View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10255_low_2 (Length: 270)

Name: NF10255_low_2
Description: NF10255
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10255_low_2
NF10255_low_2
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (18-270)||(4863977-4864229)
chr7 (22-270)||(4696982-4697230)
chr7 (20-270)||(4630982-4631232)
chr7 (18-270)||(4663046-4663298)
chr7 (22-270)||(4666993-4667244)
chr7 (18-270)||(4845800-4846055)
chr7 (18-270)||(4636912-4637164)
chr7 (22-270)||(4653575-4653823)
chr7 (22-270)||(4783627-4783875)
chr7 (22-270)||(4816056-4816304)
chr7 (22-184)||(4643848-4644010)
chr7 (22-270)||(4711864-4712115)
chr7 (22-185)||(4672843-4673006)
chr7 (211-270)||(4672731-4672790)
chr7 (210-270)||(4643726-4643786)
chr7 (224-265)||(4647584-4647625)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (28-270)||(18925540-18925782)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4864229 - 4863977
Alignment:
18 tgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4864229 tgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatctt 4864130  T
118 aactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4864129 aactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaa 4864030  T
218 cttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
4864029 cttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttt 4863977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 22 - 270
Target Start/End: Original strand, 4696982 - 4697230
Alignment:
22 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaact 121  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4696982 gatactggtatgtttcgtaactgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaact 4697081  T
122 atgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||  | |||  |||||||| | ||||||||||||    
4697082 atgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttg 4697181  T
222 gaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    |||||| |||||||||  |  ||| ||||||||||||||||| ||||||    
4697182 gaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttt 4697230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4631232 - 4630982
Alignment:
20 atgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaa 119  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||  |||||||| |||||  ||||||||| ||    
4631232 atgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagttattttggacatcatctaaa 4631133  T
120 ctatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaact 219  Q
    ||||  |||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||  | |||| ||| |||| ||||||||||||    
4631132 ctatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaact 4631033  T
220 tggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
4631032 tggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttt 4630982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4663298 - 4663046
Alignment:
18 tgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatctt 117  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||||||  | |||||||     
4663298 tgatgatacaggtatgtttcgttattgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttggagatcatcta 4663199  T
118 aactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaa 217  Q
    ||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||| || |||||||    
4663198 aactatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaa 4663099  T
218 cttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||    
4663098 cttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttt 4663046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4667244 - 4666993
Alignment:
22 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatctta 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||   ||||||  |    
4667244 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaa 4667145  T
119 actatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaac 218  Q
    |||||  | | || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||| | || ||||| ||    
4667144 actatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgac 4667045  T
219 ttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
     ||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||    
4667044 atggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttt 4666993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Original strand, 4845800 - 4846055
Alignment:
18 tgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcat 114  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||  ||||||||  || |  |    |||||    
4845800 tgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcat 4845899  T
115 cttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatg 214  Q
    || ||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| || ||||    
4845900 ctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatg 4845999  T
215 taacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
4846000 taacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttt 4846055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4637164 - 4636912
Alignment:
18 tgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatctt 117  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | || |||   ||  |||||||||| |||| |||| | ||     
4637164 tgatgatacaggtatgtttcgcaattggggcaatgattttcctctttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataaccta 4637065  T
118 aactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaa 217  Q
    |  ||| |||||||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| |||| || |||||||    
4637064 acatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaa 4636965  T
218 cttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
4636964 cttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttt 4636912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 22 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4653823 - 4653575
Alignment:
22 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaact 121  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||  | ||||||| ||||    
4653823 gatactggtttgtttcgtaattgggataacgattatcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaact 4653724  T
122 atgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttg 221  Q
    || ||||||| || |||| ||||||||  |||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||| |||  | ||| ||||||||| ||||||||||||||    
4653723 ataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttg 4653624  T
222 gaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    |||||| |||||||| ||  | || ||||||||||| ||||||||||||    
4653623 gaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttt 4653575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 22 - 270
Target Start/End: Original strand, 4783627 - 4783875
Alignment:
22 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaact 121  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||   ||  |||||||||| |||| |||| | || |  |    
4783627 gatacaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacat 4783726  T
122 atgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttg 221  Q
    || |||||||   ||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||  |||||  |||||||| ||||||||||||||    
4783727 ataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttg 4783826  T
222 gaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
4783827 gaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttt 4783875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 22 - 270
Target Start/End: Original strand, 4816056 - 4816304
Alignment:
22 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaact 121  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||   ||  |||||||||| |||| |||| | || |  |    
4816056 gatacaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacat 4816155  T
122 atgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttg 221  Q
    || |||||||   ||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||  |||||  |||||||| ||||||||||||||    
4816156 ataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttg 4816255  T
222 gaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
4816256 gaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttt 4816304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 4644010 - 4643848
Alignment:
22 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaact 121  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||||| | |||||||||| ||||    
4644010 gatacaggtatgtttcgtaattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaacaatatccgctaagcgtatcaaatgattatgaacatcatctaaact 4643911  T
122 atgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagtt 184  Q
    ||  ||| ||  |||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||    
4643910 atttaaaaaatgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 270
Target Start/End: Original strand, 4711864 - 4712115
Alignment:
22 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatctta 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||  |||||| || || |  |    ||||||  |    
4711864 gatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaa 4711963  T
119 actatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaac 218  Q
    |||||  |||||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||  | |||  |||||||| || ||||||||    
4711964 actatttaaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaac 4712063  T
219 ttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    |||||||||  |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
4712064 ttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttt 4712115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4673006 - 4672843
Alignment:
22 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaact 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| | ||  |||||||| ||||    
4673006 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcatggttacttggagaaacaatatccacttagtgtatcaagtgagtatatgcatcatctcaact 4672907  T
122 atgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagtta 185  Q
     |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
4672906 ttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagtta 4672843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 211 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4672790 - 4672731
Alignment:
211 aatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4672790 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 4672731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 210 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4643786 - 4643726
Alignment:
210 caatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
4643786 caatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttt 4643726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 224 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 4647625 - 4647584
Alignment:
224 attttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttac 265  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
4647625 attttgaagttgattctggttttacttatatggtaaggttac 4647584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 28 - 270
Target Start/End: Original strand, 18925540 - 18925782
Alignment:
28 ggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaactatgaaa 127  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||| |||| |||| ||||||  ||    
18925540 ggtatgtttcgttattgggacaacgattttcctcgttacttggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatataa 18925639  T
128 acaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattt 227  Q
    |||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  | |||| ||| |||| || |||||||||||||||||    
18925640 acaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattt 18925739  T
228 tgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttt 270  Q
    ||||||||||||| | || |||||| ||||||| || ||||||    
18925740 tgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttt 18925782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University