View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10297_high_1 (Length: 714)

Name: NF10297_high_1
Description: NF10297
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10297_high_1
NF10297_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-703)||(1573153-1573839)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 703
Target Start/End: Original strand, 1573153 - 1573839
Alignment:
Q  18 ttacaaaaccacaaattttataaattttgaactaaatgataactacttacatgcggttccgggtacgggtatgtgggaatgtgtggacttttacccggtt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1573153 ttacaaaaccacaaattttataaattttgaactaaatgataactacttacatgcggttccgggtacgggtatgtgggaatgtgtggatttttacccggtt 1573252  T
Q  118 tcaataaacgggtcaaatggtttggacacatcagtaaatggaccacatgttaagcatgtgttaaaggctagtttggatgatacaagagtggatagttatg 217  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573253 tctataaacgggtcaaatggtttggacacatcagtaaatggaccacatgttaagcatgtgttaaaggctagtttggatgatacaagagtggatagttatg 1573352  T
Q  218 caattgggacttattttattgaaaatgatacatggattcctgataacccacttgaggacgtgggtattgggttgcttttggactatggaatatactatgc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573353 caattgggacttattttattgaaaatgatacatggattcctgataacccacttgaggatgtgggtattgggttgcttttggactatggaatatactatgc 1573452  T
Q  318 ttcaaagactttctatgatcaagtgnnnnnnngaaggattttgtggggatggattaatgagactgatgctgaaagtgatgacttggaaaaaggttgggca 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573453 ttcaaagactttctatgatcaagtgaaaaaaagaaggattttgtggggatggattaatgagactgatgctgaaagtgatgacttggaaaaaggttgggca 1573552  T
Q  418 tctattcaggtatgtattatacataacatgctgaaattacatcaatttgccaaagctgaaatgcattgcaaaatgttggatagagcaattcataaaatct 517  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  1573553 tctcttcaggtatgtattatacataacatactgaaattacatcaatttgccaaagctgaaatgcattgcaaaatgtttgatagagcaattcataaaacct 1573652  T
Q  518 tgtacac-annnnnnncttcagacaattccaagaacagtgctttttgatcagaagactggaactaatttgcttcaatggccagtagaagaagtagaaagc 616  Q
    ||||||| |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573653 tgtacacaatttttttcttcagacaattccaagaacagtgctttttgatcagaagactggaactaatttgcttcaatggccagtagaagaagtagaaagc 1573752  T
Q  617 ttaagactgagtagtgatgaatatgcagaagtagttgttacacctggctctattgttccattgaacattactcaagcaacacaggtt 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1573753 ttaagactgagtagtgatgaatatgcagaagtagttgttacacctggctctgttgttccattgaacattactcaagcaacacaggtt 1573839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University