View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10242_low_2 (Length: 428)

Name: NF10242_low_2
Description: NF10242
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10242_low_2
NF10242_low_2
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (24-379)||(8455256-8455611)
chr3 (24-379)||(8590331-8590686)
chr3 (24-379)||(6736592-6736947)
chr3 (23-379)||(6479053-6479409)
chr3 (24-379)||(6553510-6553865)
chr3 (55-373)||(6947877-6948195)
chr3 (23-373)||(6519233-6519583)
chr3 (38-166)||(5281466-5281594)
chr3 (59-125)||(8479979-8480045)
chr3 (23-122)||(5299587-5299686)
chr3 (23-166)||(5250981-5251124)
chr3 (23-86)||(4388017-4388080)
chr3 (23-86)||(5268948-5269011)
chr3 (27-127)||(6917938-6918038)
[»] scaffold0425 (1 HSPs)
scaffold0425 (24-379)||(6549-6904)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (23-107)||(41068400-41068482)
chr4 (260-324)||(41068553-41068617)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (78-125)||(19936185-19936232)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 24 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 8455611 - 8455256
Alignment:
Q  24 gaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagattt 123  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8455611 gaagcagagataaagcagtaccaaaacaaatatgtgaagaagtggcttgatgatcttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagattt 8455512  T
Q  124 ctaccgatgcaatgctaaataatctgaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcatggtttcagctttaactagaaatccatttgaatc 223  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8455511 ctactgatgcaatgctaaataacctgaaagcagaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcttggtttcagctttatctagaaatccatttgaatc 8455412  T
Q  224 taggctcaatgaacaactggataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaaaagttgggattgggagaaggtccttgtgctaggaatgaaggcttagtc 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8455411 taggctcaatgaacaactggataaactagaatttcttgcaaagaaaaggaaagagttgagattgggagaaggtccttgtgctaggaatgaaggcttagtc 8455312  T
Q  324 agttggaaaccttcacaaaggttgtcatctacagctctcgtggatgagtcgagcat 379  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8455311 agttggaaaccttcaaaaaggttgtcatctacagctctcgtggatgagtcgagcat 8455256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 24 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 8590686 - 8590331
Alignment:
Q  24 gaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagattt 123  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8590686 gaagcagagataaagcagtaccgaagcaaatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagattt 8590587  T
Q  124 ctaccgatgcaatgctaaataatctgaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcatggtttcagctttaactagaaatccatttgaatc 223  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  8590586 ctactgatgcaatgctaaataagctgaaagctaaatctgaaccacttagcagcaatttattgggcttggtttcagctttaactacaaatccatttgaaac 8590487  T
Q  224 taggctcaatgaacaactggataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaaaagttgggattgggagaaggtccttgtgctaggaatgaaggcttagtc 323  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  8590486 caggctcaatgaacaactggataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaaaagttgggattgggagaaggtccctgtgctagtaacgaaggcttagtc 8590387  T
Q  324 agttggaaaccttcacaaaggttgtcatctacagctctcgtggatgagtcgagcat 379  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8590386 agttggaaaccttcaaaaaggttgtcatctacagctcttgtggatgagtcgagcat 8590331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 24 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 6736947 - 6736592
Alignment:
Q  24 gaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagattt 123  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6736947 gaagcagagataaagcagtaccaaaacaaatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttctttatgaagcagaccaactattggatgagattt 6736848  T
Q  124 ctaccgatgcaatgctaaataatctgaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcatggtttcagctttaactagaaatccatttgaatc 223  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  6736847 ctactgatgcaatgctaaataaggtgaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcttggtttcagctttaactacaaatccatttgaatg 6736748  T
Q  224 taggctcaatgaacaactggataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaaaagttgggattgggagaaggtccttgtgctaggaatgaaggcttagtc 323  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  6736747 taggctcaatgaacagctcgataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaagatttgagattgggagaaggtcctagtgctagtaatgaaggcttagtc 6736648  T
Q  324 agttggaaaccttcacaaaggttgtcatctacagctctcgtggatgagtcgagcat 379  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  6736647 agttggaaaccttcaaaaaggttgtcatctacagctctcctggatgagtcaagcat 6736592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 23 - 379
Target Start/End: Original strand, 6479053 - 6479409
Alignment:
Q  23 agaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagatt 122  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6479053 agaagcagagataaagcagtaccaaatcatatatgtgaagaagtggcttgataaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagata 6479152  T
Q  123 tctaccgatgcaatgctaaataatctgaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcatggtttcagctttaactagaaatccatttgaat 222  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6479153 tctactgatgcaatgctaaataagctgaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcgtggtttcagctttaactacaaatccatttgaat 6479252  T
Q  223 ctaggctcaatgaacaactggataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaaaagttgggattgggagaaggtccttgtgctaggaatgaaggcttagt 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |   ||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  6479253 ctaggctcaatgaacaactggataaactagaatttcttgcaatgcaaaagtaggtgttgggattggcagaaggtcccagtgctagtaatgaaggcttagt 6479352  T
Q  323 cagttggaaaccttcacaaaggttgtcatctacagctctcgtggatgagtcgagcat 379  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  6479353 cagttggaaaccttcaaaaagattgtcatctacggctctcgtggatgagtccagcat 6479409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 24 - 379
Target Start/End: Original strand, 6553510 - 6553865
Alignment:
Q  24 gaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagattt 123  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6553510 gaagcagagataaagcagtaccaaaacaaatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaggcagaccaactattagatgagattt 6553609  T
Q  124 ctaccgatgcaatgctaaataatctgaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcatggtttcagctttaactagaaatccatttgaatc 223  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  6553610 ctactgatgcaatgataaataagcaaaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggtttcgtttcagctttaactacaaatccatttgaatg 6553709  T
Q  224 taggctcaatgaacaactggataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaaaagttgggattgggagaaggtccttgtgctaggaatgaaggcttagtc 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  6553710 taggctcaatgaacaactggataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaagatttgagattgggagaaggtcctagtgctagtaatgaaggcttagtc 6553809  T
Q  324 agttggaaaccttcacaaaggttgtcatctacagctctcgtggatgagtcgagcat 379  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6553810 agttggaaaccttcaaaaaggttgtcgtctacagctctcgtggatgagtcaagcat 6553865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 55 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 6948195 - 6947877
Alignment:
Q  55 atgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagatttctaccgatgcaatgctaaataatctgaaagc 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  6948195 atgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtctatgaggcagaccaactgttagatgagatttctactgatgcaatgctaaataagctgaaagc 6948096  T
Q  155 tgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcatggtttcagctttaactagaaatccatttgaatctaggctcaatgaacaactggataaactagaa 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  6948095 tgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcttggtttcagctttaactacaaatccatttgaatgtaggctcaatgaacagctcgataaactagaa 6947996  T
Q  255 cttcttgcaaagcaaaagaaaaagttgggattgggagaaggtccttgtgctaggaatgaaggcttagtcagttggaaaccttcacaaaggttgtcatcta 354  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6947995 cttcttgcaaagaaaaagaaagagttgggattgggagaaagtccttgcgctagtaatgaaggcttagtcagttggaaaccttcaaaaagattgtcatcta 6947896  T
Q  355 cagctctcgtggatgagtc 373  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  6947895 cagctctcatggatgagtc 6947877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 23 - 373
Target Start/End: Original strand, 6519233 - 6519583
Alignment:
Q  23 agaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagatt 122  Q
    |||||||||| | ||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6519233 agaagcagagctgaagcagtaccaaaacaaatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagatt 6519332  T
Q  123 tctaccgatgcaatgctaaataatctgaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcatggtttcagctttaactagaaatccatttgaat 222  Q
    ||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6519333 tctactgatgcaatgatatataagttgaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttatttggctgggtttcagctttaactggaaatccatttgaat 6519432  T
Q  223 ctaggctcaatgaacaactggataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaaaagttgggattgggagaaggtccttgtgctaggaatgaaggcttagt 322  Q
    ||||||||||| ||| |||||| | |||||||  ||||||| | |||| ||||| | ||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6519433 ctaggctcaataaactactggagacactagaatctcttgcacaacaaacgaaaaggctgggattggaagttggtccttgtgctagtaatgaaggcttagt 6519532  T
Q  323 cagttggaaaccttcacaaaggttgtcatctacagctctcgtggatgagtc 373  Q
    |||||||||||||||| || | |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  6519533 cagttggaaaccttcaaaacgattgtcatctacatctcttgtggatgagtc 6519583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 38 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 5281594 - 5281466
Alignment:
Q  38 gcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagatttctaccgatgcaatg 137  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||| | || ||||||||| |||| || |||       
T  5281594 gcagtacaaaagcacatatgtaaagaagtggcttgatgatcttaaacatgctgtatatgaggcagaccaaattttcgatgagattgctactgacgcacaa 5281495  T
Q  138 ctaaataatctgaaagctgaatctgaacc 166  Q
    || ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  5281494 ctgaataagctgaaagatgaatctgaacc 5281466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 59 - 125
Target Start/End: Original strand, 8479979 - 8480045
Alignment:
Q  59 gaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagatttct 125  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  8479979 gaagaattgacttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcaaaccaactattacatgagatttct 8480045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 23 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 5299686 - 5299587
Alignment:
Q  23 agaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagatt 122  Q
    |||||| |||| |||||| ||| |||||  ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  5299686 agaagcggagacaaagcaataccaaagctcatacgtgaagaagtggcttggtgatcttaaacatgttgtgtatgaagcagatcaacttttggatgagatt 5299587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 5251124 - 5250981
Alignment:
Q  23 agaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagatt 122  Q
    |||||| ||||| ||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||  ||  ||||| |  ||||| || ||||||||||||    
T  5251124 agaagcggagatgaagcaataccaaagcatgtacgtgaagaagtggcttgatgatcttaaacattatgcatatgaggttgaccagctgttagatgagatt 5251025  T
Q  123 tctaccgatgcaatgctaaataatctgaaagctgaatctgaacc 166  Q
     | || ||||||   || || || ||||||||||||||| ||||    
T  5251024 gcaactgatgcaccactgaagaagctgaaagctgaatctcaacc 5250981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 23 - 86
Target Start/End: Original strand, 4388017 - 4388080
Alignment:
Q  23 agaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacat 86  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4388017 agaagcggagatgaagcagtaccaaagcatgtccgtgaagaagtggcttgatgatcttaaacat 4388080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 23 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 5269011 - 5268948
Alignment:
Q  23 agaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacat 86  Q
    |||||| ||||| ||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5269011 agaagctgagatgaagcagttccaaagcatgtacgtgaagaagtggcttgatgatcttaaacat 5268948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 6918038 - 6917938
Alignment:
Q  27 gcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagatttcta 126  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |  | | |||||||| ||||||||||| || ||||| |  || ||||||| |||||||||  |||||| ||||||||    
T  6918038 gcagaggtaaagcagtaccaaaaccgagacgtgaagaattggcttgatgatctcaaacacgaggtatatgaagtagaccaacttctagatgtgatttcta 6917939  T
Q  127 c 127  Q
    |    
T  6917938 c 6917938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 1)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 24 - 379
Target Start/End: Original strand, 6549 - 6904
Alignment:
Q  24 gaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagattt 123  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6549 gaagcagagataaagcagtaccaaaacaaatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaggcagaccaactattagatgagattt 6648  T
Q  124 ctaccgatgcaatgctaaataatctgaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggcatggtttcagctttaactagaaatccatttgaatc 223  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  6649 ctactgatgcaatgataaataagcaaaaagctgaatctgaaccacttaccaccaatttattgggtttggtttcagctttaactacaaatccatttgaatg 6748  T
Q  224 taggctcaatgaacaactggataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaaaagttgggattgggagaaggtccttgtgctaggaatgaaggcttagtc 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  6749 taggctcaatgaacaactggataaactagaacttcttgcaaagcaaaagaaagatttgagattgggagaaggtcctagtgctagtaatgaaggcttagtc 6848  T
Q  324 agttggaaaccttcacaaaggttgtcatctacagctctcgtggatgagtcgagcat 379  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6849 agttggaaaccttcaaaaaggttgtcatctacagctctcgtggatgagtcaagcat 6904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 7e-22; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 107
Target Start/End: Original strand, 41068400 - 41068482
Alignment:
Q  23 agaagcagagataaagcagtacgaaagcatatatgtgaagaagtggcttgatgaacttaaacatgttgtttatgaagcagaccaa 107  Q
    |||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  41068400 agaagcagagctataacagtaccaaagcatatatgtgaagaattggcttgatgaacttaaacatgttgtt--tgaagcagaccaa 41068482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 260 - 324
Target Start/End: Original strand, 41068553 - 41068617
Alignment:
Q  260 tgcaaagcaaaagaaaaagttgggattgggagaaggtccttgtgctaggaatgaaggcttagtca 324  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||    
T  41068553 tgcaaagcaaaagaaagagttgggattgggagaaggtcctaacgctagtaatgaaggcttagtca 41068617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 19936232 - 19936185
Alignment:
Q  78 cttaaacatgttgtttatgaagcagaccaactattagatgagatttct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  19936232 cttaaacatgttgtttatgaagcaaaccaactattacatgagatttct 19936185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University