View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10233A_low_34 (Length: 399)

Name: NF10233A_low_34
Description: NF10233A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10233A_low_34
NF10233A_low_34
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (22-399)||(46792807-46793184)
chr7 (22-399)||(25568723-25569099)
chr7 (20-399)||(45167458-45167837)
chr7 (22-399)||(47864927-47865304)
chr7 (22-398)||(40441726-40442106)
chr7 (22-399)||(41151702-41152078)
chr7 (22-399)||(43377516-43377888)
chr7 (89-161)||(8183614-8183686)
chr7 (323-399)||(8183890-8183966)
chr7 (184-281)||(8183730-8183827)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (22-399)||(2283266-2283643)
chr3 (22-399)||(32427311-32427682)
chr3 (22-399)||(4118996-4119374)
chr3 (22-399)||(51546732-51547112)
chr3 (22-356)||(12513872-12514206)
chr3 (22-399)||(10285459-10285848)
chr3 (22-387)||(33941279-33941624)
chr3 (321-396)||(9555266-9555341)
chr3 (22-174)||(1274817-1274969)
chr3 (321-383)||(8119081-8119143)
chr3 (184-281)||(1275012-1275109)
chr3 (321-378)||(4511622-4511679)
chr3 (184-226)||(8119254-8119296)
chr3 (42-176)||(8119325-8119459)
chr3 (325-367)||(25054231-25054273)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (22-399)||(7405103-7405487)
chr1 (22-399)||(36358710-36359099)
chr1 (22-362)||(45474115-45474461)
chr1 (22-399)||(28864371-28864761)
chr1 (22-399)||(27284522-27284911)
chr1 (22-399)||(18886148-18886536)
chr1 (36-81)||(13176554-13176599)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (22-399)||(27353-27730)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (22-399)||(32717775-32718164)
chr4 (22-399)||(46515635-46516012)
chr4 (22-399)||(17929601-17929972)
chr4 (22-297)||(17498118-17498393)
chr4 (22-221)||(4620002-4620201)
chr4 (155-399)||(1592315-1592571)
chr4 (235-399)||(4619037-4619201)
chr4 (22-122)||(1592570-1592670)
chr4 (321-399)||(17498005-17498083)
chr4 (321-399)||(20970038-20970116)
chr4 (184-226)||(19637128-19637170)
chr4 (97-146)||(19637228-19637277)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (20-399)||(11820698-11821077)
chr5 (22-399)||(42344969-42345347)
chr5 (22-399)||(43296353-43296722)
chr5 (22-334)||(26750769-26751081)
chr5 (120-399)||(6554271-6554556)
chr5 (22-124)||(6555490-6555592)
chr5 (22-182)||(13970263-13970423)
chr5 (22-182)||(25054482-25054637)
chr5 (330-399)||(26748202-26748272)
chr5 (22-98)||(30617244-30617320)
chr5 (184-226)||(13970192-13970234)
chr5 (321-358)||(13970037-13970074)
[»] scaffold0325 (1 HSPs)
scaffold0325 (22-390)||(5327-5708)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (22-399)||(17440489-17440879)
chr8 (22-341)||(45119271-45119590)
chr8 (66-396)||(23222981-23223321)
chr8 (193-399)||(44322320-44322525)
chr8 (42-174)||(14985917-14986049)
chr8 (22-66)||(23229575-23229619)
chr8 (321-365)||(10364473-10364517)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (22-143)||(13330644-13330765)
chr2 (291-399)||(9638295-9638403)
chr2 (89-180)||(28421700-28421791)
chr2 (321-399)||(28421974-28422052)
chr2 (73-175)||(25854592-25854694)
chr2 (322-399)||(25854877-25854954)
chr2 (321-383)||(25197069-25197131)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 46793184 - 46792807
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46793184 tcaaacccacgcgttcgacaatagccctaaaccgacaatgtccgtcaccaataacatccacaatttcctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 46793085  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46793084 atacataggattcgatgaatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaactggaaccggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 46792985  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||    
T  46792984 gaagatttttttcgtggtgaagattgacttttcggatgttgagaatcaatagtcttccacttagatgggatcctacgtgtagttttgatttttttgggag 46792885  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46792884 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcataccctctt 46792807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 25568723 - 25569099
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25568723 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 25568822  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25568823 atacataggattcgatggatcataattttttgaaaccaagctaggcttaggaaccggaactggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 25568922  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||    
T  25568923 gaaga-ttttttcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctaccacttagatgggatcctacgtgtagttttgatttttttgggag 25569021  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  25569022 ctcctttggttgacaccttttttggaggtggtgacgacattgtggtctccgaaaacgctaacaaccgcataccctctt 25569099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Original strand, 45167458 - 45167837
Alignment:
Q  20 catcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  45167458 catcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtttgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcattaattttggcatg 45167557  T
Q  120 taatacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggtt 219  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  45167558 taatacataagattcaatagatcataatttcttgaaaccaagttaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggtt 45167657  T
Q  220 gtgaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnnggg 319  Q
     ||||||        ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||       |||    
T  45167658 ttgaagatttttgtcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctgccacttagatgggatcctacgtgtagttttgatttttttggg 45167757  T
Q  320 agctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45167758 agctcctttggttggcaccctttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcataccctctt 45167837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 47864927 - 47865304
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  47864927 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtttgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggaaagta 47865026  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47865027 atacataggattcggtggttcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccggagaaatgccaatgcgagcacctttacttttaggttgt 47865126  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||       |||||    
T  47865127 gaagatttttttcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcctacttagatgggatcctacgtgcagttttgatttttttgggag 47865226  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  47865227 ctcctttggttggcaccttttttggagatggtgacaacattgtggtctccgaaaacgctaacaaccgcataccctctt 47865304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 22 - 398
Target Start/End: Original strand, 40441726 - 40442106
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40441726 tcaaaccctcgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgttcgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 40441825  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaat----gcgagcaccttttcttttagg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||||    
T  40441826 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctagacttaggaaccgaaaccagagaaatgccaatgcgagcgagcaccttttcttttagg 40441925  T
Q  218 ttgtgaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnng 317  Q
    |||||||||        |||||||| |||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||       |    
T  40441926 ttgtgaagatttttttcgtggtgaaaattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctacatgtagttttgatttttttg 40442025  T
Q  318 ggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctct 398  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  40442026 ggagctcctttagttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctctggaaacgctaacaaccgcataccctct 40442106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 41152078 - 41151702
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41152078 tcaaacccacgtgttcggcaatagcc-taaacccacgatgtccgtcaccaataacatctacaattccttcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 41151980  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41151979 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctacgcttaggaaccgaaaccggaaaaatggcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 41151880  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||       |||||    
T  41151879 gaagatttttttcgtggtgaagattgactttccagatgttgagaatcaatagtctcccagttagatgggatcctatgtgtagttttgatttttttgggag 41151780  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  41151779 ctcctttggttggcaccttttttggagatggtgataacattgtggtctccggaaacgctaacaatcgcataccctctt 41151702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 43377516 - 43377888
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  43377516 tcaaacccacggattcggctatagccctaaacccacaatatccatcaccaataacatccacaattctctcaatgtatagtctcatgaattttggcatgta 43377615  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43377616 atacataggactcggcggatcataatttcttgaaaccgagataggcgtatgaaccagaaccggagaaatgccaatgtgagcaccttttcttttaggttgt 43377715  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||          ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||| |||||||       |||||    
T  43377716 gaa-----ttttcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcccacgaagatgggatcctacgtgtcgttttgatttttttgggag 43377810  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43377811 ctcctttggttggcacctttcttggaggtggtgacaacaatgtggtcttcggaaacgctaacaaccgcaaaccctctt 43377888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 89 - 161
Target Start/End: Original strand, 8183614 - 8183686
Alignment:
Q  89 ctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgtaatacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaag 161  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  8183614 ctcaatatatggtctcatgaattttggcatgtaatacataggactcgatggatcataaattcttggaaccaag 8183686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 323 - 399
Target Start/End: Original strand, 8183890 - 8183966
Alignment:
Q  323 tcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  8183890 tcctttggttggtacctttcttggaggtgatgacaacattatggtatccggaatcgctaacaaccgtaaaccctctt 8183966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 281
Target Start/End: Original strand, 8183730 - 8183827
Alignment:
Q  184 gagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgtgaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccac 281  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||  | |  ||||||||||||| ||| ||||    
T  8183730 gagaaatgccaaggcgaacaccttttcttttaggttgtgaagatttttttggtggtgaagattgactttacggaaattgagaatcaataatctcccac 8183827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 2283266 - 2283643
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2283266 tcaaacccacgcattcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacattcacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 2283365  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2283366 atacataggattcaatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 2283465  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||       |||||    
T  2283466 gaagatttttttcgtggtgaagattgacttttcggatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctatgtgtagttttgatttttttgggag 2283565  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  2283566 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtcttcggaaacgctaacaaccgcataccgtctt 2283643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 32427682 - 32427311
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32427682 tcaaacccacgcgttcggcaatagccttaaacccacaatctccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 32427583  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32427582 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttagg------aaccggagaaatgtcaatgcgagcaccttttctttttggttgt 32427489  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    ||||         ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||       |||||    
T  32427488 gaagctttttttcgtggtgaagattgacttttcggatgttgagaatcaatagtctcccacttcgatgggatcctacgtgtagttttgatttttttgggag 32427389  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32427388 ctcctttgattggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcataccctctt 32427311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 4118996 - 4119374
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4118996 tcaaacccacacgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcagcaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 4119095  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  4119096 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaactggaaccggagaaatgccaatgcgatcaccttttcttttaggtcgt 4119195  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttga-nnnnnnnggga 320  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||         |||    
T  4119196 gaagatttttttcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctacatgtagttttgatttttttttgga 4119295  T
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4119296 gctcctttggttggcaccttttttggaggcggtgacaacattgtggtctcggaaaacgctaacaaccgcataccctctt 4119374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 51546732 - 51547112
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  51546732 tcaaacccacgtgttcggcaatagccctaaacccacaatgtctgtcaccaataatatccacaattccctcaatgtatagtctcatgaattttggcatgta 51546831  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51546832 atatataggattcgatggatcataatttcgtgaaaccaagctaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 51546931  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttga---nnnnnnngg 318  Q
    ||| |         |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||           |    
T  51546932 gaaaaaaaaattcatggtgaagattgacttttcgaatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctacgggtagttttgatttttttttttg 51547031  T
Q  319 gagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  51547032 gagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacactgtggtctccggaaatgctaacaaccgcataccctctt 51547112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 22 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 12514206 - 12513872
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12514206 tcaaacccacgtgttcggaaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 12514107  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12514106 atacttaggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccggagaaatgccaatgcaagcaccttttcttttaggttgt 12514007  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||       |||||    
T  12514006 gaagatttttttcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctacgtgtaattttgatttttttgggag 12513907  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgac 356  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12513906 ctcttttggttggcaccttttttggaggtggtgac 12513872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 10285459 - 10285848
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10285459 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatgcacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 10285558  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||| |||| | |||||||||||||||||||| |    
T  10285559 atacataggactcgatggattataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccgggaccgaagaaatgccaatacaagcaccttttcttttaggttat 10285658  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctac------------gtgtagttttga 309  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||            ||||||| ||||    
T  10285659 gaagatttttttcgtggtgaagattgactttccgggtgttgagaatcaatagtctcccacatagatgggatcctacgcgttgtttttggtgtagtattga 10285758  T
Q  310 nnnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
           ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10285759 tttttttgggagctcctttggttggcacctttcttggaggcggtgacaacattgtgatctccggaaacgctaacaaccgcataccctctt 10285848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 33941624 - 33941279
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33941624 tcaaacccacacgttcggcaatagccctaaacccgcaatgttcttcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 33941525  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33941524 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaactggaaccggagaaatgccaatgcgagcacctgttcttttaggttgt 33941425  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |                  |||||||| |||| | |||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||        ||||    
T  33941424 g------------------aagattgatttttcggatgttgagaatca--agtctcccacttagatgggatcctacgtgtagttttgattttttttggag 33941345  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaacc 387  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33941344 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctctggaaacgctaacaacc 33941279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 321 - 396
Target Start/End: Original strand, 9555266 - 9555341
Alignment:
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccct 396  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9555266 gctcctttggttggtacatttcttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcaaaccct 9555341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 174
Target Start/End: Original strand, 1274817 - 1274969
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||| |  |||||| ||||||||||| |||||||     || ||||||||||||| ||||     ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  1274817 tcaaacccatggattcggctatagccctaaaaccacaattcttatcgccaataacatccacaatttttaaaatatatggtctcatgaattttggcatgta 1274916  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaa 174  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| | |||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  1274917 atacataagattctatggatcatgaattcttggaaccaagataggctttggaa 1274969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 321 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 8119143 - 8119081
Alignment:
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaac 383  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  8119143 gctcctttggttggtacctttcttggaggtggtgacatcattgtggcctccggaaacgctaac 8119081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 281
Target Start/End: Original strand, 1275012 - 1275109
Alignment:
Q  184 gagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgtgaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccac 281  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||        ||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||| ||||    
T  1275012 gagaaatgccaaggcgagcaccttttcttctaggttgtgaagatttttttggtggtgaagattgactttttggaaattaagaatcaatagtctcccac 1275109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 4511679 - 4511622
Alignment:
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacg 378  Q
    |||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4511679 gctcttttggttggtatcttttttgtaggtggtgacaacattgtggtctctggaaacg 4511622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 8119296 - 8119254
Alignment:
Q  184 gagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgtgaaga 226  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8119296 gagaaatgacaatgcgagcaccatttcttttaggttgtgaaga 8119254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 8119459 - 8119325
Alignment:
Q  42 atagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgtaatacataggattcgatggat 141  Q
    |||||||||||||||||||  || |  ||  ||||||||| ||||  ||||||  |||||||||| | ||||| ||||||||  |||||| |||||||||    
T  8119459 atagccctaaacccacaattcccattgcctctaacatccacaattttctcaataaatggtctcataagttttggcatgtaatgaataggactcgatggat 8119360  T
Q  142 cataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaacc 176  Q
    ||||| |  ||| ||||||  ||||||| ||||||    
T  8119359 cataagtagttggaaccaatataggctttggaacc 8119325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 325 - 367
Target Start/End: Original strand, 25054231 - 25054273
Alignment:
Q  325 ctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggt 367  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  25054231 ctttggttggtacctttcttggaggtggtgacatcattgtggt 25054273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 7405487 - 7405103
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7405487 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 7405388  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7405387 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 7405288  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttga-------nnnnn 314  Q
    |||||        ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||                
T  7405287 gaagattttatccgtgttgaagattgacttttcggatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctacgtgtagttttgattttattttttt 7405188  T
Q  315 nngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  7405187 tttggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacactaacaaccgcataccctctt 7405103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 36358710 - 36359099
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36358710 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacctacaatgttcgtcaccaataacatccacaattccctcactgtatggtctcatgaattttggcatgta 36358809  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36358810 atacataggactcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccgggaccggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 36358909  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctac------------gtgtagttttga 309  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||| |||| |||||  |||| |||            ||||||||||||    
T  36358910 gaagatttttttcgtggtgaagattgactttccgggtgttgagaatcaatagtctcccacgtagatgagatcatacgcgttgtttttagtgtagttttga 36359009  T
Q  310 nnnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
           ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36359010 tttttttgggagctcctttggttggcacctttcttggaggtggtgacaacattgtggtctctggaaacgctaacaaccgcataccctctt 36359099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 22 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 45474461 - 45474115
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45474461 tcaaactcacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 45474362  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggctta------ggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttctttta 215  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      |||||| ||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  45474361 atacataggatttgatggatcataatttcttgaaaccaagctagtcttaggaaccggaaccggaaccggagaaatgccgatgcgggcaccttttctttta 45474262  T
Q  216 ggttgtgaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnn 315  Q
    |||||||||||        |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||          
T  45474261 ggttgtgaagatttttttcgtggtgaagattgactttctggatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctacgtgtagttttgatatttt 45474162  T
Q  316 ngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacatt 362  Q
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45474161 taggagctcctttggttgacaccttttttggaggtggtgacaacatt 45474115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 28864761 - 28864371
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28864761 tcaaatccacgcgttcggcaatagccctaaatccacaatgtctgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 28864662  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28864661 atacatatgattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 28864562  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctac------------gtgtagttttga 309  Q
    |||||         ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||            ||||||||||||    
T  28864561 gaagatttttttcatggtgaagattgactttctgggtgttgagaatcaatagtctcccacgtagatggaatcctacgcgttgattttggtgtagttttga 28864462  T
Q  310 -nnnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
            ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  28864461 ttttttttgggagctcctttggttggcacctttattggaggtggtgacaacattatggtctccggaaacgctaacaaccgcataccatctt 28864371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 27284911 - 27284522
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  27284911 tcaaacccacgcattcggctatagccctaaacccacaatgtccatcgccaataacatccacaattccctcaatatatggtctcatgaattttggcatgta 27284812  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27284811 atacataggactcgatggatcataatttcttgaaaccaaggtaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatccgagcaccttttcttttaggttgt 27284712  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctac------------gtgtagttttga 309  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||            ||||||||||||    
T  27284711 gaagatttttttcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcccacgaagatgggatcctacgtgttgtttttggtgtagttttga 27284612  T
Q  310 nnnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
           ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27284611 tttttttgggagctcctttggttggcacctttcttggaggtggtaacaacattgtggtctctggaaacgctaacaaccgcaaaccctctt 27284522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 18886148 - 18886536
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18886148 tcaaacccacgcattcggctatagccctaaacccacaatgtccatcgccaataccattcacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 18886247  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||    
T  18886248 atacataggactcaatgaatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccggaataggagaaatgctaatgcgagcaccttttcttttaagttgt 18886347  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctac------------gtgtagttttga 309  Q
    |||||        |||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||            ||||||||||||    
T  18886348 gaagatttttttcgtggtgaagattgaatttccggatgttgagaatcaatagtctcccacgaagatgggatcctacatgttgtttttggtgtagttttga 18886447  T
Q  310 nnnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
           ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18886448 tttttttgggagctgctttggttggcacctttcttgcaggt-gtgacaacattgtgctctccggaaacgctaacaaccgcaaaccctctt 18886536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 13176599 - 13176554
Alignment:
Q  36 tcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatcca 81  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  13176599 tcggctatagcccgaaatccacaatgtccgtcgccaataacatcca 13176554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 27353 - 27730
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27353 tcaaaaccacgcgctcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 27452  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27453 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 27552  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||    
T  27553 gaagattttttccgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctacgtgtagttttgatttttttgggag 27652  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  27653 ctcctttgattggcaccttttttggagatggtgacaacattgtggtctctggaaacgctaacaactgcataccttctt 27730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 32718164 - 32717775
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  32718164 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtgtggtctcatgaattttggcatgta 32718065  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32718064 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccggaaccggagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 32717965  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctac------------gtgtagttttga 309  Q
    |||||        |||||||||||||||||   |  ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||            ||||||||||||    
T  32717964 gaagatttttttcgtggtgaagattgacttcccgggtgttgagaatcaatagtctcccacgtagatgggatcctacacgttgattttggtgtagttttga 32717865  T
Q  310 nnnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32717864 ttttttttggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcataccctctt 32717775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Original strand, 46515635 - 46516012
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46515635 tcaaacccacgcgttcgacaatagccctaaacccacaatgtctgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 46515734  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46515735 atacataggatacgatggatcataatttcttgaaactaagctaggcttaggaactggaaccagagaaatgccaacgcgagcaccttttcttttaggttgt 46515834  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        | |||||||||||| |||  | || ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||    
T  46515835 gaagatttttttcgcggtgaagattgattttccggatattgagaatcaaaagtctcccacttagatgggatcctacgtgtagttttgatttttttgggag 46515934  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | || ||||||||    
T  46515935 ctcctttggttggcacttttcttggaggtggtgacaacattgtggtctctgaaaacgctaacaatcacataccctctt 46516012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17929972 - 17929601
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  17929972 tcaaacccacgcgttcagcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtcccatgaattttggcatgta 17929873  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      ||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17929872 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctagacttag------gaaccggagaaataccaatgcgagaaccttttcttttaggttgt 17929779  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||         ||||||||||||  |||    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||    
T  17929778 gaagatttttttcatggtgaagattggttttccagatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctacgtgtagttttgatttttttgggag 17929679  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  17929678 ctcctttggttggcacctttcttggaggtggtgacaacattgtggtcttcgaaaacgctaacaaccacataccctctt 17929601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 22 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 17498393 - 17498118
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||     
T  17498393 tcaaacccacggattcgggtatagccctaaacccacaatgtccatcgccaataacatccacaattctctcaatatatggtctcatgaattttggcatgtg 17498294  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  17498293 atacataggactcgaaggatcataatttcttgaaatcaagctaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgaacaccttttgttttacgttgt 17498194  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctac 297  Q
    |||||        |||||||| |||||||||  |  ||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  17498193 gaagatttttttggtggtgaatattgactttccggttgttgagaatcaatagtctcccacgaagatgggatcctac 17498118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4620201 - 4620002
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  4620201 tcaaacccacggattcggctatagccctaaacccacaatgtccatcactaataacatccacaattctctcaatatatggtctcatgaattttggcatgta 4620102  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4620101 atacataggacaagatggatcataatttcttgaaaccgagataggcgtaggaaccggaactggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 4620002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 155 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 1592571 - 1592315
Alignment:
Q  155 aaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgtgaagannnnnnnngtggtgaagattgacttttt 254  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||      
T  1592571 aaccaagctaggcttaggaaccgggaccggaaaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgtgaagatttttttcgtggtgaagattgactttcc 1592472  T
Q  255 gaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgt------------agttttgannnnnnngggagctcctttggttggcacctttt 342  Q
    |  ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||            ||||||||       ||||| ||||||||||| |||||||     
T  1592471 gggtgttgagaatcaatagtctcccacgtagatgggatcctacgtgttgtttttggtgtagttttgatttttttgggagatcctttggttgacacctttc 1592372  T
Q  343 ttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1592371 ttggaagtggtgacaacactgtggtctccggaaacgctaacaaccgcataccctctt 1592315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 235 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4619201 - 4619037
Alignment:
Q  235 gtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggagctcctttggttgg 334  Q
    |||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||  |||| || ||| |||||| |||||||       ||||||| ||||||||||    
T  4619201 gtggcgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcccacgaagatgggttccaacgtgtcgttttgatttttttgggagcttctttggttgg 4619102  T
Q  335 caccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4619101 cacctttcttggaggtggtgacaacaatgtggtatccggaaacgctaacaaccgcaaaccctctt 4619037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 1592670 - 1592570
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  1592670 tcaaacccacgcattcagctatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtgtggtctcatgaattttggcatgta 1592571  T
Q  122 a 122  Q
    |    
T  1592570 a 1592570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 321 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17498083 - 17498005
Alignment:
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||    
T  17498083 gctcttttggttggcacctttcttggaggtggtgacaacattgtggtctccagaaactctaacaaccacaaaccctctt 17498005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 321 - 399
Target Start/End: Original strand, 20970038 - 20970116
Alignment:
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  20970038 gctcctttggttagtacctttcttggaggtggtgacatcattgtggtctccggaaacactaacaaccgcaaaccctctt 20970116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 184 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 19637170 - 19637128
Alignment:
Q  184 gagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgtgaaga 226  Q
    |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19637170 gagaaatgacaagtcgagcaccttttcttttaggttgtgaaga 19637128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 97 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 19637277 - 19637228
Alignment:
Q  97 atggtctcatgaattttgacatgtaatacataggattcgatggatcataa 146  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  |||||| | ||||||||||||    
T  19637277 atggtctcatgaattttggcatgtaatgaataggacttgatggatcataa 19637228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 20 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 11821077 - 11820698
Alignment:
Q  20 catcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatg 119  Q
    |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11821077 catcaaacccacggattcggctatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatg 11820978  T
Q  120 taatacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggtt 219  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  11820977 taattcataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgagcatcttttcttttaggtt 11820878  T
Q  220 gtgaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnnggg 319  Q
    |||||||        |||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||       |||    
T  11820877 gtgaagatttttttcgtggggaagattgacttttcggatgttgagaatcaatagtctctcacgaagatgggatcctacgtgtagttttgatttttttggg 11820778  T
Q  320 agctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  11820777 agctcctttggttggcacctttcttggaggtggtgacaaaattgtgctctccgaaaacgctaacaaccgcaaaccctctt 11820698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 42345347 - 42344969
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42345347 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgttcgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 42345248  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42345247 atacataggattcgaaggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatacgagcaccttttcttttaggttgt 42345148  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttga-nnnnnnnggga 320  Q
    ||| |        ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||        ||||    
T  42345147 gaatatttttttcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgagatcctacatgtagttttgattttttttggga 42345048  T
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  42345047 gctcctttggttggcacctttcttggaggttgtgacaacattgtggtcttcagaaacgctaacaactgcataccttctt 42344969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 43296722 - 43296353
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43296722 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtctgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 43296623  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||      |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43296622 atacataggattcgatgaatcgtaatttcttgaaaccaagctaggcttagg------aaccggagaaatgccaatgtgagcaccttttcttttaggttgt 43296529  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||       |||||    
T  43296528 gaaga-ttttttcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaa-agtctcccacttagatgtgatcctacgtgtggttttgatttttttgggag 43296431  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  43296430 ctcctttggttgacaccttttttggaggtggtgacaacactgtgatctccggaaacactaacaaccgcataccctctt 43296353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 22 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 26751081 - 26750769
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26751081 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatgcacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 26750982  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  26750981 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaaactaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgagcaccttttcttttaggttgc 26750882  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||    
T  26750881 gaagatttttttcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctacgtgtagttttgattttcttgggag 26750782  T
Q  322 ctcctttggttgg 334  Q
    |||||||||||||    
T  26750781 ctcctttggttgg 26750769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 120 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 6554556 - 6554271
Alignment:
Q  120 taatacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccaga------gaaatgtcaatgcgagcaccttttcttt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||      |||||| ||||||||| |||||||| ||    
T  6554556 taatacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggattaggaaccggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgagtaccttttcatt 6554457  T
Q  214 taggttgtgaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnn 313  Q
    |||||||||||||        ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||        
T  6554456 taggttgtgaagatttttttcgtggtgaagattgactttccggatgttgagaatcaatagtctcccacttagatgggatcctacgtgtagttttgatttt 6554357  T
Q  314 nnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  6554356 tttgggagctcctttggttggcacctttattggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacgaccgcataccctctt 6554271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 22 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 6555592 - 6555490
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6555592 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaactcacaatgtccgtcatcaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 6555493  T
Q  122 ata 124  Q
    |||    
T  6555492 ata 6555490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 13970423 - 13970263
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||| |  |||||| ||||||| |||||||||||  || || ||  | ||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  13970423 tcaaacccaaggattcggctatagcccaaaacccacaattcccatcgccttttacatccacaattctatcaatatatggtctcatgaattgtggcatgta 13970324  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaacc 182  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  13970323 atacatatgattcgatggatcataaattcttgaaaccaagataggcttaggaaccggaacc 13970263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 22 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 25054637 - 25054482
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||  || || ||||||||||||| ||||  || ||| ||||||||||||||||||| |||||     
T  25054637 tcaaacccatggattcggctatagccctaaacccacaattaccatcgccaataacatccacaattttcttaatatatggtctcatgaattttggcatgt- 25054539  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaacc 182  Q
        |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  25054538 ----atagtatttgatggatcataaattcttgaaaccaagataggctttggaaccggaacc 25054482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 330 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 26748272 - 26748202
Alignment:
Q  330 gttggcacctttttt-ggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  26748272 gttggcacctttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccgaaaacgctaacaaccgcataccctctt 26748202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 98
Target Start/End: Original strand, 30617244 - 30617320
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtat 98  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  30617244 tcaaacccacgcgtttggcaatagtcctaaacccacaatgtttgtcaccaataacatccacaattccgtcaatgtat 30617320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 13970234 - 13970192
Alignment:
Q  184 gagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgtgaaga 226  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13970234 gagaaatgtcaaagcgagcaccttttcatttaggttgtgaaga 13970192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 321 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 13970074 - 13970037
Alignment:
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaa 358  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  13970074 gctcctttggttggtacctttcttggaggtggtgacaa 13970037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0325 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0325
Description:

Target: scaffold0325; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 22 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 5708 - 5327
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5708 tcaaacccacacattcggctatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 5609  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5608 atacataggatttgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccgagaccggagaaatgccaatgcgagcaccttttattttaggttgt 5509  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctac------------gtgtagttttga 309  Q
    |||||        ||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||            ||||||||||||    
T  5508 gaagatttttttcgtggtgaagattgactttccgggtgttgagaatcaatagtctcccacatagatgggatcctacgtgttgtttttggtgtagttttga 5409  T
Q  310 -nnnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgca 390  Q
            ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5408 ttttttttgggagctcctttggttgacacctttcttcgaggtggtgacaacattgtggtctccgaaaacgctaacaaccgca 5327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 22 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17440879 - 17440489
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17440879 tcaaacccacgcgttcggaaatagccctttacccacaatgttcgtcaccaataacatccacaaatccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 17440780  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17440779 atacataggatttgatgaatcacaatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccggaaccggagaaatgcaaatgcaagcaccttttcttttaggttgt 17440680  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctac------------gtgtagttttga 309  Q
    |||||        ||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||| |||  ||||| |||||||||            ||||||||||||    
T  17440679 gaagatttttttcgtggtgaagattgacttttcgggtgttcagaatcaatagtctcccatgtagatgggatcctacgcattgattttggtgtagttttga 17440580  T
Q  310 -nnnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
            ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  17440579 ttttttttgggagctcctttggttggcacctttcttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaatcgcataccctctt 17440489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 22 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 45119590 - 45119271
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  45119590 tcaaaaccacgcattcggctatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatctacaattccctcaatgtatggtctcaagaattttggcatgta 45119491  T
Q  122 atacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgt 221  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  45119490 atacataggatttgattgatcataatttcttgaaaccaaactaggcttaggaaccggaaccggagaaatgccaatgcgagcaacttttcttttagattgt 45119391  T
Q  222 gaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggatcctacgtgtagttttgannnnnnngggag 321  Q
    |||||        ||| ||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||       |||||    
T  45119390 gaagatttttttcgtgatgaagattgactttccggatgttgagaataaatagtctcccacgaagatgggatcctacgtgtagttttgatttttttgggag 45119291  T
Q  322 ctcctttggttggcaccttt 341  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  45119290 ctcctttggttggcgccttt 45119271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 66 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 23223321 - 23222981
Alignment:
Q  66 tcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgtaatacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctag 165  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23223321 tcaccaataacatccacaattccctcaatgtatagtctcatgaattttggcatgtaatacataggactcgatgaatcataatttcttgaaaccaagctag 23223222  T
Q  166 gcttaggaaccagaaccagagaaatgtcaatgcgagcaccttttcttttaggttgtgaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgaga 265  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||        |||||||||||||||||| || |||||||||    
T  23223221 gcttaggaaccggaaccggagaaatgccaattcgaacaccttttcgtttagtttgtgaagatttttttggtggtgaagattgactttctggatgttgaga 23223122  T
Q  266 atcaatagtctaccacttagataggatcctac-----------gtgtagttttgannnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtg 354  Q
    ||||||||||| ||||  |||| |||||||||           ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23223121 atcaatagtct-ccacgaagatgggatcctacgtgtgtttttggtgtagttttgatatttttgggagctcctttggttggcacctttcttggaggtggtg 23223023  T
Q  355 acaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccct 396  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  23223022 acaacattgtggtcttcggaaacgctaacaaccgcaaaccct 23222981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 193 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 44322525 - 44322320
Alignment:
Q  193 caatgcgagcaccttttcttttaggttgtgaagannnnnnnngtggtgaagattgactttttgaatgttgagaatcaatagtctaccacttagataggat 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44322525 caatgcgagcaccttttcttttaggttgtgaagattttttt-gtggtgaagattgactttccagatgttgagaatcaatagtctcccacttagataggat 44322427  T
Q  293 cctacgtgtagttttgannnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcaca 392  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44322426 cctacgtgtagttttgatttttttgggagctcctttggttggtaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcata 44322327  T
Q  393 ccctctt 399  Q
    |||||||    
T  44322326 ccctctt 44322320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 42 - 174
Target Start/End: Original strand, 14985917 - 14986049
Alignment:
Q  42 atagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgtaatacataggattcgatggat 141  Q
    |||||||||||||||||||  || || ||  ||||||||| ||||  ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  14985917 atagccctaaacccacaattcccatcgcctttaacatccacaattttctcaattaatggtctcatgaattttggcatgtaatacataggactccatggat 14986016  T
Q  142 cataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaa 174  Q
    ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||    
T  14986017 cataaattgttggaaccaagataggctttggaa 14986049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 23229619 - 23229575
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgt 66  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  23229619 tcaaacccacgcattcggctatagccttaaacccacaatgtccgt 23229575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 321 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 10364517 - 10364473
Alignment:
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtg 365  Q
    ||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  10364517 gctcccttggttgccacctttcttggaggtggagacaacattgtg 10364473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 94; Significance: 9e-46; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 13330765 - 13330644
Alignment:
Q  22 tcaaacccacgcgttcggcaatagccctaaacccacaatgtccgtcaccaataacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgta 121  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13330765 tcaaacccacgcattcggctatagccataaacccacaatgtccgtcaccaataacatcaacaattccctcaatgtatggtctcatgaattttggcatgta 13330666  T
Q  122 atacataggattcgatggatca 143  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  13330665 atacataggattcgatgaatca 13330644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 291 - 399
Target Start/End: Original strand, 9638295 - 9638403
Alignment:
Q  291 atcctacgtgtagttttgannnnnnngggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgca 390  Q
    |||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  9638295 atcctatgtgtagttttgatttttttgggagctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgcggtctccgaaaacgctaacaaccgca 9638394  T
Q  391 caccctctt 399  Q
     ||||||||    
T  9638395 taccctctt 9638403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 89 - 180
Target Start/End: Original strand, 28421700 - 28421791
Alignment:
Q  89 ctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgtaatacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttaggaaccagaa 180  Q
    |||||| || ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  28421700 ctcaatatacggtctcatgaattatggcatgtaatacattggattcgatggatcataaattcttggaaccaagataggctttggaaccagaa 28421791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 321 - 399
Target Start/End: Original strand, 28421974 - 28422052
Alignment:
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  28421974 gctcctttggttggtacatttcttggaggtggtgacaacattgtggtctctgaaaatgctaacaaccgcaaaccatctt 28422052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 73 - 175
Target Start/End: Original strand, 25854592 - 25854694
Alignment:
Q  73 taacatccataattccctcaatgtatggtctcatgaattttgacatgtaatacataggattcgatggatcataatttcttgaaaccaagctaggcttagg 172  Q
    ||||||||| ||||  ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||| |  ||| ||||||| || |||| ||    
T  25854592 taacatccacaattttctcaataaatggtctcatgaattttggcatgtaatgaataggactcgatggatcataagtagttggaaccaagataagctttgg 25854691  T
Q  173 aac 175  Q
    |||    
T  25854692 aac 25854694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 322 - 399
Target Start/End: Original strand, 25854877 - 25854954
Alignment:
Q  322 ctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaacaaccgcacaccctctt 399  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||   ||| |||||||| ||| |||||||||||| | |||| ||||||||    
T  25854877 ctcctttggttggtacctttcttggaggtgtaaacatcattgtggcctcaggaaacgctaactaacgcaaaccctctt 25854954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 321 - 383
Target Start/End: Original strand, 25197069 - 25197131
Alignment:
Q  321 gctcctttggttggcaccttttttggaggtggtgacaacattgtggtctccggaaacgctaac 383  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||  ||| ||| ||||||||| ||||||    
T  25197069 gctcctttggttggtacctttcttggaggtgttgacattattatggcctccggaaatgctaac 25197131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University