View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10236_high_1 (Length: 757)

Name: NF10236_high_1
Description: NF10236
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10236_high_1
NF10236_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-739)||(42444104-42444839)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 739
Target Start/End: Original strand, 42444104 - 42444839
Alignment:
Q  8 aaactaagctaaacagaatatggtaggtaggaacaacaagacaacaacaaccttttaaaaacaaatactaatcattgttgccgacttaagaataaatata 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444104 aaactaagctaaacagaatatggtaggtaggaacaacaagacaacaacaaccttttaaaaacaaatactagtcattgttgccgacttaagaataaatata 42444203  T
Q  108 cactacatgaatcatgacatatataatataaccatgccagccagcaaaaagtgttacttacaaagttacatataaatatataatcattgtgaatgtatt- 206  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42444204 caccacatgaatcatgacatatataatataaccatgctagccagcaaaaagtgttacttacaaagttacatataaatatataatcattgtgaatgtattt 42444303  T
Q  207 ---tagagcacacctctttcattcttccatcaagcagaaagtaaagtttctcttgaacatggattatttccttttcattgctctcactttcgtgttgagt 303  Q
       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444304 atttagagcacacttctttcattcttccatcaagcagaaagtaaagtttctcttgaacatggattatttccttttcattgctctcactttcgtgttgagt 42444403  T
Q  304 ttccatattcattttactcaaggaagtgaactgcaccctaccgctcggagtactgagacaagcacttcaaaaatatacattatccatgtgaataagccag 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444404 ttccatattcattttactcaaggaagtgaactgcaccctaccgctcggagtactgagacaagcacttcaaaaatatacattatccatgtgaataagccag 42444503  T
Q  404 agggtaagctattcactcaatcagaagaagatttagaaagctggcatcattcattcatgccaactacggttatgagctctgatgaacaaccgcgaatgat 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444504 agggtaagctattcactcaatcagaagaagatttagaaagctggcatcattcattcatgccaactacggttatgagctctgatgaacaaccgcgaatgat 42444603  T
Q  504 ttattcatacagaaatgtgttgagtggttttgccgcaagactaactcaagaagagttgagagctgttgaacagaagaatggttttgtttcagctcatccc 603  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444604 ttattcataccgaaatgtgttgagtggttttgccgcaagactaactcaagaagagttgagagctgttcaacagaagaatggttttgtttcagctcatccc 42444703  T
Q  604 gaaaggacactacgtcgtcaaaccacacataccccagatttcttggggttgcagcaaaatatcggattttggaaggaatcaaattttggaaagggaatta 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444704 gaaaggacactacgtcgtcaaaccacacataccccagatttcttggggttgcagcaaaatatcggatcttggaaggaatcaaattttggaaagggaatta 42444803  T
Q  704 ttattggtgttctagattcaggaatcacacctgatg 739  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444804 ttattggtgttctagattcaggaatcacacctgatg 42444839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University