View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10274_low_2 (Length: 488)

Name: NF10274_low_2
Description: NF10274
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10274_low_2
NF10274_low_2
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (37-481)||(18345555-18345997)
chr2 (20-481)||(88222-88695)
chr2 (20-471)||(12130689-12131152)
chr2 (26-481)||(34695961-34696426)
chr2 (26-481)||(34718373-34718838)
chr2 (20-287)||(44017369-44017636)
chr2 (344-481)||(39826242-39826379)
chr2 (86-175)||(9709910-9709999)
chr2 (85-219)||(26198630-26198763)
chr2 (21-143)||(1418033-1418155)
chr2 (20-92)||(22845600-22845672)
chr2 (20-102)||(13109920-13110002)
chr2 (20-62)||(11292113-11292155)
chr2 (20-60)||(26198778-26198818)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (20-476)||(53496712-53497168)
chr3 (20-476)||(55199188-55199647)
chr3 (23-435)||(42340331-42340754)
chr3 (68-236)||(647310-647478)
chr3 (81-266)||(2615383-2615568)
chr3 (87-267)||(46007190-46007371)
chr3 (19-275)||(48227294-48227551)
chr3 (104-236)||(27941129-27941261)
chr3 (285-481)||(36310824-36311017)
chr3 (359-476)||(1070680-1070797)
chr3 (20-112)||(647214-647306)
chr3 (307-375)||(27747790-27747858)
chr3 (81-164)||(11020292-11020375)
chr3 (188-222)||(36310759-36310793)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (20-456)||(44526953-44527389)
chr1 (20-476)||(51112983-51113451)
chr1 (20-476)||(5609007-5609475)
chr1 (20-376)||(25682419-25682787)
chr1 (44-476)||(36733361-36733808)
chr1 (20-400)||(4394903-4395294)
chr1 (21-322)||(52109288-52109588)
chr1 (22-278)||(16816853-16817108)
chr1 (20-283)||(48949775-48950038)
chr1 (21-237)||(48166156-48166372)
chr1 (122-393)||(24538260-24538544)
chr1 (20-144)||(44602764-44602888)
chr1 (285-314)||(48950052-48950081)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (20-426)||(4267829-4268235)
chr5 (20-473)||(27292114-27292570)
chr5 (20-476)||(8387754-8388222)
chr5 (20-476)||(20204624-20205091)
chr5 (20-481)||(22767308-22767781)
chr5 (20-475)||(15988800-15989267)
chr5 (20-476)||(41940788-41941254)
chr5 (20-476)||(12660012-12660452)
chr5 (20-276)||(25730688-25730944)
chr5 (45-481)||(27532982-27533431)
chr5 (101-481)||(30222931-30223323)
chr5 (20-252)||(11375564-11375796)
chr5 (20-266)||(26597508-26597754)
chr5 (242-475)||(34653865-34654109)
chr5 (329-458)||(25730527-25730656)
chr5 (22-223)||(34652307-34652507)
chr5 (133-225)||(42989361-42989453)
chr5 (32-235)||(37448046-37448249)
chr5 (329-430)||(16074451-16074551)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (24-481)||(16098146-16098622)
chr7 (20-481)||(16731596-16732069)
chr7 (20-481)||(17709730-17710203)
chr7 (20-463)||(22288922-22289377)
chr7 (20-481)||(1581278-1581752)
chr7 (20-455)||(9328653-9329099)
chr7 (20-476)||(29201006-29201470)
chr7 (44-474)||(17877083-17877520)
chr7 (53-258)||(30824559-30824763)
chr7 (20-286)||(30493661-30493926)
chr7 (286-461)||(11745970-11746145)
chr7 (128-219)||(34578437-34578528)
chr7 (89-134)||(3601683-3601728)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (20-459)||(23853632-23854068)
chr8 (20-481)||(478107-478580)
chr8 (23-476)||(7126891-7127356)
chr8 (20-481)||(8451174-8451647)
chr8 (32-476)||(40588793-40589234)
chr8 (27-266)||(13414913-13415152)
chr8 (378-481)||(43318449-43318552)
chr8 (23-215)||(185645-185835)
chr8 (81-141)||(9496797-9496857)
chr8 (347-438)||(42898916-42899007)
chr8 (180-225)||(9496748-9496793)
chr8 (121-215)||(37712020-37712114)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (20-481)||(28537838-28538309)
chr4 (20-475)||(2064522-2064989)
chr4 (20-476)||(51259580-51260049)
chr4 (20-476)||(56065297-56065765)
chr4 (32-400)||(21321271-21321651)
chr4 (20-476)||(55734677-55735145)
chr4 (20-481)||(49950986-49951449)
chr4 (20-481)||(29655717-29656189)
chr4 (37-481)||(18442213-18442668)
chr4 (20-475)||(51735023-51735490)
chr4 (23-481)||(37245906-37246381)
chr4 (24-455)||(32577103-32577544)
chr4 (20-469)||(49119451-49119899)
chr4 (20-469)||(28425870-28426319)
chr4 (32-284)||(41835374-41835626)
chr4 (20-286)||(43840357-43840624)
chr4 (20-132)||(47226381-47226493)
chr4 (20-129)||(26422653-26422762)
chr4 (386-455)||(43840718-43840787)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (20-476)||(29368107-29368555)
chr6 (20-476)||(15606045-15606520)
chr6 (20-481)||(14679821-14680298)
chr6 (20-439)||(28106844-28107275)
chr6 (285-476)||(30802298-30802489)
chr6 (285-475)||(19364273-19364463)
chr6 (32-224)||(15053238-15053430)
chr6 (329-481)||(11732018-11732174)
chr6 (20-176)||(30802042-30802198)
chr6 (20-163)||(19690930-19691073)
chr6 (44-176)||(11731744-11731873)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (20-286)||(56-322)
[»] scaffold0922 (1 HSPs)
scaffold0922 (20-140)||(315-434)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 481
Target Start/End: Original strand, 18345555 - 18345997
Alignment:
Q  37 agtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtc 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  18345555 agtagatgagtcggattcgaagacaattcgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcgagtaaggctactgcctccccctc-aaaactgtc 18345653  T
Q  137 atatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacg 236  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18345654 atatttgtccgttaccatttcgtttgagttcaaataaattacccacggaagtctctaacacaacacgcaaaagaagtaatatggttacgctcatggaacg 18345753  T
Q  237 ttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggttaatgatgtttata 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  18345754 ttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcgttcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggtgaatgatgtttatg 18345853  T
Q  337 aacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaa 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18345854 aacctcttgccattactgccatgcatttagtgttgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgaacatcattccaaatgacatcattacgtgcagcccaa 18345953  T
Q  437 atttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||    
T  18345954 atttgccaaagaagtaaagcca-ccgaccagcaatgtctcggctt 18345997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 88695 - 88222
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  88695 gatagagcttgcactagagtagatgagtcggactcgaagacaacccggtcccatctgttagcatcaacaaagtgaagggcctcgagtaaggctactgcct 88596  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  88595 ccccctccaaaactgtcatatttgcccattgccatttcatttgagcccgaataaattgcccgcgagagtctctaacacaacatgcaaaagttgtaatatg 88496  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||            ||||||||||||| ||| |||||    
T  88495 gttacggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgtgttgttgccttgcactctattatgctcgtgt 88396  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    || ||||||||| || |  ||||||||| ||| ||||||||||  || |||||||||||||  |||||| |||||||||||||  | |||||| | ||||    
T  88395 tgtacaaccggtagtgagggatgtttatgaacatcttgccattgttgtcatgcatctagtgtcgtcctcccaatgctcgttgatctatgatgagcgtcat 88296  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  88295 tccaaatggtatcattacgtgcagcccaaattttccaaagaagtgaagccacccgaccagcaatgtctcggctt 88222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 471
Target Start/End: Original strand, 12130689 - 12131152
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| || | ||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  12130689 gatagagcttggactagagtagatgagtcagactcgaagataacccgattccatctatttgcatcagcaaagtgaagagcctcaagtaaggctactgcct 12130788  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||| ||| |||||||||  || || |||||| ||||||||||||||| || | | ||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||    
T  12130789 ccccctccaacactatcatatttgctcgctgtcatttcgtttgagcccgaataatttgcccgcgggagtctctaacacaacacccaaaagatagaatatg 12130888  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||| |||||            |||||||||| ||   |||||||    
T  12130889 gttacggtcatggaacggggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcgatttctcccaaattgagttgttaccttgcactctgtttgtcccgtgt 12130988  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    ||||||||||||||| |  | ||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||  | ||||    
T  12130989 tgcacaaccggtggtgatggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatatagtgttgtcctcacaatgctcattgaagtatgatgtgcgtcat 12131088  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaat 471  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  12131089 ttcaaatgacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagtcatccgaccaacaat 12131152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 26 - 481
Target Start/End: Original strand, 34695961 - 34696426
Alignment:
Q  26 gcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccct 125  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||| | | |||||||| ||  ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  34695961 gcttgcactagagtagcggagtcggactcgaagacaacccgttcccatctattgacatcagcaaagtgaatggccttgagtaaggctactgcctccccct 34696060  T
Q  126 ccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacg 225  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||  ||  ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  34696061 ccaaaactgtcatatttgcccgctgcca--tcgattgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacgcaacacgcaaaagatgtaatatgcttatg 34696158  T
Q  226 ctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgttgcaca 313  Q
     |||||||| || || ||||| ||| |||||||||| | |||   | |||||| |||||            |||||| |||||| ||  |||| |||||     
T  34696159 gtcatggaatgtggcatccacgttgtacttcaaccacgactcgcgcagtttctcccaaactgagttgttaccttgcattctattatgttcgtgatgcacc 34696258  T
Q  314 accggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaa 413  Q
      |  |||| |  | ||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||    
T  34696259 ggcaatggtgatggttgtgtatgaacctcttgccattgttgccatgcatctagtgttgtccttccaatgcttgttgaagtatgatgaacgtcattccaaa 34696358  T
Q  414 ttacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||    
T  34696359 tgacatcattacttgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgactagcaatgtctcggctt 34696426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 26 - 481
Target Start/End: Original strand, 34718373 - 34718838
Alignment:
Q  26 gcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccct 125  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||| | | |||||||| ||  ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  34718373 gcttgcactagagtagcggagtcggactcgaagacaacccgttcccatctattgacatcagcaaagtgaatggccttgagtaaggctactgcctccccct 34718472  T
Q  126 ccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacg 225  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||  ||  ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  34718473 ccaaaactgtcatatttgcccgctgcca--tcgattgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacgcaacacgcaaaagatgtaatatgcttatg 34718570  T
Q  226 ctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgttgcaca 313  Q
     |||||||| || || ||||| ||| |||||||||| | |||   | |||||| |||||            |||||| |||||| ||  |||| |||||     
T  34718571 gtcatggaatgtggcatccacgttgtacttcaaccacgactcgcgcagtttctcccaaactgagttgttaccttgcattctattatgttcgtgatgcacc 34718670  T
Q  314 accggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaa 413  Q
      |  |||| |  | ||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||    
T  34718671 ggcaatggtgatggttgtgtatgaacctcttgccattgttgccatgcatctagtgttgtccttccaatgcttgttgaagtatgatgaacgtcattccaaa 34718770  T
Q  414 ttacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||    
T  34718771 tgacatcattacttgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgactagcaatgtctcggctt 34718838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 287
Target Start/End: Original strand, 44017369 - 44017636
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||| ||||   ||||| || ||||||||||  || || ||| ||||  ||| ||||| ||||| ||| || ||||||| |  |||||    
T  44017369 gatagagcttgcactaaagtaacggagtcagactcgaagacaacttggtctcatatgttcacattagcaacgtgaatggcatcgagtaaggttgttgtct 44017468  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || || ||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  44017469 ccccctccaaaactgtcatatttgcacggtgtcattttatttgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcgaaagatgtaagatg 44017568  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaactt 287  Q
    || | | |||  |||||  |  | | ||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||    
T  44017569 gtcatgatcacagaacgcggaattcgcattgcacttcaaccatgtctcgctcggcttcttcaaaactt 44017636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 344 - 481
Target Start/End: Original strand, 39826242 - 39826379
Alignment:
Q  344 tgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgcc 443  Q
    ||||||| |||||||||||||| || ||||||  ||||||   ||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39826242 tgccattgctgccatgcatctaatgttgtccttccaatgccttttgaagtatgatgagcgtcattccaaatgacatcattacgagcagcccaaatttgcc 39826341  T
Q  444 aaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    |||||||||||||||| ||| || || |||||| ||||    
T  39826342 aaagaagtaaagccactcgaccagcagtgtctcggctt 39826379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 86 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 9709999 - 9709910
Alignment:
Q  86 gcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaat 175  Q
    |||||||||| ||| || |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  9709999 gcaaagtgaatggcatcgagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgttcgttgccatttcgtttgagcctgaataaat 9709910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 85 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26198763 - 26198630
Alignment:
Q  85 agcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacgg 184  Q
    |||||||| || ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||| |||||||||| | |||      
T  26198763 agcaaagtaaatggcatcaag-aaggctactgcatccccctccaaaactgtcatatttgttcgctaccattttatttgagctcgaataaattgcccacat 26198665  T
Q  185 aagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
     ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  26198664 gagtctctaacacagcacacaaaagatgcaatatg 26198630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 21 - 143
Target Start/End: Original strand, 1418033 - 1418155
Alignment:
Q  21 atagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctc 120  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |   ||||||||||| |||||||||||   ||   |||| |||||||||||||||||    
T  1418033 atagagcttgaactagagtagatgagtcagactcgaagacaacccagtcccatctgtttgcatcagcaaatcaaattacctcgagtaaggctactgtctc 1418132  T
Q  121 cccctccaaaactgtcatatttg 143  Q
     |||| || ||| ||||||||||    
T  1418133 tcccttcataaccgtcatatttg 1418155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 22845672 - 22845600
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagt 92  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||    
T  22845672 gatagagcttgcactagagtagattagttggactcgaagacaacccggtcccatctgttcgcatcagcaaagt 22845600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 20 - 102
Target Start/End: Original strand, 13109920 - 13110002
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctc 102  Q
    ||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||| |   ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  13109920 gatagagcttccactagagtagaagagtcggactcgaagacaaccatgtcccatctgatcgcatcagctaagtgaagggcctc 13110002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 62
Target Start/End: Original strand, 11292113 - 11292155
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaa 62  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  11292113 gatagagcttgcactagagtagatgagtcggactcaaagacaa 11292155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 20 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 26198818 - 26198778
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagac 60  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  26198818 gatagagcttgcactagagtagctgagtcggactcgaagac 26198778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 53497168 - 53496712
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  53497168 gatagagcttgcacaagagtagatgagtcggactcgaagacaacccggtcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctctagtaaggctactgcct 53497069  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||  |||||||||||||||||| | |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53497068 ccccctcaaaaactgtcacatttgtccgctgtcattttgtttgagcccgaataaattgcccacaagagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 53496969  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggt 319  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  53496968 gttacggtcatggaacgcggcgtccacattgcactttaaccatgactcggtcggtttctcccaaacttgcactctgttctgcccgtgttgcacaaccgat 53496869  T
Q  320 ggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacat 419  Q
    ||| || ||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  53496868 ggtgaacgatttttatgaacctcttgtcattgctgccatgcatctagtgttgtcctcccaatgctcgttgaagtgtgatgagcatcattccaaatgacat 53496769  T
Q  420 cattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||    
T  53496768 cattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagctacccgaccagcaatgtctc 53496712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 55199647 - 55199188
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||| ||||| || ||||||| ||||||||| | |||||||| | | |||||||||||  || || ||||||||| ||| || |||||||| |||| ||    
T  55199647 gatagcgcttgcaccagagtagctgagtcggacttgaagacaacccggtcccatctgtttccaacaacaaagtgaatggcatcgagtaaggcaactgcct 55199548  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | || |||||| ||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  55199547 ccccctccaaaactgtcatatttatcagctgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcgaaagatgtaatata 55199448  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
     | ||| ||||| ||||| || |||||||||||| |||||||  |||||  |||||||| |||||            |||||||| ||||||||  ||||    
T  55199447 ttgacggtcatgaaacgtggcatccacattgcacgtcaaccacatctcacgcggtttctcccaaactgagttgttagcttgcactttattctgcatgtgt 55199348  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    ||||||| || || | |  | ||||||| ||||||         ||||||||||||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||   ||||    
T  55199347 tgcacaatcgatgatgagggctgtttatgaacctc---------ctgccatgcatctagtgttgtcctcccgatgcttgttgaagtgtgatgagtgtcat 55199257  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  55199256 tccaaatgacatcattacgtgcagcccaaatttgtcaaagaagtaaagccacccgaccagcagtgtctc 55199188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 23 - 435
Target Start/End: Original strand, 42340331 - 42340754
Alignment:
Q  23 agagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccc 122  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||| || ||||||||||   | |||||||||||  |||| |||||||||| | | || |||| ||||| || |||||    
T  42340331 agagcttgcactaaagtagctgagtctgactcgaagacaactcggtcccatctgttcacatctgcaaagtgaatgacatcgagtagggctattgcctccc 42340430  T
Q  123 cctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggtt 222  Q
    ||||||| |||||||||| || ||| ||||||||  ||||||||||||||||||   ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42340431 cctccaacactgtcatatctgcccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgtccacgagagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatggtt 42340530  T
Q  223 acgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaac-------ttgc-----actctattctgcccgtgttgc 310  Q
     |   ||| ||||    | |||||||||||||||||||| |||||   ||||||||  |||||       ||||     |||||||||||| ||||||||    
T  42340531 gccgacatagaac-caacatccacattgcacttcaaccacgtctcgcacggtttctctcaaactgagttgttgccttagactctattctgcacgtgttgc 42340629  T
Q  311 acaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattcc 410  Q
    |||||||||||| |  | ||||||| || |||||||||||  || |||||||| | || ||||||  ||||||| ||| |||| |||||  |||||||||    
T  42340630 acaaccggtggtgagggctgtttatgaatctcttgccattgttgtcatgcatccattgttgtccttccaatgcttgttcaagtatgatgggcatcattcc 42340729  T
Q  411 aaattacatcattacgtgcagccca 435  Q
    |||| |||||||| |||||||||||    
T  42340730 aaatgacatcattgcgtgcagccca 42340754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 68 - 236
Target Start/End: Original strand, 647310 - 647478
Alignment:
Q  68 tcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagccc 167  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| | | || ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||    
T  647310 tcccatctgttcacatcagcaaagtgaatgacatcgagtaaggctgctgcctccccctccataactgtcatattagcccgctgccatttcgtttgagccc 647409  T
Q  168 gaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacg 236  Q
    | | ||||| |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  647410 ggaaaaattgcctagagaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacg 647478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 81 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 2615568 - 2615383
Alignment:
Q  81 catcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactc 180  Q
    ||||||||||||||| | | || ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||| |||| | |    
T  2615568 catcagcaaagtgaacgacatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactatcatatttgcccgctgccaattcgtttgagcccgaatgaattgccc 2615469  T
Q  181 acggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtct 266  Q
    ||  ||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||| | ||||| ||||  |  ||||||||||| |||||||| ||||    
T  2615468 acaaaagcctctaacacaacgcacaaaaaatgtaatatggttatgatcatgaaacgcggtatccacattgcatttcaaccacgtct 2615383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 87 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 46007371 - 46007190
Alignment:
Q  87 caaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaa 186  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||   ||||  |    
T  46007371 caaagtgaatggcatcaagtaaggctactgtctccccctaaaaaattgtcgtatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattttccacgaga 46007272  T
Q  187 gtctct-aacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctc 267  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||||  | |||||||   || |||||||||||||||||||| |||||    
T  46007271 gtctctaaacaaaacacgcaaaagatataagatggttacaataatggaacacggcatccacattgcacttcaaccacgtctc 46007190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 48227551 - 48227294
Alignment:
Q  19 agatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggc-ctcaagtaaggctactgt 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||   | |   |||  ||  |||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||     
T  48227551 agatagagcttgcactagagtagatgagtcggactcaaagacaactcggttttatccattcacatcagcaaagtgatggggtctcgagtaaggctactgc 48227452  T
Q  118 ctccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaata 217  Q
     |||| |||||| || ||||| |||  ||  |||  |||| ||| |||||||||||||| | | ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48227451 atcccactccaatacagtcatgttttcccactgctgtttcgtttaagcccgaataaattgcccgcgagagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaaca 48227352  T
Q  218 tggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtt 275  Q
    |||||||| | ||| || |  || ||||||||| |||||||||| || ||||||||||    
T  48227351 tggttacggtaatgaaatgcggcatccacattgtacttcaaccacgtttcattcggtt 48227294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 104 - 236
Target Start/End: Original strand, 27941129 - 27941261
Alignment:
Q  104 agtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacg 203  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||   | ||  | ||||||| ||||||||    
T  27941129 agtaaggctactgcctccccctccaaaactatcatatttgtccgctgccattttgtttgagtccgaataaattgtcctcgagaatctctaatacaacacg 27941228  T
Q  204 caaaagatgtaatatggttacgctcatggaacg 236  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||| ||||    
T  27941229 caaaaaatataatatggttacgatcatgaaacg 27941261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 285 - 481
Target Start/End: Original strand, 36310824 - 36311017
Alignment:
Q  285 cttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgct 384  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||| | || || |  | ||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||  ||||||  | |||||    
T  36310824 cttgcactctattatggccgtgttgcacaatcagttgtgagggttgtttatgaacctcttgccattgctgcaatgtatctagttatgtccttccgatgct 36310923  T
Q  385 cgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
     |||||||| ||||||   ||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||   |||||||||| | |||| ||||||| ||||    
T  36310924 tgttgaagtatgatgagtgtcattccaaataacatcattacgtacaacccaaatttgtcaaaga---aaagccacccaaccaacgatgtctcggctt 36311017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 359 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 1070797 - 1070680
Alignment:
Q  359 gcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagcca 458  Q
    |||||||||| ||||||  ||||| | |||||||| |||||| | ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||    
T  1070797 gcatctagtgatgtccttccaatgattgttgaagtatgatgagcgtcattccaaatgatatcattacgtgcaacccaaattggccaaagaattaaagtca 1070698  T
Q  459 cccgatcaacaatgtctc 476  Q
    ||| | || |||||||||    
T  1070697 cccaaccagcaatgtctc 1070680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 112
Target Start/End: Original strand, 647214 - 647306
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggct 112  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||   | || ||||||||  ||||||||||||||| | | || |||||||||    
T  647214 gatagagcttgcactagagtagatgagtcagactcgaagataactcggtcacatctgttcacatcagcaaagtgaatgacatcgagtaaggct 647306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 307 - 375
Target Start/End: Original strand, 27747790 - 27747858
Alignment:
Q  307 ttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcct 375  Q
    |||||||||||||||| | || | ||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  27747790 ttgcacaaccggtggtgagtgctttttatgaacctcttgtcattgttgccatgcatctagtgttgtcct 27747858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 81 - 164
Target Start/End: Original strand, 11020292 - 11020375
Alignment:
Q  81 catcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgag 164  Q
    |||||||||||| ||  || || ||||| |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  |||||||||||||    
T  11020292 catcagcaaagtaaatagcatcgagtaaagctgatgtctccccctccaaaagtgtcatatttgtccactttcatttcatttgag 11020375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 188 - 222
Target Start/End: Original strand, 36310759 - 36310793
Alignment:
Q  188 tctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggtt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36310759 tctctaacacaacacgcaaaagatgtaaaatggtt 36310793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 20 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 44527389 - 44526953
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  44527389 gatagagcttgcacaagagtagatgagtcggactcgaagacaacccggtcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctctagtaaggctactgcct 44527290  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| | |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44527289 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacaagagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 44527190  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggt 319  Q
    |||||  ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  44527189 gttacagtcatggaacgcggcgtccacattgcactttaaccatgactcggtcggtttctcccaaacttgcactctattatgcccgtgttgcacaaccgat 44527090  T
Q  320 ggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacat 419  Q
    ||| ||  || ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  44527089 ggtaaactatttttatgaacctcttgccattgttgccatgcatctagtgttgtcctcccaatgctcgttgaagtgtgatgagcatcattccaaatgacat 44526990  T
Q  420 cattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagc 456  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  44526989 cattacgtgcagtccaaatttgccaaagaaataaagc 44526953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 51113451 - 51112983
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| | | |||||||||||  || || ||||||||| | | || |||||||| |||| ||    
T  51113451 gatagcgcttgcactagagtagctgagtcggactcgaagacaacccggtcccatctgttcccaacaacaaagtgaatgacatcgagtaaggcaactgcct 51113352  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||| || |||||||  |||||||||||| |||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51113351 ccccctccaaaacggttatatttgctcgttgccatttcgtttgagtccgaatgaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcgaaagatgtaatatg 51113252  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact------------tgcactctattctgcccgtgt 307  Q
     | ||| ||||| |||   || |||||||||||||| ||||| ||||||  || ||||| |||||||            |||||||||||||||||||||    
T  51113251 ttgacggtcatgaaacacggcatccacattgcactttaaccacgtctcacacgatttctcccaaactgagttgttagcttgcactctattctgcccgtgt 51113152  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    ||||||| || || | |  | ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  51113151 tgcacaatcgatgatgagggctgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatctagtgctgtcctcccgatgcttgttgaagtgtgatgaacgtcat 51113052  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  51113051 ttcaaatgacatcattacgtgcaacccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcagtgtctc 51112983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 5609475 - 5609007
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||| | |||| |||||||| ||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||    
T  5609475 gatagagtttgcactagagtagatgagtcgaactcgaagacaacccgatctcatctgttcgcaacatcaaagtgaaggacctcgagtaaggctactgcct 5609376  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| || |||    |||||||||||||||||| |||  |  |||||||| |||| ||||| |||| |||||||||    
T  5609375 cccccttcaaaactatcatatttgtccgctgtcatagagtttgagcccgaataaattgctcgtgtgagtctctagcacagcacgcgaaagttgtaatatg 5609276  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||  ||||||||||   | |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||            ||||||||||||| |||| ||||    
T  5609275 gttacagtcatggaacgcgacatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttgccttgcactctattatgcctgtgt 5609176  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    || |  |||| | ||  | |  |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||||||||  ||| || |||||| ||| ||    
T  5609175 tgtattaccgatagtggaggccgtttatgaacctcttgccattgctaccatgcatctagtgtcgtcctcccaatgctcaatgatgtatgatgagcataat 5609076  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    |||||||   |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5609075 tccaaatagtatcattgcatgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccaacaatgtctc 5609007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 25682787 - 25682419
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||  | | |||||||||||  ||| ||||||||||| | | || ||||||||||||| ||    
T  25682787 gatagagcttgtactagagtagctgagtcaaactcgaagacagcccggtcccatctgttcacattagcaaagtgaatgacatcgagtaaggctactgcct 25682688  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25682687 ccccctccaacactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccagataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatg 25682588  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||| |||   || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||            ||||||||||||||| ||| |||    
T  25682587 gttacgttcatgaaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcacacggtttctcccaaattgagttcttgccttgcactctattctacccatgt 25682488  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctc 376  Q
    ||||||| ||| | | |  | ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  25682487 tgcacaatcggcgataagggttgtttatgaatctcttgccattgctgccatgcatctagagttgtcctc 25682419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 44 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 36733808 - 36733361
Alignment:
Q  44 gagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttg 143  Q
    ||||| || |||||||||| | | |||||| ||||  |||||||||||||||   | |  |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||     
T  36733808 gagtcagactcgaagacaacccggtcccatttgttcacatcagcaaagtgaataacattgagtaagactactgcctccccctccaaaactgccatattta 36733709  T
Q  144 tccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtc 243  Q
     |||||| |||||  ||||||||||||||||||   ||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||   ||||| ||||  || ||    
T  36733708 cccgttgtcattttgtttgagcccgaataaattgtccacgagagtctctaacacaacacacaaaaggtgtaagatggttatagtcatgaaacgcggcatc 36733609  T
Q  244 cacat--tgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact------------tgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggtta-atga 328  Q
    |||||  |||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||            |||| |||||| || || ||||||||||||||| || |   ||    
T  36733608 cacatattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctccgaaactcagttattaccttgcattctattttggccttgttgcacaaccggtagtgagggga 36733509  T
Q  329 tgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtg 428  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  | ||| | |||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  36733508 tgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctagtgttgtccttccgatgtttgttgaagtatgatgaacgtcattccaaatgacatcattacgtg 36733409  T
Q  429 cagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  36733408 cagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctc 36733361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 20 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 4395294 - 4394903
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| || ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||    
T  4395294 gatagagcttgcactagagtagatgagttggactcgaagataacctggtcccatctattcgcatcagcaaagtgaagggcctcgagtaaggctagtgcct 4395195  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||| || |||||| ||||||||| ||| |||||||||  ||||||||| ||||||| | ||||  ||||||||||||| || ||||||| ||| |||||    
T  4395194 ccccttc-aaaactctcatatttgcccgctgccatttcgattgagcccggataaattgcccacgagagtctctaacacagcatgcaaaagttgtgatatg 4395096  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||||||||  || |||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||||            |||||||||| || |||  ||||    
T  4395095 gttacggtcatggaacgcggcttccacattgcacttcagccacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttgtcttgcactctgttatgcatgtgt 4394996  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatga 400  Q
    ||||  |||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  4394995 tgcattaccggtagcgagggatgtttataaacctcttgccattgttgtcatgcatctagtgccgtcctcccaatgctcgttgatgtatgatga 4394903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 21 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 52109588 - 52109288
Alignment:
Q  21 atagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  | || ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||    
T  52109588 atagagcttgtactagagtagatgaatcacactcaaagacaaccc-atcccatctgttagcatcagcaaagtgaaggacctcgagtaaggctactgcatc 52109490  T
Q  121 cccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatgg 220  Q
    |||||||||||   ||||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||||||||   ||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||     
T  52109489 cccctccaaaatgatcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcctgaataaattgtccacaggagtctctaacacaacatgcaaaagatataagatga 52109390  T
Q  221 ttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtg 320  Q
    ||||| |||||||||    |||||||||| ||||||||||| ||||   ||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  52109389 ttacggtcatggaacacaacgtccacattacacttcaaccacgtctttgtcggtttctcccaaactcacactctattatgcccgtgctgcacaaccggtg 52109290  T
Q  321 gt 322  Q
    ||    
T  52109289 gt 52109288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 22 - 278
Target Start/End: Original strand, 16816853 - 16817108
Alignment:
Q  22 tagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctcc 121  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| | | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |    
T  16816853 tagaacttgaactagagtagacgagtcggactcgaagacaacccggtcccatctgtttgcatcagcaaaatgaagggcctcgagtaaggctactgcct-c 16816951  T
Q  122 ccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggt 221  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||   |||||| |||||||||| | | ||  ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  16816952 ccctccaaaattgtcatatttgcccactgccattttgattgagctcgaataaattgcacgcgagagtctctaaaacaatacacaaaagatgtaatatggt 16817051  T
Q  222 tacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttct 278  Q
    |||   |||||||||  |||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  16817052 tacagacatggaacgcggcgtccgcattgcacttcaaccacatctcactcggtttct 16817108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 283
Target Start/End: Original strand, 48949775 - 48950038
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||| | | |||||||||| | | |||||||||||  || || |||||||||  || || |||||||| |||| ||    
T  48949775 gatagcgcttgcactagagtagctgagttgaactcgaagacaacccggtcccatctgttcccaacaacaaagtgaatcgcatcgagtaaggcaactgcct 48949874  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||| |  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48949875 ccccctccaaaactttcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgccaacgggagtctctaacacaacacgcgaaagatgtaatatg 48949974  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaa 283  Q
     | ||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||    
T  48949975 ttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcacttcaaccacgtctcacgcggtttctcccaa 48950038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 21 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 48166372 - 48166156
Alignment:
Q  21 atagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctc 120  Q
    |||||||||| | |||||||| ||| || || |||||||||| | |||||||| | ||  ||| ||||||||||| | | || |||||||||| ||||||    
T  48166372 atagagcttgcaatagagtagctgaatcagactcgaagacaacccgatcccatatattcacataagcaaagtgaatgacatcgagtaaggctattgtctc 48166273  T
Q  121 cccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatgg 220  Q
    || ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  48166272 ccactccaaaactgtcatatttgctcgctgccatttcatttgagcccgaataaattgaccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatgtaagatgg 48166173  T
Q  221 ttacgctcatggaacgt 237  Q
    ||||| |||||||||||    
T  48166172 ttacggtcatggaacgt 48166156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 122 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 24538544 - 24538260
Alignment:
Q  122 ccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggt 221  Q
    ||||||||||||||| |||||| | | ||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||    
T  24538544 ccctccaaaactgtcgtatttgcctgctgccaattcgtttgagcccgaataaattatccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatctaacttggt 24538445  T
Q  222 tacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgttg 309  Q
    |||| | || |||||  || ||||||||||| ||| |||| |||||| | |||||||  ||||            ||||||||||||||||||  |||||    
T  24538444 tacggttatagaacgcggcatccacattgcatttcgaccaggtctcacttggtttctctcaaactgagatgttaccttgcactctattctgcctatgttg 24538345  T
Q  310 cacaaccggtggttaatgatgtttat-aaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagt 393  Q
    |||||| |||||| |  ||||||||| |||||||||||||||  || |||||||||| || ||||||  ||||||| ||||||||    
T  24538344 cacaactggtggtgagggatgtttatgaaacctcttgccattgttgtcatgcatctaatgatgtccttccaatgcttgttgaagt 24538260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 44602888 - 44602764
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||  || |||||| ||| | | || ||||||||  |||||| |||||||| | | || |||||| ||| |||||    
T  44602888 gatagagcttgcactagagtagcggagttagactcgaaggcaacccggtctcatctgttcacatcagtaaagtgaatgacatcgagtaagactaatgtct 44602789  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgt 144  Q
    |||||||||||| ||||||||||||    
T  44602788 ccccctccaaaattgtcatatttgt 44602764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 314
Target Start/End: Original strand, 48950052 - 48950081
Alignment:
Q  285 cttgcactctattctgcccgtgttgcacaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48950052 cttgcactctattctgcccgtgttgcacaa 48950081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 20 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 4268235 - 4267829
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  4268235 gatagagcttgcactagagtagatgagtcggactcgaagaaaacccggtcccacctgttagcatcagcaaagtgaagggcctctagtaaggctactgcct 4268136  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4268135 ccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccattttgtttgagcctgaataaattgcccacgagagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 4268036  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggt 319  Q
    |||||  ||| | ||||  |||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4268035 gttacaatcaagaaacgcggcgtccacgttgcactttaaccatgactcgttcggtttctcccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccgat 4267936  T
Q  320 ggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacat 419  Q
    ||| || ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  4267935 ggtgaacgatttttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctagtgctgtcctcccaatgttcgttgaagtgtgatgagcatcattccaaatgacat 4267836  T
Q  420 cattacg 426  Q
    |||||||    
T  4267835 cattacg 4267829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 27292570 - 27292114
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||||||||| | |||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||    
T  27292570 gatagagtttgcactagagcagatgagtcgaactcgaagacaacccggtcccatctgttatcatcagcaaagtgaagggcatctagtaaggctattgcct 27292471  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||| ||||||  | ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  27292470 cccccttcaaaacaataatatttgtccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacgagagtctctaacacaacatgcaaaatatgtaatatg 27292371  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggt 319  Q
    |||||  |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||   |    
T  27292370 gttactatcatggaacgtgacatccacattgcacttcaaccatgactcgttcggtttctcccaaacttgcacgctattctacctgtgttgcacaactaat 27292271  T
Q  320 ggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacat 419  Q
    ||| ||  |||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  27292270 ggtgaacaatgtttatgaacctcttgccattgttgacatgcatctagtcctgtcctcccgatgctcattgaagtgtgatgatcatcactccagatgacat 27292171  T
Q  420 cattacgtgcagcccaaatttgccaaagaag---taaagccacccgatcaacaatgt 473  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||   ||||||||||||| || ||||||    
T  27292170 cattacgtgctgctcaaatttgccaaagaagttataaagccacccgaccagcaatgt 27292114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 8388222 - 8387754
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| | | |||||||||||  || | |||||||||| ||| || |||||||| |||| ||    
T  8388222 gatagcgcttgcactagagtagctgagtcggactcgaagacaacccggtcccatctgttcccaaccgcaaagtgaatggcatcgagtaaggcaactgcct 8388123  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||| | ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  8388122 ccccctccaaaactgtcatatttgttcgttgccatttcgtttgagcctgaatgaattgcccacgagagtctctaacacaacacgcgaaagatgtaatatt 8388023  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttcca------------aacttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
     | ||| ||||| ||||  || ||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| |||            | |||||||||||||||||||||||    
T  8388022 ttaacggtcatgaaacgcggcatccacattgtacttcaaccacgtctcacgcggtttctcccagactgagttgttagcttgcactctattctgcccgtgt 8387923  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    ||||||| || || | |  | ||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||| ||| | ||||    
T  8387922 tgcacaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgtcattgctgccatgcatctagtgttttcctcccaatgcttgttgaagtgtggtgagcgtcat 8387823  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  8387822 tccaaatgacatcattacgtgcagcccaaattttccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctc 8387754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 20205091 - 20204624
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||   | | ||||||||| ||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  20205091 gatagagcttgcactagagtagatgagtcggactcgaagacaactcggttccatctgttcgcaacaacaaagtgaatggcctcgagtaaggctactgcct 20204992  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||| | | ||| |||||||| ||||| | | |||||||||||||||    
T  20204991 ccccctccaatactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcctggataaatttcccgcgggagtctctagcacaaaatgtaaaagatgtaatatg 20204892  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||| | ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||            ||| ||||||||| |||  ||||    
T  20204891 gttatggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcatttggtttctcccaaactgagttattaccttacactctattttgcttgtgt 20204792  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||||||   ||| |  | ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | ||||    
T  20204791 tgcacaaccaagggtgagggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatctagtgctgtcctcccaatgctcgttgaagtatgatgagcgtcat 20204692  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
     || ||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  20204691 acc-aatgacatcattacgtgcaacccaaattcgtcaaagaagtaaagccacctgaccagcaatgtctc 20204624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Original strand, 22767308 - 22767781
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||   |||||  | |||||||||| | | |||||||||||  |||||||||||||||  ||  | ||||||||||||| ||    
T  22767308 gatagagcttgcactagagtatcagagtcaaactcgaagacaacccggtcccatctgtttacatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcct 22767407  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  22767408 ccccctccaaaacagtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccccgggaatctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatg 22767507  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
     ||||  ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||            ||||||||||||| || ||||||    
T  22767508 attactgtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattttggccgtgt 22767607  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
     |||||||| || || |  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |  ||||||   ||||||| |||||| | ||||    
T  22767608 ggcacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctaatgttgtcattccaatgccttttgaagtatgatgagcgtcat 22767707  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||    
T  22767708 tccaaatgacatcattacgagcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccactcgaccaacagtgtctcggctt 22767781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 20 - 475
Target Start/End: Original strand, 15988800 - 15989267
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |||| |||| | |||||||| | | |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  15988800 gatagagattgcactagagtagctgagacggacttgaagacaacccggtcccatatgttcgcatcagcaaagtaaagggcctcgagtaaggttactgcct 15988899  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||    
T  15988900 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgctcgcgaaagtctctgacataacacgcaaaagttgtaatatg 15988999  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    ||| || ||||||||||   | |||| ||| ||||||||| | |||||  ||||||||| |||||            ||||||||||||| ||| |||||    
T  15989000 gttgcggtcatggaacgcgacatccatatttcacttcaacaacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatgctcgtgt 15989099  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||||||| | || || | ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| || ||||||   ||||    
T  15989100 tgcacaaccgctagtgaaggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatctaatgccgtcctcccaatgctcgttgatgtatgatgagtgtcat 15989199  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtct 475  Q
    |  ||||  |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  15989200 tttaaatggcatcattacgtgcatcccaaattttctaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtct 15989267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Original strand, 41940788 - 41941254
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| | | |||  | ||||  ||| ||||||||||| | | |  |||||||||| |||||    
T  41940788 gatagagtttgcactagagtagttgagtcggactcgaagacaacccggtccagt-tgttcacatgagcaaagtgaatgacattgagtaaggctattgtct 41940886  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgt-tgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  | || |||||| ||||||| |||||||||| | ||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| ||    
T  41940887 ccccctccaaaactgtcatatttttctatatgtcatttcgtttgagctcgaataaatttcccacgggagtctttaacactacacacaaaagatgtaagat 41940986  T
Q  219 ggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtg 306  Q
     |||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| |||||            ||||||||||||||||||||||    
T  41940987 agttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccacatctcgctcggtttctcccaaattgggttgataccttgcactctattctgcccgtg 41941086  T
Q  307 ttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatca 406  Q
    |||||||||||||||  |  | ||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||| ||||||  ||||||  |||||| | |||||| |  ||    
T  41941087 ttgcacaaccggtggcgagggttgtttatgaacctcttgccattattgtcatgtatctagtgttgtccttccaatgc--gttgaaatatgatgagcgaca 41941184  T
Q  407 ttccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  41941185 ttccaaatgacatcattacgtgtagcccaaatatgtcaaagaagtaaattcacccgatcagcaatgtctc 41941254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 12660452 - 12660012
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||| || |||| || ||   | || ||| ||||  ||| ||||||||||| | | || |||||| |||||| ||    
T  12660452 gatagagcttgcactagagtagctgagtcagactcgacgataacacggtctcatttgttcacattagcaaagtgaatgacatcgagtaagactactgcct 12660353  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||| ||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||   || | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  12660352 cccgctctaacactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgtccatgaaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatg 12660253  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggt 319  Q
    |||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||   || |||            | ||||||||||||| || || |||||||||||||||    
T  12660252 gttacgttcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca---ct-att------------accttgcactctattatgtccatgttgcacaaccggt 12660169  T
Q  320 ggttaatg-atgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattaca 418  Q
    || |||||  ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||  ||||||| |||||| | ||||||||||| |||    
T  12660168 gg-taatgcctgtttatgaatctcttgccattactgccatgtatctagagttgtcctcccaatgcttcttgaagtatgatgagcttcattccaaatgaca 12660070  T
Q  419 tcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| | | |||||||||||| || |||||||||    
T  12660069 tcattacgtgcaacccaaatttaccaaatatggaaagccacccgaccagcaatgtctc 12660012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 20 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 25730944 - 25730688
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctga-tcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtc 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  25730944 gatagagcttgcactagagtagatgagtcggactcgaagacaa-ctcagtcccatctgttcgcatcagcaaagtgaagggcctcgagtaaggctactgcc 25730846  T
Q  119 tccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||| | | ||  || |||||||||||||||  |||  ||||||||    
T  25730845 tccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagctcgaataaatttcccgcgtgagactctaacacaacacgtgaaaattgtaatat 25730746  T
Q  219 ggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggttt 276  Q
    ||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  25730745 ggttacggtcatggaacgcggaatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcggttt 25730688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 45 - 481
Target Start/End: Original strand, 27532982 - 27533431
Alignment:
Q  45 agtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttgt 144  Q
    ||||||| ||||| |||| | | |||||||| ||  ||||||||||||||| | | || | ||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||      
T  27532982 agtcggactcgaaaacaacccggtcccatctattcacatcagcaaagtgaatgacatcgaataaagctattgcctccccctccaaaactgttatattttc 27533081  T
Q  145 ccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaa-gatgtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtc 243  Q
    | | | ||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||   | ||    
T  27533082 ctgctaccatttcgtttgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcaaaaagatgtaaactggttacgatcatggaacgcgacatc 27533181  T
Q  244 cacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact------------tgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggttaatgatgt 331  Q
    |||||| |||||||  |  |||||   || ||||| |||||||            |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||| |  |||||    
T  27533182 cacattacacttcagtcgcgtctcgcgcgatttctcccaaactaaactattaccttgcactatattctgtctgtgttgcacaaccggtggtgagggatgt 27533281  T
Q  332 ttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcag 431  Q
    |||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||| |  ||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  27533282 ttatgaacctcttgtcattgttgccatgcatctagtgttgtctttccaatgcttgttgaagtatgatgaacgtcattccaaataacataattacatgcag 27533381  T
Q  432 cccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||| ||||    
T  27533382 cccaaatttgccaaagaagtaaagtcacccgaccagcaatatctcggctt 27533431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 101 - 481
Target Start/End: Original strand, 30222931 - 30223323
Alignment:
Q  101 tcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaac 200  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |   | ||| | ||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||    
T  30222931 tcaagtaaagctactgtctccctctccaaaactgtcaaattcgcttgctgcaaattcgtttgagcccgaataaattgcccatggaagtctctaacacaac 30223030  T
Q  201 acgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaac------------ttg 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||||||  ||||||||  |||| |||||   |||||||| ||||||            |||    
T  30223031 acgcaaaagatgtaatatggttacagtcatggaacgcgacgtccatgttgcactttgaccacgtctcgcacggtttctcccaaacagagttgttaccttg 30223130  T
Q  289 cactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgtt 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||| |  | ||||||| ||||||||| ||||  || ||||||||||||| ||| ||  ||||  | |||    
T  30223131 cactctattctgcccgtgttgcacaactgttggtgagggctgtttatgaacctcttgtcattgttgtcatgcatctagtgttgttcttccaataattgtt 30223230  T
Q  389 gaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    ||||| |||||| | |||||| |||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  30223231 gaagtatgatgagcgtcattctaaatgacttcattacgtgcttcccaaatttgccaaagaagcaaagccacccgaccagcaatgtctcagctt 30223323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 252
Target Start/End: Original strand, 11375564 - 11375796
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| || || || ||||||| | | |||||| | || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11375564 gatagagcttgcactagaatagatgaatcagactcaaagacaacccggtcccatatatttgcatccgcaaaatgaagggcctcgagtaaggctactgtct 11375663  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||   || ||||||||| |||||| |||||||||| ||   ||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  11375664 ccccctccaaaactgtcatatttactcgctgccatttcgtttgagtccgaataaatcacctgcgagagtctctaacacaacatgcaaaagttgtaatatg 11375763  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgca 252  Q
    |||||| ||||||||||  || |||||||||||    
T  11375764 gttacgttcatggaacgcagcatccacattgca 11375796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 26597508 - 26597754
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| | | || ||||| ||  || | |||||||||| ||| || |||||||| |||| ||    
T  26597508 gatagcgcttgcactagagtagctgagtcggactcgaagacaacccggtctcatctattcccaactgcaaagtgaatggcatcgagtaaggcaactgcct 26597607  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||   ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26597608 ccccctccaaaattgtcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgtccacgggagtctctaacacaacacgcgaaagatgtaatatg 26597707  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtct 266  Q
     | | | ||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||    
T  26597708 ttgatgatcatgaaacgcggcatccacattgcacttcaaccacgtct 26597754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 242 - 475
Target Start/End: Original strand, 34653865 - 34654109
Alignment:
Q  242 tccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaactt-----------gcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggttaatgatg 330  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||           |||||||||||||| ||||||||||||| |||| | |  | ||    
T  34653865 tccacattgcacttcaaccacgtctcgtgcggtttctcccaaacttagttgttgcctgcactctattctgcacgtgttgcacaactggtgttgagggttg 34653964  T
Q  331 tttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgca 430  Q
    ||||| || || ||||||||  |||||||||||||||| |||| |  ||||||| | | |||| |||||| | ||||||||||| |||||||| |||| |    
T  34653965 tttatgaatcttttgccattgttgccatgcatctagtgatgtctttccaatgcttgataaagtatgatgagcgtcattccaaatgacatcattgcgtgta 34654064  T
Q  431 gcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtct 475  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  34654065 gccaaaatttgtcaaagaagtaaagccaccctaccaacaatgtct 34654109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 329 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 25730656 - 25730527
Alignment:
Q  329 tgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtg 428  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||| || ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||   |||||||||||    
T  25730656 tgtttatgaacctcttggcattgctgccatgcatataatgccgtcttcccaatgctcgttgatgtatgatgagcatcattccaaatggtatcattacgtg 25730557  T
Q  429 cagcccaaatttgccaaagaagtaaagcca 458  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25730556 cagctcaaatttgccaaagaagtaaagcca 25730527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 22 - 223
Target Start/End: Original strand, 34652307 - 34652507
Alignment:
Q  22 tagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctcc 121  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||  |||||||||| | |||||||||||||  |||| |||||||||| ||| || ||||||| || | |||||    
T  34652307 tagagcttgcactagagtagtcgagtcgggctcgaagacaacccgatcccatctgttcacatcggcaaagtgaatggcatcgagtaaggttattatctcc 34652406  T
Q  122 ccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggt 221  Q
    || | ||| |||||||||||||  || |||| |||  |||||| ||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  34652407 ccttacaacactgtcatatttgctcgctgcc-ttttgtttgagaccggataaattgcccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggt 34652505  T
Q  222 ta 223  Q
    ||    
T  34652506 ta 34652507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 133 - 225
Target Start/End: Original strand, 42989361 - 42989453
Alignment:
Q  133 tgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacg 225  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42989361 tgtcatatttgtctgctgctatttcgcttgagccggaataaattagtcacggaagtctctaaaccaacacgcaaaagatgaaatatggttacg 42989453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 32 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 37448249 - 37448046
Alignment:
Q  32 actagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaa 131  Q
    |||||||||| ||| | | | |||||||||| | | | |||||||||  ||||||||||||||| | | || ||||||||||| | |||||| | ||| |    
T  37448249 actagagtagttgaattgaactcgaagacaacccggttccatctgttcacatcagcaaagtgaatgacatcgagtaaggctaccgcctcccctttcaaca 37448150  T
Q  132 ctgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatg 231  Q
    ||||||| ||||  || ||||||||  |||||| ||||||| |||   ||||  ||||||||||||||||   ||| ||||||| ||||||| | |||||    
T  37448149 ctgtcatgtttgcacgctgccattttgtttgagtccgaatacattgtccacgagagtctctaacacaacatataaacgatgtaagatggttatggtcatg 37448050  T
Q  232 gaac 235  Q
    ||||    
T  37448049 gaac 37448046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 16074551 - 16074451
Alignment:
Q  329 tgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtg 428  Q
    ||||||| || |||||| ||||  ||||| |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  16074551 tgtttatgaatctcttgtcattgttgccaagcatctagagctgtcctc-caatgcttcttgaagtatgatgaacgtcattccaaatgacatcattacgtg 16074453  T
Q  429 ca 430  Q
    ||    
T  16074452 ca 16074451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 24 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 16098622 - 16098146
Alignment:
Q  24 gagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctcccc 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||| ||    
T  16098622 gagcttgtactagagtagatgagtcggactcgaagacaacccggtcccatttgttagcatcagcaaattgaagggcctctagtaaggctactacctctcc 16098523  T
Q  124 ctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggtta 223  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| |  | || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16098522 ctccaaaattgtcatatttgttcgtttccatttcgtttgagcccgaataaattgcctatgggagtctctaacacaacacgcaaaagaagtaatatggtta 16098423  T
Q  224 cgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttca-------------------accatgtctcattcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccg 304  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||                   |||| || || || |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  16098422 cggtcatggaacgatgcgtccacattgcacttcaaccacgtatcgtttggttaaccacgtatcgtttggtttcttgcaagcttgcactctattatgcccg 16098323  T
Q  305 tgttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcat 404  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||  | |||    
T  16098322 tgttgcacaaccggtggtgaatgatgtttaggaacctcttgccattgatgccatgcatctagtgcagtcctcccaatgttcattgaagtgtgacaagcat 16098223  T
Q  405 cattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||    
T  16098222 cattccaaatgacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagtcacccgaccagcaatgtctcggctt 16098146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 16732069 - 16731596
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||   | | ||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  16732069 gatagagcttgcactagagtagacgagtcggactcgaagacaactcggttccatctgttcgcatcagcagagtgaatggcctcgagtaaggctactgcct 16731970  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||| | | ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16731969 ccccctccaatactgtcatatttgccctctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaatatg 16731870  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    ||| || |||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||            ||||||||||||| |||  ||||    
T  16731869 gttgcggtcatggaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatgcatgtgt 16731770  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||||| |||||| | || ||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||| | ||||    
T  16731769 tgcacaactggtggtgagtgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcttctagtgttgtcctcccaatgctcgttgaagtacgatgagcgtcat 16731670  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  16731669 tccaaatgacatcattacgtgcagtccaaatttgcaaaagaagtaaagccacccgaccaacaatgtctcggctt 16731596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 17710203 - 17709730
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||   | | ||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  17710203 gatagagcttgcactagagtagacgagtcggactcgaagacaactcggttccatctgttcgcatcagcagagtgaatggcctcgagtaaggctactgcct 17710104  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||| | | ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17710103 ccccctccaatactgtcatatttgccctctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaatatg 17710004  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    ||| || |||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||            ||||||||||||| |||  ||||    
T  17710003 gttgcggtcatggaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatgcatgtgt 17709904  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||||| |||||| | || ||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||| | ||||    
T  17709903 tgcacaactggtggtgagtgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcttctagtgttgtcctcccaatgctcgttgaagtacgatgagcgtcat 17709804  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  17709803 tccaaatgacatcattacgtgcagtccaaatttgcaaaagaagtaaagccacccgaccaacaatgtctcggctt 17709730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 22289377 - 22288922
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||  | | |||||| ||||  || | |||||||||| ||| || |||||||| ||   ||    
T  22289377 gatagcgcttgcactagagtagctgagtcggactcgaagacagcccggtcccatttgttcccaacggcaaagtgaatggcatcgagtaaggcaaccacct 22289278  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| | |||| |||||| |||| | ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22289277 ccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgccatttcgtctgagtccgaatgaattgcccacgggaatctctaacacaacacgcgaaagatgtaatatg 22289178  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact------------tgcactctattctgcccgtgt 307  Q
     | ||| ||||| ||||  || |||||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||| |||||||            |||||||||||||||||||||    
T  22289177 ttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcacttaaaccacgtctcacgcggcttctcccaaactgagttgttagcttgcactctattctgcccgtgt 22289078  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||||||| || | |  | ||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| | | ||    
T  22289077 tgcacaaccgatgatgagggttgtttatgaacctcctgtcattgctgccatgcatctagtgttgtcctcccaatgcttgttgaagtgtgatgagcgtaat 22288978  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccga 463  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22288977 tccaaatgacatcgttacgtgcagtccaaatttgccaaagaagtaaagccacccga 22288922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 1581752 - 1581278
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||| ||| | ||| |||||||||| ||| || || | || | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |    
T  1581752 gatagagtttgcattagtgtagatgagttggactccaatagaacccgatctcatctgttcgcatcagcaaagtgaagggcctcgagtaaggctactgcat 1581653  T
Q  120 ccccc-tccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatat 218  Q
    ||||| || |||||| | ||||||| ||  ||||||||| |||||||||| ||||| ||  | | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1581652 cccccctcaaaaactataatatttgccctctgccatttcgtttgagcccggataaactatccgctggagtctctagcacaacacgcaaaagatgtaatat 1581553  T
Q  219 ggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact------------tgcactctattctgcccgtg 306  Q
    ||||| | ||||||||||  || ||||||||||||||||||||  ||||  || |||||| |||||||            |||||| || | ||  ||||    
T  1581552 ggttatggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccacatctcgctcagtttctcccaaactgagttgttacgttgcactatactttgttcgtg 1581453  T
Q  307 ttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatca 406  Q
    ||| ||||||| |||| |  ||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||| | |||    
T  1581452 ttgtacaaccgatggtgagggatgtttatgaacctcttgccattgttgccaagcatctagtgtcgttctcgcaatgctcgttgaagtatgatgagcgtca 1581353  T
Q  407 ttccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  1581352 ttccaaatgacatcatttcgtgcagcccaaatttgccaaagaaataaagccacctgaccaacaatgtctcggctt 1581278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 455
Target Start/End: Original strand, 9328653 - 9329099
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||   ||||| || || ||||||| | | |||||||||||  |||||||||||||||  ||  | ||||||||||||| ||    
T  9328653 gatagagcttgcactagagtatcagagtcagactccaagacaacccggtcccatctgtttacatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcct 9328752  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||  || ||| | |||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  9328753 ccccctccaaaacagtcatattttcccgttgccatttcgtttgagctcgaataaattg-tcccgggaatctctaacacaacacgcaaatgatgtaagatg 9328851  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||            |||||||||||||||  ||||||    
T  9328852 gttacggtcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattctagccgtgt 9328951  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
     |||||||| || || |  ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||  ||||||   ||||||| |||||| | |||     
T  9328952 ggcacaaccagtagtgatggatgtttatgaacatcttgccattgctgccatgcatctaatgttgtccttccaatgccttttgaagtatgatgagcgtcac 9329051  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaag 455  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9329052 tccaaatgacatcattatgagcagcccaaatttgctaaagaagtaaag 9329099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Original strand, 29201006 - 29201470
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||| | | | |||||||||  ||||||||||||||| | | ||||||||   | ||  ||    
T  29201006 gatagagcttgcactagagtagctgagtcagactcgaagacaacccgtttccatctgttcacatcagcaaagtgaatgacatcaagtaaacatgctacct 29201105  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacgga--agtctctaacacaacacgcaaaagatgtaata 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |   |||  |  ||||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  29201106 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgtcatttcgtttgagcccgaataaactggccacacatgagtctctaatacaacatgcaaaagatataata 29201205  T
Q  218 tggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact------------tgcactctattctgcccgt 305  Q
    |||        |||||| |  || || ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||            |||||| |||| || ||||    
T  29201206 tgg--------atggaaagcggcatcaacattgcacttcaaccacgtctcgtgcggtttctcccaaactgagctattaccttgcactgtattttgtccgt 29201297  T
Q  306 gttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaat--gctcgttgaagtgtgatgatca 403  Q
    |||||||||||| |||| |  | ||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||  ||||  ||| |||||||| ||||||       
T  29201298 gttgcacaaccgatggtgagggctgtttatgaacctcttgtcattgctgtcatgcatctagtgttgtccttccaatatgcttgttgaagtatgatgagtg 29201397  T
Q  404 tcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||    
T  29201398 tcattccaaatgacatcattacgtgcaatccaaatttgccaaagaagtaaaaccacccgaccagccatgtctc 29201470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 44 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 17877520 - 17877083
Alignment:
Q  44 gagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttg 143  Q
    ||||| || |||||||||| | ||| ||||||||| ||||  | ||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||     
T  17877520 gagtcagactcgaagacaacccgattccatctgttcgcatttgtaaagtgaagggccttgagtaaggctacttcctccccctccaatactgtcatatttc 17877421  T
Q  144 tccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtc 243  Q
     ||| ||| ||||| ||||||| ||||| || | | || || ||||| |||| | |||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||   | ||    
T  17877420 cccgctgcgatttcgtttgagcacgaatgaacttcccatgggagtctataacgccacacgcaacaaatgtaatatggttacaatcatggaacgcgacatc 17877321  T
Q  244 cacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggttaatgatgt 331  Q
    ||||||||| |||||||| |||||  ||||||||| |||||            ||||||||| ||| |||||||||| || ||||| || | || | |||    
T  17877320 cacattgcatttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaattgagttgttaccttgcactcgattatgcccgtgtttcaaaaccgttgatgaaggctgt 17877221  T
Q  332 ttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaat----tacatcattacgt 427  Q
    |||         |||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||   |||||| ||||    || ||||||||||    
T  17877220 tta---------tgccattgttgccatgcatctagtgctgtcctcccaatgctcgttgaagtatgatgagtgtcattctaaatgacatatatcattacgt 17877130  T
Q  428 gcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtc 474  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  17877129 gtagcccaaatttgtcaaagaagtaaagtcacccgaccagcaatgtc 17877083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 53 - 258
Target Start/End: Original strand, 30824559 - 30824763
Alignment:
Q  53 tcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttgtccgttg-c 151  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||| |||| || |    
T  30824559 tcgaagacaacctgatcccatctgttcgcattagaaaagtgaagggcctcgagtaaggctactgcct--cccttcaaaactgtcatatttatccgctgtc 30824656  T
Q  152 catttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgc 251  Q
      |||  ||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||  ||||| || || || ||||||||||    
T  30824657 tttttttttttagcccgaataaattattcgcggcagtctctaacacaacatgcaaaagatgtaatatgactacagtcatgaaatgtagcatccacattgc 30824756  T
Q  252 acttcaa 258  Q
    |||||||    
T  30824757 acttcaa 30824763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 20 - 286
Target Start/End: Original strand, 30493661 - 30493926
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||   |||||| ||||||| | | |||||||||||||||| ||    
T  30493661 gatagagcttgcactagagtaattgagtcggactcgaagacaacctggtctcatctgttcatatcagctaagtgaacgacatcaagtaaggctactgcct 30493760  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
     ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| || |||||| | || |  | | ||||||||||||||||||| ||||||  ||    
T  30493761 -cccctccaaaactgtcatacttgtctgctgccatttcgtttgagcctgagtaaattgcccatgagaatttctaacacaacacgcaaaatatgtaagttg 30493859  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact 286  Q
    |||||  |||||||| |   | |||| ||||||||| ||||| || || |||| |||||||||||||    
T  30493860 gttacagtcatggaatgcgacatccatattgcactttaaccacgtttcgttcgatttcttccaaact 30493926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 286 - 461
Target Start/End: Original strand, 11745970 - 11746145
Alignment:
Q  286 ttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctc 385  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |  | |||||||  |||| ||||||||| || ||||||||| |||| |||||| ||||| |     
T  11745970 ttgcactctattctgtctgtgttgcacaaccggtggtgagggttgtttatgcacctgttgccattattgtcatgcatctggtgccgtcctcccaatggtt 11746069  T
Q  386 gttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccaccc 461  Q
    |||||||| ||||||   |||| |||||| ||||  ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  11746070 gttgaagtatgatgagtgtcatgccaaatgacattgttacgtgcaacccaaatttacgaaagaagtaaagccaccc 11746145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 128 - 219
Target Start/End: Original strand, 34578437 - 34578528
Alignment:
Q  128 aaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||| | |||||||||||||||| | ||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  34578437 aaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtctgagcccgaataaattgcccacgggaatttcgaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 34578528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 3601728 - 3601683
Alignment:
Q  89 aagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactg 134  Q
    |||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||    
T  3601728 aagtgaagggcctcgagtaaggctaccacctccccctccaaaactg 3601683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 23854068 - 23853632
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctga-tcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtc 118  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| || | || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  23854068 gatagagcttgcactagagttgatgagtcggactcgaagacaa-ctcagtctcatctgttagcatcaacaaagtgaatggcctcaagtaaggctactgcc 23853970  T
Q  119 tccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatat 218  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23853969 tcaccctccaaaactgtcatatttttccgctgtcatttcgtttgaacccgaataaattgcccacgggagtctctaacataacacgcaaaagatgtaatat 23853870  T
Q  219 ggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccgg 318  Q
     |||||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |    
T  23853869 agttacggtcatggaacgcggcgtccacatcgcacttcaaccacgtctcgttcggtttctcccaaacttgcactctattatgcctgtgttgcacaacctg 23853770  T
Q  319 tggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattaca 418  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||||  || ||||||| ||||| | | ||| |||   ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  23853769 tggtgaataatgtttatgaacctcttgccattgttgtcatgcatttagtgtttttctcccaa---tcgttgaagtgtgatgagcatcattccaaatgaca 23853673  T
Q  419 tcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccac 459  Q
    | |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  23853672 ttattacgtgcagcccaaatttggtaaagaagttaagccac 23853632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Original strand, 478107 - 478580
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||| || | | |||||||| ||  ||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||    
T  478107 gatagagcttgcactagagtagtagagtcagattcgaagataacccggtcccatctattcacattagcaaagtgaatggcatcgagtaaggctactgcct 478206  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||   || |||| ||||||||||||||| |||||||||| | |||    
T  478207 ccccctccaaaactgtcatatttgcccgttgccattttgtttgagcccggataaattgaccatggaaatctctaacacaacacacaaaagatgttagatg 478306  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||  | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||  | ||||||| |||||            |||| |||||||| |||| ||||    
T  478307 gttgtggtcatggaacgttgcatccacattacacttcaaccacatctcgcttggtttctcccaaattgagatgttaccttggactctattttgcctgtgt 478406  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||||||  |||| |  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||| | ||||    
T  478407 tgcacaaccactggtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctagtgccgtccttccaatgcttgttgaagtatgatgagcgtcat 478506  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||    
T  478507 tccaaatgatatcattacgtgcaacccaaattttccagtgaagtaaagccacccgaccagaaatgtctcggctt 478580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 7127356 - 7126891
Alignment:
Q  23 agagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccc 122  Q
    |||||||| |||| |||||   |||| || |||||| ||| | | |||||||||||  |||||||||||||||  || || ||||||||||||  |||||    
T  7127356 agagcttgcactaaagtagcatagtcagactcgaaggcaacccggtcccatctgttcacatcagcaaagtgaatagcatcgagtaaggctactacctccc 7127257  T
Q  123 cctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggtt 222  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| | | ||  |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||    
T  7127256 cctccaaaactttcatatttgcccgtttccatttcatttgtgcacgaataaatttcccccgagagtctctaacacaacatgcagaggatgtaagacggtt 7127157  T
Q  223 acgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact------------tgcactctattctgcccgtgttgc 310  Q
    ||| ||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||| |||||||            ||| | |||||||| | |||||||    
T  7127156 acgttcatggaacgcggcatccacattccacttcaaccatgtctcgctcggcttctcccaaactaagttgttaccttgccccctattctggctgtgttgc 7127057  T
Q  311 acaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattcc 410  Q
    ||||||||| || |  ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||||| ||||||   |||||||    
T  7127056 acaaccggtagtgagggatgtttatgaacctcatgccattgctgccatgcatccagagctgtccttccaatgcttgttgaagtatgatgagtgtcattcc 7126957  T
Q  411 aaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  7126956 aaatgacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaaaccacccgaccatcaatgtctc 7126891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Original strand, 8451174 - 8451647
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    |||| |||||| |||| |||||||||||| || |||||||||| | | ||||||| |||  ||||||| ||||||| ||  || ||||| ||||||| ||    
T  8451174 gataaagcttgcactaaagtagatgagtcagactcgaagacaacccggtcccatccgttcacatcagcgaagtgaatggaatcgagtaaagctactgcct 8451273  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| | || |||  ||||||||||||||||||   |||   ||||||||||||||||  |||||||||||| |||    
T  8451274 ccccctccaacactgtcatatttgcccgcttcctttttgtttgagcccgaataaattgtccacaagagtctctaacacaacatccaaaagatgtaaaatg 8451373  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||||||||  || |||||||| ||||||||||| |||||   |||||||| |||||            ||||||||||||| |||  ||||    
T  8451374 gttacggtcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccacgtctcgcacggtttctcccaaattgaactatgaccttgcactctattttgctggtgt 8451473  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    ||||||||| ||||| |  | ||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||    ||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  8451474 tgcacaacctgtggtgatggctgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcctctagtgctgttcttctgatgcctgttgaagtatgatgaacatcat 8451573  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||    
T  8451574 tccaaataacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaacgtctcggctt 8451647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 32 - 476
Target Start/End: Original strand, 40588793 - 40589234
Alignment:
Q  32 actagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaa 131  Q
    |||||||||||||| || || || ||||||| | | || |||||||| ||||| |||||  |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  40588793 actagagtagatgaatcagactcaaagacaacccggtctcatctgtttgcatccgcaaaacgaagggcctcgagtacggctactgcctccccctccaaaa 40588892  T
Q  132 ctgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatg 231  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |            ||   ||||   ||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  40588893 ctgttatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgc------------ctgctacaa---gcaaaagttgttatatggttacgttcatg 40588977  T
Q  232 gaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact------------tgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggt 319  Q
    |||||  || ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||            |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  40588978 gaacgcggcatccacgttgcacttcaaccacgtctcactcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctgttatgcccgtgttgcacaaccggt 40589077  T
Q  320 ggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacat 419  Q
    ||| |  | ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  40589078 ggtgagggctgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatctagtgtcgtcctcccaatgcttgttgaagtatgatgagcatcattccaaatgacat 40589177  T
Q  420 cattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  40589178 cattacgtgcaacccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaacgtctc 40589234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 27 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 13415152 - 13414913
Alignment:
Q  27 cttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctc 126  Q
    |||| ||||||||||| || ||||| || |||||||   ||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  13415152 cttgcactagagtagaagaatcggactcaaagacaactcgatcccatctgtttgcatccgcaaaaggaagggcctcgagtaaggctactgcctccccctc 13415053  T
Q  127 caaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgc 226  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | | || |||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||     
T  13415052 caaaactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgaaagtctctaaaaaaacacacaaaagttgtaatatggttacgt 13414953  T
Q  227 tcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtct 266  Q
    |||||||||    | |||||||||||||||||||| ||||    
T  13414952 tcatggaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtct 13414913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 378 - 481
Target Start/End: Original strand, 43318449 - 43318552
Alignment:
Q  378 caatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctct 477  Q
    |||||||  ||||||| |||||| ||||||| ||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||     
T  43318449 caatgcttcttgaagtatgatgagcatcatttcaaatgatatcattacttgcagcacaaatttgccaaagaagtaaaaccacccgaccagaaatgtctcg 43318548  T
Q  478 gctt 481  Q
    ||||    
T  43318549 gctt 43318552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 215
Target Start/End: Original strand, 185645 - 185835
Alignment:
Q  23 agagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccc 122  Q
    |||||||| |||| |||||  ||||| || ||| |||||| | | | |||||| ||  ||||| |||||||||  |  || ||||||||||||  |||||    
T  185645 agagcttgcactaaagtagcagagtcagactcgtagacaacccggttccatctattcacatcaacaaagtgaatagtatcgagtaaggctacttcctccc 185744  T
Q  123 cctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaa 215  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||  ||||||| | | ||| ||||||| |||||||  ||| |||||||||    
T  185745 c-tccaaaactgtcatatttgcccgtttccatttcgtttgagcccagataaatttccctcgg-agtctcttacacaacgtgcagaagatgtaa 185835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 81 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 9496857 - 9496797
Alignment:
Q  81 catcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatt 141  Q
    ||||| ||||||||| | | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  9496857 catcaacaaagtgaatgtcatcaagtaaggctactgcctcaccctccaaaactgtcatatt 9496797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 347 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 42899007 - 42898916
Alignment:
Q  347 cattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaat 438  Q
    |||| |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| || |||||| | |||||| ||||  ||| |||||||| || ||||||    
T  42899007 cattgctgccatgcatctagtgtcgtcctcccaatgctcgttgatgtatgatgaacgtcattcgaaatcgcataattacgtgtagtccaaat 42898916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 180 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 9496793 - 9496748
Alignment:
Q  180 cacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacg 225  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  9496793 cacggaagtctctaatacaacacgcaaaagatgtaagatagttacg 9496748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 121 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 37712114 - 37712020
Alignment:
Q  121 cccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaa 215  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||| || |||||| ||| ||| | |||||||| | |||   ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  37712114 ccccttcaaaactgtcatattttcccgctgtcatttcgttttagctcaaataaattgcccacacgagtttctaacacaacacgcaaaaaatgtaa 37712020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Original strand, 28537838 - 28538309
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| | ||| |||| | | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  28537838 gatagagcttgcactaaagtagatgagtcggacttgaacacaacccggtcccatctgttcgcatcaacaaagtgaagggcctcgagtaaggctactgcct 28537937  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||  ||||| ||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28537938 ccccctc--aaactatcatattttcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgtgggagtctctaacacaacacgcaaaatatgtaatatg 28538035  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||            ||||||||||| | |||||||||    
T  28538036 gttacgatcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccacgtctcgttcggtttctcccaaactgaattgttaccttgcactctactgtgcccgtgt 28538135  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    || |||| ||||||| | || ||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||| |||||| | ||||    
T  28538136 tgtacaatcggtggtgagtggtgtttatgaacctcttgccattgttgacatgcatctagtgttgtccttcccatgctcgttgaagtatgatgagcgtcat 28538235  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| |||| ||||    
T  28538236 tccaaatgacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtacagccacccgaccagcaatatctcggctt 28538309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 20 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 2064989 - 2064522
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| || || ||||||| | ||  |||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||    
T  2064989 gatagagcttgggctagagtagatgagtccgactcaaagacaacccgactccatctgttctcatcagcaaagtgaagggcgtcgagtaaggctactgcct 2064890  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| ||| || |||||  |||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  2064889 cccccttcaatactgtcatatttgcccgctgtcattttgtttgagcccgaataaattatccgcgggagtctctaacacaacacgcagaggatgtaatatg 2064790  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||  || |||||| |||||            ||||||||||||| || ||||||    
T  2064789 gttacggtcatggaacgtggcgtccacattgcacttcaaccacgactcgctcagtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattttgtccgtgt 2064690  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||||||| |||| || | ||||||  ||||||||||||||  || ||||||||||  | ||||||| |||||||| ||||||| |||||| | ||||    
T  2064689 tgcacaaccgatggtgaaggttgtttacgaacctcttgccattgttgtcatgcatctaaagatgtcctcccaatgctcattgaagtatgatgagcgtcat 2064590  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtct 475  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||    
T  2064589 tccaaatgacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaaaaagtaaaaccacccgaccatcaatgtct 2064522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Original strand, 51259580 - 51260049
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||| | ||| |  || |||||||||||| | | || |||||||| |||| ||    
T  51259580 gatagcgcttgcactagagtagctgagtcggactcgaagacaacctggtccgaactgatcccaacagcaaagtgaatgacatcgagtaaggcaactgcct 51259679  T
Q  120 ccccc-tccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatat 218  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||  ||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  51259680 cccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgagagtctctaacacaacatacgaaagatgtaatat 51259779  T
Q  219 ggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact------------tgcactctattctgcccgtg 306  Q
    | | ||| ||||| ||||  || ||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||| |||||||            ||||||||||||||||||||    
T  51259780 gttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcagttcaaccacgtctcacgcggtttctcccaaactgagttgttagcttgcactctattctgcccgtg 51259879  T
Q  307 ttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatca 406  Q
    |||| ||| || || | |  | ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||    
T  51259880 ttgcgcaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatctagtgttgtcctcccaatgcttgttgaagtgtgatgagcgtca 51259979  T
Q  407 ttccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  51259980 ttccaaatgacatctttacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccaacagtgtctc 51260049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 56065765 - 56065297
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| | | |||||| | ||  || |||||||||||| ||| || |||||||| |||| ||    
T  56065765 gatagcgcttgcactagagtagctgagtcggactcgaagacaacccggtcccatatattcccaacagcaaagtgaatggcatcgagtaaggcaactgcct 56065666  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  56065665 ccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaaaacaacacgcgaaagatgtaatatg 56065566  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
     | ||| ||||| |||    | |||||||||||||||||||| ||||||  | |||||| |||||            |||||||||||||||||||||||    
T  56065565 ttgacggtcatgaaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtctcacacagtttctcccaaactgagttgttagcttgcactctattctgcccgtgt 56065466  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    ||||||| || ||   |  | ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  56065465 tgcacaatcgatgacgagggttgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatctagtgttgtcctcccaatgcttgttgaagtgtgatgagcgtcat 56065366  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  56065365 tccaaatgacatcattacgggcagcccaaatttgccaaagaagtaaaaacacccgaccaacagtgtctc 56065297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 32 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 21321651 - 21321271
Alignment:
Q  32 actagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaa 131  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  21321651 actagagtagatgagtcggactcgaagacaacccggtcccatctgttagcatcagaaaagtgaagggcctcgagtaaggctattgtctccccctccaaaa 21321552  T
Q  132 ctgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatg 231  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||  ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  21321551 ctgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaatttcccgcgagagtctctaatacaacatgcaaaagttgtaatatggttacggtcatg 21321452  T
Q  232 gaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggt 319  Q
    |||||   | |||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||| |||||            ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  21321451 gaacgcaacatccacattgcacttcaaccacgtttcgctcgatttctcccaaactgtgttgttgccttgcactctattatgctcgtgttgtacaaccggt 21321352  T
Q  320 ggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatga 400  Q
     || |  ||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  21321351 agtgagggatgtttatgaacatcttgccattgctgccaagcatctagtgctgtcctcccaatgctcgttgatgtatgatga 21321271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 55735145 - 55734677
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| | || | | | |||| |||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  55735145 gatagagcttgcactagagtagatgaatcggactcgaaaataacccggttccatgtgttcgcaacaacaaagtgaagggcctcgagtaaggctactgcct 55735046  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||| |||||||||||||  || | ||||||| |||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55735045 ccccctccaatactgtcatatttgctcgcttccatttcgtttgagcccgaacaaattgctcatgggagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 55734946  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||  | ||||||| ||   | ||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| |||||            ||||||||||||| || | || |    
T  55734945 gttgagatcatggagcgcgacatccacattgcacttcaaccacatctcgctcggtttctcccaaaccgagttgttaccttgcactctattttgtctgtat 55734846  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||||||| || | |  | ||||||| ||| ||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||| | ||||    
T  55734845 tgcacaaccgatgatgatggttgtttatgaacatcttgccattgttgccatacatctagtgttgtcctcccaatgctcattgaagtatgatgagcgtcat 55734746  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    || |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  55734745 tctaaatgatatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatatctc 55734677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 49951449 - 49950986
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||   | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  49951449 gataaagcttgcactagagtagacgagtcggactcgaagacaactcggttccatctgttcgcatcagcaaagtgaagggcctcgagtaaggctactgcct 49951350  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||   | ||  | ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  49951349 ccccctccaatactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattggccgcgagaatctctaacacagcatgcaaaagatgtaatatg 49951250  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    ||| || |||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||            ||||||||||||| |||| ||||    
T  49951249 gttgcggtcatggaatgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctccaaaactgagttgttaccttgcactctattatgcctgtgt 49951150  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||||| |||||| |  | ||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||| | ||||    
T  49951149 tgcacaactggtggtgagcgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcttctagtgttgtcctttcaatgctcgttgaagtatgatgagcgtcat 49951050  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    |          ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||    
T  49951049 t----------tcattacatgcaactcaaatttgccaaagaagtaaagccgcccgaccagcaatgtctcggctt 49950986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Original strand, 29655717 - 29656189
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||   |||| || ||||||||||   | | |||||||||  ||||||||||||||| | | || ||||||||||||| ||    
T  29655717 gatagagcttgcactagagtagcgtagtcagactcgaagacaacacggttccatctgttcacatcagcaaagtgaatgacatcgagtaaggctactgcct 29655816  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    | ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||  |||||||||||| | |    
T  29655817 ctccctccaaaacagtcatatttgcccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacgggagcctctaacacaaca-acaaaagatgtaagagg 29655915  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||            |||||| |||||| ||||| |||    
T  29655916 gttacgatcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccatgtctcactcggtttcttccaaactgagatattaccttgcattctattatgcccatgt 29656015  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||| |||||||| |   |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||  ||||||| ||||||   ||||    
T  29656016 tgcacacccggtggtgatgaatgtttatgaacctctttccattgctgccatgcatctagtgttgtccttccaatgctttttgaagtatgatgactgtcat 29656115  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    ||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  29656116 tccaaacgacatcattatgtgctgcccaaatttgccaaataaataaagccacgcgagcaacaatgtctcggctt 29656189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 37 - 481
Target Start/End: Original strand, 18442213 - 18442668
Alignment:
Q  37 agtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtc 136  Q
    ||||||||||||| | ||||| | || | | | ||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  18442213 agtagatgagtcgcactcgaaaataacccggttccatctgttcgcaacagcaaagtgtagggcctcgagtaaggctactgcctccccctccaatactgtc 18442312  T
Q  137 atatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacg 236  Q
    ||||||  ||| | ||||||| |||||||||||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  18442313 atattttcccgcttccatttcgtttgagcccgaataaattgcccatgggagtctctaacacaacacgcaaaagttgtaatatggttgcggtcatggaacg 18442412  T
Q  237 ttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggtta 324  Q
       | ||| |||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||            ||||||||||||| || | || ||||||||||||| | |     
T  18442413 cgacatccgcattgcacttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaacagagttgttaccttgcactctattttgtctgtattgcacaaccggt-gatg 18442511  T
Q  325 atgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcatta 424  Q
    | | ||||||| ||| ||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||| |||||||| || |||| |||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  18442512 aggttgtttatgaacatcttgccattgttgccatgcatatagtgttgtcctcccaatgctcattaaagtatgatgagcgtcattccaaatgacatcatta 18442611  T
Q  425 cgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||| |||| ||||    
T  18442612 cgtgtagcccaaattttccaaagaagtaaagccacctgaccagcaatatctcggctt 18442668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 20 - 475
Target Start/End: Original strand, 51735023 - 51735490
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| | || |||||||||| ||  ||| |||| ||  ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||    
T  51735023 gatagagcttgcactagagtagaggagcctgactcgaagacaa-ctcgtcctatctattcacatcagcaaagtgaatggcatcgagtaaggctactgcct 51735121  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || || |||||| ||| ||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  51735122 ccccctccaaaactgtcatatttgcacgctgtcatttcgtttaagcccgaataaattgtcaacggaagtctctaacacaacacacaaaagatgtaagatg 51735221  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaac------------ttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||  ||||||||||  || ||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||  ||||||            |||||| ||||||||||  |||    
T  51735222 gttacaatcatggaacgcggcatccacgttgcacttcaaccacgtctcgctcggtttcgcccaaactgagatgttacattgcaccctattctgcctatgt 51735321  T
Q  308 tgcacaaccggt-ggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatca 406  Q
    ||||||| || | ||  |  ||||||||| |||||||||||||| |||| |  ||||||||| | ||||  ||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  51735322 tgcacaatcgatgggggagggatgtttatgaacctcttgccattgctgctagacatctagtgttatccttccaatgcttgttgaagtatgatgagcatca 51735421  T
Q  407 ttccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtct 475  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||    
T  51735422 ttccaaatgacatcattatgtgcagctcaaatttgtcaaagaagtaaagccacccaaccagcaatgtct 51735490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 23 - 481
Target Start/End: Original strand, 37245906 - 37246381
Alignment:
Q  23 agagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccc 122  Q
    |||||||| |||| |||||  ||||| || |||||||||| | | |||||||||||  ||| |||||||||||  || || ||||||||||||| |||||    
T  37245906 agagcttgcactaaagtagcagagtcagactcgaagacaacccggtcccatctgttcacataagcaaagtgaatagcatcgagtaaggctactgcctccc 37246005  T
Q  123 cctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggtt 222  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||| ||| | ||||||| | | ||    
T  37246006 cctccaaaactgtcatatttgcccgtttccatttcgtttgtgcccgaataaatttccctcgggagtctctaacacaacatgcagaggatgtaagacgatt 37246105  T
Q  223 acgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa----------------cttgcactctattctgcccgtg 306  Q
    ||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||                ||||||| |||||| |  | ||    
T  37246106 acggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactaagttgttacgtaccttgcaccctattccggtcatg 37246205  T
Q  307 ttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaa-gtgtgatgatcatc 405  Q
    ||||||||||||| || |  ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||| || | |||| | ||    
T  37246206 ttgcacaaccggtagtgagggatgtttatgaacctcatgccattgctgccatgcatccagagctgtccttccaatgcttgttgaaggtataatgagcgtc 37246305  T
Q  406 attccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
     |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||    
T  37246306 cttccaaatgacatcattacatgcagcccaaattttccaaagaagtaaagccacacgaccagcaatgtctcggctt 37246381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 24 - 455
Target Start/End: Original strand, 32577103 - 32577544
Alignment:
Q  24 gagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctcccc 123  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||| || |||||||||| |   |||||| ||||  |||||||||||| ||  ||  | |||||||||| |  ||||||    
T  32577103 gagcttgcactagagtagcagagtcagactcgaagacaacccagtcccatatgtttacatcagcaaagtaaatagcagcgagtaaggctagtacctcccc 32577202  T
Q  124 ctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggtta 223  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32577203 ctccaaaacagtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaattgccccgggaa-tctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatggtta 32577301  T
Q  224 cgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgttgca 311  Q
     | ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||            |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  32577302 aggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccatgtctc-ctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactatattctggccgtgttgca 32577400  T
Q  312 caaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattcca 411  Q
    ||| |||| || |  ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| || ||||||  ||||||   ||||||| |||| | | ||||||||    
T  32577401 caaacggtagtgacggatgtttatgaacctcttgccattgccgccatgcatctaatgttgtccttccaatgccttttgaagtatgataagcgtcattcca 32577500  T
Q  412 aattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaag 455  Q
    ||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  32577501 aatgacatcattacgagcagcctaaattttccaaagaagtaaag 32577544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 469
Target Start/End: Original strand, 49119451 - 49119899
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||| | |||||||||   ||||| || | |||||||| | | |||||||||||  |||||||||||||||  ||  | ||||||||||||| ||    
T  49119451 gatagagctggcactagagtatcagagtcagacttgaagacaacccggtcccatctgtttacatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcct 49119550  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||            |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  49119551 ccccctccaaaacagtcatatttgcctgttgccatttcgtttgagcccgaa------------ggaa-tctctaacacaacacacaaaagatgtaagatg 49119637  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttg------------cactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||  | ||||| | ||||||| |            |||||||||||| ||||||    
T  49119638 gttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcagccatgtctcgcttggtttatcccaaactgggttgttaccttacactctattctggccgtgt 49119737  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
     ||||||||  | || |  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||    ||||||| |||||| | ||||    
T  49119738 ggcacaaccaatagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctaatgctgtccttccaatgacttttgaagtatgatgaacgtcat 49119837  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaaca 469  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  49119838 tccaaatgacatcattacgagcagcctaaatttgccaaagaaggaaagccactcgaccaaca 49119899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 28426319 - 28425870
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||| | |||||||||   ||||| || | |||||||| | | |||||||||||  |||||||||||||||  ||  | ||||||||||||| ||    
T  28426319 gatagagctggcactagagtatcagagtcagacttgaagacaacccggtcccatctgtttacatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcct 28426220  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||            |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  28426219 ccccctccaaaacagtcatatttgcctgttgccatttcgtttgagcccgaa------------ggaa-tctctaacacaacacacaaaagatgtaagatg 28426133  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttg-------------cactctattctgcccgtg 306  Q
    |||||| ||||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||  | ||||| | ||||||| |             |||||||||||| |||||    
T  28426132 gttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcagccatgtctcgcttggtttatcccaaactggggttgttaccttacactctattctggccgtg 28426033  T
Q  307 ttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatca 406  Q
    | ||||||||  | || |  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||    ||||||| |||||| | |||    
T  28426032 tggcacaaccaatagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctaatgctgtccttccaatgacttttgaagtatgatgaacgtca 28425933  T
Q  407 ttccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaaca 469  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  28425932 ttccaaatgacatcattacgagcagcctaaatttgccaaagaaggaaagccactcgaccaaca 28425870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 32 - 284
Target Start/End: Original strand, 41835374 - 41835626
Alignment:
Q  32 actagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaa 131  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||| | | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||    
T  41835374 actagagtagatgaatcgaactcgaagacaacccggtcccatctgtttgcatccgcaaaatgaagggtctcgagtaaggctactgcatccccctccaaaa 41835473  T
Q  132 ctgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacgctcatg 231  Q
    |||||||||||| | | || |||||  ||||||||||||||||||     ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |    
T  41835474 ctgtcatatttgccagctgtcattttgtttgagcccgaataaattgtctgcgagagtctctaacacaacacgcaaaagttgtaatatggttacgttcaag 41835573  T
Q  232 gaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa 284  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||| |||||    
T  41835574 gaacgtggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcgatttctcccaaa 41835626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 286
Target Start/End: Original strand, 43840357 - 43840624
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaa-ggctactgtc 118  Q
    ||||||||||| | |||||||| ||||||| | |||||||||| | | || ||| ||||  ||||||||||||||| ||| || ||||| || |  ||||    
T  43840357 gatagagcttgcattagagtagctgagtcgaactcgaagacaaaccggtctcatttgttcacatcagcaaagtgaatggcatcgagtaaaggttgttgtc 43840456  T
Q  119 tccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatat 218  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  43840457 tccccctccaacactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgaccccgaataaattgtccacgggagtctctaacacaaaacgcaaaagatgtaagat 43840556  T
Q  219 ggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact 286  Q
    ||||| |||||| |||||  || ||||| ||| |||||||||| ||||| | |||| ||| |||||||    
T  43840557 ggttatgctcatagaacgcggcatccacgttgaacttcaaccacgtctcgtgcggtctctcccaaact 43840624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 132
Target Start/End: Original strand, 47226381 - 47226493
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||| ||||   |||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| ||| |  ||    
T  47226381 gatagagcttgctctaaagtagatgagtcggactcgaacacaactcgatctcatctgttcgcatcagcaaagtgaaaagcctcgagtaagactattacct 47226480  T
Q  120 ccccctccaaaac 132  Q
    |||||||||||||    
T  47226481 ccccctccaaaac 47226493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 129
Target Start/End: Original strand, 26422653 - 26422762
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||   ||||| || |||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||| ||  || || ||||||||||||| ||    
T  26422653 gatagagcttgcactagagtatcagagtcagactcgaagacaacccgatcccatctgtttacatcagcaaagtaaatagcatcgagtaaggctactgcct 26422752  T
Q  120 ccccctccaa 129  Q
    ||| ||||||    
T  26422753 ccctctccaa 26422762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 386 - 455
Target Start/End: Original strand, 43840718 - 43840787
Alignment:
Q  386 gttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaag 455  Q
    ||||||||||||||  | |||||  |||| |||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  43840718 gttgaagtgtgatgtgcgtcattttaaatgacatcattgcgtgcaactcaaatttgtcaaagaagtaaag 43840787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 183; Significance: 9e-99; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 9e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Original strand, 29368107 - 29368555
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||| |  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||    
T  29368107 gatagagcttgcactatagtagatgagtcggactcgaaaacagttaggtcccatctattagcatcagcaaagtgaagggcctcgagtaaggatattgcct 29368206  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||   ||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||         
T  29368207 ccccctccaaaactgtcatatttatccgctgccatttcttttgagc--gaataaattgtccacgagagtctcaaacacaacacgcaaaagattta----- 29368299  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaacttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggt 319  Q
     ||||| ||||| |  |  ||||||||||| |||||||||||  | || |||| ||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||| |    
T  29368300 -ttacggtcatgaactgcagcgtccacatttcacttcaaccacatttcgttcgatttctcccaaatttgcactctattgtgctcgtgttacacaaccgat 29368398  T
Q  320 ggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacat 419  Q
      | |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| || | || |||||| ||||||| ||| | ||||    
T  29368399 aatgaatgatgtttatgaacctcttgccattgctgtcatgcatctagtgttgtcctcccaatgctcattcaggtatgatgaacatcatttcaagtgacat 29368498  T
Q  420 cattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  29368499 cattacgtccagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctc 29368555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 20 - 476
Target Start/End: Original strand, 15606045 - 15606520
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||| | | |||||| ||||  ||||| ||||||||| ||| || ||||||||||||| ||    
T  15606045 gatagagcttgcactagagtagctgagtcggacttgaagacaacccggtcccatttgttcccatcaacaaagtgaatggcatcgagtaaggctactgcct 15606144  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||  ||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15606145 ccccctccaaaactgtcatgttttcccgctgccattttgtttgagcccgaataagttgcccatgggagtctctaacacaacacgaaaaagatgtaatatg 15606244  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa-------------------cttgcactctattctg 300  Q
    |||||| || || || |  || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||                   ||||||||||||  |     
T  15606245 gttacgatcgtgaaatgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgtgcggtttctcccaaactgagttgttagttgttaccttgcactctatgttt 15606344  T
Q  301 cccgtgttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatga 400  Q
    ||||||||||| | |||||||| | || ||||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||| ||||||  |||| || |||||||| ||||||    
T  15606345 cccgtgttgcatagccggtggtgagtgttgtttatgaacctcctgccattgttgccatgaatctagtgatgtcctaccaatacttgttgaagtatgatga 15606444  T
Q  401 tcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  15606445 tcgtcattccaaataacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgaccagcaatgtctc 15606520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 20 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 14680298 - 14679821
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| | ||||||||| |||||||| || |||||||   | | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  14680298 gatagagcttgcaatagagtagacgagtcggaatcaaagacaactcggttccatctgtttgcatcagcagagtgaagggcctcgagtaaggctactgcct 14680199  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcac---ggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaat 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||  |||||||| | | |   || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14680198 ccccctccaatactgtcatattttcccgctgccatttcatttgagccataataaattgcccgccgcgggagtctctaacacaacatgcaaaagatgtaat 14680099  T
Q  217 atggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact------------tgcactctattctgcccg 304  Q
     ||||| || ||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||            ||||||||||| ||| ||    
T  14680098 gtggttgcggtcatggaacgcggtatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatgctcg 14679999  T
Q  305 tgttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttga-agtgtgatgatca 403  Q
    |||||||||||  ||||| |  | ||||||| |||||||| |||||   ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||   ||| |||||||||    
T  14679998 tgttgcacaactagtggtgagagttgtttatgaacctctttccattgtggccatgcatctagtgttgtcctctcaatgctcgtttttagtatgatgatca 14679899  T
Q  404 tcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||    
T  14679898 tcattccaaatgacatcattacgtgcaggccaaatttgtaaaagaagtaaagccacccgaccagctatgtctcggctt 14679821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 28107275 - 28106844
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||  || ||||||||||  ||||||||||| ||   ||  |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||    
T  28107275 gatagagcttgcactagagtagcggagttagactcgaagacaacgtgatcccatctattcatatttgcaaagtgaatggcatcaagtaaggctactgcct 28107176  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||   ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||    
T  28107175 ccccctccaaaactgtcatatctgtccgctgccatttcgtttgagcctgaataaattgtccacgggagtctctaacacaacacacgaaagatgtaagatg 28107076  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaa------------cttgcactctattctgcccgtgt 307  Q
    |||||| ||||||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||            ||||||||||||| |||  ||||    
T  28107075 gttacgatcatggaacgtggcttcctcgttgcacttcaaccacgtctcgtttggtttctcccaaactgagatgttaccttgcactctattttgcatgtgt 28106976  T
Q  308 tgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcat 407  Q
    |||||||||  |||| || ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||  ||||||| |||||||| |||| | ||||||    
T  28106975 tgcacaaccaatggtgaaagatgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatctagtattgtccttccaatgcttgttgaagtatgataagcatcat 28106876  T
Q  408 tccaaattacatcattacgtgcagcccaaatt 439  Q
    |  |||| |||||||||  |||||||||||||    
T  28106875 ttgaaatgacatcattatatgcagcccaaatt 28106844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 285 - 476
Target Start/End: Original strand, 30802298 - 30802489
Alignment:
Q  285 cttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgct 384  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |  | ||||||| ||  |||| |||||  || ||||||||||||| ||||||  |||| ||    
T  30802298 cttgcactctattctgcctgtgttccacaaccgttggtgagggctgtttatgaatgtcttaccattgttgtcatgcatctagtgttgtccttccaatact 30802397  T
Q  385 cgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctc 476  Q
     |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  30802398 tgttgaagtatgatgagcgtcattccaaatgacatcattacgtgcaacccaaatttgccaaagaagtaaagtcaccctaccaacaatgtctc 30802489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 285 - 475
Target Start/End: Original strand, 19364273 - 19364463
Alignment:
Q  285 cttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggttaatgatgtttataaacctcttgccattactgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgct 384  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||  || |||| |  | ||||||| ||||||| ||||||  || ||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  19364273 cttgcactcgattttgctcgtgttgcacatgcgttggtgagggttgtttatgaacctctcgccattgttgtcatgcatctagtgttgtcctcccaatgct 19364372  T
Q  385 cgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcattacgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtct 475  Q
    ||||||||| |||||| | || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| || ||||||||    
T  19364373 cgttgaagtatgatgaacgtcgttcaaaatgacatcattacgtgcagcccaaatttgctaaagaaataaagccatccgaccaccaatgtct 19364463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 224
Target Start/End: Original strand, 15053238 - 15053430
Alignment:
Q  32 actagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaa 131  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||  || ||| | ||  | ||||||| | ||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||| |    
T  15053238 actagagtagctgagtcggactcgaagacaaccttgtctcattttttcacgtcagcaaggcgaatggcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaca 15053337  T
Q  132 ctgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttac 224  Q
    || ||||||||  ||| || ||| |  ||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15053338 ctatcatatttacccgctgtcatcttgtttgagcccgaataaattgtccactgaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatggttac 15053430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 329 - 481
Target Start/End: Original strand, 11732018 - 11732174
Alignment:
Q  329 tgtttataaacctcttgccatta----ctgccatgcatctagtgctgtcctcgcaatgctcgttgaagtgtgatgatcatcattccaaattacatcatta 424  Q
    ||||||| ||||||||| |||||    || ||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||| || ||| | ||||||| ||| |||||||||    
T  11732018 tgtttatgaacctcttgtcattaattgctcccatgcatctattgttgtcctcccaatgctcattgaagtatgttgaacgtcattcccaatgacatcatta 11732117  T
Q  425 cgtgcagcccaaatttgccaaagaagtaaagccacccgatcaacaatgtctctgctt 481  Q
    |||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  11732118 cgtgcagcacaaattttcgaaagaagtaaagccactcgaccaacaatgtctcggctt 11732174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 176
Target Start/End: Original strand, 30802042 - 30802198
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||| ||||| |||||||||| ||  |||||| | ||  |||| ||||||| || ||| || ||||||||||||| ||    
T  30802042 gatagagcttgcactaaagtagctgaatcggactcgaagacaacctagtcccattttttcacatctgcaaagtaaatggcatctagtaaggctactgcct 30802141  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaatt 176  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  30802142 cccccaccaaaactgtcatatttgcccgctgccattttgtttaagcccgaataaatt 30802198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 20 - 163
Target Start/End: Original strand, 19690930 - 19691073
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||||| || ||||||||||   | || ||||||||  ||||||||||||||| | | || | |||||||| || ||    
T  19690930 gatagagcttgcactaaagtagctgagtcagactcgaagacaactcggtcacatctgttcacatcagcaaagtgaatgacatcgaataaggctattgcct 19691029  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttga 163  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  19691030 ccccttccaaaacggtcatatttgtccgttgtcatttcgtttga 19691073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 44 - 176
Target Start/End: Original strand, 11731744 - 11731873
Alignment:
Q  44 gagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttg 143  Q
    |||||||| |||||||||| ||| ||| || ||||  |||||||||||||||| | ||| ||  ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  11731744 gagtcggactcgaagacaacctgttcctatatgttctcatcagcaaagtgaagagtctcgag--aggctgctgcctcccc-tccaaaactgtcatatttg 11731840  T
Q  144 tccgttgccatttcatttgagcccgaataaatt 176  Q
     ||| ||||||||  |||||||||| |||||||    
T  11731841 cccgctgccattttgtttgagcccggataaatt 11731873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 322 - 56
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| | | |||||| | ||  || |||||||||||| ||| || |||||||| |||| ||    
T  322 gatagcgcttgcactagagtagctgagtcggactcgaagacaacccggtcccatatattcccaacagcaaagtgaatggcatcgagtaaggcaactgcct 223  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatatttgtccgttgccatttcatttgagcccgaataaattactcacggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatg 219  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||   |||||    
T  222 ccccctcccaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaaaacaacacgcgaaagatngtatatg 123  T
Q  220 gttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcattcggtttcttccaaact 286  Q
     | ||| ||||| |||    | |||||||||||||||||||| ||||||  | |||||| |||||||    
T  122 ttgacggtcatgaaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtctcacacagtttctcccaaact 56  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0922 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0922
Description:

Target: scaffold0922; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 140
Target Start/End: Original strand, 315 - 434
Alignment:
Q  20 gatagagcttgtactagagtagatgagtcggattcgaagacaatctgatcccatctgttagcatcagcaaagtgaagggcctcaagtaaggctactgtct 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||  |||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| |  |||||||||  ||    
T  315 gatagagcttgcactagagtagatgagtcggactcgaaaataattggatcccatttgtttgcatcagcaaaataaagggcctccaacaaggctactacct 414  T
Q  120 ccccctccaaaactgtcatat 140  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  415 -cccctccaaaactgtcatat 434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University