View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10238_low_3 (Length: 291)

Name: NF10238_low_3
Description: NF10238
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10238_low_3
NF10238_low_3
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (18-277)||(13244554-13244813)
chr1 (18-267)||(12963908-12964157)
chr1 (18-267)||(13271496-13271745)
chr1 (18-248)||(13080898-13081128)
chr1 (28-277)||(30368151-30368400)
chr1 (18-277)||(19279201-19279460)
chr1 (36-267)||(13086017-13086248)
chr1 (18-277)||(13094299-13094558)
chr1 (29-257)||(13007120-13007348)
chr1 (34-277)||(13100901-13101143)
chr1 (18-277)||(13129728-13129987)
chr1 (29-277)||(13070220-13070468)
chr1 (29-257)||(13204379-13204607)
chr1 (34-277)||(13161421-13161664)
chr1 (34-240)||(13065262-13065468)
chr1 (67-128)||(13895938-13895999)
chr1 (67-128)||(13888705-13888766)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (56-173)||(341825-341942)
chr6 (56-173)||(377541-377658)
chr6 (167-258)||(31380253-31380344)
chr6 (87-172)||(346845-346930)
chr6 (87-172)||(355504-355589)
chr6 (56-151)||(337787-337882)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (85-244)||(12164206-12164365)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (67-115)||(36668187-36668235)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (75-115)||(29669296-29669336)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 277
Target Start/End: Original strand, 13244554 - 13244813
Alignment:
Q  18 agtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagc 117  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13244554 agtggagaacatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagc 13244653  T
Q  118 ctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatat 217  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13244654 ctgaaagatggatatcagctagaggagggattataaatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatct 13244753  T
Q  218 tagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 277  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13244754 tagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggt 13244813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 267
Target Start/End: Original strand, 12963908 - 12964157
Alignment:
Q  18 agtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagc 117  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12963908 agtggagaccatgttagtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagc 12964007  T
Q  118 ctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatat 217  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||  ||| |||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12964008 ctgaaagatggatatcaaatagaggagaaattatacaagtgccatcttataagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatat 12964107  T
Q  218 tagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttc 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||| ||||||||||    
T  12964108 tagctttgttcaaatgaaaatggttgctgctaatgtgttgtggaagtttc 12964157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 13271745 - 13271496
Alignment:
Q  18 agtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |  ||||||||||| |||||||    
T  13271745 agtggacaccatgttggtccaaacacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgattgcttggagtttaagc 13271646  T
Q  118 ctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatat 217  Q
    |||| ||||||||||| | || ||||   ||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  13271645 ctgagagatggatatcagataaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagctgtcttgggaaagatat 13271546  T
Q  218 tagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttc 267  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  13271545 tagctttattcaaatgaaaatggttgcagcttctgtattatggaagtttc 13271496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 248
Target Start/End: Original strand, 13080898 - 13081128
Alignment:
Q  18 agtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagc 117  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  13080898 agtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagc 13080997  T
Q  118 ctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatat 217  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||   ||| |||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  13080998 ctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagtgccgtcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccaagaagctgtcttgggaaagatat 13081097  T
Q  218 tagctttgttcaaatgaaaatggttgcagct 248  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  13081098 tagttttcttcaaatgaaaatggttgcagct 13081128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 28 - 277
Target Start/End: Original strand, 30368151 - 30368400
Alignment:
Q  28 atgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatg 127  Q
    ||||| |||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  30368151 atgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaaaaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatg 30368250  T
Q  128 gatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgtt 227  Q
    | |||| |  ||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||| |||| || |||    
T  30368251 ggtatcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgtt 30368350  T
Q  228 caaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 277  Q
    |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||||    
T  30368351 caaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggt 30368400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 277
Target Start/End: Original strand, 19279201 - 19279460
Alignment:
Q  18 agtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagc 117  Q
    |||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||  ||    
T  19279201 agtggagaccatgttagtctaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggc 19279300  T
Q  118 ctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatat 217  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||   ||| ||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | || ||||||||    
T  19279301 ctgagagatggatatcggatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatat 19279400  T
Q  218 tagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 277  Q
    ||  ||  ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| ||||||    
T  19279401 tactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcgcatacaggt 19279460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 36 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 13086248 - 13086017
Alignment:
Q  36 ccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcgg 135  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||| |||| ||||||||||| || ||||||||||| |    
T  13086248 ccaaatactaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatggatatcag 13086149  T
Q  136 ttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaa 235  Q
     || ||||   ||| | ||||| || |||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13086148 ataaaggacatattttgcatgtaccatcttgcaagttcatagcatttaatgcaggtcctcgaagttgtcttgggaaagatattagcattgttcaaatgaa 13086049  T
Q  236 aatggttgcagcttctttgttatggaagtttc 267  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  13086048 aatggttgcagctgctatgttatggaagtttc 13086017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 13094558 - 13094299
Alignment:
Q  18 agtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagc 117  Q
    |||||| ||||||||  |||||||||||  || || || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13094558 agtggataccatgttactccaaatacaactttaatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagc 13094459  T
Q  118 ctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatat 217  Q
    |||| ||||||||||| |  || ||||  ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||| || |||| |||||| || ||||||||    
T  13094458 ctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatat 13094359  T
Q  218 tagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 277  Q
    ||| ||  |||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||| || ||||||    
T  13094358 tagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggt 13094299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 29 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 13007348 - 13007120
Alignment:
Q  29 tgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatgg 128  Q
    |||| |||||||||||| |||  | || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13007348 tgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgg 13007249  T
Q  129 atatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttc 228  Q
     | || |  ||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||  |||    
T  13007248 gtgtcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtatgggcaaggatattagcttcattc 13007149  T
Q  229 aaatgaaaatggttgcagcttctttgtta 257  Q
    ||||||| ||||| |||||  ||||||||    
T  13007148 aaatgaagatggtcgcagcagctttgtta 13007120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 34 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 13101143 - 13100901
Alignment:
Q  34 gtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatc 133  Q
    |||||||||||| |||  | || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | ||    
T  13101143 gtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtc 13101044  T
Q  134 ggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatg 233  Q
     |  ||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||    
T  13101043 agagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaat-caggacctagaagttgtatgggtaaggatattagcttcattcaaatg 13100945  T
Q  234 aaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 277  Q
    || ||||| |||||| ||||||||  |||||||| || ||||||    
T  13100944 aagatggtcgcagctgctttgttaccgaagtttcacatacaggt 13100901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 13129987 - 13129728
Alignment:
Q  18 agtggacaccatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagc 117  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||  ||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13129987 agtggataccatgttagtccaaatacaactttgatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagc 13129888  T
Q  118 ctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatat 217  Q
    |||| ||||||||||| |  || ||||  ||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||  |||| || |||| |||||| || |||||| |    
T  13129887 ctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcgtagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatct 13129788  T
Q  218 tagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 277  Q
    ||| ||  |||||||||| ||||| |||||| ||||||||  |||||||| || ||||||    
T  13129787 tagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggt 13129728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 29 - 277
Target Start/End: Original strand, 13070220 - 13070468
Alignment:
Q  29 tgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatgg 128  Q
    |||| |||||||||||| |||  | || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13070220 tgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgg 13070319  T
Q  129 atatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttc 228  Q
     |||| |  | ||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | || |||||| |||| ||  |||    
T  13070320 gtatcagagacaggacacattatacatgttccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtccgagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattc 13070419  T
Q  229 aaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 277  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||  |||||||| || ||||||    
T  13070420 aaatgaagatggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggt 13070468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 29 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 13204607 - 13204379
Alignment:
Q  29 tgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatgg 128  Q
    |||| |||||||||||| |||  | || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13204607 tgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgg 13204508  T
Q  129 atatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttc 228  Q
     |||| |  | ||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||| |||| ||  |||    
T  13204507 gtatcagagacaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattc 13204408  T
Q  229 aaatgaaaatggttgcagcttctttgtta 257  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  13204407 aaatgaagatggtcgcagctgctttgtta 13204379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 34 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 13161664 - 13161421
Alignment:
Q  34 gtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatc 133  Q
    ||||||||||||  || || || ||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  13161664 gtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatc 13161565  T
Q  134 ggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatg 233  Q
     |  || ||||  ||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||  |||| || |||| |||||| || |||||| |||| ||  ||||||||    
T  13161564 tgagaggggagatattatacatgtaccttcttacaagttcatatctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatg 13161465  T
Q  234 aaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcacacaggt 277  Q
    || ||||| |||||| |||||||| ||||||||| || ||||||    
T  13161464 aagatggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggt 13161421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 34 - 240
Target Start/End: Original strand, 13065262 - 13065468
Alignment:
Q  34 gtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatc 133  Q
    |||||||||||| | |  |||| | ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  13065262 gtccaaatacaaggatattatactatttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatc 13065361  T
Q  134 ggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatg 233  Q
        || |||   ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||||||| | ||| ||| |||||    
T  13065362 aaaaagcggacaaattatacatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcagggccaagaagttgtttgggtaaagatatcaccttcgttgaaatg 13065461  T
Q  234 aaaatgg 240  Q
    || ||||    
T  13065462 aagatgg 13065468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 67 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 13895999 - 13895938
Alignment:
Q  67 caatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatgg 128  Q
    |||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  13895999 caatgggaagaatggaaaacatatggggaaaagattgcttggagttcaagccagaaagatgg 13895938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 128
Target Start/End: Original strand, 13888705 - 13888766
Alignment:
Q  67 caatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatgg 128  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  13888705 caatgggaagaatggaaagcatatggggaaaagattgcttggagttcaagccagaaagatgg 13888766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 56 - 173
Target Start/End: Original strand, 341825 - 341942
Alignment:
Q  56 ttctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacat 155  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||| | || |||||| ||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |  ||||||||||||||  ||    
T  341825 ttctttgtatgcaatgggaagggatgaaaatatttggggaaaagattgcttggagtttaagccagagaggtggatttctgagagaggaggcattgtttat 341924  T
Q  156 gtcccgtcttacaagttc 173  Q
    |  |||||||||||||||    
T  341925 gcgccgtcttacaagttc 341942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 173
Target Start/End: Original strand, 377541 - 377658
Alignment:
Q  56 ttctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacat 155  Q
    |||||||||| ||||||| ||  | ||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||  ||||||| |||    
T  377541 ttctttgtattcaatggggagatttgaagagatatggggagaagattgcttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggtagcattgttcat 377640  T
Q  156 gtcccgtcttacaagttc 173  Q
    |  |||||||| ||||||    
T  377641 gaaccgtcttataagttc 377658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 167 - 258
Target Start/End: Original strand, 31380253 - 31380344
Alignment:
Q  167 caagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttat 258  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||  ||||||||||||| |||||| |||| ||  ||||||| || |||  ||| |||||||||||||    
T  31380253 caagttcatatctttcaatacaggacccggaagttgtattggtaaagatcttagtttcattcaaattaagatgtctgcggcttctttgttat 31380344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 346930 - 346845
Alignment:
Q  87 atatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagtt 172  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||| |||   || |||||||||||    
T  346930 atatggggaaaagattgtttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggaggcattgttcatacaccatcttacaagtt 346845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 355589 - 355504
Alignment:
Q  87 atatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagtt 172  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||| |||   || |||||||||||    
T  355589 atatggggaaaagattgtttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggaggcattgttcatacaccatcttacaagtt 355504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 56 - 151
Target Start/End: Original strand, 337787 - 337882
Alignment:
Q  56 ttctttgtatgcaatgggaagg-atggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgt 151  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| || | || |||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| || |  ||||||||||||||    
T  337787 ttctttgtattcaatgggaagggatgcaa-atatttggggagaagattgcttggagttcaagccagagaggtggatttctgagagaggaggcattgt 337882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 12164365 - 12164206
Alignment:
Q  85 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaa 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||    | |||||| || ||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||    
T  12164365 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagccagagaggtggatttctcaaaaaggagggatagtttatgttccttcttacaagttcattgcttttaa 12164266  T
Q  185 tgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgc 244  Q
    ||| || || || |||||| | || || ||||| |||||  || | ||||||||||||||    
T  12164265 tgctggaccaaggagttgtttgggtaaggatataagcttcattgagatgaaaatggttgc 12164206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 36668235 - 36668187
Alignment:
Q  67 caatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaa 115  Q
    |||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36668235 caattggaagggtggaggaaatatggggagaagattgcttggaatttaa 36668187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 115
Target Start/End: Original strand, 29669296 - 29669336
Alignment:
Q  75 aggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaa 115  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29669296 aggatggagaaaatatggggggaagattgcttggaatttaa 29669336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University