View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10258_low_1 (Length: 905)

Name: NF10258_low_1
Description: NF10258
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10258_low_1
NF10258_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-889)||(50234483-50235371)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 865; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 865; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 50235371 - 50234483
Alignment:
Q  1 acagcaccaatgaatctgaatgtggcacgagaagaggcactaggagcaggagcaggtgcatcaccaaaactctcaggtgactcagcaatcaccacagaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50235371 acagcaccaatgaatctgaatgtggcacgagaagaggcactaggagcaggagcaggtgcatcaccaaaactctcaggtgactcagcaatcaccacagaag 50235272  T
Q  101 gtgatgctgctggtgttgtaacctgaccggcaccggatgttggcacagctgctggtgttgcaacctcaccggcactggatgttgacacagctgcaggtgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50235271 gtgatgctgctggtgttgtaacctgaccggcaccggatgctggcacagctgctggtgttgcaacctcaccggcactggatgttgacacagctgcaggtgt 50235172  T
Q  201 tgctggttttgatagtgttgctggagttgccggagctgaagcaccaaccttaacaattggctgtgaaacctggagaattgaaacaacgcctggttcagcc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50235171 tgctggttttgatagtgttgctggagttgctggagctgaagcaccaaccttaacaattggctgtgaaacctggagaattgaaacaacgcctggttcagcc 50235072  T
Q  301 tcagtgctttgaacaagcgtggcatcgaaggttgagccttcaacagcagaactaaatgccatttcaccttcattaataagtgacacgtagattttagcgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50235071 tcagtgctttgaacaagcgtggcatcgaaggttgagccttcaacagcagaactaaatgccatttcaccttcattaataagtgacacgtagattttagcgg 50234972  T
Q  401 ctaaacctggagcggttgaaagtgtaggcaattgtgcatggcttccaatgatatcaaaaagttttttctcatcgtagaattcaggtataacatgggtccc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50234971 ctaaacctggagcggttgaaagtgtaggcaattgtgcatggcttccaatgatatcaaaaagttttttctcatcgtagaattcaggtataacatgggtccc 50234872  T
Q  501 aataacggctttaatggcgtcaattggtttaccagaaagagaagcaatagctttgttgtcaagggcaagaatggtaacggctttaccactgtttatttgt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50234871 aataacggctttaatggcgtcaattggtttaccagaaagagaagcaatagctttgttgtcaagggcaagaatggtaacggctttaccactgtttatttgt 50234772  T
Q  601 tcagccaacttggtttcggttaggtatttgctgaacgtggagagttccggatattgtcccaaagttttggttatgtccaaacaattaatcgccgaagaga 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  50234771 tcagccaacttggtttcggttaggtatttgctgaacgtggagagttccggatattgtcccaaagttttggttatgtccaaacaattaatggccgaagaga 50234672  T
Q  701 aagacaacataagtgccaagcacaaaacagaggtgtttctcaaacccattgttcttttttcttgctttctcttctttgatcagggacaatcagaaaccaa 800  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50234671 aagacaacataagtgccaagcacagaacagaggtgtttctcaaacccattgttcttttttcttgctttctcttctttgatcagggacaatccgaaaccaa 50234572  T
Q  801 gttggtggtatatgaaattgttgagtttgtaggttttgatgtgtgtaggtatatatatacgtttggtttataaatgtgtggtgtgtggg 889  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50234571 gttggtggtatatgaaattgttgagtttgtaggttttgatgtgtgtaggtatatatatgcgtttggtttataaatgtgtggtgtgtggg 50234483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University