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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10261A_low_154 (Length: 291)
Name: NF10261A_low_154
Description: NF10261A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10261A_low_154 |
 | |
|
| [»] scaffold0002 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0057 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0002 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:
Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 4 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 483926 - 483661
Alignment:
| Q |
4 |
cgactgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggannnnnnnnnnatatttgaaatttctgcct |
103 |
Q |
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| T |
483926 |
cgactgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggattttttttt--tatttgaaatttctgcct |
483829 |
T |
|
| Q |
104 |
aaagttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattgattatgtaata |
203 |
Q |
| |
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|
|
| T |
483828 |
aaagttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattgaaatattggcgtggaaaatagaggattgattatgtaata |
483729 |
T |
|
| Q |
204 |
tccaattagataatataacnnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
271 |
Q |
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||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
483728 |
tccaattagataatataacttttttttttgcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
483661 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 4 - 271
Target Start/End: Original strand, 6191659 - 6191925
Alignment:
| Q |
4 |
cgactgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggannnnnnnnnnatatttgaaatttctgcct |
103 |
Q |
| |
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|
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| T |
6191659 |
cgactgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggatttttttttcat--ttgaaatttctgcct |
6191756 |
T |
|
| Q |
104 |
aaagttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattgattatgtaata |
203 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
6191757 |
aaagttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattggcgtggaaaatagaggattgattatgtaata |
6191856 |
T |
|
| Q |
204 |
tccaattagataatataac-nnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
271 |
Q |
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|
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| T |
6191857 |
tccaattagataatataactttttttttttgcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
6191925 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 7 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 21873258 - 21872995
Alignment:
| Q |
7 |
ctgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggannnnnnnnnnatatttgaaatttctgcctaaa |
106 |
Q |
| |
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|
| T |
21873258 |
ctgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggattttttttttttatttgaaatttctgcctaaa |
21873159 |
T |
|
| Q |
107 |
gttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattgattatgtaatatcc |
206 |
Q |
| |
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| T |
21873158 |
gttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattggcgtggaaaatagaggattgattatgtaatatcc |
21873059 |
T |
|
| Q |
207 |
aattagataatataacnnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
271 |
Q |
| |
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||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21873058 |
aattatataatataac-tttttttttgcataaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
21872995 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 4 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 7688499 - 7688232
Alignment:
| Q |
4 |
cgactgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggannnnnnnnnnatatttgaaatttctgcct |
103 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7688499 |
cgactgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggatttttttt---tatttgaaatttctgcct |
7688403 |
T |
|
| Q |
104 |
aaagttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattgattatgtaata |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7688402 |
aaagttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattggcgtggaaaatagaggattgattatgtaata |
7688303 |
T |
|
| Q |
204 |
tccaattagataatataa---cnnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
271 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7688302 |
tccaattagataatataacttcttctttttttgcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
7688232 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0057 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:
Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 4 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 78467 - 78203
Alignment:
| Q |
4 |
cgactgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggannnnnnnnnnatatttgaaatttctgcct |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
78467 |
cgactgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggattttttttt--tatttgaaatttctgcct |
78370 |
T |
|
| Q |
104 |
aaagttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattgattatgtaata |
203 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
78369 |
aaagttgttttattggattatttttagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattggcgtggaaaatagaggattgattatgtaata |
78270 |
T |
|
| Q |
204 |
tccaattagataatataacnnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
271 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
78269 |
tccaattagataatataa-ttttttttttgcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
78203 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 7 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 33260235 - 33259970
Alignment:
| Q |
7 |
ctgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggannnnnnnnnnatatttgaaatttctgcctaaa |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33260235 |
ctgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggattttttttttttatttgaaatttctgcctaaa |
33260136 |
T |
|
| Q |
107 |
gttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattgattatgtaatatcc |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33260135 |
gttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattggcgtggaaaatagaggattgattatgtaatatcc |
33260036 |
T |
|
| Q |
207 |
aattagataatataac-nnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
271 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33260035 |
aattatataatataactttttttttttgcataaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
33259970 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 271
Target Start/End: Original strand, 16435037 - 16435300
Alignment:
| Q |
7 |
ctgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggannnnnnnnnnatatttgaaatttctgcctaaa |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16435037 |
ctgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggattttttttt--tatttgaaatttctgcctaaa |
16435134 |
T |
|
| Q |
107 |
gttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattgattatgtaatatcc |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16435135 |
gttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattggcgtggaaaatagaggattgattatgtaatatcc |
16435234 |
T |
|
| Q |
207 |
aattagataatataac-nnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
271 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16435235 |
aattatataatataactttttttttttgcatacaaattatccataatttgttttcattttgttact |
16435300 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 151; Significance: 6e-80; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 4 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 2947529 - 2947259
Alignment:
| Q |
4 |
cgactgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggannnnnnnnnnatatttgaaatttctgcct |
103 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
2947529 |
cgactgagatgaaatgagatgctttttgtagctgaagcctagcatatttacaatgatgattttgctgtggatttttttgtt-tgtttgaaatttctgcct |
2947431 |
T |
|
| Q |
104 |
aaagttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattgattatgtaata |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2947430 |
aaagttgttttattggattatttctaactatattgtattcatatgcctcttttatagattggaatattggcgtaggaaatagaggattgattatgtaata |
2947331 |
T |
|
| Q |
204 |
tccaattagataatataac----nnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttgttttcattttgttact |
271 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
2947330 |
tccaattagataatataactgttttttttttttgcattaaaattatccataatttgtttccattttgttact |
2947259 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 9009106 - 9008850
Alignment:
| Q |
5 |
gactgagatgaaatgagatgctttttgcagctgaagcttagcatatttacaatgatgattttgctgtggannnnnnnnnnatatttgaaatttctgccta |
104 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
9009106 |
gactgagatgagatgagatgctttttgcagttgaagcttagcatatttacaatgatgattctgctgtggatttttttt---tgtttcaaatttctgccta |
9009010 |
T |
|
| Q |
105 |
aagttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttttatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattgattatgtaatat |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9009009 |
aagttgttttattggaatattcctagctatattgtattcatatgactcttttatagattagaatattgacatggaaaattgaggattgattatgtaatat |
9008910 |
T |
|
| Q |
205 |
ccaattagataatataacnnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttgttttcatttt |
265 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9008909 |
ccaattagataatataac-ttttttttggcattaaaattattcataatttgttttcatttt |
9008850 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 156 - 265
Target Start/End: Original strand, 33818375 - 33818483
Alignment:
| Q |
156 |
tatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattgattatgtaatatccaattagataatataacnnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttg |
255 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
33818375 |
tatatattggaatattgatgtgaaaagttgaggattgattatgtaatatcaaattagataatataacttcttttttggcattaaaattatccat-atttg |
33818473 |
T |
|
| Q |
256 |
ttttcatttt |
265 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
|
| T |
33818474 |
ttttcatttt |
33818483 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 96 - 222
Target Start/End: Original strand, 25034605 - 25034733
Alignment:
| Q |
96 |
ttctgcctaaagttgttttattggattatttctagctatattgtattcatatccctcttt--tatagattggaatattagcgtggaaaatagaggattga |
193 |
Q |
| |
|
||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
25034605 |
ttctgcccaaagatgttttattggaacattcctagctatattgtattcatatgccttttttatatatatttgaatattgatgtggaaagcagaggattga |
25034704 |
T |
|
| Q |
194 |
ttatgtaatatccaattagataatataac |
222 |
Q |
| |
|
||||||||| || |||||||||||||||| |
|
|
| T |
25034705 |
ttatgtaatgtcaaattagataatataac |
25034733 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 175 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 25028057 - 25028011
Alignment:
| Q |
175 |
gtggaaaatagaggattgattatgtaatatccaattagataatataac |
222 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
25028057 |
gtggaaaattgaggattgattatgtaatatcaaatta-ataatataac |
25028011 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 265
Target Start/End: Original strand, 11899417 - 11899491
Alignment:
| Q |
190 |
ttgattatgtaatatccaattagataatataacnnnnnnnnnngcattaaaattatccataatttgttttcatttt |
265 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
11899417 |
ttgattatgtaatatcaaattagataatataacttcctttttggcatgaaaattatccat-atttgttttcatttt |
11899491 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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