View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10222_high_1 (Length: 630)

Name: NF10222_high_1
Description: NF10222
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10222_high_1
NF10222_high_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-611)||(34495744-34496354)
chr3 (1-611)||(27607291-27607901)
chr3 (5-611)||(31506409-31507015)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (194-279)||(51683042-51683127)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 567; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 567; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 34496354 - 34495744
Alignment:
1 ttttcttccctccttttagtccaaatgcaattcctcataaatttgaaaagcatgttcattatgtaacactaatgttaagcttttgcagtgaccctgatac 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34496354 ttttcttcactccttttagtccaaatgcaattcctcataaatttgaaaagcctgttcattatgtaacactaatgttaagcttttgcagtgaccctgatac 34496255  T
101 atattattctgtcaatttcaatcttcggcttcattctcacccgatagctggtaaatgcaggtgagggcaatgcagttaatcgatgaattggaggtggcaa 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34496254 atattatcctgtcaatttcaatctttggcttcattctcacccgataactggtaaatgcaggtgagggcaatgcagttaatcgatgaattggaggtggcaa 34496155  T
201 gacggggaccttatagcggaggatttggatatatatctttctccggcgatatggacattgctctagctctaaggacaatagtatttccaactgggactag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34496154 gacggggaccttatagcggaggatttggatatatatctttctccggcgacatggacattgctctagctctaaggacaatagtatttccaactgggactag 34496055  T
301 gtacgatacaatgtactcgtataaagacctaaacaaacgccaagagtggattgcttaccttcaagctggtgccggtattgttgccgacagtgaccctgct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
34496054 gtacgatacaatgtactcgtataaagacctaaacaaacgacaagagtggattgcttaccttcaagctggtgctggtattgttgccgacagtgaccctgcc 34495955  T
401 gatgagcaccaagaatgtcaaaacaaagctgctggtcttgctcgctccatcgacttggctgagtctgctttcgttcataaataagatctctgatacctcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34495954 gatgagcaccaagaatgtcaaaacaaagctgctggtcttgctcgctccatcgacttggctgagtctgctttcgttcataaataagatctctgatacctcc 34495855  T
501 aaatcgaatcattggatatacaattagtggattaccatttactataagaataaattcctatgcaaagaagctcttgattgtgtgatatctcatttgtttg 600  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
34495854 aaatcaaatcattggatatacaattagtggattaccatttactataagaataaattcctatgcaaagaagctcttgattgtgtgatatcccatttgtttg 34495755  T
601 tctgaacaagt 611  Q
    |||||||||||    
34495754 tctgaacaagt 34495744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 27607901 - 27607291
Alignment:
1 ttttcttccctccttttagtccaaatgcaattcctcataaatttgaaaagcatgttcattatgtaacactaatgttaagcttttgcagtgaccctgatac 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27607901 ttttcttcactccttttagtccaaatgcaattcctcataaatttgaaaagcctgttcattatgtaacactaatgttaagcttttgcagtgaccctgatac 27607802  T
101 atattattctgtcaatttcaatcttcggcttcattctcacccgatagctggtaaatgcaggtgagggcaatgcagttaatcgatgaattggaggtggcaa 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27607801 atattatcctgtcaatttcaatcttaggcttcattctaacccgataactggtaaatgcaggtgagggcaatgcagttaatcgatgaattggaggtggcaa 27607702  T
201 gacggggaccttatagcggaggatttggatatatatctttctccggcgatatggacattgctctagctctaaggacaatagtatttccaactgggactag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27607701 gacggggaccttatagcggaggatttggatatatatctttctccggcgacatggacatagctctagctctaaggacaatagtatttccaactgggactag 27607602  T
301 gtacgatacaatgtactcgtataaagacctaaacaaacgccaagagtggattgcttaccttcaagctggtgccggtattgttgccgacagtgaccctgct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
27607601 gtacgatacaatgtactcgtataaagacctaaacaaacgacaagagtggattgcttaccttcaagctggtgcaggtattgttgccgacagtgaccctgcc 27607502  T
401 gatgagcaccaagaatgtcaaaacaaagctgctggtcttgctcgctccatcgacttggctgagtctgctttcgttcataaataagatctctgatacctcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27607501 gatgagcaccaagaatgtcaaaacaaagctgctggtcttgctcgctccatcgacttggctgagtctgctttcgttcataaataagatctctgatacctcc 27607402  T
501 aaatcgaatcattggatatacaattagtggattaccatttactataagaataaattcctatgcaaagaagctcttgattgtgtgatatctcatttgtttg 600  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27607401 aaatcaaatcattggatatacaattagtggattaccatttactataagaataaattactatgcaaagaagctcttgattgtgtgatatctcatttgtttg 27607302  T
601 tctgaacaagt 611  Q
    |||||||||||    
27607301 tctgaacaagt 27607291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 611
Target Start/End: Original strand, 31506409 - 31507015
Alignment:
5 cttccctccttttagtccaaatgcaattcctcataaatttgaaaagcatgttcattatgtaacactaatgttaagcttttgcagtgaccctgatacatat 104  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
31506409 cttcactccttttagtccaaatacaattccccacaaatttgaaaaacctgttcattatgtggcactaatgttaagcttttgcagttaccttgatacatat 31506508  T
105 tattctgtcaatttcaatcttcggcttcattctcacccgatagctggtaaatgcaggtgagggcaatgcagttaatcgatgaattggaggtggcaagacg 204  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
31506509 tatcctgtcaatttcaatcttcagcttcattctaacctgataactggtaaatgcaggtgagggcaatgcagttaatcgatgaattggaggtgtcaaggcg 31506608  T
205 gggaccttatagcggaggatttggatatatatctttctccggcgatatggacattgctctagctctaaggacaatagtatttccaactgggactaggtac 304  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
31506609 aggaccttatagcggaggatttggatatatatctttctctggcgacatggacattgctctagctctaaggacaatagtatttccaactgggactaggtac 31506708  T
305 gatacaatgtactcgtataaagacctaaacaaacgccaagagtggattgcttaccttcaagctggtgccggtattgttgccgacagtgaccctgctgatg 404  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
31506709 gacacaatgtactcgtataaagacctaaacaaacgccaagagtggattgcttaccttcaagctggtgccggtattgttgccgacagtgaccctgccgatg 31506808  T
405 agcaccaagaatgtcaaaacaaagctgctggtcttgctcgctccatcgacttggctgagtctgctttcgttcataaataagatctctgatacctccaaat 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
31506809 agcaccaagaatgtcaaaacaaagctgctggtcttgctcgctccatcgacttggctgagtctgctttcattcataaataagatctctgatacctccaaat 31506908  T
505 cgaatcattggatatacaattagtggattaccatttactataagaataaattcctatgcaaagaagctcttgattgtgtgatatctcatttgtttgtctg 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
31506909 cgaatcattggatatacaattagtggattaccatttactataacaatatagtcctatgctgggaagctcttgattgtgtgatatctcttttgtttgtttg 31507008  T
605 aacaagt 611  Q
    |||||||    
31507009 aacaagt 31507015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 194 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 51683127 - 51683042
Alignment:
194 gtggcaagacggggaccttatagcggaggatttggatatatatctttctccggcgatatggacattgctctagctctaaggacaat 279  Q
    ||||||||||| || || ||||| || |||||||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
51683127 gtggcaagacgtggtccatatagtggtggatttggaggcatatctttttccggtgatatggacattgctcttgctctgaggacaat 51683042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University