View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1030-Insertion-1 (Length: 1060)

Name: NF1030-Insertion-1
Description: NF1030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1030-Insertion-1
NF1030-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-1025)||(48258287-48259306)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 847; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 847; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 1025
Target Start/End: Original strand, 48258287 - 48259306
Alignment:
Q  6 cattcttggctaagcaattttggaggcttcacactgagcctattactatgcttgctaaatgactcaaggtaatatactttccccatgttgataatgggtt 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48258287 cattcttggctaagcaattttggaggcttcacactgagcctattactatgcttgctaaatgactcaaggtaatatactttccccatgttgataatgggtt 48258386  T
Q  106 taaagtcttaacccaaaacttggaataaaaccttgattgacactatttttcatagtaatgagagcagtcaaatcaagcaacgttctctaatcctagagca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48258387 taaagtcttaacccaaaacttggaataaaaccttgtttgacactatttttcatagtaatgagagcagtcaaatcaagcaacgttctctaatccaagagca 48258486  T
Q  206 aattgaagataagtttatgtgtatgtttttcaaggatgggaattattctgtaaaatcaaactggctataaagcatcgaagagtggcatcatagaggtgac 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  48258487 aattgaagataagtttatgtgtatgtttttcaaggatgggaattattctgtaaaa----actggctataaagcatcgaagagt--catcatagaggtgac 48258580  T
Q  306 aaaaagatttggaagaaattatggaatctccacactatacctaagcacaaagatttcctatgacacattcttaacgactctatgcatgtcatgagtgagt 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48258581 aaaaagatttggaagaaattatggaatctccacactatacctaagcacaaagatttcccatgacacattcttaaagactctatgcatgtcatgagtgagt 48258680  T
Q  406 taaatcataaaggcttggccggagacgttttatgccctagatgtgccaataaagtggaaattgtgaactatctttacatggaaggtgattttggtatgaa 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48258681 taaatcataaaggcttggccggagacgttttatgccctagatgtgccaataaagtggaaattgtgaactatctttacatggaaggtgattttggtatgaa 48258780  T
Q  506 ggcttggtttggatctacctttggtattcaattcctaaatatcattatgtgtgatttcatacactagctgagacagattattggcagtttggatgatgag 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48258781 ggcttggtttggatctacctttggtattcaattcctaaatatcattatgtgtgatttcatacactagccgagacagattattggcagtttgaatgatgag 48258880  T
Q  606 gccattaaatacacaacgtcgccaatatgtataatatatggtttgcgaggtacaacctgattttttaaagtaaagacattactattttagatactnnnnn 705  Q
    |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  48258881 gccattaaatacacaacgtcgcta--atgtataatatatggtttgcgaggtacagcctgattttttaaagtaaagacattactattttagatactataaa 48258978  T
Q  706 nnncaagaagaacaccattttttagtacatacaatgtgataaaatcaatacaaacccctgaaagtcatactaggagagccatataacaaacatatcaaac 805  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48258979 aaacaagaagaacaccattttttagtacatacaatgtgataaaatcaatacaaacccctgaaaatcatactaggagagccatataacaaacatatcaaac 48259078  T
Q  806 aagggttttgggaaaaacccatagcagggacggttatagttaacacatatgcaaatctatcacaagaatatgcatggagtttgagagctatctatagaga 905  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  48259079 gagggttttgggaaaaacccatagcagggacggttatagttaacacatatgcaaatctatcacaagaatatacatggagtttgggagctatctatagaga 48259178  T
Q  906 cacaaatggtgaagttttgactacaatgtc-tggaagcaagagagttt--aggac--ttttgtcgatat-ggatattttctatgtgggtcacacca-tgt 998  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48259179 tacaaatggtgaagttttgactacaatgtcttggaagcaggagagttttaaggacctttttgtcgatatgggatattttctatgtgggtcacaccactgt 48259278  T
Q  999 tttttatttatt-aataatcatcatgaa 1025  Q
    ||||  |||||| |||||||||||||||    
T  48259279 ttttattttattaaataatcatcatgaa 48259306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University