View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1023_low_11 (Length: 273)

Name: NF1023_low_11
Description: NF1023
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1023_low_11
NF1023_low_11
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (8-265)||(21792064-21792321)
chr7 (16-245)||(21623266-21623495)
chr7 (16-265)||(21681703-21681952)
chr7 (16-241)||(21788306-21788531)
chr7 (8-265)||(21646796-21647053)
chr7 (16-245)||(15713696-15713925)
chr7 (16-248)||(21808011-21808243)
chr7 (16-265)||(21689466-21689715)
chr7 (16-245)||(21785479-21785708)
chr7 (16-252)||(21628191-21628427)
chr7 (8-245)||(21664171-21664411)
chr7 (13-242)||(21704719-21704948)
chr7 (16-245)||(21764135-21764364)
chr7 (16-217)||(21992283-21992484)
chr7 (16-265)||(21652122-21652371)
chr7 (16-252)||(21714249-21714485)
chr7 (8-140)||(21745710-21745842)
chr7 (16-206)||(21726008-21726198)
chr7 (16-206)||(21772073-21772263)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (156-245)||(25383-25472)
scaffold0182 (22-103)||(25588-25669)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (174-248)||(18192237-18192311)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 8 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 21792321 - 21792064
Alignment:
Q  8 cgaataatatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatc 107  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||       
T  21792321 cgaacaatatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccgtcaagagacttgcgggttaaagttaaaacatcatcgctaaaacgatccttcagcgt 21792222  T
Q  108 atcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792221 atcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttcagaatgctttcagtttttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaac 21792122  T
Q  208 tccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaat 265  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  21792121 tccagatctgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaaccttgggatgtaat 21792064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21623495 - 21623266
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    ||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  21623495 atccacgacagcttttctttaatgctaccaaagccttcaagagactttccggttaaagttaaaacatcgtcactaaaatgacccttcagttcatcaatat 21623396  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||| |||||||   ||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21623395 tatcagcaatcttgttgtgcatatccttctgaacttttctggtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcagatt 21623296  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggacctattga 245  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  21623295 tgtattgccatgatggataggacctattga 21623266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 21681952 - 21681703
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    |||||||| | ||||||||| ||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  21681952 atccatgataacttttcttcaaggctatgatagccttcaagagactcgccggttaaagttaaaacatcgtcgctaaaatggcccttcaattcatcaatgt 21681853  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    |||| ||||| |||||||  ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  21681852 tatcagcaatttttttgtatagatccttttgaatgcttccagtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactttagatc 21681753  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaat 265  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||| ||||||    
T  21681752 tgtattgccatgatggataggacctattgacacaaacttggggctgtaat 21681703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 21788531 - 21788306
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  21788531 atccacgacagcttttcttcgaggcttccaaagccttcaagagacttgccagttaaagttaaaacatcgtcgccaaaatgacccttcagttcatcaatgt 21788432  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |   |||||  | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  21788431 tatctgcaatctttttgtgcagatcctctggaatgtgtccagtgttttcgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcaaatt 21788332  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggaccta 241  Q
    |||  || |||||||||| |||||||    
T  21788331 tgtgttgtcatgatggataggaccta 21788306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 8 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 21647053 - 21646796
Alignment:
Q  8 cgaataatatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatc 107  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||    
T  21647053 cgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctacggaagcctttaagagacttgccggtcaaagttaaaacgtcgtcgctaaaatgacccttcagttc 21646954  T
Q  108 atcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaac 207  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||| ||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  21646953 atcaatgttatctacaatctttttgtgtagatccttcttaattcttcccgtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtatttctctcctatc 21646854  T
Q  208 tccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaat 265  Q
    | ||| |||| | || |||||||||| ||||||||||| || ||| | ||||||||||    
T  21646853 ttcagctttggattgtcatgatggataggacctattgacaccaacttgggggtgtaat 21646796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 15713925 - 15713696
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  15713925 atccatgacagcttttcttctaggctaccaaatccttgaagtgactttccggttaaagttaaaacatcgtcactaaaatgacacttcagttcatcaatgt 15713826  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    |||| ||||||||||||||||| || |   |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||  |||||    
T  15713825 tatcagcaatctttttgtgcagttcctctagaatgcttccagtgtttttgatgtattttgccgcccacataagcttgtacttctcccctgactttagatt 15713726  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggacctattga 245  Q
    |||| || |||||||||| || ||||||||    
T  15713725 tgtattgtcatgatggatagggcctattga 15713696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 248
Target Start/End: Original strand, 21808011 - 21808243
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  21808011 atccatgacagcttttcttcaaggctaccaaagccttcaagagactggccggttaaagttaaaacatcgtcgccaaaatgacccttcagttcatcgatgt 21808110  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |   ||||     |  ||||||  |||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21808111 tatcagcaatctttttgtgtagatcctctagaataaagccgctgttttctatgtatttcgcagaccacataagcttgtacttctctcctaacttcagatt 21808210  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggacctattgatac 248  Q
    | || | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  21808211 tatatttccatgatggataggacctattgatac 21808243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 21689715 - 21689466
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||   ||||||||||||||| | ||||||||    
T  21689715 atccacgatagcttttcttcaagactatcaaagccttcgagagaatttccggtcaatgttaaaacatcgtcatcaaaatgacccttcagtttatcaatgt 21689616  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    ||||  |||| |||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||      
T  21689615 tatcaacaatgtttttgtgtagatccctctgaatgcttccagtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactttagaga 21689516  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaat 265  Q
    | || ||||||||||||| |||||| |||| |  ||||||||||| ||||    
T  21689515 tttattgccatgatggataggaccttttgacatcaacctcggggtctaat 21689466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21785708 - 21785479
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  21785708 atccacgacagcttttcttcaaggctaccaaagtcttcaagagactggccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagttcattaatgt 21785609  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||     || |||   |  | || | || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||    
T  21785608 tatcggcaatctttttgtgtagatcgcgtggattgcggcctatattctcgaggtattttgcggcccacataagcttgtacttctctcctgtcttcagatt 21785509  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggacctattga 245  Q
    || | || |||||||||| |||||||||||    
T  21785508 tggattgtcatgatggataggacctattga 21785479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 21628427 - 21628191
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||| || || |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  21628427 atccacgacagcttttcttcaaggcatccaaagccttgaagagagtttcccgttaaatttaaaacatcgtcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgt 21628328  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    |||| |||||||||||||| || || |   ||||   | || ||||||  ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  21628327 tatcagcaatctttttgtgtagttcctctggaataagtccaatgttttctatgtattttgatgcccacacaagcttgtacttctctcctatgttcagatt 21628228  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaac 252  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  21628227 tgtactgccatgatggataggacctattgacacaaac 21628191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21664411 - 21664171
Alignment:
Q  8 cgaataatatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaa---acatcatcgctaaaatgacccttcag 104  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||  |||||||||||||||    
T  21664411 cgaacaatatccacgacagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcag 21664312  T
Q  105 atcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcct 204  Q
     ||||| ||||||||   |||||||||||| |||||     || ||  |   || ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21664311 ttcatcgatgttatcaaaaatctttttgtgtagatcccgtggattgagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcct 21664212  T
Q  205 aactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattga 245  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  21664211 aacttcagatctgtattgccatgatggataggacctattga 21664171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 13 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 21704948 - 21704719
Alignment:
Q  13 aatatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaa 112  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||   ||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  21704948 aatatccacgacagcttttcatcaaggcactcaaagccttgaagagagtttccggttagagttaaaacatcatcgctaaaacgacccttcagttcatcaa 21704849  T
Q  113 tgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccag 212  Q
    ||||||| |||||||||||||| || || |   ||||   | | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21704848 tgttatctgcaatctttttgtgtagttcctctggaataagtccggtgttttctatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcag 21704749  T
Q  213 atttgtactgccatgatggatgggacctat 242  Q
    | ||| | || |||||||||| ||||||||    
T  21704748 agttggattgtcatgatggataggacctat 21704719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 16 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21764364 - 21764135
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  21764364 atccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccagttaaagttaaaacatcatcgctaaaacgacccttcagttcatcgatgt 21764265  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    |||| |||||||||| ||| || || |   || |   | | |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||     
T  21764264 tatcagcaatcttttggtgtagttcctctggattaagtgcggtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacttcagatc 21764165  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggacctattga 245  Q
    ||  ||| |||||||||| |||||||||||    
T  21764164 tgatctgtcatgatggataggacctattga 21764135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 21992484 - 21992283
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21992484 atccatgacagcttttcttcgaggcttccaaagccttcaagagactttccagctaaagttaaaacatcgtcactaaaatgacccttcagttcatcaatgt 21992385  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    |||||  |||||||||||| |||||     || |   | | |  |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21992384 tatcgataatctttttgtgtagatcgcatggattaagtcctgcattttcgatgtattttgctgcccacgtaagcttgtacttctctcctaacttcagatt 21992285  T
Q  216 tg 217  Q
    ||    
T  21992284 tg 21992283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 21652371 - 21652122
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || | ||| |    
T  21652371 atccacgacaacttttcttcaaggctatcaaagccttcaagagacttgccagttaaagttaaaacatcgtcgctaaaatgaccctttagttcgttaattt 21652272  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |   ||||     |  ||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||   | || |||    
T  21652271 tatcggcaatctttttgtgtcgatcctctagaataaagccgttgttttctatgtattttgctgcccacataagcttatactcctctcctggtttcatatt 21652172  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaat 265  Q
    |||| || |||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  21652171 tgtattgtcatgatggataggacctattgaaacaaacttgggggtgtaat 21652122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 21714485 - 21714249
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   | |||| ||| ||||||||| | |  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  21714485 atccacgatagcttttcttcaaggctaccaaagccttcaagagaccaactggttgaagctaaaacatcgttgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgt 21714386  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatt 215  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |   |||||  |   |||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||||    
T  21714385 tatctgcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtgtctggtgttttctatgtattttgctgcccacataagtttgtacttctctcctttcttcagatt 21714286  T
Q  216 tgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaac 252  Q
    || | || |||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  21714285 tggattgtcatgatggataggacctaatgacacaaac 21714249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 21745842 - 21745710
Alignment:
Q  8 cgaataatatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatc 107  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  21745842 cgaataacatccacgacagcttttcttcaaggcattcaaagccttgaagagaatttccagttaaagttaaaacatcgtcgctaaaacgacccttcagttc 21745743  T
Q  108 atcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatc 140  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  21745742 atcaatgttatcaacaatctttttgtgcagatc 21745710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 21726198 - 21726008
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||   | |||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  21726198 atccacgacagcttttcttcaaggctacgaaagcctgcaagagaccatctggttgaagctaaaacatcgtcgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgt 21726099  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaa 206  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |   |||||  | | |||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  21726098 tatcagcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtgtccggtgttttctatgtattttgctgcccacataagtttgtactactctgctaa 21726008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 21772263 - 21772073
Alignment:
Q  16 atccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgt 115  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||   | |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  21772263 atccacgacaacttttcttcaaggctacgaaagcctgcaagagaccatctggttgaagttaaaacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgt 21772164  T
Q  116 tatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaa 206  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |   |||||  | |  | ||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  21772163 tatcagcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtatccgttattttctatgtattttgctgcccacataagtttgtacttctctgctaa 21772073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 156 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 25472 - 25383
Alignment:
Q  156 agtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattga 245  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||| |||||||||||    
T  25472 agtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacttcagatttttattgtcatgatggataggacctattga 25383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 25669 - 25588
Alignment:
Q  22 gacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttca 103  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25669 gacagcttttcttcaagggtaccaaagccttcaagagactttttagttaaagttaaaacatcctcgctaaaatgacccttca 25588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 248
Target Start/End: Original strand, 18192237 - 18192311
Alignment:
Q  174 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatac 248  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||| |||||||| |||||  |  ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  18192237 tgctgcccactgtagcttgtacttctctcataactccaaatttgggcgaccatgatggataggacccattgatac 18192311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University