View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10213_low_6 (Length: 465)

Name: NF10213_low_6
Description: NF10213
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10213_low_6
NF10213_low_6
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (37-449)||(16498-16910)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (37-449)||(18858062-18858474)
chr4 (37-449)||(9226590-9227002)
chr4 (41-449)||(16626182-16626589)
chr4 (41-449)||(5145398-5145806)
chr4 (177-431)||(4567590-4567841)
chr4 (173-449)||(15314549-15314823)
chr4 (176-299)||(16634856-16634976)
chr4 (176-431)||(47564964-47565216)
chr4 (185-306)||(36769966-36770084)
chr4 (329-429)||(16634744-16634844)
chr4 (124-152)||(33655986-33656014)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (37-449)||(10686453-10686865)
chr8 (37-449)||(35742875-35743287)
chr8 (37-449)||(18867859-18868271)
chr8 (44-456)||(26298875-26299278)
chr8 (176-449)||(28892997-28893267)
chr8 (176-449)||(4814904-4815174)
chr8 (176-431)||(16754938-16755190)
chr8 (186-431)||(25682563-25682805)
chr8 (176-449)||(28330128-28330398)
chr8 (176-431)||(21039682-21039933)
chr8 (41-101)||(26400887-26400947)
chr8 (176-431)||(15946914-15947166)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (37-449)||(24263512-24263924)
chr7 (37-449)||(16882413-16882825)
chr7 (37-449)||(21986406-21986818)
chr7 (44-449)||(18411150-18411555)
chr7 (44-449)||(9187334-9187739)
chr7 (45-357)||(24272181-24272493)
chr7 (52-313)||(21642191-21642449)
chr7 (308-449)||(21643794-21643935)
chr7 (176-449)||(3322466-3322736)
chr7 (176-449)||(25407647-25407917)
chr7 (176-449)||(44012209-44012478)
chr7 (178-449)||(7072284-7072552)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (37-449)||(43594607-43595019)
chr5 (37-449)||(43627401-43627813)
chr5 (37-449)||(31399181-31399593)
chr5 (37-449)||(33788842-33789254)
chr5 (37-449)||(27447309-27447721)
chr5 (37-449)||(37558791-37559194)
chr5 (41-449)||(24557773-24558181)
chr5 (41-449)||(24598805-24599213)
chr5 (41-449)||(28835792-28836199)
chr5 (37-290)||(28805070-28805323)
chr5 (176-449)||(25447720-25447991)
chr5 (398-434)||(29103928-29103964)
chr5 (398-434)||(29267742-29267778)
chr5 (217-325)||(31301980-31302088)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (37-449)||(19346764-19347176)
chr2 (169-449)||(25393504-25393784)
chr2 (41-391)||(39485468-39485808)
chr2 (41-293)||(31058448-31058700)
chr2 (41-282)||(39485239-39485468)
chr2 (115-383)||(31133832-31134100)
chr2 (176-449)||(2738438-2738708)
chr2 (176-431)||(17934335-17934587)
chr2 (176-449)||(20052439-20052708)
chr2 (176-449)||(22714912-22715182)
chr2 (176-449)||(39684480-39684750)
chr2 (281-431)||(45569641-45569791)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (38-449)||(14739761-14740172)
chr6 (37-449)||(33333265-33333677)
chr6 (41-441)||(24433517-24433917)
chr6 (176-449)||(35203741-35204011)
chr6 (176-431)||(25943920-25944172)
chr6 (176-431)||(13880990-13881242)
chr6 (173-429)||(17692527-17692783)
chr6 (176-231)||(22348653-22348708)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (37-449)||(8514580-8514992)
chr3 (37-449)||(32477826-32478238)
chr3 (37-417)||(22170529-22170909)
chr3 (37-448)||(2674410-2674821)
chr3 (44-449)||(1308364-1308769)
chr3 (41-449)||(3325727-3326123)
chr3 (131-314)||(18144876-18145059)
chr3 (176-449)||(16459697-16459967)
chr3 (176-431)||(10610451-10610703)
chr3 (176-449)||(6305544-6305814)
chr3 (176-449)||(54190741-54191011)
chr3 (176-431)||(10096484-10096736)
chr3 (178-448)||(22623659-22623926)
chr3 (176-449)||(10899242-10899512)
chr3 (176-431)||(10203370-10203622)
chr3 (176-431)||(29911631-29911883)
chr3 (176-431)||(47880566-47880818)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (44-449)||(1-406)
scaffold0006 (41-449)||(8154-8562)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (37-449)||(41395737-41396137)
chr1 (44-322)||(19369001-19369279)
chr1 (176-449)||(9523961-9524231)
chr1 (176-431)||(2396933-2397185)
[»] scaffold0078 (2 HSPs)
scaffold0078 (246-449)||(34705-34908)
scaffold0078 (57-207)||(34544-34697)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (176-449)||(822-1092)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (176-449)||(18559-18829)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 16910 - 16498
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16910 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 16811  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16810 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 16711  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16710 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 16611  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16610 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 16511  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    || ||||||||||    
T  16510 atccccgttgatg 16498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 18858062 - 18858474
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858062 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 18858161  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858162 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 18858261  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858262 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 18858361  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858362 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 18858461  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  18858462 attcccgttgatg 18858474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 9227002 - 9226590
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9227002 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatctttttcttcttcatttggaagctccacctcaaat 9226903  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226902 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgggtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 9226803  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226802 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 9226703  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226702 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 9226603  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  9226602 attcccgttgatg 9226590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 41 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 16626589 - 16626182
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626589 tcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 16626490  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||| ||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  16626489 tttcctccaccattgtttacagtactagagtctctaggtcttt-cacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 16626391  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626390 tgatcctccactagattccaatttccacaactcgtaacccttcagaccttccggataaccaatgaagatacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 16626291  T
Q  341 tgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 440  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16626290 tgcttgatatgcgcatatgtcaaagctcagaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcc 16626191  T
Q  441 ccgttgatg 449  Q
    |||||||||    
T  16626190 ccgttgatg 16626182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 41 - 449
Target Start/End: Original strand, 5145398 - 5145806
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5145398 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatctgatgtcgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcacttggaagctccacctcaaactgag 5145497  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |    
T  5145498 tttcctccaccattgtttccggtaccaaagtctctaggtctttacacttcatccctatacgggtctcatcaaaggtaatatccctactaatcaagacttt 5145597  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5145598 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttctggataacgaataaagacacatttcaaagctctagtctcaagcttgtct 5145697  T
Q  341 tgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 440  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  5145698 ttcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccggtttcccattccatacttccataggtgtcttgaagtctattg 5145797  T
Q  441 ccgttgatg 449  Q
     ||||||||    
T  5145798 tcgttgatg 5145806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 177 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 4567841 - 4567590
Alignment:
Q  177 ggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgta 276  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   ||||    
T  4567841 ggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgta 4567745  T
Q  277 ccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaacc 376  Q
     || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |||||| |||||||     
T  4567744 acctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaact 4567645  T
Q  377 ttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
    ||||||   ||||| || || | | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4567644 ttcaaattagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttga 4567590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 173 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 15314823 - 15314549
Alignment:
Q  173 tctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaact 272  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||       
T  15314823 tctaggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaaaaataacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtc 15314727  T
Q  273 tgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaa 372  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| | | | || |||||| ||||    
T  15314726 tgtaacctttcacaccttcaggataactcatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagaaaacgctaaagctccgaa 15314627  T
Q  373 aaccttcaaagaggagtaatcc-gctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
    ||| |||||    ||||| |||  | ||| |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  15314626 aactttcaagttagagtagtcctaccggtctcccactccaaacatccataggtgtcttgagatctatcccggttgatg 15314549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 176 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 16634976 - 16634856
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | ||||||||   |||| |||||  |||||||  ||||    
T  16634976 aggtctttgcacttcatccccatacgggcctcatcaaaagtaacatccatgcttataataaattttgatcct---ctaggttccatcttccacagtttgt 16634880  T
Q  276 accccttcacaccttccggataac 299  Q
    | || ||||||||||| |||||||    
T  16634879 aacctttcacaccttcaggataac 16634856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 47565216 - 47564964
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |  | | |||||||| |   || |||||  |||||||  ||||    
T  47565216 aggtctttgcacttcattcacatgcgggtctcatcaaaagtaacatctctacttataataaattttgatccttc---aggttccatcttccacagtttgt 47565120  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  |   ||| ||| |||| |||||| | |||||    
T  47565119 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctagcatgagcaaatgctaaagctccaaaaac 47565020  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     ||||||   ||||| || |  ||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  47565019 tttcaaattagagtagtctgtcggtctcccactccaaacgtccataggtgtcttga 47564964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 185 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 36770084 - 36769966
Alignment:
Q  185 cacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttca 284  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||  ||||| || ||||    
T  36770084 cacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtttgtaacctttca 36769988  T
Q  285 caccttccggataaccaatgaa 306  Q
    ||||||| | |||||| |||||    
T  36769987 caccttcagaataacccatgaa 36769966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 329 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 16634844 - 16634744
Alignment:
Q  329 tcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtct 428  Q
    ||||| ||||| || |||| ||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||||   ||||| |  || ||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  16634844 tcaagtttgtcctgtttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggtctcccactccaaacctccataggtgtct 16634745  T
Q  429 t 429  Q
    |    
T  16634744 t 16634744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 124 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 33656014 - 33655986
Alignment:
Q  124 ctccacctcaaactgagttttctccacca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33656014 ctccacctcaaactgagttttctccacca 33655986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 10686865 - 10686453
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686865 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 10686766  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686765 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 10686666  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686665 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 10686566  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686565 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 10686466  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    || ||||||||||    
T  10686465 atccccgttgatg 10686453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 35742875 - 35743287
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742875 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 35742974  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742975 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccattcgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 35743074  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743075 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 35743174  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743175 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 35743274  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  35743275 attcccgttgatg 35743287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 18868271 - 18867859
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868271 atactccggatccactactggttgagttccacttgtatctgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 18868172  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18868171 tgagttttctccaccatagtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaaga 18868072  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868071 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 18867972  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867971 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacattcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 18867872  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  18867871 attcccgttgatg 18867859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 44 - 456
Target Start/End: Original strand, 26298875 - 26299278
Alignment:
Q  44 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 143  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298875 ggatccactaccggttgtgttccacttgtattcgatgttgaagcttcatc---------ttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 26298965  T
Q  144 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 243  Q
    | |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  26298966 tatccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 26299065  T
Q  244 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299066 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 26299165  T
Q  344 ttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 443  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26299166 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 26299265  T
Q  444 ttgatgtccatct 456  Q
    |||||| ||||||    
T  26299266 ttgatggccatct 26299278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 28893267 - 28892997
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| ||||   || |||||  |||||||   |||    
T  28893267 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgattctcc---aggttccatcttccacagtctgt 28893171  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||||||    
T  28893170 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 28893071  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28893070 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28892997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Original strand, 4814904 - 4815174
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   | |    
T  4814904 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 4815000  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  ||||||  ||| ||    
T  4815001 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgttaaagctctgaagac 4815100  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4815101 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 4815174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Original strand, 16754938 - 16755190
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| ||||   || |||||  |||||||   | |    
T  16754938 aggtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttattataaattttgattctcc---aggttccatcttccacagtctat 16755034  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  16755035 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 16755134  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| || || ||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16755135 tttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 16755190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 186 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 25682805 - 25682563
Alignment:
Q  186 acttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcac 285  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | || || |||||    
T  25682805 acttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctataacctttcac 25682709  T
Q  286 accttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagag 385  Q
    ||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| || |||||        
T  25682708 accttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctttagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagtta 25682609  T
Q  386 gagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
    ||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25682608 gagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25682563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 28330398 - 28330128
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  28330398 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcattaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 28330302  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  28330301 aacctttcacacctttaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 28330202  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| || || ||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28330201 tttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28330128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 21039933 - 21039682
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||| ||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||  ||||    
T  21039933 aggtctttgcacttcatccccatgcggatcttatcaaaagtaacatacctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtttgt 21039837  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||  ||||||    
T  21039836 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaag-ttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaac 21039738  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  21039737 attcaagttagagtagtctaccggtctcccactacaaacctccataggtgtcttga 21039682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 26400947 - 26400887
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacat 101  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26400947 tcaggatccactactggttgagttccacttgtattcgatgtcgaagcttcatcttctacat 26400887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 15947166 - 15946914
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   |  ||  |  ||| |||||||||    
T  15947166 aggtttttgcacttcatactcatacgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---atgttttatcttcaacaacttgt 15947070  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || |||||||||||  |||||||||| || ||||| |||| | ||||||  ||||| ||||| || |||| | | ||| |||| |||||| |||||||    
T  15947069 aacctttcacaccttcaagataaccaataaaaacacacttcacaactctagcatcaagtttgtcatgtttgacacgtgcaaatgctaaagctccgaaaac 15946970  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| || |   || |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15946969 tttcaagttagagtagtctggcagtctcccactccaaacatccataggtgtcttga 15946914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 24263924 - 24263512
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263924 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 24263825  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263824 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 24263725  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263724 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 24263625  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263624 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 24263525  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    || ||||||||||    
T  24263524 atccccgttgatg 24263512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 16882413 - 16882825
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882413 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 16882512  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16882513 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatctgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 16882612  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882613 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 16882712  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882713 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 16882812  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  16882813 attcccgttgatg 16882825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 21986406 - 21986818
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986406 atactcaggatccactatcggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 21986505  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986506 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgagtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 21986605  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986606 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 21986705  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21986706 gtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccgatttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtct 21986805  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    ||| |||||||||    
T  21986806 attgccgttgatg 21986818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 449
Target Start/End: Original strand, 18411150 - 18411555
Alignment:
Q  44 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 143  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18411150 ggatccactacgggttgagttccacttgtatccaatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaattgagttt 18411249  T
Q  144 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 243  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  18411250 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 18411349  T
Q  244 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411350 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataacaaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 18411449  T
Q  344 ttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 443  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  18411450 ttgatatgcgcatatgtcaaagctccaaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccag 18411549  T
Q  444 ttgatg 449  Q
    ||||||    
T  18411550 ttgatg 18411555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 9187739 - 9187334
Alignment:
Q  44 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 143  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9187739 ggatccactaccggttgagttccacttgtatccgacgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctctacctcaaactgagttt 9187640  T
Q  144 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 243  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  9187639 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttactcttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccatactaatcaagacttttga 9187540  T
Q  244 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9187539 tcctccactagattccaatttccacagcttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 9187440  T
Q  344 ttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 443  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9187439 ttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaaagatgagtagtttgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 9187340  T
Q  444 ttgatg 449  Q
    ||||||    
T  9187339 ttgatg 9187334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 45 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 24272493 - 24272181
Alignment:
Q  45 gatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagtttt 144  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272493 gatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagtttt 24272394  T
Q  145 ctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgat 244  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||    
T  24272393 ctccaccattgtttccggtacttaagtctttaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttaat 24272294  T
Q  245 cctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgct 344  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24272293 cctcaactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaatcttgtcttgct 24272194  T
Q  345 tgatatgcgcata 357  Q
    |||||||||||||    
T  24272193 tgatatgcgcata 24272181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 52 - 313
Target Start/End: Original strand, 21642191 - 21642449
Alignment:
Q  52 taccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccacc 151  Q
    |||| |||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642191 taccggttgagtttcatttgtatc-gatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccacc 21642289  T
Q  152 atagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccac 251  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||     
T  21642290 at--tttccggtactaaagtctctaggtctttacacatcatccccatacgggtctcatcgaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccaa 21642387  T
Q  252 tagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642388 tagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacat 21642449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 308 - 449
Target Start/End: Original strand, 21643794 - 21643935
Alignment:
Q  308 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccac 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  21643794 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatcagccggtttcccac 21643893  T
Q  408 tccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21643894 tccatacctccataggtgtcttgaagtctatacccgttgatg 21643935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Original strand, 3322466 - 3322736
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  3322466 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 3322562  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||  |||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  3322563 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcaccgctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagac 3322662  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  3322663 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 3322736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 25407917 - 25407647
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||   |||| |||||  |||||||   | |    
T  25407917 aggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataatttttgatcct---ctaggttccatcttccacagtctat 25407821  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||| |||||||    
T  25407820 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 25407721  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| ||  |  || |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25407720 tttcaagttagagtagtctacccgtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25407647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Original strand, 44012209 - 44012478
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||| |   || |||||  |||||||  ||||    
T  44012209 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccttc---aggttccatcttccacagtttgt 44012305  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| ||||| || |||||    
T  44012306 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagc-tccaaaac 44012404  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     ||||||   ||||| || || ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||| || |||||||    
T  44012405 tttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctctataagtgtcttcaaatctatccctgttgatg 44012478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 178 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 7072552 - 7072284
Alignment:
Q  178 gtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtac 277  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||   ||||| || |||||  |||||||   | ||     
T  7072552 gtctttgcacttcatctccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttga---tccaccaggttccatcttccacagtctataa 7072456  T
Q  278 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaacct 377  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||| |||||| |||| || |    
T  7072455 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactt 7072356  T
Q  378 tcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
    ||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  7072355 tcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 7072284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 43594607 - 43595019
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594607 atactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 43594706  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594707 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 43594806  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594807 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 43594906  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594907 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 43595006  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    || ||||||||||    
T  43595007 atccccgttgatg 43595019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 43627401 - 43627813
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627401 atactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 43627500  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627501 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 43627600  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627601 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 43627700  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627701 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 43627800  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    || ||||||||||    
T  43627801 atccccgttgatg 43627813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 31399593 - 31399181
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399593 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 31399494  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399493 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 31399394  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399393 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 31399294  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399293 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaattcgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 31399194  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  31399193 attcccgttgatg 31399181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 33788842 - 33789254
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33788842 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 33788941  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33788942 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 33789041  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789042 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 33789141  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789142 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 33789241  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  33789242 attcccgttgatg 33789254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 27447309 - 27447721
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447309 atactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 27447408  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27447409 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatcctcatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagg 27447508  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447509 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 27447608  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447609 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 27447708  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    || ||||||||||    
T  27447709 atccccgttgatg 27447721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 37559194 - 37558791
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559194 atacttaggatccaccaccggttgagttccacttgtatccgatatcgaagcttcatcttct---------tcttcttcatttggaagctccacctcaaac 37559104  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37559103 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcacga 37559004  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559003 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 37558904  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37558903 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataagtgtcttgaagtct 37558804  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    || ||||||||||    
T  37558803 atccccgttgatg 37558791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 41 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 24558181 - 24557773
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  24558181 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttcttcatcatctttatcttcatttggaagctccacctcaaaatgat 24558082  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |    
T  24558081 tttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttt 24557982  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24557981 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 24557882  T
Q  341 tgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  24557881 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtttattc 24557782  T
Q  441 ccgttgatg 449  Q
    |||||||||    
T  24557781 ccgttgatg 24557773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 41 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 24599213 - 24598805
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  24599213 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttcttcatcatctttatcttcatttggaagctccacctcaaaatgat 24599114  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |    
T  24599113 tttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttt 24599014  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24599013 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 24598914  T
Q  341 tgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  24598913 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtttattc 24598814  T
Q  441 ccgttgatg 449  Q
    |||||||||    
T  24598813 ccgttgatg 24598805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 41 - 449
Target Start/End: Original strand, 28835792 - 28836199
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28835792 tcaggatccactaccggttgagtttcacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatttttttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 28835891  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||| ||||||||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  28835892 tttcctccaccattgttttcggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 28835991  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28835992 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttctcaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 28836091  T
Q  341 tgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 440  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28836092 tgcttgatatacgcatatg-caaagctccgaaaaccatcaaagatgagtaatctaccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattc 28836190  T
Q  441 ccgttgatg 449  Q
      |||||||    
T  28836191 atgttgatg 28836199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 37 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 28805323 - 28805070
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805323 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 28805224  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805223 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatcctcatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 28805124  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 290  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805123 ctcttgatcctccactagatttcaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 28805070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 25447991 - 25447720
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||| |   || |||||  |||||||   | |    
T  25447991 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccttc---aggttccatcttccacagtctat 25447895  T
Q  276 accccttcacacc-ttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaa 374  Q
    | || |||||||| ||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||| ||||||    
T  25447894 aacctttcacacctttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaa 25447795  T
Q  375 ccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
    | |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25447794 ctttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25447720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 398 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 29103964 - 29103928
Alignment:
Q  398 ggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 434  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29103964 ggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29103928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 398 - 434
Target Start/End: Original strand, 29267742 - 29267778
Alignment:
Q  398 ggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 434  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29267742 ggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29267778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 217 - 325
Target Start/End: Original strand, 31301980 - 31302088
Alignment:
Q  217 aacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttc 316  Q
    ||||||||||||||| | |||||  ||| |||||| ||||||| | ||||||| |||||| || | || ||| ||  ||||||| |  ||||||||||||    
T  31301980 aacatccctacttataatgactcccgatactccaccagattcccacttccacatcttgtaaccatgcagaccctctagataacccagtaagacacatttc 31302079  T
Q  317 aaagctcta 325  Q
    | |||||||    
T  31302080 acagctcta 31302088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 19346764 - 19347176
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346764 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 19346863  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346864 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 19346963  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346964 ctcttgatcttccactagattccaattttcacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 19347063  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347064 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 19347163  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  19347164 attcccgttgatg 19347176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 169 - 449
Target Start/End: Original strand, 25393504 - 25393784
Alignment:
Q  169 agtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccac 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393504 agtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccac 25393603  T
Q  269 aacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctt 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  25393604 aacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagctc 25393703  T
Q  369 cgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
    || ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25393704 cgtaaaccttcaaagatgagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 25393784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 41 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 39485808 - 39485468
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  39485808 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttcgaagctccatctcaaactgag 39485709  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||          ||| ||| | ||||||||| |    
T  39485708 tttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttgcacttcatcctcatacggttctcat----------atctctattaatcaagacttt 39485619  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485618 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 39485519  T
Q  341 tgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaa 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  39485518 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaa 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 41 - 293
Target Start/End: Original strand, 31058448 - 31058700
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31058448 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatctttttcttcatttggaagctccacctcaaattgag 31058547  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||| ||||||||| ||||| | | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |    
T  31058548 tttcctccaccattgtttctgatgctaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatacctactaatcaagacttt 31058647  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccg 293  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31058648 tgaccctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccg 31058700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 41 - 282
Target Start/End: Original strand, 39485239 - 39485468
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39485239 tcaggatccactaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatctt------------cttcttcatttggaagctccacctcaaattgag 39485326  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |    
T  39485327 ttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcattcccatacatgtctcatcaaaggtaacatctctactaatcaagatttt 39485426  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtacccctt 282  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39485427 tgatccttcactagattccaatttccacaacttgtaaccctt 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 115 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 31134100 - 31133832
Alignment:
Q  115 atttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaag 214  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||  | ||||  ||  || ||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||     
T  31134100 atttggaagctccgcctcaaattgagtttcctctacacttgtttgtggctctagagtctctaggtcttttaactttatcctcatacgggtctcatcaaaa 31134001  T
Q  215 gtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 314  Q
    ||||| ||| | |||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||  || |||||||||||||||| |||||    
T  31134000 gtaacgtccttgcttatcatcgctcttgatcctcatatagattccaatttccacaacttgtaactgtgcacacgctctggataaccaatgaagaaacatt 31133901  T
Q  315 tcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaag 383  Q
    ||| | ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||  ||| || ||||| ||||||| ||||||||    
T  31133900 tcacaactccagcatcaagcttgtcttacttgatatgcagatacgctaaagcctcgaaaatcttcaaag 31133832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 2738708 - 2738438
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   | |    
T  2738708 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 2738612  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||| ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  2738611 aacctttctcaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 2738512  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| || || | | |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  2738511 tttcaagttagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 2738438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 17934587 - 17934335
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| ||   |||| |||||  |||||||   |||    
T  17934587 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattct---ctaggttccatcttccacagtctgt 17934491  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |  |||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| |||||| |||| ||    
T  17934490 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacatatctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagac 17934391  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17934390 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 17934335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Original strand, 20052439 - 20052708
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| ||||   || |||||  ||||||    |||    
T  20052439 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcc---aggttccatcttccacggtctgt 20052535  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||| ||||||||    
T  20052536 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagc-tcgaaaac 20052634  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  20052635 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 20052708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Original strand, 22714912 - 22715182
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  22714912 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 22715008  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| | | | || |||||| |||||||    
T  22715009 aacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgaatgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaac 22715108  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  22715109 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 22715182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 39684750 - 39684480
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| ||||   || |||||  |||||||   | |    
T  39684750 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcc---aggttccatcttccacagtctat 39684654  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  39684653 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 39684554  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  39684553 tttcaagttagagtagtcttccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 39684480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 281 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 45569791 - 45569641
Alignment:
Q  281 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttca 380  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || |||||| |||| || ||||    
T  45569791 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 45569692  T
Q  381 aagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
    |    ||||| || || ||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  45569691 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 45569641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 14740172 - 14739761
Alignment:
Q  38 tactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaact 137  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740172 tactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcgtcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaact 14740073  T
Q  138 gagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagac 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14740072 gagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctttaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagac 14739973  T
Q  238 tcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttg 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739972 tcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttg 14739873  T
Q  338 tcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtcta 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739872 tcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtcta 14739773  T
Q  438 ttcccgttgatg 449  Q
    | ||||||||||    
T  14739772 tccccgttgatg 14739761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 33333677 - 33333265
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333677 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 33333578  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333577 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 33333478  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333477 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttcctgataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 33333378  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33333377 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtatcttgaagtct 33333278  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  33333277 attcccgttgatg 33333265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 41 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 24433917 - 24433517
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  | || | ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  24433917 tcaggatccactaccagttgagttccacttgtattcgatgttgaagcttcatcttcctcgtcatttttctcttcatgtggaagctccacctcaaattgag 24433818  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||| |||||||   ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  24433817 tttcctccacccatgtttccggtactaaagtctctaggtctttagacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 24433718  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 340  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24433717 tgatcctccactagattcaaatttacacaacttgtaacccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtat 24433618  T
Q  341 tgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 440  Q
    || |||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||||   || ||||| ||||||||||||||||    
T  24433617 tgattgatatgcgcatatgtcaaaactccgaaaaccttcaaagatgagtaaattgctggtttcccgctccatttttcaataggcgtcttgaagtctattc 24433518  T
Q  441 c 441  Q
    |    
T  24433517 c 24433517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Original strand, 35203741 - 35204011
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  35203741 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 35203837  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  35203838 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 35203937  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  35203938 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 35204011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 25944172 - 25943920
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  25944172 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 25944076  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||| |  | | ||| ||| |||| |||||| |||||||    
T  25944075 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacatttcacagctctagcatcaagtttgtctagtctcacatgagcaaatgctaaagctccgaaaac 25943976  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25943975 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25943920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 13881242 - 13880990
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  13881242 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 13881146  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  13881145 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 13881046  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13881045 tttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 13880990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 173 - 429
Target Start/End: Original strand, 17692527 - 17692783
Alignment:
Q  173 tctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacat---ccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccaca 269  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   |||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||    
T  17692527 tctaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatcccccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccaca 17692623  T
Q  270 acttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttc 369  Q
    || |||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||||||   ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||  |    
T  17692624 acctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctaacatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagcccc 17692723  T
Q  370 gaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtctt 429  Q
    |||||| |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  17692724 gaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccatatgtgtctt 17692783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 231
Target Start/End: Original strand, 22348653 - 22348708
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttat 231  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  22348653 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttat 22348708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 8514580 - 8514992
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514580 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 8514679  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8514680 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatccgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 8514779  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514780 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 8514879  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514880 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 8514979  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  8514980 attcccgttgatg 8514992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 32477826 - 32478238
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477826 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 32477925  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32477926 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatccgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 32478025  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478026 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 32478125  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478126 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 32478225  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    |||||||||||||    
T  32478226 attcccgttgatg 32478238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 22170909 - 22170529
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22170909 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttaatttggaagctccacctcaaac 22170810  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170809 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 22170710  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170709 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 22170610  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  22170609 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctc 22170529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 2674821 - 2674410
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674821 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 2674722  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2674721 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccattcgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 2674622  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674621 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaactcttatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 2674522  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  2674521 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtctagaagttt 2674422  T
Q  437 attcccgttgat 448  Q
    |||| |||||||    
T  2674421 attctcgttgat 2674410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 449
Target Start/End: Original strand, 1308364 - 1308769
Alignment:
Q  44 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 143  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308364 ggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 1308463  T
Q  144 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 243  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  1308464 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 1308563  T
Q  244 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308564 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 1308663  T
Q  344 ttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 443  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1308664 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 1308763  T
Q  444 ttgatg 449  Q
    ||||||    
T  1308764 ttgatg 1308769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 41 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 3326123 - 3325727
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||           ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3326123 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatctgatgttgaagcttcatctt-----------tct-cttcatttggaagctccacctcaaattgag 3326036  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  3326035 ttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 3325936  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 340  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3325935 tgatcctccactagattccaattttcacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcatgtct 3325836  T
Q  341 tgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3325835 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatcttctagtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattc 3325736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 131 - 314
Target Start/End: Original strand, 18144876 - 18145059
Alignment:
Q  131 tcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactta 230  Q
    ||||||| ||||| |||| || | |||| |||| ||  ||||||||| |||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  18144876 tcaaactaagtttcctcctcccttgttttcggtgctaaagtctctagatctttacacttcattctcatacgtgtatcatcaaaggtaacgtccctactta 18144975  T
Q  231 tcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 314  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18144976 tcaagacatttgatcctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 18145059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 16459967 - 16459697
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  16459967 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 16459871  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||||||| | || |||||| |||||||    
T  16459870 aacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcatgacatgcgcaaacgctaaagctccgaaaac 16459771  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  16459770 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 16459697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Original strand, 10610451 - 10610703
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  10610451 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 10610547  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||| |||||||    
T  10610548 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 10610647  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10610648 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10610703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 6305814 - 6305544
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  6305814 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 6305718  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  6305717 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 6305618  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  6305617 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 6305544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 54191011 - 54190741
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  54191011 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 54190915  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||| |||||||    
T  54190914 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 54190815  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     || ||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  54190814 ttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 54190741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Original strand, 10096484 - 10096736
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10096484 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 10096580  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  10096581 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 10096680  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10096681 tttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 10096736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 178 - 448
Target Start/End: Original strand, 22623659 - 22623926
Alignment:
Q  178 gtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtac 277  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   ||||     
T  22623659 gtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttattataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgtaa 22623755  T
Q  278 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaacct 377  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| ||||||| |    
T  22623756 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcatagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactt 22623855  T
Q  378 tcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgat 448  Q
    ||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| | |||||||||||| ||||  ||||| || ||||||    
T  22623856 tcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaaactccataggtgttttgagatctatccctgttgat 22623926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 10899512 - 10899242
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   | |    
T  10899512 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 10899416  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||  ||||||    
T  10899415 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaac 10899316  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     || ||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  10899315 ttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 10899242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Original strand, 10203370 - 10203622
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10203370 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgtttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 10203466  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  10203467 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 10203566  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10203567 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10203622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Original strand, 29911631 - 29911883
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   | |    
T  29911631 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 29911727  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| |     
T  29911728 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaagat 29911827  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29911828 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 29911883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Original strand, 47880566 - 47880818
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  ||||| |   |||    
T  47880566 aggtctttatacttcatcttcatgcgggtctcatcaaaagtaacatccttgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccatagtctgt 47880662  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||| | |||||    
T  47880663 aacctttcacaccttcaggatatcccatgaaaatacacttcacagctctagaatcaagtttgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaac 47880762  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     ||||||   ||||| || || ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  47880763 tttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctacataggtgtcttga 47880818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 449
Target Start/End: Original strand, 1 - 406
Alignment:
Q  44 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 143  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 ggatccactaccggttgagttccaattgtatccaatgttgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 100  T
Q  144 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 243  Q
     ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  101 cctccaccattgtttctggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 200  T
Q  244 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  201 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 300  T
Q  344 ttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 443  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  301 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcctg 400  T
Q  444 ttgatg 449  Q
    ||||||    
T  401 ttgatg 406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 41 - 449
Target Start/End: Original strand, 8154 - 8562
Alignment:
Q  41 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 140  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8154 tcaggatccactaccggttgagttccaattgtatccaatgttgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 8253  T
Q  141 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 240  Q
    ||| |||||||||  |||  |||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  8254 tttcctccaccattttttttggtattaaagtttctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaattaagacttt 8353  T
Q  241 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8354 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 8453  T
Q  341 tgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8454 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattc 8553  T
Q  441 ccgttgatg 449  Q
    | |||||||    
T  8554 ctgttgatg 8562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 37 - 449
Target Start/End: Original strand, 41395737 - 41396137
Alignment:
Q  37 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 136  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395737 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttccacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 41395836  T
Q  137 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 236  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||    
T  41395837 tgagttttctccaccatagtttctggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctactaactaaga 41395936  T
Q  237 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 336  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |             |||||    
T  41395937 ctcttgatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcca------------cagctt 41396024  T
Q  337 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396025 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgcgggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 41396124  T
Q  437 attcccgttgatg 449  Q
    || ||||||||||    
T  41396125 atccccgttgatg 41396137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 44 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 19369279 - 19369001
Alignment:
Q  44 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 143  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369279 ggatccactaccggttgagtttcacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcatcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 19369180  T
Q  144 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 243  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19369179 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttaatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 19369080  T
Q  244 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagct 322  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369079 tcctccactagattctaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagct 19369001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 9524231 - 9523961
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  9524231 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 9524135  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  9524134 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 9524035  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  9524034 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 9523961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 176 - 431
Target Start/End: Original strand, 2396933 - 2397185
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  2396933 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 2397029  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||| ||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||| |||||| |||||||    
T  2397030 aacctttcacactttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgcttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaac 2397129  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 431  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2397130 tttcaagttagagtagtctactggtctcccactccaaacctccataggtgttttga 2397185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 246 - 449
Target Start/End: Original strand, 34705 - 34908
Alignment:
Q  246 ctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgctt 345  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  34705 ctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcacagctctagccttaagcttgtcttgctt 34804  T
Q  346 gatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgtt 445  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||| |||||   |  | |||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  34805 gatatgcgcatatgccaaatcttagagaaccttcatagatgagtagaacattagtttcccactccatacttccataggtatcctgaagtttattcccgtt 34904  T
Q  446 gatg 449  Q
    ||||    
T  34905 gatg 34908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 57 - 207
Target Start/End: Original strand, 34544 - 34697
Alignment:
Q  57 gttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcat---ttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccat 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |    
T  34544 gttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcctccacatcttcttcttcatcatcaattggaagctccacctcacacttagtttactccaccct 34643  T
Q  154 agtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctc 207  Q
     ||||||||| ||  ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||    
T  34644 tgtttccggtgctaaagtctataggtctgtacactttatccccatacgtgtctc 34697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Original strand, 822 - 1092
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  822 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccttgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 918  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| | ||||||||  ||||| ||||||||| | | ||| ||| | || |||||| |||||||    
T  919 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattttacagctctagcatcaagtttgtcttgcctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 1018  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  1019 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 1092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 176 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 18829 - 18559
Alignment:
Q  176 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 275  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   | |    
T  18829 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaagtgacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 18733  T
Q  276 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagcttcgaaaac 375  Q
    | || |||||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  | | ||| ||| | || |||||| |||||||    
T  18732 aacctttcacagcttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgtctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 18633  T
Q  376 cttcaaagaggagtaatccgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 449  Q
     ||||||   ||||| |  || ||  |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  18632 tttcaaattagagtagtttgccggcctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 18559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University