View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10291_low_1 (Length: 564)

Name: NF10291_low_1
Description: NF10291
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10291_low_1
NF10291_low_1
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (10-556)||(16965766-16966312)
chr7 (38-556)||(16821734-16822252)
chr7 (36-549)||(17005509-17006013)
chr7 (36-534)||(16989978-16990473)
chr7 (177-553)||(16974810-16975183)
chr7 (169-556)||(10603382-10603766)
chr7 (56-123)||(10603812-10603879)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (177-554)||(35264892-35265266)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 556
Target Start/End: Original strand, 16965766 - 16966312
Alignment:
Q  10 tcatcttcatcatcacattnnnnnnntcctccagctagcttctcgtacaaactgtaactgatcccgagaatgctactttctttgtaccacgaaatcagtt 109  Q
    |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16965766 tcatcttcatcatcacattccccccctcctccagctagcttctcgtacaaactgtaactgatcccgagaatgctactttctttgtaccacgaaatcagtt 16965865  T
Q  110 tcaccatccgcgttgaatccttactaggccgtgcattagaccaattatgcaaattaacggcatcaccatgctctttaccggataactcaagattgttcaa 209  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16965866 tcaccatccgcgttgtatccttactaggccgtgcattagaccaattatgcaaattaacggcatcaccatgctctttaccggataactcaagattgttcaa 16965965  T
Q  210 attgtgaaatggaactccaacgtcccattttttgaactcatcttcccaagttagcaacaaactcgcaggtgcaacaataactggcaggcatttaggaaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  16965966 attgtgaaatggaactccaacgtcccattttttgaactcatcttcccaagtaagtaacaaactcgcaggtgcaacaataacgggcaagcatttaggaaac 16966065  T
Q  310 actttcagatatgacgtgagaaacattatagtcaaccttgtctttccggttccgggagcatgggagataatgcagccaccctccctgcgaggatcacttt 409  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  16966066 actttcagatatgacatgagaaacattatagtcaaccttgtctttccggttccgggagcatgggagataatgcagccaccctccctgcgaggatcggttt 16966165  T
Q  410 tactcaacttatgaagatcgatgtgtcctgtcaagtttttccaaatgaactcaaaaccttctttttgatgaggatacgaggtttctttcacatcatcagg 509  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16966166 tactcaacttgtgaagatcgatgtttcctgtcaagtttttccaaatgaactcaaagccttctttttgatgaggatacgaggtttctttcacatcatcagg 16966265  T
Q  510 aattaggtcccaaacagtgccttcattatgagagaaattagtctctg 556  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16966266 aattaggtcccaaacagtgccttcattatgagagaaattagtctctg 16966312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 556
Target Start/End: Original strand, 16821734 - 16822252
Alignment:
Q  38 ctccagctagcttctcgtacaaactgtaactgatcccgagaatgctactttctttgtaccacgaaatcagtttcaccatccgcgttgaatccttactagg 137  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |    
T  16821734 ctccggctagcttctcgtacaaattgtaactgattcccagaatgctcttttctttgtaccaagaaatcagtttcaccatccgtgttgtatccttactaag 16821833  T
Q  138 ccgtgcattagaccaattatgcaaattaacggcatcaccatgctctttaccggataactcaagattgttcaaattgtgaaatggaactccaacgtcccat 237  Q
    |||   |||||||||||||   |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16821834 ccgcttattagaccaattaacaaaatcaacagcatcatcatgctctttaccggataatttgagattgttcaaattgtgaaatggaactccaatgtcccat 16821933  T
Q  238 tttttgaactcatcttcccaagttagcaacaaactcgcaggtgcaacaataactggcaggcatttaggaaacactttcagatatgacgtgagaaacatta 337  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16821934 tttttgaactcatcttcccaagtaagtaacaaactcgcaggagcaacaataaccggcaagcatttaggaaacactttcagatatgacatgagaaacatta 16822033  T
Q  338 tagtcaaccttgtctttccggttccgggagcatgggagataatgcagccaccctccctgcgaggatcacttttactcaacttatgaagatcgatgtgtcc 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  16822034 tagtcaaccttgtctttccggttccgggagcatgggagataatgcagccaccctccctgcgaggattggttttacttaacttgtgaagatcgatgtgtcc 16822133  T
Q  438 tgtcaagtttttccaaatgaactcaaaaccttctttttgatgaggatacgaggtttctttcacatcatcaggaattaggtcccaaacagtgccttcatta 537  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16822134 tgtcaagtttttccaaatgaactcaaagccttctagttgatgaggatacaaggtttctttcacatcatcaggaattaggtcccaaacagtgccttcatta 16822233  T
Q  538 tgagagaaattagtctctg 556  Q
    |||||||||||||||||||    
T  16822234 tgagagaaattagtctctg 16822252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 36 - 549
Target Start/End: Original strand, 17005509 - 17006013
Alignment:
Q  36 tcctccagctagcttctcgtacaaactgtaactgatcccgagaatgctactttctttgtaccacgaaatcagtttcaccatccgcgttgaatccttacta 135  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  17005509 tcctccggctagcttcatgtacaaactgtaactgattccaagaatgctcttttctttgtaccacgaaatcagtttcaccatccgcattgtatccatacta 17005608  T
Q  136 ggccgtgcattagaccaattatgcaaattaacggcatcaccatgctctttaccggataactcaagattgttcaaattgtgaaatggaactccaacgtccc 235  Q
     || ||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||      || |||||    
T  17005609 tgctgtgaattagaccaattaagcaaattaacaacatcatcatgcactttaccagataactcaggattgttcaaattgtgaaatgg------aatgtccc 17005702  T
Q  236 attttttgaactcatcttcccaagttagcaacaaactcgcaggtgcaacaataactggcaggcatttaggaaacactttcagatatgacgtgagaaacat 335  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| || || ||||||| ||| | | ||||||| |     
T  17005703 attttttgaactcttcttcccaagtatgtaacaaactcgcaggagcaacaataaccggcaagcatttcgggaatactttcaaataagccatgagaaatac 17005802  T
Q  336 tatagtcaaccttgtctttccggttccgggagcatgggagataatgcagccaccctccctgcgaggatcacttttactcaacttatgaagatcgatgtgt 435  Q
    || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |   |||  | |||||  |||||| | | | |    
T  17005803 tacagtcagccttgtctttccggttccaggagcatgggaaataatgcagccaccctccctgcaaggaacggctttctttaacttgcgaagattggtattt 17005902  T
Q  436 cctgtcaagtttttccaaatgaactcaaaaccttctttttgatgaggatacgaggtttctttcacatcatcaggaattaggtcccaaacagtgccttcat 535  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  |  ||| |||||   || ||||||||||||||||||| ||||| || |    
T  17005903 cctgccaagtttttccaaatgaattcaaagccttcttgttgatgaggatataatttttgtttca---caccaggaattaggtcccaaactgtgccctctt 17005999  T
Q  536 tatgagagaaatta 549  Q
    ||||| || |||||    
T  17006000 tatgaaagtaatta 17006013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 36 - 534
Target Start/End: Original strand, 16989978 - 16990473
Alignment:
Q  36 tcctccagctagcttctcgtacaaactgtaactgatcccgagaatgctactttctttgtaccacgaaatcagtttcaccatccgcgttgaatccttacta 135  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |  ||||  |||||||||||||||||| |||||||||    ||  ||||     
T  16989978 tcctccggctatcttctcgtacaaactgtaactgattcccagaatgctcttggctttaaaccacgaaatcagtttcatcatccgcgtctcctctgtactt 16990077  T
Q  136 ggccgtgcattagaccaattatgcaaattaacggcatcaccatgctctttaccggataactcaagattgttcaaattgtgaaatggaactccaacgtccc 235  Q
     |||||| ||||||||||||||    |||||   ||||  |||| |||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| || |  ||||    
T  16990078 tgccgtgtattagaccaattatttgcattaaaaacatcttcatgatctttaacagataactcagagttgttcaaattgtgaaatggaacacctatttccc 16990177  T
Q  236 attttttgaactcatcttcccaagttagcaacaaactcgcaggtgcaacaataactggcaggcatttaggaaacactttcagatatgacgtgagaaacat 335  Q
    | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||   ||||| ||||||| ||| | | ||||||||      
T  16990178 actttttgaactcatattcccaagtaagcaacaaacttgcaggtgcaacaataatcggcaagcatcccggaaaaactttcaaatacgccttgagaaactc 16990277  T
Q  336 tatagtcaaccttgtctttccggttccgggagcatgggagataatgcagccaccctccctgcgaggatcacttttactcaacttatgaagatcgatgtgt 435  Q
    ||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    ||  | ||||| ||||| || |||| |    
T  16990278 tattgtcaaccttgtcttaccagttccaggagcatgtgaaataatgcagccaccttcccttcgaggatcggcattctttaacttttgaagctcaatgttt 16990377  T
Q  436 cctgtcaagtttttccaaatgaactcaaaaccttctttttgatgaggatacgaggtttctttcacatcatcaggaattaggtcccaaacagtgccttca 534  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  |  |||||||||   |||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  16990378 cctgccaagtttttccaaatgaattcaaatccttcttgttgatgaggatataatttttctttca---catcaggaattaggtcccaaactgagccttca 16990473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 177 - 553
Target Start/End: Original strand, 16974810 - 16975183
Alignment:
Q  177 atgctctttaccggataactcaagattgttcaaattgtgaaatggaactccaacgtcccattttttgaactcatcttcccaagttagcaacaaactcgca 276  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |  | ||| |||    
T  16974810 atgctctttaccggataactcgggattgcttaaattgtgaaatggaactccgatgtcccatttcttgaattcatcctcccaagttagtagtatactagca 16974909  T
Q  277 ggtgcaacaataactggcaggcatttaggaaacactttcagatatgacgtgagaaacattatagtcaaccttgtctttccggttccgggagcatgggaga 376  Q
    || || ||||||| ||||| |||||| |||||  |||||| ||||| | |||||||||  || |||| |||||||||||||||||| |||||||| || |    
T  16974910 ggagcgacaataattggcaagcatttgggaaaggctttcaaatatgccttgagaaacaccatggtcagccttgtctttccggttccaggagcatgagaaa 16975009  T
Q  377 taatgcagccaccctccctgcgaggatcacttttactcaacttatgaagatcgatgtgtcctgtcaagtttttccaaatgaactcaaaaccttctttttg 476  Q
    | || || ||||| || |||| | ||||    ||  | ||||| ||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  16975010 tgatacatccaccttcgctgcaaagatcgtcattctttaacttttgaagctcagtgtgtcctgccaagtttttccaaatgaattcaaagccttctatttg 16975109  T
Q  477 atgaggatacgaggtttctttcacatcatcaggaattaggtcccaaacagtgccttcattatgagagaaattagtct 553  Q
    |||||||||  | |||| |||||    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||    
T  16975110 atgaggatataaagtttgtttca---aatctggaattaggtcccaaactgtgccttcattgcgagagaaattagtct 16975183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 169 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 10603766 - 10603382
Alignment:
Q  169 gcatcaccatgctctttaccggataactcaagattgttcaaattgtgaaatggaactccaacgtcccattttttgaactcatcttcccaagttagcaaca 268  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |  |    
T  10603766 gcatcagcatgctctttaccagataactcgggattgcttaaattgtgaaatggaactccaatgtcccatttcttgaattcatcctcccaagttagtagta 10603667  T
Q  269 aactcgcaggtgcaacaataactggcaggcatttaggaaacactttcagatatgacgtgagaaacattatagtcaaccttgtctttccggttccgggagc 368  Q
     ||| ||||| || |||||||  |||| |||||| |||||  |||||| ||||| | ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| || |||||    
T  10603666 tactagcaggagcgacaataatcggcaagcatttgggaaaggctttcaaatatgccttgagaaacactatggtcagccttgtctttccggtaccaggagc 10603567  T
Q  369 atgggagataatgcagccaccctccctgcgaggatcacttttactcaacttatgaagatcgatgtgtcctgtcaagtttttccaaatgaactcaaaacct 468  Q
    ||| || |||||||||||||| || |||| ||||||    ||  | ||||| ||||| |  | |  ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||    
T  10603566 atgagaaataatgcagccaccttcactgcaaggatcgacattctttaacttttgaagctttacgcttcctgccaagtttttccaaatgaattcaaagcct 10603467  T
Q  469 tctttttgatgaggatacgaggtttctttcacatcatcaggaattaggtcccaaacagtgccttcattatgagagaaattagtctctg 556  Q
    |||| ||||||||||||  | |||| | |||    ||| ||||||||||||||||| || || |||||  ||||||||||||| ||||    
T  10603466 tcttgttgatgaggatataaagtttgtatca---aatctggaattaggtcccaaactgttccctcattgcgagagaaattagtttctg 10603382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 10603879 - 10603812
Alignment:
Q  56 acaaactgtaactgatcccgagaatgctactttctttgtaccacgaaatcagtttcaccatccgcgtt 123  Q
    ||||| |||| ||||| || ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  10603879 acaaattgtagctgattccaagaatgcttgtttctttgaaccacgaaatcagttttgccatccgcgtt 10603812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 120; Significance: 4e-61; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 177 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 35265266 - 35264892
Alignment:
Q  177 atgctctttaccggataactcaagattgttcaaattgtgaaatggaactccaacgtcccattttttgaactcatcttcccaagttagcaacaaactcgca 276  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| |  | ||| |||    
T  35265266 atgctctttaccagataactcgggattgtttaaattgtgaaatggaactccgatgtccaatttcttgaattcatcctcccaagttagtagtatactagca 35265167  T
Q  277 ggtgcaacaataactggcaggcatttaggaaacactttcagatatgacgtgagaaacattatagtcaaccttgtctttccggttccgggagcatgggaga 376  Q
    || ||||||||||  |||| |||||| |||||  |||||| ||||| | ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| || |    
T  35265166 ggagcaacaataatcggcaagcatttgggaaaggctttcaaatatgccttgagaaacactatggtcagccttgtctttccggttccaggagcatgagaaa 35265067  T
Q  377 taatgcagccaccctccctgcgaggatcacttttactcaacttatgaagatcgatgtgtcctgtcaagtttttccaaatgaactcaaaaccttctttttg 476  Q
    |||| |||||||| || |||  ||||||    ||  | ||||| ||||| ||  ||||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||    
T  35265066 taatacagccaccttcgctggaaggatcggcattctttaacttttgaagctcagtgtgtcctgccatgtttttccaaatgaattcaaagccttcttgttg 35264967  T
Q  477 atgaggatacgaggtttctttcacatcatcaggaattaggtcccaaacagtgccttcattatgagagaaattagtctc 554  Q
    |||||||||  |  ||| |||||   || ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  35264966 atgaggatataatttttgtttca---caccaggaattaggtcccaaactgtgccttcattgcgagagaaattagtctc 35264892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University