View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10282_low_1 (Length: 459)

Name: NF10282_low_1
Description: NF10282
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10282_low_1
NF10282_low_1
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (8-444)||(15020145-15020581)
chr2 (8-444)||(31969570-31970006)
chr2 (31-444)||(15013650-15014063)
chr2 (26-444)||(15003373-15003791)
chr2 (61-444)||(14849864-14850247)
chr2 (46-444)||(15024180-15024575)
chr2 (34-444)||(15008243-15008653)
chr2 (89-444)||(14520558-14520913)
chr2 (61-444)||(14547544-14547921)
chr2 (24-444)||(14567793-14568213)
chr2 (101-444)||(14552754-14553097)
chr2 (62-444)||(14543403-14543785)
chr2 (61-444)||(14534402-14534785)
chr2 (69-441)||(14512730-14513103)
chr2 (61-444)||(14529177-14529560)
chr2 (221-444)||(14525316-14525539)
chr2 (305-441)||(14847403-14847539)
chr2 (200-273)||(14521196-14521269)
chr2 (200-268)||(14158163-14158231)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (305-380)||(38524759-38524834)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 15020581 - 15020145
Alignment:
Q  8 aagcaaaggatagattacaaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcg 107  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15020581 aagctaaggatgtattacaaaagaagaagatcaatgcattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcg 15020482  T
Q  108 ttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  15020481 ttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttgttcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggtctaactaagctcg 15020382  T
Q  208 ccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagattt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||    
T  15020381 ccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgaggctcttggaatgatccttttaggtaaactaaaagaaaacataagtggattttt 15020282  T
Q  308 agtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactccta 407  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15020281 agtaagtgccaagggatcccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcaacatcaaaccaggctgactccta 15020182  T
Q  408 aatactcgaataacatctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15020181 aatactcgaataacatcttcatcagaccaaccccatt 15020145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 31970006 - 31969570
Alignment:
Q  8 aagcaaaggatagattacaaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcg 107  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31970006 aagctaaggatgtattacaaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccattgcatttgcaagtttcattttttcg 31969907  T
Q  108 ttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcg 207  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  31969906 taatatagcttcaaaagataatcagactcctccttaaagctgaaaacacgcttgttcaagaacatatcctcggaataagcaaatggtctaactaagctcg 31969807  T
Q  208 ccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagattt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  31969806 ccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaaccgaggctcttggaatgatccttttatgtaaactaaaagaaaacataagtggagattt 31969707  T
Q  308 agtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactccta 407  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  31969706 agtaagtgccaagggatcccaacccatttgattaacccaaaaactgatcaacagattaatcttatcaattgaagtcaacatcaaactaggctgactccta 31969607  T
Q  408 aatactcgaataacatctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31969606 aatactcgaataacatcttcatcagaccaaccccatt 31969570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 31 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 15014063 - 15013650
Alignment:
Q  31 aagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatc 130  Q
    ||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15014063 aagaagatcaaaatcttatacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgtatttgcaagtttcattttttcgtcatatagcttcaacagataatc 15013964  T
Q  131 agactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttc 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||  || ||||||| ||||||  || |||||||||| || || || ||||||||||||    
T  15013963 agactcctccttaaagctgaaaacacacttgttcaagaacatattctcagaataagaaaatggtctacctaagctcgcattttttttccgcaaacctttc 15013864  T
Q  231 atcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaac 330  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15013863 atcaaaataaattgcaaaactgaggctcttggaatgatccgttttggtaaactataaccaaacataagtggagatttagtaagttccaagggatcccaac 15013764  T
Q  331 ccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatc 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  15013763 ccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagccaacatcaaactaggctgacacctaaatactcgaataacatcttcatc 15013664  T
Q  431 agaccaaccccatt 444  Q
    ||||||||||||||    
T  15013663 agaccaaccccatt 15013650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 26 - 444
Target Start/End: Original strand, 15003373 - 15003791
Alignment:
Q  26 aaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacaga 125  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||    
T  15003373 aaaagaagaagatcaataaattacacatttggtggatggcatgccaatgttctcttttgtatttgcaagtttcattttttcctcatatagctttaataga 15003472  T
Q  126 taatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaac 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||  || ||||||| ||| ||   |||||||||||| || || | ||||||||    
T  15003473 taatcagactcctccttaaagctgaaaacacacttgttcaagaataaattctcagaataagtaaacggtgaaactaagctcgcatttttttctcgcaaac 15003572  T
Q  226 ctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatg 325  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||| ||||||||||| |||||  ||     
T  15003573 ctttcataaaaagaaattgcagaactgaggcccttggaatgatccttttatgtaaactatatccaaacataagtggacatttagtaagtgccaagaaatc 15003672  T
Q  326 ccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatct 425  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15003673 ccaacccaattgattgacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagccaacatcaaactaggctgacacctaaatactcgaataacatct 15003772  T
Q  426 ttatcagaccaaccccatt 444  Q
    | |||||||||||||||||    
T  15003773 tcatcagaccaaccccatt 15003791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 61 - 444
Target Start/End: Original strand, 14849864 - 14850247
Alignment:
Q  61 atggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatactt 160  Q
    ||||||| |||||||||||| |||  | |||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  14849864 atggcatgccattgttctcctttgtgtatgcaagtttcattttttcctcatatagctttaatagataatcagactcctccataaatctgaaaacaaactt 14849963  T
Q  161 ggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctctt 260  Q
    | ||||||| ||||  || ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||    
T  14849964 gctcaagaacatattctcagaataagcaaatggtgtaactaagctcgcattcttttttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcataactgaggccctt 14850063  T
Q  261 ggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcacca 360  Q
    || |||||||||||    |||||||||||||||||||||||    || |||||| |||||| || |||||||| | |||| |||||||||||||| | ||    
T  14850064 gggatgatccttttctccaaactataagaaaacatatgtggccgcttggtaagtgccaaggaattccaacccaatcgattgacccaaaaactcattaaca 14850163  T
Q  361 aattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    ||| |||||||| |||||||    |||| |||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14850164 aatcaatcttataaattgaaacaaacattaaaataggttgaatcctaaatactcgaataacatcttcatcagaccaaccccatt 14850247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 46 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 15024575 - 15024180
Alignment:
Q  46 ttacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaa 145  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||   ||| |||||||| |||||||||||| | ||  ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  15024575 ttacacatttggtggatggcatgccaatgttct---ttgtatttgcaaatttcattttttcctcatgcagctttaagagataatcagactcctccttaaa 15024479  T
Q  146 gctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgc 245  Q
    |||||||||| ||||| |||||||   ||  || ||| | | ||||||  |||||||||| || ||||| | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  15024478 gctgaaaacaaacttgttcaagaacgaattctcagaacatgtaaatggtgtaactaagcttgcattcttttgtcgcaaaccttttatcaaaagaaattgc 15024379  T
Q  246 aaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaaccc 345  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||| | || |||| ||| |||||| ||||    
T  15024378 caaactgaggctcttggaatgatccttttatgtaaactataacaaaacatatttggaaatttagcaagttccaatgaattccaatccaattgattgaccc 15024279  T
Q  346 aaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||  ||| |||||||||||| ||  || || || || |||||||||||||||||    
T  15024278 aaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaaaccaacattaaattaggttgactcctaaatgcttcaacaatattttcatcagaccaaccccatt 15024180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 34 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 15008653 - 15008243
Alignment:
Q  34 aagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcaga 133  Q
    |||||||| | ||||||||||||| ||  ||||| | | |||||||  ||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  15008653 aagatcaacaaattacacatttggaggtaggcatgctagtgttctcttttgtatttgcaagtttctgtttttcattatatagctttaatagataatcaga 15008554  T
Q  134 ctcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatc 233  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |  |  || ||||||| ||||||   ||||||||| || ||||| | |||||||||||||||     
T  15008553 ctcctcctcaaagctgaaaacaaacttgttcaagaacagcttctcagaataagtaaatggtgcaactaagcttgcattcttttctcgcaaacctttcata 15008454  T
Q  234 aaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaaccca 333  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||  |||| |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  15008453 aatagaaattgcaaaactgatgcccttggaatgatcctttgatgtaaactataaccaaacataattggacatttagtaagttccaaggaatcccaaccca 15008354  T
Q  334 tttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcaga 433  Q
     |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||| | |||  | |  ||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  15008353 attgattgacccaaaaaatcatcaacaaattaatcttttcaatggaagccaacaaaatattaggataactcctaaatgctcgaataacatcttcatcaga 15008254  T
Q  434 ccaaccccatt 444  Q
    |||||||||||    
T  15008253 ccaaccccatt 15008243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 89 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 14520913 - 14520558
Alignment:
Q  89 tgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagca 188  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||| |  |  |||||||||| |    
T  14520913 tgcaaatttcattttttcctcatatagctttaatagataatcagactcctccttaaagcataaaacacacttgctcaagaacaatttctcggaataagta 14520814  T
Q  189 aatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataag 288  Q
    |||||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||     
T  14520813 aatggtgtaactaagcttgcattcttttttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgaggcccttggaatgatccttttatgtaaactataac 14520714  T
Q  289 aaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacat 388  Q
     ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || |||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| || | ||||    ||     
T  14520713 caaacataagtggacatttagtaagtgccaaggaatcccaacccaattgattgacccaaaaattcatcaacaaattaatcttaccattggaagcacccaa 14520614  T
Q  389 caaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagaccaaccccatt 444  Q
     |||  |||||||  |||||||||||| || ||| ||| ||||||||| |||||||    
T  14520613 taaattaggctgaaacctaaatactcggatgacaacttcatcagaccagccccatt 14520558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 61 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 14547921 - 14547544
Alignment:
Q  61 atggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatactt 160  Q
    ||||||| |||||||||||| |||  | |||| |||||||||||||   ||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||      ||| ||||    
T  14547921 atggcatgccattgttctcctttgtgtatgcaggtttcattttttccacatatagctttaatagataatcacactcctccttgaag------acaaactt 14547828  T
Q  161 ggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctctt 260  Q
    | |||||||||  |  |||||||||| ||||||  ||||||||||  | ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  14547827 gctcaagaagaatttctcggaataagtaaatggtgtaactaagctttcattcttatcttgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgaggccctt 14547728  T
Q  261 ggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcacca 360  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||| || |||||||||  |||||| |    
T  14547727 ggaatgatcctttgatgtaaactataaccaaacatatgtggacatttagtaagttccaaggaatcccaacccaattggttgacccaaaaatgcatcacaa 14547628  T
Q  361 aattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||   ||||||| || ||| || |  || |||||||||||||||||    
T  14547627 aattaatcttttcaattgaagtcaacatcaaactaggatgcaacctaaatgcttgaaaaaaagtttcatcagaccaaccccatt 14547544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 24 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 14568213 - 14567793
Alignment:
Q  24 acaaaagaagaagatcaatacattacacatttggtggatggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaaca 123  Q
    ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||  |||||||||||   |||||| | ||||||||| || |    
T  14568213 acaaaagaagaagattactaaattacacatttggtggacagcatgccattgttctcctttgtgtttgcaagtttgcctttttcctcatatagctttaata 14568114  T
Q  124 gataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaa 223  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |  || ||||||||||||||  || ||||||| || ||||| ||||||||    
T  14568113 gataatcagactcttccttaaagctgaaaacaaacttgctcaagaacattttctcagaataagcaaatggtgtacctaagcttgcattcttttttcgcaa 14568014  T
Q  224 acctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaaggga 323  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| ||||||||    |||||  || |||||| || |||   ||| |||||| |||| | |    
T  14568013 acctttcatcaaaagaaattgcacaaccaatgcccttggaataatccttttctccaaacttaaacaaaacacatttggtagtttggtaagtgccaatgaa 14567914  T
Q  324 tgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacat 423  Q
    | |||||||| |||||| |||||||||||||| | | ||| |||||||| |||||||  | |||| |||  ||||||   || |||| || ||||||||     
T  14567913 ttccaacccaattgattgacccaaaaactcattaacgaatcaatcttatgaattgaaaccaacattaaattaggctgcaaccgaaatgcttgaataacag 14567814  T
Q  424 ctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  14567813 cttcatcagaccaaccccatt 14567793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 101 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 14553097 - 14552754
Alignment:
Q  101 tttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaact 200  Q
    |||||| | ||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||| || |   | |||||| |||||||   ||||    
T  14553097 tttttcttcatacagctttaatagataatcagactcttccttaaagctaaaaacaaacttgctcaagaacattttcccagaataatcaaatggtgcaact 14552998  T
Q  201 aagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtg 300  Q
    ||||| || ||||| || | |||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||    |||||||||  ||| |||||||    
T  14552997 aagcttgcattctttttcctcaaacctttcatcacaagatattgcaaaactgaggcccttggaatgatccttttctccaaactataactaaaaatatgtg 14552898  T
Q  301 gagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctg 400  Q
    |   ||||| |||| |||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||  |    
T  14552897 gccttttagcaagtgccaaggaatcccaacccaattgattgacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcaacaacaagtcaggacg 14552798  T
Q  401 actcctaaatactcgaataacatctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    ||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14552797 acctctaaatgctcgaataacatcttcatcagaccaaccccatt 14552754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 62 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 14543785 - 14543403
Alignment:
Q  62 tggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttg 161  Q
    |||||| |||||||||||  |||  | ||||||||||| |||||| | ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14543785 tggcatgccattgttctcttttgtgtatgcaagtttcactttttcctcatataactttaatagataatcagactcctccttaaagctgaaaacaaacttg 14543686  T
Q  162 gtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttg 261  Q
     ||||||| || |   | |||||| |||||||   ||||||||| || ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||    
T  14543685 ctcaagaacattttcccagaataaccaaatggtgcaactaagcttgcattcttttctcgcaaacctttcattaaaagaaattgcaaaactgaggcccttg 14543586  T
Q  262 gaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaa 361  Q
    || ||||| |||||   ||||| |||  ||| ||||||||   |||||||||| |||||| || |||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||    
T  14543585 gagtgatcgttttatccaaactgtaactaaaaatatgtggccttttagtaagtgccaaggaattccaacccaattggttgacccagaaactcatcaccaa 14543486  T
Q  362 attaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||  ||||  |||  |||||| ||||||||| | | | |||||||||||||||||    
T  14543485 attaatcttatcaattgaagccaacaacaattcaggacgacatctaaatgctcgaataatagcctcatcagaccaaccccatt 14543403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 61 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 14534785 - 14534402
Alignment:
Q  61 atggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatactt 160  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||| || ||||||||| |||||||| | ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14534785 atggcatgccattgttttccattgtatatgcaagttttattttttcctcatatatctttaatagataatcagactcctccttaaagctgaaaacaaactt 14534686  T
Q  161 ggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctctt 260  Q
       ||| || |  |  || |||||   ||||||  |||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||  || | |||    
T  14534685 ctccaaaaacaatttttcagaatatctaaatggtgtaactaagctggcattcttttttcgcaagcctttcatcaaaagaaattgcacaaccaatcccctt 14534586  T
Q  261 ggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcacca 360  Q
    ||||  |||| |||    ||||||| ||  || ||||||||   ||| |||||| |||| | || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  14534585 ggaacaatccatttctccaaactatgagttaaaatatgtggccgtttggtaagtgccaatgaatcccaacccaattgattgacccaaaaactcatcacca 14534486  T
Q  361 aattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||| | |||| |||| ||||||| | || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  14534485 aattaatcttttcaattgaagtcaacatcatatcaggatgacacctaaatgcccggataacatcttcatcagaccaaccccatt 14534402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 69 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 14513103 - 14512730
Alignment:
Q  69 ccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgtt-atatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatacttggtcaag 167  Q
    |||||||| ||| |||| | ||||| ||||||||||||  | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  14513103 ccattgttttccattgcgtatgcaattttcattttttctctcatatagctttaatagataatcagactcctccttaaatctgaaaacaaacttgctcaag 14513004  T
Q  168 aagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatga 267  Q
    || |  |  || ||||||| ||||||  ||  |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  14513003 aacaatttctcagaataagtaaatggtgtagttaagcttgcattcttttttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgaggcccttggaatga 14512904  T
Q  268 tccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaat 367  Q
    |||||||    ||||||||||||||||| |||||   |||  ||||| |||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||   | ||| |||    
T  14512903 tccttttctccaaactataagaaaacatttgtggtagtttgataagtgccaaggaattccaacccaattgattgacccaaaaactcattgacgaatcaat 14512804  T
Q  368 cttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagaccaacccc 441  Q
    ||||| |||||||  | |||| |||  ||||||| | | |||| |  |||||||| ||| | ||||||||||||    
T  14512803 cttatgaattgaaaccaacattaaattaggctgaattcgaaatgcatgaataacagcttcaccagaccaacccc 14512730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 61 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 14529560 - 14529177
Alignment:
Q  61 atggcatcccattgttctccgttgcatttgcaagtttcattttttcgttatatagcttcaacagataatcagactcctccttaaagctgaaaacatactt 160  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||  | ||||| ||||||| |||| |  |||| ||| || |||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  14529560 atggcatgccattgttttccattgggtatgcaattttcattgtttcctcgtataactttaatagataatcggagtccaccttaaagctgaaaacaaactt 14529461  T
Q  161 ggtcaagaagatatcgtcggaataagcaaatggcttaactaagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctctt 260  Q
       ||| || | ||  || ||||||   || ||  |||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||    
T  14529460 ctgcaaaaacaaattttcagaataactcaaaggtgtaactaagctagcattctttttttgcaaacctttcattaaaagaaattgcaaaactgaggccctt 14529361  T
Q  261 ggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcacca 360  Q
    ||| |||||||||||   ||||| |||  ||| ||||||||   |||||||||| |||||| || |||||||| ||| || ||||| |||||||||||||    
T  14529360 ggagtgatccttttatccaaactgtaactaaaaatatgtggccttttagtaagtgccaaggaattccaacccaattggttgacccagaaactcatcacca 14529261  T
Q  361 aattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataacatctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| |||  ||||| |||  |||||| ||||||||| | | | |||||||||||||||||    
T  14529260 aattaatcttatcaattgaagccaacaacaattcaggccgacatctaaatgctcgaataatagcctcatcagaccaaccccatt 14529177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 221 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 14525539 - 14525316
Alignment:
Q  221 caaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttttaggtaaactataagaaaacatatgtggagatttagtaagttccaag 320  Q
    |||||||||||||| |||| | |||| |||  |||| |||||||  ||||||||| | ||||| |||  ||| ||| ||||   ||||| |||| |||||    
T  14525539 caaacctttcatcacaagatactgcagaaccaatgcccttggaacaatccttttatgcaaactgtaactaaaaatacgtggccttttagaaagtgccaag 14525440  T
Q  321 ggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactcctaaatactcgaataa 420  Q
    | || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||  |||  |||||| |||||||||    
T  14525439 gaattccaacccaattgattaacccaaaaactgatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcaacaacaattcaggacgacctctaaatgctcgaataa 14525340  T
Q  421 catctttatcagaccaaccccatt 444  Q
    |||||| ||||| |||||||||||    
T  14525339 catcttcatcagtccaaccccatt 14525316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 305 - 441
Target Start/End: Original strand, 14847403 - 14847539
Alignment:
Q  305 tttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaagtcgacatcaaaccaggctgactc 404  Q
    ||||| |||| ||||||  | |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| | ||||||||| || |||   |    
T  14847403 tttagcaagtgccaaggagttccaacccaatagattgacccaaaaactcatcaccaaattaatcttttgaactgaagccaacatcaaactagactgcaac 14847502  T
Q  405 ctaaatactcgaataacatctttatcagaccaacccc 441  Q
    |||||| || ||| || | ||| ||||||||||||||    
T  14847503 ctaaatgcttgaaaaatagcttcatcagaccaacccc 14847539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 200 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 14521269 - 14521196
Alignment:
Q  200 taagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgatccttt 273  Q
    |||||| || ||||| |||| |||||||||  ||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  14521269 taagcttgcattcttatttctcaaacctttattcagaagaaattgcacaacagctgctcttggaatgatccttt 14521196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 200 - 268
Target Start/End: Original strand, 14158163 - 14158231
Alignment:
Q  200 taagctcgccttcttctttcgcaaacctttcatcaaaagaaattgcaaaactgatgctcttggaatgat 268  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||  ||||| |||||    
T  14158163 taagcttgcattcttttttcgcaaacctttcttcagaagatattgcaaaactaatgtccttggtatgat 14158231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 305 - 380
Target Start/End: Original strand, 38524759 - 38524834
Alignment:
Q  305 tttagtaagttccaagggatgccaacccatttgattaacccaaaaactcatcaccaaattaatcttatcaattgaa 380  Q
    ||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  38524759 tttagtaagtgtcaaggaattccaacccaattgattgacccaaaaactcattaacaaatcaatcttatcaattgaa 38524834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University