View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10247_low_2 (Length: 490)

Name: NF10247_low_2
Description: NF10247
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10247_low_2
NF10247_low_2
[»] chr7 (27 HSPs)
chr7 (56-456)||(4643523-4643922)
chr7 (188-453)||(4783810-4784075)
chr7 (188-460)||(4816239-4816511)
chr7 (194-456)||(4672528-4672790)
chr7 (188-466)||(4697165-4697443)
chr7 (17-130)||(4845856-4845969)
chr7 (17-130)||(4711916-4712029)
chr7 (194-410)||(4662889-4663105)
chr7 (194-393)||(4636772-4636971)
chr7 (188-455)||(4630780-4631047)
chr7 (194-456)||(4666787-4667052)
chr7 (193-388)||(4863842-4864037)
chr7 (194-456)||(4845996-4846258)
chr7 (194-456)||(4712056-4712318)
chr7 (18-127)||(4663135-4663241)
chr7 (188-453)||(4653375-4653640)
chr7 (17-130)||(4631068-4631178)
chr7 (20-130)||(4667079-4667189)
chr7 (56-130)||(4672844-4672918)
chr7 (207-317)||(4647517-4647625)
chr7 (20-140)||(4653651-4653768)
chr7 (403-456)||(4647385-4647438)
chr7 (56-129)||(4697070-4697143)
chr7 (56-130)||(4864063-4864137)
chr7 (82-130)||(4783741-4783789)
chr7 (82-130)||(4816170-4816218)
chr7 (82-130)||(4636998-4637046)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (194-466)||(18925723-18925995)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 27)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 56 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 4643922 - 4643523
Alignment:
Q  56 atcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtttacttaacttcaagaagttttgaaatgaaattcgagatatcaaa 155  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||   | |||||||    
T  4643922 atcatctaaactatttaaaaaatgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtttagaaatgaaattattggtatcaaa 4643823  T
Q  156 tggttttggtgtgtcttagtagttgggaaaatgatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttg 255  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4643822 tggttttggtgtgtct-agtagttgggaaaatgatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttg 4643724  T
Q  256 tgagtttgatgagcatattaaaaatataggtgatagagtttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagc 355  Q
    ||||||||||  | |||| | ||||| |||||||||||| ||| |||| || |||||| | ||| | | ||||      || ||||||||| |||||||     
T  4643723 tgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagt 4643624  T
Q  356 ggtgctcgtatggttcctgttcataaagattatgttgtgattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttc 455  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||   ||  ||||  || ||||  ||||||   |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  4643623 ggtgctcgtttggttcctgttcataaggattatgcaatgtctatggactatcaagaaggaagctctcaacttgaaagagctaatctttcaatcaagcttc 4643524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 188 - 453
Target Start/End: Original strand, 4783810 - 4784075
Alignment:
Q  188 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtg 287  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |    ||||    
T  4783810 gattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtg 4783909  T
Q  288 atagagtttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagatta 387  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||||||| | | ||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  4783910 atagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttggttcctgttcataaggatta 4784009  T
Q  388 tgttgtgattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagct 453  Q
    ||  |||| |||| | |||||| | |||||   ||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  4784010 tgccgtgactatgggttctcaaggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagct 4784075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 188 - 460
Target Start/End: Original strand, 4816239 - 4816511
Alignment:
Q  188 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtg 287  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |    ||||    
T  4816239 gattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtg 4816338  T
Q  288 atagagtttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagatta 387  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||||||| | | |||||||||  ||| ||||||||| ||||||| ||||||| | | |||||||||||||| |||||    
T  4816339 atagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgatatggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggatta 4816438  T
Q  388 tgttgtgattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttcatcga 460  Q
    ||  |||| |||| | |||||  | |||||   ||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||    
T  4816439 tgccgtgactatgggttctcatggcggaagctctcaaattgaaaaagttaatctttcgatcaagctacatcga 4816511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 194 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 4672790 - 4672528
Alignment:
Q  194 aatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtgatagag 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||| |  |||| |||||||||||    
T  4672790 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgatagag 4672691  T
Q  294 tttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagattatgttgt 393  Q
      ||| |||||||||||| | | ||| | |||||     | || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  4672690 cctttcagatttttatagctaacactctggctgaggaaagagctgatgttataagttggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatgctgt 4672591  T
Q  394 gattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttca 456  Q
     | ||||  |||||||  ||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4672590 cactatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaatctttctattaagcttca 4672528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 188 - 466
Target Start/End: Original strand, 4697165 - 4697443
Alignment:
Q  188 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtg 287  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  4697165 gatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtg 4697264  T
Q  288 atagagtttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagatta 387  Q
    ||||||| ||| | || || |||| | ||||| | || ||  |    || ||||||||    |||||   | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4697265 atagagtctttcaaatattcatagctaatactttggcggagataaacgctgatgtgatttcttggagtactactcctatggttcctgttcataaagatta 4697364  T
Q  388 tgttgtgattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttcatcgaacacca 466  Q
    || ||||  ||||| |||||||  ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||| |||||    
T  4697365 tgctgtgtctatgcactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagacttaatctttcaatcaagctacaacgagcacca 4697443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 130
Target Start/End: Original strand, 4845856 - 4845969
Alignment:
Q  17 aagaatatccacaaagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtttactt 116  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4845856 aagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatactt 4845955  T
Q  117 aacttcaagaagtt 130  Q
    |||| |||||||||    
T  4845956 aactgcaagaagtt 4845969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 130
Target Start/End: Original strand, 4711916 - 4712029
Alignment:
Q  17 aagaatatccacaaagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtttactt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4711916 aagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactt 4712015  T
Q  117 aacttcaagaagtt 130  Q
     ||| |||||||||    
T  4712016 tactgcaagaagtt 4712029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 194 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 4663105 - 4662889
Alignment:
Q  194 aatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtgatagag 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| | ||||| ||||||||||     
T  4663105 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaa 4663006  T
Q  294 tttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagattatgttgt 393  Q
    | ||| |||||||||||||||||| | | | ||||      ||||||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  4663005 tgtttcagatttttatagatgataatttagttgaagaattagccgatgtgataaggtggagtaatggtcgtatggttcctgttcataaggattatggtgt 4662906  T
Q  394 gattatgcgctctcaaa 410  Q
    || ||||  ||||||||    
T  4662905 gactatgtactctcaaa 4662889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 194 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 4636971 - 4636772
Alignment:
Q  194 aatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtgatagag 293  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||  ||| |||||||||||    
T  4636971 aatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagag 4636872  T
Q  294 tttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagattatgttgt 393  Q
    | ||| |||| || |||||| | ||| | | ||||      || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4636871 tctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatgttgt 4636772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 188 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4631047 - 4630780
Alignment:
Q  188 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtg 287  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |   || | | ||  |||||    
T  4631047 gattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttgaaatgacgataagagatcaaggtg 4630948  T
Q  288 atagagtttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagatta 387  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||| | | | | | |||||       || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| |||||    
T  4630947 atagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggatta 4630848  T
Q  388 tgttgtgattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttc 455  Q
    ||||||| |||||  |||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4630847 tgttgtgcttatgtactctcaagaaggaagctctcaaattgaaagagttaatctttcaatcaagcttc 4630780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 194 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 4667052 - 4666787
Alignment:
Q  194 aatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtgatagag 293  Q
    ||||| || ||||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| || |||  |||||||||||    
T  4667052 aatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagag 4666953  T
Q  294 tttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgat---aaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagattatgt 390  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||   | || || ||| |     || | || |||| ||||||||||||||||||||| |||||||     
T  4666952 tttttcagatttttatagatgatattatggctgaaccaagggctgacgtgctttattggagtagtggtgttcgtatggttcctgttcataaggattatgc 4666853  T
Q  391 tgtgattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttca 456  Q
      ||| ||||   |||||| |||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4666852 cttgactatggattctcaaggagggagccgtcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttca 4666787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 193 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 4864037 - 4863842
Alignment:
Q  193 caatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtgataga 292  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| | ||||| ||||||||||    
T  4864037 caatgtaacttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgataga 4863938  T
Q  293 gtttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagattat 388  Q
    |  ||| ||||||| |||| | ||| ||| |||||       || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4863937 gcctttcagattttcatagttaatagtatggctgaggaaaacgctgatgtgatacggtggagcggttctcgtatggttcctgttcataaggattat 4863842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 194 - 456
Target Start/End: Original strand, 4845996 - 4846258
Alignment:
Q  194 aatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtgatagag 293  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||  || |||| |||||||||||    
T  4845996 aatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagag 4846095  T
Q  294 tttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagattatgttgt 393  Q
    ||||| |||| |||||  |||||| | | ||||||||   ||| ||||||||    ||||| |||| |   ||| ||||||||||||| ||||||| |||    
T  4846096 tttttcagatatttatcaatgatattttggctgaactatatgctgatgtgattttttggagtggtggtaacatgattcctgttcataaggattatgctgt 4846195  T
Q  394 gattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttca 456  Q
    ||  ||   ||||||||  |||||   | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4846196 gaaaatctactctcaaaatggaagctctgaaattgaaagagttaatctttcaatcaagcttca 4846258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 194 - 456
Target Start/End: Original strand, 4712056 - 4712318
Alignment:
Q  194 aatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtgatagag 293  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| || |||| |||||||||||    
T  4712056 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 4712155  T
Q  294 tttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagattatgttgt 393  Q
    ||||| |||| |||||  |||||| | | |||||||     || ||||||||    ||||| |||| |   ||| ||||||||||||| ||||||| |||    
T  4712156 tttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatttactggagtggtggtaacatgattcctgttcataaggattatgctgt 4712255  T
Q  394 gattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttca 456  Q
    ||  |||  ||||||||  |||||   | |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4712256 gaaaatgtactctcaaaatggaagctctgaaattgaaagagttaacctttcaattaagcttca 4712318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 4663241 - 4663135
Alignment:
Q  18 agaatatccacaaagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtttactta 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  4663241 agaatatccacaaagtgtatcaagtgattttgga---gatcatctaaactatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatactta 4663145  T
Q  118 acttcaagaa 127  Q
    ||| ||||||    
T  4663144 actgcaagaa 4663135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 188 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 4653640 - 4653375
Alignment:
Q  188 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtg 287  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||| |     |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  || ||| ||  ||| |||||    
T  4653640 gattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaaggataaaggtg 4653541  T
Q  288 atagagtttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagatta 387  Q
    ||||||||||  |||| |||||| |||||    | |||||||    ||| ||||||||    ||||||  ||||||| || ||||||||||||| |||||    
T  4653540 atagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgatttcatggagcaatgctcgtttgattcctgttcataaggatta 4653441  T
Q  388 tgttgtgattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagct 453  Q
    |||||||| ||||| |||| ||  |||||| | |||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  4653440 tgttgtgactatgcactctgaagaaggaagcactcaaattgaaagagttaatcttacaatcaagct 4653375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 4631178 - 4631068
Alignment:
Q  17 aagaatatccacaaagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtttactt 116  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  || ||||    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4631178 aagaatatccacttagtgtatcaagttattttggac---atcatctaaactatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttactt 4631082  T
Q  117 aacttcaagaagtt 130  Q
    |||| | |||||||    
T  4631081 aactgcgagaagtt 4631068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 4667189 - 4667079
Alignment:
Q  20 aatatccacaaagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtttacttaac 119  Q
    |||||||||||||  ||||||||  || ||||  |||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  4667189 aatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaactatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaac 4667090  T
Q  120 ttcaagaagtt 130  Q
    | |||||||||    
T  4667089 tgcaagaagtt 4667079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 56 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 4672918 - 4672844
Alignment:
Q  56 atcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtttacttaacttcaagaagtt 130  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  4672918 atcatctcaactttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagtt 4672844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 207 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 4647625 - 4647517
Alignment:
Q  207 attttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtgatagagtttttgagatttt 306  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   ||||| || |||  |||||||| ||||||| | || ||    
T  4647625 attttgaagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtt 4647528  T
Q  307 tatagatgata 317  Q
    |||||||||||    
T  4647527 tatagatgata 4647517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 4653768 - 4653651
Alignment:
Q  20 aatatccacaaagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtttacttaac 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || || ||   ||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||    
T  4653768 aatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaac 4653672  T
Q  120 ttcaagaagttttgaaatgaa 140  Q
    | | ||||||| || ||||||    
T  4653671 tgcgagaagttatggaatgaa 4653651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 403 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 4647438 - 4647385
Alignment:
Q  403 ctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttca 456  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4647438 ctctcaaggaggaaggaatcaaattgaaagagttaatctttcaatcaagcttca 4647385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 129
Target Start/End: Original strand, 4697070 - 4697143
Alignment:
Q  56 atcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtttacttaacttcaagaagt 129  Q
    ||||||| ||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  4697070 atcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagt 4697143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 56 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 4864137 - 4864063
Alignment:
Q  56 atcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtttacttaacttcaagaagtt 130  Q
    ||||||| ||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  4864137 atcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagtt 4864063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 130
Target Start/End: Original strand, 4783741 - 4783789
Alignment:
Q  82 attccaaattacactgcaccagaagctgtttacttaacttcaagaagtt 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  4783741 attccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagtt 4783789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 130
Target Start/End: Original strand, 4816170 - 4816218
Alignment:
Q  82 attccaaattacactgcaccagaagctgtttacttaacttcaagaagtt 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  4816170 attccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagtt 4816218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 4637046 - 4636998
Alignment:
Q  82 attccaaattacactgcaccagaagctgtttacttaacttcaagaagtt 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  4637046 attccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagtt 4636998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 194 - 466
Target Start/End: Original strand, 18925723 - 18925995
Alignment:
Q  194 aatgtaacttggaattttgaggttgattttggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatgagcatattaaaaatataggtgatagag 293  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  |||||| || |||  |||||||||||    
T  18925723 aatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagag 18925822  T
Q  294 tttttgagatttttatagatgatactattgctgaacttggtgccgatgtgataaggtggagcggtgctcgtatggttcctgttcataaagattatgttgt 393  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | | |||||||    ||| ||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18925823 tttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgattcattggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatgttgt 18925922  T
Q  394 gattatgcgctctcaaagaggaagtaatcaaattgaaagagttaatctttcaattaagcttcatcgaacacca 466  Q
    || ||||  ||||| |  ||||||    |||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||    
T  18925923 gactatgtactctcgagaaggaagctcgcaaattaaaagagttaatctttcaataaagctacaacgagcacca 18925995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University