View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10210_low_2 (Length: 546)

Name: NF10210_low_2
Description: NF10210
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10210_low_2
NF10210_low_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (21-532)||(20213731-20214242)
chr8 (21-238)||(20233626-20233843)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (21-532)||(44298243-44298754)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 20214242 - 20213731
Alignment:
Q  21 aacgggttactatcctcgtacttgtcatcaatcaaactatccctaaagagacttcttcatccctcgtagaaacgaggaagcattccccgcaaaccaatag 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20214242 aacgggttactatcctcgtacttgtcatcaatcaaattatccctaaagagacttcttcatccctcgtttctacgaggaagcattccccgcaaaccaatag 20214143  T
Q  121 gccttgaatgggggtagtccttcatggtccctactttcggatgaaaatggacatctctaataaagagggaagatggcatcacatgtgtcttccatgtgat 220  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20214142 gccttgaatgggggtagtcattcatggtccctactttcggatgaaaatggacatctctaataaagagggaagatggcatcacatgtgtcttccatgtgat 20214043  T
Q  221 aaaacataaaggggtacatt-nnnnnnnnncaggtgcaaatatcaacaaccctcaaagtaatagtcgggccataaagtccagtccatgatgaattgagca 319  Q
    ||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20214042 aaaacataaaggggtacattaaaaaaaacacaggtgcaaatatcaacaaccctcaaagtaatagtcgggccataaagtccagtccgtgatgaattgagca 20213943  T
Q  320 tattctattcttgcaggagagtactagatctctctctacttgaagtgtcatccaatcaacgtggcatataaatacgcaacagctgaataagtatcacttt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20213942 tattctattcttgcaggagagtactagatctctctctacttgaagtgtcatccaatcaacgtggcatataaatacgcaacagctgaataagtatcacttt 20213843  T
Q  420 tggggnnnnnnnctgtcactaaccaaagaaggaattagggttttacggtacctacctctttttctcatcttcgattcaatccaacaacatgaggtactat 519  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20213842 tgggg-ttttttctgtcactaaccaaagaaggaattagggttttacggtacctacctctttttctcatcttcgattcaatccaacaacatgaggtactat 20213744  T
Q  520 ctccaatctctgc 532  Q
    |||||||||||||    
T  20213743 ctccaatctctgc 20213731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 20233843 - 20233626
Alignment:
Q  21 aacgggttactatcctcgtacttgtcatcaatcaaactatccctaaagagacttcttcatccctcgtagaaacgaggaagcattccccgcaaaccaatag 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20233843 aacgggttactatcctcgtacttgtcatcaatcaaattatccctaaagagacttcttcatccctcgtttctacgaggaagcattccccgcaaaccaatag 20233744  T
Q  121 gccttgaatgggggtagtccttcatggtccctactttcggatgaaaatggacatctctaataaagagggaagatggcatcacatgtgtcttccatgtgat 220  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20233743 gccttgaatgggggtagtcattcatggtccctactttcggatgaaaatggacatctctaataaagagggaagatggcatcacatgtgtcttccatgtgat 20233644  T
Q  221 aaaacataaaggggtaca 238  Q
    ||||||||||||||||||    
T  20233643 aaaacataaaggggtaca 20233626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 44298754 - 44298243
Alignment:
Q  21 aacgggttactatcctcgtacttgtcatcaatcaaactatccctaaagagacttcttcatccctcgtagaaacgaggaagcattccccgcaaaccaatag 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44298754 aacgggttactatcctcgtacttgtcatcaatcaaattatccctaaagagacttcttcatccctcgtttctacgaggaagcattccccgcaaaccaatag 44298655  T
Q  121 gccttgaatgggggtagtccttcatggtccctactttcggatgaaaatggacatctctaataaagagggaagatggcatcacatgtgtcttccatgtgat 220  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44298654 gccttgaatgggggtagtcattcatggtccctactttcggatgaaaatggacatctctaataaagagggaagatggcatcacatgtgtcttccatgtgat 44298555  T
Q  221 aaaacataaaggggtacatt-nnnnnnnnncaggtgcaaatatcaacaaccctcaaagtaatagtcgggccataaagtccagtccatgatgaattgagca 319  Q
    ||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44298554 aaaacataaaggggtacattaaaaaaaacacaggtgcaaatatcaacaaccctcaaagtaatagtcgggccataaagtccagtccgtgatgaattgagca 44298455  T
Q  320 tattctattcttgcaggagagtactagatctctctctacttgaagtgtcatccaatcaacgtggcatataaatacgcaacagctgaataagtatcacttt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44298454 tattctattcttgcaggagagtactagatctctctctacttgaagtgtcatccaatcaacgtggcatataaatacgcaacagctgaataagtatcacttt 44298355  T
Q  420 tggggnnnnnnnctgtcactaaccaaagaaggaattagggttttacggtacctacctctttttctcatcttcgattcaatccaacaacatgaggtactat 519  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44298354 tgggg-ttttttctgtcactaaccaaagaaggaattagggttttacggtacctacctctttttctcatcttcgattcaatccaacaacatgaggtactat 44298256  T
Q  520 ctccaatctctgc 532  Q
    |||||||||||||    
T  44298255 ctccaatctctgc 44298243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University