View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10269_low_8 (Length: 387)

Name: NF10269_low_8
Description: NF10269
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10269_low_8
NF10269_low_8
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (15-371)||(25468931-25469287)
chr5 (15-287)||(32762437-32762712)
chr5 (15-287)||(28474297-28474572)
chr5 (15-294)||(32709619-32709901)
chr5 (130-371)||(25477241-25477491)
chr5 (22-294)||(32652206-32652481)
chr5 (17-294)||(32662343-32662623)
chr5 (28-294)||(32857687-32857960)
chr5 (17-292)||(32739522-32739800)
chr5 (15-290)||(32767337-32767612)
chr5 (15-294)||(32558254-32558536)
chr5 (17-294)||(32656456-32656736)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (15-294)||(7970280-7970562)
chr7 (17-294)||(37576549-37576829)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (16-294)||(16756386-16756667)
chr2 (15-294)||(16751905-16752187)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (15-284)||(17590850-17591119)
chr1 (15-371)||(17582851-17583212)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-79)||(21524198-21524260)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 15 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 25469287 - 25468931
Alignment:
Q  15 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 114  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25469287 tggacagcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatggctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctgcagta 25469188  T
Q  115 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25469187 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcattcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgtttcgagctaatg 25469088  T
Q  215 ttgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacnnnnnnntaaaccatcgaat 314  Q
    | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||| |||    
T  25469087 tagcacttcggacacttcttctcaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaaaataaaccatcaaat 25468988  T
Q  315 tagactttgaagtatttgctagaatgaaatgaaatatttctttgcaaggcttgttag 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25468987 tagactttgaagtatttgctagaatgaaatgaaatatttctttgcaaggcttgttag 25468931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 32762712 - 32762437
Alignment:
Q  15 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 114  Q
    |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| | ||||||||||||||||  |  |||    
T  32762712 tggacaacacttctgatgatgcagcaaagtcacaacctgaaagggggcagtaacatagttcgtagatgcattcctcttcatgcttcctattttcaatgta 32762613  T
Q  115 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 214  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||   ||| |||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||     
T  32762612 acttattttctccctgcaaccatattttgcattcggacatgacat---ttcaatagattgcaatacgttctcaatgtatttacaacgttttgagctaata 32762516  T
Q  215 tt------gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaa 287  Q
    ||      |||| |   |||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  32762515 ttcaaagagcacatgaaacacttgttcctgagtttaggacagcaggtagagcaaataatatgaccattatcgcactgaa 32762437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 15 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 28474572 - 28474297
Alignment:
Q  15 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 114  Q
    |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||  |||||||||||| |    ||||| ||||| | ||||||||||||||||| |  |||    
T  28474572 tggacaacacttctgatgatgcagcaaagtcacaaccagaaagagggcagtaacatggaaagtagatgcattcgtcttcatgcttcctatttccagtgta 28474473  T
Q  115 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 214  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||| | ||||||||||  |||||    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28474472 acttattttctccttgcaaccatggtttgcattcggacatggcatttca---atagataacaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 28474376  T
Q  215 ------ttgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaa 287  Q
            |||||   |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28474375 cgcaacgagcactcatgacacttgttcctaagtttagtacagcaggtagagcaaacaatatgaccattatcacactgaa 28474297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 32709901 - 32709619
Alignment:
Q  15 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 114  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||| | ||   |  |||    
T  32709901 tggacaacacttctgatgaggcaacaaagtcacaacctgaaaggggacagtaacatggcacatacatacattcttcttcatgcttcttcttctcattgta 32709802  T
Q  115 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaat- 213  Q
     |  ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||    | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||     
T  32709801 gcccattgtctccttgcagccatgtttttcattcgggcatgacatttcg---aaagattgcaaaagattctcaatggctttacaacgttttaagcgaata 32709705  T
Q  214 -gtt----gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaac 294  Q
     |||    ||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  32709704 cgttttgagcatttgggacacttgttccgatgtttatcacagcaggttgagcaaacaatatgaccattaacacactgaattgcaac 32709619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 130 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 25477491 - 25477241
Alignment:
Q  130 gcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatat----tctcaatggctttacaacgtttt-gagctaatgtt------gc 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||   |||| ||||||||||||    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||       ||    
T  25477491 gcaaccatgtttttcattcggacatgacatttc---catatattgcaatatatatattctcaatggctttacaacatttttgagctaatgtgcaatgagc 25477395  T
Q  219 acttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacnnnnnnntaaa-ccatcgaattag 317  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||        ||| ||||| ||||||    
T  25477394 acttctgacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatgcccattatcacactaaattgcaacaaaaaaaaaaacccatcaaattag 25477295  T
Q  318 actttgaagtatttgctagaatgaaatgaaatatttctttgcaaggcttgttag 371  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||  | ||||||||||| ||||||||||||    
T  25477294 actttgaagcattttctagaaagaaaaaacatatttctttgtaaggcttgttag 25477241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 294
Target Start/End: Original strand, 32652206 - 32652481
Alignment:
Q  22 cacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaacttatt 121  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| || ||  |||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||| |||| |||| |  ||||||||||    
T  32652206 cacttctgatgatgcaacaaagtgacaacttggaacagggcagtaacatggcgcatggatgcattctttttcatgcctcctctttccaatgtaacttatt 32652305  T
Q  122 gtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg------t 215  Q
     ||||  |||||||||||||| | ||||||||||| ||   ||| |||||| |||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||           
T  32652306 ttctcattgcaaccatgttttgcattcggacatgacat---ttcaatagatagcaatagattctcagcggctttacaatgttttgagctaatgggcaacg 32652402  T
Q  216 tgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaac 294  Q
     ||| ||  |||||||||| | |||||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32652403 agcaattgtgacacttgtttctaagtttagtactgcaggtagagcaaacaatatgaccattatcacactgaattgcaac 32652481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 294
Target Start/End: Original strand, 32662343 - 32662623
Alignment:
Q  17 gacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaac 116  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||  |||||| ||||| || ||| ||| ||||||| |||||||||||| |||| |  | |||    
T  32662343 gacaacacttctgatgatgcaacaaagtcacagcttgaaacagggcagcaacatggcacatggatgcattcttcttcatgcttcctctttccaatgcaac 32662442  T
Q  117 ttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaat--- 213  Q
    ||||| ||||  |||||||||| ||| | ||||||||||| ||   ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  32662443 ttattttctcattgcaaccatgatttacattcggacatgacat---ttcaatagatagcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatacg 32662539  T
Q  214 ---gttgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaac 294  Q
          ||||||  ||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  32662540 caacgagcacttgtgacgcttgttcccaagtttaggatagcaggtagagcaaaaaatatgaccattatcacactgtagtgcaac 32662623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 32857960 - 32857687
Alignment:
Q  28 tgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatag---atacattctttttcatgcttcctatttctacagtaacttattgtc 124  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||   |  ||||||| ||||||||| || |||| |  |||||||||| ||    
T  32857960 tgatgatgcaacaaagtcacaacctgaaagggggcagtaacatggctcatagtagaagcattcttcttcatgcttactctttccagtgtaacttattttc 32857861  T
Q  125 tccctgcaaccatgtttttcgtt-cggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaat------gttg 217  Q
    ||| |||||||||| ||| | || ||||||||| |||||    |||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||      |  |    
T  32857860 tccttgcaaccatgctttgcatttcggacatgacatttcg---atagatagcaataaattctcaatggctttacaacattttgcgctaatgggcaaggag 32857764  T
Q  218 cacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaac 294  Q
    |||||   ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||    
T  32857763 cacttgtaacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagcaaacaatatgaccattattagactgaaatgcaac 32857687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 32739800 - 32739522
Alignment:
Q  17 gacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaac 116  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| || ||| ||||| |||||||| | ||| |  |||  ||| |    
T  32739800 gacaacacttctgatgattcaacaaagtcacatcctgaaaagggacagtaacatggcttatggatgcattcgttttcatgatccctctgcctaatgtacc 32739701  T
Q  117 ttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtt 216  Q
    |  ||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||  |   |||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||      
T  32739700 tatttgtcaccctgcaaccatattttgcattcggacatggca---cttcaatagatcgcaatagattctcaatggcttcacagcgtttagagctgatgga 32739604  T
Q  217 ------gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgca 292  Q
          ||||||  |||||||||||| |||||||  |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  32739603 caatgagcacttgtgacacttgttccgaagtttaggacagcaagtagagcagacaatatgaccattatcacactgtattgca 32739522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 32767612 - 32767337
Alignment:
Q  15 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 114  Q
    |||||| ||||||||||| |||| | ||| |||||||| ||| |||||||||||||||  | || || ||||| | ||||||||||| |||||    |||    
T  32767612 tggacaacacttctgatgttgcagcaaagccacaacctaaaatggggcagtaacatagtacgtatatgcattcgtcttcatgcttccgatttccgatgta 32767513  T
Q  115 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 214  Q
    ||||||| |  | || ||||||||||   | ||||||||||||||   ||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32767512 acttatttttactctacaaccatgttcggcattcggacatgatat---ttcaatagatagcattagattctcaatggctttacaatgttttgagctaatg 32767416  T
Q  215 ttgcact----tcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattg 290  Q
      ||| |     |  ||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32767415 -ggcaatgagcaccaacacttgttcctaagtttaggagagcaggtagagcaaacaatatgaccattatcacactgaattg 32767337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 294
Target Start/End: Original strand, 32558254 - 32558536
Alignment:
Q  15 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 114  Q
    |||||| ||||||| |||| ||||| || |||||||||  || ||| ||||||||| || ||||||| ||||||| |||||| ||||| |||| ||  |     
T  32558254 tggacaacacttctaatgaggcaacaaaatcacaacctttaacgggacagtaacatggcacatagatgcattcttcttcatgtttcctctttccactttg 32558353  T
Q  115 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 214  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||  ||   ||  ||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  32558354 acttattgtctccctgcagccatattttttgttcgggcatggcat---ttggatagattgcgatatattctcaatgactttgcaacattttgagctaatg 32558450  T
Q  215 ----tt--gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaac 294  Q
        ||  ||||||  |||| ||||||  ||||| |  | |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  32558451 ggcattgagcacttgtgacagttgttcataagttgaggaaagcaagtagagcaaacaatatgatcattatcgcactgaattgcaac 32558536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 294
Target Start/End: Original strand, 32656456 - 32656736
Alignment:
Q  17 gacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaac 116  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||  || ||||||||  || ||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||   |||||    
T  32656456 gacaacacttcggatgatgcaacaaagccacaacttgaaataggacagtaacagggcacatggatgcattctttttcatgattcctctttctgatgtaac 32656555  T
Q  117 ttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtt 216  Q
    | ||| |||   ||||||||| |||| | ||||||||||| |||||    | ||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||      
T  32656556 taattttcttgttgcaaccatattttgcattcggacatgacatttca---agagataccaatagattctcaatggctttacaatgtttggagctagtggg 32656652  T
Q  217 ------gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaac 294  Q
          ||||||   ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  32656653 caatgagcacttgtaacacttgtttccaagtttaggacagcaggtagagcaaacaatatgaccattgtcacactgcattgcaac 32656736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 294
Target Start/End: Original strand, 7970280 - 7970562
Alignment:
Q  15 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 114  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||    |||    
T  7970280 tggacaacacttctgatgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacagtaacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccggtgta 7970379  T
Q  115 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 214  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| ||   ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7970380 acttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacat---ttcgatagattgcaatagattctcaatggctatacaacgttttgagctaatg 7970476  T
Q  215 t------tgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaac 294  Q
    |       ||||||  |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7970477 tgcaatgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagcaaacgatatgaccattatcacactgaattgcaac 7970562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 37576829 - 37576549
Alignment:
Q  17 gacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaac 116  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||  |  |||||||||||  |||||| ||| |||| || |||||| ||| | |||| |  |||||    
T  37576829 gacaacacttctgatgatgcaacaaagtcacaatctggcagagggcagtaacacggctcatggatgcattgttcttcatggttcatctttccaatgtaac 37576730  T
Q  117 ttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtt 216  Q
    ||||| |||| |||||||| | |||| | |||| |||||| | |||    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  37576729 ttattttctctctgcaaccgtattttgcattcgaacatgacaattca---atagatagcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgcg 37576633  T
Q  217 ------gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaac 294  Q
          |||||| |||||| |||||| |||||||  | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37576632 caatgagcacttgggacacgtgttcctaagtttaggatagcaggtagagcaagcaatatgaccattatcacactgaattgcaac 37576549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 16756667 - 16756386
Alignment:
Q  16 ggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaa 115  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||| ||||||| |||||||||||| ||   |  ||||    
T  16756667 ggacaacacctctgatgaagcaacaaagtcacaacctgaaagggggcaataacatggcacatagatgcattcttcttcatgcttcctcttctgaatgtaa 16756568  T
Q  116 cttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg- 214  Q
       ||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||  ||   ||  ||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||     
T  16756567 tcgattgtctccttgcaaccatatttttcattcagacatggcat---tttgatatattgcaatagattctcaaaggctctacaacgttttaagctaatgc 16756471  T
Q  215 -tt----gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaac 294  Q
     ||    ||||||   ||||||||||||||  |||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  16756470 attttgagcacttgtcacacttgttcccaaacttagagcagcaggtagagcaaacaatatgaccattatcacactgaatttcaac 16756386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 16752187 - 16751905
Alignment:
Q  15 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 114  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||||| |||| || |||||||||| | ||   || |||    
T  16752187 tggacaacacctctgatgaggcaacaaaatcacaacctgaaatggggcaataacatgggacatagatgcatttttcttcatgcttcgtcttctgactgta 16752088  T
Q  115 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 214  Q
    |  ||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||| ||   ||  ||| ||||||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||||||    
T  16752087 atctattgtctctctgcaaccatatttttcattcgggcatgacat---tttgatatattgcaatagattctcaaaggctctgcaacgttttaagctaatg 16751991  T
Q  215 --tt----gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaac 294  Q
      ||    ||||||    |||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||| | | |||||||||| ||||    
T  16751990 cattttgagcacttgtcgcacttgttcccaagcttagaacagcaggtaaagcaaacaatatgaccagttttacactgaatttcaac 16751905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 15 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 17591119 - 17590850
Alignment:
Q  15 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 114  Q
    |||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||||||  | ||||  ||||||| ||||||||||||||   |   |||    
T  17591119 tggacaacacttctgatgatgcagcaaagtcacatcctgaaagggggcagtaacatagtacgtagacgcattcttcttcatgcttcctatcggt---gta 17591023  T
Q  115 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 214  Q
    ||||||  ||||| | |||||||| ||| | |||| |||||| ||   ||  |||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17591022 acttatcttctccttacaaccatgctttgcattcgaacatgacat---tttgatagatagcaatagattctcaatggctttgcaacgttttgagctaatg 17590926  T
Q  215 t------tgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacact 284  Q
    |       |||||   |||||||||||  ||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17590925 tgcaatgagcactcgtgacacttgttcttaagtttcgtacagcaggtagagcaaacaatatgaccattatcacact 17590850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 17583212 - 17582851
Alignment:
Q  15 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 114  Q
    |||||| || |||||| |||||| | |||||||| ||||||| |||||||| |||| |  | ||||| |||| || ||||||||||||||   |   |||    
T  17583212 tggacaacaattctgacgatgcagcaaagtcacatcctgaaagggggcagtcacatggtacgtagatgcatttttcttcatgcttcctatcagt---gta 17583116  T
Q  115 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 214  Q
    ||||||| || || |||||||||||||| | || ||| |||| ||||     |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17583115 acttattttcgccttgcaaccatgttttgcatttggatatgaaattttg---atagatagcaatagattctcaatgactttacaacgttttgagctaatg 17583019  T
Q  215 tt------gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacact-----gaattgcaacnnnnnnnta 303  Q
            |||||   |||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||     | ||||||||        |    
T  17583018 cgcaatgagcactcgtgacacttgttcctaagtttagtacagcaagtagagcaaacaatatgatcattatcacactgcaaggtattgcaacatcaaagaa 17582919  T
Q  304 aaccatcgaattagactttgaagtatttgctagaatgaaatgaaatatttctttgcaaggcttgttag 371  Q
    || |||| ||||||||||||||  ||||| |||||| |||| ||| |||| |||| ||||||||||||    
T  17582918 aatcatcaaattagactttgaaccatttgttagaataaaataaaagatttatttgtaaggcttgttag 17582851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 21524260 - 21524198
Alignment:
Q  17 gacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatag 79  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  21524260 gacaacacttctgatgatgcaacaaagtcacaacctgaaagggggcagtaacatggctcatag 21524198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University