View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10228_low_12 (Length: 239)

Name: NF10228_low_12
Description: NF10228
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10228_low_12
NF10228_low_12
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-229)||(15084271-15084499)
chr5 (1-229)||(15358597-15358825)
chr5 (1-223)||(15332498-15332720)
chr5 (1-223)||(15428137-15428371)
chr5 (1-223)||(16415326-16415548)
chr5 (13-223)||(15348334-15348544)
chr5 (90-217)||(15336964-15337091)
chr5 (114-162)||(16410072-16410120)
chr5 (114-163)||(15444854-15444903)
chr5 (114-155)||(16399445-16399486)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-221)||(18688798-18689018)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (114-229)||(8188428-8188543)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 15084499 - 15084271
Alignment:
Q  1 ctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtctttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||    
T  15084499 ctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagaaaaatatcggcctatttcttggttttgaacaagactttaaaaatctttc 15084400  T
Q  101 aagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15084399 aagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcaccgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgct 15084300  T
Q  201 gcttacgtcctcgatgatatctttgatga 229  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15084299 gcttacgtcctcgatgatatcttggatga 15084271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 15358825 - 15358597
Alignment:
Q  1 ctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtctttc 100  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||   |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15358825 ctgaagctgtgcttgaagttgtccttgacaatttgagctcactcgttcagaaggagattggcctatttcttggtttcgagaaagacttcaaaagtctttc 15358726  T
Q  101 aagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgct 200  Q
    ||| ||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  15358725 aagcttgctcactacaatcaaggctactcttgaagatgctgaggagaaacagttcacttacaaagctatcaaggattggctgcttaagcttaaagatgct 15358626  T
Q  201 gcttacgtcctcgatgatatctttgatga 229  Q
    ||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  15358625 gcttatgtcctcgacgacatcttggatga 15358597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15332720 - 15332498
Alignment:
Q  1 ctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtctttc 100  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||| |||||| |||||||  ||| |||  |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  15332720 ctgaagctgtgcttgaagttgtgcttcacaatttgaactcactaattcagaagaagctagctctatttcttggtttcgatcaagactttaaaagtctttc 15332621  T
Q  101 aagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgct 200  Q
    ||| ||| | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||    
T  15332620 aagcttgctcactacaatcaaggctactcttgaagatgccgaggagaaacaattcactgacaaagctatcaaagattggttgcttaagctcaaagatgct 15332521  T
Q  201 gcttacgtcctcgatgatatctt 223  Q
    | | ||||||||||||| |||||    
T  15332520 gttcacgtcctcgatgacatctt 15332498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 15428137 - 15428371
Alignment:
Q  1 ctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtctttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||| ||||||   || | | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  15428137 ctgaagctgtgcttgaacttctccttgacaatttcaactcactcgttcagaaggagcttggcctatttcttggtttcgaaaatgactttaaaagtctttc 15428236  T
Q  101 aagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactga------------caaagctgtcaaggtttggttgcttaag 188  Q
    ||| ||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||            ||||||| |||||| |||| | ||||||    
T  15428237 aagcttgctcactacaatcaaggctacgcttgaagatgctgaggagaagcaattcactgatcctgttcatggcaaagctatcaaggattggctacttaag 15428336  T
Q  189 cttaaagatgctgcttacgtcctcgatgatatctt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15428337 cttaaagatgctgcttacgtcctcgatgatatctt 15428371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 16415548 - 16415326
Alignment:
Q  1 ctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtctttc 100  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||| |||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||    
T  16415548 ctgaagctgtgcttgaagttgtgcttaacaatttgagctcactcattcagaaagagattggcctatttcttggtttccaacaagactttaatagtctttc 16415449  T
Q  101 aagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgct 200  Q
    ||| ||| |  |  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | | | |||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||    
T  16415448 aagcttgctctcatcaatcaaggctactcttgaagatgctgaggagaaacaattcagtaatagagctatcaaggattggctgcttaagcttaaagatact 16415349  T
Q  201 gcttacgtcctcgatgatatctt 223  Q
    |||||||| || ||||| |||||    
T  16415348 gcttacgttcttgatgacatctt 16415326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15348544 - 15348334
Alignment:
Q  13 ttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtctttcaagtttgattac 112  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||| | ||||||||||||   || | | ||||||||| ||| ||||    || || ||||||||||| || ||| | ||    
T  15348544 ttgaagttgtccttgataatttgagcacactcattcagaaggagcttggcctatttctaggtgtcgatcgtgaattgaaaagtctttccagcttgctaac 15348445  T
Q  113 tacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgctgcttacgtcctc 212  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||| |||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  15348444 tacaatcaaggctacacttgaagatgctgaggagaagcaattctcaaacagagctatcaaggattggctgcttaagctcaaagatgctgctcacgtcctc 15348345  T
Q  213 gatgatatctt 223  Q
    ||||| |||||    
T  15348344 gatgacatctt 15348334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 90 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 15337091 - 15336964
Alignment:
Q  90 aaaagtctttcaagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagc 189  Q
    ||||||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||| |||||| |||| || ||||||    
T  15337091 aaaagtctttccagcttgctaactacaatcaaggccacacttgaagatgctgaggagaaacaattctcaaacagagctatcaaggattggctggttaagc 15336992  T
Q  190 ttaaagatgctgcttacgtcctcgatga 217  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||    
T  15336991 tcaaagatgctgctcacatcctcgatga 15336964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 16410120 - 16410072
Alignment:
Q  114 acaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgaca 162  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16410120 acaatcaaggctacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgaca 16410072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 163
Target Start/End: Original strand, 15444854 - 15444903
Alignment:
Q  114 acaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaa 163  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  15444854 acaatcaaggctacacttgaagatgctgaagagcaacaattcactaacaa 15444903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 114 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 16399486 - 16399445
Alignment:
Q  114 acaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattc 155  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16399486 acaattaaggctacacttgaagatgctgaagagaaacaattc 16399445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18689018 - 18688798
Alignment:
Q  1 ctgaagctgtgcttgaacttgcccttgacaatttgacctcactcattcagagaaagatagacctatttcttggtttcgaaaaagacttcaaaagtctttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||   || | | |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  18689018 ctgaagctgtgcttgaacttgtccttgataatttgagctcactcgttcagaaggagcttggcctacttcttggttttgaaaaagacttcaaaagtttttc 18688919  T
Q  101 aagtttgattactacaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgct 200  Q
    |||  || | ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18688918 aagcatgctcactacaatcaaagctacacttgaagatactgaggagaaacaatttactaacaaagctatcaaggattggttgcttaagcttaaagatgct 18688819  T
Q  201 gcttacgtcctcgatgatatc 221  Q
    || |||||||| |||||||||    
T  18688818 gcctacgtccttgatgatatc 18688798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 114 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 8188543 - 8188428
Alignment:
Q  114 acaatcaaggcaacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacaaagctgtcaaggtttggttgcttaagcttaaagatgctgcttacgtcctcg 213  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  8188543 acaatcaaggctacacttgaagatgctgaggagaaacaattcactgacagagctgtcaaggattggctgattaagctcaaagatgctgctcacgtcctca 8188444  T
Q  214 atgatatctttgatga 229  Q
    |||| ||||| |||||    
T  8188443 atgacatcttggatga 8188428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University