View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1026-Insertion-4 (Length: 550)

Name: NF1026-Insertion-4
Description: NF1026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1026-Insertion-4
NF1026-Insertion-4
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (9-518)||(5502526-5503035)
chr2 (8-517)||(5468951-5469457)
chr2 (8-453)||(5486711-5487153)
chr2 (18-487)||(5497494-5497960)
chr2 (36-512)||(5491739-5492215)
chr2 (8-514)||(5478588-5479110)
chr2 (504-550)||(5497957-5498003)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 518
Target Start/End: Original strand, 5502526 - 5503035
Alignment:
Q  9 taccaaacaacattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtcccattcctcaaagcatggcctccatgacatt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5502526 taccaaacaacattggattattaacaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtcccattcctcaaagcatggcctccatgacatt 5502625  T
Q  109 cctaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatggccaatcagttttccaccttcaatgagccatcaatttatgcaggcaac 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5502626 cctaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatggctaatcagtttgccaccttcaatgagccatcaatttatgaaggcaac 5502725  T
Q  209 ccagggctttgtggacaccctttgccaactaattgctcatcattgtcaactggaaatggagagcaagacagaaaagctgaagatggcgtagatggagatg 308  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||| | ||||    
T  5502726 ccggggctttgtggacatcctttgccaactgattgctcatcattgtcacctggaaatggagagaaagacagaaaacatgaagatggtgtagatagcgatg 5502825  T
Q  309 acgacaatgaaagattgggattatatgcaagcatagcagtcgggtatattactggcttctggattgtgtgtggaagcttgatattaaaggggtcttggag 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  5502826 acgacaatgaaagattgggattatacacaagcatagttgtcgggtatattactggcttctggattgtgtgtggaagcttggtgttaaagaggtcttggag 5502925  T
Q  409 acatgcatatttcaattttctatatgacatgagagataaacttctggtttttatggcagttaacttagcacgtctaaagcgcaggtttcgattggaaagg 508  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||    
T  5502926 acatgcatatttcaattttgtatatgacctgagagataaacttctgattttgatggcagttaacttagcacgtctaaagcgtgtgtttggattggaaagg 5503025  T
Q  509 aactgatgcc 518  Q
    ||||||||||    
T  5503026 aactgatgcc 5503035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 8 - 517
Target Start/End: Original strand, 5468951 - 5469457
Alignment:
Q  8 ataccaaacaacattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtcccattcctcaaagcatggcctccatgacat 107  Q
    ||||| ||||||||||||| |  |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||   ||||| || |||   |||||||| ||||||||||    
T  5468951 atacccaacaacattggatcacaaagagatttagaaaatcttgacctttcacataacaatctttccggtccaatccctgcgagcatggcttccatgacat 5469050  T
Q  108 tcctaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatggccaatcagttttccaccttcaatgagccatcaatttatgcaggcaa 207  Q
     | | ||| ||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| |  || |||||||||  |||||||||||||| ||||   |||| ||||||    
T  5469051 ccttgagttatttgaacttgtcctacaacaacctctctggacaaattccaacagctaatcagtttggcaccttcaatgagctatca---tatgtaggcaa 5469147  T
Q  208 cccagggctttgtggacaccctttgccaactaattgctcatcattgtcaactggaaatggagagcaagacagaaaagctgaagatggcgtagatggagat 307  Q
    || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||| | ||||| ||||    
T  5469148 ccaagggctttgtggggatcctttgccaactaattgctcatcattgtcaccaggaaatgtagagcaagacaaaaaacatgaagatggtgcagatgaagat 5469247  T
Q  308 gacgacaatgaaagattgggattatatgcaagcatagcagtcgggtatattactggcttctggattgtgtgtggaagcttgatattaaaggggtcttgga 407  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  5469248 gacaacagtgaaagattgggattatatgcaagcatagcagtcgggtatattactggcttctggattgtgtgtggaagcttgatgttaaagaggtcttgga 5469347  T
Q  408 gacatgcatatttcaattttctatatgacatgagagataaacttctggtttttatggcagttaacttagcacgtctaaagcgcaggtttcgattggaaag 507  Q
    ||||||| |||||||||||  | |||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||   | |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  5469348 gacatgcgtatttcaatttcatgtatgacacaagagataaagttctggttttcatggcggttaatttaatgcatctaaagcgcaggtttggatcggaaag 5469447  T
Q  508 gaactgatgc 517  Q
    ||||||||||    
T  5469448 gaactgatgc 5469457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 8 - 453
Target Start/End: Original strand, 5486711 - 5487153
Alignment:
Q  8 ataccaaacaacattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtcccattcctcaaagcatggcctccatgacat 107  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| | || |||| ||||||||| ||||| ||||    
T  5486711 atacccaacaacattggatcattaacaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatatttcaggttcaatccctccaagcatggcttccattacat 5486810  T
Q  108 tcctaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatggccaatcagttttccaccttcaatgagccatcaatttatgcaggcaa 207  Q
    |  | || | ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||  |||| ||||| |||  |||||||||||||| ||||   |||| ||||||    
T  5486811 ttttgagccttttgaacttatcatacaacaacctttctggacaaattccagtggctaatcaatttggcaccttcaatgagctatca---tatgtaggcaa 5486907  T
Q  208 cccagggctttgtggacaccctttgccaactaattgctcatcattgtcaactggaaatggagagcaagacagaaaagctgaagatggcgtagatggagat 307  Q
      |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||| || |||||||||    
T  5486908 tgcaggactttgtggccatcctttgccgactaattgctcatcaatgttacctggaaatggagaacaagacagaaaacataaagatggtgttgatggagat 5487007  T
Q  308 gacgacaatgaaagattgggattatatgcaagcatagcagtcgggtatattactggcttctggattgtgtgtggaagcttgatattaaaggggtcttgga 407  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  5487008 gatgacaatgaaagattgggattgtatgcaagcatagctatcgggtatataactggtttctggattgtgtgtggaagcttggtgttaaagaggtcttgga 5487107  T
Q  408 gacatgcatatttcaattttctatatgacatgagagataaacttct 453  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  5487108 gacatgcatatttcaattttttgtatgacatgagagataaacttct 5487153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 18 - 487
Target Start/End: Original strand, 5497494 - 5497960
Alignment:
Q  18 acattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtcccattcctcaaagcatggcctccatgacattcctaagtca 117  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||  |||||| ||||||| ||| | |||   ||||| || |||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  5497494 acattggattactaaaagatttagaaaaccttgacttttcacataacaacctttcgggtcctatccctccaactatggcttccatgacattcctaagtca 5497593  T
Q  118 tttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatggccaatcagttttccaccttcaatgagccatcaatttatgcaggcaacccagggctt 217  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||  ||||||| |||| ||||||||| ||||||   ||||  |||||| ||||  |||||| |||||| |     
T  5497594 tttgaacttgtcatacaacaatctttccggaagaattccgctggctaatcagtttgccacct---atgatgcatcaacttatataggcaatccagggttg 5497690  T
Q  218 tgtggacaccctttgccaactaattgctcatcattgtcaactggaaatggagagcaagacagaaaagctgaagatggcgtagatggagatgacgacaatg 317  Q
    |||||| | | ||| |  |  |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| || |||  ||||||||| || |||||||||||| ||||||    
T  5497691 tgtggagatcatttactgaaaaattgctcatcattgtcacctggacatggagaacaagaaaggaaacatgaagatggtgttgatggagatgacaacaatg 5497790  T
Q  318 aaagattgggattatatgcaagcatagcagtcgggtatattactggcttctggattgtgtgtggaagcttgatattaaaggggtcttggagacatgcata 417  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  5497791 aaagatggggattatatgcaagcatagcagttgggtatatcactggcttctggattgtgtgtggaagcttgatgttaaagaggtcttggagacatgcata 5497890  T
Q  418 tttcaattttctatatgacatgagagataaacttctggtttttatggcagttaacttagcacgtctaaag 487  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||    
T  5497891 tttcaattctgtatatgacatgaaagataaacttctggttttgattgcggttaacttagcacgtataaag 5497960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 36 - 512
Target Start/End: Original strand, 5491739 - 5492215
Alignment:
Q  36 atttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtcccattcctcaaagcatggcctccatgacattcctaagtcatttgaacttgtcatacaa 135  Q
    ||||||||  |||||| |||||||| ||| |||||  |||||| || |||| || |||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  5491739 atttagaatatcttgatctttcacataacaatctttcaggtccaatccctccaaacatggcttccatgacatttctgagtcgtttgaacttgtcatacaa 5491838  T
Q  136 caaccttttgggacaaattccgatggccaatcagttttccaccttcaatgagccatcaatttatgcaggcaacccagggctttgtggacaccctttgcca 235  Q
    ||| || |  |||  ||||||| | || |||||||||   |||||  |||   |||||||||||  ||||||||||| | | |||||| | | ||| |      
T  5491839 caatctctctggaagaattccgttagctaatcagtttggaacctttgatg---catcaatttatataggcaacccagagttgtgtggagatcatttacag 5491935  T
Q  236 actaattgctcatcattgtcaactggaaatggagagcaagacagaaaagctgaagatggcgtagatggagatgacgacaa---tgaaagattgggattat 332  Q
    |  ||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||| | ||||  | ||||| | | |||||| ||||| |||||   ||||||||| |||||||    
T  5491936 aaaaattgctcatcattgttgcctggaaatggagaacaagaaataaaacatcaagatagtgaagatggggatgatgacaaggctgaaagatttggattat 5492035  T
Q  333 atgcaagcatagcagtcgggtatattactggcttctggattgtgtgtggaagcttgatattaaaggggtcttggagacatgcatatttcaattttctata 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5492036 atgcaagcatagcagtcgggtatattaccggcttctggattgtgtgtggaagcttaatgctaaagaggtcttggagacatgcatatttcaattttgtata 5492135  T
Q  433 tgacatgagagataaacttctggtttttatggcagttaacttagcacgtctaaagcgcaggtttcgattggaaaggaact 512  Q
    |||||  |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| | ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  5492136 tgacacaagagataaacttctggttttgatggcaattaatttaccgcgtctaaagcgcaagtttggattggaaagcaact 5492215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 8 - 514
Target Start/End: Original strand, 5478588 - 5479110
Alignment:
Q  8 ataccaaacaacattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtcccattcctcaaagcatggcctccatgacat 107  Q
    ||||| || |||||||||| | ||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||  ||||||  | |||| ||||||||| || |||||||    
T  5478588 atacccaataacattggatcactaatagatttagaaaatcttgacctttcacataataatctttcaggtccagtccctccaagcatggcttcaatgacat 5478687  T
Q  108 tcctaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatggccaatcagttttccaccttcaatgagccatcaatttatgc------ 201  Q
    || | ||||||||||| |||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||           
T  5478688 tcttgagtcatttgaatttgtcatacaacaatctttcagaacaaattccgatggctaatcagtttggcaccttcaatgagccagcaatctatgagccagc 5478787  T
Q  202 ---------aggcaacccagggctttgtggacaccctttgccaactaattgctcatcattgtcaactggaaatggagagcaagacagaaaagctgaagat 292  Q
             ||||||||| |||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||  |||| ||||||    |||||    
T  5478788 aatctatgaaggcaacccggggctttgtgggtaccct--gccaactaattgctcatcattgttacatggaaatggagaagaagaaagaaaatacaaagat 5478885  T
Q  293 ggcgtagatggagatgacgacaa---tgaaagattgggattatatgcaagcatagcagtcgggtatattactggcttctggattgtgtgtggaagcttga 389  Q
    || |  ||||| || || || ||   |||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  5478886 ggtgatgatggggacgatgaaaagactgaaaggttggggttatatgcaagcatagatgtcgggtatatcactggcttttggattgtgtgtggaagcatga 5478985  T
Q  390 tattaaaggggtcttggagacatgcatatttcaattttctatatgacatgagagataaacttctggtttttatggcagttaacttagcacgtctaaagcg 489  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||| |||| || ||||  ||||| || || ||| |||||||    
T  5478986 tgttaaagaggtcttggagacatgcatatttcaattttgtatatgaaaccagagataaacttatggtcttgatggtggttaatttggcgcgtgtaaagcg 5479085  T
Q  490 caggtttcgattggaaaggaactga 514  Q
     |||||| |||||||||||||||||    
T  5479086 taggtttggattggaaaggaactga 5479110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 504 - 550
Target Start/End: Original strand, 5497957 - 5498003
Alignment:
Q  504 aaaggaactgatgccgcggtatatctatttattgtctctgttggttg 550  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5497957 aaaggaactgatgccgtagtatatctatttattgtatctgttggttg 5498003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University