View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10261A_low_61 (Length: 376)

Name: NF10261A_low_61
Description: NF10261A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10261A_low_61
NF10261A_low_61
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (14-370)||(21792013-21792369)
chr7 (16-356)||(21788233-21788573)
chr7 (14-356)||(21681652-21681994)
chr7 (14-356)||(21646745-21647091)
chr7 (14-353)||(15713625-15713964)
chr7 (85-353)||(21623266-21623534)
chr7 (14-355)||(21807970-21808311)
chr7 (14-356)||(21785408-21785750)
chr7 (14-356)||(21652071-21652413)
chr7 (14-356)||(21689415-21689757)
chr7 (14-356)||(21628127-21628469)
chr7 (14-353)||(21704645-21704984)
chr7 (14-356)||(21992175-21992526)
chr7 (38-355)||(21714209-21714526)
chr7 (14-353)||(21664100-21664442)
chr7 (14-356)||(21725898-21726240)
chr7 (14-356)||(21771963-21772305)
chr7 (85-356)||(21764135-21764406)
chr7 (14-353)||(21745534-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (227-357)||(25588-25718)
scaffold0182 (14-174)||(25312-25472)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (276-350)||(18192049-18192123)
chr1 (47-160)||(18192233-18192346)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 14 - 370
Target Start/End: Original strand, 21792013 - 21792369
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21792013 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagagaaaattttgagaagcattacatcccaaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 21792112  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792113 agatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgat 21792212  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    |||||||||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792213 aacattgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 21792312  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 370  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792313 tattgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 16 - 356
Target Start/End: Original strand, 21788233 - 21788573
Alignment:
Q  16 atacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtccaa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | |||  | ||  ||||||| |||||||||| ||   |||    
T  21788233 atacaaagggtggcagagtatctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcgcccaagttgttgtcggtaggtcctatccatcatgacaacacaa 21788332  T
Q  116 atctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataa 215  Q
    || ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| |||||    
T  21788333 atttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataa 21788432  T
Q  216 cattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatg 315  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  21788433 cattgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatg 21788532  T
Q  316 ttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788533 ttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21681652 - 21681994
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||| ||| |||| ||| ||| || || |||||| ||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |    
T  21681652 agatacaaagggtgccacggtatgtcaaaaatagaacaaaatttaaggagcattacagccccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21681751  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    | ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||| |||    
T  21681752 agatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgat 21681851  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | |||||||    
T  21681852 aacattgatgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatgga 21681951  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681952 tgttgttcgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21646745 - 21647091
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||| |||||| || |||||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||||| || |||    
T  21646745 agatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaacaaaatttgaggagcattacacccccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaatcc 21646844  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    ||| |||    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||  |||    
T  21646845 aaagctgaagataggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagat 21646944  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21646945 aacattgatgaactgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21647044  T
Q  314 tgttgttcgtgg----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    | ||||||||||    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647045 tattgttcgtggatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 14 - 353
Target Start/End: Original strand, 15713625 - 15713964
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||||| ||||| | ||||| | || | ||| || |||||||| || |||||||||| || | |    
T  15713625 agatacaaagggtgccaggctatctcagaaaaagtaaaaattatgagatgcattacgcacctaagttggtttcaataggccctatccatcatgacaatac 15713724  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    ||||||    | ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||| |||    
T  15713725 aaatctaaagtcaggggagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgctgat 15713824  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15713825 aacattgatgaactgaagtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatgga 15713924  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 353  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15713925 tgttgttcgtggatggatgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 85 - 353
Target Start/End: Original strand, 21623266 - 21623534
Alignment:
Q  85 tcaataggtcccatccatcatggcagtccaaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 184  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||   |||    
T  21623266 tcaataggtcctatccatcatggcaatacaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttc 21623365  T
Q  185 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 284  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21623366 agaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctt 21623465  T
Q  285 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 353  Q
    ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623466 tggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 14 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 21808311 - 21807970
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| | || | ||| |||||||||||||| ||||||||||| | |      
T  21808311 agatacaaagggtggctgagtatctcagaaatagaacaaatcttgagaagcattactcacccaagttggtatcaataggtcctatccatcatggaaatat 21808212  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21808211 aaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtggtctgcgaaatacatagaaaacagcggctttattctagaggatctacacaaaaagattgctgat 21808112  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21808111 aacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctgtcatgga 21808012  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 355  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808011 tgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21785408 - 21785750
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||| | || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || |||    
T  21785408 agatacaaagggtgcaagagtatctaagaaataggaaaaactttgagaagcattactcacccaagttagtgtcaataggtcctatccatcatgacaatcc 21785507  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    |||||||     ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | || |  |   ||| ||     ||||| ||||||||||||||||||    
T  21785508 aaatctgaagacaggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatacctcgagaatataggccgcaatccacgcgatctacacaaaaagattgccgat 21785607  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21785608 aacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggtagccttgaagaaaagctgtcgtgga 21785707  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785708 tgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21652071 - 21652413
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||| || | |    
T  21652071 agatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaaacaattttgagaaacattacacccccaagtttgtttcaataggtcctatccatcatgacaatac 21652170  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    |||| ||     ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||  ||||||||||||||||||    
T  21652171 aaatatgaaaccaggagaggagtataagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaacggctttattctagaggatcgacacaaaaagattgccgat 21652270  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    || ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21652271 aaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21652370  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652371 tgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21689415 - 21689757
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||  | |||| |||||| ||||||||||||| |      
T  21689415 agatacaaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagcattagaccccgaggttgatgtcaaaaggtcctatccatcatggcaataa 21689514  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    |  |||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||  |||    
T  21689515 atctctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgat 21689614  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||    
T  21689615 aacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtgga 21689714  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689715 tgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21628127 - 21628469
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||| | |||| |||||| |||||||||| | || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  21628127 agatacaaagggtggccgatcatctcagaaataaaaaagattttgggaagtattactcacccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcagtac 21628226  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    |||||||    |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||| |||    
T  21628227 aaatctgaacataggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgctgat 21628326  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||    
T  21628327 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgtgga 21628426  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628427 tgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 353
Target Start/End: Original strand, 21704645 - 21704984
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||| | || | ||| || || |||||||| |||||||||| || |||    
T  21704645 agatacaaagggtgcaagagtatctcagaagtagaaaaaactttgagcagcattactcacccaagttagtgtcgataggtcctatccatcatgacaatcc 21704744  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    || ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||| |||    
T  21704745 aactctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgcagat 21704844  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||    
T  21704845 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtgga 21704944  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 353  Q
    | |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704945 tattgttcatggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21992175 - 21992526
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| | ||| | || |  || || ||||||||||| ||||||||||||| | |    
T  21992175 agatacaaagggtggcagagtatctcaaaaatagaaaagactttgagaagcactactcacccaaattggtgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21992274  T
Q  114 aa---------atctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaag 204  Q
    ||         |||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |   | ||     ||||| |||||||||    
T  21992275 aagcaatgcaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacacaaaaag 21992374  T
Q  205 attgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagc 304  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21992375 attatcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagc 21992474  T
Q  305 tgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992475 tgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 38 - 355
Target Start/End: Original strand, 21714209 - 21714526
Alignment:
Q  38 tcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtccaaatctgggtttaggagagaagta 137  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | |||||| ||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||     ||||||||||||    
T  21714209 tcagaaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagtttgtgtcattaggtcctatccatcatgacaatccaaatctgaagaaaggagagaagta 21714308  T
Q  138 caagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcat 237  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  21714309 caaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtcat 21714408  T
Q  238 tttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctt 337  Q
    |||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21714409 tttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtggatggatgttctt 21714508  T
Q  338 tgttgcatatcttggaga 355  Q
    || | |||||||||||||    
T  21714509 tgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 353
Target Start/End: Original strand, 21664100 - 21664442
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    |||||||||||||| || |  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || | |||  | ||||||||||| ||||||||||||| | |    
T  21664100 agatacaaagggtgccacacaatctcagaaacagaaaaaactttgagaagtattactcacccaagttcctgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21664199  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    | |||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||   |||    
T  21664200 agatctgaagttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagatttttgat 21664299  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 310  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  21664300 aacatcgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgtcgt 21664399  T
Q  311 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 353  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664400 ggatattgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21725898 - 21726240
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    ||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |   |    
T  21725898 agatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcagaacac 21725997  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    |||||||   |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21725998 aaatctgatattagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctgat 21726097  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21726098 aacattgatgaactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtgga 21726197  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726198 tgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21771963 - 21772305
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    ||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |   |    
T  21771963 agatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcataacac 21772062  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    |||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||    
T  21772063 aaatctgatattagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctgat 21772162  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  21772163 aacattgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtgga 21772262  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772263 tgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 85 - 356
Target Start/End: Original strand, 21764135 - 21764406
Alignment:
Q  85 tcaataggtcccatccatcatggcagtccaaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 184  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||  || |||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||    
T  21764135 tcaataggtcctatccatcatgacagatcagatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatc 21764234  T
Q  185 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 284  Q
       | || || ||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21764235 cagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctt 21764334  T
Q  285 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    |  |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764335 tcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 353
Target Start/End: Original strand, 21745534 - 21745873
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | ||| || ||| ||||||| |||||||||| || |||    
T  21745534 agatacaaagggtggtagaccatctcataaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagttggtgtcattaggtcctatccatcatgacaatcc 21745633  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgat 213  Q
    ||||||      ||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| || | || || |    || ||   | |||||||||||||||||||  |||    
T  21745634 aaatctaaagacaggagaagagtataagcttatgtgggcagcaaaatacctcgagaatacaggccacaatccacacgatctgcacaaaaagattgttgat 21745733  T
Q  214 aacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgga 313  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||   |||| |||||||||||||| ||||    
T  21745734 aacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaatgccttgaagaaaagctgtcgtgga 21745833  T
Q  314 tgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 353  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745834 tgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 227 - 357
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  227 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 326  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  327 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 357  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 174
Target Start/End: Original strand, 25312 - 25472
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtcc 113  Q
    ||||||||||||||||| | || | |||||||| |  ||||||   |||||| ||||  || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || |      
T  25312 agatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataa 25411  T
Q  114 aaatctgggtttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacact 174  Q
    |||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25412 aaatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 276 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  276 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 350  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 18192346 - 18192233
Alignment:
Q  47 gaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtccaaatctgggtttaggagagaagtacaagcttat 146  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| | || |  || |||||||| ||||| |||||||||||  | |||||| |||  ||| ||||||||||||||||       
T  18192346 gaaaagattttgagaagcattactcgcccaaattggtatcaatgggtcctatccatcatggtcgcccaaatttggagttatgagagaagtacaagctaca 18192247  T
Q  147 gtgggcagcagaat 160  Q
    |||||||||| |||    
T  18192246 gtgggcagcaaaat 18192233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University