View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10216_low_1 (Length: 483)
Name: NF10216_low_1
Description: NF10216
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10216_low_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0046 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 468
Target Start/End: Original strand, 29318637 - 29319086
Alignment:
| Q |
14 |
taacagtaaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtatgcttttgtgtgcatcccaagcacaggtggaattcacgttatgtttctg |
113 |
Q |
| |
|
||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29318637 |
taacaataaataaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtatgcttttgtttgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtttctg |
29318736 |
T |
|
| Q |
114 |
atattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggctgtacatttcaatgaatca |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29318737 |
atattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaattttaaatggctgtacatttcaatgaatca |
29318836 |
T |
|
| Q |
214 |
tgctgcacaaagaattacaactaaagaagnnnnnnnnncaacaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatgaagtatacacatgca |
313 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29318837 |
tgttgcacaaagaattacaaccaaagaa-----aaaaacaacaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatgaagtatacacatgca |
29318931 |
T |
|
| Q |
314 |
agtgcagtcactccattcagaccctatgttattttaccacttgcatctgtctacatgattgacataagtaccttatcattggcgccatcaaccaagacct |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29318932 |
agtgcagtcactccattcagaccctatgttattttaccacttgcatctgtctacataattgacataagtaccttatcattggcgccatcaaccaagacct |
29319031 |
T |
|
| Q |
414 |
gtatgcactatattctcgtcaacacattcattcaaacaatgaacttggataaatc |
468 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
29319032 |
gtgtgcactatattctcgtcaacacattcattcaaacaatgatcttggataaatc |
29319086 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 28468986 - 28468537
Alignment:
| Q |
14 |
taacagtaaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtatgcttttgtgtgcatcccaagcacaggtggaattcacgttatgtttctg |
113 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
28468986 |
taacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtaagcttttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcatgttatgtttctg |
28468887 |
T |
|
| Q |
114 |
atattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggctgtacatttcaatgaatca |
213 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28468886 |
atattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggctgtacatttcaatgaatca |
28468787 |
T |
|
| Q |
214 |
tgctgcacaaagaattacaactaaagaagnnnnnnnnncaacaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatgaagtatacacatgca |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28468786 |
tgctgcacaaagaattacaaccaaagaa-----aaaaacagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatgaagtatacacatgca |
28468692 |
T |
|
| Q |
314 |
agtgcagtcactccattcagaccctatgttattttaccacttgcatctgtctacatgattgacataagtaccttatcattggcgccatcaaccaagacct |
413 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28468691 |
agtgcagtcactccattcagaccctatgttattttactacttgcatctgtctacatgattgacataagtaccttaccattggcgccatcaaccaagacct |
28468592 |
T |
|
| Q |
414 |
gtatgcactatattctcgtcaacacattcattcaaacaatgaacttggataaatc |
468 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28468591 |
gtgtgcactatattctcgttaaaacattcattcaaacaatgaacttggataaatc |
28468537 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 468
Target Start/End: Original strand, 34734748 - 34735197
Alignment:
| Q |
14 |
taacagtaaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtatgcttttgtgtgcatcccaagcacaggtggaattcacgttatgtttctg |
113 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
34734748 |
taacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtaagcttttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcatgttatgtttctg |
34734847 |
T |
|
| Q |
114 |
atattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggctgtacatttcaatgaatca |
213 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34734848 |
atattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggctgtacatttcaatgaatca |
34734947 |
T |
|
| Q |
214 |
tgctgcacaaagaattacaactaaagaagnnnnnnnnncaacaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatgaagtatacacatgca |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34734948 |
tgctgcacaaagaattacaaccaaagaa-----aaaaacagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatgaagtatacacatgca |
34735042 |
T |
|
| Q |
314 |
agtgcagtcactccattcagaccctatgttattttaccacttgcatctgtctacatgattgacataagtaccttatcattggcgccatcaaccaagacct |
413 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34735043 |
agtgcagtcactccattcagaccctatgttattttactacttgcatctgtctacatgattgacataagtaccttaccattggcgccatcaaccaagacct |
34735142 |
T |
|
| Q |
414 |
gtatgcactatattctcgtcaacacattcattcaaacaatgaacttggataaatc |
468 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34735143 |
gtgtgcactatattctcgttaaaacattcattcaaacaatgaacttggataaatc |
34735197 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0046 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0046
Description:
Target: scaffold0046; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 467
Target Start/End: Original strand, 76053 - 76502
Alignment:
| Q |
14 |
taacagtaaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtatgcttttgtgtgcatcccaagcacaggtggaattcacgttatgtttctg |
113 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
76053 |
taacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatggtaagcttttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtttctg |
76152 |
T |
|
| Q |
114 |
atattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggctgtacatttcaatgaatca |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
76153 |
atattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggccgtacatttcaatgaatca |
76252 |
T |
|
| Q |
214 |
tgctgcacaaagaattacaactaaagaagnnnnnnnnncaacaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatgaagtatacacatgca |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
76253 |
tgctgcacaaagaattacaaccaaagaa----aaaaaacagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatgaagtatacacatgca |
76348 |
T |
|
| Q |
314 |
agtgcagtcactccattcagaccctatgttattttaccacttgcatctgtctacatgattgacataagtaccttatcattggcgccatcaaccaagacct |
413 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
76349 |
agtgcagtcactccattcagaccctatgttattttactacttgcatctgtctacatgattggcataagtaccttatcattggcaccatcaaccaagacct |
76448 |
T |
|
| Q |
414 |
gtatgcactatattctcgtcaacacattcattcaaacaatgaacttggataaat |
467 |
Q |
| |
|
|| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
76449 |
gtgtgaactatattctcgttaacacattcattcaaacaatgaacttggataaat |
76502 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 467
Target Start/End: Original strand, 24966732 - 24967181
Alignment:
| Q |
14 |
taacagtaaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtatgcttttgtgtgcatcccaagcacaggtggaattcacgttatgtttctg |
113 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24966732 |
taacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatggtaagcttttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtttctg |
24966831 |
T |
|
| Q |
114 |
atattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggctgtacatttcaatgaatca |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24966832 |
atattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggccgtacatttcaatgaatca |
24966931 |
T |
|
| Q |
214 |
tgctgcacaaagaattacaactaaagaagnnnnnnnnncaacaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatgaagtatacacatgca |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24966932 |
tgctgcacaaagaattacaaccaaagaa----aaaaaacagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatgaagtatacacatgca |
24967027 |
T |
|
| Q |
314 |
agtgcagtcactccattcagaccctatgttattttaccacttgcatctgtctacatgattgacataagtaccttatcattggcgccatcaaccaagacct |
413 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
24967028 |
agtgcagtcactccattcagaccctatgttattttactacttgcatctgtctacatgattggcataagtaccttatcattggcaccatcaaccaagacct |
24967127 |
T |
|
| Q |
414 |
gtatgcactatattctcgtcaacacattcattcaaacaatgaacttggataaat |
467 |
Q |
| |
|
|| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24967128 |
gtgtgaactatattctcgttaacacattcattcaaacaatgaacttggataaat |
24967181 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University