View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10251_low_8 (Length: 234)

Name: NF10251_low_8
Description: NF10251
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10251_low_8
NF10251_low_8
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (1-233)||(17398-17630)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (1-233)||(10687353-10687585)
chr8 (1-233)||(33036022-33036254)
chr8 (1-233)||(35742155-35742387)
chr8 (1-233)||(18868759-18868991)
chr8 (1-233)||(26298148-26298380)
chr8 (1-233)||(26311405-26311637)
chr8 (1-233)||(26401439-26401671)
chr8 (15-226)||(4814058-4814269)
chr8 (21-226)||(28331039-28331244)
chr8 (21-226)||(25683051-25683256)
chr8 (24-128)||(40827427-40827531)
chr8 (15-226)||(16754092-16754303)
chr8 (15-208)||(28893902-28894095)
chr8 (57-121)||(15947842-15947906)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-233)||(21641456-21641688)
chr7 (1-233)||(16881693-16881925)
chr7 (1-233)||(24264412-24264644)
chr7 (1-233)||(18410423-18410655)
chr7 (1-233)||(21985685-21985917)
chr7 (1-233)||(24272993-24273226)
chr7 (1-233)||(9188234-9188466)
chr7 (1-142)||(12404827-12404968)
chr7 (137-233)||(12398521-12398617)
chr7 (15-226)||(7073189-7073400)
chr7 (15-121)||(3321725-3321831)
chr7 (15-226)||(25408552-25408763)
chr7 (15-226)||(25403795-25404006)
chr7 (36-91)||(5071564-5071619)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-233)||(18857342-18857574)
chr4 (2-233)||(3791223-3791454)
chr4 (1-233)||(16627081-16627313)
chr4 (6-233)||(5144676-5144903)
chr4 (124-233)||(9227544-9227653)
chr4 (1-63)||(9227490-9227552)
chr4 (48-121)||(15315488-15315561)
chr4 (48-226)||(4568514-4568692)
chr4 (57-201)||(16637341-16637485)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-233)||(31400081-31400313)
chr5 (1-233)||(33769805-33770037)
chr5 (1-233)||(27446589-27446821)
chr5 (1-233)||(28805811-28806043)
chr5 (1-233)||(37559682-37559914)
chr5 (1-233)||(43593887-43594119)
chr5 (1-233)||(43626681-43626913)
chr5 (1-233)||(28833825-28834057)
chr5 (1-173)||(24558673-24558845)
chr5 (1-173)||(24599705-24599877)
chr5 (16-208)||(25450896-25451088)
chr5 (1-87)||(30102726-30102812)
chr5 (22-107)||(31301224-31301309)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (1-233)||(32477106-32477338)
chr3 (1-233)||(2675309-2675541)
chr3 (1-233)||(22171397-22171629)
chr3 (1-233)||(8513860-8514092)
chr3 (1-233)||(1307637-1307869)
chr3 (1-233)||(16256835-16257067)
chr3 (1-118)||(3326615-3326732)
chr3 (15-226)||(22622957-22623168)
chr3 (55-226)||(10609605-10609776)
chr3 (3-226)||(10900135-10900358)
chr3 (15-226)||(54191646-54191857)
chr3 (158-233)||(3326735-3326810)
chr3 (15-226)||(10095638-10095849)
chr3 (15-226)||(10202524-10202735)
chr3 (22-121)||(16460609-16460708)
chr3 (15-226)||(47879721-47879932)
chr3 (139-208)||(9149586-9149655)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (1-233)||(474-706)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-233)||(14740661-14740892)
chr6 (1-233)||(33334165-33334397)
chr6 (56-233)||(24714559-24714730)
chr6 (15-226)||(35202895-35203106)
chr6 (15-202)||(13881877-13882064)
chr6 (48-121)||(17691789-17691862)
chr6 (15-119)||(25944807-25944911)
chr6 (48-114)||(22347917-22347983)
chr6 (135-226)||(22345832-22345923)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-233)||(19346044-19346276)
chr2 (1-232)||(39484524-39484755)
chr2 (1-233)||(31057725-31057956)
chr2 (1-233)||(39486300-39486532)
chr2 (3-209)||(31134675-31134880)
chr2 (48-226)||(39685418-39685596)
chr2 (22-121)||(22714171-22714270)
chr2 (60-226)||(17942004-17942170)
chr2 (61-226)||(2739389-2739554)
chr2 (48-226)||(20051594-20051771)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-233)||(47101096-47101328)
chr1 (1-233)||(47702126-47702357)
chr1 (1-148)||(41395102-41395249)
chr1 (144-233)||(41392218-41392307)
chr1 (15-226)||(9524866-9525077)
chr1 (48-121)||(2396192-2396265)
chr1 (42-232)||(34689683-34689874)
chr1 (42-232)||(34694211-34694402)
chr1 (6-172)||(7155164-7155329)
chr1 (162-230)||(41131045-41131112)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (1-233)||(33806-34037)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 17398 - 17630
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17398 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 17497  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17498 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 17597  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17598 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 17630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 10687353 - 10687585
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687353 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 10687452  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687453 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 10687552  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687553 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 10687585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 33036022 - 33036254
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036022 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtccaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 33036121  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036122 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 33036221  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036222 taccttcttttatatgtggatgatatcttgatg 33036254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 35742387 - 35742155
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742387 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 35742288  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  35742287 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccagttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagaatgagaaagttattctc 35742188  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35742187 tatcttcttctatatgtggatgatatcttgatg 35742155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 18868759 - 18868991
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18868759 caatctacatggagcaaccggaaggttctgtggaggacaagtccaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtataggttgaagcaaagccctaggcaatg 18868858  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868859 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaaggggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 18868958  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868959 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 18868991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 26298380 - 26298148
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298380 caatctacatggagcaaccgaaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 26298281  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298280 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccagttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 26298181  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298180 taccttcttttatatgtggatgatatcttgatg 26298148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 26311637 - 26311405
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311637 caatctacatggagcaaccgaaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 26311538  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311537 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccagttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 26311438  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311437 taccttcttttatatgtggatgatatcttgatg 26311405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 26401439 - 26401671
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26401439 caatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgagttgaagcaaagccctaggcaatg 26401538  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  26401539 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccagttttgtgagaagcggatatgattcttgcgtgtatatgttgaagaggggtgagaaagtcattctc 26401638  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26401639 taccttcttctatatgtggatgatatcttgatg 26401671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 4814269 - 4814058
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  4814269 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 4814170  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  4814169 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctccttta 4814070  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  4814069 tgtagatgatat 4814058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 21 - 226
Target Start/End: Original strand, 28331039 - 28331244
Alignment:
Q  21 gaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagt 120  Q
    ||||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28331039 gaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagt 28331138  T
Q  121 ttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtgga 220  Q
    |  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||    
T  28331139 tcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctcctttatgtaga 28331238  T
Q  221 tgatat 226  Q
    ||||||    
T  28331239 tgatat 28331244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 226
Target Start/End: Original strand, 25683051 - 25683256
Alignment:
Q  21 gaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagt 120  Q
    ||||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25683051 gaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagt 25683150  T
Q  121 ttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtgga 220  Q
    |  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || |||||||||||||||||| |||||  | ||||| ||    
T  25683151 tcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctaccttctcctttatgtaga 25683250  T
Q  221 tgatat 226  Q
    ||||||    
T  25683251 tgatat 25683256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 128
Target Start/End: Original strand, 40827427 - 40827531
Alignment:
Q  24 ggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagttta 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||    
T  40827427 ggttttgtggaggacaagtctaagttgcatattttgaagatatctttctataggttgaagcaaagccctaggaaatggtattgttagtttgatgagttta 40827526  T
Q  124 ttttg 128  Q
    |||||    
T  40827527 ttttg 40827531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 16754303 - 16754092
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  16754303 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 16754204  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   |||||   |||||| |||||| |||  | || |||||||||||||||||| |||||  | ||    
T  16754203 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgacagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctaccttctccttta 16754104  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  16754103 tgtagatgatat 16754092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 208
Target Start/End: Original strand, 28893902 - 28894095
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||| | || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  28893902 caaccagaaggttttatagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 28894001  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttct 208  Q
    |||||||  |     || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||    
T  28894002 atgagttcctagaaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttct 28894095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 57 - 121
Target Start/End: Original strand, 15947842 - 15947906
Alignment:
Q  57 ttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtt 121  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||| |||| || |||||||||||||||    
T  15947842 ttgaagaaatctttctataggttgaagcaaagtccaaggcagtggtttcttcggtttgatgagtt 15947906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 21641688 - 21641456
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641688 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 21641589  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641588 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 21641489  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641488 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 21641456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 16881925 - 16881693
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881925 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 16881826  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16881825 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcgggtatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagaatgagaaagtcattctc 16881726  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881725 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 16881693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 24264412 - 24264644
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264412 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 24264511  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24264512 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagaatgagaaagtcattctc 24264611  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24264612 tatcttcttctatatgtggatgatatcttgatg 24264644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 18410655 - 18410423
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410655 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggacgacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 18410556  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  18410555 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggctttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttaaagaagaatgagaaagtcattctc 18410456  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410455 taccttcttttatatgtggatgatatcttgatg 18410423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 21985917 - 21985685
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| || | |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21985917 caatctacatggagaaaccagaaggttttttgaaagacaagtctaaggtatgttttttaaagaaatctttgtatcggttgaagcaaagccctaggcaatg 21985818  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
     |||||||||||| |||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  21985817 ctatcgtcggtttcatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcgggtatgattcttgtgtgtacatgttgaagaggggtgagaaagtcattctc 21985718  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21985717 taccttcttttatatgtggatgatatcttgatg 21985685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 24272993 - 24273226
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||    
T  24272993 caatctacatggagcaaccagaagattttgtggaggacaagtctaaggtatatctattgaagaaatctttgtatgggttgaagtaaagtcttaggcaatg 24273092  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtca-ttct 199  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||| || |    
T  24273093 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttatgagaagcggatatgattattgtgtgtacatgttgaagaggaatgagaaattcattttt 24273192  T
Q  200 ctatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24273193 ttatcttcttttatatgttgatgatatcttgatg 24273226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 9188234 - 9188466
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||     
T  9188234 caatctacatggagcaaacggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttaaagaaatctttgtatggattgaaacaaagtcataggcaatt 9188333  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||| ||  ||||||||| ||| ||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||    
T  9188334 gtattgtaagtttgatgaatttcttttgaagatcggttttgtgagaagcagatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaggagtgagaaagttattttc 9188433  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9188434 taccttcttttatatgttgatgatatcttgatg 9188466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 12404968 - 12404827
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12404968 caatctacatggagcaaccggaaggttttatggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagaaaagccctaggcaatg 12404869  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgt 142  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  12404868 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgt 12404827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 137 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 12398617 - 12398521
Alignment:
Q  137 ttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12398617 ttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 12398521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Original strand, 7073189 - 7073400
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  7073189 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatatttgtatggattgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 7073288  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || |||||||||||||||||||| |||| | ||    
T  7073289 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcatcttcttta 7073388  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  7073389 tgtagatgatat 7073400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 3321831 - 3321725
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  3321831 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtatgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcaatggtatcgtcggtttg 3321732  T
Q  115 atgagtt 121  Q
    |||||||    
T  3321731 atgagtt 3321725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Original strand, 25408552 - 25408763
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| |||||||| || || |||||  | || |||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  25408552 caaccagaaggtttcgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatccatgtatgggttgaagcaaagtcctaggcagtggtatcgtcggtttg 25408651  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||| ||||||||||  | ||    
T  25408652 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattatctatcttctccttta 25408751  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  25408752 tgtagatgatat 25408763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Original strand, 25403795 - 25404006
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| |||||||| || || |||||  | || |||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  25403795 caaccagaaggtttcgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatccatgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 25403894  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||| ||||||||||  | ||    
T  25403895 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattatctatcttctccttta 25403994  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  25403995 tgtagatgatat 25404006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 36 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 5071619 - 5071564
Alignment:
Q  36 gacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccc 91  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  5071619 gacaagtctaagatgtgtcttttgaagaaatatttgtattggttgaaacaaagccc 5071564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 18857574 - 18857342
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857574 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 18857475  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857474 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 18857375  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857374 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 18857342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 2 - 233
Target Start/End: Original strand, 3791223 - 3791454
Alignment:
Q  2 aatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatgg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3791223 aatctacatggagcaaccggaaggttttttggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagtaaagccctaggcaatgg 3791322  T
Q  102 tatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctct 201  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  3791323 tatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtaagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaggggtgagaaagtcattctct 3791422  T
Q  202 atcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3791423 accttcttctatatgtggatgatatcttgatg 3791454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 16627081 - 16627313
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16627081 caatctacatggagcaactggaaggttttgtagaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagcccaaggcaatg 16627180  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||    
T  16627181 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccgattttttgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgcagaggggtgagagagtcattctc 16627280  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16627281 tatcttcttttatatgttgatgatatcttgatg 16627313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5144903 - 5144676
Alignment:
Q  6 tacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  5144903 tacatggagcaaccggaaggttttgtgaaagacaagtctaaggtatgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaatccctgggcaatggtatc 5144804  T
Q  106 gtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatct 205  Q
     || ||||||||| ||| ||||| || ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  5144803 atcagtttgatgaatttcttttgaagcccggttttgtgagaagcggataagattcttgtgtgtacatgttgaagaagggtgagaaagtcattctctacct 5144704  T
Q  206 tcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5144703 tcttttatatgtggatgatatcttgatg 5144676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 124 - 233
Target Start/End: Original strand, 9227544 - 9227653
Alignment:
Q  124 ttttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatga 223  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227544 ttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttggaaaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatga 9227643  T
Q  224 tatcttgatg 233  Q
    ||||||||||    
T  9227644 tatcttgatg 9227653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 9227490 - 9227552
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaaga 63  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227490 caatctacatggagcaactagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaaga 9227552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 48 - 121
Target Start/End: Original strand, 15315488 - 15315561
Alignment:
Q  48 gtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtt 121  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15315488 gtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagtt 15315561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 48 - 226
Target Start/End: Original strand, 4568514 - 4568692
Alignment:
Q  48 gtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaa 147  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||  |  |  |  | | |||||||||||    
T  4568514 gtgtgtttgttgaagaaatatttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaatgctggttttgtgagaa 4568613  T
Q  148 gcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatat 226  Q
    ||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||| ||||  | ||||| ||||||||    
T  4568614 gcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctattttctcctttatgttgatgatat 4568692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 57 - 201
Target Start/End: Original strand, 16637341 - 16637485
Alignment:
Q  57 ttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatg 156  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||||  || |  || | | |||||||||||||   ||||    
T  16637341 ttgaagaaatctttgtatggattgaatcaaagtccaaggcagtggtatcgtctgtttgatgagttccttgtaaaggctggttttgtgagaagcaactatg 16637440  T
Q  157 attcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctct 201  Q
    ||  ||||||||||||| |||  | || |||||||||||||||||    
T  16637441 atagttgtgtgtacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctct 16637485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 31400081 - 31400313
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31400081 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 31400180  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31400181 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagaatgagaaagtcattctc 31400280  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31400281 tatcttcttctatatgtggatgatatcttgatg 31400313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 33770037 - 33769805
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33770037 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 33769938  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33769937 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagaatgagaaagtcattctc 33769838  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33769837 tatcttcttctatatgtggatgatatcttgatg 33769805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 27446821 - 27446589
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446821 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 27446722  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446721 gtatcgtcgttttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 27446622  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446621 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 27446589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 28805811 - 28806043
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805811 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgcgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 28805910  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805911 gtatcgtcggtttgacgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgactcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 28806010  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28806011 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 28806043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 37559682 - 37559914
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559682 caatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggcgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 37559781  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559782 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 37559881  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37559882 tatcttcttttatatgtggatgacatcttgatg 37559914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 43594119 - 43593887
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43594119 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctacgcaatg 43594020  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43594019 gtatcgtcgttttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaaaagtgagaaagtcattctc 43593920  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43593919 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 43593887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 43626913 - 43626681
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43626913 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctacgcaatg 43626814  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43626813 gtatcgtcgttttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaaaagtgagaaagtcattctc 43626714  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626713 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 43626681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 28834057 - 28833825
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28834057 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggatgacaagtctaaggtatatcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 28833958  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
     ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  28833957 atatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaggggtgagaaagtcattctc 28833858  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28833857 taccttcttctatatgtggatgatatcttgatg 28833825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 24558673 - 24558845
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24558673 caatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaataaatctttatatgggttgaaccaaagccctaggcaatg 24558772  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatg 173  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24558773 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagatcgattttgtgagaagcggatatgattcatgtgtgtacatg 24558845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 24599705 - 24599877
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24599705 caatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaataaatctttatatgggttgaaccaaagccctaggcaatg 24599804  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatg 173  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24599805 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagatcgattttgtgagaagcggatatgattcatgtgtgtacatg 24599877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 208
Target Start/End: Original strand, 25450896 - 25451088
Alignment:
Q  16 aaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttga 115  Q
    |||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||    
T  25450896 aaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggtagtggtatcgtcggtttga 25450995  T
Q  116 tgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttct 208  Q
    | ||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || |||||||||||||||||| |||||    
T  25450996 ttagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctaccttct 25451088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 30102812 - 30102726
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaa 87  Q
    |||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| || |||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  30102812 caatttacatagagcaaccaaaaggttttgtagaggataaatctacggtgggtcttttgaagaaatatttgtatgagttgaaacaaa 30102726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 31301309 - 31301224
Alignment:
Q  22 aaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgt 107  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| ||||  || |||||||| ||||||    
T  31301309 aaggttttatggaagacaaatctaaggtgtgtcttttgaagaaatcattgtaagaattgaaacaaaatccaaggcaatgatatcgt 31301224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 32477338 - 32477106
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477338 caatctacatggagcaaccagaaggttttgtagaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 32477239  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32477238 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagaatgagaaagtcattctc 32477139  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477138 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 32477106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 2675309 - 2675541
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2675309 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccttaggcaatg 2675408  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675409 gtatggtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgactcttgcgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 2675508  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675509 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 2675541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 22171397 - 22171629
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171397 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 22171496  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  22171497 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttaaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaatttattctc 22171596  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171597 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 22171629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 8514092 - 8513860
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8514092 caatctacatggagcaaccagaaggttttgtagaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagcactaggcaatg 8513993  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  8513992 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagaacgagaaagtcattctc 8513893  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8513892 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 8513860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 1307869 - 1307637
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307869 caatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 1307770  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1307769 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttatgtgtacatgttgaagaagagtgagaaattcattctc 1307670  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307669 taccttcttttatatgtggatgatatcttgatg 1307637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 16257067 - 16256835
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16257067 caatctacatggagcaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 16256968  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16256967 gtatcgtcgatttgatgaatttcttttaaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaggagtgagaaagtcattctc 16256868  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  16256867 taccttgttttatatgttgatgatatcttgatg 16256835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 118
Target Start/End: Original strand, 3326615 - 3326732
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3326615 caatctacatggagcaaccagaaggttttgtagaagacaaatctaaggaatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 3326714  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatga 118  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3326715 gtatcgtcggtttgatga 3326732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 22623168 - 22622957
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  22623168 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtatgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcaatggtatcgtcggtttg 22623069  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  22623068 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctccttta 22622969  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  22622968 tgtagatgatat 22622957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 55 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 10609776 - 10609605
Alignment:
Q  55 ttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggata 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||    
T  10609776 ttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggtagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaacta 10609677  T
Q  155 tgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatat 226  Q
    ||||  |||||| |||||| |||  |||| |||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||    
T  10609676 tgatagttgtgtttacatgatgagaaagaatgagaaagtcattctctaccttctcctttatgtggatgatat 10609605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 226
Target Start/End: Original strand, 10900135 - 10900358
Alignment:
Q  3 atctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggt 102  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||| ||  | |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  10900135 atctatatgcagcaaccagaaggtttcgtataagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggt 10900234  T
Q  103 atcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctcta 202  Q
    |||||||||||||||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  || ||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||    
T  10900235 atcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttatgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctcta 10900334  T
Q  203 tcttcttttatatgtggatgatat 226  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||    
T  10900335 tcttcttctttatgtagatgatat 10900358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Original strand, 54191646 - 54191857
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  54191646 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtatgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 54191745  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  54191746 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctccttta 54191845  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  54191846 tgtagatgatat 54191857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 158 - 233
Target Start/End: Original strand, 3326735 - 3326810
Alignment:
Q  158 ttcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3326735 ttcttgtgtgtacatgttgaagatgggtgagaaagtcattctctaccttcttctatatgtggatgatatcttgatg 3326810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 10095849 - 10095638
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  10095849 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttcaagaaatctttgtacgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 10095750  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  10095749 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctccttta 10095650  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  10095649 tgtagatgatat 10095638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 10202735 - 10202524
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | || ||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  10202735 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttcaagaaatatttgtacgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 10202636  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  10202635 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctccttta 10202536  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  10202535 tgtagatgatat 10202524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 22 - 121
Target Start/End: Original strand, 16460609 - 16460708
Alignment:
Q  22 aaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtt 121  Q
    |||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16460609 aaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagtt 16460708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 47879932 - 47879721
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||    
T  47879932 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggattg 47879833  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||| ||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || |||||||||||||||||| |||||  | ||    
T  47879832 atgaattcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctaccttctccttta 47879733  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  47879732 tgtagatgatat 47879721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 208
Target Start/End: Original strand, 9149586 - 9149655
Alignment:
Q  139 ttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaag-aagagtgagaaagtcattctctatcttct 208  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  9149586 ttgtgagaagcgggtatgatttttgtgcgtacatgttaaagaaagag-gagaaagtcattctctaccttct 9149655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 474 - 706
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  474 caatctacatggagcaacctgaaggttttgtggaagacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 573  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  574 gtatcgtcggtttgacgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagaatgagaaagtcattctc 673  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  674 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 14740661 - 14740892
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740661 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 14740760  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14740761 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccagttttgtgagaagcggatatgattc-tgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagacattctc 14740859  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740860 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 14740892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 33334165 - 33334397
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33334165 caatctacatggaacaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtacgggttgaagcaaagccctaggcaatg 33334264  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33334265 gtatcgtcagtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagaatgagaaagtcattctc 33334364  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33334365 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 33334397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 56 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 24714730 - 24714559
Alignment:
Q  56 tttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatat 155  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      ||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||    
T  24714730 tttgaagaaatctttgtatggattgaagcaaagccctaggca------tcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggctat 24714637  T
Q  156 gattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24714636 gattcttgtatgtacatgttgaagaagggtgagaaagtcattctctaccttcttttatatgtgtatgatatcttgatg 24714559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 35203106 - 35202895
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  35203106 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 35203007  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  35203006 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctccttta 35202907  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  35202906 tgtagatgatat 35202895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 13881877 - 13882064
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  13881877 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 13881976  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctcta 202  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||    
T  13881977 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtatacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctcta 13882064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 48 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 17691862 - 17691789
Alignment:
Q  48 gtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtt 121  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17691862 gtgtgtttattgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagtt 17691789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 15 - 119
Target Start/End: Original strand, 25944807 - 25944911
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | || ||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  25944807 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgtttaagaaatttttgtacgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 25944906  T
Q  115 atgag 119  Q
    |||||    
T  25944907 atgag 25944911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 22347983 - 22347917
Alignment:
Q  48 gtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||    
T  22347983 gtgtgtttgttgaagaaatatttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagaggtatcgtcggtttg 22347917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 22345923 - 22345832
Alignment:
Q  135 gattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatat 226  Q
    |||||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  22345923 gattttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctcctatatgtagatgatat 22345832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 19346276 - 19346044
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346276 caatctacatggaacaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaaaaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 19346177  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19346176 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagaatgagaaagtcattctc 19346077  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19346076 tatcttcttctatatgtggatgatatcttgatg 19346044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 39484755 - 39484524
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39484755 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtagaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccttaggcaatg 39484656  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    ||||||| | ||| |||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  39484655 gtatcgttgtttttatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcagatatgattcttgtgtgtacatgttggagatgggtgagaaagtcattctc 39484556  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgat 232  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39484555 taccttcttttatatgtggatgatatcttgat 39484524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 31057956 - 31057725
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  31057956 caatctacatggagcaattggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgagttgaagcaaaaccctaggaaatg 31057857  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  31057856 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagaccggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaggggtg-gaaagtcattctc 31057758  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31057757 taccttcttttatatgtggatgatatcttgatg 31057725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 39486300 - 39486532
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39486300 caatctacatggagtaaccagaaggttttgtggaggacaagtctaagatatgtcttttgaagatatctttgtatgggttgaagcaaagccctagacaatg 39486399  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
     ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||    
T  39486400 atatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagactggttttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagatgtttgtgaaagtcattctc 39486499  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39486500 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 39486532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 3 - 209
Target Start/End: Original strand, 31134675 - 31134880
Alignment:
Q  3 atctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggt 102  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||| || || |||| ||    
T  31134675 atctatatggagaaactggaaggttttatggaggacaagtccaagatgtgtcttttgaagaaattgttgtatgtgttgaaacaaagtccaagacaatagt 31134774  T
Q  103 atcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctcta 202  Q
     || || ||||||||||||| ||||| |||||| | |||| |||||  | ||||||| || ||||||||| || ||||||  ||| ||||||||||||||    
T  31134775 -tcatcagtttgatgagtttcttttgaagaccggtgttgtaagaagtaggtatgatttttatgtgtacatattaaagaaggatgaaaaagtcattctcta 31134873  T
Q  203 tcttctt 209  Q
     ||||||    
T  31134874 ccttctt 31134880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 48 - 226
Target Start/End: Original strand, 39685418 - 39685596
Alignment:
Q  48 gtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaa 147  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||  |  |  || | | |||||||||||    
T  39685418 gtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaagcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaa 39685517  T
Q  148 gcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatat 226  Q
    ||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||    
T  39685518 gcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctcctttatgtagatgatat 39685596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 22 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 22714270 - 22714171
Alignment:
Q  22 aaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtt 121  Q
    |||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22714270 aaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcattggtatcgtcggtttgatgagtt 22714171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 60 - 226
Target Start/End: Original strand, 17942004 - 17942170
Alignment:
Q  60 aagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgatt 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||  |  |  ||   | |||||||||||||   ||||||     
T  17942004 aagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggttggttttgtgagaagcaactatgata 17942103  T
Q  160 cttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatat 226  Q
     |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||    
T  17942104 gttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctcctttatgtagatgatat 17942170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 61 - 226
Target Start/End: Original strand, 2739389 - 2739554
Alignment:
Q  61 agaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattc 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||      
T  2739389 agaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtatgatgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatag 2739488  T
Q  161 ttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatat 226  Q
    |||||| |||||| |||  | || |||||||||||||||||| |||||  | ||||| ||||||||    
T  2739489 ttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctaccttctcctttatgtagatgatat 2739554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 48 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 20051771 - 20051594
Alignment:
Q  48 gtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaa 147  Q
    |||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||||||||||  |  |  || | | |||||||||||    
T  20051771 gtgtgtttgttgaagaaaactttgtatcggttgaagcaaagtccaaggcagt-gtatcgtcggtttgatgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaa 20051673  T
Q  148 gcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatat 226  Q
    ||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||    
T  20051672 gcaactatgatagttgtgtctacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctatcttctcctttatgtagatgatat 20051594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 47101096 - 47101328
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  47101096 caatctacatggagcaactggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtataggttgaagcaaagccatagacaatg 47101195  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  47101196 gtatcgtcggtttgatgaatttcttttgaagatcggatttgtgagaagcggatatgattcttgtgtatacatgttgaaaaggggtgagaaagtcattctc 47101295  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47101296 taacttcttttatatgtggatgatatgttgatg 47101328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 47702126 - 47702357
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47702126 caatctacatggagcaaccagaaggttttgtggagaacaagtctaaggtatgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 47702225  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    ||||| || ||||||||| ||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  47702226 gtatcatcagtttgatgaatttcttttggaaaccggttttgtaagaagcggatatgattcttgtgtg-acatgttgaagaggggtgagaaagtcattctc 47702324  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  47702325 taccttcttctatatgttgatgatatcttgatg 47702357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 41395249 - 41395102
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41395249 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaaccaaagccctaggcaatg 41395150  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaag 148  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||    
T  41395149 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagaccggttttgtgagaag 41395102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 144 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 41392307 - 41392218
Alignment:
Q  144 agaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41392307 agaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 41392218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Original strand, 9524866 - 9525077
Alignment:
Q  15 caaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttg 114  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  9524866 caaccagaaggttttgtagaagacaatacaaaagtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttg 9524965  T
Q  115 atgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttata 214  Q
    |||||||  |  |  || | | |||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||  | || |||||||||||||||||| |||||  | ||    
T  9524966 atgagttcctagtaaaggctggttttgtgagaagcaactatgatagttgtgtttacatgatgagaaggaatgagaaagtcattctctaccttctccttta 9525065  T
Q  215 tgtggatgatat 226  Q
    ||| ||||||||    
T  9525066 tgtagatgatat 9525077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 48 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 2396265 - 2396192
Alignment:
Q  48 gtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtt 121  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2396265 gtgtgtttgttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtccaaggcagtggtatcgtcggtttgatgagtt 2396192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 42 - 232
Target Start/End: Original strand, 34689683 - 34689874
Alignment:
Q  42 tctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttg 141  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||| || ||||  ||| |||||| || | |||||||||||||| ||||| | ||   |||||    
T  34689683 tctaaggtgtgtctttagaacaaacctttgtatgtgttgaaacatagcctaaggaaatggtgtcatgggtttgatgagtttcttttgaacacatgttttg 34689782  T
Q  142 tgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagag-tgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatatcttgat 232  Q
    ||||||  || ||||||| || ||| ||||| || || ||| | ||||||| |||||||||  || |||  |||| |||||||||| |||||    
T  34689783 tgagaaaaggttatgattattatgtttacatattaaaaaagggatgagaaaatcattctcttcctacttcaatatatggatgatatattgat 34689874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 42 - 232
Target Start/End: Original strand, 34694211 - 34694402
Alignment:
Q  42 tctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttg 141  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||| || ||||  ||| |||||| || | |||||||||||||| ||||| | ||   |||||    
T  34694211 tctaaggtgtgtctttagaacaaacctttgtatgtgttgaaacatagcctaaggaaatggtgtcatgggtttgatgagtttcttttgaacacatgttttg 34694310  T
Q  142 tgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagag-tgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatatcttgat 232  Q
    ||||||  || ||||||| || ||| ||||| || || ||| | ||||||| |||||||||  || |||  |||| |||||||||| |||||    
T  34694311 tgagaaaaggttatgattattatgtttacatattaaaaaagggatgagaaaatcattctcttcctacttcaatatatggatgatatattgat 34694402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 6 - 172
Target Start/End: Original strand, 7155164 - 7155329
Alignment:
Q  6 tacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaa-tctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatggtat 104  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||| | || |||  ||||   ||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||||||||     ||||||||    
T  7155164 tacatggagtaactagaaggttttgtgaaagataaggttaagacatgtcttttgaaaaaaatctttgtatgccttgaaacaaagcccacatgaatggtat 7155263  T
Q  105 cgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacat 172  Q
    |||| ||||||  | ||| ||||| |||||| || || ||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  7155264 cgtcagtttgagaaatttcttttgaagaccggttgtgggagaag--gatatgattcttatgtgtacat 7155329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 162 - 230
Target Start/End: Original strand, 41131045 - 41131112
Alignment:
Q  162 tgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctctatcttcttttatatgtggatgatatcttg 230  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||  |||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  41131045 tgtgtctacatattgaagaagtgtgtgaaagtcgatctctatctt-tactatatgtggatgatatcttg 41131112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 34037 - 33806
Alignment:
Q  1 caatctacatggagcaaccggaaggttttgtggaggacaagtctaaggtgtgtcttttgaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagccctaggcaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  34037 caatctacatggagcaaccagaaggttttggggaggacaagtctaaggtgtgtcttttaaagaaatctttgtatgggttgaagcaaagtcctaggaaatg 33938  T
Q  101 gtatcgtcggtttgatgagtttattttggagaccgattttgtgagaagcggatatgattcttgtgtgtacatgttgaagaagagtgagaaagtcattctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||| | | ||| | ||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||  | || ||||||||||     
T  33937 gtatcgtcggtttgatgagtttcttttgaagatc-agttttttagaagcatgtatgattcttgtgtgtatatgttaaagaaggcttaggaagtcattcta 33839  T
Q  201 tatcttcttttatatgtggatgatatcttgatg 233  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33838 taacttcttttatatgtagatgatatcttgatg 33806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University