View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10206_low_1 (Length: 659)

Name: NF10206_low_1
Description: NF10206
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10206_low_1
NF10206_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-659)||(45287000-45287642)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 659
Target Start/End: Original strand, 45287000 - 45287642
Alignment:
Q  17 acatcagaagctgtttcccattttctgctgctttgttcccacaaggactgccttagaaaggaagcaacttgtctctgtcccctttctgtgtgaagcatac 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45287000 acatcagaagctgtttcccattttctgctgctttgttcccacaaggactgccttagaaaggaagcaacttgtctctgtcccctttctgtgtgaagcatac 45287099  T
Q  117 tgcctaaatccacagatgtatcacttaaatcaccactcttgccatattcctcgtctttataatctttttccacctcatcagcctcattgtaaactggcat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45287100 tgcctaaatccacagatgtatcacttaaatcactactcttgccatattcctcgtctttataatctttttccacctcatcagcctcattgtaaacgggcat 45287199  T
Q  217 cataagggtatcaacacctcttcgtctagatgattctgttggttctcttggaaccttggacctgaaactgtttttggatatgggaatggaagagcagaat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45287200 cataagggtatcaacacctcttcgtctagatgattctgttggttctcttggaaccttggacctgaaactgtttttggatatgggaatggaagagcagaat 45287299  T
Q  317 acttctttgaagttctcaattacccctttgttataagggttgacttgccggtcataccggtatctaaaattttcataagtagactgcacattgaacaaaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45287300 acttctttgaagttctcaattacccctttgttataagggttgacttgccggtcataccggtatctaaaattttcataagtagactgcacatagaacaaaa 45287399  T
Q  417 ggaacaatcattaacgtatgtaagaaaaatgaactagaaaggaatgagtgttttacaaatgaaatagtaagtagtcgcatttaaggtcaagggattatga 516  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45287400 ggaacaatcattaacatatgtaagaaaaatgaactagaaaggaatgagtcttttacaaatgacatattaagtagtcgcatttaaggtcaagggattatga 45287499  T
Q  517 gttaaatagtgttcaaacctggtttgtgctgattagatatgtatggaaacaagtgagtcctccaacaaaccagacagcaatgaatgaatatattattagt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45287500 gttaaatagtgttcaaacctggtttgtgctgattagatatgtatggaaacaagtgagtcctccaacaaaccagacagcaatgaatgaatatattattagt 45287599  T
Q  617 gcaatggaagcaggggttttgatcattgctttccagatcgata 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45287600 gcaatggaagcaggggttttgatcattgctttccagatcgata 45287642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University