View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10233_low_9 (Length: 235)

Name: NF10233_low_9
Description: NF10233
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10233_low_9
NF10233_low_9
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (1-208)||(21001968-21002175)
chr7 (1-208)||(9434382-9434589)
chr7 (1-208)||(5686677-5686885)
chr7 (1-213)||(6876803-6877014)
chr7 (1-197)||(19992976-19993171)
chr7 (1-213)||(22090323-22090532)
chr7 (1-213)||(17959635-17959845)
chr7 (1-213)||(4213170-4213377)
chr7 (1-213)||(8618538-8618743)
chr7 (1-213)||(168040-168248)
chr7 (1-164)||(1988728-1988891)
chr7 (1-164)||(8011647-8011810)
chr7 (5-164)||(2715201-2715360)
chr7 (1-164)||(24735913-24736076)
chr7 (1-164)||(9086417-9086580)
chr7 (1-164)||(26399656-26399819)
chr7 (1-164)||(40051664-40051827)
chr7 (1-164)||(11097200-11097364)
chr7 (1-164)||(11006377-11006540)
chr7 (1-164)||(26698689-26698852)
chr7 (1-164)||(42867018-42867181)
chr7 (5-164)||(466557-466716)
chr7 (1-160)||(15887206-15887365)
chr7 (170-208)||(5711419-5711457)
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (1-208)||(9122025-9122232)
chr6 (1-203)||(25590321-25590522)
chr6 (1-197)||(27373899-27374095)
chr6 (1-197)||(27464252-27464448)
chr6 (1-164)||(12856098-12856261)
chr6 (1-164)||(26865941-26866104)
chr6 (1-213)||(34816667-34816875)
chr6 (1-164)||(3662493-3662656)
chr6 (1-164)||(12726329-12726492)
chr6 (1-164)||(17983630-17983793)
chr6 (1-164)||(25788877-25789040)
chr6 (1-164)||(26026568-26026731)
chr6 (1-164)||(27342876-27343039)
chr6 (1-164)||(27403616-27403779)
chr6 (1-213)||(32971370-32971580)
chr6 (1-164)||(16931543-16931706)
chr6 (75-213)||(7669378-7669513)
chr6 (73-164)||(4632038-4632129)
chr6 (73-164)||(27385564-27385655)
chr6 (73-164)||(27475977-27476068)
chr6 (73-164)||(32310648-32310739)
chr6 (1-105)||(27385644-27385748)
chr6 (1-105)||(27476057-27476161)
chr6 (1-160)||(12359298-12359457)
chr6 (1-105)||(4632118-4632222)
chr6 (1-105)||(32310555-32310659)
[»] chr5 (35 HSPs)
chr5 (1-208)||(5291630-5291837)
chr5 (1-208)||(27604508-27604716)
chr5 (1-208)||(40400001-40400207)
chr5 (1-213)||(39361282-39361495)
chr5 (1-197)||(31447518-31447714)
chr5 (1-164)||(15768374-15768537)
chr5 (1-164)||(37731059-37731222)
chr5 (1-213)||(22156086-22156294)
chr5 (1-164)||(6985332-6985495)
chr5 (1-164)||(9345574-9345737)
chr5 (1-164)||(14039631-14039794)
chr5 (1-164)||(14448133-14448296)
chr5 (1-164)||(14559165-14559328)
chr5 (1-164)||(17616653-17616816)
chr5 (1-164)||(17728510-17728673)
chr5 (1-164)||(22685037-22685200)
chr5 (1-164)||(23305880-23306043)
chr5 (1-164)||(23371543-23371706)
chr5 (1-164)||(23706390-23706553)
chr5 (1-164)||(27043316-27043479)
chr5 (1-164)||(27469595-27469758)
chr5 (1-164)||(30228553-30228716)
chr5 (1-164)||(31358127-31358290)
chr5 (1-164)||(36583606-36583769)
chr5 (1-164)||(42052402-42052565)
chr5 (1-164)||(24589161-24589324)
chr5 (1-164)||(24817948-24818111)
chr5 (1-164)||(39491994-39492157)
chr5 (1-164)||(35225096-35225259)
chr5 (5-164)||(15994390-15994549)
chr5 (18-168)||(1110291-1110441)
chr5 (5-164)||(31843003-31843162)
chr5 (1-164)||(20796655-20796818)
chr5 (73-164)||(36697301-36697392)
chr5 (1-105)||(36697208-36697312)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (1-208)||(19180040-19180247)
chr1 (1-208)||(4168357-4168563)
chr1 (1-213)||(5649269-5649480)
chr1 (1-213)||(12622689-12622896)
chr1 (1-213)||(21864763-21864984)
chr1 (1-164)||(38096208-38096371)
chr1 (1-164)||(51655387-51655550)
chr1 (1-164)||(7508422-7508585)
chr1 (1-164)||(36245943-36246106)
chr1 (1-164)||(35400055-35400218)
chr1 (1-164)||(35647580-35647743)
chr1 (1-164)||(47617449-47617612)
chr1 (1-168)||(153163-153330)
chr1 (1-164)||(5834349-5834512)
chr1 (5-164)||(12731632-12731791)
chr1 (5-164)||(12742225-12742384)
chr1 (1-164)||(3172745-3172908)
[»] chr3 (32 HSPs)
chr3 (1-208)||(37867618-37867826)
chr3 (1-208)||(37876136-37876344)
chr3 (1-215)||(6219550-6219763)
chr3 (1-215)||(19779548-19779761)
chr3 (1-197)||(16390437-16390633)
chr3 (1-213)||(20682629-20682837)
chr3 (1-181)||(9992806-9992986)
chr3 (1-164)||(6499876-6500039)
chr3 (1-213)||(13122839-13123047)
chr3 (1-213)||(14466766-14466973)
chr3 (1-164)||(13382165-13382328)
chr3 (1-164)||(13392759-13392922)
chr3 (1-164)||(4744899-4745062)
chr3 (1-164)||(5511855-5512018)
chr3 (1-164)||(5546517-5546680)
chr3 (1-164)||(24661076-24661239)
chr3 (1-164)||(5626873-5627036)
chr3 (1-164)||(5875158-5875321)
chr3 (1-164)||(12295716-12295879)
chr3 (1-164)||(16477440-16477603)
chr3 (1-164)||(24392968-24393131)
chr3 (1-164)||(41684835-41684998)
chr3 (1-164)||(8775865-8776028)
chr3 (1-164)||(18485198-18485361)
chr3 (5-164)||(23758441-23758600)
chr3 (1-164)||(38195932-38196095)
chr3 (1-164)||(39373262-39373425)
chr3 (1-164)||(28323713-28323876)
chr3 (1-168)||(29470680-29470847)
chr3 (5-164)||(12248345-12248504)
chr3 (79-164)||(10654248-10654333)
chr3 (5-83)||(10635936-10636014)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (1-208)||(43083789-43083997)
chr2 (1-213)||(24337276-24337486)
chr2 (1-208)||(29245346-29245555)
chr2 (1-213)||(4211034-4211242)
chr2 (1-164)||(40223476-40223639)
chr2 (1-213)||(22959215-22959423)
chr2 (1-164)||(11404357-11404520)
chr2 (1-164)||(43346542-43346705)
chr2 (1-164)||(10268125-10268288)
chr2 (1-164)||(10278702-10278865)
chr2 (1-164)||(27222563-27222726)
chr2 (1-164)||(35254176-35254339)
chr2 (1-164)||(35264785-35264948)
chr2 (5-164)||(9907076-9907235)
chr2 (5-164)||(9772247-9772406)
chr2 (19-164)||(34803301-34803446)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (1-213)||(26112419-26112630)
chr8 (1-207)||(19129892-19130100)
chr8 (1-213)||(6152242-6152450)
chr8 (1-164)||(15766093-15766256)
chr8 (1-164)||(15790230-15790393)
chr8 (1-164)||(36294110-36294273)
chr8 (1-164)||(209099-209262)
chr8 (1-164)||(242993-243156)
chr8 (1-164)||(722722-722885)
chr8 (1-164)||(796363-796526)
chr8 (1-164)||(3358151-3358314)
chr8 (1-164)||(9342315-9342478)
chr8 (1-164)||(29077891-29078054)
chr8 (1-164)||(32087215-32087378)
chr8 (1-164)||(13687510-13687673)
chr8 (1-164)||(36079115-36079278)
chr8 (1-160)||(19226134-19226293)
chr8 (1-160)||(30324174-30324333)
chr8 (73-164)||(44482307-44482398)
chr8 (1-105)||(44482387-44482491)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (1-213)||(17919243-17919454)
chr4 (1-213)||(19953855-19954068)
chr4 (1-213)||(24026938-24027147)
chr4 (3-205)||(40469494-40469694)
chr4 (1-213)||(16257063-16257270)
chr4 (1-164)||(55754728-55754891)
chr4 (1-164)||(10750068-10750231)
chr4 (1-164)||(10963837-10964000)
chr4 (1-164)||(18761981-18762144)
chr4 (1-164)||(24641492-24641655)
chr4 (1-164)||(36019512-36019675)
chr4 (5-164)||(451753-451912)
chr4 (5-164)||(30935995-30936154)
chr4 (5-164)||(21997593-21997752)
chr4 (1-164)||(27657825-27657988)
[»] scaffold1216 (1 HSPs)
scaffold1216 (1-205)||(227-429)
[»] scaffold0133 (1 HSPs)
scaffold0133 (1-164)||(32314-32477)
[»] scaffold0105 (1 HSPs)
scaffold0105 (1-164)||(46494-46657)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (1-166)||(52486-52651)
[»] scaffold0906 (1 HSPs)
scaffold0906 (3-166)||(3438-3601)
[»] scaffold0747 (1 HSPs)
scaffold0747 (1-68)||(3552-3619)
[»] scaffold1002 (1 HSPs)
scaffold1002 (73-202)||(2861-2987)
[»] scaffold0398 (2 HSPs)
scaffold0398 (1-164)||(3253-3416)
scaffold0398 (86-164)||(11593-11671)
[»] scaffold0454 (2 HSPs)
scaffold0454 (73-164)||(2446-2537)
scaffold0454 (1-105)||(2526-2630)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (93-160)||(23758-23825)
[»] scaffold0199 (1 HSPs)
scaffold0199 (73-165)||(23802-23894)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 21001968 - 21002175
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21001968 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 21002067  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21002068 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 21002167  T
Q  201 ttagttgc 208  Q
    ||||||||    
T  21002168 ttagttgc 21002175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 9434589 - 9434382
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9434589 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 9434490  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9434489 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccatttttctttgcttgttttaatttttgttctaagtact 9434390  T
Q  201 ttagttgc 208  Q
    ||||||||    
T  9434389 ttagttgc 9434382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 5686885 - 5686677
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5686885 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 5686786  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacaccca-attttctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5686785 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccattttttctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 5686686  T
Q  200 tttagttgc 208  Q
    |||||||||    
T  5686685 tttagttgc 5686677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 6876803 - 6877014
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6876803 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 6876902  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6876903 tgagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacaccc-attttttttgcttgttttaatctttgttctaagtact 6877001  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  6877002 ttagttgcactgc 6877014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 19992976 - 19993171
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  19992976 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgctagaattcatgctggattcaaaagaagaatgagagaaaaggatgagttacttaagaagaagga 19993075  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagt 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  19993076 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaacactctttgcttg-tttaatttttgttctaagt 19993171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 22090532 - 22090323
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  22090532 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggcaaccagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctactcaaaaagaagga 22090433  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  22090432 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcacacc---ttttttttgcttgttttaattcttgttctacgtact 22090336  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  22090335 ttagttgcactgc 22090323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 17959635 - 17959845
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  |||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  17959635 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctgggtacaaaagaagaatgagggaaaaggatgagctactcaaaaagaagga 17959734  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||     |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17959735 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcaca--tttttttttttgcttgttttaatttttgttctaagtact 17959832  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  17959833 ttagttgcactgc 17959845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 4213377 - 4213170
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||||    
T  4213377 ctttctatccagaagaagagtacattacaagggcatcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagggaaaatgatgagctactcaagaagaagga 4213278  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  4213277 tgagaaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcac-----attttttttgcttgttttaattcttgttctaagtact 4213183  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  4213182 ttagttgcactgc 4213170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 8618743 - 8618538
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  |||| ||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  8618743 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctgggtacaaaataagaatgagggaaaaggatgagctactcaaaaagaagga 8618644  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||       ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8618643 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgc-------attttttttgcttgttttaatttttgttctaagtact 8618551  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  8618550 ttagttgcactgc 8618538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 168248 - 168040
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||  |||| || || ||||||||||| || ||||||||    
T  168248 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctgggtacaaaagaagattgagggaaaaagatgagctactcaaaaagaagga 168149  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||     |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  168148 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcacat----ttttttttgcttgttttaattgttgttctaagtact 168053  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  168052 ttagttgcactgc 168040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 1988891 - 1988728
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  1988891 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 1988792  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1988791 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 1988728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 8011647 - 8011810
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8011647 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 8011746  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8011747 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 8011810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Original strand, 2715201 - 2715360
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||     
T  2715201 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgctagaattcaggctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcaaaagaaggatgat 2715300  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2715301 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 2715360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24736076 - 24735913
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  24736076 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 24735977  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24735976 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 24735913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 9086580 - 9086417
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  9086580 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 9086481  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9086480 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 9086417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 26399656 - 26399819
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  26399656 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 26399755  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26399756 tgatcagatcaagtatctcttagaactgttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 26399819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 40051664 - 40051827
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||  ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  40051664 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaataatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 40051763  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40051764 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 40051827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 11097364 - 11097200
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaag-ggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagg 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  11097364 ctttctatccagaagaagagtacatcactagtggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagg 11097265  T
Q  100 atgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    |||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11097264 atgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 11097200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 11006540 - 11006377
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  11006540 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 11006441  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11006440 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 11006377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 26698689 - 26698852
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  26698689 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 26698788  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26698789 tgatcagatcaagtatctcttagaatagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacatccaa 26698852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 42867181 - 42867018
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  42867181 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 42867082  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42867081 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 42867018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Original strand, 466557 - 466716
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  466557 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaagatgat 466656  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  466657 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 466716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 15887206 - 15887365
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||| ||||||||||| || ||||   |||||||||  ||||| || |||||| | ||||||||  ||||||   || | || | |||| ||||||| ||    
T  15887206 ctttttatccagaagatgattacacttcaagggctgatagaattcaagctgggctgaaaagaagactgagagcacagaaagaacaacttcagaagaatga 15887305  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacac 160  Q
    ||||||  |||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  15887306 tgagcaggttaaatatctattggaacagatgtctaagctagccaaaccttagttgcacac 15887365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 5711457 - 5711419
Alignment:
Q  170 tttgcttgttttaatctttgttctaagtactttagttgc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5711457 tttgcttgttttaatctttgttctaagtactttagttgc 5711419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 9122025 - 9122232
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9122025 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 9122124  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9122125 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 9122224  T
Q  201 ttagttgc 208  Q
    ||||||||    
T  9122225 ttagttgc 9122232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 25590522 - 25590321
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  25590522 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgaacttcttaagaagaagga 25590423  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25590422 tgagcaaattaagtacctcttagaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccatttttc-ttgctagttttaatctttgttctaagtact 25590324  T
Q  201 tta 203  Q
    |||    
T  25590323 tta 25590321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 27374095 - 27373899
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  27374095 ctttctatctagaagaagagtatatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 27373996  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagt 197  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27373995 tgatcaaattaagtaccttttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaacactctttgcttgttttaatttttgttctaagt 27373899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 27464448 - 27464252
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  27464448 ctttctatctagaagaagagtatatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 27464349  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagt 197  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27464348 tgatcaaattaagtaccttttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaacactctttgcttgttttaatttttgttctaagt 27464252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 12856261 - 12856098
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  12856261 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgctagaattcaggctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 12856162  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12856161 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 12856098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 26866104 - 26865941
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  26866104 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 26866005  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26866004 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 26865941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 34816667 - 34816875
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||  |||| || || ||||||||||| || ||||||||    
T  34816667 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctgggtacaaaagaagattgagggaaaaagatgagctactcaaaaagaagga 34816766  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaa-tctttgttctaagtac 199  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  34816767 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcac-----attttttttgcttgttttaattttttgttctaagtac 34816861  T
Q  200 tttagttgctctgc 213  Q
    ||||||||| ||||    
T  34816862 tttagttgcactgc 34816875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 3662656 - 3662493
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  3662656 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 3662557  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3662556 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 3662493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 12726329 - 12726492
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  12726329 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 12726428  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12726429 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 12726492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 17983630 - 17983793
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  17983630 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 17983729  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17983730 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 17983793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 25789040 - 25788877
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  25789040 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 25788941  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25788940 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 25788877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 26026731 - 26026568
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  26026731 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 26026632  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26026631 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 26026568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27343039 - 27342876
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  27343039 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 27342940  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27342939 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 27342876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27403779 - 27403616
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  27403779 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 27403680  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27403679 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 27403616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 32971370 - 32971580
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||  |||| || || ||||||||||| || ||||||||    
T  32971370 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctgggtacaaaagaagattgagggaaaatgatgagctactcaaaaagaagga 32971469  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||     |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  32971470 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttg--catttttttttttttgcctgttttaatttttgttctaagtact 32971567  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  32971568 ttagttgcactgc 32971580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 16931706 - 16931543
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  16931706 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 16931607  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16931606 tgatcagatcaagtatctcttagaacagtngtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 16931543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 75 - 213
Target Start/End: Original strand, 7669378 - 7669513
Alignment:
Q  75 aaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt-ttctttg 173  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  7669378 aaggatgagctactcaagaagaaggatgagcaaatcaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacacccatttattctttg 7669477  T
Q  174 cttgttttaatctttgttctaagtactttagttgctctgc 213  Q
    |||||    |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7669478 cttgt----atctttgttctaagtactttagttgcactgc 7669513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 4632129 - 4632038
Alignment:
Q  73 agaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    |||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4632129 agaaggatgagctacttcagaagaaggatgaacagattagacttctcttagaacagttgaagaagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 4632038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27385655 - 27385564
Alignment:
Q  73 agaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    |||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27385655 agaaggatgagctacttcagaagaaggatgaacagattagacttctcttagaacagttgaagaagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 27385564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27476068 - 27475977
Alignment:
Q  73 agaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    |||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27476068 agaaggatgagctacttcagaagaaggatgaacagattagacttctcttagaacagttgaagaagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 27475977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 164
Target Start/End: Original strand, 32310648 - 32310739
Alignment:
Q  73 agaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    |||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310648 agaaggatgagctacttcagaagaaggatgaacagattagacttctcttagaacagttgaagaagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 32310739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 27385748 - 27385644
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||| || | | | ||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  27385748 ctttctatccagaggcagaatacatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcataagaggaagttaagagagaaggaagaactacttcagaagaagga 27385649  T
Q  101 tgagc 105  Q
    |||||    
T  27385648 tgagc 27385644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 27476161 - 27476057
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||| || | | | ||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  27476161 ctttctatccagaggcagaatacatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcataagaggaagttaagagagaaggaagaactacttcagaagaagga 27476062  T
Q  101 tgagc 105  Q
    |||||    
T  27476061 tgagc 27476057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 12359457 - 12359298
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||| || ||||   |||||||||  ||||| || || ||| | ||||| ||  ||||||  ||| ||||   |||| ||||||||||    
T  12359457 ctttctatccagaagatgattacacttcaagggctgatagaattcaagcagggctgaaaagcagattgagagcaaagaatgaagaacttcagaagaagga 12359358  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacac 160  Q
    ||| || ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  12359357 tgatcagattaaatatctattggaacagatgtctaagctagccaaaccttagttgcacac 12359298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 4632222 - 4632118
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||  ||| || | | | ||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  4632222 ctttctatccagaggcagaatacatcacaagagctgcaagaatttatgctgggcataagaggaagttaagagagaaggaagaactacttcagaagaagga 4632123  T
Q  101 tgagc 105  Q
    |||||    
T  4632122 tgagc 4632118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Original strand, 32310555 - 32310659
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||  ||| || | | | ||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  32310555 ctttctatccagaggcagaatacatcacaagagctgcaagaatttatgctgggcataagaggaagttaagagagaaggaagaactacttcagaagaagga 32310654  T
Q  101 tgagc 105  Q
    |||||    
T  32310655 tgagc 32310659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 35)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 5291837 - 5291630
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5291837 ctttctatccagaagaagagtacattataagggctgcaagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 5291738  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5291737 tgagcaaattaagtatctcttggaatagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccagttttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 5291638  T
Q  201 ttagttgc 208  Q
    ||||||||    
T  5291637 ttagttgc 5291630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 27604716 - 27604508
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27604716 ctttctatccagaagaagagtacatcacaaggactgcaagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 27604617  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt-ttctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27604616 tgagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacacccatttattctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 27604517  T
Q  200 tttagttgc 208  Q
    |||||||||    
T  27604516 tttagttgc 27604508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 40400001 - 40400207
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40400001 ctttctatccagaagaagaatacattacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 40400100  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40400101 tgagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccctagttgcaca-ccaattttttttgcttgttttaatctttattctaagtact 40400199  T
Q  201 ttagttgc 208  Q
    ||||||||    
T  40400200 ttagttgc 40400207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 39361282 - 39361495
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||    
T  39361282 ctttctacccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctactcaagaagaatga 39361381  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt-ttctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39361382 tgagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacacccttttattctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 39361481  T
Q  200 tttagttgctctgc 213  Q
    ||||||||| ||||    
T  39361482 tttagttgcactgc 39361495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 31447518 - 31447714
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  31447518 ctttctatccagaagaagagtacattacaagggctgctagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 31447617  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagt 197  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31447618 tgagcaaattaagtatattttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaacattctttgcttgttttaatttttgttctaagt 31447714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 15768374 - 15768537
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  15768374 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 15768473  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15768474 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 15768537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 37731222 - 37731059
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  37731222 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 37731123  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37731122 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 37731059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 22156086 - 22156294
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||  |||| || || ||||||||||| || ||||||||    
T  22156086 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctgggtacaaaagaagattgagggaaaaagatgagctactcaaaaagaagga 22156185  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaa-tctttgttctaagtac 199  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  22156186 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcac-----attttttttgcttgttttaattttttgttctaagtac 22156280  T
Q  200 tttagttgctctgc 213  Q
    ||||||||| ||||    
T  22156281 tttagttgcactgc 22156294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 6985332 - 6985495
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  6985332 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 6985431  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6985432 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 6985495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 9345574 - 9345737
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  9345574 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctactttagaagaagga 9345673  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9345674 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 9345737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 14039631 - 14039794
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  14039631 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 14039730  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14039731 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 14039794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 14448296 - 14448133
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  14448296 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 14448197  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14448196 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 14448133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 14559328 - 14559165
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  14559328 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 14559229  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14559228 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 14559165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 17616653 - 17616816
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |  |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  17616653 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatacaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 17616752  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17616753 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 17616816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 17728510 - 17728673
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |  |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  17728510 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatacaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 17728609  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17728610 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 17728673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 22685037 - 22685200
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  22685037 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 22685136  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22685137 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 22685200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 23305880 - 23306043
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  23305880 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 23305979  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23305980 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 23306043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 23371543 - 23371706
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  23371543 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 23371642  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23371643 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 23371706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 23706390 - 23706553
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  23706390 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 23706489  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23706490 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 23706553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27043479 - 27043316
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  27043479 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 27043380  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27043379 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 27043316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 27469595 - 27469758
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  27469595 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 27469694  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27469695 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 27469758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 30228716 - 30228553
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30228716 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 30228617  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30228616 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 30228553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 31358127 - 31358290
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |  |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  31358127 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatacaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 31358226  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31358227 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 31358290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 36583769 - 36583606
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  36583769 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 36583670  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36583669 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 36583606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 42052402 - 42052565
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  42052402 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 42052501  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42052502 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 42052565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24589324 - 24589161
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| |||||  | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  24589324 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgaggtaaaaggatgagctacttcagaagaagga 24589225  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24589224 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 24589161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24818111 - 24817948
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  24818111 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 24818012  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24818011 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 24817948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 39492157 - 39491994
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| |||||  | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  39492157 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgaggaaaaaggatgagctacttcagaagaagga 39492058  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39492057 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 39491994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 35225096 - 35225259
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  35225096 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaaggattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 35225195  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35225196 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 35225259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 15994549 - 15994390
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |   | || || || |||||||||||| ||||||| |||||     
T  15994549 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaatgatgagctacttcagaagaaagatgat 15994450  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15994449 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 15994390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 1110441 - 1110291
Alignment:
Q  18 gagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatc 117  Q
    ||||||||  ||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||  |||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1110441 gagtacatttcaaggactgctagaattcatgctgggttgaaaagtagactgagagcaaaggatgaacaacttcagaagaaggatgagcaaattaagtatc 1110342  T
Q  118 tcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatttt 168  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1110341 tattggaacagttgtataagcaagccaaaccttagttgcacacccaatttt 1110291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Original strand, 31843003 - 31843162
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  31843003 ctatccagaagaagagtacatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaagatgat 31843102  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || |||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31843103 cagatcaagtatttcttagaatagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 31843162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #33
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 20796655 - 20796818
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  ||||  |||  ||||| || || ||||| ||||||||  ||||||  |||||||| | |||| ||||||||||    
T  20796655 ctttctatccagaagatgagtacatttcaagaactgttagaattcaagccgggttgaaaagaagactgagagcaaaggatgaacaacttcagaagaagga 20796754  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  20796755 tgagcagattaaatatcttttggaacagatgtataagctagccaaaccttagttgcacacccaa 20796818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #34
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 164
Target Start/End: Original strand, 36697301 - 36697392
Alignment:
Q  73 agaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    |||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36697301 agaaggatgagctacttcagaagaaggatgaacagattagacttctcttagaacagttgaagaagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 36697392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #35
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Original strand, 36697208 - 36697312
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||  ||| || | | | ||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  36697208 ctttctatccagaggcagaatacatcacaagagctgcaagaatttatgctgggcataagaggaagttaagagagaaggaagaactacttcagaagaagga 36697307  T
Q  101 tgagc 105  Q
    |||||    
T  36697308 tgagc 36697312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19180247 - 19180040
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19180247 ctttctatctagaagaagagtatattacaagggctgcaagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 19180148  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19180147 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccagttttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 19180048  T
Q  201 ttagttgc 208  Q
    ||||||||    
T  19180047 ttagttgc 19180040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 4168563 - 4168357
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4168563 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 4168464  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4168463 tgagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacaccc-attttttttgcttgttttaatctttgttctaagtact 4168365  T
Q  201 ttagttgc 208  Q
    ||||||||    
T  4168364 ttagttgc 4168357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 5649269 - 5649480
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  5649269 ctttctacccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctactcaataagaagga 5649368  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5649369 tgagcagattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcaca-ccaattttttttgcttgttttaatctttgttctaagtact 5649467  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  5649468 ttagttgcactgc 5649480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 12622689 - 12622896
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||| |  |||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  12622689 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctggatacaaaagaagaatgagggaaaaggatgagctactcaaaaagaagga 12622788  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||     ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12622789 cgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcac-----attttttttgcttgttttaatttttgttctaagtact 12622883  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  12622884 ttagttgcactgc 12622896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 21864984 - 21864763
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  21864984 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggcaacaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctactcaaaaagaagga 21864885  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacc---------caattttctttgcttgttttaatctttgtt 191  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||            |||| |||||||||||||||  |||||    
T  21864884 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcacaccttttttttttttttttttttgcttgttttaattcttgtt 21864785  T
Q  192 ctaagtactttagttgctctgc 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  21864784 ctaagtactttagttgcactgc 21864763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 38096371 - 38096208
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  38096371 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcaaaagaagga 38096272  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38096271 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 38096208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 51655387 - 51655550
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  51655387 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 51655486  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51655487 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 51655550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 7508585 - 7508422
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  7508585 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 7508486  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7508485 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 7508422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 36245943 - 36246106
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  36245943 ctttctatccataagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 36246042  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36246043 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 36246106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 35400055 - 35400218
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  35400055 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 35400154  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35400155 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 35400218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 35647580 - 35647743
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  35647580 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 35647679  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35647680 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 35647743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 47617449 - 47617612
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  47617449 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 47617548  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47617549 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 47617612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Original strand, 153163 - 153330
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||  ||| |||| | |||| ||||||||||    
T  153163 ctttctatccagaagatgagtacatttcaaggactgctagaattcatgctgggttgaaaagtagactgagagcaaagaatgaacaacttcagaagaagga 153262  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatttt 168  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  153263 tgagcaaattaagtatctattggaacagttgtataagcaagccaaaccttagttgcacacccaatttt 153330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 5834512 - 5834349
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  5834512 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaaggattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 5834413  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5834412 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 5834349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 12731791 - 12731632
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  12731791 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaagatgat 12731692  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12731691 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 12731632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 12742384 - 12742225
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  12742384 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaagatgat 12742285  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12742284 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 12742225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 3172908 - 3172745
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||    
T  3172908 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaaggattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaaaaagaaaga 3172809  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3172808 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 3172745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 32)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 37867826 - 37867618
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37867826 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 37867727  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt-ttctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37867726 tgagcaaattaagtatcttttggaatagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacacccatttattctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 37867627  T
Q  200 tttagttgc 208  Q
    |||||||||    
T  37867626 tttagttgc 37867618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 37876344 - 37876136
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37876344 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 37876245  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt-ttctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37876244 tgagcaaattaagtatcttttggaatagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacacccatttattctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 37876145  T
Q  200 tttagttgc 208  Q
    |||||||||    
T  37876144 tttagttgc 37876136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 6219550 - 6219763
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  6219550 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagcagaagga 6219649  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6219650 tgaacaaattaagtatctcttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcaca-ccaattttttttgcttgctttaatctttgttctaagtact 6219748  T
Q  201 ttagttgctctgctt 215  Q
    |||||||| ||||||    
T  6219749 ttagttgcactgctt 6219763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 19779761 - 19779548
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19779761 ctttctatccagaagaagagtacatcataagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 19779662  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19779661 tgagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacaccc-tttttttttgcttgttttaatctttgttctaagtact 19779563  T
Q  201 ttagttgctctgctt 215  Q
    |||||||| ||||||    
T  19779562 ttagttgcactgctt 19779548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 16390437 - 16390633
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  16390437 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggcagccagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 16390536  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  16390537 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccgacattctttgcttgttttaatttttgctctaagt 16390633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 20682629 - 20682837
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  20682629 ctttctatacagaagaagagtacatcacaagggcatcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctactcaagaagaagga 20682728  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||     |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20682729 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcacat----ttttttttgcttgttttaatttttgttctaagtact 20682824  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  20682825 ttagttgcactgc 20682837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Original strand, 9992806 - 9992986
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9992806 ctttctatcccgaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 9992905  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgtttt 181  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||    
T  9992906 tgatcatatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaacactcttagcttgtttt 9992986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 6499876 - 6500039
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  6499876 ctttctatcaagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 6499975  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6499976 tgatcagatcaagtatcttttggaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 6500039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 13123047 - 13122839
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||||  ||||||||  |||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  13123047 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcattctgggtacaaaagaagattgagggaaaaggatgagctactcaaaaagaagga 13122948  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||     |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13122947 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcacat----ttttttttgcttgttttaatttttgttctaagtact 13122852  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  13122851 ttagttgcactgc 13122839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 14466973 - 14466766
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||  |||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  14466973 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctgggtacaaaagaagattgagggaaaaggatgagctactcaaaaagaagga 14466874  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||     ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  14466873 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcac-----attttttttgcttgttttaatttttgttctaactact 14466779  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    ||| |||| ||||    
T  14466778 ttacttgcactgc 14466766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 13382165 - 13382328
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  13382165 ctttctatccagaggaagagtacatcacaagggctgctagaattcaggctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 13382264  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13382265 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 13382328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 13392759 - 13392922
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  13392759 ctttctatccagaggaagagtacatcacaagggctgctagaattcaggctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 13392858  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13392859 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 13392922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 4745062 - 4744899
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  4745062 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 4744963  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4744962 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 4744899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 5512018 - 5511855
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  5512018 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 5511919  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5511918 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 5511855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 5546517 - 5546680
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  5546517 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 5546616  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5546617 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 5546680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24661239 - 24661076
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  24661239 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 24661140  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24661139 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 24661076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 5626873 - 5627036
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  5626873 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 5626972  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5626973 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 5627036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 5875158 - 5875321
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||  ||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  5875158 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacaaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 5875257  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5875258 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 5875321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 12295716 - 12295879
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  12295716 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 12295815  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12295816 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 12295879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 16477603 - 16477440
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  16477603 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 16477504  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16477503 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 16477440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 24392968 - 24393131
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  24392968 ctttctattcagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 24393067  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24393068 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 24393131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 41684998 - 41684835
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  41684998 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 41684899  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41684898 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 41684835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 8776028 - 8775865
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  8776028 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 8775929  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8775928 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 8775865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 18485361 - 18485198
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  18485361 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 18485262  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18485261 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 18485198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 23758600 - 23758441
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| |||||||||||||     
T  23758600 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaggatgat 23758501  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23758500 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 23758441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 38196095 - 38195932
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  38196095 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 38195996  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38195995 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 38195932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 39373425 - 39373262
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  39373425 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 39373326  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39373325 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 39373262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 28323713 - 28323876
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  28323713 ctttctatcctgaagaagagtatatctcaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 28323812  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28323813 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 28323876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Original strand, 29470680 - 29470847
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||  ||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||  |||||||| | |||| ||||||||||    
T  29470680 ctttctatccagaagatgaggacatttcaaggactgctagaattcatgctgggttgaaaagtagactgagagcaaaggatgaacaacttcagaagaagga 29470779  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatttt 168  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29470780 tgagcaaattaagtatctattggaacagttgtataagcaagccaaaccttagttgcacacccaatttt 29470847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Original strand, 12248345 - 12248504
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| |||||||||||||     
T  12248345 ctatccagaagaagaatacatcacaagggctgctagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaggatgat 12248444  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12248445 cagatcaagcatctcttagaacagttgtttaagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 12248504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 79 - 164
Target Start/End: Original strand, 10654248 - 10654333
Alignment:
Q  79 atgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10654248 atgagctacttcagaagaaagatgatcaaatcaagtatctcttagaatagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 10654333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 83
Target Start/End: Original strand, 10635936 - 10636014
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgag 83  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |  |||||||| |||||||||    
T  10635936 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaaatgagagaaaaggatgag 10636014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 43083997 - 43083789
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43083997 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgttgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 43083898  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt-ttctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43083897 tgagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacacccatttattctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 43083798  T
Q  200 tttagttgc 208  Q
    |||||||||    
T  43083797 tttagttgc 43083789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 24337276 - 24337486
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  24337276 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctactcaagaagaagga 24337375  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24337376 tgagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcaca-ccaatttt-tttgcttgttttaatctttgttctaagtact 24337473  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  24337474 ttagttgcactgc 24337486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 29245555 - 29245346
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29245555 ctttctatccagaagaagagtacattacaagggctgcaagaattcatgctgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 29245456  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacaccca--attttctttgcttgttttaatctttgttctaagta 198  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29245455 tgagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacacccatttttttctttgcttgttttaatctctgttctaagta 29245356  T
Q  199 ctttagttgc 208  Q
     |||||||||    
T  29245355 ttttagttgc 29245346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 4211242 - 4211034
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||| |  |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  4211242 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctggatacaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctactcaaaaagaagga 4211143  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    |  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4211142 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgca----cttttttttttgcttgttttaatttttgttctaagtact 4211047  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  4211046 ttagttgcactgc 4211034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 40223639 - 40223476
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  40223639 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgctagaattcaggctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 40223540  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40223539 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 40223476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 22959215 - 22959423
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||  |||| || || ||||||||||| || ||||||||    
T  22959215 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctgggtacaaaagaagattgagggaaaaagatgagctactcaaaaagaagga 22959314  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaa-tctttgttctaagtac 199  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  22959315 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcac-----attttttttgcttgttttaattttttgttctaagtac 22959409  T
Q  200 tttagttgctctgc 213  Q
    ||||||||| ||||    
T  22959410 tttagttgcactgc 22959423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 11404357 - 11404520
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  11404357 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 11404456  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11404457 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 11404520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 43346705 - 43346542
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  43346705 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 43346606  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43346605 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 43346542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 10268288 - 10268125
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| |||| |||||    
T  10268288 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaaaaagga 10268189  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10268188 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 10268125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 10278865 - 10278702
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| |||| |||||    
T  10278865 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaaaaagga 10278766  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10278765 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 10278702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27222726 - 27222563
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  27222726 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 27222627  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27222626 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 27222563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 35254339 - 35254176
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  35254339 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 35254240  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35254239 tgaacagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 35254176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 35264948 - 35264785
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  35264948 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 35264849  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35264848 tgaacagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 35264785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Original strand, 9907076 - 9907235
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| |||||||||||||     
T  9907076 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaggatgat 9907175  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9907176 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagtaagcccaaccttagttgcacacccaa 9907235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Original strand, 9772247 - 9772406
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  9772247 ctatccagaagaagagtacatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaagatgat 9772346  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9772347 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 9772406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 164
Target Start/End: Original strand, 34803301 - 34803446
Alignment:
Q  19 agtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatct 118  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| || || ||||||||    
T  34803301 agtacatcacaagggttgctagaattcaggctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgaactacttcagaagaaggatgatcagatcaagtatct 34803400  T
Q  119 cttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34803401 cttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 34803446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 26112630 - 26112419
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  26112630 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagcagaagga 26112531  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26112530 tgaacaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacaccc-attttttttgcttgttttaatctttgttctaagtact 26112432  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  26112431 ttagttgcactgc 26112419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 19130100 - 19129892
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19130100 ctttctatccagaagaagagtacattacaagggctgcaagaattcatgttgggtttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttaagaagaagga 19130001  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacaccca--attttctttgcttgttttaatctttgttctaagta 198  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19130000 tcagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacacccatttttttctttgcttgttataatctttgttctaagta 19129901  T
Q  199 ctttagttg 207  Q
     ||||||||    
T  19129900 ttttagttg 19129892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 6152450 - 6152242
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||  |||| || |||||||||||||| || |||||| |    
T  6152450 ctttctatcgagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctgggtacaaaagaagattgagggaaaaggatgagctactcaaaaagaagaa 6152351  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||     |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6152350 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcacat----ttttttttgcttgttttaatttttgttctaagtact 6152255  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  6152254 ttagttgcactgc 6152242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 15766093 - 15766256
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  15766093 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgctagaattcaggctgggtataaaagaagaatgagggaaaagaatgagctactttagaagaagga 15766192  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15766193 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 15766256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 15790230 - 15790393
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  15790230 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgctagaattcaggctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctactttagaagaagga 15790329  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| |  || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15790330 tgatcggatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 15790393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 36294273 - 36294110
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  36294273 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 36294174  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36294173 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 36294110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 209099 - 209262
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  209099 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 209198  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  209199 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 209262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 243156 - 242993
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  243156 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 243057  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  243056 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 242993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 722722 - 722885
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  722722 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 722821  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  722822 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 722885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 796526 - 796363
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  796526 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 796427  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  796426 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 796363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 3358151 - 3358314
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  3358151 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 3358250  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3358251 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 3358314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 9342478 - 9342315
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  9342478 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 9342379  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9342378 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 9342315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 29078054 - 29077891
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  29078054 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 29077955  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29077954 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 29077891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 32087215 - 32087378
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  32087215 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 32087314  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32087315 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 32087378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 13687510 - 13687673
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  13687510 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 13687609  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13687610 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 13687673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 36079278 - 36079115
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  36079278 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 36079179  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36079178 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 36079115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 19226293 - 19226134
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||| || ||||   |||||||||  ||||| || |||||| | ||||||||  ||||||   || | || | |||| ||||||||||    
T  19226293 ctttctatccagaagatgattacacttcaagggctgatagaattcaagctgggctgaaaagaagactgagagcacagaaagaacaacttcagaagaagga 19226194  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacac 160  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  19226193 tgagcagattaaatatctattggaacagatgtctaagctagccaaaccttagttgcacac 19226134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 30324174 - 30324333
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||| ||||||||||| || ||||   |||||||||  ||||| || |||||| | ||||||||  ||||||   ||  ||| | |||| ||||||||||    
T  30324174 ctttttatccagaagatgattacacttcaagggctgatagaattcaagctgggctgaaaagaagagtgagagcacagactgaacaacttcagaagaagga 30324273  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacac 160  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30324274 tgagcagattaaatatcttttggaacagatgtctaagctagccaaaccttagttgcacac 30324333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 44482398 - 44482307
Alignment:
Q  73 agaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    |||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44482398 agaaggatgagctacttcagaagaaggatgaacagattagacttctcttagaacagctgaagaagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 44482307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 44482491 - 44482387
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||  ||| || | | | ||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  44482491 ctttctatccagaggcagaatacatcacaagagctgcaagaatttatgctgggcataagaggaagttaagagagaaggaagaactacttcagaagaagga 44482392  T
Q  101 tgagc 105  Q
    |||||    
T  44482391 tgagc 44482387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 17919454 - 17919243
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  17919454 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctactcaagaagaagga 17919355  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17919354 tgagcaaatcaagtatcttttggaacagatgtacaagaaagcccaaccttagttgcaca-cctattttttttgcttgttttaatctttgttctaagtact 17919256  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  17919255 ttagttgcactgc 17919243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 19953855 - 19954068
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||    
T  19953855 ctttctacccagaagaatagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaataagggaaaaggatgagctactcaagaagaagga 19953954  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt-ttctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19953955 tgagcaaattaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagtccaaccttagttgcacacccatttattctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 19954054  T
Q  200 tttagttgctctgc 213  Q
    ||||||||| ||||    
T  19954055 tttagttgcactgc 19954068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 24026938 - 24027147
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  24026938 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggtataaaagaagaatgagggaaaaggatgagctactcaagaagaagga 24027037  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt-ttctttgcttgttttaatctttgttctaagtac 199  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  24027038 tgagcaaatcaagtatcttttggaacagatgtacaagcaagcccaaccttagttgcacacccatttattctttgcttgt----atctttgttctaagtac 24027133  T
Q  200 tttagttgctctgc 213  Q
    ||||||||| ||||    
T  24027134 tttagttgcactgc 24027147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 3 - 205
Target Start/End: Original strand, 40469494 - 40469694
Alignment:
Q  3 ttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatg 102  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40469494 ttctatctagaagaagagtacattacaagggctgctagaattcatgctggatttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaaggatg 40469593  T
Q  103 agcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtacttt 202  Q
    ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||| || |||    
T  40469594 agcaaattaagtaccttttggaacaaatgtataagcaagccaaaccttagttgcacaccc-attttttttgcttg-tttaatttttgttctaaatatttt 40469691  T
Q  203 agt 205  Q
    |||    
T  40469692 agt 40469694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 16257270 - 16257063
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||  |||| || || ||||||||||| || ||||||||    
T  16257270 ctttctatccagaagaagagtacatctcaagggcaacaagaattcatgctgggtacaaaagaagattgagggaaaaagatgagctactcaaaaagaagga 16257171  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||     ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16257170 tgagcaaatcaagtatctattggaacagatgtacaagcaaacccaaccttagttgcac-----attttttttgcttgttttaatttttgttctaagtact 16257076  T
Q  201 ttagttgctctgc 213  Q
    |||||||| ||||    
T  16257075 ttagttgcactgc 16257063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 55754728 - 55754891
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  55754728 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 55754827  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55754828 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 55754891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 10750068 - 10750231
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10750068 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 10750167  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10750168 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtctaagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 10750231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 10963837 - 10964000
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10963837 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 10963936  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10963937 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtctaagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 10964000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 18761981 - 18762144
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  18761981 ctttctatccagaagaggaatacatcacatgggctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 18762080  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18762081 tgaacaaatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 18762144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 24641655 - 24641492
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  24641655 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 24641556  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24641555 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 24641492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 36019675 - 36019512
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  36019675 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatataaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcagaagaagga 36019576  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36019575 tgatcagatcaagtatctcttagaacaattgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 36019512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 451912 - 451753
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  451912 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaagatgat 451813  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  451812 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 451753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Original strand, 30935995 - 30936154
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  30935995 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgctgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaagatgat 30936094  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30936095 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 30936154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 21997752 - 21997593
Alignment:
Q  5 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatgag 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||| |   | || || ||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  21997752 ctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaattcatgttgggcataaaaggaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaagatgat 21997653  T
Q  105 caaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21997652 cagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 21997593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27657988 - 27657825
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||    
T  27657988 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaaggattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaaaaagaaaga 27657889  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27657888 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 27657825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1216 (Bit Score: 129; Significance: 7e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold1216
Description:

Target: scaffold1216; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 429 - 227
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  429 ctttctatccataagaagagtacattacaagggctgctagaattcatgctggatttaaaagaagaatgagagaaaaggatgagctacttcagaagaagga 330  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttctttgcttgttttaatctttgttctaagtact 200  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |    
T  329 tgagcaaattaagtaccttttggaacaaatgtataagcaagccaaaccttagttgcacaccc-atcttctttgcttg-tttaatttttgttctaagtatt 232  T
Q  201 ttagt 205  Q
    |||||    
T  231 ttagt 227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0133
Description:

Target: scaffold0133; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 32477 - 32314
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||| | ||||||||    
T  32477 ctttctatccagaagaagagtacatcactagggctgctagaattcaggctggatttaaacgaagaatgagggaaaaggatgagctacttcaaaagaagga 32378  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32377 tgatcagatcaagtatctcttagaacagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 32314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 46494 - 46657
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  46494 ctttctatcctgaagaagagtatatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcatgtaagaagaatgagggaaaaggatgagctacttaagaagaaaga 46593  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46594 tgaacagatcaagtatctcttagaacagctgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 46657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 94; Significance: 5e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Original strand, 52486 - 52651
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||  |||||||| | |||| ||||||||||    
T  52486 ctttctatccagaagatgagtacatttcaaggactgctagaattcatgctgggttgaaaagtagactgagagcaaaggatgaacaacttcagaagaagga 52585  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  52586 tgagcaaattaagtatctattggaacagatgtataagcaagtcaaaccttagttgcacacccaatt 52651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0906 (Bit Score: 72; Significance: 7e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0906
Description:

Target: scaffold0906; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 166
Target Start/End: Original strand, 3438 - 3601
Alignment:
Q  3 ttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaaggatg 102  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||| ||||   | || || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3438 ttctacccagaggaagaatacatcacaagagctgcaagaattcatgctgggcataagagaaaattaagggaaaaggatgagctacttcagaagaaggatg 3537  T
Q  103 agcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt 166  Q
    | || || |  |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3538 atcagatcagatatctcttagagcagttgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaatt 3601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0747 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0747
Description:

Target: scaffold0747; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 3619 - 3552
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatg 68  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3619 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagagctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatg 3552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1002 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold1002
Description:

Target: scaffold1002; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 73 - 202
Target Start/End: Original strand, 2861 - 2987
Alignment:
Q  73 agaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaattttcttt 172  Q
    |||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    ||    
T  2861 agaaggatgaacaacttcagaagaaggatgagcagattaaatatctactggaacagatgtctaagctagccaaaccttagttgcacacccaatt---gtt 2957  T
Q  173 gcttgttttaatctttgttctaagtacttt 202  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||    
T  2958 gcttgtttagatttttgttctaagtacttt 2987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0398 (Bit Score: 56; Significance: 2e-23; HSPs: 2)
Name: scaffold0398
Description:

Target: scaffold0398; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Original strand, 3253 - 3416
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    |||| ||||||||||| || |||||  |||| ||||  ||||| || |||||| | ||||||||  | ||||   || |||| | |||| ||||||||||    
T  3253 ctttttatccagaagatgattacatttcaagagctgatagaattcaagctgggctgaaaagaagactaagagcacagaatgaacaacttcagaagaagga 3352  T
Q  101 tgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  3353 tgagcagattaaatatctattggaacagatgtataagctagccaaaccttagttgcacacccaa 3416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0398; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 86 - 164
Target Start/End: Original strand, 11593 - 11671
Alignment:
Q  86 acttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  11593 acttcagaagaaggatgagcagattaaatatctattggaacagatgtataagctagccaaaccttagttgcacacccaa 11671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 2537 - 2446
Alignment:
Q  73 agaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 164  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    |||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2537 agaaggatgagctacttcagaagaaggatgaacagattagacttctcttagaacagttgaagaagcaagcccaaccttagttgcacacccaa 2446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 2630 - 2526
Alignment:
Q  1 ctttctatccagaagaagagtacatcacaagggctgcaagaatacatgctgggtttaaaagaaggatgagagagaaggatgagctacttaagaagaagga 100  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||  ||| || | | | ||||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  2630 ctttctatccagaggcagaatacatcacaagagctgcaagaatttatgctgggcataagaggaagttaagagagaaggaagaactacttcagaagaagga 2531  T
Q  101 tgagc 105  Q
    |||||    
T  2530 tgagc 2526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 44; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 93 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 23825 - 23758
Alignment:
Q  93 aagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacac 160  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  23825 aagaaggatgagcagattaaatatcttttggaacagatgtctaagctagccaaaccttagttgcacac 23758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0199 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0199
Description:

Target: scaffold0199; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 23894 - 23802
Alignment:
Q  73 agaaggatgagctacttaagaagaaggatgagcaaattaagtatctcttggaacagatgtataagcaagcccaaccttagttgcacacccaat 165  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||   ||||||| || ||| |  | || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23894 agaaggatgagctacttcagaagaaggatgaacagattagacatctcttagagcagttaaagaaacaagcccaaccttagttgcacacccaat 23802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University