5853293  T
Q  201 aatgctgaaacttactgatcaagg 224  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  5853294 aatgatgaaacttactgatcaagg 5853317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 224
Target Start/End: Original strand, 5801395 - 5801613
Alignment:
Q  6 ttttactactattgctccaaatcagtttatgcaattcggtgatacacttgtttctggagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggagattca 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  5801395 ttttactactattgctccaaatcagtttatgcaatacggtgatactcttgtttctgcagctggaatgtatgaagccggatttttcaactttggcgattcc 5801494  T
Q  106 cagcgccaatactttggcatatggtacaagaacattttaccaagggctattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcaacagcaatgc 205  Q
    || ||||||||||| || |||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5801495 caacgccaatacttcggtatatggtacaagaagatatcaccaaggactattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcagcagcaatgc 5801594  T
Q  206 tgaaacttactgatcaagg 224  Q
    ||||||| | |||||||||    
T  5801595 tgaaactcaatgatcaagg 5801613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5491375 - 5491155
Alignment:
Q  4 acttttactactattgctccaaatcagtttatgcaattcggtgatacacttgtttctggagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggagatt 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5491375 acttttactactattgctccaaatcagtttatgcaatacggtgatactcttgtttctgcagctgagaggtatgaagcaggatttttcaactttggcgatt 5491276  T
Q  104 cacagcgccaatactttggcatatggtacaagaacattttaccaagggctattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcaacagcaat 203  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  5491275 cacaacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcaccaaggactattgtgtgggttgccaatagaaatactcctacacaaaactcaacagcaat 5491176  T
Q  204 gctgaaacttactgatcaagg 224  Q
    ||||||| | | |||||||||    
T  5491175 gctgaaagtcaatgatcaagg 5491155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5485957 - 5485734
Alignment:
Q  1 aacacttttactactattgctccaaatcagtttatgcaattcggtgatacacttgtttctggagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggag 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5485957 aacacttttactgctattgctccaaatcaatttatgcaattcggtgatacgcttgtctctgcagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggcg 5485858  T
Q  101 attcacagcgccaatactttggcatatggtacaagaacattttaccaagggctattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcaacagc 200  Q
    ||||||| |  |||||||| || |||||||||||||| || | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  5485857 attcacaacatcaatacttcggtatatggtacaagaatatatcaccaaggactattgtatgggttgccaatagaaatactcctgcacaaaactcaacagc 5485758  T
Q  201 aatgctgaaacttactgatcaagg 224  Q
    ||||||||||||||  ||||||||    
T  5485757 aatgctgaaacttaacgatcaagg 5485734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 8 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 20344796 - 20344592
Alignment:
Q  8 ttactactattgctccaaatcagtttatgcaattcggtgatacacttgtttctggagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggagattcaca 107  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||     
T  20344796 ttactaccattgcttcaaatcagtttatgcaatacagtgatacacttgtttctggagatggattgtttgaagcaggatttttcaactttagagatccact 20344697  T
Q  108 gcgccaatactttggcatatggtacaagaacattttaccaagggctattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcaacagcaatgctg 207  Q
     ||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  20344696 acgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcaccaaggactattgtgtgggttgccaatagaaatacgcctgtacaaaactcaacagcgatgctg 20344597  T
Q  208 aaact 212  Q
    |||||    
T  20344596 aaact 20344592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5504167 - 5503950
Alignment:
Q  7 tttactactattgctccaaatcagtttatgcaattcggtgatacacttgtttctggagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggagattcac 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5504167 tttactactatagctccaaatcaatttatgcaatacggtgatactcttgtttctgcagctggaatgtatgaagcaggatttttcaactttggtgattcac 5504068  T
Q  107 agcgccaatactttggcatatggtacaagaacattttaccaagggctattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcaacagcaatgct 206  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||| |    
T  5504067 aacgccaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaatagaaataccccgacacaaaactcaacagcaatgtt 5503968  T
Q  207 gaaacttactgatcaagg 224  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  5503967 gaaacttaacgatcaagg 5503950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5527013 - 5526793
Alignment:
Q  4 acttttactactattgctccaaatcagtttatgcaattcggtgatacacttgtttctggagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggagatt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||     
T  5527013 acttttactactattgctccaaatcagtttatgcaatttggtgatactcttgtttctgcagctgggatgtatgaagcaggttttttcaactttggagatc 5526914  T
Q  104 cacagcgccaatactttggcatatggtacaagaacattttaccaagggctattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcaacagcaat 203  Q
    |||| |  |||||||| || ||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||    
T  5526913 cacaacatcaatacttcggtatatggtacaagaacatatcgccaaggactattgtgtgggttgccaatagaaataccccgacacaaaactcaacagcaat 5526814  T
Q  204 gctgaaacttactgatcaagg 224  Q
    | |||||||||  ||||||||    
T  5526813 gttgaaacttaacgatcaagg 5526793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 214
Target Start/End: Original strand, 5827068 - 5827262
Alignment:
Q  20 ctccaaatcagtttatgcaattcggtgatacacttgtttctggagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggagattcacagcgccaatactt 119  Q
    |||||||||||||||||||||    ||| || |||||||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  5827068 ctccaaatcagtttatgcaatatcatgaaacccttgtttcttcagctggaatgtatgaagcaggatttttcaactttggcgattcacagcgtcaatactt 5827167  T
Q  120 tggcatatggtacaagaacattttaccaagggctattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcaacagcaatgctgaaactta 214  Q
     || ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5827168 cggtatatggtacaagaacatatcaccaaggactattgtgtgggttgctaatcgaaatactcctgtacaaaactcaacagcaatgctgaaactta 5827262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 52 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5456141 - 5455972
Alignment:
Q  52 cttgtttctggagctggaaggtttgaagcaggatttttcaactttggagattcacagcgccaatactttggcatatggtacaagaacattttaccaaggg 151  Q
    ||||||||||  |||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||     
T  5456141 cttgtttctgctgctggaacctttgaagcaggttttttcaattttggagatccacaacgccaatactttggtatatggtacaagaacatatcaccaagga 5456042  T
Q  152 ctattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacataactcaacagcaatgctgaaacttactgatca 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  5456041 caattgtgtgggttgccaatagaaatactcctgtacaaaactcaacagcaatgctgaaactcaatgatca 5455972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 73 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5447558 - 5447410
Alignment:
Q  73 tttgaagcaggatttttcaactttggagattcacagcgccaatactttggcatatggtacaagaacattttaccaagggctattgtgtgggttgccaata 172  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| ||| || ||||||||||||||||||    
T  5447558 tttgaagcaggatttttcaattttggagatccacaacgccaatactttggtatatggtataacagcattttacctaggactgttgtgtgggttgccaata 5447459  T
Q  173 gaaatactcctgtacataactcaacagcaatgctgaaacttactgatca 221  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5447458 gaaacacccctgtacaaaactcaacagcaatgctgaaactcactgatca 5447410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University