View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10214_low_12 (Length: 240)

Name: NF10214_low_12
Description: NF10214
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10214_low_12
NF10214_low_12
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (25-229)||(9841296-9841500)
chr3 (25-223)||(10361234-10361432)
chr3 (25-229)||(10519923-10520127)
chr3 (18-229)||(10129356-10129564)
chr3 (25-240)||(10431457-10431672)
chr3 (25-229)||(10263139-10263343)
chr3 (18-229)||(10034434-10034645)
chr3 (25-240)||(9852177-9852392)
chr3 (25-229)||(10373269-10373473)
chr3 (18-229)||(10665897-10666108)
chr3 (18-229)||(10091225-10091436)
chr3 (18-229)||(10198107-10198318)
chr3 (18-193)||(11771665-11771840)
chr3 (18-193)||(11779445-11779620)
chr3 (18-223)||(10531092-10531297)
chr3 (171-240)||(10583097-10583166)
chr3 (18-229)||(10503013-10503224)
chr3 (58-200)||(10192652-10192794)
chr3 (18-117)||(13853000-13853099)
chr3 (58-200)||(10085732-10085874)
chr3 (18-223)||(10679891-10680096)
chr3 (25-70)||(10583049-10583094)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (25-240)||(55018-55233)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (41-229)||(26909342-26909530)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (18-168)||(44955147-44955297)
chr8 (18-223)||(11487460-11487665)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 9841296 - 9841500
Alignment:
Q  25 acttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9841296 acttacatccttcccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacttgattgtaggagtctagattccatttatatttcagaaaggtcttca 9841395  T
Q  125 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgctcttgaaa 224  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  9841396 cctctgtcgtcgagcctcgaatcacttataatcgaatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaa 9841495  T
Q  225 agttg 229  Q
     ||||    
T  9841496 tgttg 9841500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 25 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 10361432 - 10361234
Alignment:
Q  25 acttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 124  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361432 acttacatcctttccactcgatggtttccctgcgctccgaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 10361333  T
Q  125 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgctcttgaa 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||   ||||||||||    
T  10361332 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttataatcatatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacacgcttgccgctcttgaa 10361234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 10519923 - 10520127
Alignment:
Q  25 acttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 124  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10519923 acttacatcctttccactcgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatatgtgagtgcaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 10520022  T
Q  125 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgctcttgaaa 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  10520023 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttgagatcatatcccctgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaa 10520122  T
Q  225 agttg 229  Q
     ||||    
T  10520123 ggttg 10520127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 10129356 - 10129564
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129356 gtgatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacataattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 10129455  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgct 217  Q
    ||||||||||||||||||   |||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||    
T  10129456 gtcttcacctcggtcgtc---cctcaaatcactttatatcatatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagattgacatgctcacagct 10129552  T
Q  218 cttgaaaagttg 229  Q
    ||||||| ||||    
T  10129553 cttgaaaggttg 10129564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 10431672 - 10431457
Alignment:
Q  25 acttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 124  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||  ||||  ||||  | |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10431672 acttacatcctttccactcgatggtttccctgccctccaattacttgacatatttaattgcagaagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 10431573  T
Q  125 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgctcttgaaa 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10431572 cctcggtcgtcgagcctcgaatcactttatatcagatcccattattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaa 10431473  T
Q  225 agttgcatatgaaatg 240  Q
    ||||||||||||||||    
T  10431472 agttgcatatgaaatg 10431457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Original strand, 10263139 - 10263343
Alignment:
Q  25 acttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 124  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||||  | | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10263139 acttacatcctttccactcgatggtttccctgccctccaaacacttgacatatataagtgtagaagtctggattccatttatattttagaaaggtcttca 10263238  T
Q  125 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgctcttgaaa 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  10263239 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcaaatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggaaatgctcaccgctcttgaaa 10263338  T
Q  225 agttg 229  Q
     ||||    
T  10263339 ggttg 10263343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 10034434 - 10034645
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||   ||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10034434 gtgatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgtcctccaaacacttcagatatggaattgtaggagtctggtttccatttatatttcagaaag 10034533  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||    
T  10034534 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttcatatcgaatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagct 10034633  T
Q  218 cttgaaaagttg 229  Q
    ||||||| ||||    
T  10034634 cttgaaaggttg 10034645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Original strand, 9852177 - 9852392
Alignment:
Q  25 acttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 124  Q
    ||||| ||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||   |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9852177 acttaaatcctttccactcgatggtttccctgtgctccaaacacttgacattgatgattggagaagtctggattccatttatattttagaaaggtcttca 9852276  T
Q  125 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgctcttgaaa 224  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||     
T  9852277 cctcggtcgtcaagcctccaatcacttcggatcaaatcccataattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaag 9852376  T
Q  225 agttgcatatgaaatg 240  Q
    | ||||||||||||||    
T  9852377 atttgcatatgaaatg 9852392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 10373473 - 10373269
Alignment:
Q  25 acttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 124  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||   ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  |||||    
T  10373473 acttatatcctttccacttgatggtttccctgtcctccaaacacttatgatactgaattgtaggaatctggattccatttgtatttcagaaagtccttca 10373374  T
Q  125 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgctcttgaaa 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   |||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10373373 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttcagatcttctcccatgcttcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaa 10373274  T
Q  225 agttg 229  Q
     ||||    
T  10373273 ggttg 10373269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 10665897 - 10666108
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||   ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  10665897 gtgatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacactttggatacagaattgtaggagtctggtttccatttgtattttagaaag 10665996  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgct 217  Q
      |||||  || ||||||||| ||||||  ||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||    
T  10665997 tccttcatgtcagtcgtcgagactcgaagaacttgtgatcagatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcactgct 10666096  T
Q  218 cttgaaaagttg 229  Q
    ||||||||||||    
T  10666097 cttgaaaagttg 10666108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 10091225 - 10091436
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  || |||||| ||||||||||||||| || ||| |||||     
T  10091225 gtgatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctcaaatcacttaccatagatggttgtagtagtctggattccattaatgttttagaaat 10091324  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgct 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||  |||   |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||  ||||| |||     
T  10091325 gtcttcacctcggtcctcgagcctccaatatcttgagatcagatcccatgattcaattgaattgtttaaagtcaagcttcagatgaactcgctcaccgcc 10091424  T
Q  218 cttgaaaagttg 229  Q
    ||||| ||||||    
T  10091425 cttgagaagttg 10091436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 10198107 - 10198318
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  || |||||| ||||||||||||||| || ||| |||||     
T  10198107 gtgatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctcaaatcacttaccatagatggttgtagtagtctggattccattaatgttttagaaat 10198206  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgct 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||  |||   |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||  ||||| |||     
T  10198207 gtcttcacctcggtcctcgagcctccaatatcttgagatcagatcccatgattcaattgaattgtttaaagtcaagcttcagatgaacgcgctcaccgcc 10198306  T
Q  218 cttgaaaagttg 229  Q
    ||||| ||||||    
T  10198307 cttgagaagttg 10198318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Original strand, 11771665 - 11771840
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  || |||||| ||||||||||||||| || ||| |||||     
T  11771665 gtgatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctcaaatcacttaccatagatggttgtagtagtctggattccattaatgttttagaaat 11771764  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaag 193  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||  |||   |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  11771765 gtcttcacctcggtcctcgagcctccaatatcttgagatcagatcccatgattcaattgaattgtttaaagtcaag 11771840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 11779620 - 11779445
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  11779620 gtgatgcacttacatccttcccacttgatggtttccctgtgctccaaacacttgacttaagtgattgtaggagtctggattccatttatattttagaaac 11779521  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaag 193  Q
      ||||||||| |||||||||||||  |   |||   |||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  11779520 accttcacctcagtcgtcgagcctccgacatcttgaaatcagatcccatgatttaattgaattgtttaaagtcaag 11779445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Original strand, 10531092 - 10531297
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| || ||||  |||  ||  |||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||    
T  10531092 gtgatgcacttacatccttccaacttgatggtttccctgcactccgaatactttacatttgtttttgtaggagtatggattcggtttttatttcagaaag 10531191  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgct 217  Q
      || ||| |||||| || ||||||  ||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||  || |||||||| ||  |||||||| |||||  |||    
T  10531192 tcctccacgtcggtcatcaagcctccgatcacttaaaatcaaatcccatgattcaattggattgcttaaagtcaagcttcggatggacacgctcactgct 10531291  T
Q  218 cttgaa 223  Q
    ||||||    
T  10531292 cttgaa 10531297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 171 - 240
Target Start/End: Original strand, 10583097 - 10583166
Alignment:
Q  171 caattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgctcttgaaaagttgcatatgaaatg 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  10583097 caattgaattatttgaagtcaagtttaagatggaaatgctcaccgctcttgaaaatttgcatatgaaatg 10583166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 229
Target Start/End: Original strand, 10503013 - 10503224
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||  || | ||||||| | |||||||||||| || || | ||||    
T  10503013 gtgatggactaacatcctttccacttgatggtttccctgcactccaaagacttaacattagtaactgtaggaatttggattccatttttactttaaaaag 10503112  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgct 217  Q
      ||| ||  |  |  ||||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||| ||| |||||  |||    
T  10503113 tcctttacaccaatattcgagcctccaatcacttcatatccaatcccatgattcagttgaatcatttgaagtcaagcttcagatgaacacgctcacggct 10503212  T
Q  218 cttgaaaagttg 229  Q
    |||||| |||||    
T  10503213 cttgaagagttg 10503224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 58 - 200
Target Start/End: Original strand, 10192652 - 10192794
Alignment:
Q  58 gctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatc 157  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||  |||||  ||||||||| |||||| | |||||||  |||    
T  10192652 gctccaaacacttgacatacgtgattgtaggtgtttggattccatttttattttagaaagtccttcatgtcggtcgtcaagcctccagtcacttaaaatc 10192751  T
Q  158 acatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaaga 200  Q
    | ||||||| |  |||||| ||| ||| |||||||| ||||||    
T  10192752 aaatcccataaagcaattggattgtttaaagtcaagcttaaga 10192794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 13853099 - 13853000
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||   ||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  13853099 gtgatgcacttacatccttccaacttgatggtttccctgcactccaaagacttcggataagtgagtgtaggaatctggattccattaatattttagaaag 13853000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 58 - 200
Target Start/End: Original strand, 10085732 - 10085874
Alignment:
Q  58 gctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatc 157  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||  |||||  ||||||||| |||||| |  ||||||  |||    
T  10085732 gctccaaacacttgacatacgtgattgtaggtgtttggattccatttttattttagaaagtccttcatgtcggtcgtcaagcctccagccacttaaaatc 10085831  T
Q  158 acatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaaga 200  Q
    | ||||||| |  |||||| ||| ||| |||||||| ||||||    
T  10085832 aaatcccataaagcaattggattgtttaaagtcaagcttaaga 10085874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Original strand, 10679891 - 10680096
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| || ||||  |||  ||  |||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||    
T  10679891 gtgatgcacttacatccttccaacttgatggtttccctgcactccgaatactttacatttgtttttgtaggagtatggattcagtttttatttcagaaag 10679990  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgct 217  Q
      | |||| ||  ||||  |||||| |||||||||  |||| ||| ||||||||||||| | |  || |||||||| ||  |||||||| |||||  |||    
T  10679991 tccatcacatcaatcgttaagcctccaatcacttaaaatcaaatcacatgattcaattggactgcttaaagtcaagcttcggatggacacgctcactgct 10680090  T
Q  218 cttgaa 223  Q
    ||||||    
T  10680091 cttgaa 10680096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 70
Target Start/End: Original strand, 10583049 - 10583094
Alignment:
Q  25 acttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacactt 70  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10583049 acttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccgaacactt 10583094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 112; Significance: 9e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 55233 - 55018
Alignment:
Q  25 acttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttca 124  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||   ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||    
T  55233 acttacatcctttccacttgatggtttccctgccctccaaacacttgacataagtagatgtaggagtctggtttccatttgtatttcagaaagtccttca 55134  T
Q  125 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgctcttgaaa 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||    
T  55133 cctcggtcgtcgagcctcgaatcacttataatcgaatcctgttattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggaaatgctctccgcccttgaaa 55034  T
Q  225 agttgcatatgaaatg 240  Q
    | ||||||||||||||    
T  55033 atttgcatatgaaatg 55018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 41 - 229
Target Start/End: Original strand, 26909342 - 26909530
Alignment:
Q  41 cttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaaggtcttcacctcggtcgtcgagcc 140  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||  ||    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| |||| |||| ||||    
T  26909342 cttgatggtttccctgctctccaaagtcttaaaatttacgattgtaggagtgtggattccatttatatttcagaaactccttcacatcggccgtcaagcc 26909441  T
Q  141 tcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgctcttgaaaagttg 229  Q
    | ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||| |||||  | ||||||| |||||    
T  26909442 ttgaatcacttaaaatcaaatcccatgattcaattgaattatttaaagtgaagcttcggatggacacgctcacagatcttgaacagttg 26909530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 44955297 - 44955147
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||  ||| |||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||    
T  44955297 gtgatgcacttaaatcattcccacttgatggtttccctgtgctccaaagacttaacattagtggttgtaggagtctggattcaattttcattttggaaag 44955198  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatga 168  Q
      ||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||||||||||||||    
T  44955197 tccttcacctcggccgtcaagcctttgatcacttacaatcacatcccatga 44955147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 223
Target Start/End: Original strand, 11487460 - 11487665
Alignment:
Q  18 gtgatgaacttacatccttcacacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 117  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |   ||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  11487460 gtgatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaagactaaaactatatgattgtaggtgtctggattccatttttattttagaaag 11487559  T
Q  118 gtcttcacctcggtcgtcgagcctcgaatcacttactatcacatcccatgattcaattgaattatttgaagtcaagtttaagatggacatgctcagcgct 217  Q
      |||||  | ||||||| ||||||  ||| |||   |||| ||||||||| ||||||| || | || |||||||  ||  ||||||||||||||  |||    
T  11487560 tccttcatgttggtcgtcaagcctccgatctcttgaaatcaaatcccatgactcaattggatcacttcaagtcaaacttcggatggacatgctcactgct 11487659  T
Q  218 cttgaa 223  Q
    ||||||    
T  11487660 cttgaa 11487665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University