View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10236_high_2 (Length: 737)

Name: NF10236_high_2
Description: NF10236
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10236_high_2
NF10236_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-721)||(42444978-42445698)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 721
Target Start/End: Original strand, 42444978 - 42445698
Alignment:
Q  1 aagctgaagcaccaattgatgaggatggacacaggactcacacagcaagtacagcggctggtgcttttgtcgacaatgcagaagtgctaggaaatgctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42444978 aagctgaagcaccaattgatgaggatggacacgggactcacacagcaagtacagcggctggtgcttttgtcgaaaatgcagaagtgctaggaaatgctaa 42445077  T
Q  101 aggtacggcagcagggatggctcctcctgctcacctagcaatttacaaagtgtgctttggagaagactgtgccgagagtaatatacttgcggcattagat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445078 aggtacggcagcagggatggctcctcatgctcacctagcaatttacaaagtgtgctttggagaagactgtgccgagagtaatatacttgcggcattagat 42445177  T
Q  201 gcagctgtggaggatggtgtggatgtaatatcgatatcacttggtctaagtgagcctcctccatttttcaatgatagcactgccataggcgcttttgcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445178 gcagctgtggaggatggtgtggatgtaatatcgatatcacttggtctaagtgagcctcctccatttttcaatgatagcactgccataggcgcttttgcag 42445277  T
Q  301 caattcagaagggaatctttgtaagtattgcagcaggaaactttggtccttctgatgcctccttggttaatggagccccatggatgctcacagttggagc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445278 caattcagaagggaatctttgtaagtattgcagcaggaaactttggtccttctgatgcctccttggttaatggagccccatggatgctcacagttggagc 42445377  T
Q  401 aagcactattgacagaaccattgtggcaacagcagtgcttggaaatggggaagaatttgagggcgaatctgttttccagccttccgatttctctccaaca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445378 aagcactattgacagaaccattgtggcaacagcagtgcttggaaatggggaagaatttgagggcgaatctgttttccagccttccgatttctctccaaca 42445477  T
Q  501 ctgttgcccttagcatatgcaggaataaatggcaaagtagaatcttcattttgtgctaatggatccttgagtgacattgacttcagaggaaaggttgttt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445478 ctgttgcccttagcatatgcaggaataaatggcaaagtagaatcttcattttgtgctaatggatccttgagtgacattgacttcagaggaaaggttgttt 42445577  T
Q  601 tgtgtgagaggggagggggtataggaagaattgccaaaggacaggaagtacaaagagcaggtggtgccgccatgattctcatgaatgatgaactcaatgg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445578 tgtgtgagaggggagggggtataggaagaattgccaaaggacaggaagtacaaagagcaggtggtgccgccatgattctcatgaatgatgaactcaatgg 42445677  T
Q  701 tttcagtctctcagctgatgt 721  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  42445678 tttcagtctctcagctgatgt 42445698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University