View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10261A_low_137 (Length: 304)

Name: NF10261A_low_137
Description: NF10261A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10261A_low_137
NF10261A_low_137
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (18-300)||(49952989-49953272)
chr4 (18-300)||(39974683-39974966)
chr4 (71-300)||(281813-282042)
chr4 (19-271)||(13228533-13228783)
chr4 (137-209)||(42757638-42757706)
chr4 (18-57)||(281775-281814)
chr4 (19-109)||(50814634-50814725)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (18-300)||(21588799-21589082)
chr8 (19-232)||(13756376-13756590)
chr8 (18-232)||(42797318-42797532)
chr8 (19-232)||(23141828-23142042)
chr8 (161-232)||(10901475-10901546)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (18-300)||(36095949-36096232)
chr3 (18-156)||(12746103-12746241)
chr3 (167-271)||(50331954-50332056)
chr3 (19-128)||(50332063-50332173)
[»] scaffold0159 (1 HSPs)
scaffold0159 (19-271)||(33240-33492)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-271)||(5788867-5789119)
chr2 (19-271)||(3395448-3395698)
chr2 (19-109)||(41754529-41754620)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (46-271)||(1599549-1599773)
chr6 (63-232)||(26894788-26894957)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (18-139)||(33014000-33014122)
chr5 (19-271)||(38015928-38016177)
chr5 (178-286)||(33013881-33013989)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-232)||(43387132-43387344)
[»] scaffold0380 (2 HSPs)
scaffold0380 (26-155)||(14373-14503)
scaffold0380 (212-271)||(14538-14595)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (99-232)||(50251-50384)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (114-204)||(17510279-17510369)
chr7 (114-204)||(17542845-17542935)
chr7 (114-204)||(17474795-17474885)
chr7 (114-204)||(17578329-17578419)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 18 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 49953272 - 49952989
Alignment:
Q  18 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgtt-cgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49953272 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctgcaatgtttcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacgcttc 49953173  T
Q  117 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49953172 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacggacacgaagagtctcatatttaattgagagatgttaatgtgtcaagtgtggattaaa 49953073  T
Q  217 ataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttgtaatgtcataagattatggatgtaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  49953072 ataacacattgaatggcatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttataatgtcataagattttggatgtaact 49952989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 300
Target Start/End: Original strand, 39974683 - 39974966
Alignment:
Q  18 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  39974683 gacatcattctcacctgtgtggttgttttttctgcaatgtgtcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagttccaatggtgatatcatatacgcttc 39974782  T
Q  117 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaa 216  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  39974783 aacatttttggggagtggaagtgcttcgtggtggtggatcgcggacacaaagagtatcgtatttaattgagagatggtaatgtgtcaagtgtgggttaaa 39974882  T
Q  217 ataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttgtaatgtcataagattatggatgtaact 300  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||  ||||||  |||| || ||||||| || ||||||||    
T  39974883 ataacatattgaatgccatataatagatattgaataacatatcagtggaatgactcataatctcttaagattttgaatgtaact 39974966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 71 - 300
Target Start/End: Original strand, 281813 - 282042
Alignment:
Q  71 gtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagag 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||    
T  281813 gtgttgtctcccccgtaagtcccaatggtgatatcatatacgcttcaacatttttgtggagcggaagtgctgtgtggtggtggatcgcggacacgaagag 281912  T
Q  171 tctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgac 270  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  281913 tctcgtatttaattgagagatgttaatgtgtcaagtgtgggttaaaataacacattgaattccatataatatatattgaacaacatattagtgagatgac 282012  T
Q  271 ttgtaatgtcataagattatggatgtaact 300  Q
    |  ||||||| | ||||| |||||||||||    
T  282013 tcataatgtcttgagattttggatgtaact 282042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Original strand, 13228533 - 13228783
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 117  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||  | || |||||||||||||| ||||||  |||||  ||| ||||||||||||| | |||||    
T  13228533 acatcattttcacttgtgtgattgctctttctgcaatgcgttgattcacacaagtgttggctcccca-taagtttcaatggtgatatcatatccgcttca 13228631  T
Q  118 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 217  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||  |||||||||||| ||||||| || ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  13228632 acatttttggggagcataagtggtttttggtggtggatcgcagacacaaaaagtctcatacttaatggagagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaa 13228731  T
Q  218 taacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 271  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||    
T  13228732 taacacattgaatgc--aatagtagatgttgagaaacatataagtgagatgact 13228783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 42757706 - 42757638
Alignment:
Q  137 gtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtg 209  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    ||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  42757706 gtgcttcttggtggtggatcacagacacggagagtctc----ttaatagagagatgttaatgtgtcaattgtg 42757638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 57
Target Start/End: Original strand, 281775 - 281814
Alignment:
Q  18 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt 57  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  281775 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctgcaatgt 281814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 109
Target Start/End: Original strand, 50814634 - 50814725
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatat 109  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||| | ||| | |||||| |||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  50814634 acatcattatcactcgtgtgattgctctttatgcaatgtgtcgattcacacaagcgttggctcccccataagtcccaatggtgatatcatat 50814725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 21589082 - 21588799
Alignment:
Q  18 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  21589082 gacatcattctcacctgtgtggttgttttttctgcaatgtgtcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagttccaatggtgatatcatatacgcttc 21588983  T
Q  117 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaa 216  Q
    |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||    
T  21588982 aacaattatggggagcgaaagtgcttcgtggtggtggatcgtggacacgaagagtatcgtatttaattgagagatggtaatgtgtcaagggtgggttaaa 21588883  T
Q  217 ataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttgtaatgtcataagattatggatgtaact 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||  |||| || ||||||| || ||||||||    
T  21588882 ataacacattgaatgtcatataatagatattgaataacatatcagtgagatgactcataatctcttaagattttgaatgtaact 21588799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 232
Target Start/End: Original strand, 13756376 - 13756590
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 117  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| |||| ||||||||| |||| || || | |||||||||| |||||||||||||   |||||    
T  13756376 acatcattatcacttgtgtgattgctctttctgcaatgtgtcgattcacacaagcgttggcttccacataagtcccaatggtgatatcatatctgcttca 13756475  T
Q  118 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   ||| || |||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  13756476 acatttttggggagcggaagtggtccgtggtggtggatagtagatacaaagagtctcatgcttaatatagatatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaa 13756575  T
Q  218 taacacattgaatgc 232  Q
    |||||||||||||||    
T  13756576 taacacattgaatgc 13756590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 42797532 - 42797318
Alignment:
Q  18 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 116  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| |||||| |||| |||||||||||||  |||| | ||||||| ||| |||||||||||||   ||||    
T  42797532 gacatcattatcactcgtgtgattgctctttctgcaatgtgtcgattcacacaagtgtttgctcctc-gtaagtctcaatggtgatatcatatctgcttc 42797434  T
Q  117 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||  |||| ||  ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  42797433 aacatttttggggagcggaagtggtctgtggtggtggatagcagatacagagagtctcatgcttaatagaaagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaa 42797334  T
Q  217 ataacacattgaatgc 232  Q
    ||||||||||||||||    
T  42797333 ataacacattgaatgc 42797318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 23142042 - 23141828
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 117  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||| | ||| | |||||| |||| ||||||||| |||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||   |||||    
T  23142042 acatcattatcactcgtgtgattgctctttatgcaatgtgtcgattcacacaagcgttggctcccccataagtctcaatggtgatatcatatctgcttca 23141943  T
Q  118 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 217  Q
    ||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||  |||| ||  ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| | ||  ||||||    
T  23141942 acattttcggggagcggaagtggtccgtggtggtggatagcagatacagagagtctcatgcttaatagagagatgttaacgtgtcaagtatgagttaaaa 23141843  T
Q  218 taacacattgaatgc 232  Q
    |||||||||||||||    
T  23141842 taacacattgaatgc 23141828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 10901546 - 10901475
Alignment:
Q  161 acacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgc 232  Q
    ||||| |||||||| |  ||||| ||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  10901546 acacggagagtctcgtacttaatggagagatgttaatgtatcaaatgtgagttaaaataacacattgaatgc 10901475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 300
Target Start/End: Original strand, 36095949 - 36096232
Alignment:
Q  18 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 116  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  36095949 gacatcattctcacctttgtggttgttttttctgcaatgtgtcgaatcacacaagtgttgtatcccccgtatgtcccaatggtgatatcatatacgcttc 36096048  T
Q  117 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  36096049 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcgcggacacgaagagtatcgtatttaattgagagattgtaatgtgtcaagtgtgggttaaa 36096148  T
Q  217 ataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttgtaatgtcataagattatggatgtaact 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| | ||||||||||  |||| || ||||||| || ||||||||    
T  36096149 ataatacattgaatgccatataattgatattgaataacatatcaatgagatgactcataatctcttaagattttgaatgtaact 36096232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 12746241 - 12746103
Alignment:
Q  18 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || | || |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  12746241 gacatcattctcacttgtgtgattgcttct-ctgcaatgtatcgaatcacacaagtgttgtctcccctgtaattcccaatggtgatatcatatacgcttc 12746143  T
Q  117 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatc 156  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  12746142 aacatttttggagagcggaaatgctttgtggtggtggatc 12746103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 167 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 50332056 - 50331954
Alignment:
Q  167 agagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgaga 266  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||| ||||| ||||  || ||||||||||||    
T  50332056 agagtttcatgcttaatagagagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaataacacattgaatgc--aatagtagatgttgagaaacatataagtgaga 50331959  T
Q  267 tgact 271  Q
    |||||    
T  50331958 tgact 50331954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 50332173 - 50332063
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgtt-cgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 117  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| ||||||  ||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||   |||||    
T  50332173 acatcattatcactcgtgtgattgctctttctgcaatgtgacgattcacacaagcgttggctcccccataagtcccaatggtgatatcatatctgcttca 50332074  T
Q  118 acatttttggg 128  Q
    |||||||||||    
T  50332073 acatttttggg 50332063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0159 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0159
Description:

Target: scaffold0159; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 33492 - 33240
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcg--aatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacactt 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||   | |||||||||||||| ||||||  |||||| ||| | ||||||||||  | |||    
T  33492 acatcattctcacttgtgtgattgctctttctgcaatgtgtcatcattcacacaagtgttggctcccca-taagtctcaatgttgatatcatacccgctt 33394  T
Q  116 caacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaa 215  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  33393 caacatttttgggaagcggaagtggttcgtggtggtggatcgcagacacagagagtctcatacttaatgaagagatgttaatgtgtcaaatgtgagttaa 33294  T
Q  216 aataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 271  Q
    |||||||||||||||||   ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33293 aataacacattgaatgc--aatagtagatgttgaacaacatataagtgagatgact 33240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 5789119 - 5788867
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcg--aatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacactt 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||   | |||||||||||||| ||||||  |||||| ||| | ||||||||||  | |||    
T  5789119 acatcattctcacttgtgtgattgctctttctgcaatgtgtcatcattcacacaagtgttggctcccca-taagtctcaatgttgatatcatacccgctt 5789021  T
Q  116 caacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaa 215  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  5789020 caacatttttgggaagcggaagtggttcgtggtggtggatcgcagacacagagagtctcatacttaatgaagagatgttaatgtgtcaaatgtgagttaa 5788921  T
Q  216 aataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 271  Q
    |||||||||||||||||   ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5788920 aataacacattgaatgc--aatagtagatgttgaacaacatataagtgagatgact 5788867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 3395698 - 3395448
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 117  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||| | |||||    
T  3395698 acatcattttcacttgtgtgattgctctttctgcaacgtgtcgattcacacaagtgttgtctcccca-taagttccaatggtgatatcatatccgcttca 3395600  T
Q  118 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 217  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||  ||||  ||||||    
T  3395599 acatttttggggagcataagtggtttttggtggtggatcgcagacacaaagagtctcatacttaatggagagatgttaatgtgtcaggtgtgagttaaaa 3395500  T
Q  218 taacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 271  Q
    |||||| ||||||||   ||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||    
T  3395499 taacactttgaatgc--aatagtagatgttgagaaacatataagtgagatgact 3395448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 41754620 - 41754529
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatat 109  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||| | ||| | |||||| |||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  41754620 acatcattatcactcgtgtgattgctctttatgcaatgtgtcgattcacacaagcgttggctcccccataagtcccaatggtgatatcatat 41754529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 46 - 271
Target Start/End: Original strand, 1599549 - 1599773
Alignment:
Q  46 tttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttcaacatttttggggagcggaagtgcttcg 144  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |  |    
T  1599549 tttctgcaatgtgtcgattcacacaagtattggctcccccataagtcccaaaggtgatatcatatatgcttcaacattttttgggagcggaagtggtatg 1599648  T
Q  145 tggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgccatataatagat 244  Q
    |||||||||||  |||| ||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||| |||||    
T  1599649 tggtggtggatagcagatacagagagtctcatgcttaatagagagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaataacacattgaatgc--aatagtagat 1599746  T
Q  245 attgaacaatatataagtgagatgact 271  Q
     ||||  || |||||||||||||||||    
T  1599747 gttgagaaacatataagtgagatgact 1599773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 63 - 232
Target Start/End: Original strand, 26894788 - 26894957
Alignment:
Q  63 tcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagac 162  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||||||||||   |||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||  |||||    
T  26894788 tcacacaactgttggctaccccataagtcccaataatgatataatatccacttcaacattttaggggagtggaagtggttcatggtggtggattgcagac 26894887  T
Q  163 acgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgc 232  Q
    ||| | ||||||||  ||||| ||||||||||||| | |||| ||||  |||||||||||||||| ||||    
T  26894888 acggatagtctcatacttaatggagagatgttaatatatcaagtgtgatttaaaataacacattggatgc 26894957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 33014122 - 33014000
Alignment:
Q  18 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  33014122 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctgcaatgtgtcgaatcacacaagtgttgtctcccatgtaagtcccaatggtgatatcatatacgcttc 33014023  T
Q  117 aacatttttggggagcggaagtg 139  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  33014022 aacatttttggggagcggaagtg 33014000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 38016177 - 38015928
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 117  Q
    |||||||| | ||||||||| ||| | ||||| |||| | |||| ||||||||||| || ||||||  |||||||||| || |||||||||| | |||||    
T  38016177 acatcattattacttgtgtgattgctctttctgcaatatatcgattcacacaagtgctggctcccca-taagtcccaatggcgatatcatatccgcttca 38016079  T
Q  118 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 217  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||   ||||| || ||||||||  || || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  38016078 acatttttgtggaacggaagtggttcgtggtggtggatcgtggacac-aaaagtctcatacttgatggagagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaa 38015980  T
Q  218 taacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 271  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  38015979 taacacattgaatgc--aatagtagatgttgagcaacatataagtgagatgact 38015928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 178 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 33013989 - 33013881
Alignment:
Q  178 tttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttgtaat 277  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||  ||||    
T  33013989 tttaattgagagatgctaatgtgtcaagtgtgggttaaaataacacattgaatttcatataatatatattgaacaacatattagtgagatgactcataat 33013890  T
Q  278 gtcataaga 286  Q
    ||| |||||    
T  33013889 gtcttaaga 33013881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 43387344 - 43387132
Alignment:
Q  19 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 117  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||| || | ||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||||||| |  ||||    
T  43387344 acattattttcacttgtgtgattgctttttctacattgtgtcaattcacacaagtgttggatcccca-taagtcccaatggtgatatcatatccgtttca 43387246  T
Q  118 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 217  Q
    |||||||| ||||||  ||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |  ||||  |||||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  43387245 acattttttgggagcaaaagtggttcgtggtg-tggatcgcagacacggagagtctcgtacttaacagagagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaa 43387147  T
Q  218 taacacattgaatgc 232  Q
    | |||||||||||||    
T  43387146 ttacacattgaatgc 43387132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0380
Description:

Target: scaffold0380; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 155
Target Start/End: Original strand, 14373 - 14503
Alignment:
Q  26 tctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttcaacatttt 124  Q
    ||||||||||||| |||   ||||| |||||| | || |||||||||||||| |||| || ||||||  || ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  14373 tctcacttgtgtgattgccctttcttcaatgtgttgattcacacaagtgttggctcctccataagtcttaatggtgatatcatatccgcttcaacatttt 14472  T
Q  125 tggggagcggaagtgcttcgtggtggtggat 155  Q
    || |||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  14473 tgaggagcggatgtggttcgtgatggtggat 14503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 212 - 271
Target Start/End: Original strand, 14538 - 14595
Alignment:
Q  212 ttaaaataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 271  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  14538 ttaaaataacacattgaatgc--aatagtagatgttgaacaacatataaatgagatgact 14595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 50384 - 50251
Alignment:
Q  99 tgatatcatatacacttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatg 198  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||| | ||||   |||||||| |  ||||| ||||||  |||||     
T  50384 tgatatcatatccgcttcaacgttttttgggagcagaagtggttcgtagtggtggatcgcggacatagagagtctcgtacttaatggagagaatttaata 50285  T
Q  199 tgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgc 232  Q
    |||||| |||   |||||||||||| ||||||||    
T  50284 tgtcaagtgtcagttaaaataacacgttgaatgc 50251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 17510369 - 17510279
Alignment:
Q  114 ttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaa 204  Q
    ||||||||||| |||||| || |||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |   ||| | ||||||||||||||||||||    
T  17510369 ttcaacattttaggggagtgggagtggttcttggtggtcgatcacaggcacaaagagtctgacacttactggagagatgttaatgtgtcaa 17510279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 204
Target Start/End: Original strand, 17542845 - 17542935
Alignment:
Q  114 ttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaa 204  Q
    ||||||||||| |||||| || |||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |   ||| | ||||||||||||||||||||    
T  17542845 ttcaacattttaggggagtgggagtggttcttggtggtcgatcacaggcacaaagagtctgacacttactggagagatgttaatgtgtcaa 17542935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 17474885 - 17474795
Alignment:
Q  114 ttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaa 204  Q
    ||||||||||| |||| | || |||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |   ||| | ||||||||||||||||||||    
T  17474885 ttcaacattttaggggtgtgggagtggttcttggtggtcgatcacaggcacaaagagtctgacacttactggagagatgttaatgtgtcaa 17474795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 204
Target Start/End: Original strand, 17578329 - 17578419
Alignment:
Q  114 ttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaa 204  Q
    ||||||||||| |||| | || |||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |   ||| | ||||||||||||||||||||    
T  17578329 ttcaacattttaggggtgtgggagtggttcttggtggtcgatcacaggcacaaagagtctgacacttactggagagatgttaatgtgtcaa 17578419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University