View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1023-Insertion-11 (Length: 805)

Name: NF1023-Insertion-11
Description: NF1023
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1023-Insertion-11
NF1023-Insertion-11
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-800)||(33737119-33737930)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 800
Target Start/End: Original strand, 33737119 - 33737930
Alignment:
Q  8 tgttggggccaatgattttctcaacaattatcttcttccggttctctccgtcggagccagaatttctcaaagtccagatgctttcgtagacgatatgatt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33737119 tgttggggccaatgattttctcaacaattatcttcttccggttctctccgtcggagccagaatttctcaaagtccagatgcttttgtagacgatatgatt 33737218  T
Q  108 aatcatttcagaggccaactcacggtacacatcttatttcattcttaatctaaatataacttcaattgaaattagagtctagttcgaactttggttggaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  33737219 aatcatttcagaggccaactcacagtacacatcttatttcattcttaatctaaatataactctaattgaaattagagtttggttcgaactttggttggaa 33737318  T
Q  208 ctaaactttatttatttttcggtcaaacggtaactttaatgtgtgtgttttaatgacagagactttacaaaatggatgctagaaaatttgttataggtaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33737319 ctaaactttatttatttttcggtcaaacggtaactttaatgtgtgtgttttaatgacagagactttacaaaatggatgctagaaaatttgttataggtaa 33737418  T
Q  308 cgttgggccaataggatgtataccttaccaaaagactatcaatcaattgaatgaagatgaatgtgtggatttagctaacaaacttgcaattcaatacaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33737419 cgttgggccaataggatgtataccttaccaaaagactatcaatcaattgaatgaagatgaatgtgtggatttagctaacaaacttgcaattcaatacaat 33737518  T
Q  408 ggtcgattgaaggatatgcttgctgagctaaatgacaatctccctggagcaacgtttgtccttgcaaatgtctatgatttagtgatggaactcattaaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33737519 ggtcgattgaaggatatgcttgctgagctaaatgacaatctccctggagcaacgtttgtccttgcaaatgtctatgatttagtgatggaactcattaaaa 33737618  T
Q  508 attatgataaatatggtaaatactaacnnnnnnnnnngcatgatctataaccat-------------------actcaaatcttcgtcaaatttgttact 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||| |||||    
T  33737619 attatgataaatatggtaaatactaactctttttttggcatgatctataaccatactcttcatttaaattatgactcaaatcttcgtcaaatttattact 33737718  T
Q  589 caatccaatcaaatgtgtgtagttggattaatgaaacgattgagaatattattctccaagccattggatcaagtccaatattggactcaatggcttaaga 688  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33737719 cgatccaatcaaatgtgtgtagttggattaatgaaacaattgagaatattattctccaagccattggat-aagtccaatattggactcaatggcttaaga 33737817  T
Q  689 aaataatattcttaatcgttagattaattgcataaattaaatttgacggaagaggacggc-aaagaacaaaattgcatagaatccacacaagtagtgcat 787  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33737818 aaataatattcttaatcgttagattaattgcacaaattaaatttgactaaagagggcggcaaaagaacaaaattgcatagaatccacacaagtagtgcat 33737917  T
Q  788 atgtagaattatc 800  Q
    ||||||| |||||    
T  33737918 atgtagagttatc 33737930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University