View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10292_high_5 (Length: 269)

Name: NF10292_high_5
Description: NF10292
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10292_high_5
NF10292_high_5
[»] chr3 (31 HSPs)
chr3 (15-269)||(10376110-10376364)
chr3 (15-269)||(10088340-10088594)
chr3 (15-269)||(10195223-10195477)
chr3 (15-269)||(10434309-10434563)
chr3 (15-254)||(10580151-10580390)
chr3 (15-268)||(8860836-8861089)
chr3 (15-266)||(10076816-10077067)
chr3 (15-269)||(9838411-9838665)
chr3 (15-269)||(9849289-9849543)
chr3 (15-256)||(11149132-11149373)
chr3 (34-268)||(11160283-11160517)
chr3 (15-268)||(10888856-10889109)
chr3 (15-256)||(11131304-11131545)
chr3 (15-269)||(11768784-11769038)
chr3 (15-245)||(10364087-10364317)
chr3 (58-233)||(13289258-13289433)
chr3 (58-256)||(13332497-13332695)
chr3 (58-256)||(13160573-13160771)
chr3 (34-91)||(10541543-10541600)
chr3 (58-256)||(13170624-13170822)
chr3 (58-233)||(13343682-13343857)
chr3 (34-91)||(10517057-10517114)
chr3 (34-91)||(11782422-11782479)
chr3 (34-92)||(10500146-10500204)
chr3 (60-133)||(10126511-10126584)
chr3 (60-133)||(10260281-10260354)
chr3 (34-91)||(10526928-10526985)
chr3 (60-133)||(10031586-10031659)
chr3 (35-92)||(10085678-10085735)
chr3 (60-133)||(10183822-10183895)
chr3 (35-92)||(10192598-10192655)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-268)||(26906450-26906700)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (15-245)||(50097-50324)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (34-269)||(44957974-44958209)
chr8 (37-133)||(11484589-11484685)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (15-224)||(31680043-31680258)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (58-256)||(146217-146415)
scaffold0002 (58-256)||(136166-136364)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (34-76)||(17853378-17853420)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 31)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 10376364 - 10376110
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10376364 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 10376265  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10376264 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 10376165  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatata 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10376164 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatata 10376110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Original strand, 10088340 - 10088594
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  10088340 aagcagatcaacaatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgctcagcgaaatcagttatgattccc 10088439  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  10088440 ttcgatgcaaggtggagaatgcacaagctcaaaacaaaagttatcaggtgatgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacagagagatcaattc 10088539  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatata 269  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  10088540 tcaaatgaagatcatgtgtgaaagcttgcaattgtttgcacagaataaagatata 10088594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Original strand, 10195223 - 10195477
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  10195223 aagcagatcaacaatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgttcagcgaaatcagttatgattccc 10195322  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  10195323 ttcgatgcaaggtggagaatgcacaagctcaaaacaaaagttatcaggtgatgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacagagagatcaattc 10195422  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatata 269  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  10195423 tcaaatgaagatcatgtgtgaaagcttgcaattgtttgcacagaataaagatata 10195477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 10434563 - 10434309
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10434563 aagcagatcaacaaacctgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggacttgctcaacgaaatcagttatgattccc 10434464  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    | |||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  10434463 ttcgatccaaggtggagaatacacatgctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcatctccttttaatagtttctacagagagatcaattc 10434364  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatata 269  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  10434363 tcaaatgaagatcatgtgtgaaagcttgcaactttttgcacagaataaagatata 10434309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 254
Target Start/End: Original strand, 10580151 - 10580390
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10580151 aagcagatcaataatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctatcattgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttacgattccc 10580250  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  10580251 tgcgatgcaaggtggagaatacacaagctcaaaacaaaactaatcaggtgtggaacttcctttcttctccttttaatagcttctatagagagatcaattc 10580350  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgca 254  Q
     || |||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  10580351 ccagatgaagatcatgtgtgaaaacctgcaattgtttgca 10580390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 268
Target Start/End: Original strand, 8860836 - 8861089
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||      
T  8860836 aagcagatcaacaatcgtgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctctctttgatgctgaggatttgctcaaccaaatcagttatgattcat 8860935  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    | ||||||||||||||| || || |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8860936 tacgatgcaaggtggaggatacacaagctgcaaacaaaactaatcaggtgtggaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 8861035  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatat 268  Q
     ||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||  ||||||||||    
T  8861036 ccaaatgaagatcatgtgtgatagcttgcaaattttcgcacaacataaagatat 8861089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 266
Target Start/End: Original strand, 10076816 - 10077067
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||||||   |||||  || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  10076816 aagcagatcagcaatccccatgtcagacagtggcttgataacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggacttgctcaacgaaatcagttacgattcac 10076915  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  10076916 tgcgatgcaaggtggagaatgcacaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacaaagagatcaattc 10077015  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagat 266  Q
    ||||| |||| |||||||||| ||  ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  10077016 tcaaacgaagatcatgtgtgaaaggttgcaattgtttgcacagaataaagat 10077067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Original strand, 9838411 - 9838665
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||||||   |||||| || ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  9838411 aagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccc 9838510  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||||    
T  9838511 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgtggaacttcctttcttctccttttaatagtttttacaaagagatcaattc 9838610  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatata 269  Q
     || |||||| |||||||||||||| ||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  9838611 ccagatgaagatcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatata 9838665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Original strand, 9849289 - 9849543
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||||||   |||||| || ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  9849289 aagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccc 9849388  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||||    
T  9849389 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgtggaacttcctttcttctccttttaatagtttttacaaagagatcaattc 9849488  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatata 269  Q
     || |||||| |||||||||||||| ||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  9849489 ccagatgaagatcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatata 9849543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 11149373 - 11149132
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||| || |    
T  11149373 aagcagatcaacaatcctgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgccgaggatttgctgaatcaaattagttatgaatcac 11149274  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    |||||||||||||||||||| || || |   ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11149273 tgcgatgcaaggtggagaatacacaatccacaaacaaaactagtcaggtgtggagcttcctttcttctccttttaacaccatctacagagagatcaattc 11149174  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcaca 256  Q
     |||||||||  ||||||||| | ||||||| | ||||||||    
T  11149173 ccaaatgaagaccatgtgtgacaacctgcaaatttttgcaca 11149132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 34 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 11160517 - 11160283
Alignment:
Q  34 ctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaa 133  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  11160517 ctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggatttgctgaatcaaattagttatgaatcactgcgatgcaaggtggagaa 11160418  T
Q  134 tgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgt 233  Q
    | || || |   ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  11160417 tacacaatccacaaacaaaactagtcaggtgtggagcttcctttcttctccttttaacaccttctatagagagatcaattcccaaatgaagatcatgtgt 11160318  T
Q  234 gatagcctgcaattctttgcacagtataaagatat 268  Q
    |||||| ||||| | || |||||  ||||||||||    
T  11160317 gatagcttgcaacttttcgcacaacataaagatat 11160283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 268
Target Start/End: Original strand, 10888856 - 10889109
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||  |||| |||||||| ||      
T  10888856 aagcagatcaacaaccgtgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgcggaggatttgctgaaccaaattagttatgaatcat 10888955  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    |||||||||||||||||||| || || |   ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10888956 tgcgatgcaaggtggagaatacacaatccacaaacaaaactagtcaggtgtggagcttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 10889055  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatat 268  Q
     ||||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||||||||  ||||||||||    
T  10889056 ccaaatgaagatcatgtgtaatagcttgcaactttttgcacaacataaagatat 10889109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 11131545 - 11131304
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||| | | |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||| || |    
T  11131545 aagcagatcaacaaccgtgctgtcaaaaaatgggttgatgacttgaaagatgctatctttgatgcggaggatttgctgaatcaaattagttatgagtcac 11131446  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | | ||||  |||||||||||||    
T  11131445 tgcgatgcaaggtggagaatacacaagctgcaaacaaaactaatcaggtctggaacttcctttcttctccttttaaaaacatctatggagagatcaattc 11131346  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcaca 256  Q
     ||||| |||  ||||||||| | ||||||| | ||||||||    
T  11131345 ccaaattaagaccatgtgtgacaacctgcaaatttttgcaca 11131304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Original strand, 11768784 - 11769038
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||| | ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| || |||| |||||||| ||||    
T  11768784 aagcagatgaacaatcttgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagacgctatctttgatgctgaggatttactcgatcaaataagttatgactccc 11768883  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    | ||||||||| |||||||   | |||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||| | | ||||  |||||||||||||    
T  11768884 tccgatgcaagatggagaagaaacaagctagaaacaaaactaatcaggtgtggaacttactttcatccccttttaaaaacatctatggagagatcaattc 11768983  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatata 269  Q
     || |||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||||||||||    
T  11768984 ccatatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaactttttgcacaaaataaagatata 11769038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10364317 - 10364087
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||||||||||    
T  10364317 aagcagatcaacaatcctgctgtcaaacaatggcttgatggcttgaaagatgctgtctttgatgccgaggatttgcttcacgaaatcagttatgattccc 10364218  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    |||||||||   |||||| |  | |||||  ||||| || ||||||||||| |||||||||||  |||||||| || | |||||| ||||||||||||||    
T  10364217 tgcgatgcacaatggagagtaaacaagctggaaacagaagtaatcaggtgtggaacttccttttatctcctttcaatagcttctatagagagatcaattc 10364118  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaa 245  Q
     || |||||| |||||||||| |||||||||    
T  10364117 ccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaa 10364087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 58 - 233
Target Start/End: Original strand, 13289258 - 13289433
Alignment:
Q  58 tgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaa 157  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||  |||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||   | ||||| ||||||  |||||    
T  13289258 tgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaaacaagctgaaaacatgactaa 13289357  T
Q  158 tcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgt 233  Q
    |||||| | |||| || |||| ||||||||||| ||  ||||  ||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  13289358 tcaggtttggaacctcttttcatctccttttaaaactctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgt 13289433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 58 - 256
Target Start/End: Original strand, 13332497 - 13332695
Alignment:
Q  58 tgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaa 157  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||  |||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||   | ||||| ||||||  |||||    
T  13332497 tgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaaacaagctgaaaacatgactaa 13332596  T
Q  158 tcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcaca 256  Q
    |||||| | |||| || |||| ||||||||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||| | || |||||| | ||||||||    
T  13332597 tcaggtttggaacctcttttcgtctccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcaactttttgcaca 13332695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 58 - 256
Target Start/End: Original strand, 13160573 - 13160771
Alignment:
Q  58 tgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaa 157  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||  |||||| ||| || ||||||||||| | |||||||||   | ||||| ||||||  |||||    
T  13160573 tgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtacggtggagaagaaacaagctgaaaacatgactaa 13160672  T
Q  158 tcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcaca 256  Q
    |||||| | |||| || |||| ||||||||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||| | || |||||| | ||||||||    
T  13160673 tcaggtttggaacctcttttcatctccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcaactttttgcaca 13160771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 91
Target Start/End: Original strand, 10541543 - 10541600
Alignment:
Q  34 ctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgct 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  10541543 ctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgcaatctttgatgctgaagatttgct 10541600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 256
Target Start/End: Original strand, 13170624 - 13170822
Alignment:
Q  58 tgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaa 157  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||  |||||| ||| || ||||| ||||| |||||||||||   | || || ||||||  |||||    
T  13170624 tgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctccgatgtaaggtggagaagatacaatctgaaaacatgactaa 13170723  T
Q  158 tcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcaca 256  Q
    |||||| | |||| || |||| | ||||||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||| | || |||||| | ||||||||    
T  13170724 tcaggtttggaacctcttttcatgtccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcaactttttgcaca 13170822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 233
Target Start/End: Original strand, 13343682 - 13343857
Alignment:
Q  58 tgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaa 157  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||  ||||||  || || ||||||||||| | |||||||||   | ||||| ||||||  |||||    
T  13343682 tgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaactacgactccctgcgatgtacggtggagaagaaacaagctgaaaacatgactaa 13343781  T
Q  158 tcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgt 233  Q
    |||||| | |||| || |||| ||||| ||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  13343782 tcaggtttggaacctcttttcgtctccgtttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgt 13343857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 91
Target Start/End: Original strand, 10517057 - 10517114
Alignment:
Q  34 ctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgct 91  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||    
T  10517057 ctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgcaatctttgattctgaagatttgct 10517114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 11782479 - 11782422
Alignment:
Q  34 ctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgct 91  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||    
T  11782479 ctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgcaatatttgatgctgaagatttgct 11782422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 92
Target Start/End: Original strand, 10500146 - 10500204
Alignment:
Q  34 ctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctc 92  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| || ||||||    
T  10500146 ctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagacacaatctttgatgctgaagatttgctc 10500204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 133
Target Start/End: Original strand, 10126511 - 10126584
Alignment:
Q  60 aaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaa 133  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||  || |||| ||||||||| |||||||    
T  10126511 aaagatgcaatctatgatgctgaggatttgctcaatcaaatcagctacaatgccctacgatgcaagctggagaa 10126584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 60 - 133
Target Start/End: Original strand, 10260281 - 10260354
Alignment:
Q  60 aaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaa 133  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||  || |||| ||||||||| |||||||    
T  10260281 aaagatgcaatctatgatgctgaggatttgctcaataaaatcagctacaatgccctacgatgcaagctggagaa 10260354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 34 - 91
Target Start/End: Original strand, 10526928 - 10526985
Alignment:
Q  34 ctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgct 91  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||    
T  10526928 ctgtcaaacaatggcttcatgacttgaaagatgcaatatttgatgctgaagatttgct 10526985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 60 - 133
Target Start/End: Original strand, 10031586 - 10031659
Alignment:
Q  60 aaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaa 133  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||  || || | ||||||||| |||||||    
T  10031586 aaagatgcaatctatgatgctgaggatttgctcaatcaaatcagctacaatgccatacgatgcaagctggagaa 10031659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 35 - 92
Target Start/End: Original strand, 10085678 - 10085735
Alignment:
Q  35 tgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctc 92  Q
    |||||| || ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||    
T  10085678 tgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttttctttgatgctgaagatttgctc 10085735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 60 - 133
Target Start/End: Original strand, 10183822 - 10183895
Alignment:
Q  60 aaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaa 133  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||  || |||| ||||||||| |||||||    
T  10183822 aaagatgcaatctatgatgctgaggatttgttcaatcaaatcagctacaatgccctacgatgcaagatggagaa 10183895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 35 - 92
Target Start/End: Original strand, 10192598 - 10192655
Alignment:
Q  35 tgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctc 92  Q
    |||||| || ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||    
T  10192598 tgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttttctttgatgctgaagatttgctc 10192655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 175; Significance: 3e-94; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Original strand, 26906450 - 26906700
Alignment:
Q  18 cagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgc 117  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  26906450 cagatcaacaatcctgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgttgaggacttgctcaacgaaattagttatgattccctgc 26906549  T
Q  118 gatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctca 217  Q
    ||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  26906550 gatgcaaagtcgagaatacacaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacagagagatcaattctca 26906649  T
Q  218 aatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatat 268  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  26906650 aatgaagataatgtgtgaaagcctgcaattgtttgcacaacataaagatat 26906700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 50324 - 50097
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  50324 aagcagatcaacaatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgctcagcgaaatcagttatgattccc 50225  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| |||| ||| ||||||| |    |||  |||||||||||||    
T  50224 tgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttcttttcatcttcttttaaaa---actatggagagatcaattc 50128  T
Q  215 tcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaa 245  Q
     || |||||| |||||||||| |||||||||    
T  50127 ccagatgaagatcatgtgtgaaagcctgcaa 50097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 34 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 44958209 - 44957974
Alignment:
Q  34 ctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaa 133  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| || | || |||||||| ||||| ||||||||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  44958209 ctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaaaatacaatatttgatgccgaggatttgctcaaccaaattagctatgattccctgcgttgcaaagtggagaa 44958110  T
Q  134 tgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgt 233  Q
    | || ||| |   ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  44958109 tacacaagttgccaacaaaactaatcaggtctggaacttcctttcatctccttttaaaaacttctatggagagatcaattctcaaatgaagattatgtgt 44958010  T
Q  234 gatagcctgcaattctttgcacagtataaagatata 269  Q
    ||   ||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  44958009 gaatccctgcaactttttgcacagcataaagatata 44957974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 133
Target Start/End: Original strand, 11484589 - 11484685
Alignment:
Q  37 tcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaa 133  Q
    |||| ||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||    
T  11484589 tcaaacaatggcttgatcggttgaaagatgcaatctttgatgctgaggatttgcttaatgaaatcagctatgatgccttgcgatgcaaggtagagaa 11484685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 31680258 - 31680043
Alignment:
Q  15 aagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccc 114  Q
    |||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||| ||    
T  31680258 aagcagatcaacaatcttcctgtcaaacaatggcttgatgagttgaaagatgcaatatatgatgctgaggatttgctcaaccagatcagttatgattgcc 31680159  T
Q  115 tgcgatgcaaggtggag------aatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagat 208  Q
    |  || |||||||||||      ||| || ||||| ||||||  |||  |||||| | ||| |||||||| ||||||||| | | ||| ||  |||||||    
T  31680158 ttagaagcaaggtggagaatagtaatacacaagctgaaaacatcactggtcaggtttggaatttcctttcatctccttttcaaaacttgtatggagagat 31680059  T
Q  209 caattctcaaatgaag 224  Q
    |||||| |||||||||    
T  31680058 caattcccaaatgaag 31680043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 58 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 146415 - 146217
Alignment:
Q  58 tgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaa 157  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||  |||||| ||| || ||||||||||| | |||||||||   | ||||| ||||||  |||||    
T  146415 tgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtacggtggagaagaaacaagctgaaaacatgactaa 146316  T
Q  158 tcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcaca 256  Q
    |||||| | |||| || |||| ||||||||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||| | || |||||| | ||||||||    
T  146315 tcaggtttggaacctcttttcatctccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcaactttttgcaca 146217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 136364 - 136166
Alignment:
Q  58 tgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaa 157  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||  |||||| ||| || ||||| ||||| |||||||||||   | || || ||||||  |||||    
T  136364 tgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctccgatgtaaggtggagaagatacaatctgaaaacatgactaa 136265  T
Q  158 tcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcaca 256  Q
    |||||| | |||| || |||| | ||||||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||| | || |||||| | ||||||||    
T  136264 tcaggtttggaacctcttttcatgtccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgtgtcaaaggctgcaactttttgcaca 136166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 17853420 - 17853378
Alignment:
Q  34 ctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttga 76  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  17853420 ctgtcaaacaatggcttgatgatttgaaagacgctatctttga 17853378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University