View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10216_low_13 (Length: 255)

Name: NF10216_low_13
Description: NF10216
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10216_low_13
NF10216_low_13
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (11-254)||(2170235-2170480)
chr8 (14-254)||(37434030-37434270)
chr8 (11-244)||(43270345-43270578)
chr8 (18-254)||(17699384-17699620)
chr8 (14-254)||(20824194-20824434)
chr8 (11-254)||(13200018-13200261)
chr8 (11-187)||(2529781-2529957)
chr8 (11-244)||(13879499-13879732)
chr8 (11-148)||(42177673-42177810)
chr8 (15-219)||(7924285-7924489)
chr8 (15-219)||(32266463-32266667)
chr8 (11-254)||(25090282-25090525)
chr8 (15-219)||(8299702-8299906)
chr8 (15-222)||(13396287-13396494)
chr8 (175-254)||(42177591-42177670)
chr8 (15-254)||(9922500-9922739)
chr8 (15-222)||(41665403-41665610)
chr8 (15-220)||(172002-172207)
chr8 (15-81)||(5181569-5181635)
chr8 (15-67)||(20496983-20497035)
chr8 (15-63)||(34137156-34137204)
chr8 (127-206)||(34137013-34137092)
chr8 (144-224)||(5181698-5181778)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (14-254)||(10577251-10577491)
chr6 (17-254)||(17606336-17606573)
chr6 (14-254)||(21630109-21630351)
chr6 (14-254)||(17573657-17573897)
chr6 (11-254)||(20883035-20883278)
chr6 (14-228)||(17579109-17579323)
chr6 (18-254)||(11462314-11462545)
chr6 (15-229)||(12734024-12734238)
chr6 (15-254)||(15958815-15959054)
chr6 (141-228)||(18651262-18651349)
chr6 (21-223)||(2553542-2553744)
chr6 (24-229)||(24767451-24767656)
chr6 (24-221)||(14373026-14373223)
chr6 (127-246)||(13937711-13937830)
chr6 (141-223)||(21168224-21168306)
chr6 (15-79)||(21168124-21168188)
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (14-254)||(11203717-11203957)
chr3 (14-254)||(33496445-33496685)
chr3 (14-254)||(12342228-12342467)
chr3 (14-254)||(29523747-29523987)
chr3 (11-245)||(35214382-35214616)
chr3 (14-225)||(36801106-36801317)
chr3 (14-218)||(7031055-7031259)
chr3 (19-254)||(19890581-19890816)
chr3 (11-254)||(48570041-48570284)
chr3 (15-223)||(2364176-2364384)
chr3 (15-222)||(19920263-19920470)
chr3 (21-223)||(7312681-7312883)
chr3 (15-229)||(26771016-26771230)
chr3 (15-229)||(34332842-34333056)
chr3 (15-221)||(10323606-10323812)
chr3 (15-254)||(40930530-40930769)
chr3 (127-246)||(2755853-2755972)
chr3 (127-244)||(17097888-17098005)
chr3 (127-246)||(963173-963292)
chr3 (11-69)||(11310382-11310440)
chr3 (137-229)||(15312604-15312696)
chr3 (141-202)||(7032343-7032404)
chr3 (137-227)||(16178969-16179059)
chr3 (127-246)||(3140863-3140982)
[»] chr5 (25 HSPs)
chr5 (14-254)||(27766940-27767180)
chr5 (14-254)||(33385376-33385616)
chr5 (14-254)||(10776662-10776903)
chr5 (14-254)||(8300184-8300424)
chr5 (14-254)||(25857426-25857666)
chr5 (11-254)||(18359094-18359336)
chr5 (21-223)||(30732347-30732549)
chr5 (11-244)||(27795378-27795611)
chr5 (15-223)||(12825098-12825306)
chr5 (15-223)||(23238283-23238491)
chr5 (14-246)||(18089771-18090003)
chr5 (15-223)||(27117194-27117402)
chr5 (141-254)||(28535677-28535790)
chr5 (15-219)||(42513619-42513823)
chr5 (137-246)||(26072913-26073022)
chr5 (15-223)||(8227925-8228133)
chr5 (24-97)||(19255282-19255355)
chr5 (141-254)||(31641537-31641649)
chr5 (141-254)||(35983793-35983906)
chr5 (15-170)||(12820035-12820190)
chr5 (127-229)||(33169669-33169771)
chr5 (141-229)||(42928156-42928244)
chr5 (141-224)||(19255154-19255237)
chr5 (127-252)||(27165956-27166081)
chr5 (15-67)||(3418682-3418734)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (14-254)||(12697711-12697951)
chr4 (14-252)||(8360998-8361236)
chr4 (11-254)||(20002613-20002863)
chr4 (14-136)||(4548339-4548461)
chr4 (141-254)||(45472711-45472824)
chr4 (11-244)||(54483171-54483404)
chr4 (127-254)||(55725688-55725815)
chr4 (137-254)||(2822039-2822156)
chr4 (15-219)||(23642628-23642832)
chr4 (15-229)||(7403812-7404026)
chr4 (11-244)||(48311990-48312223)
chr4 (15-219)||(13270928-13271132)
chr4 (15-221)||(47418703-47418909)
chr4 (15-205)||(47685946-47686136)
chr4 (24-229)||(1828567-1828772)
chr4 (141-231)||(19755292-19755382)
chr4 (141-231)||(19784424-19784514)
chr4 (15-223)||(15740120-15740328)
chr4 (127-246)||(46145686-46145805)
chr4 (15-70)||(11587384-11587439)
chr4 (15-67)||(159880-159932)
chr4 (127-254)||(11587200-11587327)
chr4 (21-70)||(19755169-19755218)
chr4 (21-82)||(19784576-19784637)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (14-254)||(43388265-43388505)
chr1 (14-254)||(16917811-16918051)
chr1 (11-254)||(37191212-37191455)
chr1 (15-223)||(51052379-51052587)
chr1 (15-223)||(11909138-11909346)
chr1 (15-219)||(6050502-6050706)
chr1 (15-223)||(35540948-35541156)
chr1 (11-227)||(51993757-51993973)
chr1 (141-254)||(47623079-47623192)
chr1 (24-79)||(47623252-47623307)
chr1 (162-206)||(22191831-22191875)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (11-254)||(14439648-14439890)
chr2 (11-254)||(10999953-11000195)
chr2 (11-254)||(12645431-12645674)
chr2 (11-254)||(40176564-40176806)
chr2 (15-231)||(15917553-15917769)
chr2 (15-246)||(41206915-41207146)
chr2 (141-254)||(38604376-38604489)
chr2 (24-224)||(17764994-17765194)
chr2 (21-223)||(4552074-4552276)
chr2 (24-221)||(28252628-28252825)
chr2 (11-93)||(33515947-33516029)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (56-254)||(18532568-18532766)
chr7 (11-254)||(37254653-37254896)
chr7 (13-235)||(25619356-25619578)
chr7 (15-219)||(4938165-4938369)
chr7 (15-223)||(11277285-11277493)
chr7 (21-229)||(47876888-47877096)
chr7 (141-229)||(235464-235552)
chr7 (38-221)||(29967897-29968080)
chr7 (11-60)||(18530405-18530454)
chr7 (141-254)||(17720660-17720773)
chr7 (141-222)||(37919569-37919650)
chr7 (15-67)||(31177494-31177546)
chr7 (15-70)||(235625-235680)
chr7 (15-67)||(17720534-17720586)
chr7 (15-79)||(37919443-37919507)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (15-223)||(3151-3359)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (15-219)||(105880-106084)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (15-219)||(11242-11446)
[»] scaffold0161 (1 HSPs)
scaffold0161 (14-246)||(6019-6251)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Original strand, 2170235 - 2170480
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaac--cgattttccacag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  2170235 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacaccccgttacacaaaacaccgattttccacag 2170334  T
Q  109 atagaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgcta 208  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2170335 atagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacggtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgcca 2170434  T
Q  209 gattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2170435 gattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 2170480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 37434030 - 37434270
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37434030 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagatata 37434129  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  37434130 atcccacgttccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagaatagagacttttaaaggaacatgtttatgccaaatta 37434229  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37434230 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 37434270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 11 - 244
Target Start/End: Original strand, 43270345 - 43270578
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  43270345 catagaccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacaacccgttacacaaaaccgagcttccacagat 43270444  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43270445 agaatctcacgttctaccaaatttgttttagtaggcaaacgatccttcaacagtcgccaagtaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaga 43270544  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttc 244  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43270545 tgaactccatattttgatgaacatgaggttgttc 43270578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 18 - 254
Target Start/End: Original strand, 17699384 - 17699620
Alignment:
Q  18 cacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  17699384 cacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctacatcccgatacacaaaatcgattttccacagatataatcc 17699483  T
Q  118 caagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactc 217  Q
    || || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  17699484 catgtgccaccaaatttgatatagtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactc 17699583  T
Q  218 catattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  17699584 catattttgatgaacatgaggttgttcatgtgatgtc 17699620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 20824194 - 20824434
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  20824194 aggccacaaagcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccggttttccacagctata 20824293  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||  || | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  20824294 atccctcgtgccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 20824393  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20824394 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 20824434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Original strand, 13200018 - 13200261
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||   |||| || |    
T  13200018 cataggccacaatgcgccaaaaattgggcaagacaaaaacatatgagtcacatcttcaacatgcccacacccagtaacacaaaaccgagcctccataggt 13200117  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    ||||| |   | ||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | |    
T  13200118 agaattctgcgctctgccaaattgtattttgtaggtaaacgatccctcaatagctgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacctgtttatgccaaa 13200217  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13200218 ctaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 13200261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 11 - 187
Target Start/End: Original strand, 2529781 - 2529957
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    ||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||   |||| |  |    
T  2529781 cataggccacaatgtgccgaaaattgggcaagacaaaaacaaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaagt 2529880  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttt 187  Q
    ||||| ||| | |||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  2529881 agaattccacgatctaccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttt 2529957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 11 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 13879732 - 13879499
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |   ||||  | |    
T  13879732 cataggccacaaagcaccaaagaaaggacaagacaaaaacagatgagacacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaagcctagcctccaacggt 13879633  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    | ||| ||| | | | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||  | |||||| | ||| |||| ||| ||| |||    
T  13879632 aaaatgccacgatttgccaaattggctttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctatttgtgccaga 13879533  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttc 244  Q
     |||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  13879532 ctaactccatactttgatgaatctgaggttgttc 13879499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 11 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 42177810 - 42177673
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||    
T  42177810 cataggccacaatgtaccgaaaattggacaagagaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaatcgatcctccacaaat 42177711  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaa 148  Q
      ||| ||| | ||| |||| || ||||||| ||||||    
T  42177710 gtaatgccacgatctgccaagttggatttagcaggtaa 42177673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Original strand, 7924285 - 7924489
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || ||||| |  |||||||||||||    
T  7924285 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaa 7924384  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  7924385 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 7924484  T
Q  215 ctcca 219  Q
     ||||    
T  7924485 gtcca 7924489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Original strand, 32266463 - 32266667
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||    |||| || || ||    
T  32266463 ggccacaatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaa 32266562  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  32266563 tgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 32266662  T
Q  215 ctcca 219  Q
    |||||    
T  32266663 ctcca 32266667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Original strand, 25090282 - 25090525
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||| ||||| || | |||||| |||| ||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||| | ||||||| || |   ||||  |      
T  25090282 cataggccacaaagcaccgaagaatggacaggacagaaacaaatgagacacattttcaacatgcccacatcccatgacacaaagcctagcctccatcggc 25090381  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    | ||| ||  | | |  |||||| | |||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  25090382 aaaatgccgcgatttgtcaaattggctttagtaggtagtcgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttagaggtacctgtttgtgctaga 25090481  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
     |||||||||||| ||||||| |||||  ||||| | |||||||    
T  25090482 ctaactccatattgtgatgaagatgagagtgttcatgtgatgtc 25090525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Original strand, 8299702 - 8299906
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  ||||| || || |  |||||||||||||    
T  8299702 ggccataatgcaccaaaagttgcacaggacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacacataatcgctcctccacagatagaa 8299801  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  8299802 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 8299901  T
Q  215 ctcca 219  Q
     ||||    
T  8299902 gtcca 8299906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 222
Target Start/End: Original strand, 13396287 - 13396494
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||    |||| || || ||    
T  13396287 ggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaa 13396386  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||| | |||||    
T  13396387 tgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaa 13396486  T
Q  215 ctccatat 222  Q
    ||||||||    
T  13396487 ctccatat 13396494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 175 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 42177670 - 42177591
Alignment:
Q  175 ggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | |||||||    
T  42177670 ggatagaaacttttaaaggaacctgttaatgccatattaactccaaattttgatgaacataaagttgttcatgtgatgtc 42177591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 15 - 254
Target Start/End: Original strand, 9922500 - 9922739
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| || |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||| || |  ||||| | |||    |||| || || ||    
T  9922500 ggccataaggcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgattgacatcttctacattcccacaaccagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaa 9922599  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| | |||||    
T  9922600 tgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgtcatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaa 9922699  T
Q  215 ctccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||  |||||||| |  ||||| || |||| |||||||    
T  9922700 ctccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 9922739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 15 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 41665610 - 41665403
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||    |||| || || ||    
T  41665610 ggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaa 41665511  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    |  || | | | |||||||   ||| ||||||||  |||| || |  | |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  41665510 tgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctcttaggaatcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 41665411  T
Q  215 ctccatat 222  Q
    ||||||||    
T  41665410 ctccatat 41665403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 172002 - 172207
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||| || |  ||||| || |  ||||| ||||| |  |||| ||||||||    
T  172002 ggccataatgcgtcaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattaccacagccagaaacacataaccgctcctccatagatagaa 172101  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    |  || | | |||||||||   ||| || ||||| || |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  172102 tgtcacggtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 172201  T
Q  215 ctccat 220  Q
     |||||    
T  172202 gtccat 172207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 81
Target Start/End: Original strand, 5181569 - 5181635
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatc 81  Q
    |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  5181569 ggccacaaggcaccaaaagttgggcaagacaaaaacatatgattctcatcttcaacttgcccgcatc 5181635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 67
Target Start/End: Original strand, 20496983 - 20497035
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttc 67  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  20496983 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttc 20497035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 34137204 - 34137156
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacat 63  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  34137204 ggccacaaggcaccaaaatttgggcaagacaaaaacaagtgattcacat 34137156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 127 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 34137092 - 34137013
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgc 206  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||||| |||  || ||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||||    
T  34137092 ccaaattttctttcgtaggtaaacgatccatcataagccgccaagcaagaatagagactttgagaggtacctgtttatgc 34137013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 144 - 224
Target Start/End: Original strand, 5181698 - 5181778
Alignment:
Q  144 ggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattt 224  Q
    |||||| ||||||||| | | |||||| |||| ||| | ||||||| ||| |||||||||||| | |||| ||||||||||    
T  5181698 ggtaaatgatccctcagccgccgccaaacaagaatatagacttttagaggcacctgtttatgccaaattatctccatattt 5181778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10577491 - 10577251
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  10577491 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagttata 10577392  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  10577391 atcccacgttccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 10577292  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10577291 actctatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 10577251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 17 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 17606573 - 17606336
Alignment:
Q  17 ccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||     
T  17606573 ccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgtatcccgttacacaaaatcgattttccacagctataatt 17606474  T
Q  117 ccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaact 216  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  17606473 ccacgttccaccaaatttgatttagtaggtaaatgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaact 17606374  T
Q  217 ccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  17606373 ccatattttgatgaacatgagattgttcctgtgatgtc 17606336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 21630351 - 21630109
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21630351 aggccacaaagcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagatata 21630252  T
Q  114 atcccaagttctaccaaa--tttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagat 211  Q
    |||||| |||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||    
T  21630251 atcccacgttccaccaaatttttgattttgtaggtaaacgatccctcaatagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctggttatgccaaat 21630152  T
Q  212 taactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21630151 taactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 21630109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 17573897 - 17573657
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  17573897 aggccacaaggcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccggttttccacagctata 17573798  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||  || | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  17573797 atccctcgtgccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaatcttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 17573698  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  17573697 actccatattttgataaacatgaggttgttcctgtgatgtc 17573657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 20883278 - 20883035
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||    
T  20883278 cataggccacaatgcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcatatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagat 20883179  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    | ||| ||| | |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  20883178 ataatgccacgatctaccaagttcgatttagtaggtaaacaatccctcaacagccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctatttatgccaga 20883079  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  20883078 ttaactccatattttgatgaacatgtggttgttcctgtgatgtc 20883035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 17579323 - 17579109
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  17579323 aggccacaaggcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccggttttccacagctata 17579224  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||  || | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  17579223 atccctcgtgccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 17579124  T
Q  214 actccatattttgat 228  Q
    |||||||||||||||    
T  17579123 actccatattttgat 17579109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 254
Target Start/End: Original strand, 11462314 - 11462545
Alignment:
Q  18 cacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcc 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| | ||| || ||| ||| |    
T  11462314 cacaatgcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcccgtgacaaaaaaccgagtctccgcatatataatgc 11462413  T
Q  118 caagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactc 217  Q
    || | ||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||     ||||||||||| | ||||||||||    
T  11462414 cacgatctgccaagttggatttagtaggtaaaagatccctcaacagctgccaagcaaggattgaaactttt-----aacctgtttataccagattaactc 11462508  T
Q  218 catattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||    
T  11462509 catattttgatgaatatgttgttgttcctgtgatgtc 11462545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 15 - 229
Target Start/End: Original strand, 12734024 - 12734238
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||| || | ||||||||  |  ||||| ||||| |  |||| ||||||||    
T  12734024 ggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacatctagaaacacataaccgctcctccagagatagaa 12734123  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| |   |||||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  12734124 tgccacgggttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 12734223  T
Q  215 ctccatattttgatg 229  Q
     |||||||| |||||    
T  12734224 atccatattatgatg 12734238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 15959054 - 15958815
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||  | || ||||| ||| |    |||| ||  |  |    
T  15959054 ggccataaggcaccaaaaattgggcaagataaaaacaagtgattcacatcttccacgtgcccacaatcagtgacacacaactgcacctccaaaggaatga 15958955  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  15958954 taccatggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaaaagccgccaagcaagaatagagactttaagaggaacctgtttatgccatattaa 15958855  T
Q  215 ctccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    || ||||||| |||| |  ||| ||||||||| |||||||    
T  15958854 cttcatatttggatgtaactgaagttgttcctgtgatgtc 15958815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 141 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 18651349 - 18651262
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgat 228  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  18651349 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgat 18651262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 21 - 223
Target Start/End: Original strand, 2553542 - 2553744
Alignment:
Q  21 aatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaa 120  Q
    ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| ||| |    |||| || || ||| |||     
T  2553542 aatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaactgcgcctccaaaggtaaaatgccac 2553641  T
Q  121 gttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccat 220  Q
    | | | |||||||   ||| |||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  2553642 ggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctttcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccat 2553741  T
Q  221 att 223  Q
    |||    
T  2553742 att 2553744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 24767656 - 24767451
Alignment:
Q  24 gcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaagtt 123  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| || ||    ||||| |||||    |||| || || ||| ||| | |    
T  24767656 gcactaaaagttggacaagacaaaaacaaattattaacatcttcaacgttcccgcaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacgat 24767557  T
Q  124 ctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatatt 223  Q
     | |||||||   ||| |||||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  24767556 ttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctaagaagtcgtcaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatatt 24767457  T
Q  224 ttgatg 229  Q
    ||||||    
T  24767456 ttgatg 24767451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 14373223 - 14373026
Alignment:
Q  24 gcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaagtt 123  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| | || |  ||||| |||||    |||| ||| | ||| ||| | |    
T  14373223 gcaccaaaaaatggacaagacaaaaacaaatgatttacatcttcatcatgcccataaccggaaacacacaaccgcccctccatagaaataatgccacggt 14373124  T
Q  124 ctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccata 221  Q
     | ||||||||  ||| |||||||| |  | |||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||| | ||||| ||||||    
T  14373123 ttgccaaatttcctttcgtaggtaagccgttcctcaaaagctgccaagcaagaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaaatccata 14373026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 246
Target Start/End: Original strand, 13937711 - 13937830
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttg 226  Q
    ||||||||  |||||||||||| || ||||||| ||  ||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||||    
T  13937711 ccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatattttg 13937810  T
Q  227 atg-aacatgaggttgttcct 246  Q
    ||| |||||| ||||||||||    
T  13937811 atgtaacatg-ggttgttcct 13937830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 223
Target Start/End: Original strand, 21168224 - 21168306
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatatt 223  Q
    |||||||| |||||   ||| |||| |||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  21168224 gtaggtaatcgatcttgcaaaagtctccaagctaggatagatactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatatt 21168306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 79
Target Start/End: Original strand, 21168124 - 21168188
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccaca 79  Q
    ||||| || ||||||||| ||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||    
T  21168124 ggccataaagcaccaaaagttacacaagacaaaaacatatgattaacatcttcaacattcccaca 21168188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 11203717 - 11203957
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  11203717 aggccacaatgaaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctata 11203816  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  11203817 atcccacgttccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagtatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 11203916  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11203917 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 11203957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 33496445 - 33496685
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33496445 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgtccgcatcccattacacaaaaccgattttccacagatata 33496544  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  33496545 atcccacgttccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaatgatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 33496644  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33496645 actccatatattgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 33496685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 12342467 - 12342228
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  12342467 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagagaagaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctata 12342368  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  12342367 atcccacgttccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaa-gaacctgtttatgccaaatta 12342269  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12342268 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 12342228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 29523987 - 29523747
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  29523987 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaagaataaatgattcacatctttaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctata 29523888  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  29523887 atcccacgtgccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 29523788  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29523787 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 29523747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 11 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 35214616 - 35214382
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||    
T  35214616 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaagaacaaatgattcacatcttcaacatgccaacatcccgttacacaaaactgagcttccacatat 35214517  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  35214516 agaatcccacgttctggcaaatttgatttagtaggcaaacgatccctcaacatccgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaga 35214417  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35214416 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcc 35214382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 36801317 - 36801106
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  36801317 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgatttacatcttcaacctgcccacatcccgatacacaaaaccgattttccacagatata 36801218  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    ||| ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  36801217 atctcacatgccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcagcagttgccaagcaaggatataaacttttaagggaacctatttatgctaaatta 36801118  T
Q  214 actccatatttt 225  Q
    ||||||||||||    
T  36801117 actccatatttt 36801106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 7031259 - 7031055
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  7031259 aggccacaaagcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccggttttccacagctaaa 7031160  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||  || | |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||    
T  7031159 atccctcgtgccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagacgccaagcaaggatagaaagttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 7031060  T
Q  214 actcc 218  Q
    |||||    
T  7031059 actcc 7031055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 254
Target Start/End: Original strand, 19890581 - 19890816
Alignment:
Q  19 acaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatccc 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||| ||||||||||| || || ||||  ||||  |||||| ||  ||| ||    
T  19890581 acaatgcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgagtcgtatcttcaacatgcccacatcctgtgacgcaaattcgatcctccacaaatgtaatgcc 19890680  T
Q  119 aagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactcc 218  Q
    | | ||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||  ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19890681 acgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatccctcaacaaccgcaatgcaaggatggaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactcc 19890780  T
Q  219 atattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  19890781 atattttgatgaacatgaggttattcctgtgatgtc 19890816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 48570284 - 48570041
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    ||||||||| || ||||| || |  ||||||| |||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |   ||||  | |    
T  48570284 cataggccataaagcaccgaagaaaggacaagtcaaaaacatatgagacacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaagcctagcctccatcggt 48570185  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    | ||| ||  | | |  || ||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||  |||||||||| ||| | |||||| |||||||    
T  48570184 aaaatgccgcgatttgtcagattagctttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgctaagcaaggactgaaacttttagaggtatctgtttgtgctaga 48570085  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  48570084 ttaactccatattttgatgaatatgaggttgttcatgtgatgtc 48570041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Original strand, 2364176 - 2364384
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || ||||| |  |||||||||||||    
T  2364176 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaa 2364275  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  2364276 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 2364375  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
     ||||||||    
T  2364376 gtccatatt 2364384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 19920470 - 19920263
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||    ||||||| || | ||||||||| |  ||||| ||||| |  |||||||||||||    
T  19920470 ggccataatgcaccaaaagttacacaagacaaaaacaaatgagaagcatcttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaa 19920371  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||  | | |||||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  19920370 tgcctcgatttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 19920271  T
Q  215 ctccatat 222  Q
     |||||||    
T  19920270 gtccatat 19920263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 223
Target Start/End: Original strand, 7312681 - 7312883
Alignment:
Q  21 aatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaa 120  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||| ||   ||||||||| |  ||||||| ||| |  |||||||| ||||| |||     
T  7312681 aatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacaaagccgctcctccacagacagaatgccac 7312780  T
Q  121 gttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccat 220  Q
    | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | ||||| |||||    
T  7312781 gatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaagtccat 7312880  T
Q  221 att 223  Q
    |||    
T  7312881 att 7312883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 26771230 - 26771016
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||| |    |||| ||  |  |    
T  26771230 ggccataaggcactaaaaattgggcaagacaaaaacaagtgattcacatcttccacgtgcccacaaccagtgacacacaactgcacctccaaaggaatga 26771131  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||| ||||| | |||| ||||||||||| | |||||    
T  26771130 taccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaacgatccctcaaaagccgccaagtaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccacattaa 26771031  T
Q  215 ctccatattttgatg 229  Q
    |||||||||| ||||    
T  26771030 ctccatatttggatg 26771016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 34333056 - 34332842
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||    |||| || || ||    
T  34333056 ggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaa 34332957  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||| ||||  ||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  34332956 tgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaatcgatctctcagaagttgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 34332857  T
Q  215 ctccatattttgatg 229  Q
    ||||||||| |||||    
T  34332856 ctccatattatgatg 34332842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10323812 - 10323606
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || ||||| |  ||| |||||||||    
T  10323812 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcatccccagatagaa 10323713  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| |   | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  10323712 tgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 10323613  T
Q  215 ctccata 221  Q
     ||||||    
T  10323612 gtccata 10323606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 40930769 - 40930530
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| || |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||| || |  ||||| |||||    |||| || || ||    
T  40930769 ggccataaggcactaaaagttgaacaagacaaaaacaaatgattgacatcttcgacgttcccacaaccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaa 40930670  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
      ||| | | | |||||||   ||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||  | | |||    
T  40930669 ggccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatccctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaactaa 40930570  T
Q  215 ctccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||| |||||||| |  |||||||| |||| |||||||    
T  40930569 ctccatgttttgatgcaactgaggttgctcctgtgatgtc 40930530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 246
Target Start/End: Original strand, 2755853 - 2755972
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttg 226  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||  ||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||||    
T  2755853 ccaaattttatttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaatatagacactttcaaaggtacctgtttgtgccaaatcaactccatattttg 2755952  T
Q  227 atg-aacatgaggttgttcct 246  Q
    ||| |||||| ||||||||||    
T  2755953 atgtaacatg-ggttgttcct 2755972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 127 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 17098005 - 17097888
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttg 226  Q
    ||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||| | |    ||||||||||| | |||||||||| ||||||    
T  17098005 ccaaattttctttagtaggtaaccgatccatcaacagtcgctaagcaaagatagagactttcacatatgcctgtttatgccaaattaactccacattttg 17097906  T
Q  227 atgaacatgaggttgttc 244  Q
    ||| | ||| ||||||||    
T  17097905 atgtaaatggggttgttc 17097888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 963292 - 963173
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttg 226  Q
    ||||||||  |||||||||||| || ||||||| ||  ||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||||    
T  963292 ccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatattttg 963193  T
Q  227 atg-aacatgaggttgttcct 246  Q
    ||| |||||| ||||||||||    
T  963192 atgtaacatg-ggttgttcct 963173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 11 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 11310440 - 11310382
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaa 69  Q
    ||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11310440 cataggccacagtgcgccaaaatttgggcaagacaaaaacaaatgagtcacatcttcaa 11310382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 137 - 229
Target Start/End: Original strand, 15312604 - 15312696
Alignment:
Q  137 tttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatg 229  Q
    |||| |||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||  ||| | ||||||| ||| |||||||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  15312604 tttaataggcaaacgattcctcagcagtcaccaagcaaatatatagacttttagaggtacctgtttatgccaaattaactccaaattttgatg 15312696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 141 - 202
Target Start/End: Original strand, 7032343 - 7032404
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgttt 202  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  7032343 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaattttgagaggaacctgttt 7032404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 227
Target Start/End: Original strand, 16178969 - 16179059
Alignment:
Q  137 tttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttga 227  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||| ||||  ||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||||| | |||||||    
T  16178969 tttagtaggtagacgatccttcatcaggcgccacgcaaaaatagatactttaagaggtacctgtttatgccaaattaactctaaattttga 16179059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 246
Target Start/End: Original strand, 3140863 - 3140982
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttg 226  Q
    ||||||||  |||||||||||| || |||||||  |   |||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||| | | | || ||||||||||||||    
T  3140863 ccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagtaaatgccaagcaaatatagacactttcaaaggcacctgtttgtaccaaatcaactccatattttg 3140962  T
Q  227 atg-aacatgaggttgttcct 246  Q
    ||| |||||| ||||||||||    
T  3140963 atgtaacatg-ggttgttcct 3140982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 25)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 27766940 - 27767180
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  27766940 aggccacaaagcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacatatata 27767039  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  27767040 atcccacgttccaccaaatttgattttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 27767139  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27767140 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 27767180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 33385616 - 33385376
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  33385616 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgatacacaaaaccgattttccacagatata 33385517  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    || ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  33385516 attccacgtgccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaatta 33385417  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  33385416 actccatattttgatgaatatgaggttgttcctgtgatgtc 33385376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 10776662 - 10776903
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  10776662 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacttgcccacatcccgatacacaaaaccgattttccacagatata 10776761  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  10776762 atcccacgtgccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaatta 10776861  T
Q  214 actccatat-tttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10776862 actccatatatttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 10776903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 8300424 - 8300184
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  8300424 aggccacaaggcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccggttttccacagctata 8300325  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||  || | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  8300324 atccctcgtgccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 8300225  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8300224 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 8300184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 25857666 - 25857426
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||| ||||||||| |   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| || |    
T  25857666 aggccacaaggcaccaaaagtcaaacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaatcggttttccacagctata 25857567  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||  || | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  25857566 atccctcgtgccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 25857467  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  25857466 actccatattttgatgaacaagaggttgttcctgtgatgtc 25857426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 18359336 - 18359094
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||  |||||| ||    
T  18359336 cataggccacaatgcaccgaaaatcggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccagatcccgtgacacaaaaccgatcctccacatat 18359237  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    | ||| | | | ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18359236 ataatgc-acgatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 18359138  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18359137 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 18359094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 30732549 - 30732347
Alignment:
Q  21 aatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaa 120  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||| ||   ||||||||| |  ||||| ||||| |  |||||||||||||| |||     
T  30732549 aatgcaccaaaagttgtacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccac 30732450  T
Q  121 gttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccat 220  Q
    | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  30732449 gatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaagatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccat 30732350  T
Q  221 att 223  Q
    |||    
T  30732349 att 30732347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 11 - 244
Target Start/End: Original strand, 27795378 - 27795611
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | || |   ||||  | |    
T  27795378 cataggccacaaagcaccaaagaaaggacaagacaaaaacaaatgagacacatcttcaacatgcccacagcccgtgacacatagcctagcctccaacggt 27795477  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    | ||| ||| | | | ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||  | |||||| | ||| |||||||| ||| |||    
T  27795478 aaaatgccacgatttgccaaattggctttagtaggcaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctgtttgtgccaga 27795577  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttc 244  Q
     |||||||||| || ||||||  |||||||||||    
T  27795578 ctaactccatacttggatgaatctgaggttgttc 27795611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Original strand, 12825098 - 12825306
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||| ||   ||||||||| |  ||||| ||||| |  |||||||||||||    
T  12825098 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaa 12825197  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||| ||||||||| | |||||    
T  12825198 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatacatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaa 12825297  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
     ||||||||    
T  12825298 gtccatatt 12825306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Original strand, 23238283 - 23238491
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||    |||| || || ||    
T  23238283 ggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaagctaaaa 23238382  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| | |||||    
T  23238383 tgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctatttatgccaaattaa 23238482  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
    |||||||||    
T  23238483 ctccatatt 23238491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 18090003 - 18089771
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||| || |||||||  || ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| | || ||| || ||    |||| ||| | |    
T  18090003 aggccacaacgctccaaaaaccgggcaagacaaaaacagatgattcacgtcctcaacctgcccacatccagctaaacataatcgtgaatccatagagaca 18089904  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| | | | ||||||||    |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| || || |||||||| ||| | ||||    
T  18089903 atcccacgatttgccaaattttgcctagtaggtaaacgatctctcaatagtcgtcaagcaaagatagagactttcaacggtacctgtttgtgccaaatta 18089804  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcct 246  Q
    |||||| |||||| |||| | | ||||||||||    
T  18089803 actccaaattttgttgaataaggggttgttcct 18089771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 27117402 - 27117194
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||| || | |||||| || |  ||||| ||||| |  |||| ||||||||    
T  27117402 ggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacagccagaaacacataaccgctcctccatagatagaa 27117303  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | |||||||||   ||| || ||||| || |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  27117302 tgccacggtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 27117203  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
     ||||||||    
T  27117202 gtccatatt 27117194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 141 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 28535790 - 28535677
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggtt 240  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||| |  ||||| |    
T  28535790 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggct 28535691  T
Q  241 gttcctttgatgtc 254  Q
    | |||| |||||||    
T  28535690 gctcctgtgatgtc 28535677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Original strand, 42513619 - 42513823
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || ||||| |  |||||||||||||    
T  42513619 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaaaaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaa 42513718  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    |  || | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  42513719 tgtcacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 42513818  T
Q  215 ctcca 219  Q
     ||||    
T  42513819 gtcca 42513823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 137 - 246
Target Start/End: Original strand, 26072913 - 26073022
Alignment:
Q  137 tttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatga 236  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||| ||||||||| | |||     
T  26072913 tttagtaggtaatcgatccctcaacagtcgccaaacaaagatagggactttcaaaggaacatatttatgccaaattaactccaaattttgatgcaaatgg 26073012  T
Q  237 ggttgttcct 246  Q
    || |||||||    
T  26073013 ggctgttcct 26073022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Original strand, 8227925 - 8228133
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||| |  ||||| |||||    |||| || || ||    
T  8227925 ggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttctcacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaa 8228024  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    |  || | | | |||||||   ||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||  | |||||    
T  8228025 tgtcacggtttgccaaattacttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaa 8228124  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
    |||||||||    
T  8228125 ctccatatt 8228133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 19255355 - 19255282
Alignment:
Q  24 gcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccg 97  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||    
T  19255355 gcaccaaaagttggacaagacaagaacaaatgattgacatcttcaacgtgcccgcatccagtgacacacaaccg 19255282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 141 - 254
Target Start/End: Original strand, 31641537 - 31641649
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggtt 240  Q
    |||||||| ||||||||||  |||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||| |  ||||| |    
T  31641537 gtaggtaaccgatccctcagtagtctccatgcaaggatagaaac-tttagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaagtgaggct 31641635  T
Q  241 gttcctttgatgtc 254  Q
    | |||| |||||||    
T  31641636 gctcctgtgatgtc 31641649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 141 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 35983906 - 35983793
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggtt 240  Q
    |||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| || || | ||||||||||| |||||||| |  ||||| |    
T  35983906 gtaggtaaccgattcctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtgtaagccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggct 35983807  T
Q  241 gttcctttgatgtc 254  Q
    | |||| |||||||    
T  35983806 gctcctgtgatgtc 35983793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 15 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 12820190 - 12820035
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||| ||   ||||||||| |  ||||| ||||| |  |||||||||||||    
T  12820190 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagagacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaa 12820091  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaa 170  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  12820090 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcataagtcgccaa 12820035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 229
Target Start/End: Original strand, 33169669 - 33169771
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttg 226  Q
    ||||||||  |||||||||||| || ||||||| ||  ||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||||    
T  33169669 ccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatattttg 33169768  T
Q  227 atg 229  Q
    |||    
T  33169769 atg 33169771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 141 - 229
Target Start/End: Original strand, 42928156 - 42928244
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatg 229  Q
    |||| ||| ||||||||||  || |||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||    
T  42928156 gtagttaaccgatccctcagaagccgccaaacaaggatagagactttgagaggaacctgtttataccaaattaactccatatttggatg 42928244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 19255237 - 19255154
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattt 224  Q
    |||||||| ||||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||| | || || |||||||||| | |||||||||||||||    
T  19255237 gtaggtaaccgatccctcagaaaccgccaagcaaggatagatactttgagagaaatctgtttatgccaaattaactccatattt 19255154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27166081 - 27165956
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttg 226  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||||| ||| |  ||||||| | | |||||| ||||||| ||| |||||||  ||| | ||||| |||||||||||    
T  27166081 ccaaatttgcttttataggtaaacgatccttcagcgttcgccaaacgaagatagagacttttagaggtacctgttggtgccaaattaattccatattttg 27165982  T
Q  227 atgaacatgaggttgttcctttgatg 252  Q
    ||| | ||  |||||||||| |||||    
T  27165981 atgtaaattgggttgttcctgtgatg 27165956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 67
Target Start/End: Original strand, 3418682 - 3418734
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttc 67  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  3418682 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttc 3418734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 12697711 - 12697951
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  12697711 aggccataatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctata 12697810  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  12697811 atcccacgttccaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 12697910  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12697911 atttcatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtc 12697951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 14 - 252
Target Start/End: Original strand, 8360998 - 8361236
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |    
T  8360998 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgatacacaaaaccgattttcaacagatata 8361097  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    || ||| || | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  8361098 attccacgtgccaccaaatttgatttactaggtaaacgattcctcagcagtcgccaaacaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaatta 8361197  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8361198 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatg 8361236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Original strand, 20002613 - 20002863
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacag-- 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||   |||||||      
T  20002613 cataggccacaatgcaccgaaaaatggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagtc 20002712  T
Q  109 -----atagaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgttta 203  Q
         ||  ||| ||| | ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  20002713 cacagatgtaatgccacggtctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacagccgccaagcaatgatagaaacttttaaaagaacctgttta 20002812  T
Q  204 tgctagattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  20002813 tgccaaattaactccatattttgattaacatgaggttgttcgtgtgatgtc 20002863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 14 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 4548461 - 4548339
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  4548461 aggccacaatgcaccaaaaattgggcaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctata 4548362  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttga 136  Q
    |||||| |||| |||||||||||    
T  4548361 atcccacgttccaccaaatttga 4548339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 141 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 45472824 - 45472711
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggtt 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  45472824 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggtg 45472725  T
Q  241 gttcctttgatgtc 254  Q
    |||||| |||||||    
T  45472724 gttcctgtgatgtc 45472711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 11 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 54483404 - 54483171
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |   ||||  |||    
T  54483404 cataggccacaaagcaccaaagaatggacaagacaaaaacaaatgagacacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaagcctagcctccatcgat 54483305  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    | ||| ||  | | |  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||  | |||||||| ||| |||||||| ||| |||    
T  54483304 aaaatgccgcgatttgtcaaattggttttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaacttttagaggtacctgtttgtgccaga 54483205  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttc 244  Q
     |||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  54483204 ctaactccatactttgatgaatctgaggttgttc 54483171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 127 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 55725815 - 55725688
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttg 226  Q
    |||||||  |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  55725815 ccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacttgtttatgccaaattaactccatattttg 55725716  T
Q  227 atgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||    
T  55725715 ataaacatgaggttgttcctgtgatgtc 55725688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 137 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 2822156 - 2822039
Alignment:
Q  137 tttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatga 236  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2822156 tttagtaggtaagcgatccctcaacaatcgccaagcatggactgaaacttttagaggtacctgtttgtgccagattaactccatattttgatgaatatga 2822057  T
Q  237 ggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||| |||||||    
T  2822056 ggttgttcctatgatgtc 2822039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 23642832 - 23642628
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || ||||| |  |||||||||||||    
T  23642832 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaa 23642733  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  23642732 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 23642633  T
Q  215 ctcca 219  Q
     ||||    
T  23642632 gtcca 23642628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 229
Target Start/End: Original strand, 7403812 - 7404026
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |  ||||| |||||    |||| |  || ||    
T  7403812 ggccataaggcactaaaagttggacaagacaaaaacaaatgattgacatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcgcctccaaacgtaaaa 7403911  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| | |||||    
T  7403912 tgccacggtttgccaaattcttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagagactttgaaatgaacttgtttatgccaaattaa 7404011  T
Q  215 ctccatattttgatg 229  Q
    || ||||||||||||    
T  7404012 cttcatattttgatg 7404026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 11 - 244
Target Start/End: Original strand, 48311990 - 48312223
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||| ||||| || | ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |   ||||  | |    
T  48311990 cataggccacaaagcaccgaagaatggacaagataaaaacaaatgagacacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaagcctagcctccatcggt 48312089  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    | ||| |   | | |  |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||  | |||||||| | | |||||||| ||| |||    
T  48312090 aaaatgctgcgatttgtcaaattggctttagtaggtaaatgatccctcaacaacccccaagcaaggactgtaacttttagatgtacctgtttgtgccaga 48312189  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttc 244  Q
     |||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  48312190 ctaactccatactttgatgaatctgaggttgttc 48312223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 13271132 - 13270928
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||| | | |||||||| ||   ||||||||| || || || ||||| |  |||||||||||||    
T  13271132 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaataaattagtaacatcttcgacaatcccacatccagtaactcataaccgctcctccacagatagaa 13271033  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  13271032 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 13270933  T
Q  215 ctcca 219  Q
     ||||    
T  13270932 gtcca 13270928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 47418703 - 47418909
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || ||||| |  ||| |||||||||    
T  47418703 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatcctgcaacgcataaccgctcctccccagatagaa 47418802  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| |   | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  47418803 tgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 47418902  T
Q  215 ctccata 221  Q
     ||||||    
T  47418903 gtccata 47418909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 15 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 47686136 - 47685946
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||   |||||||| || | ||||||||| |  ||||| ||||| |  |||||||||| ||    
T  47686136 ggccataatgcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaacgagaaacatcttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagataaaa 47686037  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatg 205  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  47686036 tgccacggtttgccaaattatgttttgtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatg 47685946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1828772 - 1828567
Alignment:
Q  24 gcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaagtt 123  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| || |  ||||| |||||    |||| || || ||| ||| | |    
T  1828772 gcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgatcaacatcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggt 1828673  T
Q  124 ctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatatt 223  Q
     | ||||||| | ||| |||||||| | ||| | ||| |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  1828672 ttgccaaattagtttttgtaggtaacctatctcgcaatagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 1828573  T
Q  224 ttgatg 229  Q
     |||||    
T  1828572 atgatg 1828567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 141 - 231
Target Start/End: Original strand, 19755292 - 19755382
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaa 231  Q
    |||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||    
T  19755292 gtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaa 19755382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 141 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 19784514 - 19784424
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaa 231  Q
    |||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||    
T  19784514 gtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaa 19784424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Original strand, 15740120 - 15740328
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| || ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||| || |  ||||| |||||    |||| || || ||    
T  15740120 ggccataaggcaccaaaagttagacaagacaaaaacaaatgattaacatctttaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaa 15740219  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| |   |  ||||||   ||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  15740220 tgccacggcttgtcaaattattttttgtaggtaaccgatctcgcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 15740319  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
    |||||||||    
T  15740320 ctccatatt 15740328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 127 - 246
Target Start/End: Original strand, 46145686 - 46145805
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttg 226  Q
    ||||||||  |||||||||||| || ||||||| ||  ||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  46145686 ccaaattttgtttagtaggtaatcggtccctcagcaagcgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctatttgtgccaaatcaactccatattttg 46145785  T
Q  227 atg-aacatgaggttgttcct 246  Q
    ||| |||||| ||||||||||    
T  46145786 atgtaacatg-ggttgttcct 46145805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 11587439 - 11587384
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaac 70  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  11587439 ggccacaaagcaccaaaatttgggcaagacaaaaacaagtgattcacattttcaac 11587384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 159932 - 159880
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttc 67  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  159932 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttc 159880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 127 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 11587327 - 11587200
Alignment:
Q  127 ccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttg 226  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||| |||||  || ||||||||||| ||||| ||||| | ||| | || ||||||| | ||||||||||||  | |    
T  11587327 ccaaattttctttcgtaggtaaacgattcctcagaagccgccaagcaagaatagatactttgataggtatctatttatgccaaattaactccatagatgg 11587228  T
Q  227 atgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||| |  ||||| ||||||| |||||||    
T  11587227 atgcaactgaggctgttcctgtgatgtc 11587200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 70
Target Start/End: Original strand, 19755169 - 19755218
Alignment:
Q  21 aatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaac 70  Q
    ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19755169 aatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaac 19755218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 19784637 - 19784576
Alignment:
Q  21 aatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcc 82  Q
    ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||    
T  19784637 aatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgctcccacatcc 19784576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Original strand, 43388265 - 43388505
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  43388265 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcctgcatcccgttacacaaaaccgattttccacagctata 43388364  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  43388365 atcccacgttccaccaattttgatttagtaggtaaacgatccctcaacaatcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 43388464  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  43388465 actccatattttgatgaacatgaagttgttcctgtgatgtc 43388505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 14 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 16918051 - 16917811
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| || |    
T  16918051 aggccacaaagcaccaaaagtcggacaagacaaaaataaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccattacacaaaaccggttttccgcagctata 16917952  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    |||||  || | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  16917951 atccctcgtgccaccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaatta 16917852  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  16917851 actccatattttgatgaacaagaggttgttcctgtgatgtc 16917811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 37191455 - 37191212
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||    
T  37191455 cataggccataatgcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaatcgatcctccacagat 37191356  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
      ||| ||| | ||| |||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  37191355 gtaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatctctcaacagccgccaagcaaggatataaacttttaaatgaaccagtttatgccaga 37191256  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  37191255 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcatgtgatgtc 37191212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Original strand, 51052379 - 51052587
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||| ||   ||||||||| |  ||||| ||||| |  |||||||||||||    
T  51052379 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaa 51052478  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  51052479 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 51052578  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
     ||||||||    
T  51052579 gtccatatt 51052587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 11909346 - 11909138
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||| ||   ||||||||| |  ||||| | ||| |  |||||||||||||    
T  11909346 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacatagccgctcctccacagatagaa 11909247  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  11909246 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaatgatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 11909147  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
     ||||||||    
T  11909146 gtccatatt 11909138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Original strand, 6050502 - 6050706
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || ||||| |  |||||||||||||    
T  6050502 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcagaaccgctcctccacagatagaa 6050601  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | |||   | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  6050602 tgccacaatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 6050701  T
Q  215 ctcca 219  Q
     ||||    
T  6050702 gtcca 6050706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Original strand, 35540948 - 35541156
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || || || |  |||||||||||||    
T  35540948 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaa 35541047  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| || ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  35541048 tgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 35541147  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
     ||||||||    
T  35541148 gtccatatt 35541156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 11 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 51993973 - 51993757
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||| ||||| || | |||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |   ||||  | |    
T  51993973 cataggccacaaagcaccgaagaatggacaagacaaaatcaaatgagacacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaagcctagcctccatcggt 51993874  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    | ||| ||  | | |  |||||| | ||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||   | |||||||| ||| |||||||| ||| |||    
T  51993873 aaaatgccgtgatttgtcaaattggctttagtaggtaaacgatcccttatcaaccgccaagcaagggctgtaacttttagaggtacctgtttgtgccaga 51993774  T
Q  211 ttaactccatattttga 227  Q
     |||||||||| |||||    
T  51993773 ctaactccatactttga 51993757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 141 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 47623192 - 47623079
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggtt 240  Q
    |||||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||| | ||||| ||||||| |  ||| |  |||||||    
T  47623192 gtaggtaagcggtccctcaaaagccgccaagcaagaatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaattccatatatgaatgtaactgaggtt 47623093  T
Q  241 gttcctttgatgtc 254  Q
    |||||| |||||||    
T  47623092 gttcctgtgatgtc 47623079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 47623307 - 47623252
Alignment:
Q  24 gcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccaca 79  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  47623307 gcaccaaaaaatgggcaagacagaaacaagtgattcacatcttcatcatgcccaca 47623252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 162 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 22191875 - 22191831
Alignment:
Q  162 agtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgc 206  Q
    |||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  22191875 agtctccaagcaagaatagaaaccttcaaaggaacctgtttatgc 22191831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Original strand, 14439648 - 14439890
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  14439648 cataggccacaatgcatcaaaaattggacaagacaaaa-caaatgattcacatcttcaacctacccacatcccgttacataaaaccgagcttccacagat 14439746  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14439747 agaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgtcaagccaagatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaga 14439846  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  14439847 ttaactccatagtttgatgaacatgaggtcgttcctgtgatgtc 14439890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 11000195 - 10999953
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  11000195 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagataagaacaaatgattcacatcttcaacatgcccacattccgttacacaaaaccgagcttccacagat 11000096  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||    
T  11000095 agaatcccacgttctgccaaatttgatttagtaggcaaacgatccct-aacagccaccaagcaaggatagaaacttttaaagaaacctgtttatggcaga 10999997  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  10999996 ttaactccatattttgatgaacatgagattgttcctatgatgtc 10999953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Original strand, 12645431 - 12645674
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||   |||| || |    
T  12645431 cataggccacaatgcgccaaaaattgggcaagacaaaaacaaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaggt 12645530  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    ||||| |   | |||  ||||||  |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| | |    
T  12645531 agaattctgcgatctgtcaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagagaaacctgtttatgccaaa 12645630  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||    
T  12645631 ttaactccatattttgataaacatgagggttttcctgtgatgtc 12645674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Original strand, 40176564 - 40176806
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||| ||||| || | ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |   ||||  | |    
T  40176564 cataggccacaaagcaccgaagaatggacaaaacaaaaacaaatgagacacatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaagcctagcctccatcggt 40176663  T
Q  111 agaatcc-caagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctag 209  Q
    | || || | | || |  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| ||| ||    
T  40176664 aaaagccgcgatttgt--caaattgactttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggactgaaacttttagaggtacctgtttgtgccag 40176761  T
Q  210 attaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  40176762 actaactccatattttgatgaatatgaggttgttcctgtgatgtc 40176806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 231
Target Start/End: Original strand, 15917553 - 15917769
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||   ||||| ||  | ||    
T  15917553 ggccacaacgcgccaaaagttggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacaaccagtgacacacaaccgcacttccaaaggaataa 15917652  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||| | |||||||| ||||||| | |||||    
T  15917653 taccacgatttgccaaattaacttttgtaggtaaacgatccctcagcagtccccaagcaaggatacagactttcagaggaacctatttatgcgaaattaa 15917752  T
Q  215 ctccatattttgatgaa 231  Q
    ||| |||||||||||||    
T  15917753 ctcaatattttgatgaa 15917769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 246
Target Start/End: Original strand, 41206915 - 41207146
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||    ||||  |  | ||    
T  41206915 ggccataaggcaccaaaagttggacaagacaagaacaaatgattgacatcttcaacgtgcccgcatccagtgacacacaaccgcgcctccaagggaataa 41207014  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  41207015 tgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagccgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 41207114  T
Q  215 ctccatattttgatgaacatgaggttgttcct 246  Q
    |||||||||| |||| |  ||||| |||||||    
T  41207115 ctccatatttggatgtaactgaggatgttcct 41207146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 141 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 38604489 - 38604376
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggtt 240  Q
    |||||||||||||| || |||||  |||| |||||||| |||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  38604489 gtaggtaaacgatctcttaacagcagccatgcaaggattgaaacttttagaggtacttgtttatgccagattaactccatattttgatgaaaattaggtt 38604390  T
Q  241 gttcctttgatgtc 254  Q
    |||||| |||||||    
T  38604389 gttcctgtgatgtc 38604376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 17765194 - 17764994
Alignment:
Q  24 gcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaagtt 123  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || || ||||| |||||    |||| ||  |  || ||| | |    
T  17765194 gcaccaaaaattgggcaagacaaaaacaagtgattcacatcttccacgtgaccacaaccagtgacacacaaccgcgcctccaaaggaatgataccacggt 17765095  T
Q  124 ctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatatt 223  Q
     | ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  17765094 ttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaatagccgccaagcaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccatattaactccatatt 17764995  T
Q  224 t 224  Q
    |    
T  17764994 t 17764994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 223
Target Start/End: Original strand, 4552074 - 4552276
Alignment:
Q  21 aatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaa 120  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||   |||| ||| ||   ||||||||| |  ||||| ||||| |  |||||||||||||| |||     
T  4552074 aatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacattttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccac 4552173  T
Q  121 gttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccat 220  Q
    | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||| | ||||| |||||    
T  4552174 gatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttaagaggaacctatttatgccaaattaagtccat 4552273  T
Q  221 att 223  Q
    |||    
T  4552274 att 4552276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 221
Target Start/End: Original strand, 28252628 - 28252825
Alignment:
Q  24 gcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaagtt 123  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| || |  ||||| |||||    |||| |   | ||| ||| | |    
T  28252628 gcaccaaaaaatggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcatcatgaccacaaccggaaacacataaccgcccctccatatgaataatgccatggt 28252727  T
Q  124 ctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccata 221  Q
     | ||||||||   || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||| | ||||| ||||||    
T  28252728 ttgccaaatttcccttcgtaggtaagcgatccctcaaaagccgccaagcaagaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaattccata 28252825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 33516029 - 33515947
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaa 93  Q
    |||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||    
T  33516029 cataggccacaaagcaccaaagaaaggacaagacaaaaacatatgagacacatcttcaacatgcccacatctcgtgacacaaa 33515947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 6e-92; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 56 - 254
Target Start/End: Original strand, 18532568 - 18532766
Alignment:
Q  56 attcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatcc 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18532568 attcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaattccacgttctaccaaaattgatttagtaggtaaacgatcc 18532667  T
Q  156 ctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  18532668 ctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgcgagattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcatgtgatgtc 18532766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Original strand, 37254653 - 37254896
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagat 110  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||| |||| |||||||||||| | |||||||||    
T  37254653 cataggccacaatgcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaaaatgtccacattccgtgacacaaaaccgagtctccacagat 37254752  T
Q  111 agaatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctaga 210  Q
    | ||| |||   ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  37254753 ataatgccacaatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttaaagtaacctgtttatgccaga 37254852  T
Q  211 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctttgatgtc 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  37254853 ttaactccatattttgatgaacatgaggttgttcccgtgatgtc 37254896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 235
Target Start/End: Original strand, 25619356 - 25619578
Alignment:
Q  13 taggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatag 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || |  |||||||||      
T  25619356 taggccacaatgcaccgaaaattggacaagacaaaaacatatgattcacatcttcaacatgcccacatcctgtgacacaaaatcggtcctccacagatgc 25619455  T
Q  113 aatcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatt 212  Q
    ||| ||| | ||| |||| || |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  25619456 aatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgttccctcaacaaccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccatatt 25619555  T
Q  213 aactccatattttgatgaacatg 235  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  25619556 aactccatattttgatgaacatg 25619578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4938369 - 4938165
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || ||||| |  |||||||||||||    
T  4938369 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaa 4938270  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  4938269 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 4938170  T
Q  215 ctcca 219  Q
     ||||    
T  4938169 gtcca 4938165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 11277493 - 11277285
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||||| |||| ||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||    |||| || || ||    
T  11277493 ggccataatgcactaaaatttacacaagactaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaa 11277394  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  11277393 tgccacggtttgccaaattatttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 11277294  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
    |||||||||    
T  11277293 ctccatatt 11277285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 21 - 229
Target Start/End: Original strand, 47876888 - 47877096
Alignment:
Q  21 aatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaa 120  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |  ||||| |||||    |||| || || ||| |||     
T  47876888 aatgcactaaaagttgaacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccgcatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccac 47876987  T
Q  121 gttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccat 220  Q
    | | | |||||||   ||| ||||||||  |||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  47876988 ggtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccct 47877087  T
Q  221 attttgatg 229  Q
    |||||||||    
T  47877088 attttgatg 47877096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 141 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 235552 - 235464
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatg 229  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  235552 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagagactttgagatgaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatg 235464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 38 - 221
Target Start/End: Original strand, 29967897 - 29968080
Alignment:
Q  38 acaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaatcccaagttctaccaaatttgat 137  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||    |||| || || ||| ||| | | | |||||||   |    
T  29967897 acaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattactt 29967996  T
Q  138 ttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccata 221  Q
    || |||||||| ||||| ||||| ||||  |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  29967997 ttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtcctcaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccata 29968080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 11 - 60
Target Start/End: Original strand, 18530405 - 18530454
Alignment:
Q  11 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattca 60  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18530405 cataggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattca 18530454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 141 - 254
Target Start/End: Original strand, 17720660 - 17720773
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggtt 240  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| | ||||||||||  |||||||| |  ||||| |    
T  17720660 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggct 17720759  T
Q  241 gttcctttgatgtc 254  Q
    | |||| |||||||    
T  17720760 gctcctgtgatgtc 17720773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 141 - 222
Target Start/End: Original strand, 37919569 - 37919650
Alignment:
Q  141 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatat 222  Q
    |||||||| | ||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| | | ||||||| |||||    
T  37919569 gtaggtaaccaatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttataccaaattaacttcatat 37919650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 31177546 - 31177494
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttc 67  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  31177546 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttc 31177494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 15 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 235680 - 235625
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaac 70  Q
    ||||| || |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  235680 ggccataaggcactaaaagttgaacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaac 235625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 67
Target Start/End: Original strand, 17720534 - 17720586
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttc 67  Q
    ||||| || |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17720534 ggccataaggcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgattaacatcttc 17720586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 79
Target Start/End: Original strand, 37919443 - 37919507
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccaca 79  Q
    ||||| ||||||| |||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  37919443 ggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaataaatgattaacatcttcaacgttcccaca 37919507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 223
Target Start/End: Original strand, 3151 - 3359
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||    |||| || || ||    
T  3151 ggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaa 3250  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  3251 tgccatggtttgccaaattgcttttcgtaggtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttaagaggaacctgtttatgccaaattaa 3350  T
Q  215 ctccatatt 223  Q
    |||||||||    
T  3351 ctccatatt 3359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 106084 - 105880
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||   ||||||||| |  || || ||||| |  |||||||||||||    
T  106084 ggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaa 105985  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| | |||||    
T  105984 tgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaa 105885  T
Q  215 ctcca 219  Q
     ||||    
T  105884 gtcca 105880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 11446 - 11242
Alignment:
Q  15 ggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagatagaa 114  Q
    ||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||   |||| ||| || | ||||||||| |  ||||| ||||| |  |||||||||||||    
T  11446 ggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgaaaaacattttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaa 11347  T
Q  115 tcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaa 214  Q
    | ||| | | | |||||||   ||| |||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  11346 tgccacggtttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctgagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaa 11247  T
Q  215 ctcca 219  Q
     ||||    
T  11246 gtcca 11242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0161 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0161
Description:

Target: scaffold0161; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 6251 - 6019
Alignment:
Q  14 aggccacaatgcaccaaaaattggacaagacaaaaacaaatgattcacatcttcaacctgcccacatcccgttacacaaaaccgattttccacagataga 113  Q
    |||||||||||| |||||||    ||||||||||| || ||||||||  || |||||||||||||| || | || ||| |||||    |||| || || |    
T  6251 aggccacaatgctccaaaaaacaaacaagacaaaagcagatgattcaagtcctcaacctgcccacaaccagctatacataaccgtgactccataggtata 6152  T
Q  114 atcccaagttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgctagatta 213  Q
    ||||||   | | ||||||||    |||||||||| |  ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||  | | || ||| ||| ||||||    
T  6151 atcccacaatttgccaaatttttcctagtaggtaatcagtccctcaacagacgccaagcaaagatagagactttcaactgtaactatttgtgcgagatta 6052  T
Q  214 actccatattttgatgaacatgaggttgttcct 246  Q
    |||||| |||||| |||| | | ||||||||||    
T  6051 actccaaattttgttgaataaggggttgttcct 6019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University