View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10207_high_13 (Length: 373)

Name: NF10207_high_13
Description: NF10207
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10207_high_13
NF10207_high_13
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (14-357)||(2321920-2322263)
chr7 (18-357)||(2330534-2330873)
chr7 (18-357)||(2338390-2338729)
chr7 (15-357)||(3954367-3954709)
chr7 (17-357)||(1556617-1556957)
chr7 (17-357)||(1089261-1089601)
chr7 (14-250)||(2326315-2326553)
chr7 (32-357)||(1597014-1597339)
chr7 (17-357)||(1604988-1605328)
chr7 (14-357)||(3853242-3853585)
chr7 (14-355)||(1549794-1550135)
chr7 (17-357)||(1540572-1540912)
chr7 (17-344)||(1563873-1564200)
chr7 (17-357)||(1106601-1106941)
chr7 (15-292)||(2335141-2335422)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (21-357)||(18738456-18738792)
chr8 (21-357)||(18743420-18743756)
chr8 (21-357)||(18748387-18748723)
chr8 (101-357)||(18722815-18723071)
[»] scaffold0491 (1 HSPs)
scaffold0491 (21-357)||(5228-5564)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 14 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 2322263 - 2321920
Alignment:
Q  14 atgaaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgac 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2322263 atgaaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtaagttcagtggaaaaactctgtgac 2322164  T
Q  114 acacatttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcg 213  Q
     |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2322163 gcacatttcattgttggtcgagagaaaggattgagatttaagcaagcaaatgctattgtggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcg 2322064  T
Q  214 gaagtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaa 313  Q
    ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2322063 gaagtagaagacgttggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaa 2321964  T
Q  314 agtttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  2321963 agtttcaagtgccacaactccaaagctatatacatcgcactttt 2321920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 2330873 - 2330534
Alignment:
Q  18 aataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacacac 117  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||| | ||| ||  ||  |||||||||||||||||    
T  2330873 aataatgctttgagttcatgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcaacggaatgtttagtggtgcaagctctatgacaaaactctgtgacacac 2330774  T
Q  118 atttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaag 217  Q
     |||||| | |||||||| | |||| |||| ||||| |||| ||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||    
T  2330773 ttttcattgatggtcgagcgcaagggttgagatttaagcatccaaatgctactacggcaacacgaattatgtccagtaaaacctttacattatttggaag 2330674  T
Q  218 tgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagtt 317  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330673 tgggagacgttggtctaatacttcacataatttcatcccttgagtcgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagtt 2330574  T
Q  318 tcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  2330573 tcaagtgccacaactccaaaactatatacatcgcactttt 2330534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 2338729 - 2338390
Alignment:
Q  18 aataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacacac 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||  ||| | ||||||| | ||  || | |  |||||||||||||||||    
T  2338729 aataatgctttgaattcttgactcatgagttgctgcactgaaatttcacccaacagaaagtttaatggtgcaatctctgggacaaaactctgtgacacac 2338630  T
Q  118 atttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaag 217  Q
     |||||| | |||||||| | |||| |||| ||||| |||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  2338629 ttttcattgatggtcgagcgcaagggttgagatttaagcatccaaatgctactacggcaacacgaattatgtcaagtaaaaccttcacattatttggaag 2338530  T
Q  218 tgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagtt 317  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2338529 tgggagacgctggtctaatacttcacataatttcatgccttgagtcgatgctaactgaagctatgatagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagtt 2338430  T
Q  318 tcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2338429 tcaagtgccactactccaaaactatatacatcgcactttt 2338390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 357
Target Start/End: Original strand, 3954367 - 3954709
Alignment:
Q  15 tgaaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgaca 114  Q
    |||||||||||||| | ||||||| |||  ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||| |||||||    
T  3954367 tgaaataatgctttgagttcttgattcacgagttgcttcactgaaatttctctcaaaggaatgcttaatggtgtaacctcaatggaaaaactttgtgaca 3954466  T
Q  115 cacatttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcgg 214  Q
    ||| |||||| ||||||| ||||||||||||   ||||| ||||||| |||||| | |  |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||    
T  3954467 cacttttcattgttggtctagaggaaggatttggatttaagcatgcagatgctactacaacaacatgaattatgtcaagtaaaactttcacatcatttgg 3954566  T
Q  215 aagtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaa 314  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||  | || | |||||||| ||||    
T  3954567 aagtgggagacgttggtctaatacttcacataatttgatgtcttgagttgatgttaattgaagtgatgacaatatttcctcgggatatcttcccactaaa 3954666  T
Q  315 gtttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3954667 atttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacattttt 3954709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 357
Target Start/End: Original strand, 1556617 - 1556957
Alignment:
Q  17 aaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacaca 116  Q
    ||||||||| || | ||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  1556617 aaataatgcattgagttcttcactcattagttgttgcactgaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtaagttcagtgacaaaactttgtgacaca 1556716  T
Q  117 catttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaa 216  Q
    | |||||| |||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||| |   || ||||||||||||||||| ||| ||| ||  ||||||| ||||    
T  1556717 cgtttcattgttggtcgagaatgaggattgatatttaagcatgcaaatgcaaccacgacaacatgaattatgtcacgtataactatgtcattatttggaa 1556816  T
Q  217 gtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagt 316  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||  || |  | | | || |||| | |||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||| | ||||||    
T  1556817 gtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacacttcgtgtcgatgttgactgaagtgatgacagtaaatctccaggatgccttccaactaaagt 1556916  T
Q  317 ttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    ||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||    
T  1556917 ttcaagtgctacaacaccaaaactatatgcatcacactttt 1556957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1089601 - 1089261
Alignment:
Q  17 aaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacaca 116  Q
    |||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||| || || ||||||| |||||| |||||||||    
T  1089601 aaataatgctttgagttcttgactcaagagttgctgcattgaaatttcactcaaaggagttcttaatggtgtcagctcagtggcaaaactttgtgacaca 1089502  T
Q  117 catttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaa 216  Q
    | |||||| |||||||||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||| | | | | ||  | ||| | ||||    
T  1089501 cgtttcattgttggtcgagaacgaggattgagatttaagcatgcaaatgctaccacggcaacatgaattatgtcatggatagctatttctttacttggaa 1089402  T
Q  217 gtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagt 316  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||| || || | ||| || |||| | | ||||| ||||||| ||||||  ||||||| ||||| | ||||||    
T  1089401 gtggaagacgttggtctaatacttgacataatttgatactttgtgtcgatgttgattgaagggatgacaatatatcttcagggtgccttccaactaaagt 1089302  T
Q  317 ttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1089301 ttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacactttt 1089261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 2326553 - 2326315
Alignment:
Q  14 atgaaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgac 113  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||| ||| |||| ||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  2326553 atgaaataatatttttagttcttgactcatgagttgctgcactgaaatttcactcgaaagaatacttgatggtgtaggttcaatggcaaaactctgtgac 2326454  T
Q  114 acacatttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaat--tatgtcaagtaaaaccatcacattatt 211  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||| |  ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  2326453 acacatttcattgttggtcgagagaaaggattgagatttaagtatgcaaatgctactaaggcaacacgaattatatgtcaagtaaaaccatcatattatt 2326354  T
Q  212 cggaagtgggagacgatggtctaatacttcacataactt 250  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2326353 cagaagtgggagacgttggtctaatacttcacataactt 2326315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 32 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1597339 - 1597014
Alignment:
Q  32 ttcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacacacatttcatcgttggt 131  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||  |||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  1597339 ttcttcactcattagttgctgcacggaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtaagctcggtgacaaaactttgtgacacacgtttcattgttggt 1597240  T
Q  132 cgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaagtgggagacgatggt 231  Q
    |||||   |||||  ||| ||| |||||||||||| | |  ||||||||||||||||| | ||| ||| ||| ||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  1597239 cgagaacgaggatcaatagttaagcatgcaaatgcaactatggcaacatgaattatgtgacgtataactatctcattatttggaagtggaagacgttggt 1597140  T
Q  232 ctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagtttcaagtgccactac 331  Q
    ||||||||| |||||  || |  | ||| || |||| | | ||||||||||||| || ||| |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  1597139 ctaatacttgacatagtttgagactttgtgtcgatgatgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccaactaaagtttcaagtgccaccac 1597040  T
Q  332 tccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
     ||||| |||||||||||||||||||    
T  1597039 gccaaagctatatacatcacactttt 1597014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1605328 - 1604988
Alignment:
Q  17 aaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacaca 116  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||  |||||| |||||||||    
T  1605328 aaataatcctttcagttcttgactcatgagttgttgcactgaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtgagctccgtgacaaaactttgtgacaca 1605229  T
Q  117 catttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaa 216  Q
    | |||||| |||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||| |   |||||||||||||||||||| ||| ||| |   | ||||| ||||    
T  1605228 cgtttcattgttggtcgagaacgaggattgatatttaagcatgcaaatgcaaccacggcaacatgaattatgtcacgtataactacatcgttatttggaa 1605129  T
Q  217 gtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagt 316  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||  || |  | ||| || ||   | | ||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| | |||||     
T  1605128 gtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttccaactaaagc 1605029  T
Q  317 ttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1605028 ttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacactttt 1604988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 14 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 3853585 - 3853242
Alignment:
Q  14 atgaaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgac 113  Q
    ||||||||||| ||  | |||||||||| |  |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||  |||  | |||||||||||| ||||||    
T  3853585 atgaaataatgtttggagttcttgactcgtgtgttgatgcgctgaaaattcactcaaaggaatgcttaatggtataatctgagtggaaaaactttgtgac 3853486  T
Q  114 acacatttcatcgttggtcgagagga-aggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattc 212  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||| || |  ||||  |||||||||||||   | ||||| ||||| |||| |||| |||||||| |||||||     
T  3853485 acacatttcattgttggtcgagaggacaggctt-aggtttaaacatgcaaatgctacgacagcaacctgaataatgtgaagtgaaaccatctcattattt 3853387  T
Q  213 ggaagtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccatta 312  Q
    ||| || ||||||| | ||||| |||||||| ||  || ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||  |||| |||||||||| ||    
T  3853386 ggacgttggagacgtttgtctagtacttcacgtagtttgatgtcttgagttgatgttaattgaagtgatgacaatatttcctcaggatgtcttcccaata 3853287  T
Q  313 aagtttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    || |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3853286 aaatttcaagtgccattaccccaaaactatatacatcacactttt 3853242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 355
Target Start/End: Original strand, 1549794 - 1550135
Alignment:
Q  14 atgaaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgac 113  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||| || |  ||||||| || | |||||| | |||||| | ||||    
T  1549794 atgaaataacgctttgagttcttgactcaagagttgctgcaatgaaatttcactcaaaagagtttttaatggtgtcaattcagtagcaaaactttctgac 1549893  T
Q  114 acacatttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcg 213  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||  |||||||||||||   ||||||| |||||||||||| ||| ||| ||  ||||||| |    
T  1549894 acacatttcattgttggtcgagagcgaggattgagatttaaacatgcaaatgctaccacggcaacttgaattatgtcacgtataactatttcattatttg 1549993  T
Q  214 gaagtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaa 313  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||| |||||| || || | ||| || ||||   | |||||||||| || ||||||  |||||||  |||| | |||    
T  1549994 gaagtggaatacgttggtctaatacttgacataatttgatactttgtgtcgatggagattgaagtgatgccaatatatcctcagggtgctttccaactaa 1550093  T
Q  314 agtttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactt 355  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1550094 tgtttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacactt 1550135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 357
Target Start/End: Original strand, 1540572 - 1540912
Alignment:
Q  17 aaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacaca 116  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| || |||  |||||| |||||||||    
T  1540572 aaataatgctttgagttcttcactcattagttgctccactgaaatttcactcaaaggaatgctaaacggtgtaagctcggtgacaaaactttgtgacaca 1540671  T
Q  117 catttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaa 216  Q
    | |||||| |||||||||||   |||||||  ||||| ||||||||||||||    || |||||||||||||||| ||| ||| ||  ||||||| ||||    
T  1540672 cgtttcattgttggtcgagaacgaggattgccatttaagcatgcaaatgctaccagggaaacatgaattatgtcacgtataactatgtcattatttggaa 1540771  T
Q  217 gtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagt 316  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| || ||  || |  | |   || |||| | | ||||||||||||| || ||| |||||||| ||||| | ||||||    
T  1540772 gtggaagacgttggtctaatacttgacgtagtttgacacttcttgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccaactaaagt 1540871  T
Q  317 ttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1540872 ttcaagtgtcactacaccaaaactatatacatcacactttt 1540912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 344
Target Start/End: Original strand, 1563873 - 1564200
Alignment:
Q  17 aaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacaca 116  Q
    |||||||||||  | ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || || || ||||||| |||||  ||||| |||    
T  1563873 aaataatgcttcgagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactcaaaggaaggcttaacggtgtcagctcagtggcaaaacattgtgataca 1563972  T
Q  117 catttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaa 216  Q
    |||||||| |||||||||||   |||||||| |||||  | |||||||||||   |||||||||||||||||||| ||| ||| ||  | ||||| ||||    
T  1563973 catttcattgttggtcgagaacgaggattgagatttaaacttgcaaatgctaccacggcaacatgaattatgtcacgtataactatttcgttatttggaa 1564072  T
Q  217 gtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagt 316  Q
    || | ||||| ||||||||||||| |||||| || || | ||| || |||| | | ||||||||||||| |||||| ||||| |  ||||| | ||||||    
T  1564073 gtcgaagacgttggtctaatacttgacataatttgatactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaatatatctccaggtttccttccaactaaagt 1564172  T
Q  317 ttcaagtgccactactccaaaactatat 344  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  1564173 ttcaagtgtcactacaccaaaactatat 1564200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 17 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1106941 - 1106601
Alignment:
Q  17 aaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacaca 116  Q
    ||||||| |||| | |||||||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||  |||||| ||||| |||    
T  1106941 aaataatcctttcagttcttgacccgtgagttgttgcactgaaatttcactcaaaggaatgcttaatggtgtgagctccgtgacaaaactttgtgagaca 1106842  T
Q  117 catttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaa 216  Q
    | |||||| |||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||| |   |||||||||||||||||||| ||| ||| |   | ||||| ||||    
T  1106841 cgtttcattgttggtcgagaacgaggattgatatttaagcatgcaaatgcaaccacggcaacatgaattatgtcacgtataactacgtcgttatttggaa 1106742  T
Q  217 gtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagt 316  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||  || |  | ||| |  ||   | | ||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| | |||||     
T  1106741 gtggaagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtggcgaatttgattgaagtgatgacaatatatcctcagggtgccttccaactaaagc 1106642  T
Q  317 ttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1106641 ttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacactttt 1106601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 2335422 - 2335141
Alignment:
Q  15 tgaaataatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctg-tgac 113  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||| ||  ||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||  ||||    
T  2335422 tgaaataatgcttttagttcttcactaattagttgctacattgaaatatcactcaaaggaatacttaatggtgtacgttcaatggaaaaactctcatgac 2335323  T
Q  114 acacatttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcg 213  Q
     | |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2335322 gcgcatttcattgttggtcaagagcaaggattgagatttaagcatgcaaatgctacaatgacaacacgaattatgtcaagtaaaaccatcacattatttg 2335223  T
Q  214 gaagtgggagacgatggtctaatacttcacataac---ttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatc 292  Q
    ||| | || || | || |||||||||||||||||    || |||||  |||||||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  2335222 gaaataggggatgttgttctaatacttcacataataatttcatgccgagagttgatgcaaattgaagtgatgacaatatatc 2335141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 357
Target Start/End: Original strand, 18738456 - 18738792
Alignment:
Q  21 aatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacacacatt 120  Q
    |||||||| | ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | | ||| || |||  |||||| || ||||||||||    
T  18738456 aatgctttaagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtgacaaaactttgcgacacacatt 18738555  T
Q  121 tcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaagtgg 220  Q
    |||| |||||||||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||   ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||  ||||||| ||||||||    
T  18738556 tcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaatgctaccacggcagcatgaattatgtcacgtataactatgtcattatttggaagtgg 18738655  T
Q  221 gagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagtttca 320  Q
     ||||| ||||||||||||| |||||  || |  | ||| || |||| | | ||||||||||||| || ||| |||||||| ||||| | ||||||||||    
T  18738656 aagacggtggtctaatacttgacatagtttgagactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccaactaaagtttca 18738755  T
Q  321 agtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18738756 agtgccactacaccaaaactatatacatcacactttt 18738792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 357
Target Start/End: Original strand, 18743420 - 18743756
Alignment:
Q  21 aatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacacacatt 120  Q
    |||||||| | ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | | ||| || |||  |||||| || ||||||||||    
T  18743420 aatgctttaagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtgacaaaactttgcgacacacatt 18743519  T
Q  121 tcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaagtgg 220  Q
    |||| |||||||||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||   ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||  ||||||| ||||||||    
T  18743520 tcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaatgctaccacggcagcatgaattatgtcacgtataactatgtcattatttggaagtgg 18743619  T
Q  221 gagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagtttca 320  Q
     ||||| ||||||||||||| |||||  || |  | ||| || |||| | | ||||||||||||| || ||| |||||||| ||||| | ||||||||||    
T  18743620 aagacggtggtctaatacttgacatagtttgagactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccaactaaagtttca 18743719  T
Q  321 agtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18743720 agtgccactacaccaaaactatatacatcacactttt 18743756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 357
Target Start/End: Original strand, 18748387 - 18748723
Alignment:
Q  21 aatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacacacatt 120  Q
    |||||||| | ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | | ||| || |||  |||||| || ||||||||||    
T  18748387 aatgctttgagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtgacaaaactttgcgacacacatt 18748486  T
Q  121 tcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaagtgg 220  Q
    |||| |||||||||||   |||||||| ||||| ||||||||| || |   |||||| ||||||||||| | ||| ||||||  ||||||| ||||||||    
T  18748487 tcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaaggcaacaacggcaaaatgaattatgttacgtataaccatttcattatttggaagtgg 18748586  T
Q  221 gagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagtttca 320  Q
     ||||| ||||||||||||| |||||  || |  | ||| || |||| | | ||||||||||||| || ||| |||||||| |||||   ||||||||||    
T  18748587 aagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccagctaaagtttca 18748686  T
Q  321 agtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18748687 agtgccactacaccaaaactatatacatcacactttt 18748723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 101 - 357
Target Start/End: Original strand, 18722815 - 18723071
Alignment:
Q  101 aaaactctgtgacacacatttcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaacc 200  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||||||   |||||||| ||||| ||||||||| || |   |||||| ||||||||||| | ||| ||||    
T  18722815 aaaactttgcgacacacatttcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaaggcaacaacggcaaaatgaattatgttacgtataacc 18722914  T
Q  201 atcacattattcggaagtgggagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggt 300  Q
    ||  ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| | |||  || |  | ||| ||||||| | | ||||||||||||| || ||| |||||||    
T  18722915 atttcattatttggaagtggaagacgctggtctaatacttgatatagtttgacactttgtgttgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggt 18723014  T
Q  301 gtcttcccattaaagtttcaagtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    | |||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18723015 gccttccagctaaagtttcaagtgccactacaccaaaactatatacatcacactttt 18723071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 357
Target Start/End: Original strand, 5228 - 5564
Alignment:
Q  21 aatgcttttaattcttgactcatcagttgctgcacagaaatttcactcaaaggaatgcttaatggagtaagttcagtggaaaaactctgtgacacacatt 120  Q
    |||||||| | ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | | ||| || |||  |||||| || ||||||||||    
T  5228 aatgctttgagttcttcactcattagttgctgcactgaaatttcactgaaaggaatacttaatcgtggaagctcggtgacaaaactttgcgacacacatt 5327  T
Q  121 tcatcgttggtcgagaggaaggattgatatttatgcatgcaaatgctattgcggcaacatgaattatgtcaagtaaaaccatcacattattcggaagtgg 220  Q
    |||| |||||||||||   |||||||| ||||| ||||||||| || |   |||||| ||||||||||| | ||| ||||||  ||||||| ||||||||    
T  5328 tcattgttggtcgagaacgaggattgacatttaagcatgcaaaggcaacaacggcaaaatgaattatgttacgtataaccatttcattatttggaagtgg 5427  T
Q  221 gagacgatggtctaatacttcacataacttaatgccttgagttgatgctaactgaagtgatgacagtatatcaccagggtgtcttcccattaaagtttca 320  Q
     ||||| ||||||||||||| |||||  || |  | ||| || |||| | | ||||||||||||| || ||| |||||||| |||||   ||||||||||    
T  5428 aagacgctggtctaatacttgacatagtttgacactttgtgtcgatgttgattgaagtgatgacaataaatccccagggtgccttccagctaaagtttca 5527  T
Q  321 agtgccactactccaaaactatatacatcacactttt 357  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5528 agtgccactacaccaaaactatatacatcacactttt 5564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University