View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10245_2 (Length: 804)

Name: NF10245_2
Description: NF10245
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10245_2
NF10245_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (14-776)||(3414208-3414970)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 707; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 707; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 776
Target Start/End: Original strand, 3414208 - 3414970
Alignment:
Q  14 agatgaagacatctgatatggaaaacaaactttgatcatgaaacagacaaagggaaaaatagacccaaaccgtccagtacatatgaggcaacaaccaaaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3414208 agatgaagacatctgatatggaaaccaaactttgatcatgaagcagacaaagggcaaaatagacccaaaccgtccagtacatatgaggcaacaaccgaaa 3414307  T
Q  114 attgggacctcaaaatcaagaatcagaaaggccaccataaccatgaatagaaaccaaagatctccaaagaatgataatccataaatgcgggtctccaacg 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3414308 attgggacctcaaaatcaagaatcagaatggccaccataaccatgaatagaaaccaaagatctccaaagaacgataatccataaatgcgggtctccaacg 3414407  T
Q  214 gcaacaaacataagaatgacgacaccaaaaataggttgaaagagtgttggagtaaaatatcgtcaaaagggaaatggttaaaacaatccaaatatggtga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3414408 gcaacaaacataagaatgacgacaccaaaaataggttgaaagagtgttggagtaaaatatcgtcaaaagggaaatgattaaaacaatccaaatatggtga 3414507  T
Q  314 gacagttatgcagaggatgaatattgtcgcgccacatcccaatgaggctacatcttgaatcggaaattcagatttgggggtagagatgcgcaatgacata 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3414508 gacagttatgcagaggatgaatattgtcgcgccacaacccaatgaggctacatcttgaatcggaaattcagatttgggggtagagatgcgcaatgacata 3414607  T
Q  414 ttaaggttaaagagaggtcatagagatatttggtttagatagctacacaaatttgtctctcgatcctaaaatgcttactttagcatgaaagggtcttgaa 513  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3414608 ttaaggttaaagagaggtcagagagatatttggtttagataactacacaaatttgtctctcgatcctaaaatgcttactttagcatgaaagggtcttgaa 3414707  T
Q  514 agatatttgcttaatttaacacaaaccaatctagaatattgatttgaaacagaccctttcaagtttttgagatcgaactaggtcaagaacgttggtggag 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3414708 agatatttgcttaatttaacacaaaccaatctagaatattgatttgaaacagaccctttcaagtttttgagatcgaactaggtcaagaacattggtggag 3414807  T
Q  614 cagcggtttaaccacaccaactgttaacccgaaacaacccacactaatcaatccactacatgaaaccccacccaaatagttgcaatgacaaacgatttaa 713  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3414808 cagcggtttaaccacaccaacggttaacccaaaacaacccacactaatcaatccactacacgaaaccccacccaaatagttgcaatgacaaacgatttaa 3414907  T
Q  714 cggaaactagtagcaaatatcagtgaatcagaacaagatgtcatagatcatgagccaacataa 776  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3414908 cggaaactagtagcaaatatcagtgaatcagaacaagatgtcatagatcatgagccaacataa 3414970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University